Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Genetika populasi dan demografi

cyanobacteriosponge pembunuh
karang, Terpios hoshinota,di Indo-
Pasifik Barat
Savanna Wenhua Chow1,2,3,4,*, Shashank Keshavmurthy2,*, James Davis Reimer5,6,
Nicole de Voogd7,8, Hui Huang9, Jih-Terng Wang3, Sen Lin Tang2, Peter J. Schupp10,11,
Chun Hong Tan12, Hock-Chark Liew13, Keryea Soong3, Subhan Pemula14,Hawis
Madduppa14dan Chaolun Allen Chen1,2,4,15
1Departemen Ilmu Hayati, Universitas Normal Nasional Taiwan, Taipei, Taiwan
2Pusat Penelitian Keanekaragaman Hayati, Academia Sinica, Taipei, Taiwan
3Departemen Oseanografi, Universitas Nasional Sun Yat-sen, Kaohsiung, Taiwan
4Program Keanekaragaman Hayati, Program Pascasarjana Internasional Taiwan, Academia Sinica, Taipei, Taiwan
5Departemen Biologi, Kimia, dan Ilmu Kelautan, Universitas Ryukyus, Naha, Okinawa, Jepang
6Pusat Penelitian Biosfer Tropis, Universitas Ryukyus, Okinawa, Jepang
7Pusat Keanekaragaman Hayati Naturalis, Leiden, Belanda
8Institut Ilmu Lingkungan, Departemen Biologi Lingkungan, Universitas Leiden, Leiden,
Belanda
9Laboratorium Kunci CAS untuk Sumber Daya dan Ekologi Laut Tropis dan Laboratorium Utama Biologi Kelautan
Terapan Provinsi Guangdong, Institut Kelautan Laut China Selatan, Akademi Ilmu Pengetahuan China,
Guangzhou, China
10Institut Kimia dan Biologi Lingkungan Laut, Universitas Oldenburg, Oldenburg,
Jerman
11Institut Helmholtz untuk Keanekaragaman Hayati Laut Fungsional di, Universitas Oldenburg (HIFMB),
Oldenburg, Jerman
12Sekolah Ilmu Kelautan dan Lingkungan, Universitas Malaysia Terengganu, Terengganu, Malaysia

13Sdn Bhd.Jalan Hiliran, Kuala Terengganu, Laboratorium & Layanan Alkimia, Terengganu, Malaysia
14Departemen Ilmu & Teknologi Kelautan, Fakultas Perikanan & Ilmu Kelautan, IPB University, Bogor,
Indonesia
Dikirim23 Juni 2021
15Departemen Ilmu Hayati, Universitas Tunghai, Taichung, Taiwan
Diterima26 April 2022
*
Diterbitkan31 Mei 2022 Para penulis ini berkontribusi sama untuk pekerjaan ini.

Penulis yang sesuai

Hawis Maddupa,
madduppa@gmail.com ,
ABSTRAK
hawis@apps.ipb.ac.id
Kemunculan pertama cyanobacteriospongeTerpios hoshinotadilaporkan dari terumbu karang
Chaolun Allen Chen,
cac@gate.sinica.edu.tw di Guam pada tahun 1973, tetapi baru dideskripsikan secara resmi pada tahun 1993. Sejak itu,
perilaku invasif dari spons pembunuh karang yang mengeras ini telah diamati di banyak
Editor akademik
Joseph Pawlik terumbu karang di Pasifik Barat. Sejak tahun 2015, kemunculannya telah meluas ke arah barat
hingga Samudera Hindia. Meskipun banyak penelitian telah menyelidiki morfologi, ekologi,
Informasi Tambahan dan
Deklarasi dapat ditemukan di dan simbiosis cyanobacteria dari spons ini, sedikit yang diketahui tentang genetika populasi
halaman 17 dan demografinya. Dalam penelitian ini, fragmen mitokondria sitokrom oksidase I (COI) dan
DOI10.7717/peerj.13451 nuklear ribosomal internal transscribed spacer 2 (ITS2) diurutkan untuk mengungkapkan
variasi genetik dariT.hoshinotadikumpulkan dari 11 ekoregion laut di seluruh Indo-Pasifik
hak cipta Barat. Kedua jaringan hemat statistik berdasarkan COI dan nuklir ITS2 didominasi oleh
2022 Chow dkk.
haplotipe umum. BerpasanganFSTdan Isolasi berdasarkan jarak dengan uji Mantel ITS2
Didistribusikan di bawah menunjukkan aliran gen moderat ada di antara sebagian besar populasi di ekoregion laut
Creative Commons CC-BY 4.0
Pasifik Barat, Segitiga Karang, dan Timur
AKSES TERBUKA S

Bagaimana mengutip artikel ini?Chow SW, Keshavmurthy S, Reimer JD, de Voogd N, Huang H, Wang JT, Tang SL, Schupp PJ, Tan CH,
Liew HC, Soong K, Subhan B, Madduppa H, Chen CA. 2022. Genetika populasi dan demografi cyanobacteriosponge pembunuh karang,
Terpios hoshinota,di Indo-Pasifik Barat.RekanJ10:e13451http://doi.org/10.7717/peerj.13451
 Samudra Hindia, tetapi dengan aliran gen terbatas antara wilayah ini dan Maladewa di
Samudra Hindia Tengah. Analisis demografis dari sebagian besarT.hoshinotapopulasi
konsisten dengan keseimbangan mutasi-drift, kecuali untuk Laut Sulawesi dan Maladewa,
yang menunjukkan kemacetan setelah ekspansi baru-baru ini. Hasil kami menunjukkan bahwa
sementara penyebaran jarak jauh mungkin menjelaskan kemampuanT.hoshinotamenyebar di
IWP, demografi populasi yang stabil mungkin menjelaskan kegigihan jangka panjang dari
T.hoshinotawabah di terumbu lokal.

mata pelajaranKeanekaragaman Hayati, Ekologi, Biologi Kelautan, Biologi Molekuler, Biologi Populasi

Kata kunciTerpios hoshinota, Biogeografi, Indo-Pasifik, Ekoregion laut, Wabah lokal,

Penyebaran

PENGANTAR
Kompetisi antar organisme sessile berperan sebagai salah satu faktor ekologis untuk membentuk
keanekaragaman hayati dan struktur komunitas terumbu karang (diulas dalamNorström dkk.,
2009;Chadwick & Morrow, 2011). Ketika gangguan antropogenik seperti perubahan iklim global,
penangkapan ikan berlebihan, polusi, penyakit karang, dan spesies invasif meningkat (Hughes et
al., 2003;Hoegh-Guldberg dkk., 2007), ancaman ini dapat melemahkan karang pembentuk
terumbu zooxanthellata dalam pertemuannya dengan organisme sessile lainnya selama interaksi
kompetitif. Hal ini pada akhirnya menyebabkan perubahan komposisi organisme bentik dari
dominasi karang menjadi komunitas yang didominasi oleh pesaing seperti makroalga, spons,
ascidian, zoantharian, anemon laut, atau corallimorpharian (Hatcher, 1984;Chen & Dai, 2004;Loya,
2004;Norström dkk., 2009;Reimer dkk., 2021).
Cyanobacteriosponges yang terkait dengan cyanobacteria fotosintesis terdiri dari satu
kelompok bentik yang bersaing untuk substrat dengan karang pembentuk terumbu karena
pertumbuhan yang cepat (lebih cepat dari spons tanpa simbion fotosintesis) dan agresivitas, yang
mengakibatkan pertumbuhan berlebih dan pembunuhan karang (Vicente, 1990;Rutzler & Muzik,
1993;Diaz' et al., 2007, diulas dalamUsher, 2008).Terpios hoshinota(Rutzler & Muzik, 1993) (Famili
Subertidae) adalah cyanobacteriosponge bertatahkan dengan tingkat pertumbuhan sekitar 1−2,5
mm/hari (Plucer-Rosario, 1987;Rutzler & Muzik, 1993;Soong, Yang & Allen Chen, 2009). Apalagi
karena bentuknya yang datar (Wilkinson, 1983;Wilkinson, 1987), tipis, struktur seperti lembaran
(<1mm),T.hoshinotadengan kuat melapisi karang dengan menembus jauh ke dalam kerangka
karang (Hirose & Murakami, 2011, Lihat jugaWang dkk., 2015). Karakteristik lain dari spons ini
adalah adanya populasi cyanobacteria fotosintesis yang sangat padat di mesohyl (Bryan, 1973;
Plucer-Rosario, 1987;Rutzler & Muzik, 1993;Liao dkk., 2007; ditinjau dalamUsher, 2008).
Cyanobacteria ini termasuk dalam kelompok yang terkait erat denganProkloronspp., (menempati
>50% dari total kepadatan sel, dan berkontribusi pada warna abu-abu/hitam spesies (Rutzler &
Muzik, 1993;Hirose & Murakami, 2011;Tang dkk., 2011). efisiensi dariT.hoshinotauntuk tumbuh di
karang hidup daripada substrat lain (Chen, Kuo & Chen, 2009) karena fitur morfologi plastiknya,
termasuk ujung berbulu yang dikemas dengan cyanobacteria, jaringan spons, dan spikula (Wang
et al., 2012a), dan kemampuan untuk berubah dari struktur seperti lembaran bertatahkan menjadi
jaringan seperti benang untuk bergerak

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 26/2

 melintasi area yang diarsir atau mencapai wilayah baru (Soong, Yang & Allen Chen, 2009;Wang et
al., 2012a).Terpios hoshinotasering mengalahkan pesaing karang dan mengubah fungsi ekosistem
(Madduppa et al., 2017;Nugraha, Zamani & Madduppa, 2020). Kadang-kadang, spesies
menunjukkan pertumbuhan negatif dan bahkan dapat ditumbuhi oleh spesies karang tertentu
atau ganggang berkapur merah (Plucer-Rosario, 1987;Wang et al., 2012a). Pengukuran foto-
fisiologis dan analisis isotop stabil telah menunjukkan bahwaT.hoshinotabersaing dengan karang
tidak hanya dengan transformasi morfologi dari asosiasi sponge-cyanobacteria, tetapi juga secara
fisiologis mengungguli lawan dalam mengumpulkan sumber daya untuk kompetisi (Wang dkk.,
2015).
Karakteristik unik ini memberiT.hoshinotakapasitas 'pembunuh karang' dan memungkinkannya
dengan cepat menumbuhkan koloni karang atau substrat keras lainnya. Akibatnya, spesies tersebut
telah menyebabkan degradasi yang signifikan pada komunitas karang di banyak terumbu di seluruh
Indo-Pasifik Barat (IWP) (Yayasan Pusat Taman Laut, 1986;Rutzler & Muzik, 1993;Liao dkk., 2007;Chen,
Kuo & Chen, 2009;Reimer et al., 2011;Shi et al., 2012). Terjadinya
T.hoshinotapertama kali dilaporkan di terumbu tepi Guam pada tahun 1973 (Bryan, 1973). Di antara
37 terumbu karang yang disurvei di Guam, 25 memiliki tutupan hampir seluruhnya bertatahkan
T.hoshinotayang bervariasi dalam ukuran dari beberapa patch kecil hingga area hingga 1.000 m2(Bryan, 1973;
Plucer-Rosario, 1987), dan di beberapa lokasi terumbu karangT.hoshinotamasih bertahan sampai sekarang (
Myers & Raymundo, 2009;Schils, 2012).
Dalam empat dekade terakhir,T.hoshinota-penurunan cepat terkait tutupan karang telah
dilaporkan dari terumbu di Okinawa, Jepang (Yayasan Pusat Taman Laut, 1986; Rutzler &
Muzik, 1993;Reimer, Nozawa & Hirose, 2010;Reimer et al., 2011;Yomogida dkk., 2017), dan
Kepulauan Hijau dan Anggrek, Taiwan, menyebabkan penurunan yang signifikan pada
tutupan karang hidup (Liao dkk., 2007;Chen, Kuo & Chen, 2009;Soong, Yang & Allen Chen,
2009). Selain peran yang disarankan dariT.hoshinotadalam degradasi tutupan karang hidup
dan penurunannya antara tahun 2002 dan 2008 di terumbu Pulau Yongxing, Cina (Shi et al.,
2012), spesies ini juga telah tercatat dari Lizard Island di Great Barrier Reef, Australia (Fujii
dkk., 2011), Pulau Tioman, Malaysia (Hoeksema, Waheed & de Voogd, 2014), dan Kepulauan
Seribu (Jawa Barat) dan Kepulauan Spermonde (Sulawesi Barat Daya), Indonesia (DeVoogd,
Cleary & Dekker, 2013;Hoeksema, Waheed & de Voogd, 2014;vander Ent, Hoeksema & de
Voogd, 2016;Madduppa et al., 2017;Utami, Zamani & Madduppa, 2018;Nugraha, Zamani &
Madduppa, 2020). Pengamatan baru-baru ini juga mengkonfirmasi terjadinyaT.hoshinotadi
Samudera Hindia, termasuk Maladewa (Montano dkk., 2014), Mauritius (Elliott et al., 2016a;
Elliott et al., 2016b), dan terumbu karang pantai Kimberley, Australia Barat (Fromont,
Richards & Wilson, 2019). Informasi biogeografis ini menunjukkan kemungkinan distribusi
luas dariT.hoshinotadi IWP dan menjadikan spesies ini sebagai potensi ancaman luas bagi
karang dan terumbu karang (Tabel S1).
Sementara banyak penelitian telah melihat mekanismeT.hoshinotakeberhasilan kompetitifnya,
sedikit yang diketahui tentang struktur populasi dan sejarah demografinya berdasarkan genetika
molekuler di seluruh jangkauannya. Sebagian besar studi tentangT.hoshinotatelah berfokus pada
ekologi, fisiologi (Soong, Yang & Allen Chen, 2009;Hirose & Murakami, 2011;Wang et al., 2012a;
Wang dkk., 2012b;DeVoogd, Cleary & Dekker, 2013;Wang dkk., 2015;Nozawa, Huang & Hirose,
2016;Nugraha, Zamani & Madduppa, 2020), distribusi (Elliot dkk.,

