Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di:https://www.researchgate.net/publication/225626745

Keanekaragaman dan potensi bioteknologi bakteri yang dapat dibudidayakan dari

sedimen bakau Brazil

Artikeldi dalamJurnal Mikrobiologi dan Bioteknologi Dunia · Juli 2009

DOI: 10.1007/s11274-009-0013-7

KUTIPAN BACA
109 882

8 penulis, termasuk:

Armando Cavalcante Franco Dias Fernando Dini Andreote

Universitas São Paulo Universitas São Paulo
63PUBLIKASI1.815KUTIPAN 310PUBLIKASI5.121KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Francisco Dini-Andreote Paulo Teixeira Lacava

Universitas Negeri Pennsylvania Universitas Federal de São Carlos
96PUBLIKASI4.984KUTIPAN 121PUBLIKASI2.472KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Semua konten setelah halaman ini diunggah olehFrancisco Dini-Andreotepada tanggal 04 Juni 2014.

Pengguna telah meminta penyempurnaan file yang diunduh.

Bioteknologi Mikrobiol Dunia J (2009) 25:1305–1311 DOI
10.1007/s11274-009-0013-7

KOMUNIKASI SINGKAT

Keanekaragaman dan potensi bioteknologi bakteri yang dapat

dibudidayakan dari sedimen bakau Brazil

Armando CF DiasÆFernando Dini AndreoteÆFrancisco Dini-AndreoteÆ

Paulo T. LacavaÆAndré LB SáÆItamar S. MeloÆJoão L. AzevedoÆ
Welington L. Araújo

Diterima: 22 Desember 2008 / Diterima: 28 Februari 2009 / Diterbitkan online: 14 Maret 2009
- Springer Science+Bisnis Media BV 2009

AbstrakEkosistem mangrove adalah lingkungan yang
mengalami degradasi besar akibat aktivitas antropogenik.
Lokasinya yang berada di wilayah pesisir, berbatasan dengan
benua dan lautan menjadikannya sangat penting dalam
prospek penerapan bioteknologi. Dalam studi ini, kami menilai
keragaman bakteri yang dapat dibudidayakan sepanjang
musim pada dua kedalaman (0–10 dan 30–40 cm) pada
sedimen bakau dan pada area transek dari darat ke laut. Secara
total, 238 bakteri diisolasi, dikarakterisasi dengan Aplified
Ribosomal DNA Restriction Analysis (AR-DRA) dan selanjutnya
diidentifikasi, dengan Fatty Acid Methyl Esther (FAME-MIDI), ke
dalam ordoVibrionales, ActinomycetalesDanBacillales.Juga
kemampuan isolat dalam menghasilkan enzim yang penting
secara ekonomi (amilase,
ACF Dias - ALB Sá
Pusat Penelitian Bioteknologi, ICB-IV, Universitas São
Paulo, Av. Prof Lineu Prestes, 1374, São Paulo, SP
05508-900, Brasil
Dias ACF
email: dias147@gmail.com
ACF Dias - FD Andreote - F. Dini-Andreote -
PT Lacava - ALB Sá - JL Azevedo - WL Araújo Departemen
Genetika, Escola Superior de Agricultura ''Luiz de Queiroz'',
Universitas São Paulo, ESALQ/USP, Av. Pádua Dias, 11,
Piracicaba, SP 13400-970, Brasil
FD Andreote (&) - ADALAH Melo
Laboratorium Mikrobiologi Lingkungan, CNPMA, Embrapa
Meio Ambiente Rodovia SP 340, Km 127,5, Jaguariúna,
SP 13820-000, Brasil
email: fdandreo@gmail.com
WL Araújo
Pusat Penelitian Bioteknologi, Universidade de Mogi das
Cruzes, Av. Cândido Xavier de Almeida Souza, 200, Mogi
das Cruzes, SP 08780-911, Brasil
protease, esterase dan lipase) dievaluasi dan
diurutkangetaranadalah sumber enzimatik utama.
Kata kunciLingkungan - Enzim - ARDRA -
FAME-MIDI
Perkenalan
Mangrove merupakan bioma pesisir tropis yang terletak pada zona
transisi antara daratan dan lautan, dimana vegetasinya didominasi
oleh kelompok jenis tumbuhan tertentu (Zhou et al.2006).
Ekosistem ini dicirikan oleh banjir pasang surut secara periodik
yang menjadikan faktor lingkungan seperti salinitas dan
ketersediaan nutrisi sangat bervariasi, sehingga menghasilkan
karakteristik yang unik dan spesifik (Holguin et al.2006).
Deskripsi filogenetik dan fungsional keanekaragaman
mikroba di ekosistem mangrove belum ditangani secara luas
seperti di lingkungan lain (Zhou et al.2006). Deskripsi yang lebih
menyeluruh tentang keanekaragaman dan distribusi bakteri di
hutan bakau akan meningkatkan pemahaman kita tentang
fungsi bakteri dan interaksi mikroba yang ditemukan di
ekosistem tersebut (Kathiresan dan Selvam2006). Mengingat
kondisi khusus mangrove dan adaptasi spesies bakteri
terhadap kondisi tersebut, mikrobiota merupakan sumber daya
bioteknologi potensial yang penting untuk dieksploitasi
(Sivaramakrishnan et al.2006). Potensi bioteknologi ini
mencakup karakterisasi enzim-enzim baru dari spesies bakteri
yang sebelumnya tidak terkarakterisasi, dengan penerapan
yang berguna pada banyak aspek kehidupan manusia, mulai
dari pertanian hingga kedokteran (Lageiro et al.2007).
Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan keanekaragaman
bakteri dan potensi kegunaan mikrobiota yang menghuni
sedimen bakau yang terpelihara dengan baik diIlha do Cardoso
(Cananéia, Brasil).

