TUGAS

MIKROBIOLOGI

Kelompok 4

 Nindi Ariya Putri

 Nadiatul Fauziah
 Voni febrida Yanti
 Mirawati
 Aisyah Refani

Dosen Pembimbing
Tuti Handayani,S.Si.,M.Si.

S1 FARMASI
STIKes FORT DE KOCK
 BUKITTINGGI

Mengungkap patogenesis Neisseria meningitidis: dari genomik fungsional ke model eksperimental

Marco Soriani

Informasi artikel tambahan

Abstrak

Neisseria meningitidis adalah bakteri komensal yang tidak berbahaya yang diadaptasi dengan halus
untuk manusia. Sayangnya, di bawah kondisi "istimewa", ia mengadopsi gaya hidup "licik" yang
mengarah ke perilaku yang tidak terkendali yang ditandai dengan pelepasan senjata molekuler yang
menyebabkan penyakit yang berpotensi mematikan seperti sepsis dan meningitis akut. Memang,
meskipun kurangnya repertoar klasik gen virulensi pada N. meningitidis memisahkan komensal dari galur
invasif, penelitian epidemiologi molekuler dan genomik fungsional menunjukkan bahwa gerbong dan
galur invasif dari populasi yang berbeda secara genetis ditandai oleh potensi patogenik eksklusif. Dalam
beberapa tahun terakhir, teknologi "Omics" telah membantu para ilmuwan untuk membuka kerangka
kerja yang ditarik oleh N. meningitidis selama berbagai tahap penjajahan dan penyakit. Namun, skenario
ini masih belum lengkap dan akan mendapat manfaat dari penerapan model jaringan fisiologis untuk
reproduksi interaksi mukosa dan sistemik secara in vitro. Ini adalah teknologi yang muncul didukung oleh
kemajuan terbaru dalam dunia biologi sel punca, memegang janji untuk pemahaman lebih lanjut tentang
patogenesis N. meningitidis.

Kata kunci: Neisseria meningitidis, N. meningitidis, patogenesis, genomik, omics

pengantar
Neisseria meningitidis adalah spesialis dalam pertemuan selama kolonisasi dan penyakit invasif. Seperti
banyak patogen bakteri lainnya, ia merasa bermanfaat untuk menjaga inang tetap hidup untuk
memungkinkan penularan. Namun, N. meningitidis cenderung menjadi lebih ganas. Namun, itu adalah
fakta yang terkait dengan kamp militer, universitas, dan sekolah. Kondisi lingkungan yang sesuai
(misalnya, kekebalan yang melemah, berkurangnya kompetisi niche, tekanan seleksi akan membuat tuan
rumah tetap hidup sampai penularan yang tidak terbatas masih mungkin terjadi. Namun demikian,
kontak rumah tangga dari penyakit meningokokus telah terbukti meningkatkan risiko pengangkutan
meningokokus). dan penyakit. Dari perspektif genomik, N. meningitidis adalah spesies yang sangat
beragam, mengalami rekombinasi yang sering ditandai dengan transfer gen horizontal 2. Namun, analisis
filogenetik dan genealogis sering disebut sebagai penyakit invasif (sering disebut sebagai "Hiper- garis
keturunan invasif ") 2. Garis silsilah ini menunjukkan fenotip antigenik dan penyakit berulang dan
memiliki paradigma penting untuk merancang strategi intervensi. Munculnya sekuensing" generasi
berikutnya "telah direvolusi oleh bidang epidemiologi molekuler dengan menawarkan kesempatan untuk
melengkapi gambar dari Genotipe N. meningitidis dan tinjauan mendalam tentang kemajuan terbaru di
Indonesia genomik populasi, lihat 3) Dalam konteks ini, inisiatif seperti perpustakaan genom Meningitis
Research Foundation meningococcus (http://www.meningitis.org/research/genome) juga merupakan
pendekatan genomik tetapi juga genom fungsional dengan memandu pemilihan kebanyakan mengisolasi
dan mengurangi penggunaan strain laboratorium yang tidak relevan. Aplikasi yang menarik untuk bidang
vaksin, di mana perpustakaan ini telah berperan dalam membangun peningkatan baru-baru ini dalam
kasus W serogrup sejak 2009 milik ST-11, jenis urutan yang sangat mematikan dengan tingkat fatalitas
kasus tinggi 4.

