Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

BAB V
SISTEM MIKROBA BIOREMEDIASI

Tujuan Umum

1. Mahasiswa memahami sistem mikroba dasar bioremediasi

2. Siswa memahami persyaratan untuk bioremediasi yang sukses

Tujuan Khusus

1. Mahasiswa memahami prinsip-prinsip metabolisme mikroba

2. Siswa memahami reaksi yang dikatalisis enzim

3. Mahasiswa memahami persyaratan proses biologis dalam bioremediasi

5.1. pengantar

Bab ini membahas dasar sistem mikroba dan persyaratan untuk

keberhasilan bioremediasi. Ini mencakup prinsip-prinsip mikrobametabolisme,
reaksi yang dikatalisis enzim, dan persyaratan untuk proses biologis yang penting
untuk bioremediasi. Ini membahas tentangalam biokimia reaksi dan mekanisme
dimana mikroorganisme memediasi degradasi senyawa berbahaya.

NS penghancuran biologis bahan kimia berbahaya adalah berdasarkan

prinsip yang mendukung semua ekosistem. Prinsip-prinsip ini melibatkansirkulasi,
transformasi, dan akumulasi energi dan materi. Pelaksanaan bioremediasi
membutuhkan pemahaman tentangketerkaitan fungsi-fungsi mikroba ini. Desain
proses bioremediasi melibatkan optimasi dan kontrol bagian tertentu darisiklus
biokimia. Transformasi biokimia energi dan materimembutuhkan katalis.
Mikroorganisme adalah generator katalis, dan enzim adalah katalis. Inienzim
menghasilkan reaksi degradatif (katabolik) untuk menyediakan energi dan bahan
untuk sintesis sel mikroba tambahan. → lihat Gambar 3.4 Metabolisme (hal7)5

Optimalisasi proses untuk degradasi bahan kimia berbahaya memerlukan

pengertian mikroorganisme terlibat, mereka kebutuhan nutrisi, NS biokimia dari
reaksi mediasi mereka, dan mengapa mereka mempromosikan reaksi. Poin terakhir ini adalah

kekuatan pendorong dasar dari semua reaksi biologis: Mikroorganisme harus mendapatkan energi.

Reaksi spesifik dimana organisme memperoleh energi ini ditentukan oleh jumlahhasil energi.

Dengan demikian termodinamika dapat digunakan untuk memprediksi reaksi biokimia tertentu.

Mikroorganisme memiliki beberapa mode metabolisme untuk mendapatkan energi ini, yang

memanifestasikan dirinya melalui reaksi oksidasi-reduksi. Mekanisme dimana mikroorganisme

memperoleh energi adalah dasar untuk subdivisi klasifikasi utama mereka.

Organisme dibagi menjadi beberapa kategori utama sesuai dengan kemampuan

metabolisme. Karakteristik metabolik ini merupakan fungsi darisumber energi, NSsumber karbon,

dan donor elektron dan akseptor elektron dari yang dimediasi oksidasi reduksi reaksi. Subdivisi

klasifikasi utama pertama didasarkan pada sumber energi untuk mendukung biosintesis dan

pertumbuhan. Salah satu sumber energi adalahsinar matahari yang langsung digunakan oleh

fototrof. Sumber energi kedua adalahenergi kimia yang digunakan olehkemotrof. Bagaimana

mikroorganisme memperoleh sumber karbon utama mereka, mengabaikan persyaratan untuk

faktor pertumbuhan spesifik, adalah parameter kedua untuk klasifikasi.

Organisme yang menggunakan BERSAMA2 sebagai sumber karbon utama didefinisikan sebagai autotrof-

ic. Organisme yang menggunakansenyawa organik sebagai sumber karbon utama

didefinisikan sebagaiheterotrofik. Kategori terakhir didasarkan pada sumber elektron yang

digunakan organisme untuk reaksi oksidasi-reduksi. jikadonor elektron adalah senyawa

organik, organisme tersebut disebut organotrof. Jikaanorganik senyawa adalah sumber

elektron, mereka disebut litotrof.

Skema klasifikasi ini mengabaikan fakta penting bahwa mikroorganisme sangat

serbaguna, sehingga organisme tertentu mungkin termasuk dalam lebih dari satu kategori.

Jadi tidak mungkin untuk menetapkan banyak organisme untuk klasifikasi metabolisme

tunggal.Sebagian besar situs yang terkontaminasi bahan kimia organik berbahaya mendukung

organisme organotrofik dan kemoheterotrofik mereka. Kemoorganotrof adalah kelas

mikroorganisme yang paling penting untuk mendegradasi senyawa organik berbahaya.

Namun,chemolitrophicdan kemoautotrof organisme dapat terlibat secara aktif dalam

mineralisasi lengkap bahan kimia berbahaya. Kemoorganotrof memperoleh energi dari

senyawa seperti amonia, nitrit, hidrogen molekuler, hidrogen sulfida, dan

67
Bioteknologi Lingkungan
sulfur. Setiap upaya bioremediasi bukanlah siklus terbuka tetapi ditutup pada titik tertentu

oleh interaksi heterotrof dan autotrof.

Mikroorganisme memperoleh energi melalui rangkaian reaksi redoks yang

kompleks, reaksi oksidasi-reduksi. Oksidasi adalah pelepasan elektron dari atom atau
molekul. Reduksi adalah penambahan elektron. Oksidasi besi adalah contoh reaksi
oksidasi sederhana, di mana satu elektron dilepaskan:

Beberapa bakteri, Gallionella dan Thiobacillus ferrooxidans, dapat mengoksidasi

besi besi (Fe 2+) menjadi besi ferri (Fe3+) dan simpan sebagai besi hidroksida yang tidak

larut. Oksidasi hanya dapat terjadi dengan reduksi, dan elektron harus diterima oleh atom

atau molekul lain. Inialiran elektron menghasilkan energi melalui urutan yang dikenal

sebagairantai transpor elektron. Rantai ini terdiri darimolekul itu mengalami oksidasi dan

reduksi berulang dan mentransfer elektron dari satu ke yang lain. Elektron diangkut dalam

sistem sel mikroba oleh senyawa seperti nikotinamida adenin dinukleotida fosfat (NADP).

Nukleotida piridin dapat dengan mudah mengalami oksidasi dan reduksi

reversibel karena sifat gugus nikotinamida. NStransisi dalam keadaan oksidasi
senyawa ini dan senyawa serupa menghasilkan penyimpanan energi dalam sel
mikroba dalam bentuk ikatan kimia yang kaya energi. Eksploitasi kebutuhan energi
inilah yang harus dilakukan oleh ahli bioremediasi.

NS organisme chemoheterotrophic mendapatkan energi mereka dengan

reaksi reduksi oksidasi yang menggunakan senyawa organik sebagai sumber karbon.
Setiap langkah dalamoksidasi senyawa organik melibatkan pelepasan dua elektron
dan pelepasan dua proton secara bersamaan. Ini setara denganpenghapusan dua
atom hidrogen dan disebut dehidrogenasi. Pengurangan senyawa organik melibatkan
adisi dua elektron dan dua proton dan bisa dipanggil hidrogenasi. Oksidasi asam
suksinat menjadi asam fumarat dan hidrokuinon menjadi kuinon adalah contohnya.

Akseptor elektron harus hadir untuk menerima elektron yang dilepaskan dan

dengan demikian tereduksi. Sifat akseptor elektron menetapkan cara metabolisme yang

menghasilkan energi.

68
Bioteknologi Lingkungan
5.2. Metabolisme Mikroba

Rekayasa bioremediasi menghasilkan manipulasi lingkungan yang terkendali

untuk menghasilkan enzim yang tepat untuk mengkatalisis reaksi yang diinginkan. Seperti

yang biasa dibahas, bioremediasi adalah aplikasi kimia, tetapi lebih rumit karenasemua

reaksi dikatalisis oleh enzim khusus yang hanya bisa dibawa ke sistem dengan

mikroorganisme tertentu. Jadi bioremediasi dimulai dengan pengetahuan tentang reaksi

biologis dasar dan bagaimana reaksi ini dipengaruhi oleh lingkungan. Dari informasi ini

seseorang menentukan perubahan lingkungan yang diperlukan dan merancang

pengendalian proses yang diperlukan.

Untuk merancang proses bioremediasi, seseorang harus pertama tentukan reaksi

degradasi yang diinginkan mana senyawa target akan dikenakan. Ini sama dengan

menentukan mode metabolisme yang akan terjadi dalam proses, karena mode

metabolisme ditentukan oleh sifat reaksi redoks. NSmetabolisme mode secara luas

diklasifikasikan sebagai aerobik dan anaerobik. Mikroorganisme aerobik dan reaksi

aerobik terjadi dengan adanya molekul oksigen dengan molekul oksigen yang berfungsi

sebagai akseptor elektron. Bentuk metabolisme ini adalah respirasi. Reaksi anaerobik

hanya terjadi tanpa adanya oksigen molekuler. NSreaksi anaerobik dibagi menjadi

respirasi anaerobik, fermentasi, dan fermentasi metana (Tabel 5.1).

Bakteri telah mengembangkan berbagai macam sistem respirasi. Ini dapat

dicirikan oleh sifat reduktor dan oksidan. Dalam semua kasuspernapasan aerobik, NS
akseptor elektron adalah molekul oksigen. Anaerobik respirasi menggunakan oksidasi
senyawa anorganik atau organik selain oksigen sebagai akseptor elektron. Respirasi
substrat organik oleh bakteri, dalam banyak hal, sangat mirip. Substrat dioksidasi
menjadi CO2, dengan penghapusan berturut-turut pasangan H+ dan elektron.

Fermentasi adalah yang paling sederhana dari tiga mode utama metabolisme yang

menghasilkan energi. Selama fermentasi senyawa organik berfungsi sebagai donor elektron

dan akseptor elektron. Proses mempertahankan keseimbangan oksidasi-reduksi yang ketat.