123
1306
Setelah penentuan kelompok bakteri utama yang dapat
dikultur, analisis produksi enzim dilakukan untuk
mengatasi keanekaragaman ini sebagai sumber
potensial bioteknologi.
Bahan dan metode
Mangrove dan titik pengambilan sampel
Penelitian dikembangkan pada daerah transek sepanjang 340
m, sepanjang kemiringan banjir mangrove dariIlha do Cardoso
(Cananéia—SP, Brasil). Lima sampel dikumpulkan dari masing-
masing lima titik berbeda (P1–P5) yang didistribusikan dalam
satu transek. P1 memiliki koordinat 25-0501, 8700S 47857041, 70
00W dan P5 terletak pada 25-05012,6100S 47857041,2100W. Titik-
titik lainnya, P2, P3 dan P4, tersebar pada jarak yang sama
sepanjang transek dan terpisah satu sama lain sejauh 70 m.
Sampel dikumpulkan dalam silinder sampler stainless steel
(panjang 100 cm dan diameter 7 cm), dipindahkan ke kantong
plastik berlabel dan disimpan dalam kotak. Mereka
dikumpulkan dari kedalaman 0 hingga 10 dan 30 hingga 40 cm
selama dua musim berbeda; musim dingin (12 Juli 2005) dan
musim panas (19 Maret 2006).
Isolasi bakteri dari sedimen mangrove
Lima sub-sampel sedimen dikumpulkan dari setiap titik dan
dicampur menjadi sampel komposit. Aliquot 10 g dari setiap
campuran sedimen ditambahkan ke dalam 90 ml air steril
dan dikocok selama 1 jam pada 150 putaran/menit. Dari
suspensi yang dihasilkan, pengenceran serial sepuluh kali
lipat dibuat dalam air steril dan 100akul alikuot dari
pengenceran 10-3, 10-4dan 10-5disepuh ke dalam media
kultur non-selektif yang mengandung Tryptone Soy Broth
(TSB; DifcoTm, Sparks, MD, USA) sebesar 5% dari jumlah
yang disarankan (1,5 ml-1), diubah dengan NaCl 1,8% dan
ditambah dengan 50 mg Benomyl ml-1. Pelat diinkubasi
pada suhu 28-C dan perkembangan koloni bakteri dipantau
selama 14 hari, dengan estimasi unit pembentuk koloni
(cfu) dilakukan per gram sedimen mangrove. Hasilnya
dievaluasi dengan ANOVA dan perbandingan rata-rata
menggunakan uji Tukey pada tingkat kepercayaan 95% (P \
0,05).
Karakterisasi ARDRA isolat bakteri
Karakterisasi genotip isolat bakteri menjadi kelompok
ribotipe didasarkan pada pola ARDRA. DNA bakteri
diekstraksi dari masing-masing isolat menggunakan
kit ekstraksi DNA Wizard (Promega, Madison, USA),
sesuai dengan instruksi pabrik. 16S
123
Bioteknologi Mikrobiol Dunia J (2009) 25:1305–1311
Gen rDNA diamplifikasi dari DNA yang diekstraksi dari masing-
masing strain menggunakan primer 27F dan 1378R (Heuer et al.
1997). Produk PCR menjadi sasaran analisis restriksi dengan 1 U
endonuklease situs pengenalan 4 bpHaeIII dan selanjutnya
dipisahkan secara elektroforesis pada gel agarosa 2,4% (diwarnai
dengan etidium bromida dan divisualisasikan dengan sinar UV).
Pola pembelahan yang berbeda dianggap sebagai ribotipe berbeda
yang diidentifikasi oleh FAME.
Identifikasi bakteri dengan MIDI-FAME
Isolat dari masing-masing ribotipe (10% dari total) dipilih dan
setiap strain diinokulasi pada agar kaldu kedelai tryptone
(TSBA; DifcoTm, Sparks, MD, USA) untuk identifikasi oleh MIDI-
FAME. Analisis FAME dilakukan dengan kromatografi gas
dengan injektor otomatis dan Flame Ionization Detector (FID)
