Deteksi Dini Penyakit Kuning (Tomato Infection Chlorosis Virus) pada Tanaman Tomat

(Lycopersicon esculentum L)

Dosen Pengampu:
Dr. Ir. Sri Sulandari., SU.
Dr. Adyatma Irawan Santosa., SP., M.Sc.

Disusun Oleh:

Andra Sahab Sukmana

21/484574/PPN/04741

Disusun sebagai syarat telah menyelesaikan tugas mata kuliah diagnosis penyakit tumbuhan

MK. DIAGNOSIS PENYAKIT TUMBUHAN

PROGRAM STUDI FITOPATOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS GADJAH MADA
2022
 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Tomat (Lycopersicon esculentum L) termasuk kedalam tanaman hortikultura penting
yang banyak dibudidayakan di berbagai negara termasuk Indonesia. Di Indonesia tanaman ini
banyak dikembangkan dan dimanfaatkan sebagai konsumsi rumah tangga dan industri seperti
bumbu masakan, salad dan sirup. Kontribusi produksi tanaman tomat terbesar berasal dari
Provinsi Jawa Barat yaitu sebesar 278.260 ton (BPS & Dirjen Hortikultura, 2017).
Produktivitas tomat di Indonesia mengalami fenomena yang berfluktuatif, dimana pada tahun
2010 mencapai 14,58 ton/ha dan pada tahun 2011 meningkat sebesar 16,65 ton/ha, namun pada
tahun 2012 produktivitas tomat mengalami penurunan menjadi sebesar 15,75 ton/ha dan pada
tahun 2013 produktivitas tomat kembali meningkat menjadi 16,61 ton/ha, akan tetapi pada
tahun 2014 mengalami penurunan menjadi 15,52 ton/ha dengan tingkat pertumbuhan setiap
tahunnya sebesar 1,93% (BPS, 2015) dalam Hadi, S., & Sita, B. R. (2018). Tingkat fluktuasi
produktivitas tesebut dipengaruhi oleh berbagai faktor Seperti kandungan bahan organik
didalam tanah rendah, pH tanah yang umumnya masam, penerapan sistem tanam monoculture
tanpa melakukan rotasi tanaman serta gangguan OPT (Organisme Pengganggu Tanaman).
Organisme pengganggu tanaman yang akhir-akhir ini massif menyerang dan menjadi
factor pembatas baru budidaya tomat di Indonesia adalah penyakit kuning yang disebabkan
oleh patogen jenis virus. Patogen ini menyebabkan gejala menguning dan keriting serta
penebalan pada daun tomat sehingga sering disebut penyakit kuning pada tanaman tomat.
Penyakit ini muncul sebagai “New emerging diseases” akibat pemanasan global (Hanssen et
al., 2010). Tomato infectious chlorosis virus (TICV) dan Tomato chlorosis virus (ToCV)
patogen penyebab penyakit kuning merupakan anggota dari Genus Crinivirus yang ditularkan
whiteflies (Wintermantel, 2004). Pemanasan global menyebabkan suhu di dataran tinggi
meningkat sehingga terjadi pergeseran adaptasi whitefly termasuk penyakit kuning pada tomat.
Gejala ToCV dan TICV sulit dibedakan pada tanaman tomat dan gejalanya hampir sama
dengan gejala kekurangan unsur hara, yaitu daun kuning di sekitar tulang daun, hitam nekrotik,
menebal, dan daun bagian bawah keriting (Jacquemond et al., 2009). Kehilangan hasil terutama
karena berkurangnya daerah fotosintesis, meskipun gejala tidak jelas pada buah, namun,
produksi buah berkurang dengan ukuran dan jumlah buah menurun (Wisler et al., 1998a).
Upaya manajemen penyakit tumbuhan merupakan hal yang penting dalam memastikan
keberhasilan kegiatan budidaya. Deteksi dini merupakan upaya dari suatu proses dalam
pengungkapan akan adanya kemungkinan penyakit terjadi serta untuk mengatasi berbagai
permasalahan yang mungkin timbul dan menerapkan pengendalian yang aman, efektif dan
efisien yang dibutuhkan sedini mungkin. Prosesnya dapat dimulai dengan mengidentifikasi
penyebab penyakit yang ditemukan dilapang. Identifikasi berdasarkan kenampakan gejala dan
tanda, monitoring vector dan inang alternatif tentunya belum memberikan informasi yang
sepenuhnya akurat. Tahapan selanjutnya untuk memperjelas hasil dapat dilakukan dengan
mengambil sampel bergejala penyakit kuning tersbut untuk dilakukan berbagai pengujian yang
dibuthkan seperti pengujian serological dan molekuler.

