Kelas B
Jurusan Farmasi
Palu
2019
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur kita ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas berkat dan
rahmat-Nya yang memberi kesempatan kepada penyusun makalah ini, sehingga dapat
tersusun dengan baik sesuai dengan yang diharapkan nantinya.
Makalah ini disusun agar pembaca dapat mengetahui tentang Metabolisme dan
Fisiologi Mikroorganisme, Makalah ini tersusun masih banyak kekurangan dari segi
manapun, oleh sebab itu penyusun mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya
atas bantuan teman-teman yang memberi sumber materi penyusun juga mengucapkan
terima kasih kepada dosen pengajar yang telah banyak memberi kesempatan dalam
penyelesaian makalah ini.
Demikianlah penyusun mengucapkan terima kasih kepada semua yang ikut
berpartisipasi dalam penyusunan makalah ini, semoga makalah ini bermanfaat bagi
kita semua. Amiin.
Penyusun
Kelompok XI Kelas B
DAFTAR ISI
SAMPUL
KATA PENGANTAR
DAFTAR ISI
BAB I PENDAHULUAN
1.3 Tujuan……………………………………………..……………………...
BAB II PEMBAHASAN
III.1 Kesimpulan……………………………..……………………………….
III.2 Saran……………………………………………..……………………...
DAFTAR PUSTAKA
BAB I
PENDAHULUAN
Dalam metabolisme ada dua fase yaitu katabolisme dan anabolisme. Metabolime
ini selalu terjadi dalam sel hidup karena di dalam sel hidup terdapat enzim yang
diperlukan untuk membantu berbagai reaksi kimia yang terjadi. Suatu proses
reaksi kimia yang terjadi dapat menghasilkan energi dan dapat pula memerlukan
energi untuk membantu terjadinya reaksi tersebut.
Metabolisme sangatlah berkaitan erat dengan kerja enzim sebagai substansi yang ada
dalam sel yang jumlahnya amat kecil dan mampu menyebabkan terjadinya perubahan-
perubahan yang berkaitan dengan proses-proses seluler dan kehidupan. Semua aktivitas
metabolisme prosesnya dikatalisis oleh enzim. Jadi kehidupan tidak akan terjadi tanpa
adanya enzim dalam tubuh mahluk hidup.
Berdasarkan telaah pustaka yang telah dilakukan, pada makalah ini akan
dijabarkan mengenai proses metabolisme baik metabolisme primer dan sekunder
yang disusun separasistematis yang memuat penjelasan metabolisme secara
umum, metabolisme primer, metabolit sekunder dan hubungan keduanya
sebagai proses metabolisme serta jalur biosintesis metabolit sekunder yang tersus
un dalam bentuk diagram sehingga diharapkan dari makalah ini, materi tentang
metabolisme dapat dipahami dengan baik.
I.2 Rumusan Masalah
1. Jelaskan metabolisme mikroorganisme ?
2. Jelaskan fisiologi mikroorganisme?
3. Bagaimana metabolit primer dan sekunder mikroorganisme ?
1.3 Tujuan
1. Menjelaskan metabolisme mikroorganisme
2. Menjelaskan fisiologi mikroorganisme
3. Menjabarkan proses metabolit primer dan sekunder mikroorganisme
BAB II
PEMBAHASAN
Proses Metabolisme
1. Anabolisme
Anabolisme adalah penyusunan/ pengambilan zat makanan, pembentukan
karbohidrat yang membutuhkan energi dan sintetis protoplasma. Merupakan
sintesis protoplasma yang meliputi proses sintesa makromolekul seperti asam
nukleat, lipida dan polisakarida, dan penggunaan energi yang dihasilkan dari
proses katabolisme.
2. Katabolisme
Katabolisme merupakan penguraian bahan organik kompleks menjadi bahan
organik yang lebih sederhana, pembentukan energi dengan menguraikan
karbohidrat melalui reaksi oksidasi substrat. Merupakan oksidasi substrat yang
diiringi dengan terbentuknya energi, meliputi proses degradasi sebagai reaksi
penguraian bahan organik kompleks menjadi bahan organik sederhana atau bahan
anorganik yang menghasilkan energi dalam bentuk ATP.
