Machine Translated by Google

Mekanisme Pertukaran Genetik pada Bakteri 173

Tekanan
TRANSFORMASI Sumbat kapas Dan
pengisapan
Frederick Griffith menemukan transformasi pada Streptococcus pneumoniae (pneu mococcus) pada
tahun 1928. Pneumococci, seperti semua organisme hidup lainnya, menunjukkan variabilitas genetik
yang dapat dikenali dari adanya fenotipe yang berbeda (Tabel 8.2). Dua karakteristik fenotipik yang
penting dalam demonstrasi transformasi Griffith adalah (1) ada atau tidaknya kapsul polisakarida
(polimer gula kompleks) yang mengelilingi sel bakteri, dan (2) jenis kapsul—yaitu, komposisi molekul tabung-U

spesifik. polisakarida yang terdapat dalam kapsul. Ketika ditumbuhkan pada media agar darah dalam
cawan petri, pneumokokus dengan kapsul membentuk koloni yang besar dan halus ( Gambar 8.10)
sehingga disebut Tipe S. Pneumokokus yang berkapsul bersifat virulen (patogen), menyebabkan
pneumonia pada mamalia seperti tikus dan manusia. Pneumokokus Tipe S yang virulen bermutasi a+b– bakteri
bakteri a-b+
menjadi bentuk avirulen (nonpatogenik) yang tidak memiliki kapsul polisakarida dengan frekuensi
sekitar satu per 107 sel. Ketika ditumbuhkan pada media agar darah, pneumokokus avirulen yang
tidak berkapsul tersebut menghasilkan koloni kecil dengan permukaan kasar (Gambar 8.10) dan
karenanya disebut Tipe R. Kapsul polisakarida diperlukan untuk virulensi karena melindungi sel bakteri
Media cair
dari kerusakan oleh sel darah putih. Jika terdapat kapsul, kapsul tersebut dapat terdiri dari beberapa
dengan DNase
tipe antigenik yang berbeda (Tipe I, II, III, dan seterusnya), bergantung pada komposisi molekul
spesifik polisakarida dan, tentu saja, pada akhirnya bergantung pada genotipe sel. Filter kaca sinter—bakteri
tidak dapat melewati filter,
tapi virus dan DNA bisa.

GAMBAR 8.9 Percobaan tabung-U dengan bakteri.

Jenis kapsul yang berbeda dapat diidentifikasi secara imunologis. Jika sel Tipe II disuntikkan ke Tabung U digunakan untuk menentukan
dalam aliran darah kelinci, maka sistem imun kelinci akan menghasilkan antibodi yang bereaksi spesifik apakah kontak sel diperlukan agar rekombinasi
dengan sel Tipe II. Antibodi Tipe II tersebut akan mengaglutinasi pneumokokus Tipe II tetapi tidak pada dapat terjadi atau tidak. Bakteri berbeda
pneumokokus Tipe I atau Tipe III. genotipe ditempatkan di lengan tabung yang terpisah,
Penemuan tak terduga Griffith adalah jika dia menyuntikkan pneu mococci Tipe IIIS yang dimatikan dipisahkan oleh filter kaca yang mencegah kontak di
dengan panas (mematikan saat hidup) ditambah pneumokokus Tipe IIR hidup (avirulen) ke tikus, banyak antara genotipe tersebut. Jika terjadi rekombinasi, hal itu
tikus yang mati karena pneumonia, dan sel Tipe IIIS yang hidup diperoleh dari bangkai ( Gambar 8.11). tidak mungkin disebabkan oleh konjugasi.
Ketika tikus disuntik dengan pneumokokus Tipe IIIS yang dibunuh dengan panas saja, tidak ada satupun
tikus yang mati. Oleh karena itu, virulensi yang diamati bukan disebabkan oleh beberapa sel Tipe IIIS
yang bertahan dari perlakuan panas. Pneumokokus patogen hidup yang ditemukan dari bangkai memiliki
kapsul polisakarida Tipe III.
Hasil ini penting karena sel Tipe R yang tidak terenkapsulasi dapat bermutasi kembali menjadi sel Tipe S
yang terenkapsulasi. Namun, bila mutasi tersebut terjadi pada sel Tipe IIR, sel yang dihasilkan akan
menjadi Tipe IIS, bukan Tipe IIIS. Dengan demikian, transformasi sel Tipe IIR yang avirulen menjadi sel
Tipe IIIS yang virulen tidak dapat dijelaskan dengan mutasi.
Sebaliknya, beberapa komponen sel Tipe IIIS yang mati (“prinsip transformasi”) pasti telah mengubah
sel Tipe IIR yang hidup menjadi Tipe IIIS.
Eksperimen selanjutnya yang dilakukan oleh Richard Sia dan Martin Dawson pada tahun 1931
menunjukkan bahwa fenomena yang dijelaskan oleh Griffith, yang sekarang disebut transformasi, tidak
dimediasi oleh inang yang hidup dengan cara apa pun. Fenomena yang sama terjadi pada tabung reaksi ketika

TABEL 8.2
Karakteristik Strain Streptococcus pneumoniae Bila Ditumbuhkan pada Media Agar Darah

Reaksi dengan Antiserum

Morfologi Koloni Bersiap Melawan
Jenis Penampilan Ukuran Kapsul Keracunan Ketik IIS Tipe IIIS

IIRa Kasar Kecil Absen Avirulen Tidak ada Tidak ada

IIS Mulus Besar Hadiah Jahat Aglutinasi Tidak ada

IIIRa Kasar Kecil Absen Avirulen Tidak ada Tidak ada

IIIS Mulus Besar Hadiah Jahat Tidak ada Aglutinasi

a Meskipun sel Tipe R tidak berkapsul, mereka membawa gen yang akan mengarahkan sintesis jenis kapsul tertentu (antigenik Tipe II atau III) jika tidak ada hambatan dalam pembentukan kapsul.
Ketika sel Tipe R bermutasi kembali menjadi sel Tipe S yang terenkapsulasi, Tipe kapsul (II atau III) ditentukan oleh gen-gen ini. Dengan demikian, sel R yang berasal dari sel Tipe IIS disebut Tipe
IIR. Ketika sel Tipe IIR ini bermutasi kembali menjadi sel Tipe S yang terenkapsulasi, kapsulnya adalah Tipe II.
Machine Translated by Google

174 Bab 8 Genetika Bakteri dan Virusnya

sel Tipe IIR hidup ditumbuhkan dengan adanya sel Tipe IIIS yang dimatikan dengan
panas. Karena percobaan Griffith menunjukkan bahwa fenotipe Tipe IIIS dari sel yang
ditransformasi diteruskan ke sel keturunan—yaitu, disebabkan oleh perubahan warisan
permanen pada genotipe sel—
demonstrasi transformasi mengatur panggung untuk menentukan dasar kimiawi
AKU AKU AKU S

hereditas pada pneumokokus. Memang benar, bukti pertama bahwa informasi genetik
disimpan dalam DNA, bukan protein, adalah demonstrasi pada tahun 1944 oleh Oswald
Avery, Colin MacLeod, dan Maclyn McCarty bahwa DNA bertanggung jawab atas
II R
transformasi pada pneumokokus. Karena peranannya yang sangat penting dalam
pembentukan DNA sebagai materi genetik, kita akan membahas demonstrasi ini di Bab
9.
Mekanisme transformasi telah dipelajari secara rinci pada S. pneumoniae,
Bacillus subtilis, Haemophilus influenzae, dan Neisseria gonorrhoeae. Proses dasarnya
GAMBAR 8.10 Fenotipe koloni kedua strain serupa pada keempat spesies; Namun, variasi mekanisme terjadi pada setiap spesies.
Streptococcus pneumoniae dipelajari oleh Griffith pada tahun 1928. S. pneu moniae dan B. subtilis akan mengambil DNA dari sumber mana pun,
sedangkan H. influenzae dan N. gonorrhoeae hanya akan mengambil DNA mereka sendiri atau DNA
dari spesies yang berkerabat dekat.
H. influenzae dan N. gonorrhoeae hanya akan mengambil DNA yang mengandung rangkaian pasangan
nukleotida pendek khusus (11 pasangan basa pada Haemophilus; 10 pada Neisseria) yang terdapat
pada sekitar 600 salinan dalam genomnya masing-masing.
Bahkan pada spesies bakteri yang mempunyai kemampuan mengambil DNA dari lingkungannya,
tidak semua sel mampu melakukannya. Memang benar, hanya sel yang mengekspresikan gen yang
mengkode protein yang diperlukan untuk proses tersebut yang mampu mengambil DNA. Bakteri ini
dikatakan kompeten, dan protein yang memediasi proses transformasi disebut protein kompetensi
(Com). Bakteri mengembangkan kompetensi pada fase akhir siklus pertumbuhannya—ketika kepadatan
sel tinggi namun sebelum pembelahan sel berhenti. Proses dimana sel menjadi
Tipe Hidup IIIS kompeten paling baik dipahami pada B. subtilis, dimana peptida kecil yang disebut
bakteri pulih feromon kompetensi disekresikan oleh sel dan terakumulasi pada kepadatan sel yang
Tipe Hidup IIIS tinggi. Feromon konsentrasi tinggi menginduksi ekspresi gen yang mengkode protein
Tikus hidup yang diperlukan untuk transformasi

terjadi.

