Hasil Penelitian Tesis:

PERAN MIKROBIOM
PADA ULKUS KRURIS KRONIS
DI RSUP DR SARDJITO YOGYAKARTA
Itrida Hadianti
0
Ralat
1. Hal 48 Analisis biodiversitas

“Perbedaan keragaman spesies dari dua komunitas menggunakan analisis keragaman beta.”

Ralat :
Tidak tercantum
2. Hal 70 paragraf 1

“Rerata indeks Shannon pada kulit sehat yaitu 5,603 dan pada ulkus kronis 3,244. Keragaman
mikrobiom berdasarkan indeks Shannon pada kelompok ulkus lebih rendah dibandingkan dengan kulit
sehat (P=0.0007816, Gambar 9(a)), sehingga pada penelitian ini didapatkan perbedaan secara signifikan
antara indeks Shannon kelompok kulit sehat dan ulkus. Sejalan dengan hal tersebut, pada indeks
Simpson juga didapatkan perbedaan secara signifikan (P=0.01419, Gambar 9(b)), dengan nilai pada
kulit sehat 0,906 dan pada ulkus kronis 0,764.”

Ralat:
Nilai median indeks Shannon pada kulit sehat yaitu 6,210 dan pada ulkus kronis 3,515. Keragaman
mikrobiom berdasarkan indeks Shannon pada kelompok ulkus lebih rendah dibandingkan dengan kulit
sehat (P=0.0007816, Gambar 9(a)), sehingga pada penelitian ini didapatkan perbedaan secara signifikan
antara indeks Shannon kelompok kulit sehat dan ulkus. Sejalan dengan hal tersebut, pada indeks
Simpson juga didapatkan perbedaan secara signifikan (P=0.01419, Gambar 9(b)), dengan nilai median
pada kulit sehat 0,962 dan pada ulkus kronis 0,8.
3. Hal 83 paragraf 2

“Kulit sehat subyek dengan latar belakang penyakit RA (Tabel 5), tidak didominasi oleh mikrobiota
tersebut, namun justru kelimpahan relatif Shewanella algae group, Pseudomonas aeruginosa group, dan
Corynebacterium striatum pada ulkus yang menjadi dominan.

Ralat :
Ulkus pada subyek dengan latar belakang penyakit RA (Tabel 5) didominasi oleh Shewanella algae
group, Pseudomonas aeruginosa group, dan Corynebacterium striatum.
4. Hal 84 paragraf 2

“Pseudomonas aeruginosa group dan Shewanella algae grup tidak hanya terdapat pada kulit sehat dan
juga ulkus, namun juga menjadi mikrobiom yang mendominasi pada kelompok ulkus (kelimpahan
relatif 51,9%) subyek 6 (Tabel 9).”

Ralat :
Pseudomonas aeruginosa group dan Shewanella algae grup merupakan mikrobiom yang mendominasi
pada kelompok ulkus subyek 6 (Tabel 9).
5. Hal 88 paragraf 1

“Kondisi disbiosis tersebut juga didukung dengan adanya perbedaan komunitas mikrobiota pada kedua
kelompok pada penelitian ini.”

Ralat :
Kondisi disbiosis tersebut ditunjukkan dengan adanya perbedaan komposisi komunitas mikrobiota pada
kedua kelompok pada penelitian ini.
6. Hal 89 Paragraf 1

“Hal tersebut terjadi pada penelitian ini dengan nilai rerata indeks Shannon (Gambar 9(a)) kulit sehat
yaitu 5,603. Bilamana dibandingkan dengan rerata indeks Shannon pada ulkus, yaitu 3,244
(P=0.0007816), dapat disimpulkan bahwa terdapat perbedaan keragaman mikrobiom secara signifikan,
dengan kelompok ulkus memiliki keragaman yang lebih rendah dibandingkan dengan kulit sehat.”

Ralat :
Hal tersebut terjadi pada penelitian ini dengan nilai median indeks Shannon (Gambar 9(a)) kulit sehat
yaitu 6,210. Bilamana dibandingkan dengan median indeks Shannon pada ulkus, yaitu 3,515
(P=0.0007816), dapat disimpulkan bahwa terdapat perbedaan keragaman mikrobiom secara signifikan,
dengan kelompok ulkus memiliki keragaman yang lebih rendah dibandingkan dengan kulit sehat.
1
Pendahuluan
• Latar Belakang • Manfaat Penelitian
• Pertanyaan Penelitian • Keaslian Penelitian
• Tujuan Penelitian
Latar Belakang
1
Luka Kronis:
Luka Akut:
Pemanjangan fase inflamasi
Proses penyembuhan terjadi
dan tidak menunjukkan
secara teratur dan tepat waktu
2 perbaikan

Ulkus Kruris Kronis:

3
Hilangnya seluruh epidermis dan
sebagian dermis, atau bahkan
mencapai subkutis pada tungkai
bawah yang menetap lebih dari enam
4
minggu dan tidak menunjukkan
kecenderungan untuk mengalami
penyembuhan

Wound Healing
Process

Proses penyembuhan luka dimulai dari fase hemostatik, Ulkus pada Menetap Tidak ada
fase inflamatorik, fase proliferatif, dan berakhir pada fase Tungkai Bawah 6 Minggu+ Kesembuhan
remodeling
Latar Belakang
Membebani Layanan
Kesehatan Kulit & Membran
Mukosa adalah tempat
Menyebabkan berbagai macam
Ulkus kruris kronis Disabilitas mikroorganisme

Penurunan Kualitas
Hidup

Klasifikasi Etiologi
Penghuni Penghuni
Tetap Sementara
1.
1 Ulkus diabetes 1.
4 Infeksi lokasi operasi
Bertahan beberapa
2 Ulkus venosa tungkai
2. 2.
5 Abses jam hingga minggu
3.
3 Ulkus dekubitus 3.
6 Ulkus traumatika

Patogenik Non-Patogenik
Setiap 1 Juta pasien penderita ulkus kronis, paling sedikit
10.000 diantaranya akan meninggal akibat infeksi
mikrobiota
Latar Belakang
Sebagian besar luka kronis :
Kolonisasi Bakteri di Kulit
q >1 spesies bakteri
Sangat bervariasi, bergantung pada: q Bakteri saling bersinergi
1 Lokasi Topografi
2 Faktor Endogen Pejamu Menyebabkan perubahan bakteri
3 Faktor Eksogen Lingkungan

Mikroorganisme simbiotik permukaan kulit:

melindungi kulit dari invasi organisme patogenik

Non-Virulent
Kolonisasi Bakteri Patogen
Dikaitkan

Dasar Luka

Virulent

Kronisitas Luka Mengakibatkan kerusakan

Inflamasi Proliferasi pada pejamu
Latar Belakang
Howell-Jones et al (2005)
Jumlah spesies bakteri pada Mikroba pada
ulkus tungkai: ulkus tungkai

!
sebagian besar
1.6 – 4.4 polimikroba
spesies per ulkus

Defisiensi Nutrisi
Biofilm
Biofilm
Dihasilkan o/ bakteri pada matur Bakteri tumbuh
ulkus kruris kronis secara lambat

Berperan menunda Resistensi bakteri

proses penyembuhan terhadap antibiotik

Luka akut bisa

menjadi kronis

Bakteri dalam biofilm sangat sukar dibiakkan à sangat sulit untuk melakukan penelitian dengan teknik kultur standar
Latar Belakang
Pola keanekaragaman pada mikrobiota Penelitian komunitas mikroba
kulit dipengaruhi: terkait dengan luka sangat
bergantung pada KULTUR
&
Variasi Genetik Kondisi Lingkungan KULTUR
1. Bias tinggi
2. Tidak dapat menggambarkan keragaman mikrobiota scr luas
Komposisi mikroba spesifik yang dihasilkan
dapat menentukan interaksi: Sequencing DNA
Mikrobiota 1. Tidak ada kesulitan mengisolasi bakteri yang memerlukan
perlakuan khusus
2. Dapat mengidentifikasi keragaman mikrobiota dgn lebih luas

= diharapkan pada
penelitian ini
Mikrobiota Lain
Pejamu

Berkaitan erat dengan kondisi sehat & sakit

Latar Belakang

Penelitian ini merupakan penelitian pendahuluan

untuk mengidentifikasi disbiosis keragaman
mikrobiom antara kulit sehat dan ulkus kruris kronis
dengan next-generation sequencing (NGS) pada
berbagai penyakit komorbid
Pertanyaan Penelitian

