Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Akses Publik HHS

Naskah penulis
Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
Naskah Penulis

Diterbitkan dalam bentuk editan akhir sebagai:

Fisika Kimia Kimia Fisika. 7 April 2015; 17(13): 8407–8415. doi:10.1039/c4cp05304d.

Penentuan volume molar parsial dari teori gangguan

energi bebas†

Yunus Z. Vilseck,Julian Tirado-Rives, DanWilliam L.Jorgensen

Departemen Kimia, Universitas Yale, New Haven, Connecticut 06520-8107, AS
William L.Jorgensen: william.jorgensen@yale.edu

Abstrak
Naskah Penulis

Volume molar parsial merupakan sifat termodinamika penting yang memberikan wawasan tentang ukuran
molekul dan interaksi antarmolekul dalam larutan. Kerangka teori untuk menentukan volume molar parsial (V°)
molekul terlarut umumnya menerapkan Teori Partikel Berskala atau teori Kirkwood – Buff. Dengan kemampuan
saat ini untuk melakukan dinamika molekuler panjang dan simulasi Monte Carlo, metode yang lebih langsung
semakin populer, seperti komputasiV° secara langsung sebagai perbedaan volume yang dihitung dari dua
simulasi, satu dengan adanya zat terlarut dan yang lainnya tanpa zat terlarut. Secara termodinamika,V° juga
dapat ditentukan sebagai turunan tekanan energi bebas solvasi dalam batas pengenceran tak terhingga. Kedua
pendekatan tersebut dipertimbangkan di sini dengan menggunakan perhitungan perturbasi energi bebas (FEP)
untuk menghitung energi bebas solvasi yang diperlukan pada tekanan tinggi. Volume molar parsial absolut dan
relatif dihitung untuk turunan benzena dan benzena menggunakan medan gaya OPLS-AA. Rata-rata unsigned
error untuk semua molekul adalah 2,8 cm3mol−1. Metodologi yang ada saat ini harus dapat digunakan dalam
Naskah Penulis

banyak konteks seperti pengembangan dan pengujian medan gaya untuk digunakan dalam simulasi komputer
sistem organik dan biomolekuler, sebagai pelengkap studi eksperimental terkait, dan untuk mengembangkan
pemahaman yang lebih mendalam tentang interaksi zat terlarut-pelarut.

Perkenalan
Volume molar parsial suatu zat,VSaya, dalam suatu larutan tergantung pada suhu, tekanan, dan
konsentrasi semua komponen. Besaran yang sangat mendasar adalah volume molar parsial suatu
zat dalam pelarut murni dalam batas pengenceran tak terhingga,V°, yang mencerminkan
perubahan volume ketika satu molekul zat terlarut ditambahkan. Demikian pula energi bebas
solvasi suatu zat (ΔGmemecahkan) sesuai dengan perubahan energi bebas yang terkait dengan
Naskah Penulis

perpindahannya dari fase gas ke pelarut pada pengenceran tak terbatas. Kedua besaran tersebut
saling berkaitan melalui hubungan pokok, dG=VDP-SDT, sehingga pada suhu konstan, turunan
tekanan dari energi bebas solvasi adalah sama denganV° (persamaan (1)).1,2Dari sudut pandang
komputasi, seseorang kemudian dapat membayangkan komputasiV° melalui salah satu

†Informasi tambahan elektronik (ESI) tersedia: Tabel dan gambar tambahan telah disediakan yang berisi hasil termodinamika
terperinci untuk kepadatan cairan sebagai fungsi tekanan dan volume molar parsial (8 halaman). Lihat DOI: 10.1039/
c4cp05304d
Korespondensi ke: William L. Jorgensen,william.jorgensen@yale.edu .
 Vilseck dkk. Halaman 2
Naskah Penulis

(1)

perhitungan langsung perubahan volume cairan murni setelah penambahan zat terlarut atau
dengan menghitung energi bebas solvasi sebagai fungsi tekanan. Perhitungan langsung seperti
itu pertama kali dilakukan ketika simulasi mekanika statistik Monte Carlo dapat dilakukan dalam
ansambel NPT,misalnya, untuk metana dalam air dan ion natrium dan metoksida dalam metanol.3
Namun, mengingat sumber daya komputerca. 1980, yang dihitungVNilai ° tidak dapat
dikonvergensi secara memadai.

Situasinya telah berkembang, dan saat ini hasil yang tepat dapat diperoleh untuk kedua ΔG
memecahkanDanV°. Secara khusus, energi bebas hidrasi semakin banyak digunakan untuk
mengevaluasi kinerja medan gaya mekanik molekuler, seperti OPLS, AMBER, CHARMM, dan
Naskah Penulis

AMEOBA.4–14Studi sistematis solvasi molekul kecil dipandang sebagai pengujian penting untuk
parameter medan gaya sebelum digunakan dalam simulasi sistem biologis. Namun, perhitungan
volume molar parsial serta pengaruh tekanan dan suhu pada sifat larutan belum dimasukkan
secara teratur ke dalam parameterisasi medan gaya; melainkan kadang-kadang diselidiki setelah
parameterisasi selesai.15–20Laporan ini berfokus pada perhitungan volume molar parsial,V°, baik
dengan metode langsung maupun turunan (persamaan (1)) untuk menetapkan protokol optimal
dan menguji beberapa hasil untuk medan gaya OPLS-AA.4,5

Sebagai latar belakang tambahan, perlu dicatat bahwa kerangka teoritis yang telah digunakan untuk
menghitung volume molar parsial molekul kecil meliputi Scaled Particle Theory (SPT),21Teori Kirkwood –
Buff (KBT),22dan teknik yang lebih langsung.16,23–29Setiap metode memiliki kelebihannya masing-
masing.30SPT menghasilkan ekspresi kerja kavitasi pada bola keras dan fluida nyata,31dan KBT dapat
Naskah Penulis

menyelidiki lingkungan lokal di sekitar zat terlarut, memberikan wawasan tentang solvasi preferensial
dan interaksi zat terlarut-pelarut.32Namun, dengan kemajuan kemampuan komputasi, cara yang lebih
mudah untuk memperkirakan volume molar parsial menjadi populer. Floris pada tahun 2004 dan
Moghaddam dan Chan pada tahun 2007 menyelidiki kembali metode langsung (DM) dan menunjukkan
bahwa metode tersebut dapat digunakan untuk mendapatkan hasil yang dapat diandalkan untuk
rongga hardsphere di air.24,25Metode langsung menghitungV° sebagai selisih antara volume total N
pelarut ditambah satu molekul zat terlarut (A) dan volume total N molekul pelarut saja. Hal ini dapat
dilakukan dengan dua pendekatan. Pertama, posisi zat terlarut dapat ditetapkan (N, A) dan zat terlarutV°
dapat ditentukan dari persamaan (2). Tanda kurung〈V〉menunjukkan rata-rata total volume ansambel;
κTmewakili kompresibilitas isotermal yang dihitung dari cairan murni; dan suku terakhir pada
persamaan (2) menjelaskan kontribusi gerak translasi zat terlarut, yaitu sebesar 1,1 cm3mol−1dalam air
pada suhu 25°C.32,33Alternatifnya, zat terlarut dapat dibiarkan bebas berpindah dan berputar melalui
Naskah Penulis

pelarut (N + A) dan zat terlarutV° dapat ditentukan dari persamaan (3). Sejak tahun 2007, Weinberg dan
rekan kerja juga menerapkan metodologi serupa menggunakan dinamika molekuler untuk menganalisis
volume molar parsial zat terlarut hidrokarbon dalam berbagai pelarut dan volume aktivasi untuk tiga
reaksi.17,18Selain itu, Ashbaugh dan rekan kerjanya baru-baru ini menggunakan metode langsung
bersama dengan teknik lain untuk menghitungVnilai ° untuk rantai samping asam amino dan

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 3

volume miselisasi.16Yang lain telah menggunakan metode ini untuk mempelajari sifat
termodinamika protein kecil.26,29
Naskah Penulis

(2)

(3)

Kalau tidak,V° dapat ditentukan dengan menghitung energi bebas solvasi pada beberapa tekanan dan

mencocokkan data ke dalam sebuah garis (persamaan (1)). Dalam laporan ini, pendekatan ini disebut sebagai

metode kemiringanV° diberikan oleh kemiringan kecocokan linier. Meskipun sebagian besar volume molar

parsial eksperimental dapat ditentukanmelaluianalisis densitometri,34–37metode kemiringan telah diterapkan

secara eksperimental untuk mempelajari molekul yang sangat tidak larut dalam air.38
Naskah Penulis

