sal dan evolusi coronavirus patogen

 Jie Cui ,
 Fang Li &
 Zheng-Li Shi 

Tinjauan Alam Mikrobiologi volume 17 , halaman181–192 ( 2019 ) Kutip artikel

ini
 Akses 344k
 2800 Kutipan
 1475 Altmetrik
 Metrikdetail

Abstrak
Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) dan Middle East
respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) adalah dua virus yang sangat mudah
menular dan bersifat patogen yang muncul pada manusia pada awal abad ke-
21. Kedua virus tersebut kemungkinan besar berasal dari kelelawar, dan virus corona
yang beragam secara genetik yang terkait dengan SARS-CoV dan MERS-CoV
ditemukan pada kelelawar di seluruh dunia. Dalam Ulasan ini, kami meringkas
pengetahuan terkini tentang asal dan evolusi kedua virus korona patogen ini dan
mendiskusikan penggunaan reseptornya; kami juga menyoroti keragaman dan potensi
limpahan virus korona yang ditularkan kelelawar, sebagaimana dibuktikan oleh
penularan baru-baru ini dari sindrom diare akut babi (SADS-CoV) ke babi.

Perkenalan
Coronavirus menyebabkan infeksi pernapasan dan usus pada hewan dan
manusia 1 . Mereka tidak dianggap sangat patogen bagi manusia sampai
berjangkitnya sindrom pernafasan akut yang parah (SARS) pada tahun 2002 dan 2003
di provinsi Guangdong, Cina 2 , 3 , 4 , 5 , karena coronavirus yang beredar sebelum waktu
itu pada manusia sebagian besar disebabkan infeksi ringan pada orang
imunokompeten. Sepuluh tahun setelah SARS, coronavirus yang sangat patogen
lainnya, Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) muncul di
negara-negara Timur Tengah 6. SARS coronavirus (SARS-CoV) menggunakan
angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) sebagai reseptor dan terutama menginfeksi
sel epitel bronkial bersilia dan pneumosit tipe II 7 , 8 , sedangkan MERS-CoV
menggunakan dipeptidyl peptidase 4 (DPP4; juga dikenal sebagai CD26) sebagai
reseptor dan menginfeksi sel epitel bronkus tak bersilia dan pneumosit tipe
II 9 , 10 , 11 . SARS-CoV dan MERS-CoV ditularkan langsung ke manusia dari musang
pasar dan unta dromedaris, masing-masing 12 , 13 , 14 , dan kedua virus tersebut
diperkirakan berasal dari kelelawar 15 , 16 , 17 , 18, 19 , 20 , 21 . Studi ekstensif dari dua virus
corona penting ini tidak hanya menghasilkan pemahaman yang lebih baik tentang
biologi virus corona tetapi juga mendorong penemuan virus corona pada kelelawar
secara global 21 , 22 , 23 , 24 , 25 , 26 , 27 , 28 , 29 , 30 , 31. Dalam Ulasan ini, kami fokus pada asal
dan evolusi SARS-CoV dan MERS-CoV. Secara khusus, kami menekankan distribusi
ekologis, keragaman genetik, transmisi antarspesies, dan potensi patogenesis
coronavirus terkait SARS (SARSr-CoVs) dan coronavirus terkait MERS (MERSr-
CoVs) yang ditemukan pada kelelawar, karena informasi ini dapat membantu
mempersiapkan penanggulangan terhadap masa depan. spillover dan infeksi patogen
pada manusia dengan novel coronavirus.

Keanekaragaman virus corona

Coronavirus adalah anggota subfamili Coronavirinae dalam
keluarga Coronaviridae dan ordo Nidovirales (Komite Internasional Taksonomi
Virus). Subfamili ini terdiri dari empat genera
— Alphacoronavirus , Betacoronavirus , Gammacoronavirus dan Deltacoronavirus 
— berdasarkan hubungan filogenetik dan struktur genomiknya
(Gbr.  1 ). Alphacoronavirus dan betacoronavirus hanya menginfeksi mamalia. Virus
gammacorona dan deltacoronavirus menginfeksi burung, tetapi beberapa di antaranya
juga dapat menginfeksi mamalia 24. Alphacoronavirus dan betacoronavirus biasanya
menyebabkan penyakit pernapasan pada manusia dan gastroenteritis pada hewan. Dua
virus yang sangat patogen, SARS-CoV dan MERS-CoV, menyebabkan sindrom
pernapasan parah pada manusia, dan empat virus korona manusia lainnya (HCoV-
NL63, HCoV-229E, HCoV-OC43, dan HKU1) hanya menyebabkan penyakit
pernapasan atas ringan pada imunokompeten. host, meskipun beberapa dari mereka
dapat menyebabkan infeksi parah pada bayi, anak kecil dan orang lanjut
usia 1 , 28 , 29 . Alphacoronavirus dan betacoronavirus dapat menimbulkan beban
penyakit yang berat pada ternak; virus ini termasuk virus gastroenteritis menular
babi 32 , virus diare enterik babi (PEDV) 33dan virus corona sindrom diare akut babi
(SADS-CoV) yang baru muncul 34 . Berdasarkan basis data urutan saat ini, semua
virus korona manusia berasal dari hewan: SARS-CoV, MERS-CoV, HCoV-NL63,
dan HCoV-229E dianggap berasal dari kelelawar; HCoV-OC43 dan HKU1 sepertinya
berasal dari hewan pengerat 28 , 29 . Hewan peliharaan mungkin memiliki peran penting
sebagai inang perantara yang memungkinkan penularan virus dari inang alami ke
manusia. Selain itu, hewan piaraan itu sendiri dapat menderita penyakit yang
disebabkan oleh virus corona yang ditularkan oleh kelelawar atau yang berkerabat
dekat: urutan genomik yang sangat mirip dengan PEDV terdeteksi pada
kelelawar 35 , 36 , 37 , 38, dan SADS-CoV adalah limpahan terbaru dari kelelawar ke
babi 34 (Gbr.  2 ). Saat ini, 7 dari 11 spesies Alphacoronavirus yang
ditetapkan ICTV dan 4 dari 9 spesies Betacoronavirus diidentifikasi hanya pada
kelelawar (Gbr.  3 ). Jadi, kelelawar kemungkinan besar merupakan reservoir alami
utama dari alphacoronavirus dan betacoronavirus 24 .

Gambar 1: Genom, gen, dan protein dari berbagai jenis virus corona.

Coronavirus membentuk partikel yang diselimuti dan bulat dengan diameter 100–160
nm. Mereka mengandung genom positive-sense, single-stranded RNA (ssRNA)
berukuran 27-32 kb. Dua pertiga terminal 5' dari genom mengkode poliprotein, pp1ab,
yang selanjutnya dibelah menjadi 16 protein non-struktural yang terlibat dalam
transkripsi dan replikasi genom. Terminal 3 'mengkodekan protein struktural,
termasuk lonjakan glikoprotein amplop (S), amplop (E), membran (M) dan
nukleokapsid (N). Selain gen yang mengkode protein struktural, ada gen aksesori
yang spesifik spesies dan dapat dibuang untuk replikasi virus. Di sini, kami
membandingkan prototipikal dan strain representatif dari empat genera coronavirus:
virus peritonitis menular kucing (FIPV), Rhinolophuskelelawar coronavirus HKU2,
strain coronavirus sindrom pernafasan akut yang parah (SARS-CoV) GD02 dan SZ3
dari manusia yang terinfeksi selama fase awal epidemi SARS dan dari musang,
masing-masing, strain SARS-CoV hTor02 dari manusia yang terinfeksi selama fase
pertengahan dan akhir epidemi SARS, galur coronavirus terkait SARS kelelawar
(SARSr-CoV) WIV1, coronavirus sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS-CoV),
virus hepatitis tikus (MHV), virus bronkitis menular (IBV), dan bulbul coronavirus
HKU11.