Energi yang tersimpan dalam bentuk senyawa ATP dapat diperoleh oleh
mikroorganisme melalui hidrolisa. Energi yang diperoleh dari melalui proses
atau reaksi kimia disebut sebagai free energy atau energi bebas (G). Pada reaksi
yang melepaskan energi, maka harga G adalah negatif, sedangkan pada reaksi
yang memerlukan energi, maka harga G adalah positif. Energi hasil metabolisme
disimpan oleh mikroorganisme dalam bentuk senyawa phosporyl.
ATP terbentuk dari reaksi antara adenosine 5′-diphospate (ADP) dengan phospat
anorganik, membentuk ikatan phosporyl sebagai berikut :
ADP3- + Pi + H+ → ATP4- +H2O ΔG = +30 kJ/mol (1)
Reaksi diatas menunjukkan proses katabolisme, yaitu proses penguraian zat
untuk membebaskan energi kimia sebesar 30 kJ yang tersimpan dalam senyawa
organik. ATP yang telah tersintesa tersebut disimpan di dalam sel untuk
digunakan bila diperlukan. Energi yang tersimpan tersebut dikeluarkan melalui
hidrolisa ikatan phosporyl dalam suatu reaksi yang merupakan kebalikan dari
reaksi (1), yaitu sebagai berikut:
ATP4- +H2O → ADP3- + Pi + H+ ΔG= -30 kJ/mol (2)
Reaksi diatas merupakan proses anabolisme, yaitu pembentukan molekul yang
kompleks dengan menggunakan energi sebesar 30 kJ/mol. Kedua reaksi di atas
terjadi karena katalisa enzim ATP-ase.
Enzim
Enzim adalah katalis hayati. Katalis, walaupun dalam jumlah yang amat sedikit,
mempunyai kemampuan unik untuk mempercepat berlangsungnya reaksi
kimiawi tanpa enzim itu sendiri terkonsumsi atau berubah setelah reaksi selesai.
Enzim adalah katalisator organik (biokatalisator) yang dihasilkan oleh sel. Enzim
berfungsi sebagai katalisator anorganik yaitu untuk mempercepat reaksi kimia.
Setelah reaksi berlangsung enzim tidak mengalami perubahan jumlah sehingga
jumlah enzim sebelum dan setelah reaksi adalah tetap. Enzim mempunyai
spesifitas yang tinggi terhadap reaktan yang direaksikan dan jenis reaksi yang
dikatalisis. Enzim melakukan berbagai aktifitas fisiologik seperti penyusunan
bahan organik, pencernaan, dan pembongkaran zat yang memerlukan aktivator
berupa biokatalisator.
Sifat Umum Enzim
a. Disusun oleh senyawa protein.
b. Bekerja secara spesifik yaitu hanya mengkatalisis satu macam reaksi saja.
c. Aktivitas enzim dipengaruhi suhu, PH, substrat dan inhibitor. Setiap enzim
memiliki suhu dan PH optimum.
d. Enzim memiliki sifat alosentrik, yaitu mampu berkaitan dengan inhibitor
ataupun aktivator.
Struktur Enzim
a. Ada enzim yang mengandung komponen kimia lain selain protein. Komponen
ini disebut kofaktor, suatu komponen yang bukan protein. Kofaktor berupa
molekul anorganik seperti Fe2+, Mn2+, Cu2+, Na+ atau molekul organik kecil
yang disebut koenzim misalnya vitamin B, B1, dan B2.
b. Koenzim yang terikat kuat secara kovalen pada protein enzim disebut gugus
prostetik.
c. Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif mengkatalisis, bersama-sama
koenzim atau gugus logamnya disebut holoenzim.
Klasifikasi/ Penggolongan Enzim
a. Penggolongan Enzim Berdasarkan Tempat Bekerjanya
1. Endoenzi
Endoenzim disebut juga enzim intraseluller yaitu enzim yang berkerja di
dalam sel. Umumnya merupakan enzim yang digunakan untuk proses
sintesis di dalam sel dan untuk pembentukan energi (ATP) yang berguna
untuk proses kehidupan sel misalnya, dalam proses respirasi.
2. Eksoenzim
Eksoenzim disebut juga enzim ekstraseluller yaitu enzim yang
berkerjanya di luar sel. Umumnya berfungsi untuk mencernakan substrat
secara hidrolisis untuk dijadikan molekul yang lebih sederhana dengan
berat molekul lebih rendah sehingga dapat masuk melewati membran sel.
Energi yang dibebaskan pada reaksi pemecahan substrat di luar sel tidak
digunakan dalam proses kehidupan sel.