Secara komputasi, pendekatan ini kurang dieksplorasi dibandingkan metode langsung. Moghaddam
dan Chan menyebutnya sebagai metode tidak langsung dan menggunakan penyisipan partikel untuk
menghitung energi bebas hidrasi metana sebagai fungsi tekanan, dan dengan demikian energi bebas
metana juga dihitung.V° melaluikemiringan kecocokan linier.24Mohori dan rekan kerjanya menerapkan
metode penyisipan partikel dan teori gangguan termodinamika dengan referensi bola keras untuk
menguji beberapa sifat termodinamika model air 3D-Mercedes-Benz, termasuk sifat turunan tekanan
dan suhu. Mereka mengamati hubungan “hampir linier” antara energi bebas transfer dan tekanan.15
Selain itu, Dahlgren dan rekan kerjanya telah menyelidiki beberapa sifat turunan Na+dan Kl-energi
bebas solvasimelalui integrasi termodinamika.39Namun, dalam kasus ini teori gangguan energi bebas
(FEP) didasarkan pada persamaan Zwanzig40diterapkan untuk menghitung energi bebas solvasi yang
diperlukan.
Naskah Penulis

Dengan teori FEP, perbedaan energi bebas antara keadaan awal dan akhir suatu sistem dihitung
sebagai rata-rata ansambel dari perbedaan energi potensial antara keadaan-keadaan tersebut,
yang diambil sampelnya pada keadaan awal (persamaan (4)). Dalam simulasi mekanika statistik
Monte Carlo (MC) atau dinamika molekuler (MD), teori FEP dapat diterapkan untuk mempelajari
kesetimbangan kimiamelalui siklus termodinamika (Skema 1).11,40–44Dengan cara ini, teori FEP
telah berhasil digunakan untuk menghitung energi bebas solvasi relatif atau absolut untuk
banyak molekul organik kecil.9–11,43Sehubungan dengan siklus termodinamika pada Skema 1,
energi solvasi relatif bebas (ΔΔGmemecahkan) antara dua molekul dapat dihitung dengan mengubah
molekul (A) menjadi molekul berbeda (B) dalam fasa gas dan larutan (persamaan (5)).11,40–44
Energi bebas solvasi absolut dihitung dengan cara yang sama, kecuali bahwa keadaan akhir dari
gangguan (B) adalah molekul “nol” atau tidak ada; dalam hal ini ΔGB= 0 dan persamaan (6)
berlaku. Perhitungan ini sering disebut sebagai pemusnahan molekuler dan secara efektif
Naskah Penulis

membuat molekul “menghilang” dari fase gas dan larutan dalam perhitungan terpisah.9Secara
komputasi, fase gas diperlakukan sebagai gas ideal pada suhu 25 °C dan tekanan 1 atm
menggunakan molekul tunggal secara terisolasi.

(4)

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 4

(5)
Naskah Penulis

(6)

Metode kemiringan dapat diterapkan dengan teori FEP untuk menentukan molar parsial suatu molekul

volume dengan menggabungkan persamaan (1) dan (6) dengan ΔGmemecahkan= ΔGAdan mencatat itu di dalam

fase gas ideal, sehingga menghasilkan persamaan (7). Secara operasional, seseorang perlu melakukan

pemusnahan zat terlarut dalam pelarut sebagai fungsi tekanan eksternal dalam ansambel NPT dan

menyesuaikan hasil energi bebas ke dalam suatu garis. Dengan cara yang sama, perbedaan volume molar

parsial (ΔV°) untuk dua zat terlarut A dan B dapat diperoleh dari perhitungan FEP relatif menggunakan

persamaan (1) dan (5).

Naskah Penulis

(7)

Dalam laporan ini, metode kemiringan digunakan untuk mengevaluasi ketepatan teori FEP untuk
menghitung volume molar parsial dalam simulasi fase kental pelarut eksplisit. Penelitian ini
menggunakan metodologi yang hampir sama dengan yang telah dilaporkan sebelumnya untuk
menghitung energi bebas hidrasi pada 25 °C,9–11,43hanya saja simulasi juga dijalankan pada beberapa
tekanan diatas 1 atm. Volume molar parsial dihitungmelaluiTeori FEP dibandingkan dengan hasil dari
metode langsung.

Detail komputasi
Naskah Penulis

Semua simulasi Monte Carlo dan perhitungan gangguan energi bebas dilakukan dengan program
BOSS menggunakan ansambel isotermal-isobarik pada suhu 25 °C.45Air direpresentasikan
menggunakan model air TIP4P.46Semua pelarut dan molekul zat terlarut lainnya diwakili dengan
medan gaya OPLS-AA.4,5,47,48Sebelum menghitung ΔGmemecahkannilai pada tekanan tinggi,
simulasi cairan murni air, karbon tetraklorida, dan pelarut benzena dilakukan untuk
menyeimbangkan semua kotak pelarut pada tekanan tinggi. Metode langsung dan perhitungan
FEP pun terjadi.

Simulasi cairan murni

Simulasi Metropolis MC49dilakukan pada peningkatan tekanan untuk air murni, karbon tetraklorida (CCl4), dan

benzena. Tekanan dalam air berkisar antara 1 hingga 8000 atm dengan kelipatan 1000 atm. Tekanan dalam
Naskah Penulis

karbon tetraklorida dan benzena dilakukan masing-masing hingga 1000 atm dan 650 atm, dengan penambahan

150–250 atm. Pengurangan tekanan untuk pelarut tidak berair digunakan agar sesuai dengan tekanan

pembekuan eksperimental. Pada suhu 25 °C, air membeku pada suhu 25 °Cca. 9500 atm;50–52CCl4membeku

pada 1314 atm;53dan benzena membeku pada 703–725 atm.53,54Batasan ini untuk CCl4dan benzena secara

umum telah diamati dengan baik dalam beberapa studi termofisika.55–58Kepadatan yang dihitung pada tekanan

tinggi menunjukkan kesesuaian yang sangat baik jika dibandingkan dengan eksperimen (Tabel S1–S3 dan

Gambar. S1–S3,

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 5

ESI†).50,55,56,59,60Dengan model TIP4P, persentase kesalahan maksimum adalah 1,6%; kepadatan air
Naskah Penulis

sedikit terlalu tinggi pada semua tekanan. Untuk karbon tetraklorida dan benzena, kepadatan yang
dihitung berada di bawah nilai eksperimen pada semua tekanan dan menunjukkan persentase
kesalahan maksimum masing-masing sebesar 4,3% dan 1,8%. Data ini menunjukkan bahwa model TIP4P
dan OPLS-AA cukup cocok untuk studi volumetrik pada tekanan tinggi.

Simulasi dilakukan dengan menggunakan sel kubik 267 atau 512 molekul pelarut dengan kondisi
batas periodik; kotak yang lebih besar digunakan untuk air TIP4P. Molekul pelarut bebas
diterjemahkan dan diputar, namun derajat kebebasan intramolekulnya tidak diambil sampelnya.
Upaya perubahan volume sistem secara otomatis disesuaikan oleh program untuk mencapai
tingkat penerimaan sebesarca. 40%, dan rentang penerjemahan dan rotasi ditetapkan untuk
menghasilkan tingkat penerimaan 40–50%. Jarak batas pelarut-pelarut 10 Å digunakan untuk air
dan CCl4, dan jarak potong 12 Å digunakan untuk benzena. Jarak potong non-ikatan didasarkan
pada pemisahan pusat massa atau jarak O–O untuk air dan mencakup penghalusan kuadrat ke nol
Naskah Penulis

pada 0,5 Å terakhir.4,9Untuk pelarut non-air, program BOSS secara otomatis menyertakan koreksi
energi untuk memperhitungkan interaksi Lennard-Jones jangka panjang yang diabaikan di luar
jarak batas.45Untuk memastikan konvergensi yang tepat pada tekanan yang lebih tinggi, semua
simulasi diseimbangkan untuk konfigurasi 100 juta (M), setelah itu rata-rata dilanjutkan untuk
konfigurasi 120 juta lainnya (100 M/120 M).61Simulasi air dan CCl4dimulai dari kotak pelarut yang
disimpan di BOSS; benzena rapi dihasilkan sebagai pelarut khusus. Kotak pelarut yang
disetimbangkan untuk setiap tekanan selanjutnya digunakan dalam perhitungan FEP.

