TUGAS MANDIRI BIOKIMIA 1

DOSEN PENGAMPU:

DRS. MADE SUKARYAWAN, M.Si.,Ph.D

DR. DIAH KARTIKA SARI, M.Si
TUGAS MANDIRI
BIOKIMIA PKIMIA
 Logika Molekul Organisme Hidup

Benda hidup mempunyai beberapa sifat khusus

Satu diantara sifat yang nyata dari organisme hidup adalah sifat kompleks dan
terorganisasi secara baik. Mereka dilengkapi oleh struktur internal yang ruwet dan
mengandung banyak molekul kompleks. Lebih jauh lagi, terdapat sekian juta
spesies yang berbeda pada organisme hidup. Sebaliknya, benda mati pada
lingkungan kita seperti tanah liat, pasir, batuan dan air laut biasanya terdiri dari
campuran acak dari senyawa kimia yang relatif sederhana.

Setiap komponen organisme hidup tampaknya mempunyai fungsi atau tujuan

tertentu. Hal ini berlaku tidak hanya pada struktur mikroskopik, seperti jantung,
paru-paru dan otak, tetapi juga struktur intraseluler mikroskopik, seperti inti sel.
Bahkan senyawa kimia di dalam sel seperti protein dan lemak mempunyai fungsi
khusus.

Organisme hidup mempunyai kemampuan untuk mengekstrak, mengubah

dan menggunakan energi lingkungannya, dalam bentuk zat gizi organik, atau energi
pancaran sinar matahari. Energi serupa ini memungkinkan organisme hidup
membangun dan mempertahankan struktur kompleksnya, yang kaya energi untuk
melangsungkan kerja mekanis pada pergerakan untuk memindahkan senyawa
kimia melalui membran. Organisme hidup tidak pernah berada dalam keadaan
seimbang di dalam dirinya, atau dengan lingkungannya. Di lain pihak, benda mati
tidak menggunakan energi secara terencana untuk mempertahankan strukturnya
dalam melakukan kerja. Sebaliknya, jika dibiarkan maka benda mati cenderung
terurai ke keadaan yang bersifat lebih acak bersamaan dengan waktu menuju
keseimbangan dengan lingkungannya.

Akan tetapi, sifat yang paling istimewa dari organisme hidup adalah
kemampuannya dalam melakukan replikasi diri secara tepat, suatu sifat yang dapat
dipandang sebagai inti dari keadaan hidup. Campuran dari benda mati yang telah
kita kenal tidak memperlihatkan kemampuan untuk tumbuh, dan berproduksi
menjadi benda-benda yang sama dalam masa, bentuk dan struktur internalnya dari
generasi ke generasi berikutnya.

Biokimia Mencari Pengertian Keadaan Hidup

Organisme hidup dikaruniai suatu kekuatan hidup yang misterius dari ilahi.
Akan tetapi, doktrin ini yang dikenal sebagai Vitalisme, telah ditolak oleh ilmu
pengetahuan modern, yang mencari fenomena yang rasional dan di atas segalanya,
fenomena alam yang dapat diuji. Tujuan dasar dari ilmu biokimia adalah untuk
menentukan bagaimana sekumpulan benda-benda mati yang menyusun organisme
hidup berinteraksi satu dengan yang lain untuk mempertahankan dan
melangsungkan keadaan hidup. Biokimia juga menghasilkan pengertian-pengertian
mendalam yang penting dan aplikasi praktis dalam bidang-bidang kedokteran,
pertanian, ilmu gizi dan industri, tetapi perhatian utamanya adalah keingintahuan
terhadap kehidupan dan organisme hidup.

Molekul-molekul yang membentuk organisme hidup mengikuti hukum-

hukum kimia yang telah dikenal, tetapi molekul-molekul ini juga berinteraksi satu
dengan lainnya sesuai dengan seperangkat prinsip lain, yang akan kita sebut secara
kolektif sebagai logika molekul keadaan hidup. Prinsip-prinsip ini tidak harus
melibatkan hukum-hukum atau kekuatan fisis yang baru dan belum ditemukan.
Bahkan, prinsip ini merupakan suatu hubungan unik yang memberikan ciri pada
fungsi alam dan interaksi biomelekul yakni jenis-jenis molekul yang dijumpai pada
organisme hidup.

