TUGAS BIOLOGI MOLEKULER

RESUME JURNAL
DIAGNOSIS MOLEKULER DI HEMATOLOGI

Oleh Kelompok 6 :
 Amalia Puspasari (P27834119061)
 Pitra Nurdinta (P27834119108)
 Lailatun Nuriyah (P27834119090)
 Febrianti Ischorina (P27834119075)
 Siti Rofiqoh Quraisy (P27834119115)
 Ade Satya Nugraha (P27834119057)
 Nevi Sekar Pratiwi (P27834119101)

PROGAM STUDI D4 ALIH JENJANG ANALIS KESEHATAN

POLTEKKES KEMENKES SURABAYA
2019
 DIAGNOSIS MOLEKULER DI HEMATOLOGI

I. Pendahuluan

Diagnostik molekuler, termasuk pengujian dan genomik berbasis DNA dan

RNA, memainkan peran yang semakin penting dalam diagnosis dan pemantauan pasien.
Dalam bab ini, kami meninjau dasar teknik molekuler dan mendiskusikan
penggunaannya dalam hematologi saat ini dan di masa depan.

II. Gambaran Biologi Molekuler

DNA, bahan kromosom dalam inti sel, ditranskripsi oleh polimerase untuk
membentuk spesies RNA dengan fungsi berbeda. mRNA diterjemahkan menjadi protein
oleh ribosom dan kemudian biasanya terdegradasi dengan cepat karena aksi mIR dan
nuklease seluler. Sel gen mRNA dan mIR yang dapat ditranskripsikan dalam sel tertentu
diatur oleh factor responsif yaitu faktor pertumbuhan transkripsi tipe spesifik, sel
kompleks penambah, dan keadaan epigenetik dari gen yang mengelilingi DNA.

III. Ekstraksi Asam Nukleat: Titik Awal Untuk Pengujian Molekuler

Mutasi dan perubahan dalam DNA gen penyebab penyakit biasanya

menyebabkan penyimpangan yang dapat dideteksi pada tingkat RNA dan protein. DNA
adalah analit paling stabil dan dapat dengan mudah diekstraksi dari sel segar, sel beku ,
dan jaringan parafin-embed-deded formalin. Oleh karena itu, DNA adalah bahan awal
yang disukai untuk sebagian besar tes PCR dan digunakan untuk sekuensing DNA,
untuk deteksi mutasi oleh PCR, dan untuk microarray genomic.
DNA dapat diekstraksi dari sel dengan berbagai metode, dengan langkah
pertama biasanya menggunakan protease yang kuat, seperti proteinase K, bersama
dengan deterjen untuk membantu melarutkan membran sel. DNA kemudian dapat secara
selektif diisolasi dari campuran ini menggunakan kromatografi kolom, ekstraksi protein
organik diikuti oleh pengendapan alkohol, atau dengan pengikatan DNA ke substrat
padat. RNA jauh lebih labil daripada DNA dan dapat dengan cepat terdegradasi dalam
sampel darah dan sumsum tulang yang belum diolah dan dalam jaringan FFPE.
Kebanyakan RNA mulai menurun dalam waktu dua sampai tiga hari di dalam darah atau
sumsum tulang. RNA dapat diisolasi dari sel menggunakan metode yang mirip dengan

ekstraksi DNA. RNA selanjutnya dikonversi menjadi DNA komplementer (cDNA)

menggunakan reverse transcriptase sebagai langkah pertama dalam protokol.

IV. Reaksi Rantai Polimerase: Teknik Molekuler Yang Sangat Diperlukan

PCR telah menjadi teknik sentral untuk memperkuat gen sehingga mereka dapat
diukur untuk mencari insersi patogenik. atau penghapusan; diurutkan untuk mencari
mutasi pasangan basa; dan dilabeli dengan aktivitas radio, fluorochromes, atau gugus
kromogenik untuk digunakan sebagai probe dalam blots dan membalikkan microarray.
Dalam siklus awal PCR, target diperkuat secara eksponensial, Selanjutnya untuk
mendeteksi produk yang telah diperkuat dengan PCR, reaksi biasanya habis pada padat
agarosa atau poliakrilamid substrat atau gel.