Mari kita fokus pada mekanisme transformasi pada B. subtilis

Kapsul
Tikus mati
( Gambar 8.12). Gen kompetensi terletak dalam kelompok, dan setiap kelompok
ditandai dengan huruf—misalnya, A, B, C. Gen pertama dalam setiap kelompok diberi
Tipe IIIS yang dimatikan karena panas
nama A, gen kedua diberi nama B, dan seterusnya. Dengan demikian, protein yang
Tikus hidup dikodekan oleh gen pertama pada cluster kelima disebut ComEA. Protein ComEA dan
ComG mengikat DNA beruntai ganda ke permukaan sel yang kompeten. Saat DNA
yang terikat ditarik ke dalam sel oleh translocase DNA ComFA (enzim yang
menggerakkan atau “trans menempatkan” DNA), satu untai DNA didegradasi oleh
Tikus hidup deoksiribonuklease (enzim yang mendegradasi DNA), dan untai lainnya dilindungi. dari
Tipe Hidup IIR degradasi oleh lapisan protein pengikat DNA untai tunggal dan protein RecA (protein
Tikus hidup yang diperlukan untuk rekombinasi). Dengan bantuan RecA dan protein lain yang
memediasi rekombinasi, untai tunggal DNA yang bertransformasi menyerang kromosom
sel penerima, berpasangan dengan untai DNA komplementer dan menggantikan untai
setara. Untai penerima yang digantikan kemudian terdegradasi. Jika sel donor dan
Tidak ada kapsul
Tikus hidup penerima membawa alel gen yang berbeda, heliks ganda rekombinan yang dihasilkan
akan memiliki satu alel pada satu untai dan alel lainnya pada untai kedua. Heliks ganda
Tipe Hidup IIIS DNA jenis ini disebut heteroduplex
Tipe IIIS yang dimatikan karena panas
bakteri pulih

+ Tipe Hidup IIR

Tikus hidup
(heliks ganda “heterozigot”); itu akan terpisah menjadi dua homodupleks ketika
direplikasi.
Molekul DNA yang diambil oleh sel kompeten selama transformasi biasanya
hanya 0,2 hingga 0,5 persen dari keseluruhan kromosom.
Tikus mati
Oleh karena itu, kecuali dua gen cukup berdekatan, mereka tidak akan pernah berada
GAMBAR 8.11 Penemuan transformasi Griffith pada pada molekul DNA yang sama yang sedang bertransformasi. Transformasi ganda
Streptococcus pneumoniae. untuk dua gen (katakanlah, a ke a dan b ke b, menggunakan donor ab dan an
Machine Translated by Google

Mekanisme Pertukaran Genetik pada Bakteri 175

Bakteri yang kompeten

sebuah+

ST E
P
A- 1 Bakteri yang kompeten dapat mengikat
DNA eksogen dan mengangkutnya
DNA dari ke dalam sel.
sel donor
Penerima
Reseptor DNA dan
kromosom
kompleks translokasi
Deoksiribonuklease
Nukleotida

ST E
P
ComG
2 ComFA Untai tunggal
DNA eksogen terikat pada kompleks reseptor oleh protein protein Protein pengikat DNA
kompetensi ComEA dan ComG. Saat DNA ditarik melalui
saluran yang terdiri dari protein ComEC di membran oleh
DNA
translokase DNA ComFA, satu untai DNA didegradasi oleh
deoksiribonuklease. Untai DNA yang masih hidup Ayo ComEC (saluran) RecA
distabilkan oleh protein pengikat DNA untai tunggal dan protein
protein RecA. Ekstraseluler Intraseluler

Dinding sel Membran sitoplasma

Penerima yang diganti Protein tambahan itu

untai akan terdegradasi memediasi rekombinasi

ST E
P
A- sebuah+

3 Untai tunggal DNA donor

A-
diintegrasikan ke dalam kromosom
sel penerima yang menghasilkan DNA
heteroduplex dengan alel yang berbeda
Heterodupleks dalam dua helai.

Bakteri yang berubah

GAMBAR 8.12 Mekanisme transformasi pada Bacillus subtilis. Bakteri yang kompeten mengandung
kompleks reseptor/translokasi DNA yang dapat mengikat DNA eksogen dan mengangkutnya ke dalam sel, di mana
ia dapat bergabung kembali dengan DNA kromosom sel penerima. ComEA, EC, FA, dan G adalah protein kompetensi;
mereka disintesis hanya dalam sel yang kompeten. Lihat teks untuk detail tambahan.

penerima ab ) akan memerlukan dua peristiwa transformasi independen (pengambilan dan

integrasi satu molekul DNA yang membawa a dan molekul lain yang membawa b). Peluang
terjadinya dua kejadian yang saling independen akan sama dengan hasil kali peluang masing-
masing kejadian yang terjadi sendiri-sendiri. Sebaliknya, jika dua gen bertaut erat, gen-gen
tersebut dapat dibawa pada satu molekul DNA yang sedang bertransformasi, dan forman
trans ganda dapat terbentuk pada frekuensi tinggi. Frekuensi kotransformasi dua penanda
genetik dapat digunakan untuk memperkirakan seberapa jauh jarak keduanya pada kromosom
inang.

F pilus
KONJUGASI
Transformasi tidak terjadi pada E. coli—spesies bakteri yang paling banyak Hfr H
dipelajari—dalam kondisi alami. Jadi, kita dapat menanyakan apakah ada
transfer gen antar sel E. coli . Jawaban atas pertanyaan ini adalah “ya.” Konjugasi
Pada tahun 1946, Joshua Lederberg dan Edward Tatum menemukan saluran
bahwa sel E. coli mentransfer gen melalui konjugasi. Penemuan penting
mereka dibahas lebih lanjut dalam A Milestone in Genetics: Conjugation -
in Escherichia coli di situs Student Companion. Konjugasi telah terbukti F
menjadi metode pemetaan genetik yang penting pada spesies bakteri di
mana ia berada, dan merupakan alat yang sangat berharga dalam penelitian genetik.
Selama konjugasi, DNA ditransfer dari sel donor ke sel penerima 1 mikron

melalui saluran konjugasi antar sel khusus, yang terbentuk di antara

keduanya ( Gambar 8.13). Perhatikan bahwa sel donor dan penerima
berada dalam kontak langsung selama konjugasi; pemisahan yang diamati
pada Gambar 8.13 adalah hasil gaya regangan selama persiapan
mikroskop.
GAMBAR 8.13 Konjugasi pada E. coli. Grafik mikro elektron
awal oleh Thomas F. Anderson menunjukkan konjugasi antara
sel Hfr H dan sel F. Sel donor dan penerima sebenarnya berada
dalam posisi yang berdekatan selama konjugasi. Saluran konjugasi
yang ditunjukkan di sini telah diregangkan selama persiapan mikroskop.
Machine Translated by Google
Bukti Bahwa Informasi Genetik Tersimpan dalam DNA 193

Fungsi Materi Genetik

Pada tahun 1865, Mendel menunjukkan bahwa Materi genetik harus bereplikasi, mengontrol pertumbuhan
“Merkmalen” (sekarang disebut “gen”) menularkan
informasi genetik, dan pada paruh pertama abad ke-20,
dan perkembangan organisme, serta memungkinkan organisme
pola penularannya dipelajari secara ekstensif. Meskipun beradaptasi terhadap perubahan lingkungan.
studi genetika klasik ini memberikan sedikit wawasan
tentang sifat molekuler gen, studi tersebut menunjukkan bahwa materi genetik harus
menjalankan tiga fungsi penting:

1. Fungsi genotipe, replikasi. Materi genetik harus menyimpan informasi genetik dan
secara akurat meneruskan informasi tersebut dari orang tua ke keturunannya, dari
generasi ke generasi.
2. Fungsi fenotipik, ekspresi gen. Materi genetik harus mengontrol perkembangan fenotip
suatu organisme. Artinya, materi genetik harus menentukan pertumbuhan organisme
dari zigot bersel tunggal hingga menjadi dewasa.
3. Fungsi evolusi, mutasi. Materi genetik harus mengalami perubahan untuk menghasilkan
variasi yang memungkinkan organisme beradaptasi terhadap modifikasi lingkungan
sehingga dapat terjadi evolusi.