1.2 Tujuan
1. Mengetahui penyebab penyakit kuning pada tanaman tomat secara cepat dan tepat
2. Mengetahui metode/cara deteksi dini dan diagnosis peny

2. ISI

2.1 Strategi diagnosis penyakit kuning (Tomato infectious chlorosis virus (TICV) dan
Tomato chlorosis virus (ToCV)) untuk deteksi dini
Deteksi dini merupakan sebuah proses pengungkapan akan adanya kemungkinan
infeksi suatu penyakit. Untuk menghindari terjadinya tanaman sakit, maka perlu adanya upaya
sedini mungkin untuk mengenal kondisi, maka dari. Gabungan deteksi dini terhadap diagnosis
tanaman akan memberikan pengelolaan pengendalian yang sustainable dan cepat dalam
pengambilan keputusan pengendalian yang tepat. Berikut management deteksi dini untuk
meningkatkan kemampuan diagnosis tanaman.

Gambar 1. Alur diagnosis metode deteksi dini penyakit kuning pada tanaman tomat (Sumber: pribadi)
2.2 Dignosis penyakit kuning dengan identifikasi, analisis dan monitoring di lapang
Tanaman tomat yang terinfeksi virus kuning memiliki gejala yang sangat khas, yaitu
terjadi klorosis mulai dari daun bagian bawah dan berkembang ke bagian atas tanaman. Gejala
awal yang muncul pada daun menunjukkan klorosisringan antar tulang daun
(chlorosisinterveinal). Selanjutnya gejala berkembang pada luasan daun, daun tebal, dan daun
menjadi kuning kecuali tulang daunnya tetap hijau. Apabila gejala sudah lanjut, seluruh
permukaan tanaman menjadi klorosis dan rapuh, terkadang daun menjadi nekrotik dan
keungunan. Hal ini sesuai dengan penelitian Hartono & Wijonarko, (2007) Gejala penyakit
kuning-ungu mirip dengan gejala yang disebabkan kekurangan unsur hara namun dapat
dibedakan, untuk mengetahui gejala yang disebabkan penyakit biasanya terdapat spot-spot
tidak merata di seluruh lahan dan penyakit menular.

Gambar 2. Gejala penyakit kuning pada tanaman tomat di lapangan. (Sumber: Gunaedi dan Purwati, 2013

Gambar 3. Variasi gejala penyakit kuning: daun sehat (A); klorosis antar tulang daun, terdapat flek coklat dan tepi daun
melengkung ke atas (B); klorosis antar tulang daun, daun keriting, tebal, dan nekrotik (C); klorosis antar tulang
daun, warna kuning menyala dan tepi daun rata (D); klorosis antar tulang daun dengan warna kuning dan ungu
pucat (E); klorosis ungu tua antar tulang daun (F)
 Gambar 4. Malformasi buah tomat: tomat sehat (A); malformasi pada buah tomat muda (B); malformasi pada buah tomat
masak (C)

1. Melihat gejala serangan, intensitas dan insidensi penyakit di lapangan tanaman tomat
(unsur hara/penyakit)
2. Melihat secara teliti vector pembawa penyakit kuning (Bemisia tabacci) pada bawah
dan batang tomat
3. Observasi sekeliling pertanaman tomat ada tidaknya tanaman inang vector
4. Lakukan pencabutan/pengambilan sampel untuk uji dilapangan pathogen penyebab
(jamur, bakteri atau memang benar karna virus)
Lakukan Penularan