(Agilent, 6850 dan 7683). Profil keluaran disusun menjadi
kromatogram dan laporan yang dihasilkan oleh perangkat
lunak Sistem Identifikasi Mikroba (perpustakaan Sherlock
TSBA40; MIDI Inc., Newark, DE, USA). Hasil akhir, berdasarkan
kesamaan yang ditemukan antara database dan wilayah yang
dinominasikan, mengidentifikasi isolatnya.
Produksi isolat secara enzimatis
Karakterisasi fenotipik isolat dilakukan untuk mengevaluasi
potensi bioteknologi bakteri budidaya yang ditemukan di
hutan bakau. Itu ditentukan oleh serangkaian pengujian,
mengevaluasi produksi amilase, protease, esterase dan
lipase. Dalam setiap analisis ini, aktivitas enzim diukur
dengan nilai yang diperoleh dengan mengurangkan ukuran
halo (aktivitas enzim) dengan diameter koloni bakteri,
sehingga menghasilkan pendekatan semi-kuantitatif.
Penentuan aktivitas amilolitik
Isolat ditanam pada media TSBA 5% yang mengandung 1%
pati, dan diinkubasi pada suhu 28-C selama 72 jam. Setelah
pertumbuhan bakteri, 5 ml larutan yodium 1% ditambahkan ke
setiap cawan dan adanya zona tahan karat di sekitar koloni
menunjukkan produksi amilase (Hankin dan Anagnostakis 1975
).
Penentuan aktivitas proteolitik
Isolat bakteri diinokulasi ke dalam cawan berisi media
agar dan diinkubasi pada suhu 28-C selama 5 hari.
Setelah perkembangan koloni, media ditutup dengan
larutan Frasier selama 2 menit. Aktivitas proteolitik
dideteksi dengan visualisasi area transparan di sekitar
koloni (Smibert dan Krieg1994).
Bioteknologi Mikrobiol Dunia J (2009) 25:1305–1311
Penentuan aktivitas esterase
Aktivitas esterase dideteksi menggunakan media kultur
yang dijelaskan oleh Sierra (1957). Setelah sterilisasi media
kultur, Tween 80 (sebelumnya disterilkan) ditambahkan ke
konsentrasi air akhir 1% (v/v). Setelah inokulasi,
pertumbuhan bakteri diamati dan adanya zona degradasi
dianggap menunjukkan aktivitas esterase.
Penentuan aktivitas lipolitik
Untuk mendeteksi aktivitas lipolitik, metodologi serupa
digunakan seperti dijelaskan di atas untuk aktivitas esterase,
dengan pengecualian bahwa Tween 80 digantikan oleh Tween
20. Adanya zona degradasi tercatat setelah pertumbuhan
bakteri (Sierra1957).
hasil dan Diskusi
Isolasi dan karakterisasi komunitas bakteri yang dapat
dikultur
Isolasi bakteri dilakukan selama dua musim dan pada kedalaman
sedimen yang berbeda, memungkinkan gambaran komprehensif
tentang mikrobiota yang dapat dibudidayakan yang ditemukan di
ekosistem ini. Hasilnya menunjukkan komunitas bakteri yang
beragam dan padat menghuni sedimen bakau. Perubahan medium
dengan NaCl 1,8% memastikan seleksi bakteri yang biasanya
ditemukan di ekosistem mangrove. Keanekaragaman bakteri yang
ditemukan dalam isolasi dari dua musim ternyata berbeda secara
statistik (P \0,05). Pada musim dingin, jumlah bakteri memiliki nilai
log sebesar 6,85 cfu g-1sedimen, sedangkan pada musim panas
nilainya 6,22 log cfu g-1sedimen. Namun, tidak ada perbedaan
signifikan yang diamati antara sampel yang dikumpulkan dari
kedalaman berbeda. Almeida dkk. (2007) menemukan hasil serupa
ketika mempelajari empat muara pada musim yang berbeda.
Pengetikan ARDRA dan identifikasi isolat