Studi genetika awal lainnya menetapkan korelasi yang tepat antara pola transmisi gen dan
perilaku kromosom selama reproduksi seksual, memberikan bukti kuat bahwa gen biasanya
terletak pada kromosom. Oleh karena itu, upaya lebih lanjut untuk menemukan dasar
kimiawi hereditas difokuskan pada molekul yang ada dalam kromosom.

Kromosom terdiri dari dua jenis molekul organik besar (makromole cules) yang disebut
protein dan asam nukleat. Asam nukleat terdiri dari dua jenis: asam deoksiribonukleat
(DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Selama tahun 1940-an dan awal 1950-an, hasil
eksperimen yang elegan dengan jelas membuktikan bahwa informasi genetik disimpan
dalam asam nukleat, bukan dalam protein. Pada sebagian besar organisme, informasi
genetik dikodekan dalam struktur DNA. Namun, pada banyak virus kecil, informasi genetiknya dikodekan
dalam RNA.

Materi genetik harus menjalankan tiga fungsi penting: fungsi genotipe— INTI
replikasi, fungsi fenotipik—ekspresi gen, dan fungsi evolusi—mutasi.

Bukti Bahwa Informasi Genetik Tersimpan dalam DNA

Beberapa bukti tidak langsung menunjukkan bahwa DNA Pada sebagian besar organisme, informasi genetik dikodekan
menyimpan informasi genetik organisme hidup.
Misalnya, sebagian besar DNA sel terletak di kromosom,
dalam DNA. Pada beberapa virus, RNA adalah materi genetiknya.
sedangkan RNA dan protein juga banyak terdapat di
sitoplasma. Selain itu, terdapat korelasi yang tepat antara jumlah DNA per sel dan jumlah
set kromosom per sel. Kebanyakan sel somatik organisme diploid mengandung dua kali
jumlah DNA dibandingkan sel germinal haploid (gam etes) dari spesies yang sama.
Komposisi molekul DNA adalah sama (dengan pengecualian yang jarang terjadi) di semua
sel suatu organisme, sedangkan komposisi RNA dan protein sangat bervariasi dari satu
jenis sel ke jenis sel lainnya. DNA lebih stabil dibandingkan RNA atau protein. Karena materi
genetik harus menyimpan dan meneruskan informasi dari orang tua ke keturunannya, kita
mungkin berharap materi genetik tersebut stabil, seperti DNA. Walaupun korelasi-korelasi
ini secara kuat menyatakan bahwa DNA adalah materi genetik, namun korelasi-korelasi ini
sama sekali tidak membuktikannya.
Machine Translated by Google
194 Bab 9 DNA dan Struktur Molekul Kromosom

Tipe Hidup IIR

Tidak ada kapsul

Koloni tipe IIR
Tipe Hidup IIR
bakteri yang tumbuh pada media kultur

Tipe IIIS yang dimatikan karena panas

Kapsul Tidak ada koloni

Tipe IIIS yang dimatikan karena panas

bakteri dalam media kultur

Tipe IIIS yang dimatikan karena panas

Diobati dengan serum
yang mengendap
Sel IIR dari campuran

Koloni tipe IIIS

Tipe Hidup IIR

Bakteri IIR yang diendapkan
GAMBAR 9.1 Demonstrasi transformasi Sia Tipe IIIS yang dimatikan karena panas

plus
dan Dawson pada Streptococcus pneumoniae hidup Tipe IIR
in vitro. tumbuh di media kultur

BUKTI BAHWA DNA MEMEDIASI TRANSFORMASI

Penemuan transformasi Streptococcus pneumoniae oleh Frederick Griffith telah dibahas di Bab 8.
Ketika Griffith menyuntikkan bakteri Tipe IIIS yang telah dimatikan dengan panas (mematikan ketika
masih hidup) dan bakteri Tipe IIR yang hidup (avirulen) ke dalam tikus, banyak dari tikus tersebut
menderita pneumonia dan mati. dan sel Tipe IIIS hidup ditemukan dari bangkainya. Sesuatu dari sel-
sel yang dimatikan dengan panas—yang merupakan “prinsip transformasi”—telah mengubah sel-sel
Tipe IIR yang hidup menjadi Tipe IIIS. Pada tahun 1931, Richard Sia dan Martin Dawson melakukan
percobaan yang sama secara in vitro, menunjukkan bahwa tikus tidak berperan dalam proses
transformasi ( Gambar 9.1). Eksperimen Sia dan Dawson menjadi landasan bagi demonstrasi
Oswald Avery, Colin MacLeod, dan Maclyn McCarty bahwa “prinsip transformasi” pada S.
pneumoniae adalah DNA. Avery dan rekannya menunjukkan bahwa DNA adalah satu-satunya
komponen sel Tipe IIIS yang diperlukan untuk mengubah sel Tipe IIR menjadi Tipe IIIS ( Gambar 9.2).
Namun bagaimana mereka bisa yakin bahwa DNA tersebut benar-benar murni? Membuktikan
kemurnian zat makromolekul sangatlah sulit. Mungkin persiapan DNA mengandung beberapa
molekul protein, dan protein yang mengkontaminasi ini bertanggung jawab atas transformasi yang
diamati. Eksperimen paling definitif dalam bukti Avery, MacLeod, dan McCarty bahwa DNA adalah
prinsip transformasi melibatkan penggunaan enzim yang mendegradasi DNA, RNA, atau protein.
Dalam percobaan terpisah, DNA yang sangat murni dari sel Tipe IIIS diolah dengan enzim (1)
deoksiribonuklease (DNase),
yang mendegradasi DNA, (2) ribonuklease (RNase), yang mendegradasi RNA, atau (3) protease,
yang mendegradasi protein; DNA tersebut kemudian diuji kemampuannya dalam mengubah sel Tipe
IIR menjadi Tipe IIIS. Hanya perlakuan DNase yang mempunyai efek pada aktivitas transformasi
preparasi DNA—pengobatan ini menghilangkan semua aktivitas transformasi (Gambar 9.2).
Meskipun mekanisme molekuler terjadinya transformasi masih belum diketahui selama bertahun-
tahun, hasil penelitian Avery dan rekan kerjanya dengan jelas menetapkan bahwa informasi genetik
pada Streptococcus terdapat dalam DNA. Ahli genetika sekarang mengetahui bahwa segmen DNA
dalam kromosom Streptococcus yang membawa genetik
Machine Translated by Google
Bukti Bahwa Informasi Genetik Tersimpan dalam DNA 195

Tipe sel IIR

koloni IIR

DNA dari
mati karena panas

sel IIIS

Tidak ada koloni

DNA dari Serum itu

+ mati karena panas + mengendap
sel IIIS sel IIR
Tipe sel IIR dari campuran
IIIS koloni

DNA dari Serum itu

mati karena panas mengendap
+ + + Protease
sel IIIS sel IIR
Tipe sel IIR dari campuran
koloni IIIS

DNA dari Serum itu

+
mati karena panas
+ mengendap + RNase
sel IIIS sel IIR
Tipe sel IIR dari campuran
koloni IIIS

DNA dari Serum itu

+ mati karena panas + mengendap + DNase
sel IIIS sel IIR
GAMBAR 9.2 Bukti Avery, MacLeod, dan
Tipe sel IIR dari campuran
Tidak ada koloni McCarty bahwa “prinsip transformasi” adalah DNA.

informasi yang menentukan sintesis kapsul Tipe III dimasukkan secara fisik ke dalam
kromosom sel penerima Tipe IIR selama proses transformasi.

