TUGAS V

KIMIA MEDISINAL II

Dosen Pembimbing: Dr. apt. Zilhadia, M.Si.

Disusun Oleh:

Hilman Mulyana Saleh

11181020000067

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA

NOVEMBER/2021
1. Definisi Ribosom
Ribosom mengacu pada struktur makromolekul yang sangat terlestarikan yang
penting untuk sintesis protein di semua domain kehidupan. Dengan kata lain, ribosom
bertanggung jawab untuk translasi mRNA (messenger RNA) menjadi protein.
Berlawanan dengan kepercayaan populer, ribosom tidak dan tidak dapat
diklasifikasikan sebagai organel seluler karena tidak adanya membran ganda tertutup.
Selain itu, alih-alih membran seluler, ribosom hanyalah makromolekul yang terdiri dari
protein dan RNA.
Ribosom adalah komponen seluler mendasar, ditemukan di organisme prokariota
(eubacteria, yang tidak memiliki membran inti) dan eukariota (yang memiliki
membran). Ribosom mensintesis semua protein dalam sel, menggunakan mRNA
sebagai template. Ribosom bertindak bersama dengan berbagai faktor yang lebih kecil
yang membantu mengatur proses tersebut, tetapi dua fungsi utama dipercayakan kepada
ribosom itu sendiri: memecahkan kode kode genetik dalam mRNA, dan mengkatalisis
pembentukan ikatan kimia antara asam amino, menghasilkan dalam rantai polipeptida
protein.
Subunit besar dan kecil dari ribosom eubacterial masing-masing dikenal sebagai
50S dan 30S, dari tingkat sedimentasi mereka dalam centrifuge (seluruh ribosom adalah
70S). Situs katalitik ribosom, pusat transferase peptidil, berada di subunit 50S.
Decoding mRNA terjadi pada subunit 30S, dan itu adalah penentuan struktural 30S.
Subunit 30S berfungsi sebagai panduan perakitan untuk semua faktor yang dibutuhkan
dalam sintesis protein. MRNA adalah salinan dari urutan DNA 'repositori' genom yang
mengkodekan produk gen, dan terikat pada subunit 50S dalam kompleks dengan RNA
transfer (tRNA) melalui interaksi kodon-antikodon. TRNA 'diisi' dengan asam amino,
dan memberikan asam amino yang sesuai yang ditentukan oleh kodon. Ada tiga situs
pengikatan tRNA pada ribosom, situs A (akseptor), P (peptidil) dan E (keluar), masing-
masing ditempati secara berurutan oleh tRNA tertentu. selama siklus sintesis protein.
TRNA menjembatani subunit besar dan kecil, dengan lengan antikodon tRNA
menunjuk ke subunit 30S untuk decoding, dan lengan akseptor tRNA menunjuk ke
subunit 50S untuk peptidil transferase.
2. Fungsi Ribosom
Ribosom adalah mesin sel yang kompleks namun sangat canggih yang penting
dalam sintesis protein. Hampir semua protein yang dibutuhkan oleh organisme
prokariotik dan eukariotik disintesis oleh ribosom. Lebih khusus lagi, fungsi ribosom
untuk melakukan peran berikut.
a. Translasi informasi dari nukleus
Dibentuk oleh dua subunit yang bergabung bersama, ribosom digunakan untuk
menerjemahkan informasi yang dikodekan yang dibawa oleh mRNA (messenger
RNA) dari nukleus. Menariknya, banyak ribosom dapat menempel pada satu untai
mRNA (struktur seperti itu dikenal sebagai polisom). Setelah sintesis rantai
polipeptida yang berhasil, dua subunit gabungan yang sebelumnya terpisah. Di
masa depan, mereka dapat digunakan lagi bersama-sama atau tidak pernah
bergabung selamanya.
b. Menggabungkan asam amino
Dengan menggunakan tRNA (transfer RNA), ribosom bergabung bersama asam
amino yang dikumpulkan dari sitoplasma. Ribosom secara menakjubkan dapat
menghubungkan lebih dari 200 asam amino per menit. Dengan laju tersebut, protein
berukuran kecil dapat dibentuk dengan mudah. Namun, protein yang lebih besar
akan membutuhkan setidaknya dua hingga 3 jam untuk diselesaikan. Contohnya
adalah titin protein otot yang terdiri dari lebih dari 30.000 asam amino.
 c. Transmisi rantai polipeptida
Setelah pembentukan rantai polipeptida fungsional, produk protein sekarang
akan terlipat untuk membuat struktur kerja tiga dimensi (namun, beberapa protein
mungkin sudah mulai melipat ke dalam bentuk ini bahkan selama awal sintesis).
Setelah ini, ribosom sekarang akan mengekspornya ke sitoplasma.
Pentingnya ribosom terletak terutama pada kemampuan mereka untuk
mensintesis protein fungsional. Ribosom terutama bekerja dengan materi genetik
DNA (atau RNA dalam beberapa kasus) untuk melakukan fungsi ini. Materi genetik,
yang tidak hanya penting untuk identitas seseorang, bertindak sebagai "cetak biru"
dari mana proses sintesis protein didasarkan.