Sebanyak 238 koloni (159 dari musim dingin dan 79 dari musim panas)
dipilih untuk karakterisasi lebih lanjut dengan analisis ARDRA,
menghasilkan sepuluh pola pembelahan berbeda (disebut ribotipe).
Sampel yang mengandung sekitar 10% isolat dari masing-masing
ribotipe digunakan untuk identifikasi bakteri oleh FAME-MIDI.
Identifikasi FAME sangat dapat diandalkan untuk kesamaan yang lebih
tinggi dari 0,70 pada tingkat spesies, sementara tingkat yang lebih
rendah dapat menghubungkan isolat dengan kelompok taksonomi yang
lebih tinggi, seperti genus atau famili (Heyrman et al.1999). Selain itu,
pada beberapa kelompok filogenetik, teknik ini kurang sensitif, seperti
padagetaran,dimana semua isolat diklasifikasikan hanya sebagaigetaran
sp. Selain itu, kelompok yang teridentifikasi adalah
1307
diklasifikasikan menjadi tiga ordo;Actinomycetales (ribotipe
B, G, H, I dan J),Bacillales (ribotipe C, D, E dan F) dangetaran
(ribotipe A) (Gbr.1). PerintahActinomycetales merupakan
kelompok yang paling beragam, terdiri dari tujuh genera
berbeda;Brevibacterium, Dermabacter, Kocuria, Kytococcus,
Microbacterium, NesterenkoniaDanRotia.Perintah Bacillales
diwakili oleh empat genera:Bacillus, Kurthia, Paenibacillus
Danstafilokokus;sementara pesanangetarandiwakili oleh
generagetaranDanListonella (Meja1).
Dengan menganalisis frekuensi ribotipe dan mengaitkannya
dengan identitas yang ditentukan oleh FAME-MIDI, dimungkinkan
untuk membuat prediksi tentang fluktuasi populasi setiap ordo
sepanjang tahun dan pada kedalaman yang berbeda (Gbr. 2).1).
Frekuensi isolat yang lebih tinggi dari ordo tersebutgetaranterlihat
jelas pada sampel musim dingin, sementara diisolasi dari pesanan
Bacillalestampaknya lebih melimpah di musim panas dan pada
kedalaman 0–10 cm. PerintahActinomycetaleslebih konstan melalui
perubahan yang dipertimbangkan (Gbr.1).
Kelompok bakteri yang terdeteksi pada sedimen
mangrove banyak ditemukan di lingkungan laut dan muara
(Holguin dan Bashan1996; Thompson dkk. 2004; Sousa dkk.
2006; Stevens dkk.2007). Perintah getaransebelumnya
dijelaskan dari lingkungan laut yang merespons variasi
cuaca atau faktor lingkungan seperti salinitas (Thompson et
al. 2004; Sousa dkk.2006). PerintahActinomycetalesbanyak
ditemukan di tanah, yang menunjukkan sedikit respon
terhadap faktor abiotik (Tiago et al.2004). Mengingat
keberadaan spesies di dalamnyaActinomycetalesurutan,
meskipun generaNesterenkonia, Kytococcus, KocuriaDan
Rotia diisolasi pada kepadatan rendah, kelompok-kelompok
ini diperkirakan merupakan penghuni sedimen mangrove,
menurut hasil yang dijelaskan sebelumnya (Tiago et al.2004
). Mengenai pesananBacillales,perwakilan dari kelompok ini
adalah
getaran Actinomycetales Bacillales
100%
80%
60%
40%
20%
0%
0-10cm (93) 30-40 cm (66) 0-10 cm (42) 30-40 cm (37)
Musim dingin Musim panas
Gambar 1Kelimpahan relatif dari ketiga ordo yang diwakili oleh sepuluh
ribotipe yang ditemukan di antara isolat bakteri dari sampel sedimen
mangrove pada musim berbeda dan pada dua kedalaman. Angka
setelah kedalaman dalam tanda kurung menunjukkan jumlah isolat
yang dianalisis
123
1308 Bioteknologi Mikrobiol Dunia J (2009) 25:1305–1311