Gambar ukuran penuh

Gambar 2: Hewan asal dari virus corona manusia.
Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) adalah coronavirus baru
yang muncul melalui rekombinasi dari SARS-related coronaviruses kelelawar
(SARSr-CoVs) 20 . Virus hasil rekombinasi tersebut menginfeksi musang dan manusia
serta beradaptasi dengan inang tersebut sebelum menyebabkan epidemi
SARS 42 62 . Virus korona sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS-CoV)
 , 

kemungkinan besar menyebar dari kelelawar ke unta dromedaris setidaknya 30 tahun

yang lalu 100 dan sejak itu telah lazim di unta dromedaris. HCoV-229E dan HCoV-
NL63 biasanya menyebabkan infeksi ringan pada manusia imunokompeten. Nenek
moyang dari virus ini baru-baru ini ditemukan pada kelelawar Afrika 133 134 , dan unta
 , 

kemungkinan besar merupakan inang perantara HCoV-229E 134 135 . HCoV-OC43 dan

 , 

HKU1, keduanya juga sebagian besar tidak berbahaya pada manusia, kemungkinan
besar berasal dari hewan pengerat. Baru-baru ini, sindrom diare akut babi (SADS)
muncul pada anak babi. Penyakit ini disebabkan oleh strain baru Rhinolophus bat
coronavirus HKU2, bernama SADS coronavirus (SADS-CoV) 34 ; tidak ada bukti
infeksi pada manusia. Panah padat menunjukkan data yang dikonfirmasi. Panah patah
menunjukkan potensi penularan antarspesies. Panah hitam menunjukkan infeksi pada
hewan perantara, panah kuning menunjukkan infeksi ringan pada manusia, dan panah
merah menunjukkan infeksi parah pada manusia atau hewan.

Gambar ukuran penuh

Gambar 3: Hubungan filogenetik dalam subfamili Coronavirinae .

Virus corona yang sangat patogen pada manusia termasuk dalam
subfamili Coronavirinae dari famili Coronaviridae . Virus dalam kelompok subfamili
ini menjadi empat genera (prototipe atau galur perwakilan
ditunjukkan): Alphacoronavirus (ungu), Betacoronavirus (merah
muda), Gammacoronavirus (hijau) dan Deltacoronavirus (biru). Klaster subgrup
klasik diberi label 1a dan 1b untuk alphacoronavirus dan 2a–2d untuk
betacoronavirus. Pohon tersebut didasarkan pada pohon yang diterbitkan
dari Coronavirinae  25 136dan direkonstruksi dengan urutan wilayah pengkodean
 , 

polimerase RNA yang bergantung pada RNA lengkap dari perwakilan virus corona
(metode kemungkinan maksimum di bawah model substitusi nukleotida GTR + I + Γ
seperti yang diterapkan dalam PhyML, versi 3.1 (ref. 137 ) ) . Hanya node dengan
dukungan bootstrap di atas 70% yang ditampilkan. IBV, virus bronkitis
menular; MERS-CoV, coronavirus sindrom pernapasan Timur Tengah; MHV, virus
hepatitis tikus; PEDV, virus diare enterik babi; SARS-CoV, coronavirus sindrom
pernafasan akut yang parah; SARSr-CoV, coronavirus terkait SARS.

Gambar ukuran penuh

Asal hewan dan evolusi SARS-CoV

Pada awal epidemi SARS, hampir semua pasien indeks awal memiliki paparan hewan
sebelum berkembang menjadi penyakit. Setelah agen penyebab SARS diidentifikasi,
antibodi SARS-CoV dan/atau anti-SARS-CoV ditemukan pada musang palem
bertopeng ( Paguma larvata ) dan penangan hewan di pasar 12 , 16 , 39 , 40 , 41 , 42 . Namun,
kemudian, penyelidikan luas terhadap musang yang dibudidayakan dan ditangkap di
alam mengungkapkan bahwa strain SARS-CoV yang ditemukan di musang pasar
ditularkan kepada mereka oleh hewan lain 16 , 39. Pada tahun 2005, dua tim secara
independen melaporkan penemuan novel coronavirus yang terkait dengan SARS-CoV
pada manusia, yang diberi nama SARS-CoV-related virus atau SARS-like
coronaviruses, pada kelelawar tapal kuda (genus Rhinolophus ) 15 , 43 . Penemuan ini
menunjukkan bahwa kelelawar mungkin menjadi inang alami untuk SARS-CoV dan
bahwa musang hanyalah inang perantara. Selanjutnya, banyak coronavirus yang
secara filogenetik terkait dengan SARS-CoV (SARSr-CoVs) ditemukan pada
kelelawar dari berbagai provinsi di Cina dan juga dari negara-negara Eropa, Afrika,
dan Asia Tenggara 15 , 20 , 38 , 43 , 44 , 45 , 46 , 47, 48 , 49 , 50 , 51 , 52 , 53 , 54 (Gambar  4 ; Gambar
Tambahan. S1a ). Menurut kriteria ICTV, hanya strain yang ditemukan pada
kelelawar Rhinolophus di negara-negara Eropa, Asia Tenggara, dan China yang
merupakan varian SARSr-CoV. Yang berasal dari kelelawar Hipposideros di Afrika
kurang erat kaitannya dengan SARS-CoV dan harus diklasifikasikan sebagai spesies
virus corona baru 54. Data ini menunjukkan bahwa SARSr-CoV memiliki penyebaran
geografis yang luas dan mungkin sudah lazim pada kelelawar untuk waktu yang
sangat lama. Sebuah studi longitudinal selama 5 tahun mengungkapkan koeksistensi
SARSr-CoV yang sangat beragam dalam populasi kelelawar di salah satu gua di
provinsi Yunnan, Cina 18 , 20 , 55 . Lokasi ini adalah hot spot keragaman, dan SARSr-
CoV di lokasi ini mengandung semua keragaman genetik yang ditemukan di lokasi
lain di China. Selanjutnya, galur virus yang ada di satu lokasi ini mengandung semua
unsur genetik yang dibutuhkan untuk membentuk SARS-CoV (Gbr.  5 ). Karena tidak
ada nenek moyang langsung dari SARS-CoV yang ditemukan pada populasi
kelelawar meskipun telah dilakukan pencarian selama 15 tahun dan karena
rekombinasi RNA sering terjadi pada virus corona 56, kemungkinan besar SARS-CoV
baru muncul melalui rekombinasi SARSr-CoV kelelawar di gua kelelawar ini atau
gua kelelawar lain yang belum teridentifikasi. Hipotesis ini konsisten dengan data
sebelumnya yang menunjukkan bahwa nenek moyang langsung dari SARS-CoV
muncul sebelum tahun 2002 (referensi 42 , 57 , 58 ). Analisis rekombinasi juga sangat
mendukung hipotesis bahwa galur SARS-CoV musang SZ3 muncul melalui
rekombinasi dua galur kelelawar yang ada, WIV16 dan Rf4092 (ref. 20 ). Selain itu,
WIV16, kerabat terdekat dengan SARS-CoV yang ditemukan pada kelelawar,
kemungkinan besar muncul melalui rekombinasi dua galur SARSr-CoV kelelawar
lainnya yang lazim 20 . Breakpoint rekombinasi yang paling sering ada di dalam Sgen,
yang mengkodekan protein lonjakan (S) yang mengandung domain pengikat reseptor
(RBD), dan hulu orf8 , yang mengkodekan protein aksesori 20 , 58 , 59 . Mengingat
prevalensi dan keragaman genetik yang besar dari SARSr-CoV kelelawar,
koeksistensi mereka yang dekat dan rekombinasi yang sering dari virus corona,
diharapkan varian baru akan muncul di masa depan60,61. Karena tidak ada kasus SARS di
provinsi Yunnan selama wabah SARS, kami berhipotesis bahwa nenek moyang
langsung SARS-CoV diproduksi oleh rekombinasi dalam kelelawar dan kemudian
ditularkan ke musang ternak atau mamalia lain, yang kemudian menularkan virus ke
musang melalui feses– transmisi lisan. Ketika musang yang terinfeksi virus diangkut
ke pasar Guangdong, virus menyebar di musang pasar dan memperoleh mutasi lebih
lanjut sebelum menyebar ke manusia.