Tingkat oksidasi rata-rata produk akhir identik dengan substrat yang difermentasi. Dengan

demikian substrat Menghasilkan campuran produk akhir, beberapa lebih teroksidasi daripada

substrat dan yang lain lebih tereduksi. NSproduk akhir tergantung pada jenis

69
Bioteknologi Lingkungan
mikroorganisme tetapi biasanya mencakup sejumlah asam, alkohol, keton, dan gas (
Tabel 5.2).

Tabel 5.1 Mode Metabolisme

Jenis akseptor elektron

Pernapasan aerobik Oksigen (O2)

Respirasi anaerob:

Denitrifikasi Nitrat (TIDAK 3- )

Pengurangan nitrat Nitrit (TIDAK2- )

2-)
Pengurangan sulfat Sulfat (SO4

Pengurangan besi besi Besi (Fe 3+)

Reduksi proton wajib Proton (H+)

Reduksi belerang Belerang (S)

Respirasi organik Fumarat

Pengurangan organik trimetilamina oksida

Fermentasi senyawa organik

Fermentasi metana Karbon dioksida (CO2) (metanogenesis)

Tabel 5.2 Produk Akhir Utama Fermentasi Bakteri

Asam propionat etanol

Asam format butanol

Asam asetat isopropanol

asam butirat 2,3-Butanadiol Aseton

Karbon dioksida Hidrogen Metana

Fermentasi hanya dapat berlangsung dalam kondisi anaerobik yang ketat, tanpa

adanya oksigen molekuler. Untuk beberapa organisme, molekuloksigen adalah racun

70
Bioteknologi Lingkungan
zat. Organisme ini disebutanaerob ketat. Organisme lain dapat melakukan fermentasi
tanpa adanya oksigen, dan dengan adanya oksigen mereka mengubah cara
metabolismenya menjadi respirasi. Organisme ini disebutfakultatif anaerob.

Mode metabolisme penting lainnya untuk bioremediasi termasuk: NS penggunaan nitrat

sebagai akseptor elektron (dilakukan oleh denitrifier dan reduksi nitrat), penggunaansulfat, tiosulfat,

atau belerang sebagai akseptor elektron (dilakukan oleh reduksi sulfat),penggunaan proton sebagai

akseptor elektron (dilakukan oleh acetogen pereduksi proton), penggunaan karbon dioksida sebagai

akseptor elektron (dilakukan oleh metanogen), dan penggunaan senyawa organik terklorinasi

sebagai akseptor elektron. Penggunaan senyawa organik terklorinasi sebagai akseptor elektron

untuk reaksi yang menghasilkan energi adalah penemuan terbaru (Dolfing dan Tiedje, 1987).

Konsep metabolisme penting lainnya dalam bioremediasi adalah metabolisme

bersama. Dalam arti sebenarnya, co-metabolisme bukanlah metabolisme (penghasil energi)

tetapi transformasi suatu senyawa secara kebetulan. Secara tradisional, diyakini bahwa

organisme harus memperoleh energi dari senyawa organik untuk menguraikannya. Namun,

enzim yang dihasilkan oleh organisme yang tumbuh dengan mengorbankan satu substrat juga

dapat mengubah substrat yang berbeda yang tidak terkait dengan produksi energi organisme

tersebut., asimilasi karbon, atau proses pertumbuhan lainnya. Mode aktivitas ini disebut

kometabolisme. Co-metabolisme didefinisikan sebagaidegradasi suatu senyawa hanya dengan

adanya bahan organik lain yang berfungsi sebagai sumber energi utama (McCarty, 1987).

Bahan kimia berbahaya yang cocok untuk bioremediasi dengan menjadi substrat

sekunder melalui metabolisme bersama hanya sebagian diubah. Transformasi ini mungkin

atau mungkin tidak menghasilkan pengurangan toksisitas. Jika semua sifat toksisitas dari

senyawa berbahaya dihilangkan, ini disebut sebagai detoksifikasi. Detoksifikasi tidak

berarti mineralisasi. Untungnya,metabolit atau produk transformasi dari co-metabolisme

oleh satu organisme biasanya dapat digunakan sebagai sumber energi oleh organisme

lain.

Baik senyawa berbahaya dan substrat utama akan bersaing untuk enzim. Ini

kompetisi untuk enzim telah disebut penghambatan kompetitif substrat. JadiPeringkat dari

metabolisme bersama biasanya ditingkatkan dengan mengurangi keseluruhan

71
Bioteknologi Lingkungan
kompetisi substrat untuk enzim. Ini adalahdicapai dengan mempertahankan konsentrasi

substrat primer yang rendah atau hampir habis. Dalam beberapa kasus, metabolisme

bersama dapat berlanjut untuk waktu yang singkat dari energi seluler yang tersimpan

bahkan setelah substrat utama habis. Untuk mode metabolisme bersama,Laju degradasi

senyawa target bergantung pada aliran elektron dari substrat primer. Konsep ini berlaku

untukmetanotrof yang digunakan untuk oksidasi senyawa alifatik terhalogenasi serta

dehalogenasi reduktif dalam sistem anaerobik.

NS istilah metabolisme serampangan (tidak beralasan) telah digunakan untuk

menggambarkan kemampuan mikroorganisme untuk memecah senyawa kedua yang tidak

digunakan untuk sumber energi. Perbedaan yang telah dibuat antara co-metabolisme dan

metabolisme serampangan adalah bahwa dengan metabolisme serampangan suatu senyawa

dapat ditindaklanjuti oleh enzim tanpa memerlukan energi atau tenaga pereduksi. Contohnya

adalah bioreaktor di mana kultur sel mikroba yang telah tumbuh sebelumnya dikontakkan

dengan senyawa berbahaya. Inisenyawa terdegradasi sebagai akibat dari enzim yang ada

dalam kultur, dan degradasi berhenti karena budaya tidak terus tumbuh. Denganmetabolisme

bersama, energi atau mengurangi daya harus hadir untuk mengubah senyawa berbahaya.

Dalam ko-metabolisme, tidak ada transformasi senyawa berbahaya yang akan terjadi karena

sel-sel pra-tumbuh tidak dapat mengekstrak energi untuk mendorong langkah ko-metabolisme

yang membutuhkan energi.

Co-metabolisme penting untuk banyak transformasi, termasuk beberapa

hidrokarbon aromatik polinuklir, hidrokarbon alifatik dan aromatik terhalogenasi, dan
pestisida. Banyak senyawa yangtunduk pada bioremediasi dengan metabolisme (
Tabel 5.3). Banyak spesies mikrobamenunjukkan fenomena co-metabolisme.
Beberapa terdaftar diTabel 5.4 (Horvath, 1972).

Aspek terakhir dari metabolisme mikroba adalah pengenalan degradasi substrat

preferensial. Degradasi preferensial menghasilkan urutan serangan. Biasanya senyawa

yang menghasilkan energi tertinggi didegradasi terlebih dahulu. Metabolisme substrat

preferensial adalah fungsi dari laju pertumbuhan bakteri yang didukung oleh senyawa

individu.

72
Bioteknologi Lingkungan
Tabel 5.3 Senyawa Organik Tunduk pada Kometabolisme dan Akumulasi
Produk

Substrat

Etana Propana Butana m-Chlorobenzoate o-Fluorobenzoate 2-Fluoro-4-nitrobenzoate 4-

Chlorocatechol 3.5-Dichlorocatechol 3-R4ethylcatechol o-lilena

p-Yylene Pyrrolidone Cicerone n-Butylbenzene Ethylbenzene n-Propylbenzene

p-Isopropyltoluene n-Butyl-cyclohexane 2.3,6-Trichlorobenzoate 2,4,5-
Trichlorophenoxy acetic acid pp[pr]-Dichlorodiphenyl methane 1,1-Dipheny1-
2,2 ,2-trikloroetana 1,1,1-Trikloroetana

Produk

Asam asetat

Asam propionat, aseton

Asam butanoat, metil etil keton 4-Chlorocatechol, 3-chlorocatechol 3-

Fluorocatechol,fluoroactate 2-1Fluoroprotocatechuic acid 2-Hydroxy-4-chloro-muconic
semialdehyde 2-Hydroay-3,5-dichloro-muconic semialdehyde 2-Hydroxy-3-
methylmuconic semialdehyde o-Toluic acid

Asam p-Toluic, 2,3-dihydroxy p-toluic acid Asam glutamat

Cierolone Phenylacetic acid Phenylacetic acid Asam sinamat p-Isopropylbenzoate

Asam sikloheksanaasetat 3,5-Dichlorocatechol 3,5-Dichlorocatechol p-
Chlorophenyacetate 2-Phenyl-3,3,3-trichloropropionic acid 1,2-Dichloroethylene

Tabel 5.4 Mikroorganisme Menunjukkan Fenomena Kometabolisme

Mikroorganisme

Achromobacter sp. Arthrobacter sp. Aspergillus niger Azotobacter chroococcum

Azotobacter uinelandii Bacillus megaterium Bacillus sp.

Brevibacterium sp. Flavobacterium sp. Hidrogenomonas sp. Methanotrophs

Microbacterium sp. Micrococcus ceriftcans Micrococcus Sp. Nocwdia erythropolis
Nocardia sp. Pseudomonas sp. P.feorescens

P. methanica P. putida Streptomyces aureofaciens Triehoderma uiride Vibrio sp.

Xanthomonas sp.

Sumber: Horvath, 1972; Vogel, 1987.

73
Bioteknologi Lingkungan
 Senyawa-senyawa yang menghasilkan laju pertumbuhan tercepat akan terdegradasi terlebih dahulu

(Arvin, 1988). Di sebuahtumpahan hidrokarbon campuran, benzena akan terdegradasi pada tingkat yang lebih

cepat daripada naftalena, dan naftalena pada tingkat yang lebih cepat daripada pyrene. Jika senyawa sumber

energi terdegradasi sebelum senyawa yang memerlukan ko-metabolisme seperti beberapa PAH,degradasi PAH

ini mungkin berhenti. Degradasi substrat preferensial juga menyebabkan degradasi terhambat dari banyak

senyawa berbahaya. Sebagian besar senyawa berbahaya menghasilkan tingkat pertumbuhan yang jauh lebih

lambat daripada sumber energi seperti metanol atau glukosa. Dengan demikianperawatan harus digunakan saat

menambahkan sumber energi untuk melengkapi sistem yang kekurangan energi.

Reaksi penting lainnya selama penerapan bioremediasi, reaksi mikroba lainnya

dapat terjadi bersamaan dengan transformasi senyawa target. Reaksi-reaksi yang memiliki

dampak potensial pada kebutuhan operasional disajikan secara singkat di bawah ini

sehingga kepentingannya dapat dipertimbangkan.

Penggunaan senyawa anorganik tereduksi sebagai substrat untuk metabolisme

pernapasan adalah karakteristik dari kelompok fisiologis, yang secara kolektif dikenal sebagai

kemoautotrof. Zat yang dapat berfungsi sebagai sumber energi adalah H2, CO, NH33, TIDAK2,

Fe2+, dan senyawa sulfur tereduksi (H2S, S, S2HAI3 2-). Karbon seluler adalah
berasal dari CO2.

