3.

Bacteroidetes
Filum Bacteroidetes berisi lebih dari 700 karakter spesies tersebar di empat ordo yang
terdiri dari : Bacteroidales, Cytophagales, Flavobacteriales, dan Sphingobacteriales .
Bakteriroidetes ini adalah batang gram negatif yang tidak berspora; tipe spesies ini bersifat
sakarolitik dan juga bersifat aerob atau fermentatif, termasuk aerob obligat, aerob fakultatif,
dan anaerob obligat. Genus Bacteroides ini telah dipelajari dengan sangat baik karena
organisme merupakan komponen utama dari komunitas mikroba dalam usus manusia.
A. Bakteroidales

Ordo Bacteroidales terutama mengandung obligat anaerobik spesies fermentasi.

Genus jenisnya adalah Bacteroides, yang mengandung spesies yang bersifat sakarolitik,
memfermentasi gula atau protein menjadi asetat dan suksinat sebagai produk
perenungan. Bacteroides biasanya komensal, ditemukan dalam saluran usus manusia dan
hewan lainnya. Faktanya, Spesies Bacteroides adalah bakteri yang dominan secara
numerik di usus besar manusia, di mana pengukuran telah menunjukkan bahwa sekitar
10 prokariotik hadir per gram kotoran basah. Namun, spesies Bacteroides kadang-
11

kadang dapat menjadi patogen dan merupakan bakteri anaerob yang paling penting
berhubungan dengan infeksi manusia seperti bakteremia (bakteri didarah).
Bacteroides thetaiotaomicron adalah salah satu spesies yang paling menonjol.
Bacteroides ditemukan di lumen usus besar. B. thetaiotaomicron mengkhususkan diri
dalam degradasi poli kompleks sakarida. Mayoritas genomnya dikhususkan untuk
membuat enzim yang mendegradasi polisakarida. B. thetaiotaomicron menghasilkan
banyak enzim yang tidak dikodekan oleh genom manusia dan dengan demikian sangat
meningkatkan keragaman polimer tumbuhan yang dapat terdegradasi dalam saluran
pencernaan manusia.
Spesies Bacteroides adalah salah satu dari sedikit kelompok bakteri untuk
mensintesis jenis lipid khusus yang disebut spin-golipid , kumpulan lipid yang dicirikan
oleh sphingosine amino alkohol rantai panjang menggantikan gliserol ditulang punggung
lipid. Sphingolipids seperti sphingomyelin, serebro-sisi, dan gangliosida yang umum di
jaringan mamalia, terutama di otak dan jaringan saraf lainnya, tetapi jarang terjadi di
kebanyakan bakteri. Produksi sphingolipids dapat ditemukan di jumlah genera lain
dalam filum Bacteroidetes termasuk Flectobacillus, Prevotella, Porphyromonas, dan
Sphingobacterium.