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 3/26

 2016a;Elliott et al., 2016b;Madduppa et al., 2017;Yang dkk., 2018;Diraviya Raj et al., 2018;
Ashok dkk., 2019;Das dkk., 2019;Thinesh dkk., 2015), preferensi habitat (Schils, 2012; Hsu,
Wang & Chen, 2013;vander Ent, Hoeksema & de Voogd, 2016;Elliott et al., 2016a; Elliott et al.,
2016b), dan interaksi antara spons dan organisme bentik lainnya (Reimer et al., 2011;Wang et
al., 2012a;Wang dkk., 2012b;Hoeksema, Waheed & de Voogd, 2014;Thinesh et al., 2017a;
Thinesh dkk., 2017b;Syue, Hsu & Soong, 2021).vander Ent, Hoeksema & de Voogd (2016)
meneliti variasi genetik dariT.hoshinotaditemukan di Kepulauan Spermonde, Indonesia,
dengan mengurutkan partisi mitokondria COI (COI) dan gen 28S ribosom nuklir (28S). Dua
haplotipe COI yang berbeda dari urutan COI di GenBank ditemukan di nusantara. Survei
terbaru tentang keanekaragaman hayati terumbu karang mengungkapkan laporan pertama
tentangT.hoshinotadi terumbu karang pantai Kimberley, Australia Barat (Fromont, Richards &
Wilson, 2019) menyarankan bahwaT.hoshinotamungkin baru saja tiba di Kimberley, mungkin
setelah 2014 (Fromont & Sampey, 2014;Bryce, Bryce & Radford, 2018), meskipun mungkin
sudah ada sebelumnya tetapi tidak terdeteksi. Menariknya,
T.hoshinotadi Kimberley memiliki haplotipe COI yang identik dengan rekanannya dari Kepulauan
Spermonde, Indonesia, yang mungkin menyiratkan bahwa ada penyebaran trans-equatorial di
spons ini. Untuk lebih memahami caranyaT.hoshinotapenyebaran dan wabah, pengambilan
sampel skala luas dan pemeriksaan variasi genetik di seluruh rentang biogeografisnya diperlukan.

Dalam penelitian ini, kami mengambil sampelT.hoshinotadari distribusinya yang saat ini
diketahui di IWP dan memeriksa variasi dalam urutan COI dan inti ribosomal internal transcribe
spacer (ITS). Dengan mengungkapkan struktur genetik populasi dan sejarah demografi, hipotesis
potensial tentang bagaimanaT.hoshinotamenyebar dan menjajah di IWP diusulkan.

BAHAN DAN METODE

Contoh
Semua spesimen dikumpulkan dengan izin dan izin pengambilan sampel jika diperlukan (izin tidak
diperlukan untuk pengambilan sampel di Jepang, Taiwan, Cina). Sebanyak 234 spesimen Terpios
hoshinotadiperiksa dalam penelitian ini (Gambar 1,Tabel 1). Kami mengumpulkan spesimen di setiap
lokasi mulai dari minimal 1 hingga maksimal 41 spesimen. Variasi dan ketidakseragaman dalam
pengambilan sampel ini disebabkan oleh beberapa faktor: (1) variasi jumlah sampel
T.hoshinotadi lokasi yang berbeda, (2) pekerja lapangan tidak mengidentifikasiT.hoshinotadi lapangan, dan (3)
pembatasan pengambilan sampel dalam beberapa kasus (misalnya, Karang Penghalang Besar). Setelah
pengumpulan, makro-invertebrata dan komensal dihilangkan dengan hati-hati. Semua sampel diawetkan
dalam etanol 75% di dalam tabung centrifuge dan disimpan pada suhu 20◦C sampai ekstraksi.
Untuk Guam, sampel dikumpulkan dengan izin dari Departemen Pertanian Divisi Sumber
Daya Perairan dan Margasatwa (DAWR) Guam dan sertifikat asal dari DAWR diperoleh
sebelum pengiriman. Izin tidak diperlukan untuk mengumpulkan spons di Green Island dan
di China. Untuk Indonesia, izin dikeluarkan oleh Kementerian Riset, Teknologi & Pendidikan
Tinggi RI (skema KLN RISTEKDIKTI, 2016-2018) No. 011/SP2H/LT/DRPM/IV/2017. Untuk
Malaysia, izin pengambilan sampel dikeluarkan oleh Marine Park and Resource Management
Division, Department of Fisheries Malaysia (sebelumnya

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 26/4

 Hap2

SEBUAH

Hp6 C2 C1

Hp6
Hap3

Australia Barat Laut

Rak
SCS (Pulau Samudera)

Selat Torres
GBR Utara
Laut Sulawesi

Hap2 Pulau Mariana

Kuroshio Selatan

Hap3 / Hap12 Maladewa

10 sampel uroshio Sunda Kecil Pulau Mariana

B
K . Selatan

SCS (O ceanic Is.) Laut Sulawesi Maladewa

sunda Rak Sulawesi Timur Laut Selat Torres

1 sampel selatan rn Jawa Papua GBR Utara

Hp22
Hp10

Hap15
Hap1 Hap2
Hap4
Hp6

Hp19 Hap12

Hap7
Hp14
Hap13

Hap21
Hp8
Hp9 Hap5
Hp20
Hap11
hal 3 Hap16
Hap17
Hp23
Hp18

Gambar 1Jaringan hemat statistik menunjukkan hubungan antara (A) sitokrom oksidase I dan (B)
sekuens spacer 2 transkripsi internal dariT.hoshinotapopulasi berdasarkan ekoregion laut. Ukuran
lingkaran relatif terhadap jumlah haplotipe yang ada dalam dataset, lingkaran hitam kecil menunjukkan
node, tanda palka menunjukkan haplotipe yang hilang, dan ''Hap'' mewakili Haplotipe di penanda ITS dan
COI. Haplotipe diwarnai oleh definisi ekoregion laut.
DOI ukuran penuh: 10.7717/peerj.13451/fig-1

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 26/5

 Departemen Taman Laut Malaysia) dengan izin Pengambilan Sampel: JTLM 630-7 JLD. 4(8).
Sampel dari Australia adalah bagian dari Sensus Kehidupan Laut/Sensus Terumbu Karang,
dengan izin No. G32313.1 yang dikeluarkan oleh Otoritas Taman Laut Great Barrier Reef.

Ekstraksi DNA dan amplifikasi PCR

DNA genom diekstraksi dari 25 mg jaringan spons bersih menggunakan Kit Jaringan Mudah DNA
(Qiagen) sesuai dengan instruksi pabrik. Spesimen yang digunakan untuk pengurutan COI berasal
dari Green Island (n=12), Lanyu (3), Wanlitung (1), Guam (2), Maladewa (5), Miyako (2), Bise (6),
Shiraho (1), Yakomo (2), Lizard Island (1), dan Xisha (3). Sebuah fragmen yang mengandung 650-bp
COI dariT.hoshinotadiperkuat oleh set primer universal (Folmer et al., 1994) LCO 1490: 5kan
-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3kan) dan HCO 2198: 5kan-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3
kan). Siklus termal untuk PCR terdiri dari 1 siklus pada 94◦C selama 2 menit, diikuti oleh 35 siklus
pada 94◦C selama 50 detik, 40◦C selama 55 detik, 72◦C selama 60 detik, dan siklus akhir 72◦C selama
7 menit. Produk yang diperkuat secara langsung diurutkan di kedua arah (Mission Biotech Taiwan,
http://www.missionbio.com.tw).
Selain itu, primer universal untuk memperkuat seluruh spacer transkripsi internal ribosomal
nuklir (ITS), (ITS4: 5kan-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3kan; EF3RCNL: 5kan-
CAAACTTGGTCATTTTAGAGGA-3kan) (Tuhan dkk., 2002), digunakan untuk merancang primer ITS 2
spesifik untukT.hoshinotaseperti di bawah ini. Jumlah sampel yang digunakan untuk kloning
adalah; Pulau hijau (n=9) LiuMaGou (2), ChaiKou (1), BiTouXi (2), mata air panas ZhaoRi (2), Danau
YouZi (1) dan Shiraho, Jepang (1). Sampel DNA diamplifikasi dengan PCR dengan 1 siklus pada 94◦C
selama 3 menit, 94◦C selama 30 detik, 54◦C selama 90 detik, dan 72◦C selama 60 detik pada 35
siklus, diikuti oleh siklus akhir 72◦C selama 10 menit. Panjang produk PCR (∼650 bp) kemudian
dikonfirmasi dengan elektroforesis gel (1% agarosa). Produk PCR kemudian dikloning dengan
menggunakan kit kloning Invitrogen TA (Thermo Fisher Scientific, https://www.thermofisher.com/
tw/zt/home/life-science/cloning/ta-cloning-kits.html) mengikuti protokol pabrikan. Plasmid yang
diobati mengandung Ampisilin (50µL), IPTG (0,5 mM), X-Gal (50µg/ml) kemudian ditambahkan ke
dalam pelat agar Luria Bertani untuk kloning. Klon positif dipilih selama langkah transformasi dan
minimal 20 klon diambil untuk setiap set sampel spons, diikuti oleh PCR dengan primer universal
(ITS4, EF3RCNL). Sebanyak 111 klon positif dipilih dan diamplifikasi untuk wilayah ITS yang telah
diselesaikan. Urutan DNA ITS yang dikloning dikirim ke GenBank menggunakanledakanpilihan,
dan urutan yang cocok 100% dengan spesies non-poriferan dikeluarkan dari analisis berikut. Dari
111 klon ITS, 72 sekuens cocok dengan spesies spons (Hymeniacidon heliophila, Aksesi:AB250764)
dengan nilai kesamaan 80 hingga 89% (Gambar. S2). Primer untuk region yang sangat bervariasi
dari internal transscribed spacer 2 (ITS2) dirancang oleh Geneious Pro 4.5 ''Primer3' (Untergasser
et al., 2012) modul dengan nilai default dan memperbaiki strukturnya untuk mencegah struktur
jepit rambut atau masalah selfannealing oleh Primer Select (Lasergene). Set primer yang dirancang
adalah ITS2Fwd: 5kan- TTTGCAGACGGACAGCCTCA -3kan, ITS2Rev: 5kan-
TTTTACTGTGCACCCCTCTCAG-3kan). Uji Temperatur Gradient PCR dilakukan untuk mencari
temperatur annealing terbaik untuk Primer ITS2, temperatur mulai dari 47◦C sampai 65◦C
ditetapkan sebagai ruang lingkup gradien suhu yang datang dengan 10 langkah gradien suhu
dengan masing-masing gradien naik pada 2◦C. Gel

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 26/6

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451

Tabel 1Indeks keragaman genetik dan uji netralitasT.hoshinota.Ekoregion, Ukuran sampel (n), nomor urut bertahap (seqs), haplotipe (h), keragaman nukleotida (π),
keragaman haplotipe (hd), p-distance(p-dist), standar deviasi (SD), Tajima's D, Fu's FS, mismatch distribution, Ramos-Onsins' R2 termasuk yang terkaitp-nilai dan status
ekspansi saat ini disimpulkan dari uji netralitas.