Selama bertahun-tahun, kekhususan N. meningitidis untuk manusia telah menjadi hambatan utama
dalam mengungkap mekanisme di luar perilaku invasifnya. Secara khusus, kurangnya model hewan yang
tepat menyerupai kapasitas untuk mengembangkan intervensi pencegahan yang manjur. Dalam dekade
terakhir, bukti molekuler dan struktural telah disorot untuk faktor serum manusia. Secara khusus, faktor
protein pengikat H (fHbp) telah menjadi pusat perhatian besar tidak hanya untuk perannya dalam
patogenesis N. meningitidis 5 tetapi juga untuk perannya dalam imunisasi pada manusia 6. fHp saat ini
merupakan salah satu komponen dari vaksin yang baru disetujui terhadap vaksin meningokokus tipe B di
Inggris 7. Serogroup B sekarang menjadi penyebab paling umum dari penyakit terkait wabah, dan fakta
bahwa novel, multi komponen, vaksin Bexsero ™ berbasis protein ternyata 82,9% efektif setelah dua
dosis dalam mencegah penyakit serogroup B N. meningitidis pada bayi di Inggris yang lebih muda dari 12
bulan, mengubah janji menjadi usia 7 mengubah janji menjadi kenyataan. Namun, keberhasilan strategi,
seperti halnya semua vaksin, akan tergantung pada luasnya implementasi dan ketepatan patogen untuk
beradaptasi secara epidemiologis dengan tekanan evolusi yang diperkenalkan oleh kampanye vaksinasi.
Oleh karena itu, apa pun skenario yang paling optimis, penting untuk terus memantau, menginvestigasi,
dan mempertimbangkan semua strategi halus di luar kebiasaan aneh mikroorganisme "pintar" ini yang
menyamar sebagai komensal tetapi dengan izin untuk membunuh. Beberapa ilmuwan menyebut
peristiwa ini sebagai "letalitas yang tidak disengaja" atau "komensalisme patogen". Dalam komentar ini,
kita akan melalui langkah-langkah penting patogenesis N. meningitidis yang, berkat dukungan teknologi
"omics" dan model infeksi lanjut, telah sepenuhnya terurai dalam dekade terakhir.

Pengungkapan patogenesis Neisseria meningitides oleh "omics" dan model eksperimental

N. meningitidis biasanya berada di nasofaring manusia di mana ia menghabiskan sebagian besar

hidupnya sebagai mikroorganisme komensal dengan mengeksploitasi nutrisi yang ada pada mukosa 8, 9.
Terutama, Veyrier et al. 10 baru-baru ini mendalilkan bahwa evolusi bentuk sel N. meningitidis (dari
bacillus ke coccus) telah memungkinkan peningkatan adaptasi terhadap nasofaring dengan mengurangi
permukaan sel yang masuk akal untuk serangan kekebalan melalui modifikasi peptidoglikan dan dengan
mendistribusikan kembali penentu permukaan seperti pili 10. Langkah-langkah awal kolonisasi dan
patogenesis secara grafis dirangkum dalam Gambar 1, di mana penekanannya adalah pada faktor-faktor
yang telah diidentifikasi sejauh penting untuk N. meningitidis "tinggal" di host.

Gambar 1.

Gambar 1.

Dari kolonisasi hingga penyebaran: representasi grafis dari patogenesis Neisseria meningitidis.