Metode langsung

Karena kemudahan dan keberhasilan umum dalam memperkirakan volume molar parsial langsung dari
total volume simulasi,16–19,24,25,33metode langsung digunakan untuk menghitung volume molar parsial
Naskah Penulis

benzena dalam air, karbon tetraklorida, dan benzena. Untuk menguji konvergensi, perhitungan dilakukan
dengan menggunakan konfigurasi 20 M/20 M, 50 M/50 M, 100 M/100 M, 250 M/250 M, 500 M/500 M, 800
M/800 M dan 1000 M/1000 M. . Sel kubik 500 air, 264 CCl4, dan 266 molekul pelarut benzena digunakan
dengan kondisi batas periodik. Untuk simulasi yang melibatkan zat terlarut benzena, jarak batas antara
zat terlarut dan pelarut ditetapkan sebesar 10 Å dan penghalusan kuadrat dilakukan pada 0,5 Å terakhir
dari batas tersebut. Perpindahan zat terlarut dicoba setiap 100 langkah dan translasi zat terlarut serta
rentang rotasi diatur ke ±0,06 Å dan ±6,0°. Derajat kebebasan internal zat terlarut diambil sampelnya
sepenuhnya. Semua kondisi simulasi lainnya identik dengan yang digunakan dalam simulasi cairan
murni, kecuali simulasi ini dilakukan hanya pada 1 atm. Untuk setiap pelarut, tiga perhitungan dilakukan:
pelarut tanpa zat terlarut (VN), pelarut dengan zat terlarut dengan posisi tetap (VTIDAK, SEBUAH), dan
pelarut dengan zat terlarut yang tidak terkendali (VTIDAK + A), sesuai dengan persamaan (2) dan (3).24
Ketidakpastian statistik (±1σ) dihitung dari prosedur rata-rata batch menggunakan ukuran batch
Naskah Penulis

konfigurasi 1–5 M.11,62

†Informasi tambahan elektronik (ESI) tersedia: Tabel dan gambar tambahan telah disediakan yang berisi hasil termodinamika
terperinci untuk kepadatan cairan sebagai fungsi tekanan dan volume molar parsial (8 halaman). Lihat DOI: 10.1039/
c4cp05304d

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 6

Monte Carlo/gangguan energi bebas

Naskah Penulis

Energi hidrasi bebas relatif dan absolut dihitung dengan program BOSS menggunakan
perhitungan MC/FEP, seperti dijelaskan sebelumnya.9–11,42,43Transformasi alkimia dilakukan
dalam gas dan larutan sesuai dengan siklus termodinamika pada Skema 1 untuk menghitung
energi bebas relatif atau absolut. Pertama, Δ absolutGmemecahkannilai air, CCl4, dan benzena
dihitung dalam cairan masing-masingmelaluipemusnahan total. ΔGmemecahkan
nilai benzena dalam air dan karbon tetraklorida juga ditentukan dengan cara yang sama. Kedua, nilai
relatif, ΔΔGmemecahkan, dihitung dengan mengubah turunan benzena secara kimia menjadi benzena
dalam fase gas dan air. Ketergantungan tekanan ΔGmemecahkanatau ΔΔGmemecahkankemudian dianalisis
untuk memperoleh volume molar parsial semua zat terlarut.

Mutlak ΔGmemecahkannilai ditentukan dalam tiga pelarut pada semua tekanan seperti yang dijelaskan
pada bagian cairan murni di atas. Benzena dipilih untuk dipelajari dalam ketiga pelarut karena sifat
hidrofobiknya, ketersediaan data eksperimen,34,35,38,63–65dan dimasukkan dalam penelitian sebelumnya.
Naskah Penulis

11,17,18,38,48,66–68Air dan CCl4juga diperiksa dalam cairan murninya untuk membantu memvalidasi
metodologi. Untuk memusnahkan suatu molekul, semua interaksi antarmolekul medan gaya untuk zat
terlarut harus berskala nol. Hal ini paling baik dilakukan dalam dua langkah terpisah. Pertama, semua
muatan atom parsial diperkecil menjadi nol untuk menghilangkan kontribusi elektrostatis. Kedua, dalam
perhitungan terpisah, semua parameter Lennard-Jones diskalakan ke nol sekaligus menyusutkan
molekulnya. Pada langkah kedua, penyusutan zat terlarut dilakukan selama simulasi dengan mengubah
semua jenis atom ke sp yang diidealkan.2
atau sp3atom tiruan dengan panjang ikatan kesetimbangan 0,3 Å. Setiap langkah pemusnahan dilakukan
dengan menggunakan dua puluh satuλjendela pengambilan sampel tumpang tindih sederhana (21-SOS)
11,69dengan konfigurasi 8 M/8 M pada fasa gas dan konfigurasi 30 M/75 M pada larutan.9Untuk
menghindari masalah titik akhir di jendela terakhir, pengambilan sampel SOS dilakukan hinggaλ= 0,99
dan sampel lebar ganda (DWS) digunakan untuk menyelesaikan transformasi (λ=0,99→1,00).
Naskah Penulis

Ketidakpastian statistik (±1σ) dihitung menggunakan ukuran batch konfigurasi 1 M.11,62

Untuk Δ yang dihitung secara individualGmemecahkannilai, ketidakpastian maksimum di bawah 0,25 kkal mol−1,

yang sebanding dengan ketidakpastian eksperimen tipikal sebesar 0,3 kkal mol−1dekat dengan kondisi sekitar.

70,71

Untuk setiap ΔGmemecahkan, satu molekul zat terlarut ditempatkan dalam kotak berisi 500 air, 264 CCl4, atau

266 molekul pelarut benzena untuk memungkinkan perbandingan yang konsisten dengan hasil yang diperoleh

dari metode langsung. Kotak pelarut yang disetimbangkan dari simulasi cairan murni di atas memberikan

koordinat pelarut awal. Semua kondisi simulasi pelarut dan zat terlarut mencerminkan kondisi yang dijelaskan

di atas pada bagian Metode cair murni dan langsung. Sekali lagi, semua derajat kebebasan internal zat terlarut

diambil sampelnya sepenuhnya, dan semua molekul pelarut kaku secara internal. Setelah energi solvasi bebas

mutlak diperoleh untuk semua zat terlarut pada semua tekanan,V° ditentukan dari kemiringan garis yang
Naskah Penulis

paling sesuai (persamaan (1)). Satuan kkal mol−1atm diubah menjadi cm3mol−1, satuan percobaan normal.

Relatif ΔΔGmemecahkanuntuk beberapa turunan benzena dihitung dalam air hingga 4000 atm
dengan kelipatan 500 atm. Perhitungan ini menggunakan pengambilan sampel 21-SOS tanpa
modifikasi titik akhir dan konfigurasi 8 M/8 M dalam fasa gas dan konfigurasi 15 M/30 M dalam
larutan. Pemisahan gangguan elektrostatik dan Lennard-Jones tidak diperlukan. Semua

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 7

detail simulasi lainnya identik seperti dijelaskan di atas. Kecocokan data linier digunakan untuk
menentukan ΔV° untuk gangguan.
Naskah Penulis

Hasil
Perbandingan metode langsung

Dalam karya ini, benzena dimodelkan dalam tiga pelarut dan total volume rata-rata dari simulasi
digunakan pada persamaan (2) dan (3). Karena volume total berfluktuasi selama simulasi dan
perbedaan antara dua angka besar diambil, ketidakpastian standar yang tinggi diperkirakan akan
terjadi, jika pengambilan sampel statistik yang memadai tidak dilakukan.3Konvergensi hasil
diselidiki dengan meningkatkan panjang MC seperti yang dirangkum dalam Tabel 1.

