DOI: 10.24843/metamorfosa.2020.v07.i02.p09
https://ojs.unud.ac.id/index.php/metamorfosa/article/view/51837
JURNAL METAMORFOSA
Journal of Biological Sciences
eISSN: 2655-8122
http://ojs.unud.ac.id/index.php/metamorfosa
Eksplorasi Dan Identifikasi Mikroba Yang Diisolasi dari Rhizosfer Tanaman Stroberi (Fragaria
x ananassa Dutch.) Di Kawasan Pancasari Bedugul
Exploration And Identification Of Microbes Isolated from Strawberry (Fragaria x ananassa Dutch.)
Rhizosphere In Pancasari Bedugul, Bali
Gustu Widi Kencana Putra1, Yan Ramona1,2, Meitini Wahyuni Proborini1
1
Program Studi Magister Biologi, FMIPA, Universitas Udayana
2
UPT Laboratorium Terpadu Biosain dan Bioteknologi, Uninersitas Udayana
Email: yan_ramona@unud.ac.id
INTISARI
Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi mikroba yang terdapat pada
daerah rhizosfer tanaman stroberi (Fragaria x ananassa Dutch.) yang dibudidayakan di kawasan
Pancasari, Bedugul Bali. Jenis penelitian ini termasuk deskriptif eksploratif yang dilakukan pada bulan
April sampai bulan Juli 2018. Sampel tanah diambil pada bagian rhizosfer tanaman stroberi dan
mikroba yang terdapat didalamnya diisolasi dengan metoda pengenceran dan sebar, dimurnikan dan
diidentifikasi di Laboratorium Mikrobiologi Pangan FTP Universitas Udayana. Karakteristik penting
mikroba yang diamati dibandingkan dengan yang tertera pada buku referensi Bergey’s Manual of
Determine Bacteriology 9th Edition (Holt et al., 1994) untuk isolat bakteri dan buku kunci identifikasi
jamur (Barnett and Hunter, 1972; dan Pitt and Hocking, 2009). Mikroba yang berhasil diisolasi dan
diidentifikasi pada penelitian ini adalah jamur-jamur Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Fusarium
oxysporum, Colletotrichum sp., dan bakteri-bakteri Pseudomonas sp. dan Bacillus sp.
.
Kata Kunci: rhizosfer, stroberi, mikroba.
ABSTRACT
The main objective of this research was to isolate and identify microbes residing in the
rhizosphere zone of strawberry (Fragaria x ananassa Dutch.), cultivated at Pancasari village, Bedugul
Bali. This was an explorative and descriptive research conducted from April to July 2018. Soil samples
were collected from the rhizosphere of strawberry plants and microbes residing in them were isolated by
applying dilution and platting method, purified, and identified at the Food Microbology Laboratory,
Faculty of Agricultural Technology, Udayana University. Important characteristics of the isolated
microbes were compared to those specified in references, such as Bergey’s Manual of Determine
Bacteriology 9th Edition (Holt et al., 1994) for bacterial isolates and Fungal Identification keys (Barnett
and Hunter, 1972; dan Pitt and Hocking, 2009) for fungal isolates. Microbes successfully isolated and
identified in this research included fungi and bacteria belong to Aspergillus flavus, Aspergillus niger,
Fusarium oxysporum, and Colletotrichum sp., Pseudomonas sp., and Bacillus sp.
205
Metamorfosa:Journal of Biological Sciences 7(2): 205-213 (September 2020) eISSN: 2655-8122
206
Metamorfosa:Journal of Biological Sciences 7(2): 205-213 (September 2020) eISSN: 2655-8122
sebar pada medium Potatto Dextose Agar pada bakteri tanah seperti yang dilaporkan oleh
(PDA) yang ditambah streptomycin 50 mg/L Wulansari dkk. (2015).
atau medium Nutrient Agar (NA) yang
ditambah nystanin 10 µg/L. Sebanyak 10 gram
sampel diencerkan 10 kali dengan cara
menambahkan air pengencer sampai volume HASIL
akhir 100 ml, dan selanjutnya dilakukan Isolat Mikroba Rhizosfer
pengenceran berseri sampai diperoleh tingkat Pada sampel tanah rhizosfer tanaman
pengenceran 10-5. Masing-masing hasil stroberi (Fragaria x annassa Dutch.) sehat dan
pengenceran tersebut kemudian diambil terinfeksi penyakit, yang sampel tanahnya
sebanyak 0,1 mL menggunakan pipet mikro dan diambil dari kawasan Pancasari, Bedugul Bali,
disebar pada media diatas (Dwiastuti dkk. berhasil diisolasi sebanyak 13 isolat mikroba,
2015). Medium PDA dan NA yang sudah yang terdiri dari 8 isolat jamur dan 5 isolat
diinokulasi selanjutnya diikubasi selama 5 hari bakteri. Isolat-isolat tersebut ditunjukkan pada
pada temperatur berturut-turut 370C dan suhu Tabel 1.
kamar. Koloni mikroba yang tumbuh
dimurnikan dengan streak for single colony Tabel 1. Isolat Mikroba Rhizosfer pada
pada media baru dan diikubasi selama 48 jam Rhizosfer Tanaman Stroberi Sehat dan
pada temperatur 37 oC, untuk memperoleh Rhizosfer Tanaman Stroberi Terinfeksi
biakan murni. Penyakit di Kawasan Pancasari Bedugul Bali.
b) Colletotrichum sp.