Menyeberangi lapisan sel epitel nasofaring adalah peristiwa yang jarang terjadi, tetapi ketika terjadi,
mengarah pada invasi aliran darah, di mana bakteri mampu mengelak dari sistem kekebalan tubuh dan
mencapai meninge. Kemampuan N. meningitidis untuk mengikat ligan yang ada pada permukaan sel
inang memungkinkan bakteri untuk dengan mudah masuk dalam kontak dengan lapisan sel endotel
pembuluh otak dan membentuk mikrokoloni 11. Interaksi ini, dimediasi terutama oleh pili tipe IV. ,
memodulasi sitoskeleton endotel yang mengarah pada pembentukan struktur docking yang mirip
dengan yang ditimbulkan oleh leukosit selama ekstravasasi dan pembukaan konsekuen persimpangan
interseluler 12. Sterilitas cairan serebrospinal pada ruang subarachnoidal dan kadar protein serumnya
yang rendah tetapi kaya akan protein nutrisi (termasuk glukosa, natrium klorida, dan urea) sangat
mendukung replikasi N. meningitidis dan penyebarannya ke seluruh meninges 13. Fenomena lain yang
terkait dengan penyakit invasif N. meningitidis adalah sepsis umum, di mana bakteri yang terkait dengan
pembuluh mikro menginduksi trombosis luas. , koagulasi, kemacetan, dan kebocoran pembuluh darah,
menyebabkan nekrosis yang luas kulit dan jaringan di sekitarnya 14.

Banyak karakter yang memainkan peran penting dalam drama ini baru-baru ini diungkapkan oleh
penerapan teknologi "omics" ke sejumlah model eksperimental yang meniru langkah-langkah berbeda
dari patogenesis N. meningitidis. Genomik fungsional, dengan menghubungkan genotipe dengan fenotip,
telah memungkinkan studi tentang korelasi antara kelimpahan atau kekurangan transkrip gen dengan
kapasitas N. meningitidis untuk berperilaku di bawah berbagai kondisi fisiologis inang. Contoh pertama
genomik fungsional pada N. meningitidis dilaporkan oleh kelompok Tang hampir 20 tahun yang lalu 15.
Dengan mutagenesis (STM) genome-wide signature-tagged, 73 gen penting untuk bakterimia
diidentifikasi dalam model tikus bayi. Beberapa tahun kemudian, dengan munculnya teknologi
microarray, studi baru berfokus pada peristiwa transkripsi yang terjadi selama interaksi N. meningitidis
dengan sel inang 16-19. Kemudian genomik komparatif 20-23, in vitro 24, 25 dan ex vivo 26, 27
transkriptomik, proteomik 28, 29, dan selanjutnya STM 30, 31 melengkapi gambar.

Skenario yang diturunkan oleh studi-studi ini (secara intuitif direpresentasikan dalam Gambar 1)
menawarkan sejumlah pertimbangan. Seperti yang diharapkan, molekul-molekul adhesi (seperti pili tipe
IV) dan faktor-faktor resistensi serum (seperti lipooligosaccharide dan gen-gen yang terlibat dalam
sintesis kapsul asam polialialat) ternyata sangat penting untuk menjaga kebugaran bakteri dalam kondisi
stres atau hanya untuk mempertahankan status "penjajah" nya. Molekul-molekul ini, dengan merasakan
lingkungan eksternal, perlu merespons perubahan dengan cepat, apakah ini berarti kedekatan dengan
ligan sel inang, interaksi dengan faktor serum, atau ketersediaan nutrisi. Renovasi permukaan yang
substansial ini telah dieksploitasi untuk mengidentifikasi kandidat vaksin yang diduga, karena
penambahan ekspresi antigen permukaan dalam kondisi fisiologis telah dianggap sebagai faktor
pembeda untuk seleksi 16, 17, 19. Namun, dinamika yang berlangsung selama adaptasi N. meningitidis
terhadap inang jauh lebih kompleks dan penting untuk menjaga kebugaran bakteri. Memang, hasil yang
paling menarik yang dihasilkan dari studi genomik fungsional relatif terhadap modulasi gen yang terlibat
dalam fungsi pengaturan dan metabolisme. (Untuk tinjauan mendalam, lihat masing-masing 32 dan 33).
Bukan kebetulan bahwa genomik yang mengkode fungsi metabolik menunjukkan tingkat rekombinasi
yang tinggi 22, 23, sebuah fitur yang dimiliki bersama dengan gen yang berkontribusi terhadap
patogenisitas. Di sisi lain, 35 dari 73 gen yang dilaporkan oleh