Untuk memperoleh sifat konvergen seperti massa jenis dan panas penguapan suatu cairan
Naskah Penulis

murni melaluiMetode MC, konfigurasi 20 M/20 M umumnya dianggap cukup untuk simulasi
dijalankan pada 1 atm.4,72Namun, ketidakpastian untukV° terlihat 20–40 cm3
mol−1dengan pengambilan sampel ini. Meningkatkan pengambilan sampel hingga 1 miliar konfigurasi
(1000 M) tampaknya diperlukan untuk mengurangi ketidakpastian hingga beberapa cm3mol−1. Bahkan
antara konfigurasi 500 M dan 800 M, hasil persamaan (3) berubah sebesar 15,3 cm3mol−1dalam air, 14,9
cm3mol−1di CCl4, dan 25,2cm3mol−1dalam benzena. Tidak ada perbedaan mencolok dalam konvergensi
menggunakan persamaan (2) atau (3), meskipun secara umum memungkinkan zat terlarut untuk
menerjemahkan dan memutar dalam simulasi MC bermanfaat untuk konvergensi sifat zat terlarut-pelarut
seperti fungsi distribusi radial. Secara keseluruhan, hasil penelitian menunjukkan bahwa setidaknya
konfigurasi 1000 M harus digunakan dengan ukuran sistem saat ini untuk menentukan volume molar
parsial.melaluimetode langsung. Ketidakpastian statistik ±6 cm3mol−1disarankan oleh hasil pada Tabel 1
sepanjang ini. Hasil untukV° juga mempunyai akurasi yang baik dengan selisih rata-rata 3 cm3mol−1
Naskah Penulis

dengan data eksperimen, yang konsisten dengan kesalahan kecil (ca. 2%) yang biasanya diperoleh untuk
cairan murni dengan medan gaya OPLS-AA.4
Simulasi yang lebih panjang tidak dilakukan di sini. Dalam penelitian yang dilakukan oleh pihak lain, hingga 10

miliar konfigurasi MC telah digunakan untuk rata-rata,3,24sementara simulasi MD 40–500 ns telah digunakan

untuk menghitungVnilai °.16–18Dalam kedua kasus tersebut, ketidakpastian statistik tetap mendekati 3 cm3mol

−1. Untuk membandingkan hasil metode langsung dengan hasil perhitungan MC/FEP, berikut iniVNilai ° yang
dihitung dengan konfigurasi 1000 M akan digunakan.

Energi solvasi bebas mutlak

Energi solvasi bebas mutlak ditentukan untuk air dalam air, CCl4di CCl4, dan benzena dalam tiga
pelarut sebagai fungsi tekanan (Tabel 2). Energi bebas hidrasi yang dihitung pada 1 atm
menunjukkan kesalahan 0,2–1,6 kkal mol−1. Kesalahan ini konsisten dengan hasil sebelumnya
Naskah Penulis

mengenai medan gaya OPLS, meskipun kesalahan untuk benzena dalam air agak lebih tinggi
daripada yang dilaporkan sebelumnya.10,14Untuk simulasi ini, koreksi jangka panjang Lennard-
Jones untuk benzena dalam air berjumlah 0,59 kkal mol−1.41,73Koreksi ini akan menurunkan energi
bebas hidrasi benzena menjadi 0,16 kkal mol−1, yang secara statistik sesuai dengan perhitungan
sebelumnya. Sayangnya, hanya sedikit energi bebas solvasi eksperimental yang tersedia pada
tekanan tinggi. Hasil air dalam air dan benzena dalam air juga diplot pada Gambar 1. Tidak ada
kelengkungan yang jelas, yang berarti bahwaV° relatif

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 8

konstan pada rentang tekanan ini (persamaan (1)). Dengan asumsi keteguhan ini, perkiraan energi bebas solvasi
Naskah Penulis

eksperimental pada tekanan tinggi kemudian dapat dibuat dari energi solvasi yang diamati.V° dan ΔGmemecahkanpada 1

atm. Tabel S4 (ESI†) mencantumkan hasil perkiraan untuk ΔGmemecahkanuntuk semua zat terlarut dan pelarut yang ada

pada tekanan tinggi. Kesalahan yang tidak ditandatangani antara Δ yang dihitung dan yang diperkirakan eksperimental

Gmemecahkannilai-nilai dipertahankan dengan baik seiring dengan meningkatnya tekanan.

Volume molar parsial

Hubungan antara energi bebas dan tekanan diperkirakan menyimpang dari linearitas pada
tekanan tinggi, terutama pada pelarut organik yang lebih dapat dikompresi dibandingkan air.
Namun, pengaruhnya tidak terlihat jelas pada hasil saat ini (Gbr. 1), dan data dapat dimodelkan
dengan baik menggunakan persamaan linier (R2> 4 0,90). Pencocokan kuadrat data (Tabel 2), yang
memperhitungkan kompresibilitas pelarut, juga dilakukan. Namun, estimasi kesalahan yang tinggi
diamati untuk koefisien kuadrat. Besarnya ketidakpastian yang diprediksi umumnya lebih besar
Naskah Penulis

atau sama dengan nilai intrinsik koefisien, yang menunjukkan bahwa parameter ini tidak
dijelaskan dengan baik oleh data.74Kesulitan serupa telah dijelaskan sebelumnya.39Jadi kecocokan
linier dipilih untuk analisis data; hasil lerengV°. Analisis ini mirip dengan analisis yang dilakukan
untuk reaksi pada tekanan tinggi, dimana perubahan volume berhubungan dengan volume
aktivasi.2,75,76Dalam menghitung volume aktivasi, Eckbert menyarankan penggunaan data di
bawah batas kompresi pelarut 10%.75Untuk air TIP4P, kompresi 10% dicapai sekitar 4000 atm, dan
dengan demikian kesesuaian linier dapat ditentukanV° dalam air dibatasi pada data dalam kisaran
1–4000 atm. Kisaran tekanan lebih kecil untuk karbon tetraklorida dan benzena dengan kompresi
kurang dari 10%, sehingga semua data yang dihitung digunakan.

Karena pemusnahan molekuler memisahkan interaksi elektrostatik dan van der Waals dari zat terlarut
dalam dua perhitungan terpisah, efek tekanan pada kedua komponen diperoleh. Menggunakan benzena
Naskah Penulis

dalam air sebagai contoh, Gambar S4 (ESI†) menunjukkan bahwa peningkatan linier ΔGmemecahkan
didominasi oleh komponen van der Waals (Lennard-Jones), sedangkan perubahan energi bebas untuk
menetralkan semua atom zat terlarut pada dasarnya konstan pada −1,9 kkal mol−1(Tabel S5, ESI†). Jadi,
yang dihitungVNilai ° sangat bergantung pada parameter Lennard-Jones yang digunakan untuk
memodelkan zat terlarut dan peningkatan linier ΔGmemecahkandengan tekanan adalah efek volume.
Menjadi semakin sulit untuk membuat rongga bagi zat terlarut dengan meningkatnya tekanan.

Untuk menyelidiki ketepatan perolehanV° dari metode kemiringan, molekul tunggal

pertama kali dimusnahkan dalam cairan murninya.VNilai ° ditentukan dari kemiringan data
pada Tabel 2 dan dibandingkan dengan volume molar molekul pelarut tunggal dari masing-
masing simulasi cairan murni (Tabel 3). Volume molar molekul pelarut tunggal dari simulasi
Naskah Penulis

cairan murni ditentukan dengan membagi rata-rata volume total kotak pelarut murni
dengan jumlah molekul pelarut dalam kotak (Vtotal/N).V° harus sama Vtotal/N dalam
ketidakpastian statistik. Untuk air TIP4P dan CCl4,V° adalahca. 1,5 cm3
mol−1kurang dariVtotal/N. Ketidakpastian untukV° dapat diperkirakan dari kesalahan standar
estimasi yang diperoleh dari linear fit.74UntukV° ditentukan dalam pelarut air atau karbon
tetraklorida, estimasi ketidakpastiannya adalahca. 1,8 cm3mol−1; untuk benzena dalam benzena
ketidakpastiannya meningkat menjadi 8,0 cm3mol−1. Jadi, kesepakatan antara yang dihitung

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 9

V° danVtotalNilai /N masuk akal, dan ketidakpastian statistik serupa dengan hasil metode langsung
Naskah Penulis

terpanjang pada Tabel 1. Hal ini juga menggembirakan bahwa perhitunganVNilai ° untuk benzena dalam
air (79,0), benzena (84,8), dan karbon tetraklorida (86,1) berada dalam urutan yang sama seperti yang
diamati secara eksperimental; nilai yang dihitung seragam 4–5 cm3mol−1
terlalu rendah. ItuVNilai ° untuk karbon tetraklorida dan benzena dalam karbon tetraklorida juga berada pada

urutan yang benar. Mengingat ketidakpastian statistik, hal ini mungkin hanya terjadi secara kebetulan, meskipun

hal ini mendorong studi lebih lanjut dan penerapan metode kemiringan. Demikian pula, jika seseorang merata-

ratakan hasil perhitungan langsung 1000 M/1000 M, maka perhitunganVNilai ° benzena dalam air, benzena, dan

karbon tetraklorida adalah 84,5, 89,0, dan 88,1 cm3mol−1, yang urutan dua nilai terakhirnya dialihkan. Dalam

kedua kasus tersebut, prediksi kualitatif yang penting adalah benar,yaitu, bahwa volume molar parsial benzena

dalam air lebih kecil dibandingkan pelarut lainnya. Hal ini dapat diartikan sebagai mencerminkan efek hidrofobik

yang bertujuan untuk mengurangi luas permukaan molekul air yang bersentuhan dengan benzena dan/atau

efek ukuran pelarut dimana molekul yang lebih kecil dapat membentuk susunan yang lebih kompak pada suatu

benda dibandingkan molekul yang lebih besar, seperti kacang polong.vs. jeruk.
Naskah Penulis