BUKTI BAHWA DNA MEMBAWA GENETIK

INFORMASI DALAM BAKTERIOPHAGE T2
Bukti tambahan yang menunjukkan bahwa DNA adalah materi genetik diterbitkan pada
tahun 1952 oleh Alfred Hershey (pemenang Hadiah Nobel 1969) dan Martha Chase.
Hasil percobaan mereka menunjukkan bahwa informasi genetik virus bakteri tertentu
(bakteriofag T2) terdapat dalam DNA-nya. Hasil penelitian mereka berdampak besar
pada penerimaan para ilmuwan terhadap DNA sebagai materi genetik. Dampak ini
merupakan hasil dari kesederhanaan eksperimen Hershey-Chase.
Virus adalah organisme hidup terkecil; mereka hidup, setidaknya dalam arti bahwa
reproduksi mereka dikendalikan oleh informasi genetik yang disimpan dalam asam
nukleat melalui proses yang sama seperti pada organisme seluler (Bab 8). Namun, virus
adalah parasit aseluler yang hanya dapat bereproduksi pada sel inang yang sesuai.
Reproduksi mereka sepenuhnya bergantung pada mesin metabolisme (ribosom, sistem
penghasil energi, dan komponen lainnya) dari inang. Virus sangat berguna dalam
mempelajari banyak proses genetik karena struktur dan komposisi kimianya yang
sederhana (banyak yang hanya mengandung protein dan asam nukleat) dan
reproduksinya yang sangat cepat (15 hingga 20 menit untuk beberapa virus bakteri dalam kondisi optimal).
Bakteriofag T2, yang menginfeksi basil usus besar Escherichia coli, terdiri dari
sekitar 50 persen DNA dan sekitar 50 persen protein ( Gambar 9.3).
Eksperimen sebelum tahun 1952 menunjukkan bahwa semua reproduksi bakteriofag T2
terjadi di dalam sel E. coli . Oleh karena itu, ketika Hershey dan Chase menunjukkan
bahwa DNA partikel virus memasuki sel, sedangkan sebagian besar protein virus tetap
teradsorpsi di luar sel, implikasinya adalah bahwa informasi genetik yang diperlukan
untuk reproduksi virus terdapat dalam DNA. . Dasar percobaan Hershey-Chase adalah
bahwa DNA mengandung fosfor tetapi tidak mengandung sulfur, sedangkan protein
mengandung sulfur tetapi hampir tidak mengandung fosfor. Jadi, Hershey dan Chase
Machine Translated by Google
196 Bab 9 DNA dan Struktur Molekul Kromosom

Lapisan protein

Kepala

DNA
Inti ekor
Sarung ekor
Serabut ekor

Eksperimen I: Radioaktivitas kecil

32P-DNA
Fag berlabel 32P dalam supernatan

32P-DNA

+ +
10 menit pencampur Mesin sentrifugal

Sel E.coli Fag T2 Sel yang terinfeksi Sel yang terinfeksi fag Radioaktivitas di
mantel pelet sel

ST E ST E ST E ST E
P P P P
1 Campur fag 2 Berikan waktu untuk fag 3 Tunduk pada pencukuran 4 Pisahkan bakteri dari
dan bakteri. untuk menginfeksi bakteri. kekuatan dalam blender. fag dengan sentrifugasi.

Eksperimen II: 35S-Protein Radioaktivitas

fag berlabel 35S dalam supernatan

35S-Protein
mantel

+ +
10 menit pencampur Mesin sentrifugal

Sel E.coli Fag T2 Sel yang terinfeksi Sel yang terinfeksi fag Radioaktivitas kecil
mantel dalam pelet sel

GAMBAR 9.3 Demonstrasi Hershey dan Chase bahwa informasi genetik bakteriofag T2 berada dalam
DNA-nya.

mampu memberi label secara spesifik (1) DNA fag melalui pertumbuhan dalam media yang
mengandung isotop radioaktif fosfor, 32P, sebagai pengganti isotop normal, 31P; atau (2)
protein fag terlapisi melalui pertumbuhan dalam media yang mengandung sulfur radioaktif,
35S, menggantikan isotop normal, 32S (Gambar 9.3).
Ketika partikel fag T2 berlabel 35S dicampur dengan sel E. coli selama beberapa menit
dan sel yang terinfeksi fag kemudian dikenakan gaya geser dalam blender Waring, sebagian
besar radioaktivitas (dan juga protein) dapat dihilangkan dari sel. sel tanpa mempengaruhi
produksi fag keturunan. Namun, ketika partikel T2 yang DNA diberi label 32P digunakan,
pada dasarnya semua radioaktivitas ditemukan di dalam sel; artinya, DNA tidak dapat
dihilangkan dengan cara dicukur dalam blender. Lapisan fag yang terpotong dipisahkan dari
sel yang terinfeksi dengan sentrifugasi kecepatan rendah, yang membuat sel menjadi pelet
(sedimen) sambil membiarkan partikel fag tersuspensi. Hasil ini menunjukkan bahwa DNA
virus memasuki sel inang, sedangkan lapisan protein tetap berada di luar sel. Karena virus
keturunan diproduksi di dalam sel, hasil Hershey dan Chase menunjukkan bahwa informasi
genetik yang mengarahkan sintesis molekul DNA dan lapisan protein virus keturunan harus
ada dalam DNA induk. Selain itu, partikel keturunan terbukti mengandung beberapa 32P,
tetapi tidak ada satu pun dari 35S fag induk.

Ada satu masalah dengan bukti Hershey dan Chase bahwa materi genetik fag T2
adalah DNA. Hasilnya menunjukkan bahwa sejumlah besar 35S (dan juga protein)
disuntikkan ke dalam sel inang bersama DNA. Dengan demikian, dapat dikatakan bahwa
sebagian kecil protein fag ini mengandung informasi genetik.
Baru-baru ini, para ilmuwan telah mengembangkan prosedur dimana protoplas (sel dengan
Machine Translated by Google
Struktur DNA dan RNA 197

GAMBAR 9.4 Materi genetik tembakau

virus mosaik (TMV) adalah RNA, bukan protein.
Protein A TMV tidak mengandung DNA; itu hanya terdiri dari
Protein B Protein B
Terdegradasi
RNA dan protein.

Dibentuk kembali
TMV tipe B RNA Campuran Keturunan
B virus

RNA
RNA
A
A
Terdegradasi Infeksi dari
daun tembakau
Protein A

TMV tipe A RNA

A

dindingnya dihilangkan) E. coli dapat terinfeksi dengan DNA fag murni. Progeni fag infektif
yang normal dihasilkan dalam eksperimen ini, yang disebut eksperimen transfeksi , yang
membuktikan bahwa materi genetik virus bakteri tersebut adalah DNA.

BUKTI BAHWA RNA MENYIMPAN GENETIK

INFORMASI DALAM BEBERAPA VIRUS
Seiring dengan semakin banyaknya virus yang diidentifikasi dan dipelajari, menjadi jelas
bahwa banyak dari virus tersebut mengandung RNA dan protein, tetapi tidak mengandung
DNA. Dalam semua kasus yang diteliti hingga saat ini, jelas bahwa virus RNA ini—seperti
organisme lainnya—menyimpan informasi genetiknya dalam asam nukleat, bukan dalam
protein, meskipun dalam virus ini asam nukleatnya adalah RNA. Salah satu eksperimen
pertama yang menetapkan RNA sebagai materi genetik dalam virus RNA adalah eksperimen
rekonstitusi Heinz Fraenkel-Conrat dan rekan kerjanya, yang diterbitkan pada tahun 1957.
Eksperimen mereka yang sederhana namun pasti dilakukan dengan virus mosaik tembakau
(TMV) , virus kecil yang terdiri dari satu molekul RNA yang dikemas dalam lapisan protein.
Strain TMV yang berbeda dapat diidentifikasi berdasarkan perbedaan komposisi kimia lapisan proteinnya.
Fraenkel-Conrat dan rekannya memperlakukan partikel TMV dari dua strain berbeda
dengan bahan kimia yang memisahkan lapisan protein virus dari molekul RNA dan
memisahkan protein dari RNA. Kemudian mereka mencampurkan protein dari satu strain
dengan molekul RNA dari strain lainnya dalam kondisi yang menghasilkan rekonstitusi virus
infektif yang lengkap yang terdiri dari protein dari satu strain dan RNA dari strain lainnya.
Ketika daun tembakau diinfeksi dengan virus campuran yang telah dilarutkan ini, virus
keturunannya selalu identik secara fenotip dan genotip dengan strain induk yang RNA-nya
diperoleh ( Gambar 9.4).
Dengan demikian, informasi genetik TMV disimpan dalam RNA, bukan protein.

Informasi genetik sebagian besar organisme hidup disimpan dalam asam deoksiribonukleat (DNA). POIN PENTING
Pada beberapa virus, informasi genetik terdapat dalam asam ribonukleat (RNA).