2. Transferase
Enzim ini mengkatalisis pemindahan gugus molekul dari satu molekul ke
molekul lain. Contoh; transaminase, transfosforilase, dan transasilase.
3. Hidrolase
Enzim ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis. Contoh;
karboksilesterase, lipase dan peptidase
4. Liase
Enzim ini berfungsi untuk mengkatalisis pengambilan atau penambahan
gugus dari satu molekul tanpa melalui proses hidrolisis.
5. Isomerase
Isomerase meliputi enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi isomerisasi
yaitu; rasemase, epirerase, co-transisomerase, intramolekul
ketolisorerase, dan murase.
6. Ligase
Enzim ini mengkatalisis penggabungan dua molekul dengan
dibebaskannya molekul priposfat dari nukleosida trifosfat. Contoh; enzim
asetat
7. Enzim Lain dengan Tata Nama Berbeda
Ada beberapa enzim yang penamaanya tidak menurut cara diatas
misalnya enzim pepsin, triosin, dan sebagainya serta enzim yang
termasuk permease. Permease adalah enzim yang berperan dalam
menentukan sifat selektif permeabel dari membran sel.
Fungi bersifat parasit obligat, parasit fakultatif, atau saprofito. Fungi menyerap
zat organik dari lingkungan melalui hifa dan miseliumnya, kemudian
menyimpannya dalam bentuk glikogeno. Fungi bergantung pada substrat yang
menyediakan karbohidrat, protein, vitamin, dan senyawa kimia lainnya
Metabolit Primer
Metabolit primer adalah suatu metabolit atau molekul produk akhir atau produk
antara dalam proses metabolisme makhluk hidup, yang fungsinya sangat esensial
bagi kelangsungan hidup organisme tersebut, serta terbentuk secara intraseluler.
Contohnya adalah protein, lemak, karbohidrat, dan DNA pada umumnya
metabolit primer tidak diproduksi berlebihan. Pada sebagian besar
mikroorganisme, produksi metabolit yang berlebihan dapat menghambat
pertumbuhan, dan kadang-kadang dapat mematikan mikroorganisme tersebut.
Proses metabolisme untuk membentuk metabolit primer disebut metabolisme
primer (Dewick, 1999).
Metabolit Sekunder
Metabolit sekunder adalah senyawa organik yang dihasilkan tumbuhan yang
tidak memiliki fungsi langsung pada fotosintesis, pertumbuhan atau respirasi,
transport solut, translokasi, sintesis protein, asimilasi nutrien, diferensiasi,
pembentukan karbohidrat, protein dan lipid. Metabolit sekunder seringkali
hanya dijumpai pada satu spesies atau sekelompok spesies berbeda dengan
metabolit primer (asam amino, nukelotida, gula, lipid) yang dijumpai hampir di
semua kingdom tumbuhan.
2. Glikolisis
Glikolisis adalah serangkaian reaksi enzimatis yang memecah glukosa
(terdiri dari 6 atom C) menjadi dua molekul asam piruvat (terdiri dari 3 atom
C). Glikolisis juga menghasilkan ATP dan NADH + H+.
4. Transfer Elektron
Setelah proses tricarboxylic acid maka yang terakhir adalah proses transfer
elektron. Transfer elektron merupakan reaksi pemindahan elektron melelui
reaksi redoks (reduksi-oksidasi). karena respirasi mebutuhkan jumlah ATP
dari proses oksidasi NADH dan FADH. Maka dibutuhkan senyawa senyawa
yang memiliki potensial reduksi rendah sebagai akseptor elektron, dan
O2 sangat ideal sebagai akseptor. Elektron yang berasal dari oksidasi
substrat NADH atau FADH2, melalui serangkaian redoks atau reduksi-
oksidasi reaksi, lalu ke terminal akseptor. Dalam proses ini, energi
dilepaskan selama aliran elektron digunakan untuk membuat gradien proton.
Energi yang ditangkap dalam ikatan energi yang tinggi ketika P (fosfat)
anorganik bergabung dengan molekul ADP untuk membentuk ATP. Proses
ini disebut fosforilasi oksidatif. Energi (ATP) dalam sistem transpor elektron
terbentuk melalui reaksi fosforilasi oksidatif, Energi yang dihasilkan oleh
oksidasi 1 mol NADH atau NADPH2 dapat digunakan untuk membentuk 3
mol ATP. Reaksinya sebagai berikut.