NS oksidasi amonia menjadi nitrat, nitrifikasi, adalah aspek penting dari siklus

nitrogen di alam. Proses nitrifikasi terjadi dalam dua langkah, masing-masing dilakukan

oleh kelompok bakteri yang sangat khusus. Langkah pertama adalahoksidasi amonia

menjadi nitrit oleh bakteri dari genus nitrosomonas. Bakteri ini tidak mampu melakukan

cara pertumbuhan lainnya. Mereka bergantung pada enzim amonia monooksigenase, dan

amonia harus dioksidasi selama degradasi senyawa organik (Vanelli, 1991).

NH3 + 11/2 O2 → TIDAK 2- + H+ + H2O + energi

nitrosomonas mampu mendegradasi banyak senyawa organik, termasuk senyawa

alifatik terhalogenasi, kecuali tetrakloroetilen dan karbon tetraklorida (Tabel 5.5)
(Vanelli, 1991).

74
Bioteknologi Lingkungan
 NS tahap kedua adalah oksidasi nitrit menjadi nitrat menurut genus bakteri nitro; oksidasi

nitrit adalah satu-satunya sumber energi yang dapat digunakan bakteri ini.

2 - + 1/2 O2 → TIDAK -3 + energi

TIDAK

Reaksi nitrifikasi ini penting karena dapat menciptakan kebutuhan oksigen yang signifikan.

Kebutuhan oksigen ini harus dipertimbangkan untuk setiap remediasi lokasi yang mengandung

cukup banyak amonia, baik ditambahkan sebagai sumber nutrisi atau sebagai senyawa yang ada di

lokasi.Urea juga dapat digunakan sebagai sumber nitrogen, menghasilkan amonia:

CO(NH2)2 + H2HAI → BERSAMA2 + NH3

Kelompok kemoautotrof lain yang penting adalah bakteri belerang. Oksidasi

senyawa belerang tereduksi adalah sumber energi untukThiobacillus thiooxidans,
yang mengoksidasi unsur belerang menjadi asam sulfat:

S° + H2O + 11/2 O2 → H2JADI4 + energi

Organisme ini dapat tumbuh di lingkungan yang sangat asam.

Kelompok lain dari bakteri pengoksidasi belerang adalah Beggiatoa, yang mengoksidasi

hidrogen sulfida menjadi unsur belerang:

H2S + 1/2 O2 → S° + H2O + energi

Beggiatoa memiliki struktur filamen panjang yang diisi dengan butiran kecil belerang.
Ini memberikan penampilan yang sangat khas di bawah mikroskop.

Beberapa bakteri aerob (terutama pseudomonas dan Basil spesies) dapat menggunakan

nitrat sebagai akseptor elektron dengan mereduksinya menjadi molekul nitrogen. NSpembentukan

N2 dari nitrat disebut denitrifikasi. Denitrifikasimembutuhkan enzim khusus dan rantai transpor

elektron respirator aerobik normal. Oleh karena itu selalu merupakan cara alternatif metabolisme

yang menghasilkan energi pernapasan. Enzim-enzim khusus yang diperlukan untuk denitrifikasi

tidak disintesis dengan adanya udara bahkan jika terdapat nitrat.

2 TIDAK3- + 10e- + 12 H+ → n2 + 6 H2HAI

75
Bioteknologi Lingkungan
Tabel 5.5 Senyawa terdegradasi oleh nitrosomonas

Haloalkana, Bromometana, Klorometana, Dibromometana Diklorometana

Triklorometana Bromoetana Kloroetana Fluoroetana Iodoetana 1,2-
Dibromoetana 1,1,1-Trikloroetana Kloropropana 1,2,3-Trikloropropana
Klorobutana

Haloalkena

Chloroethylene cis-1,2-Dibromcethylene 1,1-Dichloroethylene cis-1,2-Dichloroethylene

Trichloroethylene 1,3-Dibromopropene 2,3-Dichloropropene 1,1,3-Trichloropropene

Nitrapyrin

Sumber: Vanelli, 1991.

Denitrifikasi dapat digabungkan dengan oksidasi senyawa anorganik dalam kondisi

anaerobik. Misalnya, kemoautotrof tertentu dari genusThiobacillusdapat mereduksi nitrat

menjadi N2 dan mengoksidasi belerang secara anaerob.

5 S + 6 TIDAK3-+ 2 H2HAI → 5 JADI 2-4 + 4H+ + 3N2

Sekelompok kecil bakteri anaerob, metanogen, menggunakan mode fermentasi

metana. Contoh sederhana adalah oksidasi molekul hidrogen:

4 H2 + CO2 → CH4 + 2 H2HAI

Dalam hal ini karbon dioksida berkurang, menghasilkan pergeseran kesetimbangan

sistem bikarbonat-karbonat.

5.3. Akseptor Elektron

Semua reaksi yang menghasilkan energi adalah reaksi oksidasi-reduksi. Reaksi

reduksi, yaitu reaksi yang melibatkan akseptor elektron, menetapkan mode metabolisme.

Ketika sebuah situs mengandung lebih dari satu akseptor elektron potensial, situs yang

berfungsi sebagai akseptor ditentukan oleh hasil energi potensial dari reaksi..

76
Bioteknologi Lingkungan
Mikroorganisme memiliki bawaan (alami) kemampuan untuk memilih jenis reaksi redoks

itu akan menghasilkan energi terbesar. Jadijumlah energi bebas yang dapat diperoleh

mikroorganisme dari penggabungan reaksi oksidasi dengan reaksi reduksi potensial

menetapkan akseptor elektron yang disukai. Energi bebas ini ditentukan oleh

termodinamika sistem kimia.

Jumlah energi bebas dari suatu reaksi tergantung pada Energi bebas Gibbs untuk substrat

dan produk. Hubungan tersebut diberikan oleh

GHAI = GOP (produk) - GOS (substrat)

dimana GHAI adalah kenaikan energi bebas untuk reaksi dalam kondisi standar (25 °C dan 1

atm). Untuk sistem berair, kondisi standar semua zat terlarut adalah aktivitas 1 mol/kg.

Konsep yang berguna untuk reaksi redoks berbasis larutan adalah aktivitas elektron

(pe). Aktivitas listrikpe adalah ukuran ketersediaan elektron dalam banyak cara yang sama

bahwa pH mengukur ketersediaan proton. Aktivitas elektron berhubungan dengan energi

bebas Gibbs dengan

pE = -∆GHAI nRT

dimana R = konstanta gas; T = suhu mutlak; n = jumlah elektron yang terlibat dalam
reaksi bagian oksidasi akan mensuplai elektron ke akseptor elektron yang terletak
paling jauh di sebelah kanan bagian reduksi. Karena itu,jika molekul oksigen hadir, NS
akseptor elektron akan menjadi O2. Jika molekuloksigen tidak tersedia, tingkat
berturut-turut akseptor elektron adalah TIDAK3, senyawa organik, SO2 dan CO2.
Konsep termodinamika ini menetapkan urutan reaksi kimia yang menghasilkan
suksesi ekologis mikroorganisme karena setiap akseptor menjadi habis.Untuk
substrat organik dengan adanya oksigen, heterotrof aerobik akan menjadi komunitas
mikroba aktif pertama. Saat oksigen habis, suksesi ini diikuti oleh denitrifier, reduksi
sulfat, dan metanogen. Bioremediasi harus meningkatkan dan bekerja dengan suksesi
ekologis ini jika memungkinkan. Untuk degradasi beberapa senyawa berbahaya,
'modus metabolisme tertentu diperlukan. Mengontrol metabolisme

77
Bioteknologi Lingkungan
mode adalah salah satu prinsip kunci keberhasilan bioremediasi. Ini sebagian dicapai dengan

kontrol akseptor elektron yang tersedia.

Besarnya energi bebas yang dapat diperoleh mikroorganisme dari

reaksi redoks berbanding lurus dengan aktivitas listrik (pE) sistem redoks.

Perbandingan potensial setengah reaksi reduksi dan oksidasi untuk reaksi yang dimediasi

mikroba disajikan pada Gambar 5.1. Bagian atas Gambar 5.1 menyajikan setengah reaksi

reduksi. Setengah bagian bawah menyajikan setengah reaksi oksidasi. Reaksi oksidasi-

reduksi yang lengkap menghasilkan penggabungan dua setengah reaksi. Panah pada

Gambar 5.1 menunjukkan arah reaksi yang menguntungkan dan dasar panah

menunjukkan potensi setengah reaksi. Semakin besar perubahan pE (yaitu, semakin besar

pemisahan horizontal basa panah oksidasi dan reduksi), semakin besar energi bebas

reaksi.

5.4. Aktivitas Enzim

NS reaksi redoks mikroba dimotivasi oleh katalis ditelepon enzim. Enzim

adalahprotein organik kompleks dihasilkan oleh sel mikroba. Katalis
meningkatkan kecepatan reaksi keseluruhan dan merupakan reaktan dan produk
reaksi. Katalis memiliki hal-hal berikut:properti:

• Mereka efektif dalam jumlah yang sangat kecil.

• Mereka tidak berubah dalam reaksi.

• Mereka tidak mengubah kesetimbangan reaksi kimia.

• Mereka biasanya sangat spesifik dalam kemampuannya untuk mempercepat reaksi kimia.

Untuk mikroorganisme untuk mendapatkan energi, senyawa tersebut harus

melewati membran sel mikroorganisme sehingga sistem transpor elektron organisme

dapat digunakan untuk penyimpanan energi. Beberapa senyawa berbahaya terlalu besar

untuk melewati membran sel, dan beberapa yang bermuatan tinggi ditolak. jikasenyawa

terlalu besartetapi masih ada potensi perolehan energi bersih, mikroorganisme akan

menghasilkaneksoenzim. eksoenzimdisekresikan melalui dinding sel untuk melakukan

pencernaan ekstraseluler. Produksi eksoenzim dipicu oleh produk hidrolitik dari

78
Bioteknologi Lingkungan
substrat makromolekul. Produk hidrolitik ini dapat dimulai dengan reaksi abiotik atau

melalui kometabolisme. Meskipun reaksi terhidrolisis terjadi tanpa mikroorganisme, enzim

secara signifikan meningkatkan laju reaksi ini. Karena eksoenzim diproduksi pada tingkat

yang rendah, senyawa makromolekul memerlukan periode aklimatisasi yang lebih lama

dan terdegradasi pada tingkat yang lambat.