Tabel 1 Identifikasi oleh FAME-MIDI terhadap ribotipe yang dibentuk oleh isolat dari sedimen mangrove

Memisahkan Ribotipe Memesan Pertandingan terbaik Kesamaan (%)

3B31 A getaran Listonellasp. 0,852

5B324 A getaran Listonellasp. 0,739
5B338 A getaran Vibrio aestuarianus 0,852
1B318 A getaran Vibrio fluvialis 0,884
1A312 A getaran getaransp. 0,914
1B321 A getaran getaransp. 0,866
1B35 A getaran getaransp. 0,853
3B34 A getaran getaransp. 0,867
5A36 A getaran getaransp. 0,929
5B321 A getaran getaransp. 0,807
5B330 A getaran getaransp. 0,920
5B337 A getaran getaransp. 0,848
5B350 A getaran getaransp. 0,778
1B2S A getaran getaransp. 0,882
1B3S A getaran getaransp. 0,816
2A33 A getaran getaransp. 0,782
3A372 B Actinomycetales Brevibacterium mcbrellneri 0,628
4A11S B Actinomycetales Dermabactersp. 0,497
5A1S B Actinomycetales Dermabaktersp. 0,446
1A362 B Actinomycetales Mikrobakterisp. 0,600
3A357 B Actinomycetales Mikrobakterisp. 0,533
3B311 B Actinomycetales Mikrobakteri testaceum 0,705
1A362 B Actinomycetales Microbacterium imperiale 0,793
2A17S B Actinomycetales Microbacterium imperiale 0,700
3A35 B Actinomycetales Microbacterium imperiale 0,740
1A364 C Bacillales Bacillus cereus 0,635
5A328 C Bacillales Bacillus cereus 0,671
2B35 C Bacillales Bacillus mycoides 0,559
5A312 C Bacillales Bacillus pumilus 0,630
1A339 C Bacillales Basilsp. 0,523
4B2S C Bacillales Basilsp. 0,325
1B39 C Bacillales Bacillus subtilis 0,550
1A33 C Bacillales Basilsp. 0,570
1B313 C Bacillales Basilsp. 0,690
3B39 C Bacillales Paenibacillussp. 0,480
4A16S D Bacillales Stafilokokussp. 0,611
4A1S D Bacillales Stafilokokussp. 0,778
1A321 E Bacillales Paenibacillus pabuli 0,704
1A310 E Bacillales Paenibacillussp. 0,533
1A328 E Bacillales Paenibacillussp. 0,618
1A365 F Bacillales Kurthia gibsonni 0,554
5A310 F Bacillales Kurthia sibirica 0,429
1A322 G Actinomycetales Nesterenkoniasp. 0,590
3A33 G Actinomycetales Halobia Nesterenkonia 0,721
3A11S H Actinomycetales Kytococcus menetap 0,676
3B14S H Actinomycetales Kytococcus menetap 0,660
5A9S H Actinomycetales Kytococcus menetap 0,555

123
Bioteknologi Mikrobiol Dunia J (2009) 25:1305–1311 1309

Tabel 1lanjutan

Memisahkan Ribotipe Memesan Pertandingan terbaik Kesamaan (%)

3B8S SAYA Actinomycetales Kocuriasp. 0,647

3B35 J Actinomycetales Rotiasp. 0,605

Kode isolat dibentuk berdasarkan titik pengambilan sampel (1–5), diikuti oleh lapisan sampel (A dan B masing-masing menunjukkan 0–10 dan 30–40 cm) dan
jumlah isolat. Selain itu, isolat dengan huruf S pada akhirnya diperoleh melalui pengambilan sampel pada musim panas

sebelumnya dilaporkan di lingkungan muara dan bakau
(Holguin dan Bashan1996).
Sungguh luar biasa bahwa, meskipun pendekatan yang tidak
bergantung pada budaya biasanya tidak sejalan dengan analisis
berbasis budaya, kelompok yang teridentifikasi juga dijelaskan
dalam penelitian lain yang didasarkan pada analisis yang tidak
bergantung pada budaya di lingkungan yang serupa. Di Kanada,
komunitas bakteri yang terkait dengan beberapa ikan, moluska,
sedimen, dan perairan laut dianalisis, mengungkapkan adanya
beberapa genera yang juga diisolasi dalam karya ini.
Termasuk genera tersebutMikrobakterispp.,Kocuriaspp.,
Basilspp. Dangetaranspp., sebagai organisme dominan di
lingkungan ini (Schulze et al.2006).
Produksi enzim oleh bakteri terisolasi
Ditemukannya kelompok tersebut di lingkungan laut dan
muara dapat ditelaah lebih lanjut sebagai sumbernya

Meja 2 Produksi enzim oleh isolat ditemukan pada sedimen mangrove dan diklasifikasikan ke dalam tiga ordo bakteri

Memesan Memisahkan Aktivitas enzimatik

Amilase Protease esterase Lipase

getaran 1A311 tidak 4.24±0,12b tidak tidak

1B32 5.13±0,07 a–e tidak 2.97±0,28ab 3.27±0,08 SM

1B35 6.44±0,75 a–c 2.31±0,22 cd tidak tidak

2A33 tidak 8.96±0,77 a 2.28±0,14 s–f 2.74±0,11 b–g

2B324 1.78±0,06fg 0,00 2.53±0,27 M – M 4.80±0,11 a
2B326 5.46±0,30 M – M 0,00 1.57±0,26 saya–k 1.91±0,08 jam–k
2B327 0,00 4.36±0,22b 1.89±0,11 e–j 2.31±0,09 e–k
2B331 6.65±1.04ab tidak 2.24±0,46 c–g 2.51±0,14 c – saya