Sun et al. sebagai "esensial" untuk encoding bakteremia in vivo untuk enzim yang terlibat dalam
metabolisme dan transportasi nutrisi 15. Kecenderungan ini semakin dikuatkan oleh data transkriptomi
ex vivo yang menunjukkan bahwa N. meningitidis yang ditumbuhkan dalam darah manusia secara
berbeda mengekspresikan beberapa gen yang terlibat dalam transportasi nutrisi dan metabolisme
sentral 26, 27. Secara keseluruhan, studi transkriptomik telah menyoroti bahwa perbedaan ekspresi gen
yang terlibat dalam metabolisme laktat, respons stres oksidatif, metabolisme glutathione, dan jalur
denitrifikasi adalah beberapa contoh respons adaptif yang paling sering selama patogenesis. Secara
khusus, kapasitas N. meningitidis untuk segera mengkatalisasi laktat telah dianggap mendasar untuk
kelangsungan hidup bakteri. Laktat secara luas hadir dalam tubuh manusia pada konsentrasi yang cukup
besar (sekitar 0,3 hingga 1,3 mM). Menjadi substrat untuk sintesis asam N-asetil-neuraminik melalui
enzim sintetik asam N-asetil-neuramin (NeuB), laktat berkontribusi terhadap peningkatan resistensi
serum 34-36 dan kolonisasi nasofaring 37, 38. Bukti bahwa, pada manusia darah, peradangan laktat
secara signifikan diregulasi 26 lebih lanjut menegaskan pentingnya gula ini dalam penghindaran
kekebalan tubuh. Namun, apakah perilaku fenotipik yang dilaporkan dapat bertindak sebagai paradigma
untuk N. meningitidis peningkatan kolonisasi nasofaring tidak jelas. Memang, peningkatan sintesis asam
sialat dengan meningkatkan kadar kapsul dan sialilasi lipopolisakarida dapat mengakibatkan gangguan
kemampuan untuk mengikat permukaan mukosa. Oleh karena itu, keseimbangan antara carriage dan
sikap invasif cukup diperdebatkan, dan lebih banyak data diperlukan untuk memahami kontribusi faktor
metabolisme dan virulensi terhadap patogenesis N. meningitidis. Keberhasilan evolusi N. meningitidis
bergantung pada replikasi yang efisien dalam aliran darah karena tidak hanya penyerapan nutrisi yang
efektif tetapi juga kemampuan yang bersamaan untuk menghindari pertahanan kekebalan tubuh bawaan
dan didapat dengan memanfaatkan manfaat dari dekorasi gula yang sesuai 39. Metabolisme besi juga
penting bagi kebugaran dan kemampuan N. meningitidis untuk mengungguli bakteri lingkungan dan
pertahanan inang. Meskipun besi sangat penting untuk replikasi DNA, transfer elektron dalam rantai
pernapasan, dan metabolisme oksidatif, besi bebas jarang tersedia di inang dan meningokokus memiliki
beberapa sistem penyerapan besi 40. Akuisisi besi dari kompleks inang dimediasi oleh reseptor yang
berlokasi di permukaan: dua reseptor hemoglobin (HmbR dan kompleks HpuAB heterodimerik) dan
TbpBA dan LbpBA masing-masing dilaporkan mengikat transferin dan laktoferin yang mengandung zat
besi. Namun, meskipun penggunaan zat besi sangat penting untuk penghindaran imun N. meningitidis,
HmbR baru-baru ini disarankan untuk tidak diperlukan selama tahap awal penyakit, mempertanyakan
pentingnya hemoglobin dalam patogenesis meningokokus 41. Analisis microarray tentang efek
penambahan besi pada Kultur N. meningitidis mengungkapkan modulasi besar gen yang terlibat dalam
metabolisme energi, sintesis protein, dan perakitan sel amplop 42. Peristiwa ini tampaknya sebagian
besar di bawah kendali regulator regulasi protein serapan (Fur) ferric yang, sebagai respons terhadap zat
besi, mempengaruhi ekspresi gen target 42- 44. Misalnya, karena permukaan mukosa kaya akan
laktoferin dan aliran darah mengandung jumlah hemoglobin yang tinggi, protein ini disarankan untuk
berfungsi sebagai indikator khusus untuk N. meningitidis, yang mengarah pada perubahan spesifik pada
gen. ekspresi 42, 45.