Produksi enzim dapat dihambat oleh represi katabolik. Represi katabolik terjadi
ketikametabolit dari degradasi menghambat produksi enzim atau menghambat laju
reaksi keseluruhan dengan mempertahankan kompleksnya dengan enzim. Ini telah
dilaporkan di kedua laboratorium dan studi lapangan percontohan untuk
dehalogenasi aerobik senyawa alifatik terhalogenasi. Jenis represi lainnya (inhibisi
kompetitif) terjadi ketika sumber energi organik yang lebih cocok atau sangat
dimetabolisme menjadi tersedia.

NS potensi represi enzim harus dipertimbangkan dengan mengoperasikan sistem

bioremediasi. Contohnya adalah efek daritrikloroetilen, metabolit yang terbentuk selama

dehalogenasi struktur terklorinasi yang lebih tinggi. Sebuah mekanisme harus operasional

untukmengurangi penumpukan metabolit. Hal ini dapat dilakukan dengan mikroorganisme lain

yang mendegradasi metabolit atau dengan laju fluks air yang mempertahankan abatas

konsentrasi metabolit.

Reaksi biotik (dimediasi biologis) akan terjadi secara alami karena keadaan
kesetimbangan termodinamika reaksi. Reaksi non-biologis ini disebut reaksi abiotik.
Contoh penting untuk bioremediasi adalah jalur transformasi untuk senyawa alifatik
terhalogenasi seperti 1,1,1-trikloroetana. Yang lain adalah inisialpenggabungan
oksigen (tanpa adanya oksigen molekuler) ke dalam struktur senyawa aromatik tak
teroksigenasi dalam kondisi anaerobik. Tanpa langkah ini, senyawa aromatik tidak
teroksigenasi tidak dapat terdegradasi dalam kondisi anaerobik.

Dalam kondisi non-biologis, reaksi ini dapat berlangsung waktu tidak terbatas mencapai

keseimbangan. Dengan demikian terjadi degradasi kimia yang tidak signifikanselama bertahun-

tahun. Namun, enzim mempercepat reaksi ini, menghasilkan degradasi yang cepat dari banyak

kontaminan berbahaya. Enzim tidak mengubah energi bebas dari reaksi ini tetapi mempengaruhi

laju reaksi dengan menurunkan energi aktivasi untuk reaksi.

79
Bioteknologi Lingkungan
Gambar 5.1 Potensi setengah reaksi reduksi dan oksidasi untuk beberapa mikroba

reaksi redoks yang diperantarai. Basis panah sejajar dengan potensi setengah reaksi.

Enzim biasanya sangat spesifik dalam kemampuannya untuk energi aktivasi

lebih rendah dari reaksi oksidasi-reduksi. Ada beberapa pengecualian seperti enzim
monooksigenase metanotrof dan enzim ekstraseluler (ligninase) dariP.

80
Bioteknologi Lingkungan
chrysoporiuna. Enzim juga mungkin memerlukan kofaktor. Sebuah kofaktor adalah
senyawa non protein yang bergabung dengan protein tidak aktif untuk memberikan

kompleks katalitik aktif. Kompleks ini sering disebut sebagai enzim. Kofaktor ini mungkin

ion logam yang meliputi:Fe2+ atau Fe3+, Co2+, Cu2+, Mg2+, M N2+, Ca2+, dan Zn2+. Selain logam

mereka termasuk senyawa organik. Satu umumkofaktor organik adalah koenzim A.

NS persyaratan pertama untuk merancang sistem bioremediasi adalah

pengetahuan yangenzim ada yang dapat mendegradasi senyawa target. NSpersyaratan

kedua sedang mengalami pembangkit enzim, mikroorganisme yang dibutuhkan, hadir di

daerah kontaminasi.Ketiga, NS mikroorganisme harus diinduksi untuk menghasilkan

enzim. Induksi adalah sumber energi dan karbon yang tersedia. Produksi enzim dipicu

oleh sumber penghasil energi ini, yang mungkin atau mungkin bukan senyawa berbahaya

(senyawa target). Ingatlah bahwa senyawa target bukanlah sumber energi atau

penginduksi enzim dengan kometabolisme.

5.5. Mikrobiologi Bioremediasi

5.5.1. Divisi Mikroba

Struktur tumbuhan, mamalia, dan bakteri mungkin tampak memiliki sedikit

kesamaan, tetapi dunia kehidupan menghasilkan kesatuan mendasar. Sel memiliki tiga

fitur dasar yang umum untuk semua sistem biologis. Pertama adalah komposisi kimia

yang umum, seperti yang ditunjukkan oleh adanya tiga jenis makromolekul kompleks:

Tabel 5.6 Pembelahan Mikroba Menurut Jenis Sel

Sel prokariotik Sel eukariotik

Bakteri Tanaman

Bakteri biru-hijau Hewan

atau cyanobacteria Crustacea Rotifera Protozoa

jamur Kebanyakan alga

81
Bioteknologi Lingkungan
 Asam deoksiribonukleat membawa informasi genetik yang diterjemahkan, melalui

perantara RNA, ke dalam sintesis protein. Pola spesifik sintesis protein menentukan sifat

kotor organisme.Protein juga berfungsi sebagai katalisatau enzim yang bertanggung

jawab atas ciri umum kedua, metabolisme. Akhirnya, organisme memiliki struktur fisik

yang sama, yang terdiri dari subunit yang dikenal sebagai sel.

NS dua komponen utama sel terdiri dari inti dan sitoplasma. nukleusmengandung

informasi genetik, DNA, dan karenanya berfungsi sebagai pusat informasi untuk sintesis

seluler. Sitoplasma mengelilingi nukleus danmengandung sebagian besar RNA dan protein

sel. Ini dipisahkan dari lingkungan eksternal oleh membran sel yang terdiri dari protein

dan lipid.Semua bahan harus melewati membran sel untuk masuk ke dalam sel. membran

adalahsemipermeabel; hanya itu sajamemungkinkan lewatnya beberapa zat ke dalam sel

dan mengecualikan yang lain. Jugamemungkinkan keluarnya produk limbah dari

metabolisme seluler. Pada banyak mikroorganisme, membran sel adalah satu-satunya

struktur pembatas.

NS organisme paling sederhana, seperti bakteri, protozoa, beberapa alga, dan

beberapa jamur, adalah uniseluler. Lebihorganisme kompleks adalah multiseluler. Dalam

keadaan matang mereka terdiri dari banyak sel, melekat secara permanen satu sama lain

dengan cara yang khas, yang menentukan bentuk eksternal organisme. Banyak bakteri dan

alga bersifat multiseluler, tetapi mengandung jumlah sel yang relatif kecil.

Dikenal dua macam sel, yaitu sel prokariotik dan sel eukariotik. Organisme
telah dibagi berdasarkan perbedaan struktural dari kedua jenis sel ini (Tabel 5.6).
Bakteri dan ganggang biru-hijau adalah prokariotik. Semua organisme lain adalah
eukariotik. Ganggang biru-hijau juga disebut sebagai bakteri biru-hijau dan
cyanobacteria.

NS organisme prokariotik (Tabel 5.6) adalah yang paling penting untuk bioremediasi.

Eukariota umumnya belum diakui sebagai organisme pengurai penting kecuali jamur yang

digunakan dalam degradasi lignoselulosa.

NS kelompok terpenting untuk bioremediasi adalah bakteri dan jamur. Bakteri

adalah kelompok organisme prokariotik yang besar dan sangat bervariasi. Lebih mudah

untuk mengenalitiga subkelompok utama diantara mereka, eubakteri, mikobakteri, dan

82
Bioteknologi Lingkungan
spirochetes. Semua dapat memperoleh energi melalui proses kemoheterotrofik.

Eubacteria, mycobacteria, dan spirochetes dibedakan oleh perbedaan dalam cara

pergerakan dan struktur dinding sel.Eubacteria dan mikobakteri telah diidentifikasi

sebagai mikroorganisme aktif dalam bioremediasi. NSeubacteria sering dilaporkan

sebagai kelompok umum untuk banyak situs. dominan = dominan.

Banyak mikobakteri adalah penghuni tanah, meskipun beberapa ditemukan di air.

Mereka penting dalampemecahan polisakarida kompleks. Spirochetes adalah organisme

uniseluler dengan bentuk yang khas. Panjang sel jauh lebih besar dari lebarnya dan

berbentuk helikoidal. Filamen longitudinal dililit secara spiral di sekitar sel. Spirochetes

adalah chemoheterotrophs dan sebagian besar anaerobik. Mereka ditemukan di perairan

anaerobik dan lumpur.

Eubacteria. Eubacteria adalahorganisme uniseluler, kalikan dengan pembelahan

biner transversal, dan merupakan kelompok terbesar dan paling beragam. Signifikansi

mereka untuk teknik lingkungan memerlukan pertimbangan, tetapi mikrobiologi mereka

tidak dapat dibahas secara memadai dalam beberapa halaman. Berikut ini menjelaskan

sifat umum mereka.

Eubacteria memiliki tiga bentuk sel utama: kokus, dengan bulat atau sel bulat telur;

batang, dengan berbentuk silinder sel; dan spirilla, dengan sel heliks. Karena pembelahan sel

selalu terjadi pada sudut kanan terhadap sumbu panjang sel, satu-satunya jenis agregat yang

mungkin dalam sel berbentuk batang dan heliks adalah rantai sel. Pembentukan rantai biasa

terjadi.

Pada kokus, pembelahan sel terjadi pada bidang yang sama, menghasilkan rantai sel. Pada

beberapa kokus, pembelahan berturut-turut terjadi dalam dua bidang dan tegak lurus satu sama lain

untuk menghasilkan tetrad empat sel.

NS struktur luar bakteri mungkin terdiri dari kapsul atau lapisan lendir. Kapsul ini

mungkin memiliki ketebalan 100 hingga 300A. Ini terdiri dari polisakarida tunggal atau

polipeptida, yang dapat melindungi bakteri dari menelan oleh berbagai protozoa. Kapsul

memiliki arti penting yang signifikan bagi para insinyur lingkungan, karena kemampuan bakteri

untuk membentuk flok agar-agar bergantung pada polimer alami ini. Pembentukan flok

pengendapan yang baik diperlukan untuk menghilangkan bakteri dari limbah biologis

83
Bioteknologi Lingkungan
reaktor pengobatan. Produksi polimer ini merupakan fungsi dari nutrisi yang tersedia dan

tahap pertumbuhan organisme.

Dinding sel secara kimiawi sangat kompleks dan bertanggung jawab atas
bentuk sel. Membran sel bakteri mengatur masuknya nutrisi ke dalam sel dan
berperan penting dalam metabolisme dan biosintesis. Membran adalah tempat
berbagai aktivitas enzimatik.

