MARKA GENETIK DAN APLIKASINYA DALAM

BIDANG KEHUTANAN

▪ Pendugaan variasi berdasarkan marka morfologis

▪ Pendugaan variasi berdasarkan marka molekuler
▪ Variasi di dalam dan antar populasi (whitin nad between population)

BW2104 : Genetika Hutan

13 Dosen : Dr. Yayat Hidayat

Pustaka :
White, TL. Adams, W.T, Neale D.B. 2009. Forest Genetics. Cromwell Press Group, Trobridge. UK.

Reiner, F. (2005): Introduction to forest genetics. Institute of Forest Genetics and Forest Tree Breeding, Georg-
August-University Göttingen Büsgenweg 2, D-37077 Göttingen.
2
 Tabel 1. Pengukuran karakter batang pada pohon induk (Hidayat, 2010)

No Karakter Satuan Kode Cara pengukuran/penghitungan

A Karakter batang
1 Tinggi Total m TTB Diukur dari mulai pangkal batang sampai ujung batang
utama
2 Tinggi Bebas cabang m TBC Diukur dari mulai pangkal batang sampai cabang pertama
pembentuk tajuk
3 Diameter cm DBH Diukur pada ketinggian batang utama setinggi dada (1, 3 m
diatas permukaan tanah)
4 Kekekaran batang m/cm RTD Dihitung dari pembagian nilai TT dengan DBH
5 Tebal kulit batang cm TKB Diukur dari kulit luar hingga kulit dalam dekat permukaan
kayu
6 Kelurusan batang indeks KLB Diukur dengan mengamati kelurusan batang dan bentuk
batang secara visual
7 Kebulatan batang indkes KBB Dihitung dari ukuan kedalaman lekukan batang.
8 Tinggi banir cm TBB Diukur dengan menggunakan mistar dari mulai pangkal
batang hingga ujung banir
9 Lebar banir Cm LBB Diukur dengan menggunakan phiband pada bagian pangkal
banir terpanjang dan terpendek. Lebar banir merupakan

10 Volume standing stock M3 VBC Dihitung menggunakan rumus: VBC= 0.25 X 3,14 X DBH
2 X TBC X fb X 0.0001 , dengan fb (faktor bentuk) = 0,33

(Lamb and Borschmann, 1998).

 Tabel 2. Pengukuran karakter tajuk dan daun pada pohon induk (Hidayat, 2010)

No Karakter Satuan Kode Cara pengukuran/penghitungan

B Karakter tajuk dan daun
11 Panjang tajuk m PTj Dihitung dari nilai TTB dikurangi nilai TBC
12 Lebar tajuk m LTj Diukur arah Utara-Selatan dan arah Barat-Timur. Nilai
lebar tajuk dihitung dari nilai rata-ratanya.
13 Jumlah cabang buah JCPT Dihitung dari banyaknya cabang pembentuk tajuk pohon
pembentuk tajuk
14 Rasio diameter Rasio RDCB Dihitung dari nilai perbandingan diameter cabang
cabang tajuk dengan pembentuk tajuk dengan diameter batang dimana cabang
diameter batang tersebut tumbuh.
15 Sudut cabang derajat SCPT Diukur dengan menggunakan busur derajat pada suduk
pertama pembentuk yang dibentuk oleh cabang pertama pembentuk tajuk
tajuk dengan batang utamanya.
16 Panjang anak daun cm PAD Diukur dengan menggunakan mistar dari mulai pangkal
daun hingga ujung daun
17 Lebar anak daun cm LAD Diukur dengan menggunakan mistar mulai dari tepi
daun sisi kiri hingga tepi helaian daun sisi kanannya.
18 Rasio panjang lebar Rasio RPLD Dihitung dari nilai perbandingan PAD dengan LAD
anak daun
19 Panjang petiol mm PPD Diukur dengan mengunakan califer , pada bagian petiol
daun.
20 Jarak daun terlebar cm JLD Diukur dengan menggunakan mistar dari ujung petiol
smpai titik helaian daun terlebar.
 Tabel 3. Pengukuran karakter buah pada pohon induk (Hidayat, 2010)

No Karakter Satuan Kode Cara pengukuran/penghitungan

C Karakter buah
21 Panjang tandan buah cm PTBh Diukur dari pagkal tandan sampai ujung tadan buah
22 Jumlah cabang unit JCT Dihitung dari banyaknya jumlah cabang petama pada
tandan tandan buah
23 Jumlah buah per unit JBhT Dihitung dari banyaknya buah dalam satu tandan
tandan
24 Berat kering buah per g BKBh Diukur dengan cara menimbang berat buah kering jemur
tandan per tandan
25 Panjang mm PBh Diukur arah memanjang buah dari 100 buah sampel
buah kemudian dihitung rata-ratanya
26 Lebar buah mm LBh Diukur pada bagian tengah-tengah buah dari 100 buah
sampel kemudian dihitung rata-ratanya.
27 Berat sebutir buah g BSBh Diukur dengan cara menimbang 100 butir kemudian
dihitung berat rata-rata untuk satu butir buah
28 Berat kering total g BKBn Diukur dengan cara menimbang berat benih kering
benih per tandan jemur per tandan
29 Panjang benih mm PBn Diukur dari 100 buah sampel kemudian dihitung rata-
ratanya.
30 Lebar benih mm LBn Diukur dari 100 buah sampel kemudian dihitung rata-
ratanya
31 Berat 1000 butir g BSBn Diukur dengan cara menimbang berat dari 1000 butir
benih benih sampel menurut standar ISTA
 • Analisis penampilan
• Analisis Varians fenotipik
• Analisis komponen utama
• Analisis kluster