Ekoregion n seq h π (SD) hd(SD) p-dist (SD) Tajima's Fu ketidakcocokan Ramos-Onsins' Ekspansi
D FS distribusi R2
Kuroshio Selatan 109 115 12 0,0107 (0,00160) 0,435 (0,058) 1,373 (0,562) 0,0998 6 3.959 Multimodal 0,0696 Tidak

laut Cina Selatan 9 17 0,0245 (0,00490) 0,853 (0,047) 3.132 (1.064) 1.1448 0,671 bimodal 0.1958 Tidak

Kepulauan Laut

Paparan Sunda 10 10 3 0,0083 (0,00357) 0,600 (0,131) 1,067 (0,558) 0,943 0,603 Biomdal 0.2324 Tidak

Jawa Selatan 23 32 9 0,0176 (0,00120) 0,835 (0,039) 2.246 (0.947) 0,8501 − 1.586 Multimodal 0,1594 Tidak

Sunda Kecil 14 15 3 0,0046 (0,00800) 0,562 (0,095) 0,610 (0,484) 0,0238 0,064 Unimodal 0,1724 Tidak

Laut Sulawesi 9 10 2 0,0031 (0,00161) 0,378 (0,181) 0,400 (0,274) 1,4009 1,164* Unimodal 0.2 Ya
(miring)
Sulawesi Timur Laut 3 4 4 0,0221 (0,00509) 1.000 (0,177) 2.833 (1.224) 0.3719 1.322 Biomdal 0,159 Tidak

Papua 6 8 4 0,0173 (0,00267) 0,750 (0,139) 2.214 (1.050) 1.8739 0,96 Biomdal 0.2768 Tidak

Kepulauan Mariana 24 36 5 0,0104 (0,00116) 0,625 (0,065) 1,333 (0,735) 1.911 0,581 bimodal 0.2222 Tidak

Maladewa 25 28 3 0,0021 (0,00109) 0,204 (0,098) 0,269 (0,214) 1.164* 1,828* Unimodal 0.1052 Ya
(miring)
Torres Strait Utara GBR 2 2 1 0 0 0 - - - - -
Total/rata-rata 234 277 23 0,0174 (0,00079) 0,736 (0,025) 2,232 (0,863) 0,337 − 8.081* bimodal 0,0582

Catatan.

n, Ukuran sampel; seqs, nomor urut bertahap;h, haplotipe;π, keragaman nukleotida;hd,keragaman haplotipe; p-dist, p-jarak; SD, simpangan baku.
*P <0.05.
26/7
 Gambar elektroforesis menunjukkan bahwa suhu anil terbaik adalah 53◦C. Kondisi PCR optimal primer
ITS2 adalah: 1 Siklus pada 94◦C selama 3 menit, 94◦C selama 30 detik dengan 53◦C selama 30 detik dan 72
◦C selama 30 detik pada 35 siklus, kemudian selesai dengan 1 siklus 72◦C selama 10 menit. Primer baru
ini kemudian digunakan untuk amplifikasi PCR berikutnya dan pengurutan langsung dari sisanya
T.hoshinotaspesimen (Genomics Taiwan,https://en.genomics.com.tw).

Analisis data
Karena jumlah pengambilan sampel yang tidak sama di berbagai terumbu, kami mengelompokkan
spesimen (Tabel 1,Tabel S2,S3) berdasarkan ekoregion laut (Spalding dkk., 2007) untuk
mendapatkan resolusi yang lebih baik pada keragaman genetikT.hoshinotadi IWP. Urutan DNA
dibersihkan secara visual berdasarkan kualitas dan akurasi menggunakan Geneious R10 (https://
www.geneious.com). Urutan dipangkas dan disejajarkan dengan algoritma MAFFT (Katoh &
Standley, 2013) untuk analisis hilir. Semua urutan COI yang diperoleh dalam penelitian ini
diserahkan ke GenBank dengan nomor aksesiMZ914515-MZ914532danOK576574-OK576593.
Haplotipe COI yang dilaporkan sebelumnya tersedia dari GenBank diunduh dan ditambahkan ke
dataset kami (KJ008098,MN507872,MN507873,KP764915,KP764916,MN507874- MN507878).
Keanekaragaman genetik indeks keanekaragaman nukleotida (π), jumlah haplotipe (h), dan
keanekaragaman haplotipe (hd) dihitung menggunakan DnaSP V.6.12.03 (Rozas dkk., 2017). Rata-
rata jarak genetik berpasangan yang tidak dikoreksi (p-jarak) dihitung dengan MEGA 7 (Kumar,
Stecher & Tamura, 2015). Hubungan antara sampel yang diurutkan dianalisis menggunakan
algoritme jaringan hemat statistik yang diterapkan di PopART V.1.7 (Leigh & Bryant, 2015).

Kromatogram ITS2 dianalisis mengikuti prosedur untuk penanda urutan nuklir yang
dijelaskan dalam (Fontaneto, Flot & Tang, 2015;Fontaneto, Flot & Tang, 2015). Urutan secara
bertahap menggunakan situs statistik phylogeny.fr. Pentahapan adalah sepele untuk spons
homozigot (yang tidak memiliki puncak ganda) dan spons yang hanya memiliki satu puncak
ganda (yaitu, terdiri dari dua jenis urutan ITS1 yang berbeda pada satu posisi). Spons yang
hanya memiliki beberapa puncak ganda, seperti yang diharapkan dari superposisi dua jenis
urutan ITS2 dengan panjang yang sama berbeda di beberapa posisi, difase menggunakan
program PHASE V.2.1.1 (Stephens, Smith & Donnelly, 2001) dan SeqPHASE (Flot, 2010) di
mana kombinasi alel dengan skor probabilitas di atas 0,8 dipilih untuk analisis. Menggunakan
penanda ITS2, 234 sampelT.hoshinotaberhasil diurutkan. Ada 191 individu homozigot dan 43
heterozigot, dan karenanya total 277 urutan yang sesuai dengan 23 haplotipe (panjang 128
bp) diperoleh (Tabel 1). Semua urutan dikirimkan ke GenBank dengan nomor aksesi
MZ468904- MZ469137. Jaringan haplotype dibangun dengan algoritma jaringan statistik
parsimony (Templeton, Crandall & Sing, 1992) oleh perangkat lunak PopART V.1.7
berdasarkan ekoregion laut (Spalding dkk., 2007). Indeks keragaman genetik berarti jarak
genetik berpasangan yang tidak dikoreksi (p-jarak) dihitung seperti yang dijelaskan pada
bagian sebelumnya (analisis urutan COI). Model yang paling cocok untuk substitusi
nukleotida dilakukan oleh jModelTest V.2.1.10 (Darriba dkk., 2020), dengan model evolusi TrN
yang paling sesuai untuk model substitusi nukleotida dari urutan ITS2. Untuk menguji
peristiwa demografis masa lalu, kami menggunakan Tajima's D (Tajima, 1989) dan Fs Fu (Fu,
1997) di DNASP

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 8/26

 dengan 10.000 simulasi di bawah model netralitas selektif. Grafik distribusi ketidakcocokan diplot
dalam DnaSP V.6.12.03 untuk mengungkapkan bukti perluasan jangkauan spasial atau populasi
yang stabil (Tajima, 1989). Perubahan demografis juga diperiksa oleh Ramos-Onsins' R2di DnaSP
V.6.12.03 dengan 10.000 permutasi, yang lebih kuat untuk mendeteksi peristiwa demografis masa
lalu daripada indeks kekasaran Harpending (Harpending et al., 1993) atau Fu's Fs ketika ukuran
sampel relatif kecil (Ramos-Onsins & Rozas, 2002). R2
dapat mendeteksi pertumbuhan populasi yang kuat baru-baru ini, dan nilai yang tidak signifikan
menunjukkan tidak ada penyimpangan terhadap hipotesis nol dan dengan demikian mewakili ukuran
populasi yang konstan (Ramos-Onsins & Rozas, 2002). Diferensiasi populasi diperiksa menggunakan Weir
dan Cockerham FSTpenaksir (Weir & Cockerham, 1984) oleh Arlequin 3.5 (Excoffier & Lischer, 2010), dan
tingkat signifikansi (p=0.001) dinilai menggunakan 10.000 ulangan permutasi. GlobalFST
dan rata-rataFSTper populasi berikut dengan pengelompokan populasi UPGMA
diperoleh dari GraphPad Prism 9. Analisis isolasi-oleh-jarak (Slatkin, 1987;Slatkin, 1993)
dilakukan melalui linierisasi berpasanganFSTperkiraan (FST/1-FST), dan jarak geografis
berkorelasi dariT.hoshinotapopulasi berdasarkan ekoregion laut menggunakan uji
Mantel standar yang diterapkan dalam GENODIVE V.3.05 (Meirman, 2020). Regresi linier
dari linearized pairwiseFSTnilai dan log transformasi jarak geografis diplot oleh
GraphPad Prism 9.

HASIL
Keragaman genetik COI mitokondria dan jaringan hemat statistik
Urutan COI diperoleh dari 37Terpios hoshinotaspesimen di 10 populasi di IWP hampir
identik, dengan hanya 3 situs informatif filogenetik yang diidentifikasi. Dengan
menambahkan 10 urutan dari GenBank, urutan COI untukT.hoshinotamembentuk jaringan
hemat statistik tunggal yang terdiri dari lima haplotipe, dengan 1 hingga 2 langkah mutasi
terbukti di antara sekuens (Gambar 1A) memiliki keragaman nukleotida rata-rata (π) dari
0,00185, keragaman haplotipe (hd) dari 0,416, danp-jarak 1,09 (Tabel S3), masing-masing. C2
adalah haplotipe dominan (n=35, 74,47%) pada spesimen dari ekoregion laut utama, kecuali
spesimen dari Selat Torres (GBR Utara). C3 menduduki peringkat sebagai haplotipe paling
dominan kedua (n=9, 14,89%) dalam sampel dari Guam, Indonesia, dan Kuroshio selatan.
Tiga haplotipe COI yang tersisa masing-masing diidentifikasi dari spesimen individu tunggal
dari Xisha, GBR, dan Maladewa. Karena ukuran sampel yang kecil dan variabilitas genetik
yang relatif rendah, COI tidak digunakan dalam demografi historis dan analisis genetik
populasi.