2B38 tidak 0,00 2.40±0,10 b–e 2.00±0,23 gram–k

3B33 0,00 9.48±0,64 a 2.19±0,17 c – jam 2.33±0,16 e–k
4A312 tidak 3.35±0,53 SM 2.43±0,14 b–e 3.15±0,22 b–d
4A313 6.13±0,70 M – M tidak 0,00 1.91±0,12 jam–k
4A35 5.00±0,58 a–e tidak 1.58±0,11 jam–k 2.79±0,18 bf
4B312 3.42±0,48 d–f 3.35±0,53 SM 2.43±0,14 b–e 3.33±0,00b
4B314 7.26±0,90 a tidak 1.08±0,12jk 1.83±0,04 saya–k
4B37 4.17±0,48 b–f tidak 1.72±0,06 f–j 2.87±0,07 b–e
4B38 6.22±0,95 a–c 2.5±0,28 cd 1.67±0,00 gram–k 2.40±0,05 d–k
4B39 0,00 7.93±0,86 a 1.89±0,00 e–j 1.67±0,00 j–k
5A32 4.86±0,22 a–e 2.06±0,48 cd 2.16±0,08 e–i 2.71±0,35 b–jam
5A36 tidak 0,00 2.52±0,29 b–d 2.5±0,00 c–i
5B31 4.7±0,22 a–e tidak 2.16±0,18 e–i 3.38±0,09b
5B312 6.16±0,71 a–c 0,00 tidak tidak

5B313 5.40±0,00 a–e 0,00 3.14±0,14 a 2.46±0,18 c–j

5B323 6.24±0,88 a–c tidak 1.66±0,11 gram–k 2.05±0,10 f–k
5B328 5.92±0,38 M – M 3.03±0,25 b–d 0,00 0,00
5B329 tidak 8.21±0,74 a 2.00±0,08 hari – j 1.61±0,04kl
5B33 4.44±0,38 b–f tidak 2.16±0,08 e–i 2.71±0,20 b–jam
5B336 tidak tidak 2.78±0,19 a–c 2.33±0,16 e–k
5B337 3.77±0,37 s–f tidak 2.50±0,00 b–e 2.42±0,07 d–k
5B340 6.60±0,40ab tidak 0,00 1.86±0,02 saya–k

123
1310 Bioteknologi Mikrobiol Dunia J (2009) 25:1305–1311

Meja 2lanjutan

Memesan Memisahkan Aktivitas enzimatik

Amilase Protease esterase Lipase

Actinomyetales.dll 1A358 3.35±0,34ab 0,00 0,00 0,00

1A373 0,00 0,00 0,00 4.07±0,18ab
1B18S 2.80±0,14 b–f 0,00 0,00 4.25±1.25ab
1B5S 2.2 8±0,25 e–jam 2.43±0,20 efek 2.77±0,15b 2.29±0,17 M – M
1B7S 3.25±0,05 a–c 0,00 0,00 4.00±0,00ab
2A13S 3.26±0,08 a–c 3.71±0,29 M – M 0,00 4.83±0,16 a
2A1S 0,00 3.08±0,14 a–e 0,00 0,00
2A21S 0,00 3.71±0,29 M – M 0,00 3,95±0,12ab
2A23S 3.22±0,10 M – M 0,00 0,00 1.94±0,22 M – M
2A324 3.05±0,05 a–e 0,00 0,00 3.83±0,23ab
2A370 3.20±0,14 M – M 0,00 0,00 4.25±0,25ab
3A1S 0,00 3.23±0,22 a–e 0,00 0,00
3A35 2.28±0,14 e–jam 3.00±0,09 b–e 0,00 0,00
3B2S 1.92±0,04gh 4.02±0,18ab 0,00 0,00
3B311 3.25±0,09 a–c 0,00 0,00 3.08±0,08 b–d
3B320 0,00 0,00 0,00 3.84±0,27ab
4A11S 0,00 4.28±0,46 a 3.37±0,34 a 0,00
4A353 2.79±0,18 b–f 0,00 0,00 4.22±0,25ab
5A2S 0,00 3.71±0,41 M – M 3.02±0,23ab 0,00
5A4S 3.64±0,14 a 0,00 0,00 0,00
5A5S 0,00 3.79±0,12 a–c 0,00 0,00
5B2S 0,00 3.28±0,27 a–e 0,00 0,00
5B3S 2.44±0,23 hari – g 4.07±0,34ab 0,00 0,00
5B5S 3.11±0,35 M – M 0,00 0,00 3.30±0,12 SM
Bacillales 1A33 5.06±0,33 a 4.67±0,18ab 4.67±0,18ab 1.48±0,05d
1A337 2.86±0,33ab 5.53±0,36 a 0,00 0,00
1A339 3.75±0,66ab 3.74±0,06 SM 1.16±0,03d 3.86±0,18 a
1A364 0,00 0,00 0,00 0,00±0,00 e
1B39 4.83±0,73 a 5.36±0,13 a 1.18±0,23 cd 1.73±0,24 cd
2A349 3.62±0,53ab 4.04±0,35 a–c 1,50±0,17 b–d 1.47±0,14 d
2B35 3.20±0,33ab 2.84±0,04 c 1.15±0,03d 1.97±0,03 cd
3A312 4.09±0,86ab 5.25±0,36ab 1.32±0,08 cd 1.45±0,13d
4B2S 2.33±0,59b 5.11±0,33ab 2.34±0,08 a 2.68±0,20b
5A1S 0,00 0,00 0,00 0,00
5A312 0,00 4.63±0,67ab 1.80±0,04 a–c 1.33±0,01 d
5B312 0,00 0,00 1.97±0,04ab 2.33±0,16 SM

