LAPORAN PRAKTIKUM

BIODIVERSITAS DAN SISTEMATIKA FANEROGAM

SEMESTER 4-118 TA 2022/2023

Judul Praktikum:
Analisis Filogenetik Fungi Biopendar melalui Dendrogram Similaritas Gen
Pengkode Enzim Luciferase (Luz)

Disusun oleh:
Rivaldy Zeidane Kristiando (1308621028)
Biologi A 2021

Dosen Pengampu:
Agung Sedayu, S.Si., M.Sc.

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI JAKARTA
2023
A. SPESIMEN
Pada praktikum ini, saya memilih spesimen berupa jamur yang memiliki
kemampuan biopendar. Jamur yang saya pilih seluruhnya berada pada divisi
Basidiomycota, kelas Agaricomycetes, dan bangsa Agaricales yang terdiri dari 3 suku,
yaitu Physalacriaceae, Mycenaceae, dan Omphalotaceae. DNA barcode yang digunakan
adalah gen luz yang mengkode enzim luciferase.
No. Taksonomi Gambar
1 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Physalacriaceae
Marga: Armillaria
Jenis: Armillaria fuscipes

(Sumber: inaturalist.org)
2 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Mycenaceae
Marga: Panellus
Jenis: Panellus stipticus

(Sumber: inaturalist.org)

3 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Omphalotaceae
Marga: Omphalotus
Jenis: Omphalotus olearius

(Sumber: gbif.org)

4 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Omphalotaceae
Marga: Neonothopanus
Jenis: Neonothopanus nambi

(Sumber: gbif.org)
5 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Omphalotaceae
Marga: Neonothopanus
Jenis: Neonothopanus gardneri

(Sumber: gbif.org)
6 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Mycenaceae
Marga: Mycena
Jenis: Mycena chlorophos

(Sumber: inaturalist.org)
7 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Mycenaceae
Marga: Mycena
Jenis: Mycena citricolor

(Sumber: inaturalist.org)
8 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Physalacriaceae
Marga: Armillaria
Jenis: Armillaria ostoyae

(Sumber: inaturalist.org)
9 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Physalacriaceae
Marga: Armillaria
Jenis: Armillaria mellea

(Sumber: inaturalist.org)
 10 Kerajaan: Fungi
Divisi: Basidiomycota
Kelas: Agaricomycetes
Bangsa: Agaricales
Suku: Physalacriaceae
Marga: Armillaria
Jenis: Armillaria gallica

(Sumber: inaturalist.org)

B. LANGKAH KERJA
1. Menelusuri situs National Center for Biotechnology Information (nih.gov), kemudian
mengubah parameter pencarian dari “All Databases” menjadi “Nucleotide”.
2. Mencari 11 jenis organisme beserta DNA barcode yang serupa pada kolom pencarian.
3. Memilih format FASTA pada coding region yang dipilih.
4. Menyalin seluruh data nukleotida pada coding region tersebut, kemudian ditempelkan
pada notepad.
5. File disimpan dengan nama jenis organismenya dan mengganti formatnya dari “.txt”
menjadi “All files”, kemudian diubah menjadi “.fas”.
6. Menginstal aplikasi MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) dengan versi
terbaru dari situs https://www.megasoftware.net/.
7. Membuka aplikasi MEGA, kemudian memasukkan seluruh file coding region dari 11
jenis organisme yang sudah dibuat sebelumnya.
8. File hasil alignment tersebut disimpan dalam format “.meg”.
9. Membuat pohon fenetik dengan analisis UPGMA.
10. Membuat pohon fenetik dengan analisis maximum parsimony metode bootstrap.

C. HASIL
1. Hasil Analisis UPGMA
 Pohon fenetik yang dihasilkan dari analisis UPGMA dapat dilihat bahwa suku
Physalacriaceae (marga: Armillaria) dan suku Omphalotaceae (marga:
Neonothopanus) dihubungkan, di mana dari hubungan kedua suku tersebut
menandakan bahwa kedua suku tersebut memiliki kekerabatan. Armillaria ostoyae dan
Armillaria gallica memiliki kekerabatan yang dekat dengan jamur suku
Omphalotaceae, yaitu Neonothopanus nambi dan Neonothopanus gardneri. Sedangkan
jamur suku Omphalotaceae lainnya (Omphalotus olearius) memiliki kekerabatan
dengan jamur suku Mycenaceae (marga: Mycena dan Panellus). Omphalotus olearius
dan Mycena chlorophos memiliki similaritas dengan Panellus stipticus.

2. Hasil Analisis Maximum Parsimony

Pohon fenetik yang dihasilkan dari analisis maximum parsimony juga dapat
dilihat bahwa suku Physalacriaceae (marga: Armillaria) dan suku Omphalotaceae
(marga: Neonothopanus dan Omphalotus) dihubungkan, di mana dari hubungan kedua
suku tersebut menandakan bahwa kedua suku tersebut memiliki kekerabatan.
Armillaria ostoyae dan Armillaria gallica memiliki kekerabatan yang dekat dengan
jamur suku Omphalotaceae, yaitu Neonothopanus nambi dan Neonothopanus gardneri.
Tetapi jamur suku Omphalotaceae lainnya (Omphalotus olearius) menjadi basal dari
kedua jenis di atasnya. Jamur suku Mycenaceae, marga Panellus memiliki kekerabatan
dengan jamur jenis Mycena citricolor, tidak dengan Mycena chlorophos yang tidak
dihubungkan dengan ketiga jenis jamur tersebut.
D. EVALUASI
Analisis UPGMA Analisis Maximum Parsimony

Dari kedua pohon fenetik di atas dapat dilihat bahwa terdapat beberapa kesamaan,
yaitu suku Physalacriaceae (marga: Armillaria) dan suku Omphalotaceae (marga:
Neonothopanus dan Omphalotus) dihubungkan, tetapi pada pohon fenetik dengan analisis
UPGMA jamur jenis Omphalotus olearius tidak berada pada cabang yang sama dengan
sesama sukunya (suku: Omphalotaceae), justru satu cabang dengan jamur suku
Mycenaceae. Pada analisis maximum parsimony jamur jenis Mycena chlorophos tidak
berada pada cabang yang sama dengan sesama marganya, yaitu Mycena citricolor,
melainkan menjadi basal dari jenis-jenis di atasnya.