“Apakah terdapat disbiosis keragaman

mikrobiom antara kulit sehat dengan ulkus
pada penderita ulkus kruris kronis? “
Tujuan Penelitian

“ Mengetahui disbiosis keragaman

mikrobiom antara kulit sehat dengan
ulkus pada penderita ulkus kruris
kronis “
Manfaat Penelitian

Bagi Peneliti Bagi Bidang Dermatologi

Menambah khasanah ilmu mengenai Membuka gagasan baru dalam upaya

keanekaragaman mikrobiom kulit dan pencegahan kronisitas sehingga dapat
memahami keterlibatan mikrobiota mengurangi morbiditas pasien dengan
pada kulit sehat dan penyakit kulit, ulkus kruris kronis.
terutama ulkus kronis
Keaslian Penelitian
Hasil penelusuran melalui http://www.sciencedirect.com dan http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
dan https://scholar.google.co.id serta publikasi skripsi/tesis/disertasi serta jurnal kedokteran
untuk artikel asli
kata kunci : Chronic Leg Ulcer, Wound Chronicity, Skin Microbiome, Microbiome of Ulcers, dan Next
Generation Sequencing

Park et al, 2019 Gardiner, 2017

BioMed Reasearch Int., 2019(10):1-10 1 PerrJ, 7:3543 2
Perbedaan : Perbedaan :
• Subyek hanya dengan latar belakang diabetes. • Subyek hanya dengan latar belakang diabetes.
• Pengambilan sampel dari ulkus dan kulit pada regio • Sekuensing dilakukan pada V4 region.
ankle ipsilateral ulkus.
• Pengelompokan karakteristik klinis ulkus berat/ringan.
• Sekuensing dilakukan pada V1-V3 region

De Souza et al, 2014 3 Gontcharova, 2010 4

Advances in Skin & Wound Care The Open Microbiology Journal
27(5): 222-7 4:8-19
Perbedaan : Pemeriksaan bakteri menggunakan metode Perbedaan : Subyek hanya dengan latar belakang
kultur diabetes
2
Tinjauan Pustaka
• Ulkus Kruris Kronis
• Mikrobiota Kulit
• Mikrobiota Ulkus Kronis
• Identifikasi Bakteri
• Landasan Teori
• Kerangka Teori
• Kerangka Konsep
• Hipotesis
Ulkus Kruris Kronis

Definisi Epidemiologi

• Ulkus pada kulit menyebabkan hilangnya

seluruh epidermis dan sebagian
dermis, bahkan hingga mencapai
lemak subkutan

• Ulkus kruris kronis adalah ulkus pada tungkai

bawah yang menetap dan tidak menunjukkan 1% populasi dewasa & 3.6% lansia > 65 tahun
kecenderungan untuk mengalami penyembuhan
Mengalami ulkus kruris kronis
lebih dari 6 minggu

Diduga akibat populasi orang lanjut usia meningkat

dan meningkatnya faktor risiko oklusi atherosklerosis
Ulkus Kruris Kronis

Etiologi
10%
Berbagai diagnosa banding ulkus Körber et al., 2011
pada tungkai: 15%
q Penyakit Vaskular
q Kelainan Metabolik Berbagai etiologi ulkus kruris kronis dan
q Infeksi masing-masing memiliki rerata waktu
q Vasculitis penyembuhan yang berbeda bergantung
q Limfedema pada penyakit yang mendasari
q Obat-obatan 70%
q Kelainan
q Hematologi
q Tumor
Newman (2010)
Ulkus Kruris Kronis

Ulkus Venosus Tungkai Ulkus Arteriosus Tungkai

§ Terjadi pada pasien dengan Terjadi akibat penurunan aliran darah arteri
insufisiensi kronis pada
vena
80% dan perfusi jaringan dibagian distalnya
Oklusi arteri atau arteriola
dari seluruh
§ Salah satu luka kronis yang
jenis ulkus
paling sering ditemukan menyebabkan iskemia pada kulit
dan jaringan subkutan

memicu terjadinya ulserasi

Terjadi

o inkompetensi katup vena Gambaran khas

o insufisiensi pemompaan otot betis - Berbatas tegas dan pucat
- Tidak bergranulasi
- Dengan dasar nekrotik
Kerusakan iskemik jaringan lokal
Ulkus Kruris Kronis
Ulkus Diabetikum Ulkus Vaskulitis

Penyebab
Paling sering
- Reumatoid Arthritis
- Lupus Sistemik Eritematosus
- Poliarteritis nodosa

Diperkirakan 25% penderita

diabetes mengalami luka kronis ! Ulkus kronis yang tidak berespon
terhadap perawatan luka
q Pasien DM memiliki risiko lebih tinggi terjadi
penyakit arterial dan neuropati sehingga
terbentuk ulkus Dapat dipertimbangkan

q Hiperglikemia à menimbulkan risiko ulkus

sekunder akibat kerusakan neuropati sensorik, Penyakit autoimun
motorik, dan fungsi otonom (Penyebab keterlambatan penyembuhan luka)
Ulkus Kruris Kronis
Penyembuhan Luka Normal Respon Imun pada Kulit

Kulit à komponen inti dari respon imun alami

(sebelum maupun setelah terjadinya cedera)

Koagulasi &
hemostatis Respon terhadap invasi harus seimbang
Mengetahui proses à Mengendalikan invasi & infeksi mikrobiota
penyembuhan luka
Inflamasi normal à Tanpa mengakibatkan respon peradangan
membantu u/ evaluasi berlebihan
à pada tahap mana
Proliferasi sel penyembuhan
Kondisi kulit asam & kering
& migrasi sel terhenti
à faktor-faktor yang
ikut serta dalam menciptakan lingkungan mendukung kolonisasi
Remodelling keterlambatan yang tidak bersahabat mikroba komensal kulit
jaringan proses penyembuhan untuk sebagian besar yang dapat menyesuaikan
mikroorganisme diri
S. aureus S. epidermidis
Penutupan luka dengan cepat
dalam 3-14 hari
Ulkus Kruris Kronis
Respon Imun pada Penyembuhan Luka

Pada saat
Komunitas mikrobiota terjadi luka
pada luka
Neutrofil Monosit Makrofag

Menyebabkan infeksi berulang & keterlambatan Diinduksi untuk

penyembuhan menghasilkan
Berdampak pada respon imun lokal & sistemik
AMP
Terjadi agregasi platelet dan
pembentukan matriks fibrin dapat secara langsung membunuh patogen,
memanggil sel imun, dan menginduksi
Memicu terjadinya peradangan & produksi sitokin
Luka pemanggilan sel imun
Ulkus Kruris Kronis
Ulkus Kronis à Fase inflamasi berlangsung lama

Jaringan iskemik, nekrotik, hipoksik Menginduksi infiltrasi

(Ideal u/ kolonisasi & proliferasi mikrobiota) neutrophil & makrofag
(Melepaskan ROS, enzim sitotiksik, & protease)

Terjadi persistensi
fase inflamasi Merusak
komponen seluler & matriks ekstraseluler
Mikrobiom Kulit

Mikrobiota : suatu komposisi & keragaman Mikrobiom : keterlibatan mikroorganisme

komunitas mikroorganisme pada suatu lingkungan beserta genomnya pada suatu lingkungan
Mikrobiom Kulit
Kulit dihuni oleh mikroba
dalam jumlah yang sangat banyak
dominan pada area
Staphylococcus sebasea dan lembab

dominan hanya pada

Propionibacterium area sebasea Mikroba komensal berkompetisi
dengan organisme patogenik untuk
hanya pada area yang memperebutkan nutrisi dan ruang
Corynebacterium lembab

melawan patogen kulit

S. epidermidis secara selektif
1 Streptococci grup A
Diperkirakan dpt antimicrobial peptide
melindungi kulit dari S. aureus
patogen dgn Biofilm
memproduksi matur
2 ISI
serin protease INHIB
Mikrobiom Kulit
Disbiosis
“perubahan komposisi dan fungsi
mikrobiota yang ditunjang oleh
serangkaian faktor lingkungan dan
faktor yang terkait dengan pejamu
sehingga mengganggu ekosistem
mikrobiota ”
mempengaruhi komunikasi silang
antara pejamu dan mikroba, sehingga
mengakibatkan suatu penyakit
Levy, 2017
Tipe 1 Munculnya patobion
- Patobion dgn jumlah relatif sedikit
- Terus berkembang biak sampai tjd pernyimpangan ekosistem
Tipe 2 Hilangnya mikrobiota komensal
- Dapat terjadi disebabkan oleh pembunuhan mikrobiota atau
berkurangnya proliferasi bakteri
Tipe 3 Berkurangnya keragaman mikrobiota
- Ditandai dengan penurunan indeks keragaman alfa yang
menunjukkan biodiversitas suatu lingkungan
Patobion : anggota mikrobiota komensal yang berpotensi menyebabkan
kondisi patologi
Mikrobiota Kulit
Peran Mikrobiota Kulit pada Penyakit
Akne
Perubahan kolonisasi bakteri dipertimbangkan mjd salah
satu elemen penting pada perkembangan akne