Gambar 4: Analisis filogenetik SARSr-CoVs dan MERSr-CoVs.

sebuah | Gambar tersebut menunjukkan pohon filogenetik yang disederhanakan dari
coronavirus terkait sindrom pernafasan akut yang parah (SARSr-CoVs) dari
kelelawar. Cluster SARSr-CoV menjadi tiga garis keturunan, L1-L3, dan coronavirus
sindrom pernapasan akut manusia (SARS-CoVs) tertanam di L1. Dua individu
SARSr-CoV tidak dikelompokkan ke dalam garis keturunan ini: YN, virus yang
diisolasi dari provinsi Yunnan, Tiongkok, dan BG, virus dari Bulgaria, Eropa. Pohon
ini didasarkan pada pohon yang diterbitkan 20 138 dan direkonstruksi menggunakan
 , 

sekuens dari wilayah pengkodean RNA polimerase dependen-RNA lengkap (metode

kemungkinan maksimum di bawah model substitusi nukleotida GTR + I + Γ seperti
yang diterapkan dalam PhyML, versi 3.1 (ref. 137 )). Strain Zhejiang2013 (GenBank
No. KF636752) digunakan sebagai root.b | Sebaliknya, coronavirus terkait sindrom
pernapasan Timur Tengah (MERSr-CoVs) membentuk dua garis keturunan virus
utama, L1 dan L2. L1 ditemukan pada manusia dan unta, dan L2 hanya ditemukan
pada unta. Dua kelompok kecil, B1 (kelelawar 1) dan B2, dan satu virus tunggal, SA,
dari Afrika Selatan, ditemukan pada kelelawar. Pohon filogenetik MERSr-CoVs
didasarkan pada pohon yang dipublikasikan 94 139 dan direkonstruksi menggunakan
 , 

penjajaran genom penuh dari semua wilayah pengkodean menggunakan metode yang
sama seperti di atas. HKU4-1 (EF065505) dan HKU5-1 (EF065509), dua
betacoronavirus 2c, berfungsi sebagai akar pohon. Pohon filogenetik terperinci dan
informasi pengelompokan dapat ditemukan pada Gambar Tambahan. S1 . MERS-
CoV, coronavirus sindrom pernapasan Timur Tengah.

Gambar ukuran penuh

Gambar 5: Wilayah variabel dalam isolat SARS-CoV dan kelelawar SARSr-CoV

yang berbeda.
Variabilitas dan dengan demikian adaptasi spesies secara besar-besaran memengaruhi
tiga protein coronavirus sindrom pernafasan akut yang parah (SARS-CoV) dan
coronavirus terkait SARS (SARSr-CoV): protein lonjakan (S) (keduanya domain
terminal amino S1 (S1-NTD) dan domain pengikat reseptor S1 (S1-RBD)
menunjukkan variabilitas), ORF3 (3a dan 3b) dan ORF8 (8a dan b). SARS-CoV
GD02 dan hTor02 mewakili strain yang diisolasi dari pasien selama fase awal,
pertengahan, atau akhir epidemi SARS masing-masing pada tahun 2002–2003; SARS-
CoV CZ3 adalah perwakilan dari strain yang diisolasi dari musang pada tahun 2003
dan 2004 (ref 42 62). Semua SARSr-CoV kelelawar, kecuali HKU3 dan Rp3,
 , 

ditemukan di provinsi Yunnan selama 2011–2015. Berdasarkan penghapusan di RBD,

SARSr-CoV kelelawar dapat dibagi menjadi dua clade. Mereka yang tidak terhapus
dan dengan demikian memiliki ukuran yang identik di S1 dengan SARS-CoV dapat
dibagi lagi menjadi empat genotipe: genotipe 1, diwakili oleh WIV16, sangat mirip
dengan SARS-CoV baik di NTD maupun RBD; genotipe 2, diwakili oleh WIV1,
berbeda dalam NTD dari SARS-CoV; genotipe 3, diwakili oleh Rs4231, berbeda
dalam RBD dari SARS-CoV; dan genotipe 4, diwakili oleh SHC014 dan Rs4084,
berbeda dalam NTD dan RBD dari SARS-CoV 20. Perbedaan dalam S memengaruhi
pengikatan reseptor spesifik spesies, sedangkan perbedaan dalam protein aksesori,
termasuk ORFX (X) yang baru ditemukan, terutama memengaruhi respons imun dan
penghindaran imun virus. Diadaptasi dari ref. 20 , CC BY 4.0
( https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ ).

Gambar ukuran penuh

Variabilitas SARS-CoV pada manusia dan musang

Urutan genom SARS-CoV dari musang pasar hampir identik dengan genom SARS-
CoV manusia 42 , 62 . Namun, dua gen menunjukkan variasi besar. Wilayah variabel
pertama terletak di gen S. Protein SARS-CoV S secara fungsional dibagi menjadi dua
subunit, dilambangkan S1 dan S2, yang masing-masing bertanggung jawab untuk
pengikatan dan fusi reseptor dengan membran sel 1 . S1 selanjutnya dibagi menjadi
domain terminal amino (S1-NTD) dan domain terminal karboksi (S1-CTD). S1-CTD
berfungsi sebagai RBD dan bertanggung jawab untuk mengikat ACE2 dan memasuki
sel 7 , 63 , 64. Dua residu asam amino dalam RBD, 479 dan 487, diidentifikasi penting
untuk infeksi SARS-CoV yang dimediasi ACE2 dan penting untuk penularan virus
dari musang ke manusia 76 , 78 .

Lokasi variasi utama kedua adalah gen aksesori orf8 (Gbr.  5 ). Berdasarkan

penyebaran SARS, wabah SARS 2002–2003 dapat dibagi menjadi tiga fase, dengan
fase awal ditandai dengan sejumlah kecil kasus lokal, diikuti oleh fase tengah di mana
peristiwa superspreader terjadi di rumah sakit dan akhirnya fase akhir penyebaran
internasional 62 . Genom virus dari pasien fase awal mengandung dua genotipe orf8 ,
satu dengan orf8 lengkap (369 nukleotida) dan yang lainnya mengandung
penghapusan 82 nukleotida. Sebaliknya, genom virus dari pasien fase akhir dan
sebagian besar genom dari pasien fase tengah mengandung orf8 yang terpisah
(orf8a dan orf8b ) karena penghapusan 29-nukleotida; dua pengecualian ditemukan
dalam genom fase tengah, satu mengandung penghapusan 82-nukleotida di orf8 dan
yang lainnya dengan seluruh orf8 dihapus. Isolat manusia dari tahun 2004 dan semua
genom musang SARS-CoV memiliki orf8 lengkap kecuali satu galur musang dengan
delesi 82 nukleotida 62 . Data ini menunjukkan bahwa orf8gen menjalani adaptasi
selama transmisi dari hewan ke manusia selama epidemi SARS. Analisis fungsional
terbatas menunjukkan bahwa protein ORF8a tidak diperlukan untuk replikasi SARS-
CoV dalam sel Vero E6 tetapi mungkin memiliki peran dalam memodulasi stres
retikulum endoplasma, menginduksi apoptosis dan menghambat respons interferon
dalam sel inang 20 , 65 , 66 , 67 , 68 , 69 . Apakah dan bagaimana adaptasi ini terlibat dalam
virulensi SARS-CoV tidak sepenuhnya diklarifikasi.