Kadar oksigen lingkungan merupakan peristiwa stres penting yang dihadapi oleh N. meningitidis selama
patogenesis. Analisis mendalam tentang pentingnya FNR (protein regulator fumarat dan nitrat
reduktase) dalam merasakan konsentrasi oksigen dilaporkan oleh Bartolini et al. 46, yang menguraikan
sejumlah jalur metabolisme yang dimodulasi dalam kondisi oksigen terbatas, seperti yang dihadapi
mikrosirkulasi otak.

Seperti yang disebutkan sebelumnya, fungsi pengaturan saat ini menjadi topik hangat dalam genomik
fungsional, terutama setelah penemuan RNA non-coding kecil (sRNA) 47, 48. Di N. meningitidis, banyak
hal penting telah diberikan kepada Hfq, sebuah RNA protein pengikat yang berkontribusi pada pasangan
basa antara sRNA dan mRNA 49, 50, ditemukan dimodulasi dalam darah 26 dan penting untuk resistensi
serum 15. Sejumlah studi transkriptomik dan proteomik mengkonfirmasi relevansi Hfq dalam respons
Neisseria terhadap kondisi stres 49, 51- 53 dan kapasitasnya untuk memodulasi sRNA 54. Yang penting,
Capel et al., Dengan mengeksploitasi strategi Tn-seq yang digabungkan dengan teknologi sekuensing
DNA throughput tinggi, melaporkan analisis komprehensif sRNA yang penting untuk menjajah sel epitel
dan sel endotel otak primer, menyediakan alat baru untuk menyelidiki lebih lanjut patogenesis
meningokokus di lingkungan yang berbeda 55.
Sayangnya, pemahaman kami tentang jalur yang diaktifkan oleh N. meninigitidis dalam menanggapi
perubahan lingkungan dibatasi oleh jumlah yang relevan dari kerangka pembacaan terbuka yang secara
fungsional tidak diketahui yang sering dilaporkan di antara target yang paling termodulasi. Untuk tujuan
ini, Exley et al. menemukan bahwa enam dari delapan mutan dilemahkan karena kapasitas mereka untuk
mematuhi eksplan nasofaring memiliki insersi transposon dalam gen fungsi yang tidak diketahui 30. Saat
ini, celah utama ini masih membuat seluruh gambar tidak lengkap. Penting untuk memperhatikan bahwa
banyak bukti yang dilaporkan tentang kontribusi "persenjataan" meningokokus terhadap adaptasi dan
virulensi diperoleh dengan menggunakan isolat laboratorium yang sering milik genotipe langka atau
tidak relevan dengan patogenesis N. meningitidis. Ini untuk menggarisbawahi bahwa kita mungkin masih
meremehkan dampak dari jalur “tersembunyi” yang relevan dengan garis keturunan yang sangat ganas
yang terkait dengan wabah.