Bakteri yang paling utama terkait akne :

Propionibacterium acnes

Dermatitis Atopik
Peningkatan kolonisasi Staphylococcus aureus
pada pasien dermatitis atopik diperkirakan o/k perubahan komposisi
mikroba permukaan kulit akibat disfungsi sawar kulit
Mikrobiota Ulkus Kronis
• S. aureus
KULTUR • S. epidermidis
• P. aeruginosa
Bakteri yang sering muncul pada ulkus kronis yaitu : • Stenotrophomonas maltophilia
Staphylococcus • Finegoldia magna
Streptococcus • Enterococcus faecalis
• Corynebacterium striatum
Pseudomonas spp., • Staphylococcus haemolyticus
• P. acnes
namun spesies tersebut juga • Corynebacterium tuberculosum
merupakan mikroba penghuni komensal • Anaerococcus vaginalis
• Staphylococcus lugdunensis
yang terdapat pada kulit individu sehat • Delftia acidovorans
• Streptococcus agalactiae
• Acinobacter baumannii
• Proteus mirabilis
• Streptococcus salivarius
Corynebacteria • Serratia nematodiphila
• Ralstonia pickettii
• Fusobacterium nucleatum
Genus bakteri yang paling • Staphylococcus pettenkoferi Ulkus kronis
75% banyak didapatkan pada • Enterobacter hormaechei mengandung
survei gen 16S dari hasil • Prevotella bivia
• Corynebacterium jeikeium beraneka ragam
debridemen ulkus kaki
diabetes • Bacteroides Fragilis mikrobiota
• Flavobacterium succinicans
Ulkus Kruris Kronis

Biofilm
Gabungan sel-sel mikroba yang tersusun dikelilingi oleh
matriks polimer dan menempel pada permukaan Bakteri dalam biofilm sangat sukar dibiakkan
alami, permukaan buatan, maupun antar mereka sendiri

Sehingga sulit untuk dipelajari hanya

menggunakan metode kultur
78.2% Penghasil
biofilm yang
paling umum
Prevalensi biofilm
pada ulkus kronis pada luka kronis
Biofilm
P. aeruginosa, Staphylococci spp. matur

dan Escherichia coli

Identifikasi Bakteri
Kultur Analisis Genomik
Penelitian mengenai komunitas mikrobiota Karakterisasi mikrobiom bakteri
yang terkait dengan ulkus pada saat ini
▼
masih sangat bergantung pada metode
berbasis kultur diambil dari gen 16S ribosomal RNA
(16S rRNA)
▼
terdapat pada seluruh prokariotik
1. Baku emas identifikasi patogen pada
ulkus
2. Bias tinggi o/k beberapa bakteri
merupakan organisme pemilih
3. Organisme anaerob tumbuh lambat &
perlu kondisi khusus Kemajuan teknologi teknik sequencing DNA
4. Tidak dapat menggambarkan next-generation sequencing
komunitas mikrobiota dapat mengetahui seluruh populasi mikrobiom kulit
Identifikasi Bakteri

Pengukuran keragaman spesies

1 Indeks Shannon - Memberikan gambaran perbedaan proporsi atau kelimpahan

(abundance) pada tiap spesies

- Mempertimbangkan lebih pada kelompok spesies yang langka

2 Indeks Simpson - Keragaman dengan mengkombinasikan kekayaan (richness) dan

kemerataan (eveness) spesies

- Mertimbangkan lebih pada spesies yang lebih sering

ditemukan, secara relatif tidak terpengaruh dengan adanya
spesies langka pada sampel
Landasan Teori

Berdasarkan tinjauan
pustaka tersebut 1. Kulit sehat dihuni oleh berbagai
1
diatas, pokok-pokok
mikrobiota komensal dan patogen
pikiran yang menjadi
ulasan untuk meneliti yang seimbang
yaitu….
2. Ulkus kruris kronis terjadi oleh karena
2
kerusakan sawar kulit akibat dominasi
bakteri-bakteri patogen

3
3. Keragaman mikrobiota dapat diketahui
dengan identifikasi mikrobiom.
Kerangka Teori
Kulit Sehat

Trauma Mikrobiota Kulit & Lingkungan

• Gaya hidup
• Usia Ulkus Non-Patogen Patogen
• Stres
• komunitas
• Predisposisi Fase Hemostasis
genetik Pembentukan ↑ Kaskade
• Diet Biofilm Proinflamasi
Wound Healing

Pemanjangan
• Higienitas
Fase Inflamasi
• Obat / antibiotik
Hipoksia Jaringan ↑ Kadar protease
Fase Proliferasi
Terinhibisi
Protease >
↓ Suplai Oksigen
Protease Inhibitor
Fase Remodelling
Tidak Terjadi
Kerusakan matriks
ekstra seluler &
degradasi growth
Ulkus Kronis factor
Kerangka Konsep

Kulit Sehat Mikrobiom

Disbiosis

Ulkus Kronis Mikrobiom

: Variable Bebas : Variable Terikat : Alur Pengaruh

Hipotesis

“ Terjadi disbiosis mikrobiom antara kulit

sehat dengan ulkus pada penderita ulkus
kruris kronis ”
3
Metode Penelitian
• Rancangan Penelitian, Tempat
& Waktu, Subyek penelitian
• Kriteria Inklusi & Eksklusi
• Besar Sampel
• Variabel Penelitian
• Definisi Operasional
• Alat & Bahan Penelitian
• Cara Penelitian
• Analisis Data
• Kelaikan Etika
• Alur Penelitian
Metode Penelitian
Rancangan Penelitian
Penelitian observasional deskriptif analitik dengan
jenis penelitian potong lintang
Tempat & Waktu
Instalasi Rawat Jalan Poliklinik Kulit dan Kelamin
RSUP Dr. Sardjito, Yogyakarta (pengambilan data
awal, pemeriksaan fisik, serta pengambilan sampel)
Laboratorium Novogene AIT Genomics Pte Ltd.
Singapore (pemeriksaan NGS)
Penelitian akan dilakukan pada bulan Mei - November
2020
Subyek Penelitian
Subyek penelitian adalah penderita ulkus kruris
yang telah berlangsung selama lebih dari 6
minggu
Mendapatkan perawatan di poliklinik Kulit dan
Kelamin RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta
Bulan Mei – November 2020
Pengambilan sampel penelitian dilakukan
dengan cara consecutive sampling
Metode Penelitian

Kriteria Inklusi
§ Pasien dengan ulkus kruris kronis dengan berbagai
komorbiditas penyakit
§ Bersedia mengikuti penelitian dengan menandatangani
surat persetujuan

Kriteria Subyek
Penelitian
Kriteria Eksklusi
§ Pasien mengkonsumsi antibiotika sistemik
dalam 2 (dua) minggu terakhir
Metode Penelitian

Rumus Besar Sampel Perhitungan Besar Sampel

Menggunakan rumus untuk uji analitik numerik
berpasangan :
𝟐 𝟐
𝒁𝜶 + 𝒁𝜷 𝑺 𝟏, 𝟗𝟔 + 𝟏, 𝟐𝟖 𝟏, 𝟖
𝒏𝟏 = 𝒏𝟐 = 𝒏𝟏 = 𝒏𝟐 = = 𝟓, 𝟓 = 𝟔
𝑿𝟏 − 𝑿𝟐 𝟐, 𝟔𝟑 − 𝟎, 𝟏𝟔

n = jumlah subyek
Zα = deviat baku alfa, kesalahan tipe 1 ditetapkan 5%,
hipotesis dua arah, sehingga Zα = 1,96
Untuk menghindari drop out sampel ditambah
Zβ = deviat baku beta, kesalahan tipe 2 ditetapkan 10% 10% (10% x 6 = 0,6 dibulatkan menjadi 7),
sehingga Zβ = 1,28
S = Standar deviasi (2,86+0,74)/2 = 1,8 Sehingga dibutuhkan sampel :
X1 = Rerata bakteri kulit sehat 2,63 ± 2,86 q 7 (tujuh) ulkus kruris kronis
X2 = Rerata bakteri kulit ulkus 0,16 ± 0,74
q 7 (tujuh) kulit sehat
Simpang baku dan rerata untuk memperkirakan besar sampel
diperoleh dari kepustakaan berdasarkan data mikrobiota Sagetibacter
yang merupakan bakteri yang paling dapat dibedakan antara kelompok
kulit sehat dan ulkus (Gontcharova, 2010).
Metode Penelitian