Volume molar parsial relatif

Selain menghitung volume molar parsial dengan memusnahkan seluruh molekul dalam larutan, perhitungan FEP

relatif memberikan cara untuk memperkirakan perbedaan volume molar parsial (ΔV°). Dengan menghitung ΔΔG

memecahkanpada peningkatan tekanan, ΔV° dapat diperkirakan dari kemiringan kecocokan. Hal ini diilustrasikan

di sini untuk turunan benzena dalam air. Seperti ditunjukkan pada Tabel 4, energi bebas relatif hidrasi yang

dihitung untuk turunan benzena pada 1 atm dengan medan gaya OPLS-AA sangat sesuai dengan hasil

eksperimen.11,70Rata-rata kesalahan yang tidak ditandatangani adalah 0,44 kkal mol−1, dan kesalahan terbesar

(1,08 kkal mol−1) adalah untuk nitrobenzena relatif terhadap benzena. Dihitung ΔΔGhidnilai kemudian diperoleh

pada peningkatan tekanan hingga 4000 atm, seperti yang dilaporkan pada Tabel S6 (ESI†).
Naskah Penulis

Resultannya menghitung ΔVNilai ° juga sesuai dengan eksperimen (Tabel 4). Rata-rata kesalahan yang
tidak ditandatangani adalah 2,7 cm3mol−1, dan ketidakpastian statistiknya adalah 1,0–2,0 cm3
mol−1. Dalam semua kasus,R2nilai kecocokan linier berada di atas 0,84, dengan setengahnya lebih
besar dari 0,95. Kecocokan linier untuk fenol dan anilin milikiR2nilai kurang dari 0,50 dan dibahas di
bawah. Eksperimental ΔVNilai ° berasal dariV° benzena dalam air ditentukan oleh Masterson34dan
nilai turunan benzena dari Shahidi.65Meskipun Shahidi melaporkanV° benzena sebanyak 81,3 cm3
mol−1,65berbagai sumber literatur menyatakan bahwa hal ini mendekati nilai yang dilaporkan oleh
Masterson;35,38,66,77jadi 83,1 cm3mol−1digunakan untukV° benzena dalam air.

Perhitungan yang paling sesuai dengan eksperimen umumnya melibatkan munculnya atau
Naskah Penulis

hilangnya gugus metil. Misalnya, ΔV° hasil perubahan toluena menjadi benzena, anisol menjadi
fenol,N-metilanilin menjadi anilin, danN,N-dimetilanilin keN- metilanilin semuanya menunjukkan
kesalahan 1,4 cm3mol−1atau kurang. Kesalahan agak lebih tinggi untuk seri benzamida.
MenggangguN,N-dimetilbenzamid menjadiN-metilbenzamid atauN- metilbenzamid menjadi
benzamida memberikan kesalahan 3,0–4,0 cm3mol−1. Untuk kedua kasus tersebut, tidak ada
perbedaan yang signifikan dalam parameter Lennard-Jones antara molekul awal dan akhir,
selain CH3untuk mutasi H, dan semua datanya cocok dengan model linier

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 10

(R2> 0,930). Untuk semua H sampai CH3konversi, rata-rata ΔV° untuk metilasi adalah 17,7 cm3
mol−1, yang sangat sesuai dengan eksperimen, 17,3 cm3mol−1.65
Naskah Penulis

Hasil perhitungan lain yang menunjukkan kesesuaian yang erat dengan eksperimen mencakup anisole menjadi

fenol dan anisole menjadi benzena dengan kesalahan sebesarca. 0,5 cm3mol−1, dan benzaldehida menjadi

benzena, dengan kesalahan 0,7 cm3mol−1. Untuk asetofenon menjadi benzena dan nitrobenzena menjadi

benzena, transformasi yang lebih besar yang secara bersamaan memutasi tiga atom non-hidrogen,

kesalahannya adalah 3,9 dan 1,1 cm3mol−1, masing-masing. Secara keseluruhan hasil ini menunjukkan bahwa

perhitungan MC/FEP kuat untuk menentukan ΔV°, bahkan ketika beberapa atom non-hidrogen bermutasi secara

bersamaan.

Kekhasan data saat ini adalah hasil fenol dan anilin (Tabel 4). Meskipun kesalahan fenol
terhadap benzena hanya 0,2 cm3mol−1, kesalahan anilin terhadap benzena adalah 8,0 cm3
mol−1. Sejumlah besar penyebaran terdapat dalam data, sebagaimana ditunjukkan oleh koefisien korelasi yang
Naskah Penulis

rendah untuk kesesuaian linier dari hasil tekanan (R2<0,50). Transformasi tersebut mempunyai dampak besar

pada interaksi zat terlarut-air karena gugus ikatan hidrogen yang kuat telah dihilangkan sepenuhnya.

Konvergensi untuk struktur pelarut dan ΔV° diperkirakan akan lebih sulit dalam kasus seperti ini. Jadi, ada

kemungkinan bahwa kesalahan kecil antara fenol dan benzena hanya terjadi secara kebetulan. Khususnya, ketika

bersifat absolutV° untuk fenol dalam air ditentukanmelaluipemusnahan molekuler, mirip dengan benzena di

atas, aV° sebesar 78,3 cm3mol−1diperoleh (R2= 0,996). Dari fenol dan benzena dihitung secara independenVnilai
°, ΔV° untuk fenol menjadi benzena maka +0,7 cm3mol−1, yang memberikan kesalahan 2,5 cm3mol−1. Ini

kemungkinan merupakan perkiraan kesalahan yang lebih baik karena kesesuaian linier yang lebih baik dalam

penghitungan absolut. Untuk mendapatkan hasil yang lebih tepat jika terjadi perubahan besar pada ikatan

hidrogen, disarankan untuk melakukan proses yang lebih lama atau melakukan gangguan dalam langkah yang

lebih kecil,misalnya, OH ke F ke H.
Naskah Penulis

Kesimpulan
Hasil yang disajikan di sini menunjukkan bahwa perkiraan volume molar parsial suatu molekul dapat
diperoleh dengan mudah menggunakan simulasi MC dan metode langsung (persamaan (2) dan (3)) atau
metode kemiringan (persamaan (1)) hingga presisi sebesar a beberapa cm3mol−1. Perhitungan metode
langsung lebih mudah dan hanya memerlukan satu simulasi per zat terlarut setelah volume sistem
pelarut ditentukan. Perhitungan dilakukan pada prosesor Intel Core2 3,3 GHz dengan program BOSS
yang diperlukanca. 7,5 jam untuk konfigurasi rata-rata 1000 M. Konfigurasi keseimbangan tambahan
1000 M yang digunakan terlalu berlebihan; ca. 200 juta sudah cukup. Jadi, dengan menggunakan 4
prosesor yang dijalankan secara independen, seseorang dapat memperoleh hasil untuk konfigurasi 4000
M dengan rata-rata dalam waktu sekitar 8 jam atau 12 miliar konfigurasi dalam sehari. Penting untuk
dicatat bahwa untuk perhitungan paling awal jenis ini, hanya konfigurasi rata-rata 0,7 M dan 2 M yang
Naskah Penulis

dieksekusi untuk sistem dengan 100 atau 127 molekul pelarut.3

Untuk menentukanV° untuk zat terlarut tunggal dengan metode kemiringan, protokol saat ini menggunakan

setidaknya dua belas perhitungan: dua perhitungan fase gas pada 1 atm, dan dua perhitungan fase kental

untuk masing-masing lima kenaikan tekanan. Pada prosesor Intel yang sama, satu jendela FEP untuk fase cair

