2022 - 2. MI.3. Ekstraksi RNA - Edit
2022 - 2. MI.3. Ekstraksi RNA - Edit
-Ektraksi RNA-
3
MANFAAT DAN APLIKASI
Ekstraksi atau isolasi Asam Nukleat merupakan tahapan awal dari berbagai
Teknik molekuler :
• Deteksi penyakit (Diagnostik)
• Forensik (Ante-post mortem, DNA fingerprinting)
• Rekayasa genetika (GMO, menciptakan bibit unggul)
• Mengidentifikasi Filogenetik dan keanekaragaman hayati
• Pengobatan (terapi gen, CRISPR, personalized medicine)
• Produksi Vaksin
• Senjata Biologi
4
PRINSIP DASAR EKSTRAKSI
5
PRINSIP DASAR EKSTRAKSI
• Presipitasi-Pencucian
• Memisahkan Asam Nukelat yang diinginkan
• Fungsinya :
1. Memisahkan Asam Nukleat yang diinginkan dari
senyawa organic dan an organic yang tidak diinginkan
2. Memurnikan Asam Nukleat dengan pencucian
berulang.
3. Cth. Isopropanol, Ethanol, Methanol, Sodium Acetate,
dll (Presipitasi); Wash buffer, AW buffer dll (Pencucian)
6
PRINSIP DASAR EKSTRAKSI
• Elusi
• Fungsinya :
1. Mengkoleksi Asam Nukleat
2. Cth. Eluent Buffer, Nuclease
free water (NFW), AE buffer,
AVE buffer, TE Buffer dll
7
METODA EKSTRAKSI
8
METODA EKSTRAKSI
2. Solid-phase based
• Silica kolom
• Partikel kaca
• Diatomaceous earth
• Magnetic Beads https://www.pngdownload.id/png-syzybb/
• Anion exchange
Kelebihan dan Kekurangan : Biaya relatif lebih mahal; Pengerjaan manual dan
automatis; Prosesnya membutuhkan waktu realtif cepat; Tekniknya sederhana;
Kemurniannya umumnya lebih optimal
9
METODA EKSTRAKSI
Manual Automatis
• Membutuhkan SDM yang terlatih • Waktu umumnya lebih cepat
• Waktu umumnya lebih lama jika dibandingkan dengan • Mengurangi kesalahan akibat manusia (human erorr)
metode automatis • Proses pengerjaan sample lebih aman bagi petugas
• Lebih efisien jika jumlah samplenya sedikit • Reproducible
• Khusus jika mengerjakan SARS Cov-2 maka harus • Harganya relative lebih mahal
dilakukan dalam fasilitas BSL-2 dan membutuhkan
banyak peralatan lainnya spt Centrifuge, heat block,
incubator, dll
10
METODA EKSTRAKSI
11
Ali, etal, 2017
PROSES EKSTRAKSI SARS-COV-2
12
PROSES EKSTRAKSI SARS-COV-2
13
PROSES EKSTRAKSI SARS-COV-2
1. Laporkan hasil pengerjaan pada petugas atau dokter yang bertanggung jawab dan
lakukan pencatatan pada log book (log book manual atau data digital)
2. Simpan RNA hasil ektraksi pada suhu yang sesuai dan tempat yang aman.
https://www.dell.com/en-
us/work/shop/dell-laptops-and-
https://www.bukalapak.com/p/olahraga/renang/renang-
notebooks/latitude-3320- lainnya/ixon1v-jual-harga-hemat-scuba-diving-logbook-log-book
laptop/spd/latitude-13-3320-laptop
14
PENYIMPANAN RNA
https://remi.com.my/Product/Details/69/-10c-to-25c-
low-temperature-medical-freezer-dw-yw508a
15
SUHU OPTIMAL PENYIMPANAN SAMPLE RNA
Suhu penyimpanan
• Hasil esktraksi RNA tidak disimpan di suhu ruang untuk
menghindari kerusakan RNA.
• suhu 4℃ à jika langsung digunakan untuk PCR
• suhu -20℃ à jika akan digunakan dalam waktu 24 - 48 jam
• suhu -80℃ à jika akan disimpan dalam jangka waktu 1-6
bulan
• suhu liquid nitrogen à jika akan disimpan lebih dari 6 bulan
https://biovalmed.com/dw-86l388j/
16
UJI KUALITAS DAN KUANTITAS
SPESIMEN HASIL EKSTRAKSI
Uji kuantitas konsentrasi DNA/RNA à spektrofotometer
dengan beberapa panjang gelombang :
• Asam nukelat (DNA, RNA, nukleotida): 260 nm
• Protein: 280 nm
• Kontaminan lain: 230 nm
Uji kualitas à kemurnian asam nukleat.
• DNA: A260/A280≥1,8
• RNA: A260/A280≥2 https://id.pinterest.com/pin/521362094332702238/
• DNA/RNA: A260/A230≥2
17
Fatchiyah et al. 2011; Sambrook et al. 2001
HAL-HAL YANG PERLU DIPERHATIKAN
1. Lakukan analisis resiko dari setiap pekerjaan yang akan dilakukan. Sesuaikan
hazard level, jenis kegiatan yang akan dilakukan dan Teknik pengerjaannya.
2. Ikuti setiap SOP yang sudah dibuat. Lakukan revisi secara berkala jika
diperlukan.
3. Gunakan APD yang sesuai dengan hazard yang akan dikerjakan
4. Menerapkan GLP dengan baik
5. Lakukan pencatatan setiap kegiatan yang dilakukan
18
HAL-HAL YANG PERLU DIPERHATIKAN
19
TERIMA KASIH