V. Sekuensing DNA: Teknik Mengemudi Revolusi Genomic

Setelah langkah PCR awal untuk memperkuat gen yang diinginkan, metode ini
bergantung pada langkah PCR asimetris kedua di mana pemberhentian dalam ekstensi
PCR secara acak diperkenalkan pada setiap posisi dalam produk dengan menambahkan
varian terminasi rantai berlabel fluoresensi. , C, G, dan T nukleotida. Masing-masing
nukleotida terminasi diberi label dengan warna berbeda (hijau, biru, hitam, dan merah).
Rentang molekul DNA ini masing-masing diakhiri pada posisi yang berbeda kemudian
dipisahkan oleh ukuran menggunakan elektroforesis dan urutan dibaca oleh deteksi laser
dari nukleotida yang diberi label akhir.
VI. Metode Blotting
Metode yang digunakan untuk menyelidiki urutan DNA adalah hibridisasi fase
padat dimana enzimatis dicerna DNA total genom atau RNA dari sel yang dipisahkan
oleh elektrofotresis slab gel yang kemudian ditransfer dari gel ke membran nilon.
Southern blot adalah teknik padat karya yang biasanya membutuhkan waktu
beberapa hari. Saat ini penggunaan southern blot di hematologi untuk mendeteksi
penghapusan atau amplifikasi gen besar dan daerah kontrol seperti gen globin di
thalasemia. Dalam aplikasi ini ukuran kromosom diselidiki sehingga jumlah nukleotida
DNA yang dianalisa biasanya terlalu besar. Sebuah aplikasi blotting terkait adalah
hibridisasi terbalik dimana urutan DNA dari tumor atau DNA pasien normal yang PCR
amplified kemudian diberi label dan hibridisasi dari berbagai probe yang terlihat pada
membran atau matriks lainnya.
VII. Diagnostik Molekul Myeloid Neoplasma

Keganasan dapat dibagi menjadi : Neoplasma Myelproliferative (MPNs), Leukemia

akut myeloid (AML), Sindrom myelodysplastic (MDS) dimana pematangan terganggu.
Memantau terapi CML dengan imatinib dan obat lain dan dapat memacu
perubahan dalam pengobatan dalam kasus yang resistan tehadap obat .tes ini penting
untuk menejemen klinis dapat disignifikan standarisasi kedua PCR dapat digunakan
sebagai bahan acuan untuk mengkalibrasi BCR-ABL 1PCR. Dalam AML dan MDS
merupakan temuan dari kariotipe dengan parameter hematologi yang dapat menetukan
prinsip klasifikasi WHO dan prognosis Scoring System International (IPSS) untuk
MDS.

VIII. Diagnostik Molekuler dalam Limfoma dan Ekspansi Limfoid Jinak

Neoplasma limfoid adalah tipe tumor pertama yang juga semakin bergantung
pada pengujian molekuler dan sitogenetik untuk skema diagnostik standar berdasarkan
diagnosis definitif pematangan limfosit. Di hematopathologi, Klasifikasi WHO
Hematologi dan limfoid Neoplasma, merupakan evolusi dan integrasi dari upaya
sebelumnya dalam morfologi dan genetika molekuler. Prinsip umum klasifikasi dalam
skema WHO dan pendahulunya adalah untuk memetakan neoplasma ke tahap
pematangan mitra yang normal yang paling menyerupai. Walaupun model sederhana ini
tidak memperhitungkan semua heterogenitas yang diamati pada limfoma, telah sukses
dalam menempatkan entitas tumor dan mudah diingat kerangka kerja untuk diagnosis.