B. Cytophagales, Flavobacteriales, dan Sphingobacteriales

1. Cytophagales
Ordo Cytophagales berisi hampir secara eksklusif aerob obligat, meskipun
beberapa spesies memiliki fermentatif terbatas kemampuan. Sel biasanya panjang,
ramping, batang gram negatif, sering mengandung ujung runcing, dan bergerak
dengan meluncur. Cytophagas mengkhususkan diri dalam degradasi polysaccha-
kompleks wahana.
Mereka tersebar luas di tanah beracun dan air tawar, di mana mereka mungkin
menjelaskan sebagian besar pencernaan selulosa bakterition. Bakteri ini biasa
menempel dan mencerna selulosa serat, membentuk koloni yang menyebar.
Mekanisme khasnya adalah selulase bebas Mekanisme di mana sel mengeluarkan
enzim ekstra seluler disebut eksoenzim yang mendegradasi selulosa yang tidak larut
di luar sel. Eksoenzim ini mendegradasi tidak larut selulosa menjadi polisakarida larut
dan disakarida yang dapat mudah diasimilasi oleh sel.
Genus terkait Sporocytophaga mirip dengan Cytophaga dalam morfologi dan
fisikology, tetapi sel-sel membentuk struktur bola istirahat yang disebut mikro-kista,
mirip dengan yang dihasilkan oleh beberapa buah myxobacteria. Spesies Cytophaga
adalah patogen ikan dan dapat menyebabkan masalah serius dalam industri perikanan
budidaya. Dua dari kebanyakan penyakit penting adalah penyakit kolumnaris, yang
disebabkan oleh Cytophaga columnaris, dan penyakit air dingin, yang disebabkan
oleh Cytophaga psychrophila.
2. Flavobacteriales dan Sphingobacteriales
Flavobacteriales dan Sphingobacteriales biasanya mengandung
kemoorganotrof aerobik dan aerobik fakultatif. Organisme ini adalah batang gram
negatif, dan bersifat sakarolitik dengan banyak spesies motil dengan meluncur.
Spesies ini banyak ditemukan secara luas di tanah dan di habitat perairan, di mana
mereka biasanya mendegradasi polisakarida kompleks.
Flavobacteriales bisa sangat melimpah di perairan laut termasuk sistem
akuatik di lingkungan kutub. Flavobakteri spesies ini terutama ditemukan di habitat
perairan, baik air tawar dan kelautan, serta dalam makanan dan pabrik pengolahan
makanan. Flavobacteria jarang patogenik. Namun, satu spesies, Flavobacterium
meningosepticum, telah terlibat dalam kasus meningitis bayi, dan beberapa ikan
patogen juga diketahui.
Dalam hal fisiologi, spesies Sphingobacteriales adalah: umumnya mampu
mendegradasi polisakarida kompleks yang lebih luas naik daripada Flavobacteriales,
dan dalam hal ini mereka mirip spesies Cytophagales. Genus Flexibacter adalah
tipikal dari banyak spesies genus Sphingobacteriales. Spesies Flexibacter berbeda
dari spesies Cytophaga karena mereka biasanya membutuhkan media yang kompleks
untuk kebaikan pertumbuhan dan tidak mampu mendegradasi selulosa.
Sel dari beberapa Fleksi-spesies bakteri juga mengalami perubahan morfologi
sel dari panjang, meluncur, filamen seperti benang tidak memiliki dinding silang
menjadi pendek, non batang ubin. Banyak flexibacteria berpigmen karena karotenoid
terletak di membran sitoplasma mereka, atau dari pigmen terkait disebut flexirubins,
terletak di membran luar sel. Flexibacter spesies yang umum di tanah dan air tawar di
 mana mereka menurunkan polisakarida, dan tidak ada yang diidentifikasi sebagai
patogen.
4. Clamydiae, Planctomycetes, dan Verrucomicrobia
Filum Chlamydiae, Planctomycetes, dan Verrucomicrobia berbagi nenek moyang dan
lebih erat terkait satu sama lain dibandingkan dengan filum bakteri lainnya. Ketiga kelompok
ini mengandung organisme yang dapat ditemukan di berbagai habitat termasuk tanah, sistem
perairan, dan dalam hubungan dengan eukariota host otic. Kami pertama-tama
mempertimbangkan klamidia, sekelompok kecil bakteri gram negatif yang menyebabkan
beberapa penyakit serius pada manusia dan penyakit hewan.
1. Clamydiae

Filum Chlamydiae berisi satu ordo, Chlamydiales. Seluruh filum terdiri dari
parasit intraseluler obligat dari eukariota. Meskipun spesies yang merupakan patogen
manusia memiliki telah dicirikan secara paling rinci, filum berisi beragam spesies
yang berinteraksi dengan berbagai macam inang eukariotik. Jenis biasanya kokus
sangat kecil, berdiameter sekitar 0,5 m, dan menampilkan siklus perkembangan yang
khas. Seperti banyak wajib parasit dan simbion, genom Chlamydiae biasanya
berkurang, mulai dari ukuran 0,55-1 Mbp.
a. Siklus Hidup Chlamydiae