Keragaman genetik ITS2, demografi, diferensiasi populasi, dan

jaringan hemat statistik
Jumlah sampel (n), keragaman nukleotida (π),p-jarak, haplotipe (h), dan
keanekaragaman haplotipe (hd) dari ITS2 diTerpios hoshinotaberdasarkan ekoregion
laut ditunjukkan padaTabel 1. Urutan ITS2 identik dalam dua sampel dari Selat Torres,
GBR utara, dikeluarkan dari perbandinganπ,hd,p-jarak, dan mengikuti demografi danFST
-statistik. Artinyap-jarak berkisar dari 0,269 di Maladewa hingga 3,132 di Kepulauan
Oseanik Laut Cina Selatan. Pola serupa terlihat pada keragaman nukleotida, dengan

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 9/26

 0,0021 di Maladewa dan 0,00245 di Kepulauan Oseanik Laut Cina Selatan. Jumlah haplotipe
berkisar dari 1 di Selat Torres, GBR utara, hingga 12 di Kuroshio Selatan, dengan keragaman
haplotipe mulai dari 0,117 di Maladewa hingga 1 di Sulawesi Timur Laut.
Demografi sejarahTerpios hoshinotadisimpulkan oleh D Tajima positif untuk sebagian besar
populasi kecuali yang berasal dari Paparan Sunda, Laut Sulawesi, dan Maladewa (Tabel 1). Hasil uji
Fs Fu juga menunjukkan nilai positif untuk sebagian besar populasi kecuali yang berasal dari
Kuroshio Selatan, Jawa Selatan, Laut Sulawesi, Sulawesi timur laut, dan Maladewa. Hanya Laut
Sulawesi dan Maladewa yang memiliki nilai D dan Fu Tajima yang negatif dan signifikan secara
statistik, menunjukkan kelebihan haplotipe langka di atas apa yang diharapkan di bawah netralitas
dan menolak hipotesis nol tentang ukuran populasi konstan pada keseimbangan pergeseran-
mutasi;yaitu, Populasi Laut Sulawesi dan Maladewa mungkin mengalami ekspansi populasi atau
berada di bawah seleksi positif. Populasi yang tersisa secara statistik tidak menyimpang dari
netralitas, menunjukkan ukuran populasi mereka berada pada keseimbangan mutasi dan tidak
ada yang secara signifikan menyimpang dari netralitas (Ramos-Onsins' R2,Tabel 1). Empat jenis
model distribusi ketidaksesuaian diamati pada: Terpios hoshinotamelintasi IWP: unimodal,
unimodal miring, multimodal, dan bimodal (Tabel 1,Gambar. S1). Sementara Sunda Kecil
menunjukkan distribusi unimodal yang menunjukkan hubungan dengan model ekspansi
mendadak, baik Laut Sulawesi dan Maladewa menunjukkan distribusi unimodal miring yang
menunjukkan ekspansi baru-baru ini atau peristiwa bottleneck. Populasi yang tersisa memiliki
distribusi multimodal atau bimodal yang menunjukkan ukuran populasi konstan atau adanya
kontak sekunder dari dua garis keturunan yang berbeda (Alvarado Bremer dkk., 2005;Jenkins,
Castilho & Stevens, 2018).
Dua ratus tujuh puluh tujuh urutan ITS2 dariT.hoshinotadikategorikan menjadi 23 haplotipe di
seluruh IWP (Gambar 2.), membentuk jaringan hemat statistik tunggal yang terdiri dari 1 hingga 5
langkah mutasi yang terbukti di antara spesimen (Gambar 1B). H3 merupakan haplotipe yang
paling dominan (n=133, 48,01%) terdapat di semua lokasi pengambilan sampel kecuali Maladewa,
GBR, Xisha, dan Yakomo (Gambar 2.). H6 adalah haplotipe paling dominan kedua (n=35, 12,64%),
dan hanya ada di lokasi dekat khatulistiwa atau di belahan bumi selatan, termasuk Laut Sulawesi,
Jawa Selatan, Maladewa, dan GBR. H2 adalah haplotipe ketiga yang paling dominan (n=31, 11,91%,
terdapat dalam sampel dari Guam, Kepulauan Oseanik Laut Cina Selatan, Paparan Sunda, dan Jawa
Selatan. Haplotipe lainnya hadir baik dalam frekuensi rendah atau terbatas pada populasi tunggal;
misalnya H22 dan H23 terjadi di Xisha, China, H19 di selatan Jawa, dan H18 di Papua, Indonesia (
Gambar. 1B,2).
Diferensiasi populasi berdasarkan ekoregion laut diperiksa secara berpasanganFST
- statistik (Gambar 3,Tabel S4). Delapan belas dari 55 (32,73%) berpasanganFSTnilainya
berbeda nyata (p<0,001), dengan negatifFSTnilai di Kuroshio Selatan - Laut Sulawesi (−0,003),
Jawa Selatan - Sulawesi Timur Laut (−0,1017), dan Maladewa –GBR (−0,286). NegatifFST
nilai menunjukkan lebih banyak variasi di dalam daripada di antara populasi atau hasil dari ukuran sampel yang
tidak merata (Holsinger & Weir, 2009;Gerlach et al., 2010). ItuFSTpeta panas (Gambar 3) dengan jelas
menunjukkan bahwa Maladewa, yang terletak di tengah Samudera Hindia, memiliki pasangan yang signifikan F
STnilai (kecuali satu dengan Sulawesi Timur Laut) dibandingkan dengan semua populasi lain di ekoregion laut di
Samudra Hindia bagian timur, Segitiga Karang, dan Pasifik Barat, dengan populasi terbesarFST(0,6687)
ditampilkan di antara Maladewa dan Paparan Sunda. Pengujian untuk

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 10/26

 H1 H2 H3 H4 H5

H6 H7 H8 H9 H10

H11 H12 H13 H14 H15

YAK
ARA BSE H16 H17 H18 H19 H20

① SHI
MYK H21 H22 H23
WLT GI
LYU
XIS

NEC Guam
② ⑨
⑩
Tp

MDV MAL③
NAT NECC
⑥

BP ⑦ D ⑧
TS
DETIK MKW

④ LMBK
MBD

⑤
EGC
GBR
⑪ DETIK

Gambar 2Peta haplotipe dari urutan ITS2 dari 234T.hoshinotaspesimen dari 22 lokasi pengambilan sampel
dengan jangkauan geografis ekoregion laut dalam penelitian ini.Penyelarasan terdiri dari 277 urutan yang
sesuai dengan 23 haplotipe yang berbeda. Setiap warna mewakili haplotipe yang berbeda, dan setiap diagram
lingkaran mewakili komposisi haplotipe tergantung pada frekuensinya di lokasi pengambilan sampel. Bayangan
abu-abu dengan lingkaran bernomor mewakili rentang geografis ekoregion laut: (1) Kuroshio Selatan, (2) Pulau
Samudera Laut Cina Selatan, (3) Paparan Sunda, (4) Jawa Selatan, (5) Sunda Kecil, (6) Sulawesi Laut, (7) Sulawesi
Timur Laut, (8) Papua, (9) Kepulauan Mariana, (10) Maladewa, (11) Selat Torres GBR Utara. Panah abu-abu mewakili
arus laut dan arahnya. NEC, Arus Khatulistiwa Utara; NECC, Kontra Arus Khatulistiwa Utara; SEC, Arus Khatulistiwa
Selatan; EGC, Arus Gyral Timur. Semua informasi nama rinci tempat pengambilan sampel, singkatan dan tahun
pengumpulan dapat ditemukan diTabel S2. Peta dibuat dari Peta oleh FreeVectorMaps.com (https://
freevectormaps.com).
Ukuran penuh DOI: 10.7717/peerj.13451/fig-2

e oleh
pola jarak spasial isolasi-oleh-jarak performing tes Mantel antara genetik (FST) dan
mengungkapkan signifikan di fi tr elatiokapal (r2=0.2144,p<0.05) untukT.hoshinota
sebuah

seluruh IWP (Gambar 4).

DISKUSI
cyanobacteriospongesT.hoshinotatelah ada di mana-mana di kawasan Indo-Barat-Pasifik
(IWP) dalam beberapa dekade terakhir. Untuk memahami distribusi, ekologi, dan evolusinya,
kami memeriksa variasi genetik, demografi historis, dan diferensiasi populasinya untuk
menyimpulkan mekanisme penyebaran dan wabah yang mungkin terjadi.T.hoshinotadi
seluruh IWP. Hasil kami menunjukkan bahwa; (1)T.hoshinotaadalah cyanobacteriosponge
yang tersebar luas di IWP, dan penanda COI mitokondria dan ITS2 nuklir menunjukkan
haplotipe dominan yang terkait dengan dispersi dan wabahnya, (2) aliran gen moderat ada

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 11/26

 Kuroshio Selatan

Laut Sulawesi

Paparan Sunda

Sunda Kecil

laut Cina Selatan

Pulau Samudera

Jawa Selatan

Sulawesi Timur Laut

papkamu
sebuah

saya
Merusakpulau ana

maldives
Kunci Warna Sunda S hperi

dan

dan
Skeluar Kuros halo

Sea

Cina uth Sea

Papua
Su kecil nda

maldi ves
esi
va
J Selatan sebuah
pulau ceanic sebuah

Mpulau ariana sebuah

utara hsulawesi timur
Sulawesi

HAI
0
0,2 0,4 0.6 0.8
Jadi

Nilai

fi gure 3panas p pasangan

sebuah wini FST v lues com bcocok dengan UPGMA
sebuah cberkilauan antara 1 0 laut
ecHai
wilayah pHai pula tion dariT. hoshinota. GlobalFS Tdan rata-rata usiaFSTpe r populasi n mengikuti g dengan

klaster GMA
KE ATAS g penduduk asi adalah diperoleh from Grap hppad harga m 9. Warna repres kunci ebukan FS T
nilai ues di antara po pulation co perbandingan. Nilai sebenarnya ues untuk setiap h perbandingan anak laki-laki bisa ditemukan di T bisa S4.
Penuh-si ze DOI: 10.7717/p erj.13451 /gambar-3

di antara mostpop ulasi s dalam marine ec oregion dari Barat Pasifik, Clisan Tri sebuah ngle, dan d timur
Samudera Hindia, b di sana sedang istirahat ricted ge aliran bantara sen ral India n Laut dan
tiga lainnya daerah, dan (3) demosi gambar ana lisis dari mostT. hoshinota penduduk ion
konsisten dengan mu tasi-d rkeseimbangan iftbrium, e kecuali untuk Sula laut wesi dan Mal menyelam,
yang punya botol leher Hai llowing baru-baru ini xpansion s.

Variabilitas dari COI dan nd ITS 2 diTe rpios h oshin Hai ta

urutan COI diperoleh dari ini s belajar s hberutang e xsangat spesifik variasi n diT. pengantar rendah
sebuah

hoshinota.Sebuah slo kami berevolusilapisan ion rn dari mi tochond rgeno mes punya diurutkan telah menjadi perwakilan lebih rendah

metazoa, termasuk ding ce rtain lin eusia porifera s dan an thozoa s dalam gen rAl (Shea rer et
al., 2002;Tseng, Wallace & Chen, 2005;W örheide, 2006;H kamu ang dkk . , 2008; Cayam, ku o &
Chen, 2009;Poppe dkk., 2010;Sperling dkk., 2012). Dalam fragmen COI 650-bp, hanya 5
haplotipe s dengan rendahp-jarak 1,09 dan keragaman nukleotida rendah (π =0.00185)
diidentifikasi berasal dari 47T.hoshinotaspesimen dikumpulkan di seluruh IWP. Mitokondria
evolusi gen yang lambat sebelumnya juga ditemukan di demosponge corallineAstrosclera
di seberang willeyana Indo-Pasifik, yang hanya berisi tiga haplotipe COI dengan maksimum

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 26/12

 y= 1,299*x - 3,948 r2

LinearisasiFST(FST/ [1-FST] )
= 0,2144,p=0,01

Catatan10Jarak oseanografi (Km)