membutuhkan waktu sekitar 70 menit; dan, pemusnahan penuh 21-SOS

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 11

memerlukanca. 30,2 jam ketika semua jendela dijalankan secara berurutan pada satu prosesor. Jadi, pada satu
Naskah Penulis

prosesor, penghitungan kemiringan saat ini memerlukan waktu sekitar 12 hari per molekul,yaitu, 30–40 kali lebih

lama dibandingkan penghitungan langsung untuk presisi serupa. Hal ini dapat dipercepat dengan hanya

menggunakan tiga tekanan, bukan lima tekanan, dan penghitungan FEP dapat diparalelkan dengan mudah

dengan menjalankan jendela berbeda pada prosesor berbeda. Namun, metode kemiringan ini kompetitif untuk

menghitung perbedaanVnilai ° sejak pemusnahan total digantikan oleh gangguan kecil. Hal ini diilustrasikan

untuk benzena tersubstitusi dimana kesalahan yang tidak ditandatangani dibandingkan dengan data

eksperimen rata-rata hanya 2,7 cm3mol−1. Mengingat jangka waktu yang lebih pendek dan kurangnya

decoupling elektrostatis, perhitungan FEP relatif hanya memerlukan sekitar 35 menit per jendela FEP atauca. 10

jam untuk perhitungan lengkap. Jika tiga tekanan digunakan, total waktu perhitungan akan menjadi 30 jam,

yang mungkin lebih singkat dibandingkan perhitungan langsung yang diperlukan untuk menghasilkan tingkat

presisi yang sama untuk perbedaan tekanan.Vnilai ° untuk kedua molekul. Secara operasional, mudah untuk

memparalelkan kedua jenis penghitungan, sehingga banyak molekul dapat diproses dalam satu hari dengan

sumber daya yang wajar.

Naskah Penulis

Mengenai akurasi, hasil ini mendukung kualitas model TIP4P dan OPLS-AA untuk masalah yang berkaitan
dengan kepadatan cairan. Untuk benzena dalam ketiga pelarut, rata-rata kesalahannya adalahV° dari
perhitungan langsung adalah 3,0% (Tabel 1) dan 5,0% untuk perhitungan kemiringan (Tabel 3), yang
serupa dengan ketidakpastian statistik pada hasil. Perhitungan lebih lanjut dari volume molar parsial
harus digunakan dalam pengembangan medan gaya dan dalam mengembangkan pemahaman yang
lebih baik tentang interaksi zat terlarut-pelarut.

Materi tambahan
Lihat versi Web di PubMed Central untuk materi tambahan.
Naskah Penulis

Ucapan Terima Kasih

Terima kasih disampaikan kepada National Institutes of Health (GM32136) atas dukungannya terhadap pekerjaan ini, dan kepada Daniel J.
Cole, John C. Faver, dan Michael J. Robertson atas diskusi yang bermanfaat.

Referensi
1.Moore, WJ. Kimia Fisika. ke-3. Prentice-Hall Inc; Englewood Cliffs, New Jersey: 1962. hal.
84-89.
2. Ashbaugh HS, TruskettTM. J Kimia Fisika. 2011; 134:014507. [PubMed: 21219007]
3. (a) Owicki JC, Scheraga HA. J Am Kimia Soc. 1977; 99:7413–7418.(b) Jorgensen WL, Bigot B,
Chandrasekhar J.J Am Chem Soc. 1982; 104:4584–4591.
4. Jorgensen WL, Maxwell DS, Tirado-Rives J.J Am Chem Soc. 1996; 118:11225–11236.
5. Jorgensen WL, Tirado-Rives J. Proc Natl Acad Sci US A. 2005; 102:6665–6670. [PubMed:
Naskah Penulis

15870211]
6. Wang J, Wolf RM, Caldwell JW, Kollman PA, Kasus DA. J Komputasi Kimia. 2004; 25:1157–1174.
[PubMed: 15116359]
7. (a) Vanommeslaeghe K, Hatcher E, Acharya C, Kundu S, Zhong S, Shim J, Darian E, Guvench O,
Lopes P, Vorobyov I, Mackerell AD Jr. 2010; 31:671–690. [PubMed: 19575467] (b) Momany FA,
Rone R.J Comput Chem. 1992; 13:888–900.

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 12

8. Renungkan JW, Wu C, Ren P, Pande VS, Chodera JD, Schnieders MJ, Haque I, Mobley DL, Lambrecht DS,
DiStasio RA, Head-Gordon M, Clark GNI, Johnson ME, Head-Gordon T. J Phys Kimia B.2010; 114:2549–
Naskah Penulis

2564. [PubMed: 20136072]

9. Vilseck JZ, Tirado-Rives J, Jorgensen WL. Komputasi Teori Kimia J. 2014; 10:2802–2812. [PubMed:
25061445]
10. (a) Udier-Blagovic M, Morales De Tirado P, Pearlman SA, Jorgensen WL. J Komputasi Kimia. 2004;
108:16264–16270.(b) Jorgensen WL, Ulmschneider JP, Tirado-Rives J.J Phys Chem B. 2004; 108:16264–
16270.(c) Kaminski G, Jorgensen WL. J Fisika Kimia B. 1998; 102:1787–1796.(d)
Carlson HA, Nguyen TB, Orozco M, Jorgensen WL. J Komputasi Kimia. 1993; 14:1240–1249.(e)
Vilseck JZ, Sambasivarao SV, Acevedo O.J Comput Chem. 2011; 32:2836–2842. [PubMed:
21732390]
11.Jorgensen WL, Thomas LL. Komputasi Teori Kimia J. 2008; 4:869–876. [PubMed: 19936324]
12. (a) Mobley DL, Bayly CI, Cooper MD, Dill KA. J Fisika Kimia B. 2009; 113:4533–4537. [PubMed:
19271713] (b) Mobley DL, Bayly CI, Cooper MD, Kemeja MR, Dill DA. Komputasi Teori Kimia J.
2009; 5:350–358. [PubMed: 20150953] (c) Mobley DL, Dumont E, Chodera JD, Dill KA. J Fisika
Kimia B. 2007; 111:2242–2254. [PubMed: 17291029] (d) Mobley DL, Dumont E, Chodera JD,
Dill KA. J Fisika Kimia B. 2011; 115:1329–1332.(e) Mobley DL, Guthrie JP. J Comput – Dibantu Mol
Naskah Penulis

Des. 2014; 28:711–720. [PubMed: 24928188]

13. (a) Baju MR, Pitera JW, Swope WC, Pande VS. J Kimia Fisika. 2003; 119:5740–5761.(b) Baju MR,
Pande VS. J Kimia Fisika. 2005; 122:134508. [PubMed: 15847482]
14. (a) Shivakumar D, Deng Y, Roux B.J Teori Kimia Komputasi. 2009; 5:919–930. [PubMed: 26609601] (b)
Shivakumar D, Williams J, Wu Y, Damm W, Shelley J, Sherman W.J Teori Kimia Komputasi. 2010;
6:1509–1519. [PubMed: 26615687] (c) Shivakumar D, Harder E, Damm W, Friesner RA, Sherman W.J
Chem Theory Comput. 2012; 8:2553–2558. [PubMed: 26592101]
15. Mohori T, Urbic T, Hribar-Lee B.J Chem Phys. 2013; 139:024101. [PubMed: 23862923]
16. (a) Surampudi LN, Ashbaugh HS. J Data Kimia Eng. 2014; 59:3130–3135.(b) Meng B, Ashbaugh HS.
Langmuir. 2013; 29:14743–14747. [PubMed: 23930981]
17. Deglint E, Martens H, Edwards E, Boon N, Dance P, Weinberg N. Fisika Kimia Kimia Fisika. 2011;
13:438–440. [PubMed: 21072438]
18. Spooner J, Wiebe H, Boon N, Deglint E, Edwards E, Yanciw B, Patton B, Thiele L, Dance P,
Weinberg N. Phys Chem Chem Phys. 2012; 14:2264–2277. [PubMed: 22237671]
Naskah Penulis