NADH + H+ + 1/2 O2 + 3ADP + 3H3PO4 → NAD+ + 3ATP + 4H2O
Sementara itu, energi yang dihasilkan oleh oksidasi 1 mol FADH2 dapat
menghasilkan 2 mol ATP. Beberapa jenis enzim yang terlibat dalam
pengangkutan elektron seperti NADH dehidrogenase, sitokrom reduktase,
dan sitokrom oksidase.
Anaerob obligat adalah organisme yang mati bila terkena oksigen, seperti
Clostridium tetani dan Clostridium botulinum, yang masing-masing
menyebabkan tetanus dan botulisme.
Bakteri anaerob fakultatif adalah bakteri yang dapat hidup dengan baik bila ada
oksigen maupun tidak ada oksigen. Contoh bakteri anaerob fakultatif antara
lain Escherichia coli, Streptococcus, Alcaligenes, Lactobacillus, dan Aerobacter
aerogenes. Anaerob fakultatif dapat hidup dengan adanya atau tidak adanya
oksigen, tetapi lebih memilih untuk menggunakan oksigen. Contoh jenis ini
termasuk Escherichia coli.
Proses denitrifikasi merupakan salah satu dari rangkaian siklus nitrogen yang
berperan dalam mengembalikan senyawa nitrat yang terakumulasi di wilayah
perairan, terutama laut, untuk kembali dipakai dalam bentuk bebas. Di
samping itu, reaksi ini juga menghasilkan nitrogen dalam bentuk lain, seperti
dinitrogen oksida (N2O). Senyawa tersebut tidak hanya dapat berperan
penting bagi hidup berbagai organisme, tetapi juga dapat berperan dalam
fenomena hujan asam dan rusaknya ozon. Senyawa N2O akan dioksidasi
menjadi senyawa NO dan selanjutnya bereaksi dengan ozon (O3) membentuk
NO2- yang akan kembali ke bumi dalam bentuk hujan asam (HNO2).
Sedangkan bakteri fakultatif Anaerob seperi, E. coli dan sejenisnya, yang
hanya mereduksi nitrat menjadi nitrit, dan enzim.
2. Respirasi Sulfat
Respirasi sulfat dilakukan oleh sebagian kecil bakteri heterotrophic, yang
semuanya oligatif anaerob, seperti bakteri dari spesies Desulfovibrio. Bakteri
ini membutuhkan sulfat sebagai aseptor proton dan terduksi menjadi sulfit.
Reaksi sulphate respiration sebagai berikut:
SO42- + 8 e- + 8 H+ → S2- + H2O
3. Respirasi Karbonat
Respirasi Karbonat dilakukan oleh bakteri seperti Methanococcus dan
Methanobacterium. Bakteri tersebut merupakan anaerob obligat yang
mereduksi CO2, dan kadang-kadang karbon monoksida, untuk menjadi
metana. Bakteri metanogen yang biasa menggunakan hidrogen sebagai
sumber energi dan ditemukan di lingkungan yang rendah nitrat dan sulfat,
misalnya usus beberapa hewan, rawa, sawah dan digester limbah lumpur.
Reaksi respirasi karbonat hingga membentuk metan sebagai berikut:
CO2 + 4H2 →CH4 + 2H2O
Selain nitrat, sulfat dan karbon dioksida, besi besi (Fe3+), mangan (MN4+)
dan beberapa organik senyawa (sulfoksida dimetil, fumarat, glisin dan oksida
trimetilamina) dapat berfungsi sebagai terminal elektron akseptor untuk
respirasi anaerob tertentu bakteri.
5. Fermentasi
Bila respirasi tidak bisa dilakukan, organisme harus menggunakan mekanisme
alternatif untuk membentuk pasokan koenzim, selama oksidasi glukosa
menjadi piruvat. Jika NAD (P) H tidak teroksidasi kembali ke NAD (P)+,
katabolisme akan berhenti. Akibatnya, akseptor terminal elektron yang cocok
harus ditemukan untuk mengambil elektron. Fermentasi adalah proses
perombakan senyawa organik dalam kondisi anaerob menghasilkan produk
berupa asam-asam organik, alkohol dan gas, yang kemudian dikeluarkan dari
sel.