6 ANALISIS VARIASI POPULASI POHON INDUK

7 Variasi ukuran tinggi dan diamater batang

Analisis penampilan
 Analisis kuantitatif
8
9 Variasi bentuk dan ukuran tajuk pohon
Analisis penampilan
 Analisis secara kuantitatif
10
11 Variasi Karakter buah
 Analisis Data:
a. Analisis varians fenotipik (VF) dan varians genetik (VG) dari 17 karakter
b. Pendugaan nilai heritabilitas (H)
c. Analisis koefisien varians genetik (KVG) dan kemajuan genetik (KG)
d. Korelasi genetik dan fenotipik karakter morfologi bibit surian umur enam bulan
e. Analisis komponen utama
f. Analisis klaster berdasarkan jarak taksonomis

Tabel 3.5. ANOVA bibit surian

a. VG & VF dihitung menurut Singh dan
Chaudhary (1979):
•Varians genetik (σ2g) = (MS2-MS1)/r Sumber variasi Derajat Kuadrat Kuadrat F hitung
•Varian fenotipik (σ2f) = σ2e + σ2g bebas Tengah Tengah
•Klasifikasi : Pinaria (1995) Harapan
• Jika σ2f , σ2g ≥ 2 stdev σ2f , σ2g = luas
Ulangan (r) r-1 MS3 σ2e + g σ2r
• Jika σ2f , σ2g < 2 stdev σ2f , σ2g = sempit
Perlakuan (g) g-1 MS2 σ2e + r σ2g MS2/MS1
b. H: menurut Singh dan Chaudhary (1979),
Hbs = (σ2f / σ2g) Galat (r-1)(g-1) MS1 σ2e
Klasifikasi : Stanfield (1991):
• Tinggi : >0,5
• Sedang : 0,2-0,5
• Rendah : <0,2
  Analisis Data:
c. KVG dihitung menurut
Chaudhary (1979):
• KVG = (σ2g) /
• KG= {(k.H. σf )/ } x 100%
Singh dan •Klasifikasi KG menurut Begum dan Sobhan
(1991) dalam Rostini (2006)
• Besar : KG>0.14
• Sedang : KG = 0,07-0,14
• Rendah: KG<0,07

d. Korelasi fenotipik dan korelasi genetik

•Kovarians genetik (Covσ2g) = (MPg-MPe)/r Tabel 3.6. ANKOVA bibit surian
•Kovarians fenotipik (Covσ2f) = σ2e + σ2g
•Kor.genetik Sumber Derajat Nilai tengah Nilai tengah
variasi bebas hasil kali harapan hasil kali
kuadrat kuadrat
Ulangan (r) r-1 - -
•Kor. fenotipik Perlakuan (g) g-1 MPg.mn Kove.mn + r Kovg.mn
Galat (r-1)(g-1) MPe.mn Kove
Total rg-1
 Analisis komponen utama (PCA)
14

Variable PC1 PC2 PC3

Komponen TTB 0.392 0.103 0.095
Eigenvalue Proporsi Kumulatif
utama
DBH 0.393 -0.076 0.041
PC1 5,2712 0,264 0,264 TBC 0.208 0.069 0.479
RTD -0.080 0.251 0.025
PC2 2,6555 0,133 0,396
TKB 0.218 -0.092 -0.168
PC3 2,3896 0,119 0,516 KLB 0.111 0.068 0.000
KBB -0.212 -0.011 0.369
TBB 0.326 -0.063 -0.111
• Keragaman data sampel dapat LBB -0.001 -0.019 0.549
dijelaskan dengan baik oleh 3 VBC 0.333 0.002 0.298
komponen utama (C1-C3) hingga 50% PTj 0.357 0.084 -0.191
LTj 0.308 -0.006 0.100
• Karakter yang menyumbang adanya JCPT 0.243 -0.082 -0.175
variasi adalah lebar banir (LBB) dan
RDCB 0.048 -0.019 0.124
Panjang anak daun (PAD)
SCPT -0.070 0.086 -0.006
PAD 0.008 0.580 0.027
LAD 0.114 0.399 0.012
RPLD -0.116 0.358 0.029
PPD -0.050 0.198 0.187
JLD 0.054 0.463 -0.252
15 Sebaran pohon induk berdasakan komponen utama 1 dan 2

Populasi Jatinangor membentuk satu grup dengan populasi Kendal

Populasi Sumedang cenderung terpisah dan terkonsentrasi di kuadaran I.
16 Analisis cluster
Cluster dendrogram menunjukkan bahwa populasi Suemdang cnderung memisah (tidak
mengelompok) dengan kelompok populasi Kendal, Jatinangor dan Tasikmalaya
17