19. Patel N, Dubins DN, Pomes R, TV Chalikian. J Fisika Kimia B. 2011; 115:4856–4862. [PubMed:
21466176]
20. Rai N, Siepmann I, Schultz NE, Ross RB. J Fisika Kimia C. 2007; 111:15634–15641.
21. (a) Reiss H. Adv Kimia Fisika. 1965; 9:1.(b) Reiss H, Frisch HL, Lebowitz JL. J Kimia Fisika. 1959;
31:369–380.(c) Stillinger FH. J Solusi Kimia. 1973; 2:141.
22. Kirkwood JG, Penggemar FP. J Kimia Fisika. 1951; 19:774–777.
23. Chandrasekhar J, Spellmeyer DC, Jorgensen WL. J Am Kimia Soc. 1984; 106:903–910.
24. Moghaddam MS, Chan HS. J Kimia Fisika. 2007; 126:114507. [PubMed: 17381220]
25. Floris FM. J Fisika Kimia B. 2004; 108:16244–16249.
26. Sarupria S, Ghosh T, Garcia AE, Garde S. Protein: Fungsi Struktur Bioinf. 2010; 78:1641–1651.
27. (a) Voloshin VP, Medvedev NN, Andrews MN, Burri RR, Winter R, Geiger A.J Phys Chem B. 2011;
115:14217–14228. [PubMed: 21999345] (b) Kim AV, Medvedev NN, Geiger A.J Mol Liq. 2014;
189:74–80.
Naskah Penulis

28. Williams SM, Ashbaugh HS. J Kimia Fisika. 2014; 140:016101. [PubMed: 24410241]
29. Ploetz EA, Smith PE. J Fisika Kimia B. 2014; 118:12844–12854. [PubMed: 25325571]
30. Ben-Naim, A. Termodinamika Statistik untuk Ahli Kimia dan Biokimia. Pers Pleno; New
York: 1992. hal. 331-337.p. 372-380.
31. (a) Postma JPM, Berendsen HJC, Haak JR. Ilmu Kimia Faraday Symp. 1982; 17:55–67.(b) Pierotti RA.
Pendeta Kimia 1976; 76:717–726.
32. Ben-Naim A.J Kimia Fisika. 2008; 128:234501. [PubMed: 18570504]
33. Klahn M, Martin A, Cheong DW, Garland MV. J Kimia Fisika. 2013; 139:244506. [PubMed:
24387381]

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 13

34. Masterson WL. J Kimia Fisika. 1954; 22:1830–1833.

35. Hyncica P, Hnedkovsky L, Cibulka I. J Chem Thermodyn. 2003; 35:1905–1915.
Naskah Penulis

36. Dale JD, Shock EL, MacLeod G, Aplin AC, Larter SR. Geochim Cosmochim Acta. 1997;
61:4017–4024.
37. Censky M, Sedlbauer J, Majer V, Ruzicka V. Geochim Cosmochim Acta. 2007; 71:580–603.
38. (a) Sawamura S, Ise H.J Solusi Kimia. 2011; 40:1899–1904.(b) Kimia Solusi Sawamura S.J. 2000;
29:369–376.(c) Sawamura S, Tsuchiya M, Ishigami T, Taniguchi Y, Suzuki K.J Solution Chem. 1993;
22:727–732.(d) Sawamura S. AIP Konferensi Proc. 2004; 716:175–182.(e) Sawamura S.
Kimia Aplikasi Murni. 2007; 79:861–874.
39. Dahlgren B, Reif MM, Hunenberger PH, Hansen N.J Teori Chem Comput. 2012; 8:3542–3564.
[PubMed: 26593002]
40. Zwanzig RW. J Kimia Fisika. 1954; 22:1420–1426.
41. Leach, AR. Pemodelan Molekuler: Prinsip dan Aplikasi. ke-2. Pendidikan Pearson Terbatas; Essex,
Inggris: 2001. hal. 181-203.p. 325-327.
42. Acevedo O, Jorgensen WL. Acc Kimia Res. 2010; 43:142–151. [PubMed: 19728702]
43. Jorgensen WL, Ravimohan C.J Chem Phys. 1985; 83:3050–3056.
Naskah Penulis

44. Kollman P. Kimia Rev. 1993; 93:2395–2417.

45. (a) Jorgensen WL, Tirado-Rives J.J Comput Chem. 2005; 26:1689–1700. [PubMed: 16200637] (b)
Jorgensen, WL. BOSS, versi 4.9. Universitas Yale; New Haven, CT: 2014.
46. Jorgensen WL, Chandrasekhar J, Madura JD, Impey RW, Klein ML. J Kimia Fisika. 1983; 79:926–
935.
47. Duffy EM, Pesangon DL, Jorgensen WL. J Am Kimia Soc. 1992; 114:7535–7542.
48. Jorgensen WL, Pesangon DL. J Am Kimia Soc. 1990; 112:4768–4774.
49. Metropolis N, Rosenbluth AW, Rosenbluth MN, Teller AH, Teller E.J Chem Phys. 1953; 21:1087– 1092.

50.Bridgeman PW. Proc Am Acad Seni Sci. 1912; 48:309–362.

51. Grindley T, Lind JE Jr.J Kimia Fisika. 1971; 54:3983–3989.
52. Jorgensen WL, Ibrahim M.J Am Chem Soc. 1982; 104:373–378.
53. Makita T, Takagi T. Rev Phys Chem Jpn. 1968; 38:41–49.
Naskah Penulis

54. Osugi J, Shimizu K, Yasunami K, Moritoki M, Onodera A. Rev Phys Chem Jpn. 1968; 38:90–95.
55. Waxler RM, Weir CE. J Res Natl Bur Stand Sekte A. 1963; 67:163–171.
56. Mopsi FI. J Kimia Fisika. 1969; 50:2559–2569.
57. Sun TF, Kortbeek PJ, Trappeniers NJ, Biswas SN. Fisika Kimia Liq. 1987; 16:163–178.
58. Sawamura S, Kitamura K, Taniguchi Y. J Fisika Kimia. 1989; 93:4931–4935.
59. Sato H, Uematsu M, Watanabe K, Saul A, Wagner W.J Phys Chem Ref Data. 1988; 17:1439–1540.

60. Goodwin RD. Data Ref Kimia J Phys. 1988; 17:1541–1636.

61. Mahoney MW, Jorgensen WL. J Kimia Fisika. 2000; 112:8910–8922.
62. Allen, MP.; Tildesley, DJ. Simulasi Komputer Cairan. Clarendon; Oxford: 1987. hal. 191-198.
63. Shahidi F. Can J Kimia. 1983; 61:1414–1416.
64. Nilai Pilihan Sifat Fisika dan Termodinamika Hidrokarbon dan Senyawa Terkait. Pers
Carnegie; Pittsburgh, PA: 1953. Proyek Penelitian Institut Perminyakan Amerika 44
Naskah Penulis

65. Shahidi F.J Chem Soc Faraday Trans 1. 1981; 77:1511–1514.

66. Graziano G.J Kimia Fisika. 2006; 124:134507. [PubMed: 16613461]
67. Jin Y, Ikawa S.J Kimia Fisika. 2005; 122:024509. [PubMed: 15638600]
68. Rai N, Siepmann JI, Schultz NE, Ross RB. J Fisika Kimia C. 2007; 111:15634–15641.
69. Lu N, Kofke DA, Woolf TB. J Komputasi Kimia. 2004; 25:28–39. [PubMed: 14634991]
70. Abraham MH, Andonian-Haftvan J, Whiting GS, Leo A, Taft RS. J Chem Soc Perkin Trans 2.
1994:1777–1791.

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 14

71. Marenich, AV.; Kelly, CP.; Thompson, JD.; Hawkins, GD.; Kamar, CC.; Giesen, DJ.; sayap,
P.; Cramer, CJ.; Truhlar, Dirjen. Database Solvasi Minnesota, versi 2012. Universitas
Naskah Penulis

Minnesota; Minneapolis, MN: 2012.

72. Rizzo RC, Jorgensen WL. J Am Kimia Soc. 1999; 121:4827–4836.
73. Siperstein F, Myers AL, Talu O. Mol Phys. 2002; 100:2025–2030.
74. (a) JMP®, versi 4.0.5. Institut SAS Inc; Cary, NC: 1989–2007. (b) Prisma GraphPad, versi
6.00 untuk Windows. Perangkat Lunak GraphPad; La Jolla, California: 2013.

75. Eckert CA. Annu Rev Fisika Kimia. 1972; 23:239–264.

76. Golinkin HS, Laidlaw WG, Hyne JB. Bisakah J Kimia. 1966; 44:2193–2203.
77. Sakurai M. Bull Chem Soc Jpn. 1990; 63:1695–1699.
78. Ben-Naim A, Marcus Y.J Kimia Fisika. 1984; 81:2016–2027.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 15
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Gambar 1.