3. Peranan Ribosom 30S dan 50S terhadap antibiotik

Meskipun ukuran ribosom besar, relatif sedikit situs yang ditargetkan oleh
antibiotik saat ini. Pada subunit 30S, situs pengikatan antibiotik dikelompokkan di
sepanjang jalur mRNA dan tRNA. Antibiotik yang mengikat subunit 30S, seperti
edeine dan kasugamycin, menghambat inisiasi translasi dengan mencegah interaksi
yang stabil antara tRNA inisiator dan kodon awal di situs-P. Mayoritas antibiotik
penargetan 30S lainnya menghambat pemanjangan translasi dengan mengganggu
pengiriman tRNA ke situs A (misalnya, tetrasiklin dan streptomisin) atau translokasi
berikutnya dari kompleks mRNA-tRNA melalui ribosom (seperti aminoglikosida).
hygromycin B, neomycin, pactamycin dan spectinomycin, dan tuberactinomycins
viomycin dan capreomycin).
Pada subunit 50S, sebagian besar situs pengikatan antibiotik mengelompok di
atau dekat pusat peptidil-transferase (PTC), di mana pembentukan ikatan peptida terjadi.
Pengecualian termasuk orthosomycins (evernimicin dan avilamycin), yang berinteraksi
dengan 23S rRNA heliks H89 dan H91 (perhatikan bahwa 'H' menunjukkan heliks dari
subunit besar dan 'h' menunjukkan heliks dari subunit kecil) dan mengganggu
pengikatan IF2; dan thiostrepton-like thiopeptides, yang berinteraksi dengan H43 dan
H44 dari 23S rRNA dan mengganggu pengikatan EF-G, EF-Tu dan IF2. Antibiotik
penargetan PTC menghambat pembentukan ikatan peptida dengan mengganggu atau
mencegah posisi yang benar dari ujung aminoasilasi tRNA di PTC. Situs pengikatan
antibiotik penargetan PTC tumpang tindih dengan tRNA situs-A (misalnya,
kloramfenikol, lincosamides (klindamisin), oksazolidinon (linezolid), puromisin dan
sparsomisin) atau tRNA situs-P (blasticidin S), atau menjangkau keduanya Situs A dan
 P (misalnya, kelas pleuromutilin dan streptogramin A (SA). Situs pengikatan kelas
makrolida dan streptogramin B (SB) terletak berdekatan dengan PTC di dalam
terowongan keluar ribosom. Sebagian besar anggota makrolida dan SB tidak
menghambat pembentukan ikatan peptida itu sendiri melainkan mencegah
pemanjangan sebagian besar rantai yang baru lahir, yang menyebabkan penurunan
peptidil-tRNA dan aborsi translasi.
4. Struktur dan Funsi Sel Bakteri

Organel Sel Fungsi Sel

Membran plasma penghalang selektif permeabel, batas mekanis sel, transportasi
nutrisi dan limbah, lokasi banyak proses metabolisme (respirasi,
fotosintesis), deteksi isyarat lingkungan untuk kemotaksis
Vakuola inklusi yang memberikan daya apung untuk mengapung di
lingkungan perairan
Ribosom sintesis protein
Inklusi penyimpanan karbon, fosfat, dan zat lainnya; tempat reaksi
kimia (kompartemen mikro); pergerakan
Nukleid lokalisasi materi genetik (DNA)
ruang periplasma pada bakteri gram negatif yang khas, mengandung enzim
hidrolitik dan protein pengikat untuk pemrosesan dan
penyerapan nutrisi; pada bakteri gram positif yang khas,
mungkin lebih kecil atau tidak ada
Dinding sel perlindungan untuk stres osmotik, membantu mempertahankan
bentuk sel
Kapsul dan resistensi terhadap fagositosis, permukaan perlekatan
lapisan lendir
Fimbria dan fili perlekatan pada permukaan, konjungsi dan transformasi bakteri,
kedutan
Flagella berenang dan berkerumun motilitas
Endosporae bertahan hidup di bawah kondisi lingkungan yang keras
 DAFTAR PUSTAKA

Carter, A. P., Clemons, W. M., Brodersen, D. E., Morgan-Warren, R. J., Wimberly, B. T., &
Ramakrishnan, V. (2000). Functional insights from the structure of the 30S ribosomal
subunit and its interactions with antibiotics. Nature, 407(6802), 340–348.
doi:10.1038/35030019
BioExplorer.net. (2021, November 27). Ribosomes Function: The Cell’s Protein Machinery.
Bio Explorer. https://www.bioexplorer.net/ribosomes-function.html/.
Beck, Kevin. (2019). Ribosomes: Definition, Function & Structure (Eukaryotes & Prokaryotes).
diakses dari https://sciencing.com/structure-function-ribosomes-eukaryotes-
prokaryotes-20173.html
Opron, K., & Burton, Z. (2018). Ribosome Structure, Function, and Early Evolution.
International Journal of Molecular Sciences, 20(1), 40. doi:10.3390/ijms20010040
Willey, Joanne, Sherwood, Linda, Woolverton, Christopher J. (2017). Prescott's Microbiology,
10th edition. McGraw-Hill Education.
Williamson, J. R. (2000). Small subunit, big science. Nature, 407(6802), 306–307.
doi:10.1038/35030271
Wilson, D. N. (2014). Ribosome-targeting antibiotics and mechanisms of bacterial resistance.
Nature Reviews Microbiology, 12(1), 35–48. doi:10.1038/nrmicro3155
Wilson, D. N., & Doudna Cate, J. H. (2012). The structure and function of the eukaryotic
ribosome. Cold Spring Harbor perspectives in biology, 4(5), a011536.
https://doi.org/10.1101/cshperspect.a011536