Ukuran sel individu berkisar dari sekitar 0,3 hingga 3,0 m. Bakteri berbentuk batang rata-

rata memiliki lebar 0,5 hingga 1,0 m hingga panjang 1,5 hingga 3,0 m. Bola rata-rata berdiameter 0,5

hingga 1,0 m.

Sel bakteri sering motil. Alat gerak mereka dihasilkan dari embel-embel
yang disebut flagel. Flagela didistribusikan di atas permukaan sel dengan cara
yang khas. Mereka mungkin terbatas pada satu atau kedua ujung sel (flagel polar).

Beberapa bakteri mengandung endospora. Hasil spora bakteriketika sel menemukan

diri mereka dalam lingkungan yang merugikan perlahan-lahan berubah. Spora berkembang

ketika nukleus dikelilingi oleh lapisan polisakarida yang sangat keras. Spora dapat bertahan

dalam kondisi ekstrim, baik kimia maupun fisik.Beberapa endospora dapat berkecambah

bahkan setelah beberapa jam direndam dalam air mendidih. Hanya satu spora yang terbentuk

dalam sel. Itu mungkin terletak di tengah atau menuju salah satu ujung sel. Spora dapat

memiliki diameter lebih besar dari sel, yang memberikan bentuk gelendong atau raket pada

organisme.

jamur. jamur tersebut adalahheterotrofik dan telah mengembangkan organisasi biologis

yang sangat khas. Tanah adalah habitat mereka yang paling umum, tetapi banyak jamur primitif

kelompok adalah akuatik. Banyak spesies dapat tumbuh pada kisaran pH yang luas. Beberapa aktif

pada nilai pH serendah 2 dan lainnya pada nilai pH setinggi 10. Sebagian besar jamur terdiri dari

filamen sel panjang dan halus yang disebut hifa, yang bersama-sama membentuk miselium.

Miselium terdiri dari massa sitoplasma berinti banyak yang tertutup dalam sistem tabung yang kaku

dan banyak bercabang.

84
Bioteknologi Lingkungan
 Fungi diklasifikasikan menurut cara perkembangbiakannya. Kelas-kelasnya adalah

Phycomycetes, Ascomycetes, Fungi Imperfecti, Basidiomycetes. Kebanyakan jamur dapat

ditempatkan di tiga kelas pertama. akuatikPhycomycetes terjadi pada permukaan bahan

tumbuhan atau hewan yang membusuk dan di sungai. PPhycomycetes adalah kelompok

terbesar dari jamur air tawar. Namun, pentingnya jamur dalam ekosistem tidak dipahami.

Mereka tidak memiliki struktur miselium yang khas. Struktur vegetatif dewasa terdiri dari

kantung berdiameter sekitar 100 ~ Lm yang ditambatkan ke substrat padat oleh benang

bercabang halus yang dikenal sebagai rizoid. AkuatikPhycomycetes adalah kelompok yang

sangat bervariasi sehubungan dengan mekanisme reproduksi. Beberapa terestrial

Phycomycetes berperan dalam degradasi senyawa organik dalam kompos.

NS Ascomycetes dan Basidiomycetes adalah bentuk jamur yang lebih tinggi. NS

Ascomycetes sering terlihat pada buah dan roti yang membusuk. NSBasidiomycetes ditemukan

pada pohon yang membusuk dan termasuk jamur. Jamur ini memiliki sedikit arti penting di

lingkungan perairan tetapi sangat aktif di tanah yang mengandung sumber energi organik.

BeberapaBasidiomycetes efektif dalam degradasi bahan kimia berbahaya.

Sebagian besar jamur termasuk dalam kelas jamur tidak sempurna. Jamur ini menghasilkan

spora hanya secara aseksual. Miselium bersepta dan spora aseksual terdapat pada struktur khusus

yang dikenal sebagai konidiofor (Alexander, 1977). Kelas jamur ini mungkin yang paling mungkin

untuk dibudidayakan pada media agar selama studi laboratorium.

5.5.2. Organisme Bioremediasi

Tidak mungkin bahwa satu organisme tertentu penting untuk keberhasilan pembersihan

situs yang terkontaminasi karena lingkungan yang sangat kompleks yang ada di situs ini. Studi

laboratorium dan karakterisasi mikroba dari proyek percontohan dan bioremediasi lapangan telah

mengidentifikasi banyak mikroorganisme yang bertanggung jawab atas degradasi bahan kimia

berbahaya. Ada beberapa kelompok penting yang memerlukan perhatian khusus. Namun, tidak

mungkin bahwa satu, dua, atau tiga mikroorganisme tertentu menghasilkan bioremediasi yang

sukses. Untuk sebagian besar proyekkeragaman mikroorganisme yang tinggi harus ada untuk

keberhasilan bioremediasi, dan identifikasi khusus mereka tidak penting.

85
Bioteknologi Lingkungan
Tabel 5.7 Mikroorganisme Tambahan yang Ditemukan Aktif di Tanah Terkontaminasi dan/atau Air

Tanah Pembersihan

Achromobncter xvloxidans Acinetobacter sp. Alealigenes denitrifricans Berijerinckia sp.

Desulfomonile terikatjei Flaaobacterium sp. Hyphomicrobium sp. Inonotus circinatus
Methanosareina mazei Metlzanosarcina sp. Lethanobacteriaceae Mycobacterium sp.
Mycobacterium raccae Nitrosomonas eurupaca Nocardia corallina Phanerochaete laeois
Phanerochaete sanguinea Phanerochaete filamentosa Phanerochaete ehrysorhita
Pseudomonas aeruginosa Pseudornonas sp. Pseudomonns stutzeri Pseudomonas
uesicularis Pseudomonos mendocina Pseudomonas paucimobilis Serratia marcescens
Trametes hirsuta Xanthobacter auiotrophicus

Sumber: Air Hujan, 1991; Lamar, 1990.

Konsorsium mikroba. Dunia dipenuhi dengan keragaman ketika mempertimbangkan

jenis mikroorganisme dan keanekaragaman sumber energinya. Keragaman ini

memungkinkan untuk memecah ribuan bahan kimia organik yang berbeda. Namun, itu

juga menghasilkan kebutuhan mikroorganisme yang rumit dan luar biasa beragam.

Mikroorganisme menerapkan reaksi oksidasi dan reduksi dalam berbagai mekanisme

khusus yang sering spesifik untuk suatu organisme atau kelompok organisme. Fakta ini

mengarah pada perlunya keanekaragaman mikroba ketika mendegradasi senyawa

organik kompleks atau melakukan bioremediasi pada situs yang terkontaminasi senyawa

organik campuran.

Mikroorganisme secara terpisah tidak dapat memineralisasi sebagian besar senyawa

berbahaya. Mineralisasi lengkap dihasilkan dari konsorsium mikroorganisme.Urutan degradasi

terjadi di mana organisme kedua mendegradasi produk metabolisme organisme pertama, dan

organisme ketiga, dst., untuk menghasilkan mineralisasi lengkap senyawa organik. Konsorsium

mikroba campuran juga diperlukan untuk sinergisme mikroba dan metabolisme bersama. Kedua

prinsip tersebut sangat penting untuk mineralisasi beberapa bahan kimia berbahaya. Beberapa

contoh dibahas di bawah ini.

86
Bioteknologi Lingkungan
 Dalam beberapa kasus, konsorsium campuran mikroorganisme dapat mencapai lebih dari

jumlah individu masing-masing mikroorganisme. Kepala sekolah ini disebutsinergisme. Salah satu

anggota komunitas mikroba mungkin tidak dapat mensintesis persyaratan tertentu untuk reaksi

tetapi akan mendegradasi senyawa ketika organisme kedua mensintesis komponen yang

dibutuhkan. Ini diilustrasikan oleh karya Jensen (1957) menggunakanorganisme tanah untuk

mendegradasi asam trikloroasetat (Gambar 5.2). Organisme tanah yang tidak dikenal dapat

mendehalogenasi asam trikloroasetat. Organisme ini, bagaimanapun, tidak dapat melakukan

dehalogenasi ini ketika organisme kedua,Streptomyces sp., tidak hadir. NSStreptomyces

menghasilkan vitamin spesifik yang diperlukan untuk organisme tak dikenal yang tampaknya

bertindak sebagai koenzim. Secara individu, asam triklorasetat juga tidak dapat dideklorinasi, tetapi

sebagai konsorsium yang mampu melakukan dehalogenasi.

Gambar 5.2 Sinergisme-sintesis mikroba dari komponen yang diperlukan untuk sesaat

organisme untuk menengahi transformasi. (Jensen, 1957, Slater, 1984.)

Contoh lain diilustrasikan oleh karya Stirling (1976). Sebuah konsorsium

dua organisme dapat mengoksidasi sikloheksana. Namun, pertumbuhan tidak terjadi ketika

satu organisme tidak ada. Meskipun faktor yang tidak diketahui belum diisolasi, satu

organisme menghasilkan komponen yang diperlukan untuk yang kedua untuk melakukan

oksidasi sikloheksana. Studi serupa juga telah dilaporkan pada hubungan mikroba untuk

pemecahan heksadekana.

87
Bioteknologi Lingkungan
 Mikroorganisme menghasilkan metabolit yang dapat menghambat atau menghambat

pertumbuhan organisme lain. Mempertahankan reaksi enzim tergantung pada aktivitas organisme kedua

untuk menghilangkan senyawa yang dikeluarkan oleh organisme pertama. Prinsip ini telah dikenal selama

bertahun-tahun dalam pengoperasian digester anaerobik.

Di dalam pencernaan anaerobik, senyawa organik kompleks terdegradasi

menjadi asam volatil oleh bakteri hidrolitik-fermentasi. Kelompok bakteri kedua,H2
-menghasilkan acetogen, harus ada untuk menghilangkan asam volatil sehingga pH
netral dipertahankan. Organisme ini menghasilkan gas hidrogen. Akumulasi hidrogen
membuat reaksi degradasi keseluruhan secara termodinamika tidak menguntungkan.
Kelompok organisme ketiga,metanogen, harus aktif bersama organisme lain untuk
menghilangkan hidrogen. Metanogen memperoleh energi dari oksidasi hidrogen,
menggunakan karbon dioksida sebagai akseptor elektron untuk menghasilkan
metana. Selanjutnya, metanogen membutuhkan penghilangan asam volatil oleh
asetogen untuk mengoksidasi hidrogen. Konsorsium ini diilustrasikan pada Gambar
5.3. Prinsip ini penting untuk degradasi berbagai senyawa aromatik. Misalnya,
fermentasi metanogenik benzoat, tanpa nitrat dan sulfat, dilakukan oleh komunitas
mikroba campuran tersebut.