Isolat yang diklasifikasikan sebagai sepuluh produsen tingkat tinggi ditampilkan dalam huruf tebal;tidakberarti tidak ditentukan

aplikasi industri dan bioteknologi. Ketersediaan unsur
hara dan kandungan bahan organik di mangrove
bervariasi. Dalam sedimen laut,Mikrobakterispp. Dan
getaranspp. telah ditemukan berasosiasi dengan hewan
laut di mana mereka berkontribusi terhadap
dekomposisi molekul biologis (Yu et al.2004).
Isolasi yang berafiliasi dengangetarantampaknya menjadi
kelompok penghasil enzim yang dominan dalam masyarakat
bila dibandingkan dengan kelompok lain (Actinomycetales
DanBacillales),terutama untuk produksi amilase dan protease.
Enzim lain dapat diproduksi dalam jumlah yang sama oleh
ketiga kelompok (Tabel2). Perintahgetaranterungkap
serbaguna secara metabolik, dengan produksi enzim yang
tinggi. Penelitian sebelumnya juga menunjukkan hal itu
getaranmerupakan kelompok penghasil enzim, dan merupakan
isolat dariVibrio fluvialisdari sedimen bakau digunakan untuk
menghasilkan protease ekstraseluler basa dengan efisiensi
tinggi untuk digunakan dalam deterjen industri (Venugopal dan