IX. Mendefinisikan Peristiwa Molekuler di Limfoid Neoplasma

Dalam limfoid leukemia / limfoid lymphoblast garis keturunan sel B (ALL /

LBL), perubahan diagnostik termasuk fusi kromosom dapat dideteksi oleh RT-PCR,
FISH, atau dengan ekspresi microarray. Dalam garis keturunan T-sel ALL / LBL,
peristiwa molekuler diagnostik termasuk mutasi pada NOTCH1 gen dan aktivasi gen
dari gen pengatur Hox melalui penyusunan ulang kromosom yang mendekatkan target
onkogen sebelah reseptor sel T (TCR) penambah, yang secara selektif mendorong
ekspresi menyimpang di clone T-sel. Perubahan ekspresi gen yang disebabkan oleh
aktivasi onkogen juga dapat dideteksi dengan microarray ekspresi RNA. Dalam
limfoma T-sel yang matang, kromosom timbal balik translokasi jauh kurang, terjadi
umumnya hanya pada limfoma sel klasik anaplastik besar dan T-sel prolymphocytic
leukemia. Dalam dua neoplasma ini, PCR, FISH, atau imunohistokimia mendeteksi
protein abnormal untuk menyatakan ( ALK dan TCL1) masing-msing adalah modalitas
diagnostik. Baru-baru ini, translokasi lain yang mempengaruhi jalur sinyal telah
diidentifikasi. Namun, dalam neoplasma T-sel lainnya, ketidak stabilan gen
mengakibatkan beberapa kromosom perubahan dan gen mutasi, mirip dengan yang
terlihat di AML-risiko umumnya terlihat. Temuan ini menunjukkan bahwa genomic
arrays mungkin digunakan untuk tes diagnostik tumor.

X. Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) Untuk Mendeteksi

Klonalitas Sel B dan Sel T

Salah satu isu diagnostik kunci lainnya di hematologi adalah membedakan

ekspansi limfoid jinak, seperti yang terlihat pada penyakit autoimun dan infeksi, dari
proliferasi klonal yang berhubungan dengan leukemia limfoid dan limfoma.
Dasar sel B dan sel T klonalitas oleh PCR adalah karena ekspansi limfoid klonal
muncul dari sel pendiri tunggal, semua sel dalam ekspansi itu akan memiliki BCR atau
TCR yang sama, yang memiliki ukuran tertentu setelah PCR. Struktur TCR atau BCR
dalam limfosit prekursor ditentukan oleh proses rekombinasi VDJ yang terjadi pada
DNA selama pematangan limfosit. Karena variasi dalam ukuran keragaman (D) wilayag
antar variabel (V) dan bergabung (J) segmen, semua sel dalam proliferasi sel B klonal
akan memiliki penataan ulang IGH@ gen berukuran identik yang dapat dideteksi
dengan PCR. Sebaliknya, ekspansi sel B non-neoplastik campuran/ poliklonal akan
memiliki IGH@ PCR dengan berbagai ukuran yang memberikan distribusi normal dari
produk PCR. Proses serupa terjadi pada sel T, dengan PCR untuk baik TCR-gamma
atau gen TCR-beta yang digunakan untuk menentukan keberadaan ekspansi sel T
klonal, oligoklonal, atau poliklonal.

XI. Minimal Pengujian Penyakit Sisa untuk Leukemia dan Limfoma

Salah satu manfaat utama dari real-time PCR adalah bahwa hal itu merupakan
sebuah teknik yang sangat sensitif dan kuantitatif untuk melacak sisa penyakit. Jika alat
tes PCR dapat dirancang untuk selektif memperkuat penyimpangan molekular awal
dalam leukemia atau limfoma, maka alat tes PCR sangat sensitif dan spesifik dapat
dirancang untuk melacak tingkat penyakit selama perjalanan pengobatan dan untuk
memantau kambuh.
Akhirnya, sangat kompleks, tes leukemia spesifik MRD qPCR dapat dirancang
untuk sel B dan sel T neoplasma yang mengandalkan desain primer berdasarkan TCR
spesifik atau BCR yang diekspresikan oleh tumor pasien. Jenis tes ini jika dirancang
dengan baik akan memberikan metode paling sensitif yang tersedia untuk melacak
tingkat rendah pada residu AAL/ LBL, tetapi mengingat biaya mereka belum
diimplementasikan secara luas.