• Kulit sehat
Variabel Bebas
• Ulkus kruris kronis

Jenis mikrobiom pada:

Variabel Terikat • Kulit Sehat
• Ulkus kruris kronis
Disbiosis mikrobiom

Variabel
Penelitian
Variabel Perancu • Komorbiditas
Metode Penelitian

Definisi Operasional

1 2 3 4 5
Ulkus Kruris Kulit Mikrobiom Mikrobiom Disbiosis
Kronis Sehat Ulkus Kruris Kronis Kulit Sehat Mikrobiom

• Hilangnya seluruh • Kulit pada • Mikroorganisme beserta • Mikroorganisme beserta • Kondisi perubahan
epidermis dan sebagian kontralateral ulkus dengan genomnya yang dengan genomnya yang komposisi mikrobiota
dermis, atau bahkan • Tidak didapatkan terdapat pada ulkus kruris terdapat pada kulit sehat antara kulit sehat dan
mencapai subkutis pada kerusakan pada kronis. • Keragaman dinilai ulkus kruris kronis
tungkai bawah seluruh lapisan • Keragaman dinilai dengan dengan indeks Shannon • Ditunjukkan dengan
• Menetap > 6 minggu (epidermis, indeks Shannon dan indeks dan indeks Simpson indeks keragaman
dan tidak menunjukkan dermis, subkutan Simpson berdasarkan hasil berdasarkan hasil anotasi alfa, yaitu indeks
kecenderungan untuk anotasi taksonomi oleh NGS taksonomi oleh NGS Shannon & indeks
mengalami Simpson
penyembuhan

Skala: Skala: Skala: Skala: Skala:

Katergorik Nominal Katergorik Nominal Numerik Rasio Numerik Rasio Numerik Rasio
Metode Penelitian
1.
1 Formulir identitas, Alat & Bahan Kapas lidi steril 7
protokol dan
Penelitian
lembar persetujuan
keikutsertaan
penelitian

1. Alat tulis dan label Tabung media

2 6
nama pengiriman sample

3
1. Kaca pembesar, Lembar pengantar 5
lampu penerangan, pengiriman
penggaris, dan pemeriksaan NGS
kamera digital RNA/DNA Shiled
4
Metode Penelitian
Cara Penelitian
1 Pengambilan sampel
5
Surat keterangan kelaikan etik
apusan menggunakan kapas 6.1
dari Komisi Etik Penelitian
lidi steril, diletakkan pada
Biomedis pada manusia FK-
tabung media pengiriman a. Ekstraksi DNA Genomik
KMK UGM
sampel, dan diberikan label
(No: KE/FK/0661/EC/2020) b. Amplifikasi amplicon
identitas
2 6
c. Kuantifikasi & kualifikasi
Pengisian lembar pengantar PCR
Penandatanganan inform & pengiriman sampel ke
consent oleh subyek laboratorium untuk dilakukan: d. Pencampuran dan
pemurnian produk PCR
3 6.1. Persiapan sekuensing
Pengumpulan data
(biodata diri, riwayat 6.2. Analisis informasi
perjalanan penyakit, dan
pengobatan) 6.2

4 7 a. Pengolahan data
sekuensing
Hasil anotasi taksonomi yang
Pemeriksaan fisik dan telah dinormalisasi kemudian b. Klasterisasi Operational
pengambilan foto digunakan untuk analisis Taxonomix Unit dan anotasi
keragaman alfa. taksonomi
Metode Penelitian

Analisa Data

Data Demografi
1 Subyek Penelitian
ditampilkan berupa frekuensi (jumlah dan persentase)

Data Komposisi ditampilkan berupa

2 Mikrobiom kelimpahan relatif
a Penyusunan OTU
Berdasarkan tingkat taksonomi.

b Analisis komposisi komunitas mikrobiota

10 taksa teratas berdasarkan anotasi taksonomi
(berupa proporsi)

Analisa keragaman Alfa Dianalisis dengan program QIIME versi 1.7.0

Analisis
3 Biodiversitas
• Indeks Shannon
Uji asumsi normalitas dilakukan secara deskriptif melalui boxplot
• Indeks Simpson
Analisis signifikansi perbedaan antar kelompok menggunakan
Uji Wilcoxon
Metode Penelitian

Kelaikan Etika Subyek dengan Ulkus Kruris Kronis

q Surat keterangan kelaikan etik dari Komisi Kriteria Inklusi & Eksklusi

Alur Penelitian
Etik Penelitian Biomedis pada manusia FK-
KMK UGM (No: KE/FK/0661/EC/2020) Informed Consent

q Penjelasan kepada subyek

Subyek Penelitian
q Data dan informasi dijaga kerahasiaannya &
hanya digunakan untuk keperluan penelitian Pengambilan Sampel

q Penandatanganan informed consent Pengiriman Sampel

q Penjelasan kepada subyek (tujuan dan
proses pelaksanaan) Next-Generation Sequencing

Analisa Hasil
4
Hasil dan Pembahasan
• Data Demografik Hasil Penelitian
• Komposisi Komunitas Mikrobiom
• Keragaman Mikrobiom
• Ulkus Kruris Kronis
• Next Generation Sequencing 16S rRNA
• Komposisi Mikrobiom
• Disbiosis Mikrobiom
• Keragaman Alfa
Hasil
Data Demografik Hasil Penelitian

Karakteristik n (%)
N=9
Jenis Kelamin
Pria 2 (22,2%)
Wanita 7 (77,8%)
Usia (tahun)
Rentang 35-69
Mean SD 54,33±11,84
Komorbiditas Poliklinik Kulit &
Subyek Penelitian:
Diabetes mellitus 2 (22,2%) Kelamin RSUP Dr.
9 Orang
Gangguan vaskular 2 (22,2%) Sardjito Yogyakarta
Vaskulitis 2 (22,2%)
Trauma 3 (33,3%)
Durasi ulkus (bulan)
Rentang 2 bulan – 14 tahun
Mean SD 47,56±57,37

Periode Mei hingga November 2020

Komposisi Komunitas Mikrobiom

Rerata tags:
125.468 Rerata OTU (Operating
Taxonomy Unit) per sample

Rerata tags teranotasi: 808

• Kulit Sehat 119.542
• Kulit Ulkus

Komposisi Komunitas

Komposisi Filum Komposisi Genus Komposisi Spesies

• 35 filum pada kulit sehat • 927 genus pada kulit sehat Ditampilkan 10 spesies dengan
• 25 filum pada ulkus • 637 genus pada ulkus kelimpahan (abundance) relatif
tertinggi berdasarkan kelompok
kulit sehat dan ulkus
 Komposisi Filum
Kulit Sehat: Ulkus:
35 Filum 25 Filum

Kelimpahan (Abundance) tiap Sample Kelimpahan (Abundance) tiap Kelompok

Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, dan Bacteriodetes adalah filum yang dominan pada kedua kelompok,
mencakup hingga lebih dari 90% dari seluruh mikrobiota
 Komposisi Genus
Kulit Sehat: Ulkus:
927 Genus 637 Genus

Kelimpahan (Abundance) tiap Sample Kelimpahan (Abundance) tiap Kelompok

• Penurunan Komposisi: Ralstonia, Bacillus, Corynebacterium, dan Acinetobacter

• Peningkatan Komposisi: Proteus, Pseudomonas, Shewanella, Bacteroides, Providencia, dan Prophyromonas
Genus
Taxa Tree
Data kelimpahan relatif mikrobiom dari 10 genus teratas
dan perbandingan komposisi pada kedua kelompok