2.3 Dignosis penyakit kuning dengan metode Serologi (ELISA (Enzym Linked Immuno
Sorbay Assay)
Enzim-linked immunosorbent assay (ELISA) atau penetapan kadar imunosorben taut-
enzim merupakan uji serologis yang umum digunakan ELISA telah digunakan sebagai alat
diagnostik dalam bidang medis, patologi tumbuhan, dan juga berbagai bidang industri.
Dalam pengertian sederhana, sejumlah antigen yang tidak dikenal ditempelkan pada suatu
permukaan, kemudian antibodi spesifik dicucikan pada permukaan tersebut, sehingga akan
berikatan dengan antigennya. Antibodi ini terikat dengan suatu enzim, dan pada tahap
terakhir, ditambahkan substansi yang dapat diubah oleh enzim menjadi sinyal yang dapat
dideteksi. Dalam ELISA fluoresensi, saat cahaya dengan panjang gelombang tertentu
disinarkan pada suatu sampel, kompleks antigen/antibodi akan berfluoresensi sehingga jumlah
antigen pada sampel dapat disimpulkan berdasarkan besarnya fluoresensi.
Pada deteksi penyakit virus kuning di tanaman tomat, ELISA yang digunakan adalah
ELISA indirect. ELISA indirect merupakan Teknik ELISA yang paling sederhana hanya saja
dalam teknik ELISA indirect yang dideteksi dan diukur konsentrasinya merupakan antibody
menggunakan suatu antigen spesifik (monoklonal) serta antibody sekunder spesifik tertaut
enzim signal untuk mendeteksi keberadaan antibody yang diinginkan pada sampel yang diuji.
Berikut alur pengenrjaaan deteksi dini diagnosis penyakit kuning pada tanaman tomat
menggunakan ELISA indirect:
• Masukkan antigen yang berasal dari jaringan daun tomat yang bergejala (infected) dan
sehat (healty) dalam 10 volume buffer (0,05 M sodium carbonat, pH 9.6)
• Masukkan antigen tersebut pada microplate
• Inkubasi pada suhu ruang selama 3 jam atau overnight dengan suhu 4 °C
• Buang larutan yang ada pada microplate, kemudian cuci mikropate menggunakan
PBST 0,2% dan buang.
• Blokir situs pengikatan protein yang tersisa dengan menambahkan block buffer (5%
skim milk in 0,2% PBST) 200 mikro.
• Inkubasi pada suhu ruang selama 1 jam atau overnight dengan suhu 4 °C
• Buang larutan yang ada pada microplate, kemudian cuci mikropate menggunakan
PBST 0,2% dan buang.
• Masukkan 100 mikro primary antibody
• Inkubasi pada suhu ruang selama 2 jam atau overnight dengan suhu 4 °C
• Buang larutan yang ada pada microplate, kemudian cuci mikropate menggunakan
PBST 0,2% dan buang.
• Masukkan 100 mikro konjugat atau secondary antibody
• Inkubasi pada suhu ruang selama 2 jam atau overnight dengan suhu 4 °C
• Buang larutan yang ada pada microplate, kemudian cuci mikropate menggunakan
PBST 0,2% dan buang.
• Masukkan 100 mikro substrat
• Amati perubahan warna yang terjadi, untuk dinyatakan positif warna berubah 2x dari
buffer
• Atau menggunakan alat ELISA READER

2.4 Diagnosisi penyakit kuning dengan metode molekuler (PCR)

Tahapan RT-PCR yang dilakukan adalah isolasi RNA total, sintesis complementary-
DNA (cDNA), PCR, dan visualisasi. Isolasi RNA total dilakukan dengan mengekstrak sampel
daun menggunakan RNeasy Mini Kit (Qiagen) dengan mengikuti cara kerja protokol kit
tersebut (Gambar 5).
.