Struktur DNA dan RNA

Informasi genetik semua organisme hidup, kecuali virus RNA, disimpan DNA biasanya beruntai ganda, dengan adenin
dalam DNA. Bagaimana struktur DNA, dan dalam bentuk apa informasi
genetik disimpan? Ciri-ciri struktur DNA apa yang memfasilitasi transmisi berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan
informasi genetik secara akurat dari generasi ke generasi? Jawaban atas dengan sitosin. RNA biasanya beruntai tunggal dan
pertanyaan-pertanyaan ini tidak diragukan lagi merupakan tiga aspek
terpenting dalam pemahaman kita tentang hakikat kehidupan.
mengandung urasil sebagai pengganti timin.
Machine Translated by Google
198 Bab 9 DNA dan Struktur Molekul Kromosom

SIFAT SUBUNIT KIMIA PADA DNA DAN RNA

Asam nukleat, komponen utama nuklein Miescher, adalah makromolekul yang terdiri dari
subunit berulang yang disebut nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari (1) gugus fosfat, (2)
gula lima karbon, atau pentosa, dan (3) senyawa yang mengandung nitrogen siklik yang
disebut basa ( Gambar 9.5) . Dalam DNA, gulanya adalah 2-deoksiribosa (demikianlah
dinamakan asam deoksiribonukleat); dalam RNA, gulanya adalah ribosa (jadi asam
ribonukleat). Empat basa berbeda yang umum ditemukan dalam DNA: adenin (A), guanin
(G), timin (T), dan sitosin (C). RNA juga biasanya mengandung adenin, guanin, dan sitosin
tetapi memiliki basa berbeda, urasil (U), sebagai pengganti timin. Adenin dan guanin merupakan basa cincin gan

Asam nukleat terdiri dari subunit berulang yang disebut nukleotida.

Setiap nukleotida terdiri dari tiga unit.

(1) HAI-
A
fosfat HAI– PO
kelompok:
HAI-

(a) Dalam RNA: (b) Dalam DNA:

ribosa 2-Deoksiribosa
OH OH
(2)
A CH2 5´ HAI OH CH2 5´ HAI OH
lima karbon 1´
C 4´ C C 4´ 1´ C
gula atau H H H H
H C 3´ 2´ 3´
H CC 2´
pentosa: C H H

OH OH OHH Tidak ada gugus hidroksil

(a) Hanya pada RNA (b) Pada kedua RNA (c) Hanya dalam DNA
(dengan pengecualian langka): dan DNA: (dengan pengecualian langka):

HAI
NH2 HAI

(3)
C C C
A 4 4 4
H N3 5 CH N3 5 CH H N3 5C CH3
berhubung dgn putaran,

2 6 2 6 2 6
HAI C 1 C H HAI C 1 C H HAI C 1 C H
mengandung nitrogen N N N
basis:
H H H
Urasil sitosin Timin

Pirimidin

NH2

C N
6 7
N1 5C C H
8

2 4 9
H C 3 C N H
N
Adenin

HAI

C N
6 7
H N1 5C C H
8

2 4 9
NH2 C 3 C N H
N
Guanin

Purin

GAMBAR 9.5 Komponen struktural asam nukleat. Sistem penomoran standar

untuk karbon dalam pentosa serta karbon dan nitrogen dalam struktur cincin basa
masing-masing ditunjukkan pada (2) dan (3). Basa cincin tunggal disebut pirimidin, dan
basa cincin ganda disebut purin.
Machine Translated by Google
Struktur DNA dan RNA 199

Nukleotida pirimidin Nukleotida purin

H H HAI
H H
N
HAI N
H
6 N
H N 7
4 H 6 N 1 5
CH3 4 N H
N N 1 5 7 8
3 5 3 H 2 9
5 8 H 4
2 9 3 N
4 N
2 6 2 6 3 N N
1 1 H
HAI
H H N HAI
HAI N HAI HAI N HAI H

–O—P—O—CH2 HAI
–O—P—O—CH2 –O—P—O—CH2 5´
HAI HAI –O—P—O—CH2 HAI
5´ 5´ 5´
-HAI 4´ 1´
-HAI 4´ 1´ 4´ 1´ 4´
-HAI -HAI 1´
3´ 2´
3´ 2´ 3´ 2´ 3´ 2´

OH
OH OH OH

Deoksitimidin Deoksisitidin Deoksiadenosin Deoksiguanosin

monofosfat, dTMP monofosfat, dCMP monofosfat, lembab monofosfat, dGMP

GAMBAR 9.6 Struktur empat deoksiribonukleotida umum yang terdapat dalam DNA. Karbon dan nitrogen dalam
cincin basa diberi nomor 1 sampai 6 (pirimidin) dan 1 sampai 9 (purin). Oleh karena itu, karbon dalam gula nukleotida
diberi nomor 1 sampai 5 untuk membedakannya dari karbon dalam basa.

purin; sitosin, timin, dan urasil adalah basa cincin tunggal yang disebut pirimidin. Oleh karena
itu, baik DNA maupun RNA mengandung empat subunit atau nukleotida yang berbeda: dua
pasang nukleo purin dan dua nukleotida pirimidin ( Gambar 9.6). Pada polinukleotida seperti
DNA dan RNA, subunit ini digabungkan menjadi rantai panjang ( Gambar 9.7). RNA biasanya
ada sebagai polimer beruntai tunggal yang terdiri dari rangkaian nukleotida yang panjang.
DNA memiliki satu tingkat organisasi tambahan—dan sangat penting—: DNA biasanya
berupa molekul beruntai ganda. 5´ akhir
NH2

STRUKTUR DNA: HELIX GANDA N

1
6
5
N
7
8 Adenin
2 4 9
Salah satu terobosan paling menarik dalam sejarah biologi terjadi pada tahun 1953 3
N
N

ketika James Watson dan Francis Crick ( Gambar 9.8) menyimpulkan struktur DNA HAI

yang benar. Model molekul DNA heliks ganda mereka segera menyarankan mekanisme O–—P—O—
5´
CH2 HAI

elegan untuk transmisi informasi genetik (lihat Tonggak Sejarah dalam Genetika: Heliks HAI 4´ 1´
Ganda di situs Student Companion). Struktur heliks ganda Watson dan Crick didasarkan HAI
H 3´ 2´ H
pada dua jenis bukti utama: 4 CH3
H HN
3 5
5´ Timin
2 6
1
1. Ketika Erwin Chargaff dan rekannya menganalisis komposisi DNA dari banyak HAI
HAI
N

5´
organisme berbeda, mereka menemukan bahwa konsentrasi timin selalu sama
O–—P—O—CH2 HAI

dengan konsentrasi adenin dan konsentrasi sitosin selalu sama dengan konsentrasi HAI
4´ 1´
guanin (Tabel 9.1 ) . Hasil penelitian mereka sangat menunjukkan bahwa timin dan NH2
H 3´ 2´ H
adenin serta sitosin dan guanin terdapat dalam DNA dalam suatu hubungan timbal 4
H N 5
3
balik yang tetap. Data mereka juga menunjukkan bahwa konsentrasi total pirimidin sitosin
2 6
(timin ditambah sitosin) selalu sama dengan konsentrasi total purin (adenin ditambah HAI
N
1
HAI

guanin; lihat Tabel 9.1). 5´

O–—P—O—CH2 HAI

HAI
4´ 1´
2. Ketika sinar X difokuskan melalui serat molekul yang dimurnikan, sinar tersebut dibelokkan
3´ 2´
oleh atom molekul dalam pola tertentu, yang disebut pola difraksi, yang memberikan H H

informasi tentang organisasi komponen molekul. Pola difraksi sinar-X ini dapat direkam H
HAI

pada film peka sinar-X seperti halnya pola cahaya dapat direkam dengan kamera dan film 6 N
HN 7
1 5
peka cahaya. Watson dan Crick menggunakan data difraksi sinar-X pada DNA 8 Guanin
2 4 9
3 N
H2N N
HAI

GAMBAR 9.7 Struktur rantai polinukleotida. Rantai tetranukleotida yang ditunjukkan 5´

O–—P—O—CH2
adalah rantai DNA yang mengandung gula 2-deoksiribosa. Rantai RNA mengandung gula ribosa. HAI

HAI
4´
Nukleotida dalam rantai polinukleotida dihubungkan melalui ikatan fosfodiester (C—O—P—O—C) . 1

Perhatikan bahwa polinukleotida yang ditunjukkan memiliki polaritas kimia 5 (atas) hingga 3 (bawah) H 3´ 2´ H

karena setiap ikatan fosfodiester menggabungkan karbon ke-5 dari 2-deoksiribosa dalam satu pasang H
3´ OH
nukleo ke karbon ke-3 dari 2-deoksiribosa pada nukleotida yang berdekatan. Oleh karena itu, rantai
tersebut memiliki ujung 5 karbon di bagian atas dan ujung 3 karbon di bagian bawah. 3´ akhir
Machine Translated by Google

200 Bab 9 DNA dan Struktur Molekul Kromosom

GAMBAR 9.8 Empat pemain utama—Francis Crick, Maurice Wilkins, James Watson, dan Rosalind
Franklin (searah jarum jam dari kiri atas)—dalam penemuan struktur heliks ganda DNA.