Interaksi lain yang mendukung perlunya kultur campuran telah ditunjukkan

selama studi tentang degradasi 1,2-dikloroetana (DCE). Xanthobacter autotrophiccs

mampu menggunakan DCE sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi. Namun,

dengan tidak adanya biotin, senyawa beracun terakumulasi dari degradasi DCE,

memperlambat pertumbuhan pada DCE. Keberadaan Pseudomonas sp. menghasilkan

pemulihan degradasi DCE oleh X. autotrophius (van der Wiyngaard, 1993).

Sinergisme juga penting dalam meningkatkan tingkat keseluruhan degradasi

hidrokarbon dalam budaya campuran. Fenomena ini telah didokumentasikan untuk degradasi

bifenil poliklorinasi. Peningkatan laju degradasi mungkin merupakan hasilnya. serangan

metabolik gabungan di situs yang berbeda pada kontaminan organik, meningkatkan tingkat

degradasi secara keseluruhan.

88
Bioteknologi Lingkungan
Gambar 5.3 Konsorsium mikroba bertanggung jawab atas aktivitas metabolisme yang seimbang n

digester anaerobik.

Ada jalur degradasi lain yang diketahui yang menggambarkan pentingnya

mikroorganisme mengubah termodinamika reaksi. Interaksi Lethanospirillum
diperlukan untuk satu jalur dalam oksidasi benzoat. Satu-satunya substrat organisme
ini adalah format, gas hidrogen, dan karbon dioksida. Tindakannya pada hidrogen
mengurangi tekanan parsial gas, membuat oksidasi benzoat secara termodinamika
menguntungkan bagi organisme lain (Tiedje dan Stevens, 1987).

Aktivitas metabolisme sinergis diilustrasikan oleh degradasi Diazinon (Odiethyl 0-(6-

methyl-241-methyl ethyl) 4-pyrimidinyl phosphorothioate) dalam tanah (Gunner dan Zuckerman,

1968). Dua mikroorganisme diperlukan untuk degradasi insektisida ini. Secara individual, tidak satu

pun dari kedua organisme dapat tumbuh di Diazinon sebagai satu-satunya sumber karbon, tetapi

mereka dapat tumbuh sebagai komunitas mikroba.

Hubungan antara mikroorganisme terkadang sangat penting sehingga

asosiasi yang digabungkan telah dipanggil "jaring mikroba". Asosiasi ini telah
menghasilkan klasifikasi yang salah dari dua organisme sebagai spesies tunggal. Tiga
mikroorganisme telah dilaporkan untuk satu metode degradasi 3-chlorobenzoate

89
Bioteknologi Lingkungan
(Tiedje dan Stevens, 1987). Konsorsium terdiri dari bakteri deklorinasi yang ditunjuk

sebagai:Desulfomonile terikatjei. Strain ini adalah bakteri anaerob yang melakukan

deklorinasi reduktif. Namun, itu tidak tumbuh pada benzoat atau klorobenzoat. Strain

kedua adalah oksidator benzoat yang ditunjuk strain BZ-2. Benzoat adalah satu-satunya

substrat yang diketahui mendukung pertumbuhannya. Strain ketiga adalah metanogen,

Methanospirillum, strain yang ditunjuk PM-1. Konsorsium ketiga organisme ini akan

mendegradasi 3-klorobenzoat, menghasilkan metana, asetat, dan klorida. Di bawah

pemeriksaan mikroskopis, bakteri pengoksidasi benzoat terlihat menempel pada D. tiejei.

Kontak intim ini dapat memfasilitasi transfer beberapa zat antara dalam mineralisasi 3-

klorobenzoat. Interaksi konsorsium ini adalah sebagai berikut (Gambar 5.4):

Gambar 5.4 Konsorsium mikroorganisme: jaring mikroba untuk degradasi

senyawa aromatik terklorinasi. (Tiedje, 1987)

1. Desulfomonile terikatjei adalah organisme yang mampu mendeklorinasi klorobenzoat.

Karbon dioksida adalah sumber utama karbon bagi organisme ini.

2. BZ-2 adalah strain yang bertanggung jawab untuk oksidasi benzoat, tetapi reaksi yang dikatalisis tidak
berjalan karena situasi termodinamika yang tidak menguntungkan.

90
Bioteknologi Lingkungan
3. Strain PM-1 hanya menggunakan format atau gas hidrogen untuk substratnya. Dengan
mengurangi tekanan parsial gas hidrogen, organisme ini secara termodinamika menguntungkan
bagi BZ-2 untuk melakukan oksidasi benzoat.

Keragaman mikroba untuk bioremediasi tidak dapat ditekankan dengan cukup

kuat. Komunitas mikroba campuran diperlukan untuk bioremediasi kontaminan organik

campuran, dan seringkali satu-satunya metode untuk mineralisasi senyawa berbahaya

tertentu. Probabilitas keberhasilan bioremediasi meningkat secara dramatis dengan

memiliki keragaman mikroba.

Organisme yang mendominasi. Seperti dibahas di atas, tidak ada satu spesies yang

bertanggung jawab untuk bioremediasi situs yang terkontaminasi. Senyawa berbahaya

menghasilkan pemilihanpopulasi mikroba campuran dengan peningkatan kemampuan untuk

mentolerir dan mengekstrak energi dari kontaminan. Identifikasi populasi yang signifikan secara

konsisten menemukan beberapa sebagai peserta aktif dalam konsorsium mikroba seperti yang

ditunjukkan pada Tabel 5.8.

Tabel 5.8 Mikroorganisme Bioremediasi yang Sering Diidentifikasi Sebagai

Anggota Aktif Konsorsium Mikroba

Diidentifikasi dalam sistem tanah dan air tanah:

Alcaligenes denitrifieans Arthrobacter globi membentuk Arthrobacter sp. Bacillus

megaterium Bacillus sp.

Berijerinckia sp. Flauobacterium sp. Methanobacteriaceae* Nlycobacterium sp.

Mvcobacterium uaccae Nitrosomonas eurupaca Nocardia corallina Nocardia
erythropolis

* Genera belum diidentifikasi dalam operasi lapangan.

Nocardia sp. Pseudomonas aerugtosa Pseudomonas cepacia Pseudomonas Fluoreseen

Pseudomonas glatheri Pseudomonas mendoeina Pseudomonas methanic Pseudomonas

91
Bioteknologi Lingkungan
paucimobilis Pseudomonas putida Pseudomonas sp. Pseudomonas testosteron
Pseudomonas vesicularis

Kelompok yang ditemukan dengan frekuensi tertinggi terdiri dari genus Pseudomonas.

pseudomonas dapat mendegradasi banyak bahan kimia. Ini termasuk kresol, benzena sulfonat,

ftalat, furan, benzoat, dan anthranilat.Pseudomonas vesicularie dapat menggunakan fluorene

sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi (Grifoll, 1992).Pseudomonas paucimobilis

dapat menurunkan fluoranthene.

genus pseudomonas terdiri dari organisme kemoheterotrofik aerob gram negatif. Sekitar 30

spesies dikenali, dan merekamikroba tanah dan air yang umum. Setiap spesies diketahui mampu

memanfaatkan 60 hingga 100 senyawa organik yang berbeda sebagai satu-satunya energi dan

sumber karbon (Stanier, 1986). Oleh karena itu, tidak mengherankan jika mereka ditemukan sebagai

kelompok dominan di tanah dan air tanah yang terkontaminasi.

Kelompok lain yang mendominasi adalah bakteri miselium, Actinomycetes, Nocardia

dan Mycobacterium adalah representasi khas. Nocardia mampu mengoksidasi banyak

hidrokarbon aromatik. genusMycobacterium ditemukan di lingkungan yang mengandung

hidrokarbon alifatik dan aromatik. Mycobacterium adalah organisme tanah yang umum.

Alycobacterium sp. mampu mendegradasi n-butana, 2-butanon, naftalena, 3- naftalena,

fenantrena, fluoroanten, pirena, 3metilkolantrena, 1,-nitropyrene, dan 6-nitrochrysene. Dalam

budaya murni,Mycobacterium sp. pyrene termineralisasi melalui kometabolisme(Heitkemp,

1988). Actinomycetes juga telah didemonstrasikan untukmengubah p-nitrofenol,

menggunakannya sebagai satu-satunya sumber karbon dan nitrogen (Herman, 1993).

Metanogen. Kelompok bakteri yang dikenal sebagai metanogen sangat signifikan

bioremediasi karena hubungan ekologis mereka dalam konsorsium

bioremediasi. Produk degradasi dari fermentasi sering diubah dengan adanya
metanogen. Organisme ini memungkinkan reaksi tertentu dengan
menyediakan lingkungan termodinamika yang lebih baik. Beberapa senyawa
tidak dapat dideklorinasi kecuali ada aktivitas metanogenik.

92
Bioteknologi Lingkungan
 Bakteri penghasil metana ini menggunakan hidrogen sebagai sumber energi dan karbon

dioksida sebagai akseptor elektron. Mereka adalah anaerob yang ketat dan bertanggung jawab atas

pembentukan metana yang signifikan di biosfer. Senyawa organik seperti asam asetat, asam format,

dan asam butirat merangsang pertumbuhannya: Asetat dan format dapat digunakan oleh bakteri

metanogenik sebagai sumber karbon. NSmetanogen menghasilkan metanaseperti yang

ditunjukkan:

CH3COOH → CH4 + CO2

BERSAMA2 + 4H2 → CH4 + 2H2HAI

NS hidrogen metanogenesis adalah reaksi yang lebih cepat daripada metanogenesis

asetat. Selain menggabungkan oksidasi hidrogen dengan reduksi karbon dioksida, mereka

dapat menggunakan unsur belerang sebagai akseptor elektron.

Metanotrof. Metanotrof, seperti metanogen, membawa alat khusus

untuk bioremediasi. Organisme ini, dalam kondisi aerobik,mampu mendehalogenasi

senyawa berbahaya. Mereka dapat mengubah berbagai metana, etana, dan etilen

terhalogenasi. Istilah "methanotroph" menunjuk pada bakteri yangmenggunakan metana

untuk karbon dan energi. Metanotrof adalah bakteri prokariotik. Mereka adalah aerob

obligat dan ada sebagai batang, vibrio, dan kokus (Haber, 1983). Namun, banyak yang

tumbuh lebih cepat di bawah tekanan oksigen yang berkurang (Stanier, 1986), dan ada

bukti bahwa hidrogen peroksida dapat menghambat aktivitas metanotrofik (Semprini,

1992). Alkohol juga dilaporkan menghambat metanotrof (Janssen, 1991). Metanotrof ada di

mana-mana dan merupakan anggota penting dari siklus karbon global. Aktivitas

metanotrof tinggi ditemukan di daerah batas antara habitat anaerobik dan zona aerobik.