Semua Orang Hidup Mengandung Mekromolekul Organik yang Dibangun

Sesuai dengan Suatu Perencanaan Yang Berlaku Umum

Kebanyakan komponen kimia organisme hidup merupakan senyawa organik

yang berunsur atom karbon yang secara kovalen diikat oleh atom-atom karbon
lainnya seperti hidrogen, oksigen, atau nitrogen. Senyawa organik pada organisme
hidup sangat bervariasi dan banyak diantaranya amat besar dan kompleks. Contoh,
sel yang paling kecil dan sederhana pun yakni golongan bakteri yang mengandung
sejumlah besar molekul-molekul organik yang berbeda. Sel tunggal bakteri
Eschereschia coli mengandung kira-kira 5000 jenis senyawa organik berbeda-beda
termasuk 3000 jenis protein dan 1000 jenis asam nukleat yang berbeda. Protein dan
asam nukleat merupanakan molekul (makromolekul) yang besar dan kompleks,
strukturnya secara tepat belum banyak diketahui. Dalam organisme manusia yang
jauh lebih kompleks mungkin terdapat lebih dari 50.000 jenis protein yang berbeda.
Nampaknya tidak mungkin bahwa protein yang ada pada E.coli sama dengan
protein yang dijumpai pada manusia, walaupun banyak yang fungsinya agak
serupa. Pada kenyataannya, setiap spesies dari organisme mempunyai sekumpulan
protein dan asam nukleatnya sendiri-sendiri yang hampir semuanya berbeda dari
spesies yang yang lain.

Bagi ahli biokimia yang mencoba mengisolasi, mengidentifikasi, dan

mensintesis semua jenis molekul organik yang ada dalam makhluk hidup, upaya ini
tampaknya sia-sia. Namun, molekul organik yang sangat berbeda dalam organisme
hidup ini dapat disederhanakan. Hal ini dapat terjadi, karena semua makromolekul
dalam sel tersusun atas molekul penyusun yang kecil, sederhana, dan tidak terlalu
banyak jenisnya. Molekul-molekul ini dihubungkan menjadi rantai panjang,
mengandung sekitar 50 hingga ribuan unit. Molekul asam deoksiribonukleat (asam
deoksiribonukleat = DNA) seperti rantai yang panjang terbentuk dari hanya 4 jenis
blok pembangun deoksiribonukleotida yang berbeda, yang disusun secara
berurutan. berurutan. Protein terdiri dari 20 jenis asam amino, senyawa organik
kecil yang strukturnya diketahui, yang terikat secara kovalen. Ke-20 jenis asam
amino ini dapat disusun menjadi urutan yang berbeda, membentuk berbagai jenis
protein, seperti halnya 26 huruf alfabet dapat disusun menjadi kata, kalimat, dan
bahkan buku yang tidak terbatas jumlahnya. Selanjutnya, beberapa jenis nukleotida
yang membentuk asam nukleat, dan 20 jenis asam amino yang menyusun protein
adalah molekul yang sama pada semua spesies, baik itu mikroorganisme,
tumbuhan, maupun hewan.
 Ini merupakan dugaan kuat bahwa semua organisme hidup mungkin
diturunkan dari asal yang sama. Unit molekuler yang sederhana, yang membentuk
semua makromolekul yang memiliki sifat lain yang menarik. Tiap tiap molekul
menjalankan lebih dari satu fungsi di dalam sel, Asam-asam amino yang berbeda
bukan hanya merupakan unit penyusun molekuler protein, tetapi juga bekerja
sebagai pemula hormon, alkaloid, pigmen, dan banyak biomolekul lainnya.
Nukleotida berfungsi bukan hanya sebagai unit pembuatan asam nukleat, tetapi juga
sebagai koenzim, dan sebagai pembawa pembawa energi, Sedemikian jauh, kita
mengetahui bahwa alam hidup secara normal tidak mengandung senyawa-senyawa
tanpa fungsi, walaupun terdapat beberapa biomolekul yang fungsinya belum
diketahui,

Dari pemahaman di atas, sekarang kita dapat menentukan beberapa aksioma

atau logika logika keadaan hidup :

- Terdapat suatu kesederhanaan mendasar dalam struktur makromolekul

biologi.
- Semua organisme hidup menggunakan unit penyusun yang sama, dan
karena nya, tampaknya diturunkan dari asal yang sama.
- Identitas tiap spesies atau organisme dipertahankan oleh sekumpulan
asam nukleat dan protein yang khas dari spesies yang bersangkutan.
- Senua biomolekul memiliki fungsi spesifik dalam sel.