123
Bioteknologi Mikrobiol Dunia J (2009) 25:1305–1311
Sarama2006). walaupungetaranadalah produsen enzimatik utama,
bakteri terisolasi lainnya (ActinomycetalesDanBacillales)juga
menunjukkan kemampuan untuk menghasilkan enzim yang
ditargetkan, meskipun pada tingkat yang lebih rendah.
Produksi enzim yang sangat tinggi oleh isolat tidak diamati. Oleh
karena itu, data menyajikan isolat dengan produksi enzimatik di
hutan bakau, di mana terdapat kondisi lingkungan yang luar biasa,
seperti salinitas yang lebih tinggi dan ketersediaan oksigen yang
rendah. Mengingat hal tersebut, enzim-enzim ini dapat dieksplorasi
lebih lanjut berdasarkan fungsi diferensialnya, dan untuk
pemuliaan genetik yang mengarah pada tingkat produksi yang
lebih tinggi.
Ucapan Terima KasihPekerjaan ini didanai oleh dukungan finansial dari
FAPESP/BIOTA (hibah 04/13910-6 diberikan kepada ISM, fellowship 06/57060-1
diberikan kepada PTL dan fellowship 07/56360-4 diberikan kepada FDA) dan
CNPq (fellowship diberikan kepada ACFD ).
Referensi
Almeida MA, Cunha MA, Dias JM (2007) Produktivitas bakteri
distribusi selama tahun hujan di sistem muara. Mikroba Ekol
53:208–220. doi:10.1007/s00248-005-0082-6
Hankin L, Anagnostakis SL (1975) Penggunaan media padat untuk
deteksi produksi enzim oleh jamur. Mikologia 67:597– 607.
doi:10.2307/3758395
Heuer H, Krsek M, Baker P, Smalla K, Wellington EMH (1997)
Analisis komunitas actinomycete dengan amplifikasi spesifik gen
yang mengkode 16S rRNA dan pemisahan gel-elektroforesis dalam
gradien denaturasi. Appl Environ Microbiol 63:3233–3241 Heyrman
J, Mergaert J, Denys R, Swings J (1999) Penggunaan lemak
analisis asam metil ester (FAME) untuk identifikasi bakteri
heterotrofik yang terdapat pada tiga lukisan mural yang
menunjukkan kerusakan parah oleh mikroorganisme. Mikrobiol
FEMS Lett 181:55–62. doi:10.1111/j.1574-6968.1999.tb08826.x
Holguin G, Bashan Y (1996) Fiksasi nitrogen olehAzospirillum
brasilenseCD dipromosikan ketika dikultur bersama dengan
bakteri rhizosfer bakauStafilokokussp. Biokimia Biol Tanah
28:1651–1660. doi:10.1016/S0038-0717(96)00251-9 Holguin G,
Zamorano PG, De-Bashan LE, Mendoza R, Amador E,
Bashan Y (2006) Kesehatan mangrove di lingkungan gersang yang
dirambah oleh pembangunan perkotaan—sebuah studi kasus.
Lingkungan Total Sains 363:260–274. doi:10.1016/j.scitotenv.2005.05.026
Kathiresan K, Selvam MM (2006) Evaluasi bakteri menguntungkan
dari tanah mangrove. Bot Mar 49:86–88. doi:10.1515/BOT.
2006.011
Lihat statistik publikasi
1311
Lageiro MM, Moura MJ, Reis A, Ferreira MJC (2007) Mikroba
aplikasi protease dalam industri kulit. J Bioteknologi 131:S239–
S240. doi:10.1016/j.jbiotec.2007.07.717
Schulze AD, Alabi AO, Sheldrake ART, Miller KM (2006) Bakteri
keanekaragaman dalam pembenihan laut: keseimbangan antara strain
bakteri patogen dan berpotensi probiotik. Budidaya Perairan 256:50–73.
doi:10.1016/j.akuakultur.2006.02.008
Sierra GA (1957) Sebuah metode sederhana untuk mendeteksi lipolitik
aktivitas mikroorganisme dan beberapa pengamatan terhadap
pengaruh kontak antara sel dan substrat lemak. Anton Lee
28:15–22. doi:10.1007/BF02545855 Sivaramakrishnan S,
Gangadharan D, Nampoothiri KM, Soccol CR,
Pandey A (2006)A-Amilase dari sumber mikroba – gambaran umum
perkembangan terkini. Teknologi Pangan Bioteknologi 44:173– 184
Smibert RM, Krieg NR (1994) Karakterisasi fenotipik. Di dalam:
Gerhardt P, Murray RGE, Wood WA, Krieg NR (eds) Metode
bakteriologi umum dan molekuler. Persatuan Mikrobiologi
Amerika, Washington, hlm 607–654
Sousa OV, Macrae A, Menezes FGR, Gomes NCM, Vieira RHSF,
Mendonça-Hagler LCS (2006) Dampak limbah budidaya
udang terhadap komunitas bakteri di perairan bakau,
Ceara, Brazil. Mar Pollut Banteng 52:1725–1734. doi:
10.1016/j.marpolbul.2006.07.006
Stevens H, Brinkhoff T, Rink B, Vollmers J, Simon M (2007)
Keanekaragaman dan kelimpahan bakteri gram positif di ekosistem
pasang surut. Mikrobiol Lingkungan 9:1810–1822
Thompson FL, Iida T, Swings J (2004) Keanekaragaman Hayati Vibrio.
Mikrobiol Mol Biol Wahyu 68:403–431. doi:10.1128/
MMBR.68.3.403-431.2004
Tiago I, Chung AP, VerSayassimo A (2004) Keanekaragaman bakteri pada a
lingkungan basa nonsaline: populasi aerobik heterotrofik.
Mikrobiol Lingkungan Aplikasi 70:7378–7387. doi:10.1128/
AEM.70.12.7378-7387.2004
Venugopal M, Saramma AV (2006) Karakterisasi basa
protease dariVibrio fluvialisstrain VM10 diisolasi dari
sampel sedimen mangrove dan penerapannya sebagai
aditif deterjen. Proses Biokimia 41:1239–1243. doi:10.1016/
j.procbio.2005.12.025
Yu CF, Yu PHF, Chan PL, Yan Q, Wong PK (2004) Dua novel
spesies bakteri penghasil tetrodotoxin yang diisolasi dari ikan
buntal laut beracun. Racun 44:641–647. doi:10.1016/
j.toksikon.2004.07.021
Zhou HW, Guo CL, Wong YS, Tam NFY (2006) Keanekaragaman genetik
gen dioksigenase pada bakteri pendegradasi hidrokarbon aromatik
polisiklik yang diisolasi dari sedimen mangrove. Mikrobiol FEMS
Lett 262:148–157
123