Metana yang dihasilkan dari dekomposisi anaerobik dari pencampuran bahan organik

dengan oksigen atmosfer memberikan pertumbuhan yang optimal.

Kebanyakan metanotrof adalah obligat metilotrof; yaitu, mereka hanyamenggunakan

ikatan karbonkarbon sebagai energi dan sumber karbon. Banyak yangmampu memanfaatkan

metanol dan formaldehida. Beberapa dapat memanfaatkan lebih luas senyawa organik.

Metilotrof fakultatif dapat tumbuh pada senyawa satu karbon dan multikarbon. Sebagian besar

menggunakan amonia atau nitrat sebagai sumber nitrogennya. Mereka dihambat oleh

beberapa asam amino. Bakteri methylotrophic mampu mengoksidasi berbagai senyawa. Ini

93
Bioteknologi Lingkungan
kemampuan hasil dari kurangnya spesifisitas dari enzim, monooxygenase. Jadi
kometabolisme bertanggung jawab atas dehalogenasi senyawa berbahaya.

5.6. Parameter Kontrol Bioproses

Parameter kontrol dapat diukur dan dimanipulasi oleh operator proses. Dalam banyak

kasus, parameter penting yang sebenarnya tidak dapat diukur dengan mudah dan digunakan

parameter lain yang diketahui bervariasi dalam beberapa hubungan dengan parameter prima.

Misalnya,jumlah enzim hadir adalah dari kunci penting untuk mengoperasikan reaktor biologis.

Untuk sistem pengolahan limbah, cara praktis untuk mengukur enzim penting tidak tersedia.

Namun, jumlah enzim yang ada dalam reaktor terkait dengan massa mikroorganisme. Jadi

berat biomassa hadir dalam volume tertentu cairan digunakan sebagai parameter operasional

untuk reaktor pertumbuhan tersuspensi. Pengukuran ini disebutcampuran minuman keras

padatan tersuspensi yang mudah menguap (MLVSS). Untukbioremediasi senyawa berbahaya,

jumlah mikroba langsung sering digunakan, tetapi ini tidak memadai untuk pengendalian

proses.

Selain jumlah mikroorganisme yang ada, parameter kontrol proses lainnya harus
diukur dan dikontrol untuk optimasi. Kondisi lingkungan yang tepat harus
dipertahankan untuk pertumbuhan organisme, generasi enzim, dan terjadinya reaksi
yang dikatalisis. Persyaratan lingkungan dibahas di bawah ini dan diintegrasikan ke
dalam kontrol proses di bagian yang menangani desain proses.

5.6.1. Persyaratan proses biologis

Tinjauan di atas tentang konsep mikroba memberikan dasar di mana

persyaratan biologis dasar dan oleh karena itu kontrol proses dibangun. Ini
persyaratan biologis dasar adalah:

A. Keberadaan organisme dengankemampuan untuk menurunkan senyawa atau

senyawa target

B. NStidak adanya bahan, atau zat beracun mikroorganisme yang diinginkan

94
Bioteknologi Lingkungan
 C. Keberadaan organismeuntuk mendegradasi produk metabolisme

D. Keberadaan organismeuntuk mencegah penumpukan transit zat antara beracun

e. Keadaan lingkungan yang meminimalkan organisme kompetitif dengan organisme yang

melakukan reaksi yang diinginkan

F. Kehadiran yang dapat dikenalisubstrat yang dapat digunakan untuk energi dan

sumber karbon

G. NSadanya penginduksi menyebabkan sintesis enzim spesifik untuk senyawa

target

H. Kehadiran darisistem donor-akseptor elektron yang sesuai

Saya. Kondisi lingkungan yang memadai untuk reaksi yang dikatalisis secara enzimatik dengan

penekanan padakelembaban dan pH yang memadai

Yang pertama dan paling penting adalah pengetahuan bahwa senyawa target

dapat terurai secara hayati. Pengetahuan tentang mode metabolisme yang diperlukan

untuk degradasi dan sifat mikroorganisme yang bertanggung jawab penting untuk

menetapkan kondisi lingkungan yang diperlukan. Keragaman besar mikroorganisme ada

dan banyak spesies telah didokumentasikan sebagai generator enzim yang cocok untuk

bioremediasi. Mikroorganisme yang diinginkan harus ada dan terletak di dalam zona

transfer membran sel kontaminan. Semakin tersedia dan dekat kontak, seperti

kontaminan terlarut versus teradsorpsi, semakin cepat laju degradasi.

Kontaminasi di sebagian besar situs telah ada untuk waktu yang lama. Tumpahan lama

menyediakan waktu yang cukup untuk perkembangan alami organisme benih yang merespon

energi yang tersedia dari tumpahan. Untuksebagian besar proyek bioremediasi,

mikroorganisme asli sudah memadai. Dalam beberapa kasus,penambahan atau bio-

augmentasi dengan mikroorganisme benih tertentu mungkin terbukti menguntungkan.

Persyaratan khusus untuk biodegradasi dibahas dalam Bab. 4. Thetantangan teknik adalah

untuk mengontrol kondisi lingkungan untuk tingkat degradasi yang dioptimalkan dan

mineralisasi lengkap dari senyawa target.

95
Bioteknologi Lingkungan
Substrat

Mengingat bahwa mikroorganisme yang tepat hadir, pertimbangan utama kedua

adalah ketersediaan substrat untuk energi dan sumber karbon. Mikroorganisme harus

mendapatkan semuakarbon diperlukan untuk pertumbuhan sel dan reproduksi dari

lingkungan. Bahan kimia paling berbahaya adalah terdegradasi oleh chemoheterotrophic

aktivitas. Mikroorganisme golongan ini membutuhkan suatu bentuk senyawa organik sebagai

sumber energi, dan faktor inilah yang menyebabkan kemampuannya untuk mendegradasi

senyawa organik kompleks. Kebutuhan energi ini untuk pertumbuhan dimanfaatkan untuk

keperluan bioremediasi.

Banyak kontaminan organik akan berfungsi sebagai substrat. Namun,untuk beberapa

bahan kimia berbahaya, substrat lain diperlukan. Senyawa yang ditargetkan untuk degradasi

mungkin berada pada konsentrasi di bawah yang diperlukan untuk respons biologis yang baik

untuk bioremediasi. NSpenambahan substrat primer memasok energi tambahan. Ketika

sumber energi dan karbon lain tersedia untuk merangsang pertumbuhan biologis, itu menjadi

substrat utama dansenyawa target yang akan didegradasi adalah substrat sekunder. Substrat

primer dapat berupa senyawa tunggal atau beberapa senyawa. Seringsitus yang

terkontaminasi dengan limbah campuran menyediakan substrat primer dan sekunder.

Ada senyawa berbahaya yang harus didegradasi sebagai substrat sekunder terlepas

dari konsentrasinya. Senyawa ini terdegradasi melalui mekanisme yang disebut sebagai

metabolisme bersama seperti yang dibahas sebelumnya. Dalam beberapa kondisi,senyawa

primer haruslah struktur kimia yang lebih sederhana senyawa target yang lebih kompleks. Ini

substrat primer disebut pengayaan analog. Substrat analogmenginduksi produksi enzim. NS

enzim yang diinduksi bereaksi tanpa pandang bulu dengan senyawa analog dan target.

Contohnya adalah kebutuhan untuknaftalena atau substrat analog lain untuk mencapai tingkat

degradasi yang wajar dari pirena. Studi menunjukkan bahwabeberapa kultur campuran tidak

dapat mendegradasi pyrene dan 1,2 benzantrasena tanpa pengayaan analog.

Jika senyawa target terlalu besar untuk melewati membran sel,eksoenzim

harus diproduksi dan disekresikan untuk memulai degradasi senyawa.

96
Bioteknologi Lingkungan
Namun, jika energi bersih yang akan diperoleh kurang dari yang dibutuhkan untuk menghasilkan

eksoenzim, produksi enzim tidak diinduksi. Jadilangkah induksi enzim tidak terjadi dan seseorang

mengalami bioremediasi yang tidak berhasil kecuali substrat primer ditambahkan.

Akseptor elektron

Semua reaksi biologis yang menghasilkan energi adalah reaksi redoks. Dengan demikian

akseptor elektron yang memadai merupakan parameter penting untuk mengontrol bioremediasi.

Tanpa pasokan atau jenis yang memadai, respons bioremediasi akan gagal. Akseptor elektron yang

penting adalah Oksigen, Nitrat, Sulfat, Karbon dioksida, Senyawa organik.

Jenis akseptor elektron menetapkan mode metabolisme dan oleh karena

itu reaksi degradasi spesifik. Persyaratan mikroba untuk sumber energi dan
akseptor elektron lebih sulit dikendalikan. Sulit untuk mengirimkan persyaratan ini
ke lokasi yang terkontaminasi. Rekayasa sistem pengiriman dan kontrolnya
memberikan lebih banyak tantangan daripada memahami proses biokimia.

5.6.2. Kondisi lingkungan yang diperlukan

Lingkungan harus memadai untuk mendukung kehidupan mikroba dan untuk

berlangsungnya reaksi enzim. Desain teknik harus menyediakan kontrol yang memadai

terhadap kondisi lingkungan selama program bioremediasi lengkap.

Kelembaban. Kadar air sekitar 80 persen kapasitas lapangan, atau tentang 15

persen air berdasarkan berat, telah dilaporkan sebagai optimal untuk bioremediasi tanah (rumput)

(Bahasa Inggris, 1991). Kelembaban yang tidak memadai, kurang dari 40 persen, dilaporkan secara

signifikan mengurangi laju bioremediasi. Kadar air yang lebih tinggi dari50 persentampaknya

diperlukan untuk bioremediasi minyak bumi dan bahan bakar. Kelembaban tanahdi atas 70 persen

menghambat transfer gas untuk oksigen dan secara signifikan mengurangi aktivitas aerobik

(Cookson, 1990).

Kelembaban adalah variabel yang sangat penting relatif terhadap bioremediasi.

Kadar air tanah mempengaruhi ketersediaan kontaminan, NS perpindahan gas, NStingkat

toksisitas kontaminan yang efektif, NS tahap gerakan dan pertumbuhan mikroorganisme,

dan distribusi spesies. Rendah tingkat kelembaban membatasi aktivitas bakterioleh

membatasi pergerakan seluler dan reaksi metabolisme. Keunggulan kompetitif

97
Bioteknologi Lingkungan
antara bakteri dan jamur di tanah berubah secara nyata dengan tingkat kelembaban (Griffin, 1980).