Organisme Hidup mempertukarkan Energi dan Senyawa

Organisme hidup tidak terkecuali terikat pada hukum-hukum fisis yang

mengatur pertukaran energi. Pertumbuhan dan pemeliharaannya membutuhkan
energi yang harus diperoleh dengan cara-cara tertentu untuk menyerap dari
lingkungan bentuk-bentuk energi yang bermanfaat pada keadaan suhu dan tekanan
tertentu yang sesuai dengan pemulihan kemudian mengembalikan sejumlah energi
yang digunakan dalam bentuk lain yang kurang bermanfaat bagi lingkungannya .
Bentuk energi bermanfaat yang dibutuhkan oleh sel adalah energi bebas yang dapat
didefinisikan secara sederhana sebagai bentuk energi yang dapat bekerja pada suhu
dan tekanan tetap jenis energi sel yang kurang kegunaannya kembali ke lingkungan
ini terutama terdiri dari panas yang dibebankan dan membaur dengan sekelilingnya.
Di sini, kita memperoleh aksioma lain dalam logika molekuler hidup yaitu

Organisme hidup membentuk dan mempertahankan struktur

fungsionalnya yang kompleks dan menggunakan energi bebas dari
lingkungan dan mengubah bentuk energi yang kurang bermanfaat untuk
lingkungan tersebut.

Walaupun organisme hidup merupakan sistem pengubah energi, kerjanya

amat berbeda dengan mesin-mesin buatan manusia yang telah kita kenal. Sistem
pengubah energi sel hidup dibangun seluruhnya dan molekul-molekul organik yang
relatif lemah dan tidak stabil, tidak tahan suhu tinggi, aliran listrik yang kuat, atau
keadaan terlalu asam atau basa. Semua bagian sel hidup praktis bersuhu sama;
lebih jauh lagi, tidak terdapat perbedaan nyata pada tekanan suatu bagian sel
dengan bagian lain. Jadi, kita dapat menyimpulkan bahwa sel tidak mampu
menggunakan panas sebagai sumber energi, karena panas dapat melakukan kerja,
hanya jika panas melalui suatu bagian ke bagian lain yang bersuhu lebih rendah.
Sel hidup tidak sama dengan mesin uap atau motor listrik, jenis-jenis mesin yang
paling kita kenal. Kebalikannya, dan hal ini merupakan aksioma penting dalam
logika molekul keadaan hidup :

Sel hidup merupakan mesin kimia yang menjalankan fungsinva pada suhu
tetap.

Sel menggunakan energi kimia untuk melangsungkan kerja kimia pada

proses perbaikan dan pertumbuhan sel, kerja osmotik yang dibutuhkan untuk
mentransportasikan (mengangkut) zat gizi ke dalam sel, dan kerja mekanik pada
kontraksi dan pergerakan.

Semua organisme hidup di biosfer bu mi pada akhimya memperoleh energi

dari sinar matahari, yang dihasilkan oleh fusi inti atom hidrogen untuk
membentuk helium pada suhu tinggi. Sel-sel fotosintetis pada tumbuh-
tumbuhan menangkap energi pancaran sinar mata hari dan menggunakannya untuk
mengubah karbon dioksida dan air menjadi berbagai produk berenergi tinggi,
seperti pati dan selulosa. Pada proses ini, molekul oksigen dilepaskan ke udara.
Akhirnya, organisme non-fotosintesis memperoleh energi bagi kebutuhannya
dan produk tumbuh-tumbuhan berenergi tinggi dengan mengoksidasi produk-
produk ini dengan menggunakan oksigen dan udara, membentuk karbon dioksida
dan produk akhir lainnya, yang kembali ke lingkungannya dan didaur-ulang oleh
dunia tumbuh-tumbuhan.