Corynebacterium, Bacillus, Ralstonia, dan

Acinetobacter lebih dominan pada
kulit sehat

Bacteroides, Porphyromonas, Shewanella,

Proteus, Providencia, dan Pseudomonas
dominan pada ulkus
 Kelompok Komorbiditas
Komposisi tingkat taksonomi genus berdasarkan
kelompok komorbiditas

Proteus
Meningkat
à komorbid gangguan vaskular
dan ulkus traumatikum

Pseudomonas, Shewanella
dan Bacteroides
Meningkat
à Seluruh komorbiditas

Bacillus dan Acinetobacter

Menurun
à Seluruh komorbiditas
Komposisi Spesies
H1 U1
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %
Corynebacterium Pseudomonas aeruginosa
1 11,3 45,8
2 H2 vs U2 minutissimum group group
Lysinibacillus xylanilyticus
2 Escherichia coli group 6,1 8,8
group
3 H3 vs U3 Corynebacterium jeikeium
3
group
5,1 Pseudomonas_uc 4,6 Komorbiditas
Photobacterium damselae Diabetes Melitus
4 H4 vs U4 4 Finegoldia magna 4,9 2,9
group
5 Corynebacterium_uc 4,0 Prevotella intermedia 2,2
5 H5 vs U5 Corynebacterium Paraclostridium
6
aurimucosum group
2,8
benzoelyticum group
2,1 Dominan (ULKUS)
6 H6 vs U6 7 Pseudomonas_uc 2,0 Corynebacterium striatum 2,0 Pseudomonas
aeruginosa group
Eubacterium_g23 Rouxiella chamberiensis
8 1,9 2,0
PAC001051_s group
7 H7 vs U7
Staphylococcus aureus
9 Alloprevotella_uc 1,8 1,8
group
8 H8 vs U8 Streptococcus anginosus
10 1,7 Escherichia coli group 1,3
group

9 H9 vs U9 41,7 73,5
Komposisi Spesies
H2 U2
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %

1 Bacillus cereus group 14,9 Shewanella algae group 32,7

2 H2 vs U2
Pseudomonas aeruginosa
2 Acinetobacter schindleri 7,3 26,2
group
3 H3 vs U3 Paracoccus denitrificans Komorbiditas
3 6,6 Corynebacterium striatum 25,4
group
Enhydrobacter aerosaccus Streptococcus dysgalactiae Rheumathoid Arthritis
4 6,2 7,9
4 H4 vs U4 group group
Acinetobacter refrigeratoris Shewanella chilikensis
5 5,6 3,6
group group
5 H5 vs U5 Acinetobacter proteolyticus Pseudomonas oleovorans Dominan (ULKUS)
6 5,2 1,4
group group Shewanella algae
6 H6 vs U6 7 Acinetobacter indicus 3,4 Escherichia coli group 0,6 group

8 Paracoccus marcusii group 2,7 Shewanella_uc 0,3

Pseudomonas
7 H7 vs U7 aeruginosa group
Pseudomonas stutzeri
9 2,7 Alcaligenes faecalis group 0,2 Corynebacterium
group
H8 vs U8 striatum
8 10 Acinetobacter_uc 2,2 Ruminococcus bromii 0,1

9 H9 vs U9 56,9 98,4
Komposisi Spesies
H3 U3
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %
Brachybacterium faecium
1 8,0 Shewanella algae group 28,2
2 H2 vs U2 group
Pseudomonas aeruginosa
2 Acinetobacter towneri 7,6 26,4
group Komorbiditas
3 H3 vs U3 3
Fictibacillus barbaricus
7,2 Porphyromonas somerae 11,9
group Diabetes Melitus
Staphylococcus aureus
4 H4 vs U4 4 6,3 Bacteroides fragilis 9,9
group
5 Bacillus cereus group 5,1 Prevotella disiens 3,5
5 H5 vs U5 Dominan (ULKUS)
Corynebacterium accolens
6 4,0 Morganella morganii group 2,8
Shewanella algae
group
Corynebacterium group
6 H6 vs U6 7
tuberculostearicum
3,0 Prevotella timonensis 2,1
Corynebacterium jeikeium Pseudomonas
8 2,3 Anaerococcus vaginalis 1,6 aeruginosa group
group
7 H7 vs U7
9 Acinetobacter NEFZ_s 2,2 Peptoniphilus harei group 1,4

8 H8 vs U8 10 Acinetobacter_uc 1,6 Proteus mirabilis 1,2

Pseudomonas aeruginosa group
juga mendominasi pada subyek-1
9 H9 vs U9 47,4 89,0 (DM)
Komposisi Spesies
H4 U4
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %
Eubacterium_g23
1 6,9 Bacteroides fragilis 44,5
2 H2 vs U2 PAC001051_s
2 Bacteroides massiliensis 5,5 Peptoniphilus coxii 12,2
Komorbiditas
3 H3 vs U3 3 Bacillus cereus group 5,0 Escherichia coli group 7,2 Lupus Eritematosus
Faecalibacterium prausnitzii Sistemik
4 H4 vs U4 4 5,0 Bacillus cereus group 6,3
group
5 Bacteroides uniformis 4,6 Finegoldia magna 3,8
5 H5 vs U5 Dominan (ULKUS)
6 Bacteroides vulgatus 3,4 Shewanella algae group 1,6
Bacteroides fragilis
Pseudomonas aeruginosa
6 H6 vs U6 7 Alistipes putredinis 2,8
group
1,2

8 Parabacteroides distasonis 2,3 Acinetobacter schindleri 1,0

7 H7 vs U7
9 LARJ_g LARJ_s 1,9 Bacillus subtilis group 1,0

8 H8 vs U8 10 Bacteroides_uc 1,9 Clostridium celatum group 0,8

9 H9 vs U9 39,3 79,6
Komposisi Spesies
H5 U5
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %

1 Bacillus cereus group 44,7 Shewanella algae group 35,0

2 H2 vs U2
Pseudomonas aeruginosa Komorbiditas
2 Bacillus subtilis group 4,3 31,4
group
Tidak ada
3 H3 vs U3 3
Staphylococcus aureus
3,5 Corynebacterium striatum 12,9
group
Streptococcus dysgalactiae
4 H4 vs U4 4 Acinetobacter towneri 3,1 9,1 Ulkus traumatikum
group
Shewanella chilikensis
5 Escherichia coli group 1,6 3,8
group
5 H5 vs U5 Pseudomonas oleovorans
6 Agathobacter rectalis 1,5 1,6 Dominan (Kulit Sehat)
group
Pseudomonas aeruginosa
6 H6 vs U6 7 1,4 Escherichia coli group 1,4 Bacillus cereus group
group
8 Shewanella algae group 1,3 Ruminococcus bromii 0,4 Dominan (Ulkus)
7 H7 vs U7
9 Acinetobacter vivianii group 1,1 Shewanella_uc 0,2 Shewanella algae
group
8 H8 vs U8 Phycicoccus dokdonensis
10 1,0 Alcaligenes faecalis group 0,2
group Pseudomonas
aeruginosa group
9 H9 vs U9 63,5 96,2
Komposisi Spesies
H6 U6
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %
Pseudomonas aeruginosa
1 Bacillus cereus group 31,7 30,4
2 H2 vs U2 group
Komorbiditas
2 Enterobacteriaceae group 7,4 Shewanella algae group 30,3
Insufisiensi Vena
3 H3 vs U3 3 Shewanella algae group 5,7 Bacteroides fragilis 6,3 Kronis
Pseudomonas aeruginosa
4 H4 vs U4 4 3,0 Morganella morganii group 3,5
group
5 Corynebacterium striatum 2,4 Prevotella disiens 2,9
Dominan (Kulit Sehat)
5 H5 vs U5 Paracoccus denitrificans
6 1,7 Porphyromonas somerae 2,7 Bacillus cereus group
group
Phycicoccus dokdonensis
6 H6 vs U6 7
group
1,7 Corynebacterium striatum 2,5
Dominan (Ulkus)
8 Klebsiella FWNZ_s 1,5 Prevotella timonensis 1,9 Pseudomonas
7 H7 vs U7 aeruginosa group
Brachybacterium faecium
9 1,3 Anaerococcus vaginalis 1,6
group
Shewanella algae
8 H8 vs U8 10 Acinetobacter schindleri 1,3 Peptoniphilus harei group 1,5 group