Tingkat kelembaban khas untuk meningkatkan pertumbuhanjamur P. chrysosporium dalam studi

tumpukan tanah lapangan telah 20 persen (Lamar, 1993).

Kelembaban tanah sering diukur sebagai persentase gravimetri. Mengevaluasi

kelembaban dengan metode ini memberikan sedikit informasi tentang ketersediaan

kelembaban pada persentase rendah. Interaksi antara kelembaban dan distribusi ukuran spora

tanah jauh lebih penting daripada pengukuran persen sederhana. Parameter yang lebih baik

untuk mengevaluasi total hisap air atau hisap matrik. Hisap matrik memberikan informasi

tentang ketersediaan kelembaban untuk metabolisme tanaman atau mikroba.

Hisap air total adalah jumlah hisap matrik dan hisap osmotik. Untuk sebagian besar

kondisi, hisap matrik adalah pengukuran yang memadai karena merupakan komponen utama

dari hisap air total. Fenomena kapiler yang menyebabkan air naik dalam tabung kecil

menciptakan penghisapan matrik ini. Semakin kecil tabung atau ukuran pori tanah, semakin

besar ketinggian kenaikan kapiler. Air kapiler ini memiliki tekanan negatif terhadap tekanan

udara. Tanah dengan distribusi ukuran pori yang berbeda akan memiliki persentase

kelembaban yang berbeda secara signifikan pada hisap matrik atau potensial matrik yang

sama. Hubungan antara kadar air tanah dan matrik suction adalah kurva karakteristik tanah-

air. Pada hisapan tanah-air 15 bar (100 kPa = 1 bar = 1 atm), kebanyakan tanaman tidak dapat

mengatasi hisapan ini. Hisap matriks 15 bar juga merupakan titik di mana metabolisme bakteri

dapat diabaikan (Griffin, 1980). Jadi titik layu mungkin sama pentingnya dengan bioremediasi

seperti halnya untuk pertanian.

NS kadar air bawah permukaan dapat dibagi menjadi empat zona. Zona ini
sesuai dengansabuk tanah, sabuk menengah, pinggiran kapiler, dan zona jenuh (
Gambar 5.5). Zona jenuh berada di bawah muka air tanah dan memiliki semua pori-
pori tanah yang ditempati oleh air. Kadar air berdasarkan berat bervariasi dari 40
hingga 55 persen. Zona pinggiran kapiler memiliki kadar air yang relatif stabil dan
tinggi, mendekati saturasi. Ketinggian zona jenuh adalah fungsi dari tanah tertentu.
Distribusi oksigen sebagai gas dan transfer gas lainnya terhambat di zona ini.
Sayangnya, zona ini sering mengandung massa utama kontaminan dengan berat jenis
kurang dari air.

98
Bioteknologi Lingkungan
Gambar 5.5 Karakteristik perpindahan kelembaban dan gas dari zona bawah permukaan.

NS sabuk menengah memiliki kadar air paling stabil. Biasanya memiliki kelembaban

yang cukup untuk bioremediasi, kecuali di iklim yang sangat kering. Sabuk tanah memiliki

kandungan air yang paling bervariasi. Ini adalah fungsi dari iklim, laju infiltrasi, kandungan

organik, laju penguapan, dan serapan tanaman.

pH. PH mempengaruhi kemampuan mikroorganismeuntuk melakukan fungsi seluler,

transportasi membran sel, dan kesetimbangan reaksi yang dikatalisis. Kebanyakan bakteri

tumbuh terbaik di pH netral hingga sedikit basa. Pertumbuhan buruk pada pH 5 atau lebih

rendah. Umumnya, pH harus dijagadekat 7 dan dalam kisaran 4 sampai 10. Untukoksidasi

nitrogen danfermentasi metana kisaran ini terbatas pada pH 6 hingga 8. NSkonversi amonia

menjadi nitrat, nitrifikasi, terbatas pada nilai pH di bawah 6,0 dan berhenti pada pH di bawah

5,0(Lee, 1988). bakteri nitro memiliki pH optimal pertumbuhan dekat 8.0 (Gaudi, 1988).

Hidrokarbon degradasi telah dilaporkan lebih cepat pada nilai pH di atas 7 dibandingkan

dengan nilai 5. jamur menginginkan tingkat pH di bawah netral. Sebagai contoh,Phanerochaete

chrysosporium aktif pada pH 4,5 hingga 5,5 (Dhawale, 1992; Brodkorb, 1992).

Aktivitas metabolisme mikroorganisme menghasilkan asam organik dan

HCl dari dehalogenasi kontaminan organik. Ketika konsentrasi tinggi organik

99
Bioteknologi Lingkungan
senyawa yang ada di tanah atau air tanah dengan alkalinitas rendah, penambahan jeruk nipis atau

alkalinitas lainnya mungkin diperlukan.

Suhu. Suhu memiliki tandapengaruh pada laju bioremediasi. Laju

degradasinya adalahfungsi langsung dari suhu dan mematuhi hubungan yang
awalnya dijelaskan oleh Arrhenius. Logaritma kecepatan reaksi adalah fungsi 1
terhadap suhu, di mana suhu dinyatakan dalam derajat Kelvin.Kenaikan suhu
10 ° kira-kira akan menggandakan kecepatan reaksi.

Paling bakteri menghentikan aktivitas metabolisme pada suhu saja di atas titik beku air.

Setiap mikroorganisme, bagaimanapun, memiliki suhu minimum di bawah mana pertumbuhan

tidak lagi terjadi.Beberapa mikroorganisme memiliki kemampuan untuk beradaptasi dengan

perubahan suhu. Micrococcus clyophilus dapat mengubah fluiditas membrannya dengan

mengubah rasio asam lemak ketika mengalami perubahan suhu (Sontakke, 1988).

Mikroorganisme yang biasa ditemukanefektif dalam bioremediasi melakukan pada rentang

suhu 40 °C hingga level di bawah 10 °C (Gambar 5.6). Bakteri dapat beroperasi pada 0 ° C dan

sedikit di bawah sebagai akibat dari konsentrasi zat terlarut yang telah mengurangi titik beku

air.

Gambar 5.6 Rentang Pertumbuhan Suhu Mikroorganisme Tertentu

100
Bioteknologi Lingkungan
Nutrisi pertumbuhan

Meskipun mikroorganisme memperoleh energi dengan cara metabolisme yang berbeda,

mereka semua memiliki fungsi yang sama: pembangkit energi untuk biosintesis. Biosintesis ini

menghasilkan sejumlah besar kebutuhan nutrisi.Beberapa hanya membutuhkan sinar matahari,

karbon dioksida, air, dan nitrogen anorganik untuk tumbuh. Yang lain tidak dapat mensintesis

semua unit bangunan mereka dan harus dipasok asam amino dan vitamin. Vitamin yang dibutuhkan

disebutfaktor pertumbuhan.

Karbon adalah satu elemen dasar dari semua materi hidup. Ini membentuk

kerangka di mana sebagian besar senyawa yang ditemukan dalam sel dibangun. Sebagai

tambahankarbon, sel terutama terdiri dari unsur-unsur hidrogen, oksigen, dan nitrogen.

Empat unsur kimia inimerupakan sekitar 95 persen berat sel hidup. Dua elemen lainnya,

fosfor dan kalsium berkontribusi tentang 70 persen sisanya. penting lainnyaelemen

biasanya ditemukan di air permukaan, air tanah, tanah, dan lumpur dalam konsentrasi

jejak dibutuhkan oleh kehidupan mikroba.

Mikroorganisme harus mendapatkan semua nutrisi yang diperlukan untuk

pertumbuhan dari lingkungan. Persyaratan mikroba untuk nutrisi kira-kira sama dengan

komposisi selnya. NSstruktur kimia bakteri dapat dinyatakan sebagaiC:H:O:N dengan

hanya minor, tapi penting, jejak atom lain. Karbon biasanya dipasok oleh karbon organik

tetapi dalam beberapa kasus dapat disediakan oleh karbon anorganik seperti karbonat

dan bikarbonat. Hidrogen dan oksigen disediakan oleh airR.Nitrogen, fosfor, dan belerang

disediakan melalui keduanya sumber anorganik dan organik. Desain proyek bioremediasi

yang sukses mempertimbangkan ketersediaan karbon, nitrogen, dan fosfor.Karbon

biasanya disediakan oleh substrat. Nitrogen dan fosfor ditemukan secara alami dalam

tanah dan air tanah, tetapi untuk lokasi yang sangat terkontaminasi, konsentrasinya

mungkin terlalu rendah. Nitrogen dan fosfor yang tersedia di suatu lokasi dibandingkan

dengan kebutuhan mikroba untuk mineralisasi senyawa organik yang tersedia.

Elemen yang tersisa, kalium, mangan, kalsium, besi, kobalt, tembaga, dan seng,

semuanya disediakan dalam bentuk garam anorganik. Ini hadir dalam jumlah yang memadai

101
Bioteknologi Lingkungan
konsentrasi di sebagian besar sistem tanah dan akuifer dan biasanya tidak memerlukan perhatian lebih

lanjut dalam desain proses bioremediasi.

Ketika salah satu dari elemen penting ini tidak ada dalam jumlah yang cukup,

pertumbuhan mikroba terbatas. Kondisi ini dinyatakan olehhukum minimum Liebig.

Konstituen penting yang ada dalamkuantitas terkecil dibandingkan dengan kebutuhan

nutrisi organisme akan menjadi faktor pembatas pertumbuhan. Hukum ini dapat diperluas

untuk mencakup akseptor elektron, suhu, dll.

Menyajikan data laboratorium dan lapangan tentang pentingnya penambahan nutrisi untuk

bioremediasi menghasilkan kesimpulan yang beragam. Banyak penelitian laboratorium

menunjukkan peningkatan yang signifikan pada tingkat degradasi dengan suplemen nutrisi. Data

lapangan sering menunjukkan sedikit efek. Ini bisa menjadi masalah pengiriman dan distribusi

nutrisi yang tidak memadai di lapangan, atau mungkin akibat dari parameter lain yang membatasi

degradasi.Jika tingkat pengiriman oksigen adalah faktor pembatas, siklus nutrisi yang memadai

dapat terjadi untuk mendukung bioremediasi dalam kondisi yang akan membatasi nutrisi dengan

tingkat suplai oksigen yang memadai.

102
Bioteknologi Lingkungan