Studi transkripsiomik dan mutagenesis in vitro terutama dilakukan dengan menginkubasi bakteri di
hadapan garis sel manusia yang diabadikan yang berasal dari jaringan epitel dan endotel. Meskipun
mereka telah menjadi upaya perintis yang luar biasa untuk menyerupai fisiologi manusia dari saluran
pernapasan bagian atas dan mikrosirkulasi, studi in vitro ini dibatasi oleh kekhususan peristiwa yang
dipicu oleh N. meningitidis in vivo. Studi terbaru tentang patogen mukosa telah mengungkapkan
kontribusi mendasar dari komponen mukosa dalam memicu sinyal ke jaringan inang. Namun demikian,
spesifisitas manusia dari bakteri ini membuat mempelajari patogenesis infeksi Neisseria in vivo sangat
sulit. Studi in vitro seminal ditandai dengan penggunaan garis sel yang berasal dari organ yang relevan
dengan penyakit meningokokus, seperti epitel pernapasan dan endotel otak 56-59. Meskipun hasil
penelitian ini sangat penting untuk pemahaman N. meningitidis patogenesis, mereka dibatasi oleh
kurangnya atribut lingkungan yang berkontribusi pada in vivo respon inang terhadap patogen. Model
eksperimental meningococcemia fulminan pada kulit manusia dicangkokkan tikus yang dikompromikan
dengan kekebalan baru-baru ini telah direkayasa 60, 61. Dalam kondisi ini, N. meningitidis mematuhi
pembuluh manusia yang ditanamkan, memicu kerusakan pembuluh darah yang luas, mirip dengan yang
diamati pada pasien 62. Kami berharap model seperti ini, bersama dengan peningkatan aksesibilitas ke
organoid dan organ bioprinted tiga dimensi (3D), akan dieksploitasi secara luas tidak hanya untuk
mengkonfirmasi pengetahuan terkini tentang patogenesis N. meningitidis tetapi juga untuk
mengungkapkan jalur tersembunyi yang penting untuk kebugaran bakteri dan yang dapat diurai hanya
dengan membuat ulang lingkungan fisiologis. Dalam konteks ini, Deosarkar et al. melaporkan penghalang
darah-otak neonatal neonatal in vitro yang dinamis pada sebuah chip yang meniru lingkungan mikro in
vivo 63. Di sisi lain, model untuk kulit, bronkus, pembuluh darah, dan sirkulasi mikro banyak direkayasa
untuk semua jenis aplikasi berbeda dari penelitian dasar untuk penemuan obat (diulas dengan baik
dalam 64). Oleh karena itu kami memperkirakan adaptasi model seluler 3D dalam sistem multi-organ
baru untuk mempelajari patogenesis N. meningitidis, seperti yang telah banyak dilakukan untuk organoid
usus dan lambung untuk mempelajari infeksi enterik dan Helicobacter pylori, masing-masing. Dalam
konteks ini, Marrazzo et al. 65 baru-baru ini membangun sistem 3D in vitro yang merekapitulasi mukosa
tracheo-bronkial manusia komprehensif dari epitel pseudostratifikasi dan jaringan stroma yang
mendasarinya. Model ini telah dieksploitasi untuk mempelajari peristiwa kolonisasi awal yang dipicu oleh
Haemophilus influenzae yang tidak dapat diketemukan tetapi dapat dengan mudah disesuaikan dengan
mikroorganisme lain yang menjajah nasofaring. Oleh karena itu, hanya dengan berasal dari bidang
kedokteran regeneratif, kami dapat menemukan pendekatan yang tepat untuk mengungkap jalur
pensinyalan yang tidak diketahui yang terjadi selama patogenesis N. meningitidis. Para peneliti yang
bekerja di bidang perkembangan kanker atau kerusakan lingkungan pada organ pernapasan
menghasilkan contoh canggih dari saluran udara manusia yang harus dipertimbangkan oleh para
ilmuwan di dunia penyakit menular. Tabel 1 adalah daftar model jaringan 3D yang sebagian besar telah
dikembangkan untuk mempelajari fisiologi organ tetapi dapat disesuaikan untuk melakukan studi
tentang strategi yang digunakan oleh N. meningitidis untuk beradaptasi, menjajah, dan menginduksi
penyakit pada manusia.