9 H9 vs U9 57,7 83,5
Komposisi Spesies
H7 U7
1 H1 vs U1 Komorbiditas
Spesies % Spesies %
Tidak ada
1 Ralstonia pickettii group 50,6 Providencia stuartii group 22,7
2 H2 vs U2
Pseudomonas aeruginosa Porphyromonas uenonis Ulkus traumatikum
2 17,2 11,4
group group
3 H3 vs U3 3 Providencia stuartii group 3,0 Prevotella timonensis 9,2
Dominan (Kulit Sehat)
4 H4 vs U4 4 Prevotella timonensis 2,7 Moryella indoligenes group 7,9
Ralstonia pickettii
5 Shewanella algae group 2,6 Bacteroides JH815484_s 6,1 group
5 H5 vs U5 Dominan (Ulkus)
6 Bacillus cereus group 2,2 Dialister propionicifaciens 5,7
Providencia stuartii
6 H6 vs U6 7 Anaerococcus lactolyticus 1,7 Peptoniphilus koenoeneniae 5,2 group
Porphyromonas
8 Peptoniphilus koenoeneniae 1,5 3,1
asaccharolytica
7 H7 vs U7
9 Escherichia coli group 1,5 Anaerococcus lactolyticus 3,1 Peningkatan
8 H8 vs U8 • Ralstonia pickettii group
10 Moryella indoligenes group 1,2 Peptoniphilus harei group 2,6 • Prevotella timonensis
• Anaerococcus lactolyticus
84,1 77,0 • Peptoniphilus koenoeneniae
9 H9 vs U9 • Moryella indoligenes group
Komposisi Spesies
H8 U8
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %
Staphylococcus aureus
1 5,1 Proteus mirabilis 51,9
2 H2 vs U2 group
2 Bacteroides JH815484_s 5,0 Bacteroides JH815484_s 17,1

3 H3 vs U3 3 Proteus mirabilis 4,3

Pseudomonas aeruginosa
9,1 Komorbiditas
group
Streptococcus pneumoniae Insufisiensi Vena
4 H4 vs U4 4 4,1 Prevotella timonensis 8,7 Kronis
group
Corynebacterium
5 3,4 Bacteroides fragilis 3,3
afermentans group
5 H5 vs U5 Fusobacterium varium
6 Micrococcus luteus group 3,4
group
0,9 Dominan (Ulkus)
Granulicatella adiacens Proteus mirabilis
6 H6 vs U6 7 Aeromonas caviae group 2,9
group
0,8
Clostridium clostridioforme
8 Prevotella timonensis 2,8 0,6
group
7 H7 vs U7
Acinetobacter refrigeratoris
9 2,5 Alcaligenes faecalis group 0,6
group
8 H8 vs U8 Porphyromonas
10 Kocuria rhizophila group 2,3 0,5
asaccharolytica

9 H9 vs U9 35,9 93,5
Komposisi Spesies
H9 U9
1 H1 vs U1 Spesies % Spesies %
Corynebacterium
1 6,7 Proteus mirabilis 56,9
2 H2 vs U2 afermentans group
Corynebacterium jeikeium Komorbiditas
2 6,4 Bacteroides JH815484_s 11,1
group
Tidak ada
3 H3 vs U3 3 Perlucidibaca piscinae 5,4 Prevotella timonensis 10,4
Corynebacterium Pseudomonas aeruginosa
4 5,3 8,8
4 H4 vs U4 minutissimum group group Ulkus traumatikum
Corynebacterium xerosis Granulicatella adiacens
5 4,4 2,3
group group
5 H5 vs U5 Staphylococcus aureus
6 3,3 Bacteroides fragilis 2,2
group Dominan (Ulkus)
Corynebacterium imitans Fusobacterium varium
6 H6 vs U6 7 3,2 1,1 Proteus mirabilis
group group
Fenollaria massiliensis Porphyromonas
8 2,9 1,0
group asaccharolytica
7 H7 vs U7
9 Proteus mirabilis 2,6 Alcaligenes faecalis group 0,9

8 H8 vs U8 Corynebacterium Peptostreptococcus
10 2,6 0,6
urealyticum anaerobius

9 H9 vs U9 42,7 95,4
 Dominasi Spesies Mikroba
Komposisi 10 Besar Kelimpahan

Kulit
vs Ulkus
Sehat

41,7 % H1 U1 73,5 %
Pada kulit sehat komposisi
10 besar mikroba tidak 56,9 % H2 U2 98,4 %
terlalu dominan 47,4 % H3 U3 89,0 %
Kecuali pada subyek 5,6,7 39,3 % H4 U4 79,6 %
Pada seluruh ulkus,
dimana ada dominasi spesies komposisi 10 besar
63.5 % H5 U5 96.2 %
à H5: Bacillus cereus group mikroba sangat
(44.7%) 57,7 % H6 U6 83,5 % dominan yaitu antara
à H6: Bacillus cereus group 73.5 – 98.4%
84,1 % H7 U7 77,0 %
(31.7%)
à H7: Ralstonia pickettii group 35,9 % H8 U8 93,5 %
(50.6%) H9 U9
42,7 % 95,4 %
Keragaman Mikrobiom Keragaman Alfa

shannon
5

Indeks Shannon 4

3
Jumlah OTU Terobservasi
2 Healthy Ulcer
Good’s
Coverage
Observed_species
1000
0.9

simpson
99.6% 500
Indeks Simpson
0.8

0.7
Sekuensing dikatakan
cukup untuk deteksi &
0.6
investigasi mikrobiom Healthy Ulcer
jaringan kulit
Healthy Ulcer Healthy

900 Ulcer

OTU Number
Kurva Rarefaction 600

300

0
0 20.000 40.000 60.000 80.000

Sequence Number
 Jumlah Spesies Terobservasi
Pada kedua kelompok

q Jumlah spesies yang dapat

1000
Observed_species

terobservasi dihitung secara

statistik antara kedua
kelompok

q Tidak terdapat perbedaan

500

yang signifikan antara

kelompok kulit sehat dan
ulkus (P=0.06253)

Healthy Ulcer
 Indeks Keragaman Alfa
Indeks Shannon

q Nilai median indeks Shannon

5 • Kulit sehat 6,210
• Ulkus kronis 3,515
shannon

4 q Keragaman mikrobiom
berdasarkan indeks Shannon
pada kelompok ulkus lebih
3 rendah dibandingkan dengan
kulit sehat (P=0.0007816)

2 Healthy Ulcer
 Indeks Keragaman Alfa
Indeks Shannon – Kelompok Komorbiditas

* * *
6 q Keragaman mikrobiom pada
kelompok ulkus lebih
rendah dibandingkan
5 dengan kulit sehat pada
shannon

masing-masing kelompok
komorbiditas
4
q Perbedaan keragaman
mikrobiom yang signifikan
3 pada penderita diabetes
mellitus, vaskulitis, dan
penyakit vaskular
2
HDM UDM HVIS UVIS HTRA UTRA HVAR UVAR

* = Signifikansi
 Indeks Keragaman Alfa
Indeks Simpson

0.9 q Nilai median indeks Simpson

• Kulit sehat 0,962
• Ulkus kronis 0,8
simpson

0.8
q Keragaman mikrobiom
berdasarkan indeks Simpson
juga didapatkan perbedaan
0.7
signifikan (P=0.01419)

0.6
Healthy Ulcer
 Indeks Keragaman Alfa
Kurva Rarefaction

Healthy
Disusun oleh sejumlah data sekuensing
900
Ulcer dari sampel secara acak dan kemudian
dilakukan penghitungan jumlah OTU

1. Kekayaan spesies (species

OTU Number

richness) pada kelompok ulkus

600
cenderung lebih rendah
dibandingkan dengan kelompok kulit
sehat
2. Kurva yang menjadi lebih datar:
300
- Jumlah sample yang diambil telah
memadai
- Variasi mikrobiom lain yang
ditemukan dengan penambahan
0 sampel, mungkin hanya menyisakan
0 20.000 40.000 60.000 80.000 mikorbiom langka

Sequence Number
Pembahasan
Ulkus Kruris Kronis

Ulkus kruris kronis menjadi

penyakit yang cukup mendapat
perhatian saat ini, Prevalensi
ulkus mencapai sekitar 0,3-1%
pada populasi orang dewasa
C
(Gohel, 2019)
A