Semua spesies Chlamydiae menunjukkan kehidupan klamidia yang unik

siklus. Dua jenis sel terlihat dalam siklus hidup:
1) sel kecil dan padat, yang disebut badan elementer, yang relatif tahan
terhadap pengeringan dan merupakan sarana penyebaran, dan
2) lebih besar, sel kurang padat, yang disebut badan retikulat, yang
membelah dengan pembelahan binersion dan merupakan bentuk vegetatif.
Badan dasar adalah sel yang tidak berlipat ganda yang terspesialisasi untuk
penularan infeksi. Sebaliknya, badan retikulat tidak bentuk fectious yang berfungsi
hanya untuk berkembang biak di dalam sel inang untuk membentuk inokulum besar
untuk transmisi. Berbeda dengan rickettsia, klamidia tidak ditularkan oleh
arthropoda tetapi terutama penyerbu udara dari sistem pernapasan-maka signifikan
kanker resistensi terhadap pengeringan benda-benda dasar.
a. Genus Chlamydiae yang Terkemuka
Chlamydiae sangat baik beradaptasi dengan invasi dan menjajah sel
eukariotik dan spesies yang berbeda dapat menginfeksi beragam dari hospes
eukariotik. Spesies Parachlamydia acanthamoebae menginfeksi amuba yang hidup
bebas, terutama amuba dalam genus Acanthamoeba. Parachlamydia menunjukkan
klamidia yang khas siklus hidup selama infeksi amuba. Sebagian besar spesies
Chlamydiae dapat berkembang biak atau bertahan hidup dalam amuba yang hidup
 bebas, dan inang ini mungkin penting untuk kelangsungan hidup dan penyebaran
Clamydiae di alam.
Sementara amuba yang hidup bebas adalah inang alami P. acanthamoebae,
spesies ini juga dapat menginfeksi manusia, meskipun hanya lemah dibandingkan
dengan Chlamydiae yang hospes alami adalah manusia. Beberapa spesies diakui
dalam genus ini yaitu Chlamydophila psittaci, agen penyebab dari penyakit
psittacosis; Chlamydia trachomatis, penyebabnya agen trachoma dan berbagai
penyakit manusia lainnya; Chlamydophila pneumoniae, penyebab beberapa
penyakit pernapasan sindrom. Trachoma, penyakit melemahkan karakteristik mata
ditandai oleh vaskularisasi dan jaringan parut pada kornea, merupakan penyebab
utama penyebab kebutaan pada manusia.

b. Sifat Molekul dan Metabolik

Chlamidias adalah salah satu bacteri yang paling terbatas secara biokimia
yang dikenal. Memang, genom mereka berukuran sekitar 1 Mbp. Menariknya, C.
trachomatis genom tidak memiliki gen yang mengkode protein FtsZ, protein kunci
dalam pembentukan tum selama pembelahan sel dan berpikir untuk sangat
diperlukan untuk pertumbuhan semua sel prokariotik. Beberapa gen di C.
trachomatis, menunjukkan transfer dari inang ke bakteri; gen-gen ini mungkin
mengkodekan fungsi-fungsi yang memfasilitasi gaya hidup patogen. Singkatnya,
klamidia tampaknya telah berevolusi secara efisien dan efektif. strategi bertahan
hidup yang efektif termasuk parasitisasi sumber daya inang dan menghasilkan
bentuk sel yang resisten untuk transmisi.