TABEL 9.1
Komposisi Dasar DNA dari Berbagai Organisme

Rasio Molar

AG PADA
Jenis % Adenin % Guanin % Sitosin % Timin karena hal

I.Virus
Bakteriofag 26,0 23,8 24,3 25,8 0,99 1.08

Bakteriofag T2 32,6 18,1 16,6 32,6 1,03 1.88

Herpes simpleks 13,8 37,7 35,6 12,8 1,06 0,36

II. Bakteri
Escherichia coli 26,0 24,9 25.2 23,9 1,04 1,00

Mikrokokus lisodeikticus 14,4 37,3 34.6 13,7 1,07 0,39

Ramibakterium ramosum 35,1 14,9 15.2 34,8 1,00 2.32

AKU AKU AKU. Eukariota

Saccharomyces cerevisiae Zea 31,7 18,3 17,4 32,6 1,00 1.80

mays (jagung) 25,6 24,5 24,6 25,3 1,00 1.04

Drosophila melanogaster Homo 30,7 19,6 20,2 29,4 1,01 1.51

sapiens (manusia) 30,2 19,9 19,6 30,3 1,01 1.53

Machine Translated by Google

Struktur DNA dan RNA 201

struktur ( Gambar 9.9) disediakan oleh Maurice

3' 5'
Wilkins, Rosalind Franklin (lihat Gambar 9.8),
dan rekan kerja mereka. Data ini menunjukkan S
C G S
P
bahwa DNA adalah struktur beruntai dua yang S G C
P
S
sangat teratur dengan substruktur berulang yang P
berjarak setiap 0,34 nanometer (1 nm 109 meter) S C GP
S

di sepanjang sumbu molekul. S

P
S
Berdasarkan data kimia Chargaff, data difraksi S P
T A S
sinar-X Wilkins dan Franklin, serta kesimpulan dari P
S
pembuatan model, Watson dan Crick mengusulkan S G C
P
bahwa DNA ada dalam bentuk heliks ganda tangan P
C G S
S
kanan di mana dua rantai poli nukleotida melingkar P
S T A
satu sama lain dalam bentuk heliks ganda . spiral P
S

S P
( Gambar 9.10). Watson, Crick, dan Wilkins berbagi S P
Hadiah Nobel Fisiologi atau Kedokteran tahun 1962 P
G S
GAMBAR 9.9 Foto pola difraksi sinar- S
atas karya mereka pada model heliks ganda. 3,4nm P
X yang diperoleh dengan DNA. Pola pusat S
Sayangnya, Franklin meninggal sebelum waktunya P
T A S
berbentuk salib menunjukkan bahwa molekul P
(usia 37) pada tahun 1958, dan Hadiah Nobel tidak S G C
DNA mempunyai struktur heliks, dan S
dapat diberikan secara anumerta. pita gelap di bagian atas dan bawah menunjukkan P
S
Masing-masing dari dua rantai polinukleotida bahwa basa bertumpuk tegak lurus sumbu S T A P
S
dalam heliks ganda terdiri dari rangkaian nukleotida molekul dengan periodisitas 0,34 nm. P
S
yang dihubungkan bersama melalui ikatan S
C G
S
fosfodiester, bergabung dengan gugus deoksiribosa P
S
yang berdekatan (Tabel 9.2). Kedua untaian S G C
P
polinukleotida disatukan dalam konfigurasi heliksnya melalui ikatan hidrogen (Tabel 9.2) 0,34nm P
C G S
S
antara basa dalam untaian yang berlawanan; pasangan basa yang dihasilkan ditumpuk di
3' 5'
antara dua rantai yang tegak lurus terhadap sumbu molekul seperti tangga spiral (Gambar
9.10). Pasangan basanya spesifik: adenin selalu berpasangan dengan timin, dan guanin
GAMBAR
selalu berpasangan dengan sitosin. Jadi, semua pasangan basa terdiri dari satu purin dan satu pirimidin. 9.10 Diagram struktur
Kekhususan dari heliks ganda DNA.

TABEL 9.2
Ikatan Kimia Penting dalam Struktur DNA
(a) Ikatan kovalen (c) “Ikatan” hidrofobik
Ikatan kimia yang kuat terbentuk melalui pembagian elektron Asosiasi kelompok nonpolar satu sama lain ketika
antar atom. hadir dalam larutan air karena ketidaklarutannya
(1) Dalam basa dan gula dalam air.
+

C—C ÿ ÿ Molekul air sangat polar

OH +
(ÿ ÿ HAI dan ÿ H).
—

+ÿ
C—N ÿ
Senyawa yang mempunyai
H—HAI H
C—H CC ÿ
+
polar yang sama sangat mudah larut
—

BERSAMA
H ÿ +ÿ dalam air (“hidrofilik”).
OH elektron bersama ÿ
+
OH Senyawa yang bersifat nonpolar (tidak
—

N—H mempunyai gugus bermuatan) sangat banyak

H
ÿ
+
tidak larut dalam air (“hidrofobik”).
(2) Dalam hubungan fosfodiester

HAI- Pasangan basa yang bertumpuk menghasilkan inti hidrofobik.

5´C dari 3´C dari
2´-deoksiribosa —O—P—O— 2´-deoksiribosa

HAI

(b) Ikatan hidrogen

Ikatan lemah antara atom elektronegatif dan atom hidrogen
(elektropositif) yang terikat secara kovalen
ke atom elektronegatif kedua.
+
ÿ ÿ

N-H • • •• • HAI
— Inti hidrofobik

N- H• • • • N•
Machine Translated by Google
202 Bab 9 DNA dan Struktur Molekul Kromosom

Polaritas berlawanan dari dua helai Ikatan hidrogen pada pasangan basa AT dan GC

5´ 3´ H
H H
C
Timin
ÿ
P OH +
H C HAI ÿ
A T 5
S C6 C H H
S 4
N
1 3
P N 2 N Adenin
P Gula C H C
ÿ
+
6
N
T A 3´ N1 5
C 7
S ÿ
8C H
S HAI 9
2 4
CC 3 N
P H N Gula
P
G C
S
S
5´ 5´
P
P H H
sitosin
A T +
GAMBAR 9.11 Diagram heliks ganda DNA, S
S H C N ÿ
5 H
C6 C ÿ
menggambarkan polaritas kimia yang berlawanan 4
HAI
3´ P
(lihat Gambar 9.7) dari dua untai dan ikatan hidrogen P N
1
2
3
N
ÿ
ÿ
+
Guanin
antara timin (T) dan adenin (A) dan antara C G Gula C H C
S 6
N
S N1 C 7
sitosin (C) dan guanin (G). Pasangan basa ÿ +
5
8 C H
HAI ÿ 9
dalam DNA, T dengan A dan C dengan G, diatur HAI P H CC
2
3
4
N
N N Gula
oleh potensi ikatan hidrogen dari basa tersebut. S
gula 2-deoksiribosa; P gugus fosfat.
3´ 5´ H

pasangan basa dihasilkan dari kapasitas ikatan hidrogen basa dalam konfigurasi
normalnya ( Gambar 9.11). Dalam konfigurasi struktur umumnya, adenin dan timin
membentuk dua ikatan hidrogen, dan guanin dan sitosin membentuk tiga ikatan
hidrogen. Ikatan hidrogen tidak mungkin terjadi antara sitosin dan adenin atau timin
dan guanin jika keduanya berada dalam keadaan struktural yang sama.
Setelah urutan basa dalam satu untai heliks ganda DNA diketahui, urutan basa
pada untai lainnya juga diketahui karena pasangan basa spesifiknya (lihat
Keterampilan Pemecahan Masalah: Menghitung Kandungan Basa dalam DNA). Dua helai a