Variabilitas SARSr-CoV kelelawar

SARS-CoV dan kelelawar SARSr-CoV bervariasi di tiga wilayah: S, ORF8, dan
ORF3 (Gbr.  5 ). SARSr-CoV kelelawar berbagi identitas urutan tinggi dengan SARS-
CoV di wilayah S2 tetapi sangat bervariasi di wilayah S1. Dibandingkan dengan
manusia dan musang SARS-CoV, kelelawar SARSr-CoV S1 dapat dibagi menjadi
dua clade: clade 1, yang hanya ditemukan di provinsi Yunnan, memiliki ukuran
protein S yang sama dengan isolat manusia dan musang 18 , 19 , 20 , 51 , sedangkan clade
2, yang ditemukan di banyak lokasi, memiliki ukuran protein S yang lebih pendek
karena penghapusan 5, 12 atau 13 asam amino dengan panjang 15 , 43 , 44 , 45 , 48 , 50. Di
antara SARSr-CoV kelelawar yang diurutkan, mereka yang memiliki penghapusan
dalam RBD mereka menunjukkan identitas urutan asam amino 78,2–80,2% dengan
SARS-CoV dalam protein S, sedangkan yang tanpa penghapusan jauh lebih dekat
hubungannya dengan SARS-CoV, dengan 90,0–97,2 % identitas urutan asam amino.

Wilayah variabel kedua terletak di ORF8. Sebagian besar SARSr-CoV kelelawar

mempertahankan orf8 utuh (366 atau 369 nukleotida) dan berbagi 47,7–100%
identitas urutan di antara mereka sendiri dan 50,6–98,4% dengan SARS-CoV pada
musang dan pasien fase awal. Orf8 yang terbelah (364 nukleotida) karena
penghapusan 5-nukleotida ditemukan pada satu galur SARSr-CoV kelelawar, mirip
dengan SARS-CoV dari pasien fase tengah dan fase akhir 20 . SARSr-CoV kelelawar
Eropa telah benar-benar hilang orf8 (ref. 45 ). Data ini menunjukkan bahwa
gen orf8 pada kelelawar SARSr-CoV terus berevolusi di reservoir
alaminya. Mempertimbangkan variabilitas orf8pada kelelawar, musang, dan manusia,
menyelidiki fungsi orf8 adalah prioritas, khususnya kontribusi varian yang berbeda ini
terhadap patogenesis virus.

Wilayah variabel ketiga ada di ORF3. Genom SARS-CoV mengkode ORF3b asam

amino 154, yang merupakan antagonis interferon. SARSr-CoV kelelawar dan SARS-
CoV sangat mirip dalam ORF3a (96,4–98,9% identitas asam amino), tetapi SARSr-
CoV kelelawar memiliki ukuran ORF3b (54–154 asam amino) yang berbeda
(sebagian besar wilayah pengkodean ORF3b tumpang tindih dengan wilayah
pengkodean ORF3a) 20 , 70 . ORF3b mempertahankan fungsi anti-interferon pada
beberapa SARSr-CoV kelelawar tetapi telah kehilangan fungsi tersebut pada
kelelawar SARSr-CoVs lainnya 70 .

Gen aksesori baru, bernama orfx dan terletak di antara orf6 dan orf7 , diidentifikasi

dalam genom beberapa kelelawar SARSr-CoVs dari provinsi
Yunnan 18 , 19 , 20 (Gbr.  5 ). Studi pendahuluan menunjukkan bahwa ORFX terlibat
dalam respons anti-interferon 71 .

Penggunaan reseptor SARS-CoV dan SARSr-CoV

Pengikatan ACE2 adalah penentu penting untuk kisaran inang SARS-
CoV 72 , 73 . Studi mikroskop elektron menunjukkan bahwa protein SARS-CoV S
membentuk trimer berbentuk semanggi, dengan tiga kepala S1 dan tangkai S2
trimerik 74 , 75 . RBD terletak di ujung setiap kepala S1. RBD mengikat ke permukaan
luar ACE2, jauh dari situs enzimatik seng-chelating 77 , 141 (Gbr.  6a ). Strain SARS-
CoV berbeda yang diisolasi dari beberapa inang bervariasi dalam afinitas
pengikatannya untuk ACE2 manusia dan akibatnya dalam infektivitas sel
manusia 76 , 78 (Gbr.  6b). Strain epidemi hTor02 diisolasi dari manusia selama fase
akhir wabah pada tahun 2002-2003. Ini memiliki afinitas tinggi untuk ACE2 manusia
dan infektivitas tinggi dalam sel manusia, dan akibatnya, itu ditularkan secara efisien
antara manusia 62 . Strain cSz02 dan cHb05 diisolasi dari musang sawit pada tahun
2002–2003 dan 2005. Keduanya memiliki afinitas yang rendah terhadap ACE2
manusia dan infektivitas yang rendah pada sel manusia tetapi memiliki afinitas yang
tinggi terhadap ACE2 musang dan infektivitas yang tinggi pada sel
musang 12 , 79 . Strain hcGd03 diisolasi dari manusia dan musang sawit pada tahun
2003-2004 dan memiliki afinitas moderat untuk ACE2 manusia dan infektivitas
moderat dalam sel manusia; itu menginfeksi manusia tetapi tidak menularkan antar
manusia 80. Strain hHae08 diisolasi dari kultur sel manusia dan memiliki afinitas yang
tinggi terhadap ACE2 manusia dan infektivitas yang tinggi pada sel
manusia 81 . Memahami dasar molekuler untuk penggunaan reseptor manusia oleh
strain SARS-CoV yang berbeda sangat penting untuk memahami transmisi lintas
spesies SARS-CoV dan untuk pemantauan epidemiologi potensi wabah di masa
depan.

Gambar 6: Pengenalan reseptor oleh SARS-CoV dan MERS-CoV.

sebuah | Sindrom pernapasan akut parah coronavirus (SARS-CoV) menggunakan
domain pengikat reseptor (RBD) (seperti yang ditunjukkan dalam struktur strain
hTor02, yang mengandung struktur inti (cyan) dan motif pengikat reseptor (RBM;
magenta)) untuk mengikat angiotensin manusia -converting enzyme 2 (ACE2; hijau;
Protein Data Bank ID: 2AJF). ACE2 adalah peptidase dengan seng (biru) di pusat
aktifnya. b | Beberapa residu dalam inang dan reseptor virus, serta dua jembatan
garam yang menstabilkan struktur (garis putus-putus) dan membentuk dua titik panas
yang mengikat, sangat penting untuk pengikatan strain epidemi sindrom pernapasan
akut (SARS) parah hTor02. Residu hidrofobik yang mengelilingi dua jembatan garam
terdapat dalam struktur tetapi tidak diperlihatkan dalam gambar. C| Sebaliknya, jenis
coronavirus terkait SARS (SARSr-CoV) bWIV1, yang diisolasi dari kelelawar dan
dapat menginfeksi sel musang dan manusia, berbeda dalam residu 442, 472, dan 487.
Mutasi dari treonin menjadi asparagin dalam residu 487 memperkenalkan rantai
samping polar dan diprediksi mengganggu pengikatan di hot spot 353. Model yang
ditampilkan di sini dibangun berdasarkan struktur hTor02 RBD yang dikomplekskan
dengan ACE2 manusia (Protein Data Bank ID: 2AJF), di mana residu 442, 472 dan
487 dimutasi dari strain hTor02 ke strain bWIV1. D| Strain SARSr-CoV kelelawar
bRsSHC014 juga dapat menginfeksi sel manusia dan musang; itu membawa alanin di
posisi 487, dan rantai samping pendek residu ini tidak mendukung struktur hot spot
353. Model ini dibangun berdasarkan struktur RBD cOptimize yang dikomplekskan
dengan ACE2 manusia (Protein Data Bank ID: 3SCJ ), di mana residu 442, 480 dan
487 dimutasi dari yang ada di strain cOptimize menjadi yang ada di strain
bWIV1. e | RBD sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS-CoV) RBD (struktur inti
dalam cyan dan RBM dalam magenta) mengikat manusia dipeptidyl peptidase 4
(DPP4; hijau; Protein Data Bank ID: 4KR0). Gambar struktur dibuat menggunakan
PyMOL 115 . Mutasi yang dimodelkan pada panel c dan d dilakukan menggunakan
Coot140 . Panel a – d diadaptasi dari ref. 83 : penelitian ini awalnya diterbitkan
dalam The Journal of Biological Chemistry . Wu, KL, Peng, GQ, Wilken, M.,
Geraghty, RJ & Li, F. Mekanisme adaptasi reseptor inang oleh coronavirus sindrom
pernafasan akut yang parah. J.Biol. Kimia . 2012; 287 :8904–8911. © Masyarakat
Amerika untuk Biokimia dan Biologi Molekuler.