Gambar 4Grafik hubungan antara FST linier berpasangan situs dan jarak oseanografi log-
transformasi (km) dari 11 himpunan bagian populasi ekoregion laut.
DOI ukuran penuh: 10.7717/peerj.13451/fig-4

p-jarak 0,418 dan keragaman nukleotida rendah (π =0.00049) (Wörheide, 2006). Juga, dalam
spons lilin kuning (Aplysinaspp.) dari Karibia, tidak ada variasi interspesifik dalam fragmen
COI dan hanya 6 perbedaan nukleotida di antara spesies yang diamati dalam genom
mitokondria lengkap (19,620-bp) (Sperling dkk., 2012). Sebaliknya, dalam penelitian terbaru
pada beberapa spons laut dalam seperti:Poecillastra laminaris,COI menunjukkan perbedaan
genetik yang signifikan antar provinsi dan fitur geomorfik di Selandia Baru (Zeng et al.,
2019).
Berbeda dengan COI, sekuens ITS2, meskipun hanya sepanjang 128 bp, memiliki variasi genetik
yang jauh lebih tinggi (rata-ratap-jarak 1,717 danπ 0,0164) dan mempresentasikan 23 haplotipe di
seluruh wilayah IWP, menunjukkan bahwa ITS2 dapat memberikan lebih banyak informasi untuk
inferensi intraspesifik diT.hoshinota. Namun, tingkat heterogen polimorfisme intragenomik (IGP)
ITS dalam beragam taksa spons laut telah didokumentasikan, dan telah direkomendasikan bahwa
kehati-hatian harus diambil untuk mensurvei tingkat IGP yang berbeda sebelum menerapkan ITS
dalam studi filogenetik di bawah tingkat spesies. (Wörheide, 2006;Wörheide, Epp & Macis, 2008).
Dalam penelitian ini, kami mengembangkan ITS2 melalui serangkaian evaluasi subkloning yang
memungkinkan kami melakukan PCR dan secara langsung mengurutkan seluruh wilayah. IGP
yang relatif rendah terdeteksi di ITS2. Mengikuti prosedur yang dijelaskan dalamFontaneto, Flot &
Tang (2015), ITS2 dapat digunakan sebagai penanda potensial untuk menyimpulkan sejarah
demografi dan genetika populasiT.hoshinotadi seluruh IWP.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 13/26

 Potensi penyebaran dan mekanisme wabah: penyebaran jangka
panjang, wabah lokal, atau keduanya?
COI dan ITS2 menghasilkan jaringan parsimony statistik (SPN) serupa yang menunjukkan
haplotipe dominan yang terdiri dari beberapa langkah mutasi yang terbukti di antara
sekuens dari spesimen. Meskipun jumlah spesimen dan lokasi pengambilan sampel tidak
sama untuk kedua penanda tersebut, hasil kami menunjukkan bahwa, dengan hitungan, ITS2
(π =0.0164) berevolusi 10 kali lebih cepat dari COI (π =0.00185). Kedua penanda
menyelesaikan sebagian besar haplotipe representatif dari rentang distribusiTerpios
hoshinotadi IWP, ditemukan 5 haplotipe COI dari 47 sampel (10%) dan 23 haplotipe ITS2 dari
234 sampel (9%). Dalam COI SPN, haplotipe C2 dominan, sesuai dengan haplotipe ITS2 yang
paling dominan H3 dari Kuroshio Selatan, H2 dari Kepulauan Mariana, H6 dari Maladewa,
dan H22 dan H23 dari Xisha, Kepulauan Laut Cina Selatan. Menariknya, C2 juga sesuai
dengan haplotipe COI yang sebelumnya diidentifikasi dari Kepulauan Spermonde, Indonesia (
vander Ent, Hoeksema & de Voogd, 2016), dan terumbu karang pantai Kimberley, Australia
Barat (Fromont, Richards & Wilson, 2019), menunjukkan bahwa C2/H3 adalah haplotipe
utama dalam membentuk demografi, struktur genetik populasi, dan kemungkinan wabah
T.hoshinotadi IWP.
Sejak penemuan pertamanya di Guam (Bryan, 1973), kejadian dan wabahTerpios
hoshinotatelah dilaporkan di sepanjang ekoregion laut Kuroshio Selatan menuju Kepulauan
Oseanik Laut Cina Selatan, GBR Utara Selat Torres, ekoregion laut di Segitiga Terumbu
Karang termasuk Malaysia dan Indonesia, dan baru-baru ini ke Samudera Hindia (Tabel 1,
Tabel S2). Dengan menempatkan arus laut utama ke lokasi pengambilan sampel dan
ekoregion (Gambar 2.), penyebaran jarak jauh, atau "ekspansi baru-baru ini, mungkin dari
Guam" hipotesis dapat, setidaknya sebagian, menjelaskan bagaimanaT.hoshinotamungkin
telah tersebar di IWP. Dalam hipotesis ini,T.hoshinotadiwakili oleh dua haplotipe ITS2 yang
paling "umum", H3 dan H2, yang menyebar dari Guam sepanjang Arus Khatulistiwa Utara
(NEC) ke barat dan Arus Kuroshio ke utara untuk menyerang terumbu karang di Jepang dan
Taiwan (Liao dkk., 2007;Chen, Kuo & Chen, 2009; ditinjau dalamReimer et al., 2011). Kedua
haplotipe ITS2 ini juga menginvasi South China Sea Oceanic Islands sepanjang cabang Arus
Kuroshio, memasuki Laut China Selatan melalui Selat Luzon dan kemudian bergerak searah
jarum jam pada South China Sea Surface Current (SCSSC) hingga menyebabkan wabah di Itu
Aba, SpratlyYang dkk., 2018, dan Paparan Sunda di Teluk Thailand (Gambar 2.). Di sisi lain,
cabang NEC lainnya, Arus Mindanao, berbelok ke selatan dan diangkutT.hoshinotake
terumbu karang di sekitar Segitiga Terumbu Karang. Arus Mindanao juga menyumbang
transportasi trans-khatulistiwa dariT.hoshinota dari Segitiga Terumbu Karang untuk
menyerang terumbu karang pantai Kimberley, Australia Barat (berbagi haplotipe C2/H3) (
Fromont, Richards & Wilson, 2019). Transportasi lintas khatulistiwaT.hoshinotalebih lanjut
didukung oleh survei bentik jangka panjang dan pemeriksaan koleksi museum, yang
menunjukkan bahwaT.hoshinotamungkin baru saja tiba di Kimberley, mungkin setelah 2014 (
Fromont, Richards & Wilson, 2019). Pengamatan serupa juga terlihat berkaitan dengan
T.hoshinotawabah di terumbu Green Island yang muncul pada tahun 2007 tetapi tidak
tercatat dalam survei ReefCheck antara tahun 1999 dan 2006 (Liao dkk., 2007;Chen, Kuo &
Chen, 2009).

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 14/26

 Hasil dari berpasanganFSTdan isolasi-oleh-jarak (IBD) konsisten dengan hipotesis
''ekspansi baru-baru ini, mungkin dari Guam''. Hanya 32,73% berpasanganFSTnilai yang
signifikan, menunjukkan bahwa ada peristiwa ekspansi baru-baru ini atau aliran gen moderat
ada di antara ekoregion laut di Pasifik Barat, Segitiga Karang, dan Samudra Hindia bagian
timur, tetapi tidak di Samudra Hindia bagian tengah. ItuFSTpeta panas jelas menunjukkan
bahwa Maladewa memiliki jauh lebih tinggiFSTnilai dibandingkan dengan rekan-rekan di
ekoregion laut lainnya (lihat Gambar 3danTabel S4). Selain itu, IBD, pola diferensiasi populasi
berdasarkan model batu loncatan struktur populasi di mana perbedaan genetik antar
populasi meningkat dengan skala geografis, juga signifikan. Divergensi genetik trans-
samudera di Samudra Pasifik dan Hindia telah didokumentasikan di banyak taksa laut tropis (
Crandall dkk., 2008;Wörheide, Epp & Macis, 2008;Bowen et al., 2013;Ma et al., 2018). Sebuah
studi filogeografi pada spons berkapur kuning lemon,Leucetta chagosensis, menunjukkan
bahwa sementara populasi dari Filipina, Laut Merah, Maladewa, Jepang, Samoa, dan Polinesia
secara timbal balik monofiletik, menunjukkan isolasi lama, populasi di sepanjang Arus
Khatulistiwa Selatan di Pasifik barat daya, sebaliknya, menunjukkan efek isolasi-oleh-jarak.
Disimpulkan bahwa pola penyebaranL. chagosensisadalah penyebaran batu loncatan dengan
beberapa pertukaran jarak jauh yang diduga (Wörheide, Epp & Macis, 2008).

Terlepas dari kemungkinan arus laut yang memediasi penyebaranTeripos hoshinotadi IWP,
hipotesis alternatif ''wabah lokal'' juga harus dipertimbangkan, di mana spons dapat muncul di
lingkungan baru melalui peristiwa sesekali atau langka. Satu kaliT.hoshinotatiba di terumbu baru,
mungkin tetap tidak terdeteksi pada kelimpahan rendah untuk jangka waktu yang lama sampai
gangguan lingkungan memicu wabah baru. Penyebaran larvaT.hoshinotapendek, dan larva
pseudoblastulanya telah terbukti merangkak keluar dari oscula dan menetap dengan cepat dalam
1 hari, kemudian memulai metamorfosis pada substrat yang terdiri dari kerangka karang mati dan
cawan petri kaca tetapi tidak pada karang hidup (Wang et al., 2012a;Wang dkk., 2012b;Hsu, Wang
& Chen, 2013;Nozawa, Huang & Hirose, 2016). Tidak adanya larva planktonik dan memiliki
penyelesaian yang cepat bertentangan dengan asumsi dasar hipotesis penyebaran jarak jauh.
Namun, arung jeram dengan bahan apung (misalnya, batu apung), seperti yang terlihat pada
organisme bentik lainnya, konsisten dengan penyebaran jarak jauh (Jokiel, 1984; Jokiel, 1990;Bryan
dkk., 2012), dan gerakan cepat yang disebabkan oleh angin topan (Nozawa, Huang & Hirose, 2016)
bisa menjadi cara alternatif lain untukT.hoshinotauntuk melakukan perjalanan jarak jauh dengan
arus laut.
Aliran gen moderat dengan IBD dan riwayat demografi keseimbangan pergeseran-mutasi
tanpa ekspansi signifikan mendukung hipotesis ini sehubungan denganT.hoshinota
penyebaran dan wabah di IWP. Semua indeks (D Tajima, Fu'sFSstatistik, pemodelan
ketidakcocokan) yang digunakan untuk memeriksa riwayat demografisT.hoshinota
berdasarkan ekoregion laut menunjukkan bahwa sebagian besar populasi konsisten dengan
model keseimbangan mutasi drift tanpa bukti seleksi, kecuali populasi di Laut Sulawesi dan
Maladewa (negatif signifikan Tajima D, Fu'sFs), dan distribusi ketidaksesuaian unimodal yang
miring mungkin menyarankan ekspansi populasi yang tiba-tiba dengan kemacetan dalam
populasi ini. Namun, R . Ramos-Onsins2, yang lebih kuat untuk mendeteksi peristiwa
demografis masa lalu, terutama pada populasi dengan ukuran sampel kecil, tetap ada

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 15/26

 tidak signifikan di semua populasi, menunjukkan bahwaT.hoshinotamungkin telah ada di terumbu
sampel untuk jangka waktu yang lama dalam kelimpahan yang relatif rendah, diikuti oleh wabah
lokal melalui perbanyakan aseksual dan juga dicatat selama survei terumbu. Studi sebelumnya
telah menunjukkan bahwaT.hoshinotadapat meningkatkan cakupannya melalui perbanyakan
aseksual pada 1,5-2 kali kecepatan spons lain ((Rutzler & Muzik, 1993), Rossi et al., 2015), dan
menyebar dua kali lebih cepat dari karang scleractinian (Elliott et al., 2016a;Elliott et al., 2016b).
Oleh karena itu, wabah lokal seperti di Jepang dan Taiwan mungkin dihasilkan dari perbanyakan
aseksual dari haplotipe dominan dalam waktu singkat, yang menyebabkan keragaman genetik
rendah tanpa signifikansi dalam indeks demografi.