KETERAMPILAN PEMECAHAN MASALAH

Menghitung Kandungan Basa dalam DNA

MASALAH
DNA genom beruntai ganda diisolasi dari bakteri Mycobacterium tuberkulosis, dan
analisis kimia menunjukkan bahwa 33 persen basa dalam DNA adalah residu
guanin. Berdasarkan informasi ini, apakah mungkin untuk menentukan berapa
persen basa dalam DNA M. tuberkulosis yang merupakan residu adenin?
DNA genom beruntai tunggal diisolasi dari bakteriofag ÿX174, dan analisis kimia
menunjukkan bahwa 22 persen basa dalam DNA ÿX174 adalah sitosin. Berdasarkan
informasi ini, apakah mungkin untuk menentukan berapa persen basa dalam paket
DNA yang berumur virion ÿX174 yang merupakan adenin?
FAKTA DAN KONSEP
1. Dalam DNA untai ganda, adenin selalu berada dalam satu untai
berpasangan dengan timin pada untai komplementer, dan guanin pada satu
untai selalu berpasangan dengan sitosin pada untai lainnya.
2. Dalam DNA beruntai tunggal, tidak ada pasangan basa yang ketat. Ada
beberapa pasangan basa antar basa dalam untaian tunggal yang membentuk
struktur jepit rambut, tetapi tidak ada pasangan basa A:T dan G:C yang
ketat seperti pada DNA untai ganda.
ANALISIS DAN SOLUSI
Pada DNA genom beruntai ganda M. tuberkulosis, setiap A pada satu untai
berikatan hidrogen dengan T pada untai komplementer, dan setiap G berikatan
hidrogen dengan C pada untai komplementer.
Jadi, jika 33 persen basanya adalah guanin, maka 33 persen basanya adalah
sitosin. Artinya, 66 persen basisnya adalah G dan C dan 34 persen (100% 66%)
basisnya adalah A dan T.
Karena A selalu berpasangan dengan T, separuhnya adalah A dan separuhnya lagi
adalah T. Oleh karena itu, 17 persen (34% 1/2) basa pada DNA M. tuberkulosis
adalah adenin.
Dalam DNA untai tunggal bakteriofag ÿX174, tidak ada pasangan basa yang
ketat, yang ada hanya pasangan basa sesekali di dalam untai tunggal DNA.
Akibatnya, proporsi residu adenin dalam DNA tidak dapat diprediksi berdasarkan
proporsi sitosin. Memang benar, seseorang bahkan tidak dapat memprediksi
persentase adenin berdasarkan persentase timin dalam DNA beruntai tunggal,
seperti DNA yang dikemas dalam virion ÿX174.
Untuk diskusi lebih lanjut kunjungi situs Pendamping Mahasiswa.
Machine Translated by Google

Struktur DNA dan RNA 203

Heliks ganda DNA dengan demikian dikatakan saling melengkapi. Sifat ini, sifat saling Inti dari pasangan basa bertumpuk

melengkapi dari dua helai heliks ganda, membuat DNA secara unik cocok untuk menyimpan
5' 3'
dan meneruskan informasi genetik dari generasi ke generasi (Bab 10).
Pasangan basa dalam DNA disusun dengan jarak sekitar 0,34 nm, dengan 10 pasangan
Gula
basa per putaran (360) heliks ganda (Gambar 9.10). Tulang punggung gula-fosfat dari dua 0,34nm fosfat
untaian komplementer bersifat antiparalel (Gambar 9.11). Secara searah sepanjang heliks tulang punggung

ganda DNA, ikatan fosfodiester dalam satu untai berubah dari karbon 3 dari satu nukleotida
menjadi karbon 5 dari nukleotida yang berdekatan, sedangkan ikatan pada untai komplementer
berubah dari karbon 5 menjadi karbon 3. “Polaritas berlawanan” dari untaian komplementer Minor
alur
heliks ganda DNA ini memainkan peran penting dalam replikasi, transkripsi, dan rekombinasi
DNA. Ditumpuk

Stabilitas heliks ganda DNA sebagian disebabkan oleh banyaknya ikatan hidrogen antar pasangan basa

pasangan basa (walaupun masing-masing ikatan hidrogen lemah, jauh lebih lemah dibandingkan
ikatan kovalen) dan sebagian lagi karena ikatan hidrofobik (atau gaya susun). ) antara Alur
0,34nm
pasangan basa yang berdekatan (Tabel 9.2). Sifat bertumpuk dari pasangan basa paling baik utama

diilustrasikan dengan diagram struktur DNA yang mengisi ruang ( Gambar 9.12). Sisi datar
pasangan basa relatif nonpolar sehingga cenderung hidrofobik (tidak larut dalam air). Karena
ketidaklarutannya dalam air, inti hidrofobik dari tumpukan pasangan basa memberikan
kontribusi stabilitas yang cukup besar terhadap molekul DNA yang ada dalam protoplasma
berair sel hidup. Gambar pengisian ruang juga menunjukkan bahwa dua alur heliks ganda DNA 5' 3'

tidak identik; yang satu, alur mayor, jauh lebih lebar dibandingkan alur lainnya, alur minor.
Kunci:
Perbedaan antara alur mayor dan alur minor penting ketika kita mengkaji interaksi antara DNA
= Hidrogen = Oksigen = Karbon
dan protein yang mengatur ekspresi gen. Beberapa protein berikatan dengan alur utama; yang
lain terikat pada alur kecil. Uji pemahaman Anda tentang struktur DNA dengan menjawab
= Karbon dan nitrogen = Fosfor
pertanyaan yang diajukan dalam Menyelesaikannya: Apa Beberapa Ciri Penting DNA Untai dalam pasangan basa

Ganda?
GAMBAR 9.12 Diagram pengisian ruang pada
heliks ganda DNA.

STRUKTUR DNA: BENTUK ALTERNATIF

DARI HELIX GANDA Selesaikan!
Struktur heliks ganda Watson–Crick yang baru saja dijelaskan disebut B-DNA. B-DNA adalah
Apa Saja Ciri Penting DNA
konformasi yang diambil DNA dalam kondisi fisiologis (dalam larutan berair yang mengandung
Untai Ganda?
garam konsentrasi rendah). Sebagian besar molekul DNA yang terdapat dalam protoplasma
berair sel hidup berada dalam konformasi B.
Namun, DNA bukanlah molekul yang statis dan invarian. Sebaliknya, molekul DNA menunjukkan
Satu untai DNA pada daerah pengkode gen HBB
fleksibilitas konformasi yang cukup besar. manusia (pengkodean -globin)
Struktur molekul DNA berubah sebagai fungsi dari lingkungannya. Konformasi yang tepat dimulai dengan urutan nukleotida 5-
dari suatu molekul DNA atau segmen molekul DNA akan bergantung pada sifat molekul yang ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGA
berinteraksi dengannya. Faktanya, B-DNA intrasel tampaknya memiliki rata-rata 10,4 pasangan AGTCT-3, di mana 5 dan 3 menunjukkan karbon
nukleotida per putaran, bukan hanya 10 seperti yang ditunjukkan pada Gambar 9.10. Dalam pada gugus 2-deoksiribosa di ujung untai. Oleh
garam konsentrasi tinggi atau dalam keadaan dehidrasi sebagian, DNA ada sebagai A-DNA, karena itu, untai DNA ini memiliki pembacaan
polaritas kimia 5 3 dari kiri ke kanan. Apa urutan
yang merupakan heliks tangan kanan seperti B-DNA, tetapi dengan 11 pasangan nukleotida
per putaran (Tabel 9.3). A-DNA adalah heliks ganda yang lebih pendek dan tebal dengan nukleotida dari untai DNA komplementer di
wilayah gen HBB ini ? Apa polaritas kimia dari
diameter 2,3 nm. Molekul DNA hampir pasti tidak pernah ada sebagai A-DNA in vivo. Namun,
untai komplementer?
konformasi A-DNA penting karena DNA-RNA

Berapa panjang segmen gen HBB ini jika

terdapat dalam sel sebagai DNA beruntai ganda?
Berapa banyak molekul 2-deoksiribosa yang
TABEL 9.3
terdapat pada segmen DNA ini? Berapa banyak
Bentuk DNA Alternatif molekul pirimidin yang terdapat pada segmen
Bentuk Heliks Arah Heliks Diameter Heliks
gen HBB ini ?
Pasangan Dasar per Putaran

A Pengguna tangan kanan 11 2,3nm

Untuk melihat solusi masalah ini, kunjungi
B Pengguna tangan kanan 10 1,9nm
situs Pendamping Siswa.
Z Kidal 12 1,8nm
Machine Translated by Google

204 Bab 9 DNA dan Struktur Molekul Kromosom

heterodupleks (heliks ganda yang mengandung basa untai DNA yang dipasangkan
dengan untai RNA komplementer) atau dupleks RNA-RNA terdapat dalam struktur
yang sangat mirip secara in vivo.
Urutan DNA tertentu telah terbukti ada dalam bentuk heliks ganda kidal yang
disebut Z-DNA (Z untuk jalur zig-zag dari tulang punggung struktur gula fosfat). Z-
DNA yang santai DNA ditemukan melalui analisis difraksi sinar-X dari kristal yang dibentuk oleh
oligomer DNA yang mengandung pasangan basa G:C dan C:G secara bergantian.
Z-DNA terjadi pada heliks ganda yang kaya G:C dan mengandung residu purin dan
pirimidin bergantian. Selain struktur heliks kidalnya yang unik, Z-DNA (Tabel 9.3)
berbeda dari konformasi A dan B karena memiliki 12 pasangan basa per putaran,
DNA superkoil diameter 1,8 nm, dan satu alur dalam. Fungsi Z-DNA pada sel hidup masih belum
jelas.