Gambar ukuran penuh

Mutasi SARS-CoV yang memengaruhi pengikatan reseptor manusia dan

musang
Struktur kristal RBD SARS-CoV yang dikomplekskan dengan ACE2 manusia
mengungkapkan bahwa RBD SARS-CoV mengandung struktur inti dan motif
pengikat reseptor (RBM) 82 , 141 (Gbr.  6a ). Dua hot spot pengikat virus telah
diidentifikasi pada antarmuka RBD dan ACE2 manusia, berpusat pada residu ACE2
Lys31 (hot spot 31) dan Lys353 (hot spot 353) 83 , 84 ( Gbr . 6b  ) . Keduanya terdiri
dari jembatan garam(antara Lys31 dan Glu35 untuk hot spot 31 dan antara Lys353
dan Asp38 untuk hot spot 353); kedua jembatan garam terkubur dalam kantong
hidrofobik dan menyumbangkan sejumlah besar energi untuk pengikatan RBD-ACE2
serta mengisi kekosongan pada antarmuka RBD-ACE2. Mutasi RBM yang dipilih
secara alami semuanya berinteraksi dengan hot spot (Gbr.  6b ; Tabel  1 ) dan
memengaruhi pengikatan RBD-ACE2.

Tabel 1 Mutasi pada motif pengikat reseptor SARS-CoV

Tabel ukuran penuh

Mutasi pada residu RBM 479 memiliki peran penting dalam transmisi musang ke
manusia dari SARS-CoV 42 , 76 , 78 , 85 . Residu 479 adalah asparagin pada galur hTor02,
hcGd03 dan hHae08 tetapi merupakan lisin pada galur cSz02 dan arginin pada galur
cHb05 (Tabel  1 ). Asn479 terletak di dekat hot spot 31, tanpa mengganggu struktur
hot spot 31 (ref. 85 ) (Gbr.  6b, c ). Namun, perubahan pada Lys479 menyebabkan
interferensi sterik dan elektrostatik dengan hot spot 31, mengurangi afinitas
pengikatan antara RBD SARS-CoV dan ACE2 manusia. Sebaliknya, Arg479
mencapai sekitar hot spot 353 dan membentuk jembatan garam dengan residu ACE2
Asp38 (ref. 83) (Gbr.  6d ). Oleh karena itu, strain hTor02, hcGd03 dan hHae08
(semuanya mengandung Asn479) dan strain cHb05 (yang mengandung Arg479)
mengenali ACE2 manusia dan menginfeksi sel manusia secara efisien, sedangkan
strain cSz02 (yang mengandung Lys479) mengenali ACE2 manusia secara tidak
efisien dan menginfeksi sel manusia secara tidak efisien. Analisis struktural di atas
didukung oleh data biokimia, fungsional dan epidemiologis 42 , 76 , 78 , 83 , 84 , 85 . Karena
perbedaan residu antara ACE2 manusia dan musang ACE2, Asn479 dan Lys479
sangat cocok dengan antarmuka antara RBD dan musang ACE2, meskipun Arg479
bahkan lebih cocok 83 , 85; akibatnya, strain hTor02, cSz02, hcGd03 dan cHb05 (yang
mengandung Asn479, Lys479 atau Arg479) mengenali musang ACE2 dan
menginfeksi sel musang secara efisien 79 . Singkatnya, Asn479 dan Arg479 adalah
adaptasi virus terhadap ACE2 manusia, sedangkan Lys479 tidak kompatibel dengan
ACE2 manusia; Arg479 adalah adaptasi virus untuk musang ACE2, sedangkan
Asn479 dan Lys479 juga kompatibel dengan musang ACE2.

Mutasi pada residu RBM 487 memiliki peran penting dalam penularan SARS-CoV
dari manusia ke manusia. Residu 487 adalah treonin pada galur hTor02 tetapi
merupakan serin pada galur lain yang diisolasi dari manusia dan musang. Gugus metil
Thr487 berinteraksi dengan hot spot 353 di ACE2 manusia dengan memberikan
dukungan susun untuk pembentukan jembatan garam antara Lys353 dan
Asp38; akibatnya, strain hTor02 mengenali ACE2 manusia secara efisien dan
ditularkan antar manusia selama epidemi SARS 2002–2003. Sebaliknya, Ser487 tidak
dapat memberikan dukungan ke hot spot 353, dan karenanya strain lain yang diisolasi
dari manusia dan musang mengenali ACE2 manusia secara tidak efisien. Akibatnya,
baik cSz02 maupun hcGd03 tidak ditransmisikan antar manusia. Analisis struktural di
atas didukung oleh data biokimia, fungsional dan
epidemiologi 42, 76 , 78 , 83 , 84 , 85 . Karena perbedaan residu antara ACE2 manusia dan
musang ACE2, Ser487 cocok dengan antarmuka RBD-civet ACE2 meskipun masih
tidak sebaik Thr487 (ref 83 , 85 ); akibatnya, strain sSZ02, hcGd03 dan cHb05 (yang
mengandung Ser487) mengenali musang ACE2 dan menginfeksi sel luwak secara
efisien 79 . Singkatnya, Thr487 adalah adaptasi virus untuk manusia dan musang
ACE2, dan Ser487 jauh lebih kompatibel dengan musang ACE2 dibandingkan dengan
manusia ACE2 (Gbr.  6b ).

Residu RBM 442, 472 dan 480 juga berkontribusi pada pengenalan reseptor dan
kisaran inang SARS-CoV meskipun tidak sebanyak residu 479 dan 487. Analisis
struktural, biokimia, dan fungsional terperinci menunjukkan bahwa Phe442, Phe472
dan Asp480 adalah adaptasi virus terhadap ACE2 manusia, sedangkan Tyr442,
Leu472 atau Pro472, dan Gly480 merupakan adaptasi virus terhadap musang ACE2
(ref 72 , 83). Untuk menguatkan pentingnya residu ini untuk pengikatan SARS-CoV
pada manusia atau musang ACE2, dua protein SARS-CoV S, hOptimize dan
cOptimize, dirancang secara rasional: yang pertama berisi semua residu yang
diadaptasi ACE2 manusia (Phe442, Phe472, Asn479, Asp480 dan Thr487), sedangkan
yang terakhir mengandung residu musang yang diadaptasi ACE2 (Tyr442, Pro472,
Arg479, Gly480 dan Thr487). Kedua protein S ini menunjukkan afinitas yang sangat
tinggi untuk ACE2 manusia dan musang ACE2, yang mengonfirmasi bahwa residu
RBM yang diadaptasi ACE2 dan musang manusia yang diadaptasi ACE2 membantu
menentukan kisaran inang SARS-CoV 72 , 83. Selain pengikatan reseptor, pembelahan
proteolitik S dan potensi mutasi lain yang memengaruhi stabilitas virion dan trimer
mungkin juga penting untuk penularan virus pada inang yang berbeda, dan faktor-
faktor ini perlu dipelajari lebih lanjut.