Gambar 5. Proses PCR untuk diagnosis penyakit penyebab virus kuning pada tomat

Gambar 6. Primer spesifik yang digunakan dalam proses PCR

RNA total yang telah diperoleh, selanjutnya ditranskripsi balik (RT-PCR)

menggunakan kitFermentas untukmendapatkan cDNA. Hasil cDNA kemudian diamplifikasi
menggunakan PCR kit (Promega) dengan primer spesifik. Reaksi PCR terdiri atas 30 siklus
dengan tahapan predenaturasi pada suhu 95°C selama dua menit, denaturasi pada suhu 95°C
selama 30 detik, annealing pada suhu 52°C selama 30 detik, dan elongation pada suhu 72°C
selama satu menit, serta time extention pada suhu 72°Cselama limamenit.HasilPCRkemudian
divisualisasi pada agarose gel dan dielektroforesis di dalam buffer tris-boric acide-EDTA
(TBE). Hasil elektroforesis kemudian dicat dengan pengecatan etidium bromide.

3. KESIMPULAN

Berdasarkan pengelolaan pengendalian penyakit tanaman yang sustainable, melakukan

diagnosis tanaman yang cepat, tepat dan efisien sangat diperlukan. Dengan adanya sinergi
terhadap metode deteksi dini akan memperkuat hasil diagnosis penyakit kuning pada tanaman
tomat. Sinergisme 3 metode deteksi yang saling berkesinambungan tersebut diharapkan dapat
menngendalikan penyakit kuning serta peningkatan yield dari tanaman tomat akan menjadi
lebih baik.
 Daftar Pustaka

Badan Pusat Statistik dan Direktorat Jendral Hortikultura. 2017. Produksi Tomat Menurut
Provinsi.2012-2016. (On-line). www.pertanian.go.id
http://www.pertanian.go.id/Data5tahun/HortiASEM2016(pdf)/Produksi%20 Tomat.pdf.
Diakses tanggal 16 Mei 2022

Gunaeni, N dan Purwati, E. 2013. Uji Ketahanan terhadap tomato Yellow Leaf Curl Virus pada
Beberapa Galur Tomat. J. Hort. 23(1):65-71

Hadi, S., & Sita, B. R. (2018).Produktivitas dan faktorfaktor yang berpengaruh terhadap
produksi usahatani tomat (Solanum lycopersicum Mill) di Kabupaten Jember.JSEP
(Journal of Social and Agricultural Economics), 9(3), 67-78.

Hanssen, I. M., M. Lapidot, and B. P. H. J. Thomma. 2010. Emerging Viral Disease of Tomato
Crops. The American Phytopathological Society, 23 (5) : 539-548.

R. Fajarfika., J. Suproatna dan L. N. Mardiah. 2017. Intensitas Penyakit Kuning (Crinivirus)

Pertumbuhan dan Hasil Varietas Tomat hibrida. JAGROS. 2(1): 42-52.

R. Fajarfika., S. Hartono., S. Sulandari dan S. Sumowiyarjo. 2015. Deteksi Molekuler

Penyebab Penyakit Kuning (Tomato cholorosis virus dan Tomato infectious chlorosis
virus) pada Tanaman Tomat. Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia. 19(2): 80-88.

R. H. Li., G. C. Wisler., H.Y. Liu and J. E . Duffus. 1998. omparison of Diagnostic Techniques
for Detecting Tomato Infectious Chlorosis Virus. Plant Disease. U.S. Department of
Agriculture, Agricultural Research Service, 1636 East Alisal Street, Salinas, CA 93905

Setiawati, W., B.K. Udiarto dan Gunaeni, N. 2007. Preferensi Beberapa VARIETAS Tomat
dan Pola Infestasi Hama Kutu Kebul serta Pengaruhnya terhadap Intensitas Serangan
Virus Kuning. J. Hort. 17(4):374-386.

Wintermantel, W. M. 2004. Emergence of Greenhouse Whitefly (Trialeurodes vaporariorum)

Transmitted Criniviruses as Threats to Vegetable and Fruit Production in North America.
APSnet Feature Story.