Enzim Adalah Katalisator Sel Hidup, Yang Melangsungkan Urutan Reaksi-

reaksi Kimia Secara Terorganisasi

Sel dapat berfungsi sebagai mesin kimia, karena adanya enzim,

katalisator yang manipu meningkatkan kecepatan reaksi kimia spesifik tanpa ikut
bereaksi. Enzim merupakan molekul protein yang amat spesifik, dibentuk oleh sel
dan unit-unit sederhana asam amino. Tiap jenis enzim yang berbeda diperlukan
oleh metabolisme tiap jenis sel enzim bersifat jauh lebih efisien dibandingkan
degan katalsator buatan para kimiawi, karena molekul enzim lebih spesifik, daya
katalisatornya jauh lebih efisien, dan dapat berfungsi pada kondisi suhu dan
konsentrasi ion hidrogen normal. Enzim dapat mengkatalisa dalam waktu
membutuhkan beberapa hari, minggu, atau bulan jika dikerjakan di dalam
laboratonum kimia. Lebih jauh lagi, reaksireaksi yang dikatalisa oleh enzim
berlangsung sempuma, jika para organik melangsungkan reaksi-reaksi di
laboratorium, hampir selalu terbentuk satu atau lebih produk samping. Karena
enzim dapat mempercepat jalur tunggal reaksi suatu molekul tanpa
mempercepat kemungkinan reaksi-reaksi lainnya, sel hidup dapat
melangsungkan berbagai reaksi kimia secara serentak tanpa terhambat oleh
adanya produk samping yang tidak diinginkan.

Sel Menghasilkan Energi dalam Bentuk Kimia

 Sel hidup memperoleh, menyimpan dan mengangkut energi dalam bentuk
kimia, terutama, sebagai adenosin trifosfat (ATP). ATP her ngsi sebagai pembawa
utama kimia di dalam sel semua spesies hidup. ATP dapat memindahkan
energinya ke biomolekul lalu dengan memecah ikatan fosfat terminalnya menjadi
molekul adenosin difosfat (ADP) yang lebih miskin energi. Molekul ADP dapat
mengikat kembali gugus fosfat menjadi ATP dnigan bantuan energi solar pada
sel-sel fotosintetis atau energi kimia pada sel-sel binatang ATP merupakan rantal
penyambung utama enzimatis di dalam Sel. Salah satu rangkaian ini
menyimpan energi kimia yang berasal dan lingkungan, terutama dengan
melangsungkan fosforilasi ADP yang iniskin energi menjadi ATP yang kaya
energi. Rangkaian lain menggunakan energi ATP untuk melangsungkan kerja
mekanik pada proses kontraksi dan pergerakan, dan untuk melangsungkan kerja
osmosis pada transport membran. Seperti biomolekul penyusun, rangkaian reaksi
enzimatis yang saling berkaitan sambung-menyambung ini dapat dikatakan serupa
pada hampir semua spesies.

Metabolisme Sel Selalu Diatur

Sel-sel yang tumbuh secara serempak dapat melangsungkan sintesa ribuan

jenis molekul protein dan asam nukleat dalam proporsi yang tepat, yang dibutuhkan
untuk menyusun protoplasma hidup yang fungsional, yang khas bagi spesies
masing-masing. Jadi, reaksireaksi enzimatis pada metabolisme diatur secara
cermat, sehingga hanya terdapat jumlah yang dibutulikan dan tiap jenis molekul
unit penyusun, dan mengelompokkan molekulmolekul ini menjadi sejumlah
tertentu dan molekul tiap-tiap jenis asam nukleat, protein dan lipid atau
polisakarida. Lebih jauh lagi, sel hidup mampu mengatur sintesa
katalisatomya sendiri, yakni enzim. Jadi, sel untuk inijat suatu produk tee tudari-
mo1ekij pemulanya, jika produk tersebut telah tersedia di lingkungannya. Sifat
penyesuaian dan pengaturan diri sendiri ini menyebabkan sel hidup dapat
mempertahankan dirinya dalam keadaan mantap (steady state), walaupun
terjadi fluktuasi di lingkungan luar. Jadi, kita dapat mendefinisikan aksioma lain
dad logika molekul keadaan hidup :

Sel hidup adalah mesin kimia yang mengatur dirinya sendiri, yang
bekerrja dengan azas ekonomi maksimum.

Organisme Hidup Menggandakan Diri Sendiri Secara Tepat

Salah. satu sifat sel hidup yang paling menonjol adalah kemampuannya untuk
bereproduksi secara hampir sempuma selama ratusan dan ribuan generasi.
Terdapat tiga sifat yang menonjol. Pertama, organisme hidup bersifat demikian
komplek sehingga jumlah informasi genetik yang diturunkan kelihatan tidak
seimbang dengan ukuran mini nukleus sel sebagai tempat informasi genetik.
Sekarang kita mengetahui bahwa semua informasi genetik suatu Sel bakteri
terkandung dalam molekul tunggal asam deoksiribonukleat (DNA =
deoxyribonucleic acid). Informasi genetik yang demikian banyak di dalam sel
embrio manusia tersandi di dalam suatu sel molekul DNA yang keseluruhan
beratnya hanya 6 x l012 g. Karena itu, kita sampai pada aksioma lain dari logika
molekul kehidupan :

Informasi genetik tercantum di dalatn unit-unit berukuran amat kecil, unit-

unit ini adalah keempat jenis nukleotida yang menyusun DNA.