Mutasi SARSr-CoV yang memengaruhi pengikatan reseptor

Sampai saat ini, banyak strain SARSr-CoV telah diidentifikasi dari
kelelawar 15 , 16 , 18 , 19 , 20 . SARSr-CoV kelelawar ini adalah kemungkinan nenek
moyang SARS-CoV yang menginfeksi manusia dan musang, dan karenanya
memahami interaksi mereka dengan manusia atau musang ACE2 sangat penting untuk
melacak asal-usul SARS-CoV dan untuk mencegah dan mengendalikan wabah SARS-
CoV di masa depan di manusia. Urutan RBD dari kelelawar SARSr-CoV ini terbagi
dalam tiga kelompok besar; galur perwakilan dari masing-masing kelompok adalah
bHKU3 (diisolasi tahun 2005), bWIV1 (diisolasi tahun 2013) dan bRsSHC014
(diisolasi tahun 2013) (Tabel  1). Strain bWIV1 dan bRsSHC014, tetapi bukan strain
bHKU3, menggunakan ACE2 manusia dan luwak sehingga dapat menginfeksi sel
manusia dan musang 16 , 18 , 19 , 20 , 86 , 87 . Strain bHKU3 memiliki RBM terpotong
(Tabel  1 ), yang mendistorsi struktur RBM dan menghilangkan ikatannya dengan
manusia dan musang ACE2. Baik strain bWIV1 maupun strain bRsSHC014 tidak
mengandung pemotongan dalam RBM-nya, dan karenanya, RBM mereka
kemungkinan mempertahankan struktur yang sama dengan RBM SARS-CoV. Di sini,
kami menganalisis interaksi potensial antara kedua galur ini (bWIV1 dan
bRsSHC014) dan ACE2 manusia dengan membangun model struktural homologi dari
RBD mereka yang dikomplekskan dengan ACE2 manusia, dengan fokus pada residu
479 dan 487 (Gbr. 1). 6c, d ). Strain bWIV1 berisi Asn479 dan Asn487 di RBM-
nya. Sedangkan Asn479 adalah adaptasi virus terhadap ACE2 manusia, rantai
samping kutub Asn487 mungkin memiliki interaksi yang tidak menguntungkan
dengan bagian alifatik dari residu Lys353 pada ACE2 manusia, yang merupakan
bagian dari hot spot 353 (Gbr. 6c  ) . Strain bRsSHC014 mengandung Arg479 dan
Ala487 dalam RBM-nya. Sementara Arg479 adalah adaptasi virus terhadap ACE2
manusia, rantai samping kecil Ala487 tidak mendukung struktur hot spot 353
(Gbr.  6d ). Oleh karena itu, meskipun bWIV1 dan bRsSHC014 dapat menginfeksi sel
saluran napas manusia, mereka mengikat ACE2 manusia kurang baik dibandingkan
hTor02 dan menghasilkan gejala yang lebih ringan daripada galur epidemi SARS-
CoV in vivo 88 , 89. Demikian pula, bWIV1 dan bRsSHC014 dapat menginfeksi sel
musang, tetapi mereka mengikat ACE2 musang kurang baik dibandingkan
cSz02. Dengan demikian, diperkirakan bahwa kedua strain akan dilemahkan
dibandingkan dengan virus epidemi SARS manusia fase awal atau fase akhir. Evolusi
kelelawar strain SARSr-CoV bWIV1 dan bRsSHC014 di masa depan dalam residu
RBM yang penting memungkinkan mereka melintasi penghalang spesies antara
kelelawar, musang, dan manusia, yang menimbulkan potensi ancaman kesehatan.

Asal dan evolusi MERS-CoV

Sedangkan munculnya SARS melibatkan musang palem, sebagian besar kasus indeks
MERS awal memiliki kontak dengan unta dromedaris. Memang, strain MERS-CoV
yang diisolasi dari unta hampir identik dengan yang diisolasi dari
manusia 90 , 91 , 92 , 93 , 94 , 95 . Selain itu, antibodi spesifik MERS-CoV sangat lazim pada
unta dari Timur Tengah, Afrika dan Asia 13 , 14 , 96 , 97 , 98 , 99 , 100 , 101 , 102 , 103. Infeksi
MERS-CoV terdeteksi pada sampel serum unta yang dikumpulkan pada tahun 1983
(ref. 100 ), menunjukkan bahwa MERS-CoV ada pada unta setidaknya 30 tahun yang
lalu. Analisis urutan genom menunjukkan bahwa MERS-CoV, Tylonycteris bat
coronavirus HKU4 dan Pipistrellus bat coronavirus HKU5 terkait secara filogenetik
(dilambangkan sebagai betacoronavirus lineage C) 21. Virus dalam garis keturunan ini
memiliki struktur genom yang identik dan sangat terkonservasi dalam poliprotein dan
sebagian besar protein strukturalnya, tetapi protein S dan protein tambahannya sangat
bervariasi. MERSr-CoV ditemukan pada setidaknya 14 spesies kelelawar dari dua
famili kelelawar, Vespertilionidae dan Nycteridae. Namun, tidak satu pun dari
MERSr-CoV ini merupakan nenek moyang langsung dari MERS-CoV, karena protein
S mereka berbeda secara substansial dari MERS-CoV 98 , 104 , 105 , 106 .