1. Planctomycetes
Filum Planctomycetes mengandung beberapa morfologi: bakteri unik yang
ditemukan terutama dalam dua ordo, Planctomycetales dan
Brocadiales.Planctomycetes adalah bakteri gram negatif dan banyak membelah
dengan pemula Mereka sering memiliki tangkai atau pelengkap dan sel tersusun
dalam roset. Planctomycetes tidak biasa di antara bakteri karena mereka dapat
memiliki lapisan-S dalam amplop sel mereka. Fitur lain yang luar biasa dari
Planctomycetes adalah bahwa mereka sering mengandung kompartemen intraseluler
yang menyerupai ble organel eukariota.

a. Kompartemenisasi di Planctomycetes
Secara khusus, eukariotes memiliki nukleus yang tertutup membran.
Sedangkan pada Bakteri dan Archaea, DNA supercoils dan kompak untuk
membentuk nukleoid yang terdapat dalam sitoplasma. Namun, Planctomycetes
itu unik di antara semua bakteri yang dikenal karena mereka menunjukkan bukti
 sel kompartementalisasi. Semua Planctomycetes menghasilkan struktur yang
tertutup oleh non unit membran dan disebut pirellosome; struktur ini
mengandung nukleoid, ribosom, dan komponen sitoplasma lain yang diperlukan
tenda.
Kompartemen menarik lainnya adalah anammoxosome, ditemukan pada
spesies Brocadiales termasuk Brocadia anammoxidans. Bakteri ini mengkatalisis
oksidasi anaerobik dari amonia (NH3) dalam struktur anammoxosome.
anammoxo-beberapa membran terdiri dari lipid unik yang membentuk ikatan
yang rapat segel, melindungi komponen sitoplasma dari perantara beracun ates
yang dihasilkan selama oksidasi anaerobik dari amonia.
b. Planctomyces
Planctomyces adalah genus dengan karakter terbaik dalam
Planctomycetes. Namun, tidak seperti Caulobacter, tangkai Planctomyces terdiri
dari: protein dan tidak mengandung dinding sel atau sitoplasma, tetapi itu adalah
struktur yang jauh lebih sempit dan lebih halus. lebih besar dari tangkai prostekal
Caulobacter.
Planctomyces adalah bakteri tunas yang menampilkan siklus hidup.
Secara fisiologis, Spesies Planctomyces adalah kemoorganotrof aerobik
fakultatif, tumbuh baik dengan fermentasi atau respirasi gula. Habitat
Planctomyces terutama perairan, baik air tawar dan laut, dan genus Isosphaera
adalah filamen, meluncur panas bakteri musim semi.
1. Verrukomikrobia
Spesies Verrucomicrobia adalah bakteri aerob atau fakultatif aerobik yang
mampu melakukan fermentasi gula. Selain itu, beberapa Verrucomicrobia membentuk
asosiasi simbiosis dengan protista. Verrucomicrobia tersebar luas di alam, menghuni
lingkungan air tawar dan laut serta hutan dan pertanian tanah budidaya.
Verrucomicrobia dapat memiliki membran terikat struktur intraseluler mirip dengan
yang ditemukan di Planctomycetes.
Verrucomicrobia biasanya membentuk lampiran sitoplasma usia yang disebut
prosthecae. Berbagi verrucomicrobia dengan bakteri prostetik lainnya adanya
peptidoglikan di dinding sel mereka dan dengan cara ini jelas berbeda dari
Planctomycetes. Tidak seperti sel Caulobakteri, yang mengandung prostheca dan
menghasilkan sel swarmer berflagel dan nonprosthecate, Verrucomicrobium dan
Prosthecobacter membelah secara simetris, dan sel ibu dan anak mengandung
prosthecae pada saat pembelahan sel.
Spesies dari genus Prosthecobacter mengandung dua gen yang menunjukkan
homologi yang signifikan dengan gen yang mengkode tubulin pada eukariotik. sel
otak. Tubulin adalah protein kunci yang membentuk sitoskeleton sel eukariotik.
Meskipun yang penting protein pembelahan sel FtsZ, juga merupakan homolog
tubulin log, protein Prosthecobacter secara struktural lebih mirip dengan tubulin
eukariotik dari pada FtsZ. Peran protein tubulin dalam Prosthecobacter tidak
diketahui karena sitoskeleton mirip eukariotik belum diamati pada organisme ini.