Prevalensi ulkus kruris akan B

meningkat secara proporsional
mengikuti usia di populasi Penelitian ini Rerata Jarak UniFrac:
(Marinović-Kulišić et al., 2013) Matriks jarak untuk perbandingan komunitas
berdasarkan jarak filogenetik
Pasien Dewasa
A>B
7 Wanita ; 2 Pria A>C
Angka kejadian ulkus kruris
kronis lebih tinggi pada pasien Rerata Usia:
berusia lebih dari 60 tahun dan Penelitian ini
54,33 ± 11,84 Tahun
jenis kelamin perempuan Lokasi pengambilan sampel:
(Gohel, 2019) Ulkus kruris VS sisi kontralateral ulkus
Next Generation Sequencing 16S rRNA

NGS Gen 16S rRNA Regio hypervariable

V3-V4
Metode identifikasi Memiliki struktur khas
bakteri tanpa kultur untuk identifikasi bakteri Optimal untuk analisis
hingga tingkat spesies komunitas bakteri
(Mizhari-Man, 2013)
(Hayashi, 2002)

Penelitian ini menggunakan

Sekuensing 16S rRNA Regio hypervariable V3-V4

Komposisi Mikrobiom: FILUM
Penelitian ini

Variasi komposisi komunitas Kulit Sehat Lengan bawah dan tungkai

ditentukan oleh habitat kulit: Filum Dominan: merupakan area kulit kering
• Kering Proteobacteria
• yang didominasi oleh filum
• Lembab • Firmicutes
• Actinobacteria Proteobacteria
• Sebasea • Bacteroidetes
Bay et al, 2020 Dekaboruah, 2020
Berdasarkan
kelimpahan relatif

34,87%
Amerika Serikat
Penelitian China
pada berbagai
ras & etnik 49% Proteobacteria
Proteobacteria Li, 2019)
Grice, 2008)
Komposisi Mikrobiom: FILUM
Hubungan Mikrobiom Kulit vs Kejadian
Infeksi Bakteri Pada Kulit

Penelitian
ini Proteobacteria
Inokulasi Muncul
Kulit Sehat Ulkus & Bacteroides
H. ducreyi pustul
Melimpah

• Proteobacteria • Proteobacteria
Filum • Firmicutes • Bacteroidetes Actinobacteria Inokulasi Resolusi
Dominan • Actinobacteria • Firmicutes Melimpah H. ducreyi papul
• Bacteroidetes • Actinobacteria

Van Rensburg, 2015

Meningkat
• Proteobacteria
Ulkus kaki diabetikum:
• Bacteroides
“ Durasi ulkus memiliki korelasi positif terhadap
Menurun kelimpahan relatif filum Proteobacteria “
• Firmicutes (Gardner, 2013)
• Actinobacteria
Komposisi Mikrobiom: GENUS

Penelitian
ini
Kulit Sehat Ulkus 1 Propionibacterium

• Pseudomonas 2 Corynebacterium
• Bacillus • Bacteroides
Genus • Corynebacterium_1 • Shewanella
Literature:
Dominan • Acinetobacter • Proteus 3 Staphylococcus
• Ralstonia • Providencia Gao et al, 2007
• Porphyromonas
4 Streptococcus
Terdapat 6 genus yang
• Berada pada lingkungan sekitar ditemukan pada seluruh
Bacillus • Kasus terkait (+): penyebab infeksi subyek kulit sehat 5 Acinetobacter
kulit primer
Logan, 2007
6 Finegoldia
Ralstonia • Patogen pada ulkus kaki diabetikum
Huang, 2016
Komposisi Mikrobiom: GENUS

Genus Dominan Ulkus

• Organisme anaerob
Meningkat Wolcott et al
1 Pseudomonas Seluruh komorbiditas
• Paling lazim termasuk dalam mikrobiota ulkus kronis
2016
• Sering terkait pembentukan biofilm oleh spesies tunggal

• Mikrobiom yang mendominasi saluran cerna pada manusia

Meningkat Zapata et al, 2016
2 Bacteroides Seluruh komorbiditas
• Kolonisasi Bacteroides pada kulit yang awalnya steril
Tang, 2016
menyebabkan manifestasi abses / infeksi jaringan lunak

Ulkus kruris kronis, penyakit vaskular perifer oklusif, diabetes,

Meningkat Jampala et al
3 Shewanella Seluruh komorbiditas
penyakit hati dan ginjal kronis menjadi faktor risiko infeksi
2015
dan komorbiditas yang terkait Shewanella

Meningkat • Patogen oportunistik pada manusia

Drzewiecka
4 Proteus Komorbid gangguan vaskular • Penyebab infeksi pada orang dgn gangguan sistem imun
2016
dan ulkus traumatikum • Sumber terjadinya komplikasi infeksi pada ulkus

• Menyebabkan berbagai infeksi pada manusia

Meningkat Feyzioğlu et al
5 Providencia Ulkus traumatikum
• Kasusnya jarang terjadi & biasanya berupa infeksi
2013
nosokomial

Meningkat • Ditemukan pada kulit normal kaki walau termasuk anaerob

Park et al
6 Porphyromonas Komorbid DM, gangguan • Pada ulkus kaki diabetes memiliki proporsi yang tinggi
2019
vaskular & ulkus traumatikum pada klasifikasi Wagner kelompok berat
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas

Jerman
Korber, 2011
Penelitian ini
Penelitian pada 31.619 pasien, faktor penyebab
ulkus kruris kronis:
• Insufisiensi vena
• Insufisiensi arteri
• Kombinasi arteri dan vena
• Penyebab lainnya
Komorbiditas (vaskulitis, faktor eksogen, pyoderma gangrenosum, infeksi,
neoplasia, kalsifilaksis, dan induksi oleh obat)
• Diabetes mellitus
• Gangguan vaskular
• Vaskulitis
• Ulkus traumatikum

China Penyebab utama ulkus kruris kronis:

• Trauma
Fu et al, 2005 • Trauma + infeksi
• Diabetes
• Gangguan vena
• Tekanan
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Diabetes Mellitus Kulit Sehat

Redel et al, 2013 Gardiner et al, 2017

Apusan kulit sehat lengan bawah Keragaman mikrobiom kulit di penderita diabetes

Penderita DM Kontrol Sehat Penderita DM Kontrol Sehat

Penderita DM dan Kontrol Sehat
memliki keragaman mikrobiom
yang sama
• Terjadi penurunan keragaman mikrobiom kulit yang
signifikan pada penderita diabetes
• Perbedaan bukan dipengaruhi oleh anggota komunitas
mikrobiota kulit yang paling dominan

Sesuai dengan Redel et al, 2013

Staphylococcus aureus
Komorbid DM Spesies dominan Subyek-3 Pada komorbid DM
• Subyek-1 Peningkatan populasi S. aureus
Penelitian • Subyek-3
ini Staphylococcus epidermis Perubahan ekologi pada kulit penderita
Tidak dominan di kedua subyek DM mungkin akan mempengaruhi risiko
terjadinya infeksi pada ulkus
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Diabetes Mellitus Ulkus

Contoh invasi organisme komensal Berkontribusi pada Grice et al,

kulit yang menjadi patogen setelah kurangnya penyembuhan & 2010
menembus sawar kulit terjadinya peradangan

Ulkus Kronis Terdapat perbedaan komposisi mikrobiota kulit pada penderita ulkus
Penderita DM kaki DM, dimana kelimpahan mikrobiom ULKUS > KULIT SEHAT pada: Park et al,
2019

Pseudomonas | Bacteroides | Enterococcus

Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Diabetes Mellitus Ulkus

Pseudomonas aeruginosa group

Dominan di Subyek-1 & Subyek-3

Staphylococcus aureus
• Meningkatkan toleransi terhadap antibiotik • Memperlambat penyembuhan
• Kemampuan membentuk biofilm Biofilm + DM • Meningkatkan ketebalan
Penelitian • Sekresi faktor virulensi biofilm
ini Hotterbeekx, 2017 Pouget, 2020

Shewanella algae group
Dominan di Subyek-3
Faktor risiko infeksi Bacteremia oleh Infeksi jaringan lunak
S. algae: S. algae : oleh S. algae :
• Ulkus kronis kulit • Berasal dari ulkus kaki • Terjadi pada pasien
• Peny. hepar kronis DM yang terpapar air DM tanpa paparan air
• Kelainan sistem imun laut laut
Tseng, 2018 Rajchgot, 2018 Gautam, 2012
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Vaskulitis LES