Sifat penggandaan dari mahluk hidup lain yang juga menonjol luar biasa dan
informasi genetik yang tersimpan di dalam DNA. Kemampuan sel hidup yang
demikian besar dalam mengawetkan senyawa genetiknya merupakan akibat dari
keterpaduan struktur. Satu rantai DNA berfungsi sebagai cetakan atau pola dasar,
bagi riplikasi atau perbaikani enzimatis rantai DNA padanannya. Namun
disamping sifat replikasi genetik iang hampir selamànya sempurna, kadang-
kadang molekul DNA mengalami sedikit perubahan, yakni, mutasi, yang kadang-
kadang menghasilkan keturunan yang lebih baik atau lebih sehat, dan kadäng-
kadang keturunan yang kurang tahan. Dengan cara demikian, organisme hidup
secara benkesinambungan dapat memperbaiki emampuannya untuk bertahan, dan
karenanya, membiarkan proses diferensiasi dan evolusi lebih lanjut membentuk
spesies baru dengan perubahan lingkungan oleh waktu.

Terdapat sifat ketiga yang menonjol dan hidup. Informasi genetik tersandi
dalam bentuk urutan linear satu dimensi dari nukleotida unit penyusun DNA. Akan
tetapi, sel hidup adalah struktur tiga dimensi, dan mempunyai bagian atau
kandungan yang juga bersifat tiga dimensi. Informasi DNA yang bersifat satu
dimensi diubah menjadi informasi tiga dimensi yang terkandung di dalam
organisme hidup oleh translasi struktur DNA menjadi struktur protein, suatu
proses yang melibatkan asam niklonukleat (RNA = ribonucleic acid). Tidak
seperti molekul DNA yang pada dasarnya mempunyai bentuk serupa, molekul
protein yang berbeda segera berlipat dan menggulung din menjadi berbagai
struktur tiga dimensi spesifik, yang masing-masing diperlukan untuk
melangsungkan fungsi spesifiknya. Struktur geometrik yang tepat dan tiap jenis
protein ditentukan oleh deret asam amino penyusunnya, deret thi sebaliknya
ditentukan oleh deret nukleotida penyusun DNA.

Sekarang kita dapat menyimpulkan beberapa aksioma logika molekul sel :

Sel hidup adalah sistem isoterrnal organik molekul yang bersifat

menyusun, menyesuaikan, dan melestarikan dirinya sendiri, serta
memperoleh energi bebas dan bahan mentah dan lingkungannya.

Sel melangsungkan berbagai reaksi organik berurutan yang dikatalisa oleh

katatisator organik yang dibuatnya sendiri.

Sel mempertahankan dirinya sendiri dalam keadaan mantap-dinamik, tidak

datam keadaan seimbang dengan lingkungannya. Fungsi sel didasarkan
pada azas ekonomi maksimum dan bagian-bagian, dan proses-proses yang
dilakukannya.

Proses penggandaan diri yang hampir identik dan generasi ke generasi

dilestarikan sistem penyandian linear yang bersifat dapat memperbaiki diri.
 Biokimia bertujuan memahami bagaimana interaksi biomolekul satu
dengan lainnya membawa sifat sifat keadaan hidup ini belum pernah dalam
pengamatan dalam logika molekul sel hidup, kita menemukan suatu
pelanggaran terhadap hukum-hukum fisis yang telah dikenal, seiring dengan itu
pula, kita belum pemah memerlukan pendefinisian hukum baru. Mesin-organik
lunak sel hidup berfungsi di dalam kerangka hukum-hukum yang sama yang
mengatur mesin buatan manusia, akan tetapi, reaksi-reaksi kimia dan proses
pengaturan sel telah maju demikian pesat, mélampaui kemampuan kerja mesin
buatan manusia.

Azas-azas di atas, yang menyimpulkan logika molekul keadaan hidup

tampaknya berlaku bagi semua sel, walaupun kita mungkin berpendapat bahwa
pernyataan ini bersifat terlalu sederhana.
 Daftar Pustaka

Thenawijaya, Maggy. 1982. Lehninger Dasa-dasar Biokimia. Jakarta:

Erlangga.