Untuk memahami hubungan evolusi antara MERS-CoV dan MERSr-CoVs, kami

membangun pohon filogenetik berdasarkan penyelarasan semua wilayah pengkodean
(Gambar  4b ; Gambar Tambahan. S1b). Pohon filogenetik berisi dua kelompok utama
dan beberapa klad atau galur kecil. Secara keseluruhan, keragaman genetik dalam
garis keturunan virus L1 dan L2 rendah, menunjukkan bahwa manusia dan unta telah
terinfeksi oleh virus dari sumber yang sama dalam waktu singkat. Virus L1 termasuk
MERS-CoV manusia dan unta terutama dari Timur Tengah (Uni Emirat Arab,
Kerajaan Arab Saudi, Oman dan Yordania) dan dua negara Asia (Korea Selatan dan
Thailand) yang telah menyebabkan wabah pada populasi manusia. Perlu dicatat
bahwa kasus yang dilaporkan di Korea Selatan dan Thailand terkait dengan kasus di
Timur Tengah. Virus L2 termasuk MERS-CoV unta dari Afrika (Nigeria, Burkina
Faso dan Ethiopia) dan satu negara Timur Tengah (Maroko); virus ini tidak
menyebabkan infeksi pada manusia. Jelas, kedua garis keturunan virus ini memiliki
nenek moyang yang sama tetapi memiliki potensi yang berbeda untuk menyebabkan
infeksi pada manusia. Strain MERSr-CoV Neoromicia/5038 (GenBank No.
MF593268) yang diisolasi di Afrika Selatan adalah kerabat terdekat dengan MERS-
CoV dalam pohon filogenetik. Secara keseluruhan, semua MERSr-CoV yang diisolasi
dari kelelawar mendukung hipotesis bahwa MERS-CoV berasal dari
kelelawar. Namun, mengingat kesenjangan filogenetik antara MERSr-CoV kelelawar
dan MERS-CoV manusia dan unta, harus ada virus lain yang belum teridentifikasi
yang beredar di alam dan secara langsung berkontribusi pada munculnya MERS-CoV
pada manusia dan unta. Mudah-mudahan virus seperti itu akan ditemukan pada
kelelawar di masa depan. MF593268) yang diisolasi di Afrika Selatan adalah kerabat
terdekat dengan MERS-CoV dalam pohon filogenetik. Secara keseluruhan, semua
MERSr-CoV yang diisolasi dari kelelawar mendukung hipotesis bahwa MERS-CoV
berasal dari kelelawar. Namun, mengingat kesenjangan filogenetik antara MERSr-
CoV kelelawar dan MERS-CoV manusia dan unta, harus ada virus lain yang belum
teridentifikasi yang beredar di alam dan secara langsung berkontribusi pada
munculnya MERS-CoV pada manusia dan unta. Mudah-mudahan virus seperti itu
akan ditemukan pada kelelawar di masa depan. MF593268) yang diisolasi di Afrika
Selatan adalah kerabat terdekat dengan MERS-CoV dalam pohon filogenetik. Secara
keseluruhan, semua MERSr-CoV yang diisolasi dari kelelawar mendukung hipotesis
bahwa MERS-CoV berasal dari kelelawar. Namun, mengingat kesenjangan
filogenetik antara MERSr-CoV kelelawar dan MERS-CoV manusia dan unta, harus
ada virus lain yang belum teridentifikasi yang beredar di alam dan secara langsung
berkontribusi pada munculnya MERS-CoV pada manusia dan unta. Mudah-mudahan
virus seperti itu akan ditemukan pada kelelawar di masa depan. seharusnya ada virus
lain yang belum teridentifikasi yang beredar di alam dan berkontribusi langsung
terhadap munculnya MERS-CoV pada manusia dan unta. Mudah-mudahan virus
seperti itu akan ditemukan pada kelelawar di masa depan. seharusnya ada virus lain
yang belum teridentifikasi yang beredar di alam dan berkontribusi langsung terhadap
munculnya MERS-CoV pada manusia dan unta. Mudah-mudahan virus seperti itu
akan ditemukan pada kelelawar di masa depan.

Tidak mengherankan, peristiwa rekombinasi telah terjadi dalam evolusi dan

munculnya MERS-CoV 94 , 105 , 107 , 108 , 109 . Pohon filogenetik yang dibangun
menggunakan pengkodean gen orf1ab dan S tidak sesuai dengan topologi pohon
genom lengkap, menunjukkan potensi rekombinasi dalam gen ini 108 . Banyak
rekombinasi menyiratkan bahwa MERS-CoV berasal dari pertukaran elemen genetik
antara nenek moyang virus yang berbeda, termasuk yang diisolasi dari unta dan
kelelawar inang alami yang diasumsikan 94 , 105 , 107 , 110 , 111.
Variabilitas MERS-CoV manusia dan unta
Urutan genom lengkap MERS-CoV yang diisolasi dari manusia dan unta hampir
identik (> 99% identitas). Variasi utama terletak pada S, ORF4b dan ORF3, terutama
pada MERS-CoV unta Afrika 94 . Substitusi dari beberapa residu asam amino
ditemukan dalam protein S dari beberapa MERS-CoV unta, tetapi tidak satupun dari
mereka ditemukan di RBD 94 , 112 . Tes netralisasi menunjukkan bahwa sera unta yang
positif untuk MERS-CoV dapat sepenuhnya menetralkan strain MERS-CoV manusia,
menunjukkan bahwa MERS-CoV yang diisolasi dari manusia dan unta secara
antigenik mirip satu sama lain 94. MERS-CoV dari manusia dan unta mengandung
protein variabel ORF3 dan ORF4 dengan panjang yang berbeda karena pemotongan
terminal atau penghapusan internal 94 . ORF4b dikenal sebagai antagonis
interferon 113 , 114 . Isolat MERS-CoV dari unta Afrika Barat dengan gen ORF4b
terpotong mereplikasi kurang efisien dalam kultur sel manusia dan kurang patogen
pada tikus transgenik DPP4 manusia 94 . Anehnya, penghapusan gen orf4 pada EMC
galur MERS-CoV manusia tidak secara substansial mengurangi replikasi virus,
meskipun hal itu memicu respons interferon yang lebih kuat 94 . Studi lain
menunjukkan bahwa penghapusan orf3-orf5virulensi MERS-CoV yang dilemahkan
secara dramatis, terutama melalui peningkatan respons pejamu, termasuk proses
seluler yang terganggu, peningkatan aktivasi jalur interferon, dan peradangan yang
kuat 115 .

Variabilitas MERSr-CoV kelelawar

Sampai saat ini, MERSr-CoV kelelawar dan MERS-CoV manusia dan unta berbagi
struktur genom yang sama tetapi berbeda secara substansial dalam urutan
genomnya 105 , 106 , 110 , 111 , 116 . Identitas urutan genom keseluruhan tertinggi antara
MERSr-CoV kelelawar dan MERS-CoV manusia dan unta adalah ~85%. Berdasarkan
urutan genomnya, beberapa galur MERSr-CoV kelelawar yang ditemukan di Cina,
seperti Ii-MERSr-CoV, Ve-MERSr-CoV, dan Hy-MERSr-CoV, baru saja mencapai
ambang taksonomi untuk dianggap sebagai spesies yang sama. sebagai MERS-
CoV 106 , 110 , 111 .

Dibandingkan dengan MERS-CoV manusia dan unta, MERSr-CoV kelelawar paling

bervariasi dalam gen S dan aksesori. Identitas urutan protein S antara MERSr-CoV
kelelawar dan MERS-CoV manusia dan unta adalah sekitar 45-65%, dengan identitas
urutan yang lebih rendah di wilayah RBD 110 , 111 . Ukuran protein S ini berbeda pada
strain ini, terutama karena penghapusan di wilayah RBD dan/atau batas S1 dan
S2. Penghapusan ini dianggap terkait dengan perbedaan pengikatan reseptor dan entri
sel 111 , 116. Gen aksesori, termasuk yang mengkode ORF3, ORF4a, ORF4b dan ORF5,
juga sangat bervariasi dalam panjang dan urutan antara MERSr-CoV kelelawar dan
MERS-CoV manusia dan unta, menunjukkan evolusi substansial dari gen ini di inang
alaminya 105 , 106 , 110 , 111 , 116 .

Penggunaan reseptor MERS-CoV dan MERSr-CoV

Berbeda dengan SARS-CoV yang menggunakan ACE2 sebagai reseptornya, MERS-
CoV menggunakan DPP4. Mirip dengan SARS-CoV S1-CTD, MERS-CoV S1-CTD
berfungsi sebagai virus RBD 10 , 117 . Seperti SARS-CoV S1-CTD, MERS-CoV S1-
CTD juga berisi dua subdomain, struktur inti dan
RBM 9 , 118 , 119 , 120 (Gbr.  6e). Struktur inti dari dua S1-CTD ini mirip satu sama lain,
dengan keduanya berisi β-sheet lima untai sebagai perancah utama. Namun, RBM
mereka berbeda secara substansial: sedangkan RBM SARS-CoV sebagian besar berisi
loop, RBM MERS-CoV sebagian besar berisi β-sheet empat untai. Perbedaan
struktural antara RBM MERS-CoV dan SARS-CoV menjelaskan spesifisitas reseptor
yang berbeda dari kedua virus 121 .