LES vs Kontrol Sehat Huang, 2020

Kulit Sehat 1. Peningkatan keragaman komunitas mikrobiota

2. Penurunan heterogenesitas
3. S. aureus & S. epidermidis: penanda potensial lesi kulit LES

Lupus Eritematosus
Sistemik (LES) Penelitian
Dominasi Bacteroides fragilis
ini
Bacteroides paling sering didapatkan dari isolasi
Subyek-4
pada infeksi jaringan ulkus nekrotik
Elliot, 2000
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Vaskulitis RA

Mikroba yang melimpah Hammad, 2020

Serum Genus:
Pasien RA • Halomonas • Corynebacterium
• Anaerococcus • Shewanella
• Pseudomonas • Lachnospiraceae NK4A136_group

Penelitian Dominasi Shewanella algae group, Pseudomonas

ini aeruginosa group, Corynebacterium striatum
Rheumatoid
Subyek-2
Artritis (RA)
Shewanella Infeksi kulit & jaringan lunak
algae group • Sering didapatkan pada pasien imunkompromis
dengan ulkus kulit yang telah ada sebelumnya
• Sebagian besar berhubungan dengan paparan
lingkungan laut
Rajchgot, 2016

Pseudomonas Mempertahankan fase inflamatorik ulkus

aeruginosa • Membentuk biofilm à ulkus menjadi kronis
Fazli, 2009
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Vaskulitis

“Penelitian mengenai hubungan antara mikrobiom dengan

penyakit autoimun secara khusus pada LES dan RA
sampai saat ini masih terbatas pada mikrobiom rongga
mulut dan saluran pencernaan, sehingga tinjauan
pengaruh mikrobiom kulit pada penyakit-penyakit tersebut
belum dapat dijelaskan lebih lanjut”
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Gangguan Vaskular Ulkus Wolcott, 2009
Biofilm
Faktor yang berkontribusi pada
kronisitas ulkus venosus pada kruris
Subyek-6

Dominasi:
• Pemeran utama pembentukan biofilm
• Pseudomonas aeruginosa group • Melindungi bakteri melawan Davis, 2008
antimikroba

• Menyebabkan infeksi pada manusia Vignier, 2013

melalui ulkus venosus kronis

Komorbid • Shewanella algae • Kecenderungan menyebabkan infeksi Debois, 1975

pada jar. dgn sirkulasi buruk Dominguez, 1996
Gangguan Vaskular
• Memiliki resistensi thd antibiotik Yousfi, 2017

Subyek-8
• Patogen oportunistik berbagai penyakit
O’Hara, 2000
Dominasi: pada manusia

• Proteus Mirabilis • Spesies ketiga paling sering ditemukan

Körber, 2010
pada ulkus kruris kronis

• Mikrobiom yang mendominasi ulkus

Wolcott, 2009
kruris kronis
Komposisi Mikrobiom: Spesies Berdasarkan Komorbiditas
Ulkus Traumatikum Ulkus

• Dominan pada ulkus dengan komorbiditas

Subyek-5

1. Shewanella algae group

2. Pseudomonas aeruginosa group
Tanpa Subyek-7
Mikrobiota
3. Proteus mirabilis
Komorbid Dominan

4. Providencia stuartii

Kumarsheva,
Subyek-9 • Menyebabkan infeksi pada manusia
2018

• Menyebabkan infeksi nosokomial dengan tingkat

virulensi rendah (4/100.000 pasien) Wie, 2015
• Angka kematian karena bakteremia tinggi
Disbiosis Mikrobiom

Disbiosis Mikrobiom • Tamboli,

2004 Penelitian ini
Elemen yang berpengaruh • Sanford,
pada beberapa penyakit 2013
10 spesies kelimpahan relatif tertinggi
• Saluran cerna
• Kulit
Terdapat perbedaan komposisi antara
1 ulkus dibandingkan dengan kulit sehat

Penurunan Keragaman Mikrobiom Terdapat spesies yang sama di kedua

2 kelompok namun proporsinya berubah

3 Munculnya patogen
Memungkinkan pertumbuhan
patogen potensial yang berlebihan Gardiner, Terjadi dominasi spesies tertentu pada
2017 4 setiap sampel ulkus

Mencakup ketiga tipe

• Memicu peradangan
dssbiosis yang diajukan
• Memicu/memperburuk suatu
Levy (2007)
keadaan penyakit
Disbiosis Mikrobiom

“Terdapat berbagai mikrobiota komensal yang dianggap

relatif tidak berbahaya, namun nyatanya dapat
menyebabkan infeksi serius pada kondisi supresi imun.

Mikroorganisme yang tampaknya menguntungkan dapat

berperan sebagai patogen jika terdapat kesempatan
pada waktu yang tepat”

Sanford, 2013
Keragaman Alfa
6

shannon
5

Indeks Shannon 4

2 Healthy Ulcer

Analisis keragaman masing-

masing sampel / suatu kelompok 0.9
yang dapat menggambarkan
Keragaman

simpson
kekayaan (richness) dan juga
Alfa
0.8
kemerataan keragaman Indeks Simpson
komunitas mikrobiota pada tiap
0.7
sampel atau kelompok
0.6
(Qian, 2020) Healthy Ulcer

Healthy
900 Ulcer

OTU Number
Kurva Rarefaction 600

300

0
0 20.000 40.000 60.000 80.000

Sequence Number
Keragaman Alfa Indeks Shannon & Simpson
q Praktik di komunitas: nilai
maksimal 5,0
(Washington, 198)
q Teoritis: dapat mencapai nilai
sangat tinggi
(Xia, 2018)
q Peningkatan nilai indeks
Shannon à dipengaruhi oleh
keberadaan spesies langka
(Qian, 2020; Xia, 2018)
q Peningkatan nilai indeks
Simpson à dipengaruhi oleh
keberadaan spesies yang
sering dijumpai
q Tidak terpengaruh dengan
spesies langka
(Xia, 2018)
Penelitian ini
Indeks Shannon
Kulit sehat > ulkus
Terdapat perbedaan
keragaman mikrobiom
secara signifikan
(P=0.0007816) Terdapat perbedaan
keragaman mikrobiom
secara signifikan
Keragaman mikrobiom
pada kulit sehat lebih
melimpah dibandingkan
Indeks Simpson
dengan ulkus
Kulit sehat > ulkus
Terdapat perbedaan
keragaman mikrobiom
secara signifikan
(P=0.01419)
Keragaman Alfa Kurva Rarefaction

Healthy Membantu perbandingan

keragaman alfa
Ulcer Willis, 2019
900
OTU Number

600
Penelitian ini

Kurva rarefaction
Cenderung mendatar
300
Sampel yang diambil telah merepresentasikan
komunitas mikrobiota dengan baik

0 Jumlah OTU yang ditemukan pada kelompok

kulit sehat tampak lebih tinggi seiring dengan
0 20.000 40.000 60.000 80.000
bertambahnya jumlah sekuensing yang
dilakukan
Sequence Number
Keragaman Alfa

q Keragaman mikrobiota kulit > ulkus

q Terdapat perbedaan komposisi

mikrobiota kulit sehat vs ulkus (DM)
Alpha (Qian, 2020)
Diversity Penelitian ini

q Mikrobiom kulit intak lebih beraneka
ragam dibandingkan ulkus
(Gontcharova, 2020)
Keragaman mikrobiom
Pada subyek dengan penyakit komorbiditas
(diabetes mellitus, vaskulitis, dan gangguan
vaskular) à keragaman mikrobiota lebih
tinggi pada kulit sehat dibandingkan
dengan ulkus
Keragaman Alfa

Keragaman yang lebih rendah dapat terjadi karena:

1. Pertumbuhan beberapa patogen potensial secara berlebihan

yang dapat memicu peradangan

ATAU
ATAU

2. Peradangan yang dapat menurunkan keragaman dengan

menciptakan lingkungan pertumbuhan yang tidak baik bagi
mikrobiota komensal
Park et al, 2013
5
Kesimpulan dan Saran
Kesimpulan

Terjadi disbiosis keragaman mikrobiom antara kulit

sehat dan ulkus pada penderita ulkus kruris kronis
yang ditunjukkan dengan adanya perbedaan indeks
Shannon dan indeks Simpson
Saran

1
1. Dilakukan penelitian serupa disertai dengan pengambilan
sampel dari kulit sehat orang tanpa komorbiditas sehingga
dapat dilakukan analisis keragaman mikrobiom secara statistik

2. Dilakukan penelitian dengan pengambilan sampel berulang

2
dan durasi yang lebih panjang untuk mengetahui konsistensi
mikrobiom dari waktu ke waktu
Terimakasih
Matur Nuwun