Batasan penanda molekuler konvensional

Interpretasi yang kontras menunjukkan aliran gen moderat yang terdeteksi di antara ekoregion laut
dengan pola isolasi berdasarkan jarak (IBD) yang jelas dan analisis demografi yang mengisyaratkan
bahwaT.hoshinotapopulasi berada dalam status keseimbangan mutasi-drift tanpa ekspansi yang
signifikan mungkin karena karakteristik penanda molekuler. Sementara mtCOI berevolusi lambat, ITS2
terlalu pendek. Juga, keduanya mengandung beberapa situs informatif filogenetik yang memberikan
informasi terbatas untuk analisis genetik.Terpios hoshinota adalah cyanobacteriosponge yang
mengandung cyanobacteria simbiosis dengan kepadatan relatif tinggi (Hirose & Murakami, 2011;Tang
dkk., 2011) yang menghambat perkembanganTerpiolokus gen spesifik. Aplikasi masa depan dari metode
penangkapan sel tunggal (Tang dkk., 2009) dan sekuensing generasi berikutnya diharapkan dapat
memperoleh informasi genom yang mendalam untuk penelitian genetik diT.hoshinota.

Implikasi genetik populasi terhadap gangguan antropogenik dan

alami yang menyebabkanT.hoshinotawabah
Kejadian dariTerpios hoshinotatelah dilaporkan dari Pasifik Barat dari awal 1970-an (Bryan, 1973;
Plucer-Rosario, 1987), dan sekarang meluas ke Samudera Hindia (Elliott et al., 2016a;Elliott et al.,
2016b;Montano dkk., 2014;Fromont, Richards & Wilson, 2019). Namun demikian, mekanisme
ekologiT.hoshinotawabah tetap tidak pasti. Wabah tersebut diduga terkait dengan gangguan skala
besar yang disebabkan oleh pembangunan pesisir (Rutzler & Muzik, 1993;Chen, Kuo & Chen, 2009)
atau letusan gunung berapi (Schils, 2012), yang dapat mengakibatkan peningkatan kekeruhan,
limpasan nutrisi di pantai, dan jejak logam seperti besi dari abu vulkanik yang ada di air laut.
Masukan ini mempercepat perbanyakan simbiosis cyanobacteria dan pertumbuhan inang spons,
yang mengakibatkan penyebaranT.hoshinota. Setelah wabah populasi terbentuk, ia dapat
menempati terumbu selama beberapa dekade, hanya menghilang mungkin karena gelombang
kuat yang disebabkan oleh badai, tetapi masih memiliki kemampuan untuk kembali ke proporsi
wabah di lain waktu (Reimer et al., 2011;Schils, 2012;Yomogida dkk., 2017). Dengan demikian,
kejadian dan wabah melalui ''penyebaran jarak jauh'' dan ''wabah lokal'' tidak saling eksklusif.
Berarti kedua mekanisme ini mungkin telah mengakibatkan wabahT.hoshinotadalam 20 tahun
terakhir. Penting untuk melanjutkan studi ekologi jangka panjang menggunakan aplikasi genomik
yang baru dikembangkan untuk mengungkap mekanisme wabahTerpios hoshinota, terutama
mengingat meningkatnya dampak perubahan iklim.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 16/26

 KESIMPULAN
Studi ini menggambarkan kemungkinan mekanisme dispersi dan wabahT.hoshinota antara IWP.
Hasil kami, berdasarkan variasi genetik, demografi historis, dan diferensiasi populasi menunjukkan
bahwa mekanisme wabah potensial dariT.hoshinota mungkin hasil dari penyebaran jangka
panjang dan wabah lokal. Namun, kami menyarankan agar berhati-hati karena variasi genetik
yang tidak mencukupi dan kurangnyaTerpioslokus gen spesifik pada penanda molekuler
konvensional. Penyelidikan lebih lanjut melalui penyelidikan genom mungkin dapat mengungkap
informasi yang lebih komprehensif tentang spons ini.

INFORMASI TAMBAHAN DAN PERNYATAAN

Pendanaan
Pekerjaan ini didukung oleh hibah dari National Science Council (NSC 101-2621- B-127–001,
MOST 103-2311-B-127-001) kepada Jih-Terng Wang. Pendanaan untuk Keryea Soong
disediakan oleh MOST 98-2611-M-110-003-MY3. Hawis Madduppa didanai oleh Kementerian
Riset, Teknologi & Pendidikan Tinggi Republik Indonesia (skema KLN RISTEKDIKTI, 2016-2018)
No. 011/SP2H/LT/DRPM/IV/2017. Chun Hong Tan didukung oleh dana proyek dari
Departemen Perikanan Malaysia (sebelumnya Departemen Taman Laut Malaysia), nomor:
P23 17100 005001 . Chaolun Allen Chen didanai oleh Academia Sinica Thematic Grants dan
MOST Grants antara 2010-2016. Para penyandang dana tidak memiliki peran dalam desain
studi, pengumpulan dan analisis data, keputusan untuk menerbitkan, atau persiapan naskah.

Hibah Pengungkapan
Informasi hibah berikut diungkapkan oleh penulis:
Dewan Sains Nasional: NSC 101-2621-B-127–001, MOST 103-2311-B-127-001, MOST
98-2611-M-110-003-MY3.
Kemenristekdikti RI (skema KLN RISTEKDIKTI, 2016-2018): 011/SP2H/LT/DRPM/
IV/2017.
Departemen Perikanan Malaysia: P23 17100 005001 .
Hibah Tematik Academia Sinica dan PALING.

Kepentingan Bersaing
James Reimer adalah Editor Akademik untuk PeerJ. Hock Chark Liew dipekerjakan oleh
Laboratorium & Layanan Alkimia.

Kontribusi Penulis
• Savanna Wenhua Chow menyusun dan merancang eksperimen, melakukan
eksperimen, menganalisis data, menyiapkan gambar dan/atau tabel, menulis atau
meninjau draf artikel, dan menyetujui draf akhir.
• Shashank Keshavmurthy melakukan eksperimen, menganalisis data, menyiapkan gambar
dan/atau tabel, menulis atau meninjau draf artikel, dan menyetujui draf akhir.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 17/26

 • James Davis Reimer menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, dan
menyetujui draf akhir.
• Nicole de Voogd menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, dan
menyetujui draf akhir.
• HuiHuang menganalisis data, penulis atau meninjau draf artikel, pengumpulan sampel,
dan menyetujui draf akhir.
• Jih-Terng Wang menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, pengumpulan
sampel, dan menyetujui draf akhir.
• Sen-Lin Tang menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, pengumpulan
sampel, dan menyetujui draf akhir.
• Peter J. Schupp menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, dan menyetujui
draf akhir.
• Chun Hong Tan menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, pengumpulan
sampel, dan menyetujui draf akhir.
• Hock-Chark Liew menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, pengumpulan
sampel, dan menyetujui draf akhir.
• Keryea Soong menyusun dan merancang eksperimen, menganalisis data, menulis
atau meninjau draf artikel, dan menyetujui draf akhir.
• Subhan Pemula menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, pengumpulan
sampel, dan menyetujui draf akhir.
• Hawis Madduppa menganalisis data, menulis atau meninjau draf artikel, pengumpulan
sampel, dan menyetujui draf akhir.
• Chaolun Allen Chen menyusun dan merancang eksperimen, menganalisis data,
menulis atau meninjau draf artikel, dan menyetujui draf akhir.

Izin Studi Lapangan

Informasi berikut diberikan terkait dengan persetujuan studi lapangan ({yaitu}, badan persetujuan
dan nomor referensi apa pun):
Untuk Guam, sampel dikumpulkan dengan izin dari Departemen Pertanian Divisi
Sumber Daya Perairan dan Margasatwa (DAWR) Guam dan sertifikat asal dari DAWR
diperoleh sebelum pengiriman.
Izin tidak diperlukan untuk mengumpulkan spons di Green Island dan di China.
Untuk Indonesia izin dikeluarkan oleh Kementerian Riset, Teknologi & Pendidikan
Tinggi Republik Indonesia (skema KLN RISTEKDIKTI, 2016-2018) No. 011/SP2H/LT/
DRPM/IV/2017.
Untuk Malaysia, izin pengambilan sampel dikeluarkan oleh Divisi Taman Laut dan Pengelolaan
Sumber Daya, Departemen Perikanan Malaysia (sebelumnya Departemen Taman Laut Malaysia)
dengan izin Pengambilan sampel: JTLM 630-7 JLD. 4(8)
Sampel dari Australia adalah bagian dari Sensus Kehidupan Laut / Sensus Terumbu Karang, dengan
izin No. G32313.1 yang dikeluarkan oleh Otoritas Taman Laut Great Barrier Reef.

Ketersediaan Data
Informasi berikut diberikan mengenai ketersediaan data:

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 18/26

 Data mentah dalam karya ini adalah Sequences of the sponge - ITS2 dan penanda COI.
Semua urutan COI yang diperoleh dalam penelitian ini diserahkan ke GenBank dengan nomor
aksesiMZ914515-MZ914532danOK576574-OK576593.
Semua urutan ITS2 diserahkan ke GenBank dengan nomor aksesiMZ468904-
MZ469137.

Informasi suplemen
Informasi tambahan untuk artikel ini dapat ditemukan online dihttp://dx.doi.org/10.7717/
peerj.13451#supplemental-information.

REFERENSI
Alvarado Bremer JR, Viñas J, Mejuto J, Ely B, Pla C. 2005.filogeni komparatif
tuna sirip biru Atlantik dan ikan todak: efek gabungan dari perwakilan, kontak
sekunder, introgresi, dan ekspansi populasi pada filogeni regional dari dua ikan
pelagis yang sangat bermigrasi.Filogenetik dan Evolusi Molekuler36: 169–187 DOI
10.1016/j.ympev.2004.12.011.
Ashok AM, Schonberg CHL, Laju RL, Edward JKP. 2019.Spons pembunuh karangTerpios
hoshinotadi India Tenggara—dikalahkan oleh textitAcropora muricata?Keanekaragaman Hayati
Laut49:1069–1070DOI 10.1007/s12526-019-00966-8.
Bowen BW, Rocha LA, Toonen RJ, Karl SA. 2013.Asal usul biodi laut tropis
versi.Tren Ekologi & Evolusi28:359–366DOI 10.1016/j.tree.2013.01.018. Bryan PG.
1973.Laju pertumbuhan, toksisitas dan distribusi spons encrusting,Terpios
sp. (Hadromerida: Subertides) di Guam, Kepulauan Mariana.Mikronesia9:237–242.
Bryan SE, Cook AG, Evans JP, Hebden K, Hurrey L, Colls P, Jell JS, Weatherley D, Firn
J.2012Penyebaran cepat dan jarak jauh dengan arung jeram.PLOS SATU7(7):e40583 DOI
10.1371/journal.pone.0040583.
Bryce C, Bryce M, Radford BT. 2018.Metode proyek dan geomorfologi stasiun
terkait dengan survei multi-takson (2009-2014) dari Kimberley.Catatan dan
Suplemen Museum Australia Barat85:1–43.
Chadwick NE, Morrow KM. 2011.Kompetisi antar organisme sessile di terumbu karang.
Dalam: Dubinsky Z, Stambler N, eds.Terumbu karang: ekosistem dalam transisi.
Dordrecht: Springer Belanda, 347–371DOI 10.1007/978-94-007-0114-4_20. Chen CA, Dai C.
2004.Pergeseran fase lokal dariAkropora-dominan kekondilaktis-
komunitas dominan di Karang Tiao-Shi, Taman Nasional Kenting, Taiwan selatan.
Terumbu karang23: 508DOI 10.1007/s00338-004-0423-9.
Chen S, Kuo C, Chen C. 2009.Distribusi spasial dan variasi temporal
cyanobacteriospons,Terpios hoshinota, dan komposisi benthos pada terumbu karang
Green Island.Jurnal Taman Nasional19:33–45.
Crandall ED, Frey MA, Grosberg RK, Barber PH. 2008.Demografi yang kontras
sejarah dan pola filologi di dua gastropoda Indo-Pasifik.Ekologi
Molekuler17:611–626.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 19/26