Seperti interaksi antara SARS-CoV dan ACE2, interaksi antara MERS-CoV dan
DPP4 telah diperiksa secara ekstensif. DPP4 dari manusia, unta, kuda dan kelelawar
dapat berfungsi sebagai reseptor MERS-CoV, sedangkan DPP4 dari tikus, hamster
dan musang tidak bisa 112 , 122 , 123 , 124 , 125 . Perbedaan residu utama antara DPP4
manusia dan DPP4 dari spesies lain memengaruhi kekhususan spesies MERS-
CoV. Misalnya, dua residu (288 dan 330) pada DPP4 tikus dan lima residu (291, 295,
336, 341 dan 346) pada DPP4 hamster sebagian besar bertanggung jawab atas
ketidakcocokan DPP4 tikus dan hamster dengan MERS-CoV 112 , 123. Memutasi residu
ini ke residu yang sesuai pada DPP4 manusia membuat reseptor fungsional DPP4
tikus dan hamster untuk MERS-CoV. Di sisi lain, MERS-CoV dan MERSr-CoV
masing-masing telah diisolasi dari unta dan kelelawar. Strain MERS-CoV yang
diisolasi dari manusia dan unta sangat mirip satu sama lain, dan keduanya
menggunakan DPP4 manusia secara efisien 112 . MERSr-CoV dari kelelawar pada
umumnya hanya berbagi ~60–70% urutan identitas dengan MERS-CoV di RBD, dan
hanya beberapa dari virus kelelawar ini, termasuk HKU4, yang mengenali DPP4
sebagai reseptor 110 , 111 , 126 . Namun, mereka mengikat DPP4 kurang efisien
dibandingkan MERS-CoV. Memutasi tiga residu dalam HKU4 RBD (540, 547 dan
558) secara substansial meningkatkan afinitasnya terhadap DPP4 manusia
(ref. 127). Secara keseluruhan, seperti dalam kasus SARS-CoV, pengenalan reseptor
merupakan penentu penting dari kisaran inang MERS-CoV.

SADS-CoV
Dari 28 Oktober 2016 hingga 2 Mei 2017, sindrom diare akut babi (SADS) diamati di
empat peternakan babi di provinsi Guangdong, dengan kematian hingga 90% untuk
anak babi berusia 5 hari atau lebih muda. Coronavirus kelelawar terkait HKU2 baru,
bernama SADS-CoV, diidentifikasi sebagai agen penyebab 34 , 128 , 129 . Isolat SADS-
CoV dari anak babi dari empat peternakan hampir identik dan 95% identitasnya sama
dengan Rhinolophus bat coronavirus HKU2 (ref. 130 ), menunjukkan asal kelelawar
dari virus babi ini. Segera setelah wabah SADS, SADS-related CoVs (SADSr-CoVs)
dengan 96-98% urutan identitas SADS-CoV terdeteksi pada 9,8% swab dubur yang
dikumpulkan dari Rhinolophus berbeda.spesies di provinsi Guangdong selama 2013–
2016. Meskipun secara genetik sangat mirip, SADSr-CoV kelelawar menunjukkan
keragaman genetik yang tinggi pada gen S , dengan 72–92% nukleotida dan 80–98%
identitas asam amino untuk SADS-CoV. Analisis reseptor menunjukkan bahwa tidak
ada reseptor virus corona yang dikenal, ACE2, DPP4, dan aminopeptidase N, yang
esensial untuk masuknya SADS-CoV 34 . Mekanisme penularan SADS-CoV dari
kelelawar ke babi dan patogenesis SADSr-CoV yang berasal dari kelelawar pada babi
perlu dieksplorasi lebih lanjut. Ini adalah limpahan virus corona kelelawar pertama
yang didokumentasikan yang menyebabkan penyakit parah pada hewan peliharaan,
meskipun data evolusi molekuler menunjukkan bahwa PEDV mungkin berasal dari
kelelawar 37 , 38 .

Kesimpulan dan perspektif masa depan

Data yang dikumpulkan tentang evolusi genetik, pengikatan reseptor, dan patogenesis
menunjukkan bahwa SARS-CoV kemungkinan besar berasal dari kelelawar melalui
rekombinasi berurutan dari SARSr-CoV kelelawar. Rekombinasi kemungkinan terjadi
pada kelelawar sebelum SARS-CoV masuk ke provinsi Guangdong melalui musang
yang terinfeksi atau mamalia lain yang terinfeksi dari Yunnan. SARS-CoV yang
diperkenalkan mengalami mutasi cepat pada S dan orf8 dan berhasil menyebar di
musang pasar. Setelah beberapa limpahan independen ke manusia, beberapa galur
mengalami mutasi lebih lanjut pada Sdan menjadi epidemi selama wabah SARS pada
tahun 2002–2003. Namun, penyelidikan serologi baru-baru ini mengungkapkan
adanya antibodi terhadap nukleokapsid SARSr-CoV pada manusia yang tinggal di
sekitar gua kelelawar tetapi tidak menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit,
menunjukkan bahwa virus dapat menginfeksi manusia melalui kontak yang
sering 131 .

Skenario serupa mungkin terjadi untuk MERS-CoV. Sejak mewabah pada tahun 2012,
MERSr-CoVs dan virus terkait (HKU4 dan HKU5) telah ditemukan pada spesies
kelelawar yang berbeda di lima benua 17 , 21 , 106 , 110 , 111 , 116 , 126 , 127 , 132 . ORF1ab dari
virus ini sangat mirip dengan MERS-CoV ORF1ab, tetapi protein S-nya sangat
beragam. Anehnya, beberapa kelelawar MERSr-CoV dan HKU dapat menggunakan
reseptor yang sama, DPP4, seperti MERS-CoV 110 , 111 , 126 , 127. Mengingat banyaknya
virus korona yang dibawa oleh spesies kelelawar yang berbeda, plastisitas tinggi
dalam penggunaan reseptor dan fitur lain seperti mutasi adaptif dan rekombinasi,
transmisi antarspesies yang sering dari kelelawar ke hewan dan manusia diharapkan.

Saat ini, tidak ada perawatan klinis atau strategi pencegahan yang tersedia untuk virus
corona manusia. Mengingat RBD yang dilestarikan dari SARS-CoV dan SARSr-CoV
kelelawar, beberapa strategi anti-SARS-CoV yang sedang dikembangkan, seperti
antibodi anti-RBD atau vaksin berbasis RBD, harus diuji terhadap SARSr-CoV
kelelawar. Studi terbaru menunjukkan bahwa strategi anti-SARS-CoV hanya bekerja
melawan WIV1 dan bukan SHC014 (referensi 71 , 88 , 89 ). Selain itu, hanya sedikit
informasi yang tersedia tentang strain terkait HKU3 yang memiliki distribusi
geografis yang lebih luas dan pemotongan beruang di RBD mereka. Demikian pula,
antibodi anti-S terhadap MERS-CoV tidak dapat melindungi dari infeksi pseudovirus
yang mengandung kelelawar MERSr-CoV S 111. Selain itu, sedikit yang diketahui
tentang replikasi dan patogenesis virus kelelawar ini. Dengan demikian, pekerjaan di
masa depan harus difokuskan pada sifat biologis dari virus ini menggunakan isolasi
virus, genetika terbalik dan tes infeksi in vitro dan in vivo. Data yang dihasilkan akan
membantu pencegahan dan pengendalian munculnya penyakit mirip SARS atau
MERS di masa depan.

Diterima secara luas bahwa banyak virus telah ada di reservoir alami mereka untuk
waktu yang sangat lama. Tumpahan virus yang terus-menerus dari inang alami ke
manusia dan hewan lain sebagian besar disebabkan oleh aktivitas manusia, termasuk
praktik pertanian modern dan urbanisasi. Oleh karena itu, cara yang paling efektif
untuk mencegah zoonosis virus adalah dengan menjaga pembatas antara reservoir
alami dan masyarakat manusia, dengan mengingat konsep 'one health'.