Dalam hal ini pembentukan ATP dari ADP + Pi merupakan suatu mekanisme
penyimpanan energi matahari yang diserap kemudian diubah menjadi bentuk
energi kimia. Proses ini disebut fotofosforilasi. Tahap kedua disebut tahap
reaks gelap. Dalam hal ini senyawa kimia berenergi tinggi NADPH dan ATP
yang dihasilkan dalam tahap pertama (reaksi gelap) dipakai untuk proses
reaksi reduksi CO2 menjadi glukosa dengan persamaan:
2. Fotoheterotrof
Fotoherotrof adalah kelompok kecil bakteri yang menggunakan energi
cahaya tapi membutuhkan zat organik seperti alkohol, asam lemak, atau
karbohidrat sebagai sumber karbon. Organisme ini meliputi bakteri non-
sulfur, bakteri ungu, dan hijau.
Contoh :
Fotosintesis anoksigenik, yaitu proses fototrof mana energi cahaya ditangkap
dan diubah menjadi ATP, tanpa menghasilkan oksigen.
1. Fotosintesis bakteri ungu non belerang
CO2 + 2CH3CHOHCH3 → (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3
2. Fotosintesis bakteri hijau belerang
CO2 + 2H2S → (CH2O) + H2O + 2S
1. Kemoautotrof
Kemoautotrof adalah organisme kemotrof yang sumber karbonnya
berasal dari CO2, hanya memerlukan CO2 sebagai sumber karbon bukan
sebagai sumber energi. Bakteri ini memperoleh energi dengan
mengoksidasi bahan-bahan anorganik. Energi kimia diekstraksi dari
hidrogen sulfida (H2S), amonia (NH3), ion fero (Fe2+), atau bahan kimia
lainnya. Contohnya adalah bakteri Sulfolobus sp. yang mengoksidasi
sulfur.
2. Kemoheterotrof
Kemoheterotrof adalah organisme kemotrof yang sumber
karbonnya dari senyawa-senyawa organik (mengonsumsi molekul
organik untuk sumber energi dan karbon). Dibagi menjadi dua
berdasarkan akseptor elektron terakhirnya. Apabila akseptor terakhirnya
adalah O2 contohnya adalah hewan dan hampir semua fungi, protozoa,
serta bacteria. Apabila akseptor terakhirnya bukan O2 adalah
Streptococcus sp dan Clostridium sp.
BAB III
PENUTUP
III.1 Kesimpulan
Melalui pembahasan yang telah dibuat , dapat disimpulkan bahwa
1. Metabolisme merupakan suatu pembentukan dan penguraian zat yang
terbagi menjadi dua yaitu metabolit primer dan metabolit sekunder.
2. Metabolit primer biasanya digunakan untuk melakukan sintesis glukosa
melalui proses fotosintesis sehingga menghasilkan energy bagi tumbuhan
3. Metabolit sekunder biasanya digunakan tumbuhan sebagai benteng
pertahanan , dimana jalur metabolit sekunder dalam proses biosintesis
dilalui melalui jalur asetat, jalur asam sikimat dan jalur asam melavonat
III.2 Saran
Penulis menyadari bahwa makalah diatas banyak sekali kesalahan dan jauh
dari kesempurnaan. Penulis akan memperbaiki makalah tersebut dengan
berpedoman pada banyak sumber yang dapat dipertanggungjawabkan. Maka
dari itu penulis mengharapkan kritik dan saran mengenai pembahasan
makalah dalam kesimpulan di atas.
DAFTAR PUSTAKA
Gunawan, D dan Sri M, 2004, “Ilmu Obat Alam (Farmakognosi)”, Jilid I , Penebar
Swadaya, Jakarta
Hogg, S., 2005, Essential Microbiology, John Willey & Sons Ltd, England.
Kristy, Yanti. 2014. Perbedaan Bakteri Anaerob dan aerob dalam penggunaan
oksigen. Website :
http://www.sridianti.com/perbedaan-bakteri-anaerob-dan-aerob-dalam-
penggunan-oksigen.html. Diakses pada 3 November 2014 pukul 19.44 WIB.
Saifudin, A. 2014. Senyawa Alam Metabolit Sekunder Teori, Konsep, dan Teknik
Pemurnian. Deepublish. Yogyakarta.
Yuhernita dan Juniarti, 2011, “Analisis Senyawa Metabolit Sekunder Dari Ekstrak
Metanol Daun Surian Yang Berpotensi Sebagai Antioksidan” Makara, Sains,
Vol. 15, No. 1,