 Darriba D, Posada D, Kozlov AM, Stamatakis A, Morel B, Flouri T. 2020.ModelTes-
NG: alat baru dan skalabel untuk pemilihan model evolusi DNA dan protein.
Biologi dan Evolusi Molekuler37:291–294DOI 10.1093/molbev/msz189. Das RR,
Sreeraj CR, Gopi M, Abhilash KR, Samuel D, Purvaja R, Ramesh R. 2019.
Serangan spons pembunuhTerpios hoshinotadi terumbu karang kepulauan
Lakshadweep. Pracetak ArXiv.arXiv:617662.
De Voogd NJ, Cleary DFR, Dekker F. 2013.Spons pembunuh karangTerpios hoshinota
menyerbu Indonesia.Terumbu karang32:755–755DOI 10.1007/s00338-013-1030-4. Diaz'
MC, Thacker RW, Rutzler K, Piantoni C. 2007.Dua spons haplosclerid baru
dari Karibia Panama dengan cyanobacteria berserabut simbiosis, dan gambaran umum
asosiasi spons-cyanobacteria. Dalam: Custódio MR, Lôbo-Hajdu G, Hajdu E, Muricy G, eds.
Penelitian Porifera: keanekaragaman hayati, inovasi, dan keberlanjutan. Rio de Janeiro:
Museu Nacional, 31–39.
Diraviya Raj K, Selva Bharath M, Mathews G, Aeby GS, Patterson Edward JK. 2018.
Spons pembunuh karangTerpios hoshinotamenyerang karang di Teluk Mannar,
India Tenggara.Ilmu saat ini114:1117DOI 10.18520/cs/v114/i05/1117-1119. Elliott J,
Patterson M, Summers N, Miternique C, Montocchio E, Vitry E. 2016a.
Bagaimana perkembangbiakan spons pembunuh karang?Terpios hoshinota
mempengaruhi struktur komunitas bentik pada terumbu karang?Terumbu karang35
:1083–1095 DOI 10.1007/s00338-016-1434-z.
Elliott J, Patterson M, Vitry E, Summers N, Miternique C. 2016b.Secara morfologi
plastisitas memungkinkan karang untuk secara aktif menumbuhkan spons agresifTerpios hoshinota
(Mauritius, Samudra Hindia Barat Daya).Keanekaragaman Hayati Laut46:489–493 DOI 10.1007/
s12526-015-0370-4.
Excoffier L, Lischer HEL. 2010.Arlequin suite ver 3.5: serangkaian program baru untuk
melakukan analisis genetika populasi di Linux dan Windows.Sumber Daya Ekologi
Molekuler10:564–567DOI 10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x.
Flot JF. 2010.seqphase: alat web untuk mengonversi file input/output fase
dan perataan urutan fasta.Sumber Daya Ekologi Molekuler10:162–166
DOI 10.1111/j.1755-0998.2009.02732.x.
Folmer O, Black M, Hoeh W, Lutz R, Vrijenhoek R. 1994.DNA primer untuk amplifikasi
kation mitokondria sitokrom c oksidase subunit I dari invertebrata metazoa beragam.
Biologi dan Bioteknologi Kelautan Molekuler3:294–299. Fontaneto D, Flot JF, Tang
CQ. 2015.Pedoman taksonomi DNA, dengan fokus pada
meiofauna.Keanekaragaman Hayati Laut45:433–451DOI 10.1007/s12526-015-0319-7. Fromont
J, Richards ZT, Wilson NG. 2019.Laporan pertama dari spons pembunuh karang
Terpios hoshinota(Rutzler & Muzik, 1993) di Australia Barat: ancaman baru bagi
Terumbu Karang Kimberley?Perbedaan11:184DOI 10.3390/d1100184.
Fromont J, Sampey A. 2014.Biota laut Kimberley. Data historis: Spons (Porifera).
Catatan dan Suplemen Museum Australia Barat84:69–100.
Fu YX. 1997.Uji statistik netralitas mutasi terhadap pertumbuhan populasi,
menumpang dan pemilihan latar belakang.Genetika147(2):915–925
DOI 10.1093/genetika/147.2.915.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 20/26

 Fujii T, Keshavmurthy S, Zhou W, Hirose E, Chen CA, Reimer JD. 2011.Pembunuhan karang
cyanobacteriospons (Terpios hoshinota) di Karang Penghalang Besar.Terumbu karang
30:483–483DOI 10.1007/s00338-011-0734-6.
Gerlach G, Jueterbock A, Kraemer P, Deppermann J, Harmand P. 2010.Perhitungan
diferensiasi populasi berdasarkan GST dan D: lupakan GST tetapi tidak semua statistik!.
Ekologi Molekuler19: 3845–3852 DOI 10.1111/j.1365-294X.2010.04784.x. Harpending
HC, Sherry ST, Rogers AR, Stoneking M. 1993.Struktur genetik kuno
populasi manusia.Antropologi Saat Ini34:483–496DOI 10.1086/204195. Penetas BG.
1984.Kecelakaan maritim memberikan bukti untuk keadaan stabil alternatif di
komunitas bentik di terumbu karang.Terumbu karang3:199–204DOI 10.1007/
BF00288255. Hirose E, Murakami A. 2011.Anatomi mikroskopis dan karakterisasi pigmen
spons hitam bertatahkan karang dengan simbion cyanobacterial,Terpios
hoshinota. Ilmu Zoologi28:199–205DOI 10.2108/zsj.28.199. Hoegh-Guldberg O,
Mumby PJ, Hooten AJ, Steneck RS, Greenfield P, Gomez E,
Harvell CD, Sale PF, Edwards AJ, Caldeira K, Knowlton N, Eakin CM, Iglesias-Prieto R,
Muthiga N, Bradbury RH, Dubi A, Hatziolos ME. 2007.Terumbu karang di bawah
perubahan iklim yang cepat dan pengasaman laut.Sains318:1737–1742 DOI 10.1126/
sains.1152509.
Hoeksema BW, Waheed Z, de Voogd NJ. 2014.Kematian sebagian pada karang yang ditumbuhi oleh
sponsTerpios hoshinotadi Pulau Tioman, Semenanjung Malaysia (Laut Cina Selatan).
Buletin Ilmu Kelautan90:989–990DOI 10.5343/bms.2014.1047. Holsinger KE, Weir
BS. 2009.Genetika dalam populasi yang terstruktur secara geografis:
mendefinisikan, memperkirakan dan menafsirkanFST.Ulasan Alam Genetika10:639–650
DOI 10.1038/nrg2611.
Hsu CM, Wang JT, Chen CA. 2013.Pelepasan larva dan penyelesaian yang cepat dari karang-
membunuh spons, Terpios hoshinota, di Green Island, Taiwan.Keanekaragaman Hayati
Laut 43:259–260DOI 10.1007/s12526-013-0176-1.
Huang D, Meier R, Todd PA, Chou LM. 2008.Urutan COI mitokondria lambat
evolusi di dasar pohon metazoan dan implikasinya untuk barcode DNA. Jurnal
Evolusi Molekuler66:167–174DOI 10.1007/s00239-008-9069-5. Hughes TP, Baird
AH, Bellwood DR, Card M, Connolly SR, Folke C, Grosberg
R, Hoegh-Guldberg O, Jackson JBC, Kleypas J, Lough JM, Marshall P,
NyströmM, Palumbi SR, Pandolfi JM, Rosen B, Roughgarden J. 2003.
Perubahan iklim, dampak manusia, dan ketahanan terumbu karang.Sains301
:929–933 DOI 10.1126/sains.1085046.
Jenkins TL, Castilho R, Stevens JR. 2018.Meta-analisis taksa laut Atlantik timur laut
menunjukkan pola filogenografi yang kontras setelah ekspansi pasca-LGM.RekanJ 6
:e5684DOI 10.7717/peerj.5684.
Jokiel PL. 1984.Penyebaran terumbu karang jarak jauh dengan arung jeram.Terumbu karang3:113–116
DOI 10.1007/BF00263761.
Jokiel PL. 1990.Penyebaran jarak jauh dengan arung jeram: kemunculan kembali hipotesis lama.
Berusaha keras14:66–73DOI 10.1016/0160-9327(90)90074-2.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 21/26

 Katoh K, Standley DM. 2013.Versi perangkat lunak slignment beberapa urutan MAFFT
7: peningkatan kinerja dan kegunaan.Biologi dan Evolusi Molekuler 30
:772–780DOI 10.1093/molbev/mst010.
Kumar S, Stecher G, Tamura K. 2015.MEGA7: gen evolusi molekuler
analisis ics versi 7.0.Biologi dan Evolusi Molekuler33(7):1870–1874 DOI
10.1093/molbev/msw054.
Leigh JW, Bryant D.2015.Popart: perangkat lunak berfitur lengkap untuk konstruksi jaringan haplotype
tion.Metode dalam Ekologi dan Evolusi6:1110–1116DOI 10.1111/2041-210X.12410.
Liao MH, Tang SL, Hsu CM, Wen KC, Wu H, Chen WM, Wang JT, Meng PJ,
Twan WH, Lu CK, Dai CF, Soong K, Chen CA. 2007.Penyakit hitam karang
pembentuk terumbu di Green Island, Taiwan - pecahnya cyanobacteriosponge,
Terpios hoshinota(Suberitidae; Hadromerida).Studi Zoologi46: 520. Lord NS,
Kaplan CW, Shank P, Kitts CL, Elrod SL. 2002.Penilaian jamur
keragaman menggunakan analisis pola terminal restriksi fragmen (TRF):
perbandingan wilayah ribosom 18S dan ITS.Ekologi Mikrobiologi FEMS42:327–
337 DOI 10.1111/j.1574-6941.2002.tb01022.x.
Loya Y. 2004.Terumbu karang eilat —masa lalu, sekarang dan masa depan: tiga dekade karang
studi struktur komunitas. Dalam: Rosenberg E, Loya Y, eds.Kesehatan dan penyakit karang.
Berlin, Heidelberg: Springer, 1-34DOI 10.1007/978-3-662-06414-6_1.
Ma KY, Chow LH, Wong KJ, Chen HN, Ip BH, Schubart CD, Tsang LM, Chan BK,
Chu KH. 2018.Pola spesiasi kepiting hantu bertanduk Ocypode ceratophthalmus
(Pallas, 1772): evaluasi pendorong keanekaragaman hayati laut Indo-Pasifik
menggunakan spesies yang tersebar luas.Jurnal Biogeografi45: 2658–2668 DOI
10.1111/jbi.13443.
Madduppa H, Schupp PJ, Faisal MR, Sastria MY, Thoms C. 2017.Wabah persisten
dari spons penyakit hitamTerpios hoshinotadi terumbu karang Indonesia.
Keanekaragaman Hayati Laut47:149-151DOI 10.1007/s12526-015-0426-5.
Yayasan Pusat Taman Laut. 1986.Laporan survei mendesak tentang fenomena abnormal
ekosistem laut di Kepulauan Amami. Tokyo: Badan Lingkungan Jepang. Meirman PG.
2020.genodive versi 3.0: perangkat lunak yang mudah digunakan untuk analisis
data genetik diploid dan poliploid.Sumber Daya Ekologi Molekuler20:1126–1131 DOI
10.1111/1755-0998.13145.
Montano S, Chou WH, Chen CA, Galli P, Reimer JD. 2014.Rekor pertama karang-
membunuh sponsTerpios hoshinotadi Maladewa dan Samudra Hindia.Buletin
Ilmu Kelautan91:97–98DOI 10.5343/bms.2014.1054.
Myers RL, Raymundo LJ. 2009.Penyakit karang di terumbu Mikronesia: hubungan antara
prevalensi penyakit dan kelimpahan inang.Penyakit Organisme Perairan87:97-104 DOI
10.3354/dao02139.
Norström AV, NyströmM, Lokrantz J, Folke C. 2009.Status alternatif di terumbu karang:
melampaui pergeseran fase karang-makroalga.Seri Kemajuan Ekologi Laut376:295–306
DOI 10.3354/meps07815.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 22/26