Energi bebas solvasi yang dihitung (kkal mol−1) untuk air dalam air (merah) dan benzena dalam air
(biru)vs. tekanan eksternal (atm); garis putus-putus mewakili garis yang paling sesuai;R2= 0,997 (air)
dan 0,998 (benzena).
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Vilseck dkk. Halaman 16
Naskah Penulis

Skema 1.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis

Tabel 1

Volume molar parsial yang dihitung (cm3mol−1) benzena dari metode langsung pada 25 °C dan 1 atm

Volume total rata-rataA

Vilseck dkk.

Jumlah konfigurasi VN VTIDAK, SEBUAH VTIDAK + A 106κB

T V° (persamaan (2)) V° (persamaan (3))

Air
20M/20M 14917.3 15040.3 15006.0 38,7 74,1 ± 21,0 53,4 ± 19,2

50M/50M 14910.9 15019.1 15077.2 54,8 65,2 ± 16,3 100,1 ± 17,3

100M/100M 14895.9 15053.7 15053.1 53,6 95,0 ± 14,3 94,7 ± 14,5

250M/250M 14937.2 15057.1 15062.7 48,9 72,2 ± 8,5 75,6 ± 8,9

500M/500M 14925.9 15064.0 15038.5 46,9 83,2 ± 6,1 67,8 ± 6,1

800M/800M 14918.6 15061.8 15056.6 51,5 86,3 ± 5,8 83,1 ± 5,7

1000M/1000M 14918.4 15064.0 15053.2 50,7 87,7 ± 5,2 81,2 ± 5,1

Ekst.C 45.8 83.1 83.1

Karbon tetraklorida

20M/20M 43323.0 43419.7 43411.3 108.6 58,2 ± 36,7 53,2 ± 28,8

50M/50M 43220.5 43424.3 43412.3 116.2 122,7 ± 21,6 115,5 ± 21,8

100M/100M 43277.5 43396.2 43391.4 116.8 71,5 ± 17,1 68,6 ± 17,0

250M/250M 43257.1 43386.5 43408.3 120.6 77,9 ± 12,0 91,1 ± 11,8

500M/500M 43259.8 43409.2 43411.0 118.7 90,0 ± 7,6 91,0 ± 7,5

800M/800M 43273.6 43422.1 43400.0 121.5 89,4 ± 6,4 76,1 ± 6,4

1000M/1000M 43260.3 43403.1 43410.2 119.7 86,0 ± 6,2 90,2 ± 5,9

Ekst.D 108.9 90,5 90,5

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
benzena

20M/20M 39641.5 39766.3 39838.3 107.3 75,1 ± 43,1 118,5 ± 40,1

50M/50M 39789.2 39888.7 39875.4 101.2 59,9 ± 23,9 51,9 ± 24,1

100M/100M 39720.1 39833.7 39876.1 109.4 68,4 ± 21,3 93,9 ± 20,3

250M/250M 39704.8 39854.1 39840.0 98,4 89,9 ± 12,2 81,4 ± 12,0

500M/500M 39727.1 39818.5 39843.9 103.9 55,1 ± 9,4 70,4 ± 9,8

800M/800M 39700.5 39858.6 39859.3 102.7 95,2 ± 7,8 95,6 ± 7,8

1000M/1000M 39700.1 39851.3 39844.3 103.6 91,0 ± 7,1 86,9 ± 7,1

Halaman 17
 Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis

Volume total rata-rataA

Jumlah konfigurasi VN VTIDAK, SEBUAH VTIDAK + A 106κB

T V° (persamaan (2)) V° (persamaan (3))

Ekst.e 98.2 89.5 89,5

Vilseck dkk.

A
Volume dalam Å3.

B
κT dalam atm−1.

C
Ref. 34 dan 35.

D
Ref. 63.

e
Ref. 34 dan 64.

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
Halaman 18
 Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis

Meja 2

Energi bebas solvasi yang dihitung (kkal mol−1) dalam tiga pelarut dengan peningkatan tekanan luar (atm) pada 25 °CA

Air Karbon tetraklorida benzena

Vilseck dkk.

ΔGmemecahkan ΔGmemecahkan ΔGmemecahkan ΔGmemecahkan ΔGmemecahkan

Tekanan (H2HAI) (C6H6) Tekanan (CCl4) (C6H6) Tekanan (C6H6)

1 − 6.13B 0,75C 1 − 3,58D − 3.40e 1 − 3,59F

1000 − 5.77 2.89 250 − 3.01 − 2,78 50 − 3.30

2000 − 5.32 4.73 500 − 2.46 − 2.30 200 − 3.08

3000 − 5.03 6.71 750 − 1,83 − 1,80 350 − 2.66

4000 − 4.52 8,40 1000 − 1.14 − 1.29 500 − 2.36

5000 − 4.33 10.49 650 − 2.26

6000 − 3,87 12.17

7000 − 3.57 13.47

8000 − 3.15 16.02

A
Ketidakpastian yang dihitung kurang dari 0,25 kkal mol−1.

B
Ekst. ΔGpemecahan = −6.33; referensi. 70.

C
Ekst. ΔGpemecahan = −0,86; referensi. 70.

D
Ekst. ΔGpemecahan = −4.40; referensi. 78.

e
Ekst. ΔGpenyelesaian = −4,50; referensi. 71.

F
Ekst. ΔGpenyelesaian = −4,56; referensi. 78.

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
Halaman 19
 Vilseck dkk. Halaman 20

Tabel 3

Menghitung volume molar parsial (cm3mol−1) air, CCl4, dan benzena dalam larutan dari metode kemiringan
Naskah Penulis

(persamaan (1)) dan simulasi cairan murni pada 25 °C

terlarut Pelarut V° Vtotal/NA Ekst.V°

Air Air 16.3 18.0 18.1B

CCl4 CCl4 100,1 101,4 97.0C

benzena benzena 84,8 91,0 89,5D

benzena Air 79,0 – 83.1e

benzena CCl4 86.1 – 90,5F

A
Ditentukan dari simulasi cairan murni pada 1 atm.

B
Ref. 50 dan 59; dari massa jenis air pada 1 atm.
Naskah Penulis

C
Ref. 56; dari massa jenis karbon tetraklorida pada 1 atm.

D
Ref. 34, 48, dan 64.

e
Ref. 34 dan 35.

F
Ref. 63.
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
 Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis Naskah Penulis

Tabel 4

Volume molar parsial relatif yang dihitung (cm3mol−1) dalam air dari metode kemiringanA

ΔΔGb
hid
Vilseck dkk.

(kkal mol−1) ΔV° (cm3mol−1)

Ph – X→Ph – Y Dihitung Ekst.C Dihitung Ekst.D

CH3 H 0,31 ± 0,03 0,03 − 15.2 − 13.9

F H − 0,27 ± 0,02 − 0,06 − 2.9 − 8.4

Kl H − 0,44 ± 0,03 0,26 − 11.7

OH H 5,14 ± 0,05 5.76 − 2.0 − 1.8

NH2 H 4,40 ± 0,04 4.63 + 1.6 − 6.4

OCH3 H 0,65 ± 0,06 1,60 − 22,0 − 22.5

CHO H 3,12 ± 0,08 3.16 − 13.0 − 13.7

COCH3 H 3,08 ± 0,10 3,72 − 26,0 − 29.9

TIDAK2 H 2,18 ± 0,07 3.26 − 11.9 − 13.0

OCH3 OH − 4,50 ± 0,07 − 4.16 − 21.3 − 20.7

NH Saya NH2 − 0,90 ± 0,06 − 0,80 − 19.1 − 17.7

NSaya2 NH Saya − 0,91 ± 0,06 − 1.24 − 15.3 − 16.5

COCH3 LANJUTKAN2 − 6,68 ± 0,06 − 6.43 − 16.9 − 10.6

CONHM Saya LANJUTKAN2 − 2,99 ± 0,07 − 21.0 − 17.8

CON Saya2 CONHM Saya − 2,80 ± 0,07 − 21.0 − 17.0

Berarti kesalahan yang tidak ditandatangani 0,44 2.7

Fisika Kimia Kimia Fisika. Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 19 Mei.
A
Ketidakpastian yang dihitung kurang dari 0,15 kkal mol−1.

B
Pada 1 atm.

C
Ref. 70.

D
83,1 cm3 mol−1 digunakan untuk referensi benzena PMV dalam air (ref. 34); semua PMV lainnya dari ref. 65.
Halaman 21