0,1 mikron
STRUKTUR DNA: NEGATIF
GAMBAR 9.13 Perbandingan struktur DNA yang rileks dan superkoil negatif. SUPERCOIL DI VIVO
Struktur santainya adalah B-DNA dengan 10,4 pasangan basa per putaran heliks.
Struktur superkoil negatif dihasilkan ketika B-DNA berada di bawah, dengan Semua molekul DNA fungsional yang ada dalam sel hidup menunjukkan satu tingkat
kurang dari satu putaran heliks untuk setiap 10,4 pasangan basa. pengorganisasian yang sangat penting—mereka berbentuk superkoil. Superkoil
dimasukkan ke dalam molekul DNA ketika salah satu atau kedua untai dibelah dan
ketika untai komplementer di salah satu ujungnya diputar atau dipelintir satu sama
lain dengan ujung lainnya ditahan di ruang—sehingga tidak dibiarkan berputar.
Superkoil ini menyebabkan molekul DNA terpecah menjadi struktur melingkar rapat mirip dengan
gulungan kabel telepon atau karet gelang yang dipilin ( Gambar 9.13, kanan bawah).
Superkoil dimasukkan ke dalam dan dikeluarkan dari molekul DNA oleh enzim yang memainkan
peran penting dalam replikasi DNA (Bab 10) dan proses lainnya.
Supercoiling hanya terjadi pada molekul DNA dengan ujung tetap, ujung yang tidak bebas
berputar. Jelasnya, ujung molekul DNA sirkular (Gambar 9.13) yang terdapat pada sebagian besar
kromosom prokariotik dan pada kromosom organel eukariotik seperti mitokondria adalah tetap.
Molekul DNA linier besar yang ada dalam kromosom eukariotik juga difiksasi melalui perlekatannya
pada interval dan di ujung komponen non-DNA pada kromosom. Keterikatan ini memungkinkan
enzim memasukkan superkoil ke dalam molekul DNA linier yang terdapat pada kromosom
eukariotik, sama seperti superkoil dimasukkan ke dalam molekul DNA sirkular yang terdapat pada
sebagian besar kromosom prokariotik.

Kita mungkin dapat memvisualisasikan superkoil dengan paling mudah dengan

mempertimbangkan molekul DNA sirkular. Jika kita membelah satu untai DNA heliks ganda
melingkar yang tertutup secara kovalen, dan memutar salah satu ujung untai yang telah dibelah
satu putaran penuh (360) mengelilingi untai komplementer sambil menahan ujung lainnya, kita
akan memasukkan satu superkoil ke dalam molekul ( Gambar 9.14). Jika kita memutar ujung bebasnya dengan cara ya

Tidak bergerak Nick untai tunggal

akhir
Putar 360°

Satu 360°
Potong satu kidal
untai rotasi, ligasi

Gabung berakhir Potong satu

untai,
satu 360°
Pengguna tangan kanan

rotasi
Santai secara kovalen Santai, dicubit,
DNA tertutup DNA sirkular

Superkoil negatif,
DNA yang tertutup secara kovalen

GAMBAR 9.14 Definisi visual dari DNA superkoil negatif. Meskipun struktur superkoil DNA diilustrasikan
paling jelas melalui mekanisme yang ditunjukkan di sini, superkoil DNA diproduksi melalui mekanisme berbeda
secara in vivo (lihat Bab 10).
Machine Translated by Google

Struktur Kromosom pada Prokariota dan Virus 205

arah heliks ganda DNA dililitkan (tangan kanan), superkoil positif (DNA berlebih) akan
dihasilkan. Jika kita memutar ujung bebas ke arah yang berlawanan (kidal), akan
dihasilkan superkoil negatif (DNA di bawah luka). Meskipun ini adalah cara paling
sederhana untuk mendefinisikan superkoil dalam DNA, ini bukanlah mekanisme yang
menghasilkan superkoil dalam DNA secara in vivo. Mekanisme tersebut dibahas pada
Bab 10.
Molekul DNA dari hampir semua organisme, dari virus terkecil hingga eukariota
terbesar, menunjukkan superkoil negatif secara in vivo, dan banyak fungsi biologis
kromosom hanya dapat dilakukan jika molekul DNA yang berpartisipasi mengalami
superkoil negatif. (DNA beberapa virus yang menginfeksi Archaea memiliki superkoil
positif.) Banyak bukti menunjukkan bahwa superkoil negatif terlibat dalam replikasi
(Bab 10), rekombinasi, ekspresi gen, dan regulasi ekspresi gen. Jumlah superkoil
negatif yang serupa juga terdapat pada molekul DNA yang terdapat pada kromosom
bakteri dan kromosom eukariotik.

DNA biasanya berbentuk heliks ganda, dengan dua untai disatukan oleh ikatan hidrogen POIN PENTING
antara basa komplementer: adenin berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan dengan sitosin.

Komplementaritas dua helai heliks ganda membuat DNA secara unik cocok untuk menyimpan dan
mengirimkan informasi genetik.

Dua untai heliks ganda DNA memiliki polaritas kimia yang berlawanan.

RNA biasanya ada sebagai molekul beruntai tunggal yang mengandung urasil, bukan timin.

Molekul DNA fungsional dalam sel mengalami superkoil negatif.

Struktur Kromosom pada Prokariota dan Virus

Banyak informasi tentang struktur DNA berasal dari penelitian Molekul DNA prokariota dan virus disusun
terhadap prokariota, terutama karena mereka kurang kompleks,
baik secara genetik maupun biokimia, dibandingkan eukariota. Pro
dalam domain superkoil negatif.
karyotes bersifat monoploid (mono satu); mereka hanya memiliki
satu set gen (satu salinan genom). (“Monoploid” tidak boleh
disamakan dengan “haploid,” yang merujuk secara spesifik pada berkurangnya jumlah
kromosom dalam gamet.) Pada sebagian besar virus dan prokariota, satu set gen
disimpan dalam satu kromosom, yang pada gilirannya berisi a molekul tunggal asam
nukleat (baik RNA atau DNA).
Virus RNA terkecil yang diketahui hanya memiliki tiga gen, dan urutan nukleotida
lengkap dari genom banyak virus telah diketahui. Misalnya, molekul RNA tunggal
dalam genom bakteriofag MS2 terdiri dari 3569 pasang nukleo dan mengandung 4
gen. Virus DNA terkecil yang diketahui hanya memiliki 9 hingga 11 gen.
Sekali lagi, urutan nukleotida lengkap diketahui dalam beberapa kasus. Misalnya,
genom bakteriofag X174 adalah molekul DNA tunggal dengan panjang 5386 nukleotida
yang mengandung 11 gen. Virus DNA terbesar, seperti bakteriofag T2 dan virus cacar
hewan, mengandung sekitar 150 gen. Bakteri seperti E. coli memiliki 2500 hingga
3500 gen, yang sebagian besar terdapat dalam satu molekul DNA.
Di masa lalu, kromosom prokariotik sering dicirikan sebagai “molekul DNA
telanjang”, berbeda dengan kromosom eukariotik dengan protein terkait dan morfologi
kompleks. Kesalahpahaman ini terjadi antara lain karena (1) sebagian besar gambar
“kromosom” prokariotik yang dipublikasikan adalah mikrograf elektron dari molekul
DNA yang terisolasi, bukan kromosom yang aktif atau fungsional secara metabolik,
dan (2) sebagian besar foto kromosom eukariotik yang dipublikasikan sangat palsu.
kromosom meiosis atau mitosis yang padat—sekali lagi, keadaan kromosom yang
tidak aktif secara metabolik. Kromosom prokariotik fungsional, atau nukleoid (bukan nukleoid