 Nozawa Y, Huang YS, Hirose E. 2016.Musiman dan periodisitas bulan dalam reproduksi seksual
produksi spons pembunuh karang,Terpios hoshinota.Terumbu karang35:1071–1081
DOI 10.1007/s00338-016-1417-0.
Nugraha MA, Zamani NP, Madduppa HH. 2020.Tingkat pertumbuhan, spasial-temporal
variasi dan prevalensi cyanosponge encrusting (Terpios hoshinota) di Kepulauan
Seribu, Jakarta.Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis12:761–778 DOI
10.29244/jitkt.v12i3.30885.
Plucer-Rosario G. 1987.Pengaruh substratum pada pertumbuhan Terpios, sebuah kerak
spons yang membunuh karang.Terumbu karang5:197–200DOI 10.1007/BF00300963.
Pöppe J, Sutcliffe P, Hooper JN, Wörheide G, Erpenbeck D. 2010.CO saya bar-
coding mengungkapkan clades baru dan pola radiasi spons Indo-Pasifik dari
keluarga Irciniidae (Demospongiae: Dictyoceratida).PLOS SATU5:e9950 DOI
10.1371/journal.pone.0009950.
Ramos-Onsins SE, Rozas J. 2002.Sifat statistik dari uji netralitas baru
terhadap pertumbuhan penduduk.Biologi dan Evolusi Molekuler19: 2092–2100
DOI 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004034.
Reimer JD, Mizuyama M, Nakano M, Fujii T, Hirose E. 2011.Status saat ini dari
distribusi cyanobacteriosponge yang bertatahkan karangTerpios hoshinotadi
Jepang selatan.Jurnal Studi Terumbu Karang13:35–44DOI 10.3755/galaxea.13.35.
Reimer J, Nozawa Y, Hirose E. 2010.Dominasi dan hilangnya spons hitam:
seperempat abad setelah awalTerpioswabah di Jepang Selatan.Studi
Zoologi50:394.
Reimer JD, Wee HB, López C, Beger M, Cruz IC. 2021.Zoanthus yang tersebar luas dan
dominasi palythoa, tandus, dan pergeseran fasa pada ekosistem laut subtropis
dan tropis perairan dangkal.Oseanografi dan Biologi Kelautan2021:533–57. Rozas
J, Ferrer-Mata A, Sánchez-DelBarrio JC, Guirao-Rico S, Librado P, Ramos-
Onsins SE, Sánchez-Gracia A. 2017.DnaSP 6: Analisis polimorfisme urutan DNA
dari kumpulan data besar.Biologi dan Evolusi Molekuler34: 3299–3302 DOI
10.1093/molbev/msx248.
Rutzler K, Muzik K. 1993.Terpios hoshinota, cyanobacteriosponge baru mengancam
terumbu Pasifik.Scientia Marina57:395–403.
Schils T. 2012.Letusan episodik abu vulkanik memicu kaskade reversibel dari
wabah spesies pengganggu di habitat karang yang masih asli.PLOS SATU7:e46639
DOI 10.1371/journal.pone.0046639.
Shearer TL, Van Oppen MJH, Romano SL, Wörheide G. 2002.DNA mitokondria lambat
urutan evolusi di Anthozoa (Cnidaria).Ekologi Molekuler11: 2475–2487 DOI
10.1046/j.1365-294X.2002.01652.x.
Shi Q, Liu GH, Yan HQ, Zhang HL. 2012.penyakit hitam (Terpios hoshinota): kemungkinan
penyebab kematian karang yang cepat di terumbu utara Pulau Yongxing di Laut
Cina Selatan.Ambio41:446–455DOI 10.1007/s13280-011-0245-2.
Slatkin M. 1987.Aliran gen dan struktur geografis populasi alami.Sains
236:787–792DOI 10.1126/sains.3576198.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 23/26

 Slatkin M. 1993.Isolasi berdasarkan jarak dalam populasi ekuilibrium dan non-ekuilibrium.
Evolusi47:264–279DOI 10.2307/2410134.
Soong K, Yang SL, Allen Chen C. 2009.Mekanisme penyebaran baru dari terumbu karang
spons yang mengancam,Terpios hoshinota(Suberitidae, Porifera).Studi Zoologi 48
: 596.
Spalding MD, Fox HE, Allen GR, Davidson N, Ferdaa ZA, Finlayson M, Halpern BS,
Jorge MA, Lombana A, Lourie SA, Martin KD, McManus E, Molnar J, Recchia CA,
Robertson J. 2007.Ekoregion Laut Dunia: bioregionalisasi daerah pesisir dan
landas.BioScience57:573–583DOI 10.1641/B570707.
Sperling EA, Rosengarten RD, Moreno MA, Dellaporta SL. 2012.yang lengkap
genom mitokondria dari spons verongid Aplysina cauliformis: implikasi untuk barcode
DNA di demosponges. Dalam: Maldonado M, Turon X, Becerro M, Jesús Uriz M, eds.
Hewan purba, tantangan baru: perkembangan penelitian spons. Dordrecht: Springer
Belanda, 61–69DOI 10.1007/978-94-007-4688-6_7. Stephens M, Smith NJ, Donnelly P.
2001.Metode statistik baru untuk haplotype
rekonstruksi dari data kependudukan.Jurnal Genetika Manusia Amerika 68
:978–989DOI 10.1086/319501.
Syue ST, Hsu CH, Soong K. 2021.Pengujian tentang bagaimana dan mengapaTerpios hoshinotaspons
membunuh karang berbatu.Laporan Ilmiah11:7661DOI 10.1038/s41598-021-87350-4.
Tajima F. 1989.Metode statistik untuk menguji hipotesis mutasi netral dengan DNA
polimorfisme.Genetika123(3):585–595DOI 10.1093/genetika/123.3.585. Tang F,
Barbacioru C, Wang Y, Nordman E, Lee C, Xu N, Wang X, Bodeau J, Tuch BB,
Siddiqui A, Lao K, Surani MA. 2009.analisis seluruh-transkriptom mRNA-Seq dari sel
tunggal.Metode Alam6:377–382DOI 10.1038/nmet.1315.
Tang SL, Hong MJ, Liao MH, Jane WN, Chiang PW, Chen CB, Chen CA. 2011.
Bakteri yang berasosiasi dengan spons encrusting (Terpios hoshinota) dan karang yang
sebagian tertutup oleh spons:T, hoshinotadan bakteri yang berasosiasi dengan karang.
Mikrobiologi Lingkungan13:1179-1191DOI 10.1111/j.1462-2920.2010.02418.x. Templeton
AR, Crandall KA, Sing CF. 1992.Analisis kladistik fenotipik
asosiasi dengan haplotipe disimpulkan dari pemetaan endonuklease restriksi dan
data urutan DNA. AKU AKU AKU. estimasi kladogram.Genetika132:619–633 DOI
10.1093/genetika/132.2.619.
Thinesh T, Jose PA, Hassan S, Selvan KM, Selvin J. 2015.Intrusi pembunuhan karang
spons (Terpios hoshinota) di terumbu Teluk Palk.Ilmu saat ini109:1030–1032.
Thinesh T, Mathews G, Diraviya Raj K, Edward J. 2017a.WabahAkropora
sindrom putih danTerpiospertumbuhan berlebih spons dikombinasikan dengan kematian
karang di Palk Bay, pantai tenggara India.Penyakit Organisme Perairan126:63–70 DOI
10.3354/dao03155.
Thinesh T, Meenatchi R, Pasiyappazham R, Jose PA, Selvan M, Kiran GS, Selvin J.
2017b.Naungan in situ jangka pendek secara efektif mengurangi perkembangan linier spons
pembunuh karangTerpios hoshinota.PLOS SATU12:e0182365 DOI 10.1371/
journal.pone.0182365.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 24/26

 Tseng CC, Wallace CC, Chen CA. 2005.Analisis mitogenomik kaktus Montipora
dan Anacropora matthai (Cnidaria; Scleractinia; Acroporidae) menunjukkan tingkat evolusi
mitokondria yang tidak merata di antara karang Acroporidae.Terumbu karang24:502–508
DOI 10.1007/s00338-005-0499-x.
Untergasser A, Cutcutache I, Koressaar T, Ye J, Faircloth BC, RemmM, Rozen SG.
2012.Primer3–kemampuan dan antarmuka baru.Penelitian Asam Nukleat40:e115–e115
DOI 10.1093/nar/gks596.
Usher KM. 2008.Ekologi dan filogeni simbion cyanobacterial dalam spons.
Ekologi Laut29:178–192DOI 10.1111/j.1439-0485.2008.00245.x. Utami RT,
Zamani NP, Madduppa HH. 2018.Identifikasi molekuler, kelimpahan
dan distribusi spons pembunuh karangTerpios hoshinotadi Bengkulu dan Kepulauan
Seribu, Indonesia.Biodiversitas Jurnal Keanekaragaman Hayati19: 2238–2246 DOI
10.13057/biodiv/d190632.
vander Ent E, Hoeksema BW, de Voogd NJ. 2016.Kelimpahan dan variasi genetik
dari cyanobacteriosponge yang membunuh karangTerpios hoshinotadi
Kepulauan Spermonde, Sulawesi SW, Indonesia.Jurnal Asosiasi Biologi
Kelautan Inggris96:453–463DOI 10.1017/S002531541500034X.
Vicente V. 1990.Aktivitas pertumbuhan berlebih oleh spons yang mengerasInti kondrilpada suatu
terumbu karang di Puerto Riko. Di:Perspektif baru dalam biologi spons. Washington, DC:
Smithsonian Institution Press, 436–442.
Wang JT, Chen YY, Meng PJ, Sune YH, Hsu CM, Wei KY, Chen CA. 2012a.
Beragam interaksi antara karang dan spons pembunuh karang,Terpios hoshinota
(Suberitidae: Hadromerida).Studi Zoologi51:150–159.
Wang JT, Hirose E, Hsu CM, Chen YY, Meng PJ, Chen A. 2012b.Pembunuhan karang
spons,Terpios hoshinota, melepaskan larva yang menyimpan simbion cyanobacterial:
implikasi dari penyebaran.Studi Zoologi51:314–320.
Wang JT, Hsu CM, Kuo CY, Meng PJ, Kao SJ, Chen CA. 2015.Keluar fisiologis
kinerja di tepi cyanobacteriosponge yang berubah secara morfologis Terpios
hoshinota(Suberitidae: Hadromerida) saat menghadapi karang lawan. PLOS
SATU10:e0131509DOI 10.1371/journal.pone.0131509.
Weir BS, Cockerham CC. 1984.Memperkirakan F-statistik untuk analisis populasi
struktur.Evolusi38:1358-1370DOI 10.2307/2408641. Wilkinson CR. 1983.
Produktivitas primer bersih pada spons terumbu karang.Sains
219:410–412DOI 10.1126/sains.219.4583.410.
Wilkinson CR. 1987.Produktivitas dan kelimpahan populasi spons besar di
Dataran Terumbu Flinders, Laut Karang.Terumbu karang5:183–188DOI 10.1007/
BF00300961. Wörheide G. 2006.Variasi rendah dalam subunit sitokrom oksidase I (COI) parsial
sekuens mitokondria dalam demosponge corallineAstrosclera willeyanadi seluruh Indo-
Pasifik.Biologi kelautan148:907–912DOI 10.1007/s00227-005-0134-y. Wörheide G, Epp LS,
Macis L. 2008.Divergensi genetik yang mendalam di antara pop-pop Indo-Pasifik
ulasi spons terumbu karang Leucetta chagosensis (Leucettidae): efek pendiri,
perwakilan, atau keduanya?Biologi Evolusi BMC8:1–18DOI 10.1186/1471-2148-8-1.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 25/26

 Yang SY, Chen HJ, Ho MJ, Chen YJ, Huang YY, Chow WS, Tang SL, Jeng MS,
Chen CA. 2018.Wabah cyanobacteriasponge yang membunuh karang,Terpios
hoshinota, di Pulau Taiping (Itu Aba), Spratlys, Laut Cina Selatan.Buletin Ilmu
Kelautan 94:1543–1544DOI 10.5343/bms.2018.0023.
Yomogida M, Mizuyama M, Kubomura T, Reimer JD. 2017.Penghilangan dan
kembalinya wabah cyanobacteriosponge yang membunuh karangTerpios hoshinota
di Jepang selatan.Studi Zoologi56:7.

Chow dkk. (2022),RekanJ, DOI 10.7717/peerj.13451 26/26