Colletotrichum sp. memiliki ciri
morfologi miselium yang berwarna putih abu-
abu. Pada medium PDA, koloni yang sudah tua
terdapat noda-noda hitam pada permukaan Gambar 3. (A) Koloni biakan murni Aspergillus
koloninya. flavus yang berumur 7 hari pada media PDA. (B)
Bentuk mikroskopis Aspergillus flavus. Keterangan:
(1) Vesikel, (2) Konidia, (3) Konidiofor.
208
Metamorfosa:Journal of Biological Sciences 7(2): 205-213 (September 2020) eISSN: 2655-8122
d) Aspergillus niger
Aspergillus niger memiliki ciri spora
berwarna putih kehitaman dan intensitas
warnanya bertambah pada biakan yang semakin
tua. Bentuk permukaan koloninya timbul
dengan tekstur yang halus pada medium PDA.
A. niger memiliki ciri mikroskopis vesikel yang
berbentuk bulat dengan diameter yang berkisar
antara 17,52 sampai 23,4 µm. Pada permukaan
vesikelnya terdapat sterigma kemudian fialid,
dimana konidianya terdapat. Konidianya
berbentuk bulat dengan kisaran diameter antara
3,5 sampai 4,5 µm. Konidioforanya panjang dan Karakteristik isolat yang tertera pada
berbentuk silinder serta tidak berwarna (hialin) Tabel 2 mengarah pada genus Pseudomonas
(Gambar 4). (isolat B1 dan B3) dan Bacillus (isolat B2, B4,
dan B5) setelah dicocokkan dengan
karakteristik yang tertera pada buku Bergey’s
Manual of Determine Bacteriology 9th Edition
(Holt et al., 1994). Pada penelitian ini, genus
Bacillus merupakan antagonis dominan pada
daerah rhizosfer tanaman stroberi yang sehat di
kawasan Pancasari, Bedugul Bali.
Secara mikroskopis, isolat Pseudomonas
sp. Memiliki ciri sel yang berbentuk batang
tunggal dengan ukuran 0,83-1,94 x 0,2-0,64
Gambar 4. Bentuk makrokopis dan mikroskopis µm, sedangkan isolat bakteri Bacillus sp.
Aspergillus niger. (A) Koloni biakan murni memiliki sel berbentuk batang berantai dengan
Aspergillus niger yang berumur 7 hari pada media ukuran 2,54-2,93 x 0,64-1,75 µm (Gambar 5).
PDA. (B) Bentuk mikroskopis Aspergillus niger. A B
Keterangan: (1) Vesikel, (2) Konidia, (3)
Konidiofor.
209
Metamorfosa:Journal of Biological Sciences 7(2): 205-213 (September 2020) eISSN: 2655-8122
Odelade dan Babalola (2019). Mikroba yang berbentuk silindris (Gambar 2). Hal ini sejalan
hidup pada zona ini dapat bersifat pathogen atau dengan hasil penelitian Smith and Black (1990),
bermanfaat bagi tanaman sebagai pelindung yang melaporkan bahwa morfologi dan
dari infeksi pathogen (sebagai antagonis dari karakteristik jamur Colletotrichum sp. yang
pathogen tanaman). diisolasi pada tanaman stroberi memiliki bentuk
Pada penelitian ini berhasil diisolasi spora gelondong dan warna koloni putih abu-
beberapa jamur pathogen, seperti Fusarium abu.
oxysporum dan Colletotrichum sp. seperti yang Genus Aspergillus yang berhasil diisolasi
ditunjukkan pada Tabel 1. Beberapa peneliti pada penelitian ini (Gambar 4 dan Tabel 1)
sebelumnya, seperti Muxiang dkk. (2014) dlaporkan mempunyai sifat antagonis terhadap
melaporkan bahwa F. oxysporum dan penyakit layu pada berbagai jenis tanaman
Colletotrichum sp. merupakan jamur yang (Suryanti dkk., 2013). Kelompok jamur
bersifat patogen pada tanaman stroberi. Infeksi Aspergillus sp. merupakan salah satu jamur
jamur ini pada tanaman stroberi menyebabkan yang bersifat kosmopolit, karena
penyakit layu pada tanaman ini. Penelitian penyebarannya sangat luas dan dapat dijumpai
serupa yang dilakukan oleh Dwiastuti dkk. di berbagai tempat (Agrios, 2005). Morfologi
(2015) juga melaporkan jamur Fusarium koloni jamur Aspergillus niger memiliki spora
oxysporum sebagai penyebab utama penyakit berwarna putih kehitaman dan intensitas warna
layu di kawasan Pandanrejo dan Sumber spora ini semakin pekat sejalan dengan semakin
Brantas Kabupaten Malang. Penelitian terbaru tuanya umur koloni (Gambar 4). Sementara itu,
yang dilakukan oleh Wirya dkk. (2017) di Aspergillus flavus yang juga berhasil diisolasi
daerah Bedugul dan sekitarnya juga melaporkan pada penelitian ini mempunyai ciri morfologi
Fusarium oxysporum sebagai penyebab koloni yang berwarna hijau sampai hijau
penyakit layu pada tanaman stroberi. kekuningan, dengan bentuk koloni granular dan
Fusarium oxysporum merupakan patogen kompak (Gambar 3). Menurut Scheidegger and
tular tanah (soil borne pathogen) yang dapat Payne (2003) Aspergillus flavus merupakan
menginfeksi berbagai jenis tanaman, seperti jamur saprofit yang berada di dalam tanah dan
buah naga, semangka, stroberi, dan tanaman berperan sebagai dekomposer sisa-sisa
sayuran (Akanmu dkk., 2013). Keberadaan tumbuhan dan binatang yang telah mati.
jamur pathogen ini di dalam tanah dapat Aspergillus niger merupakan jenis jamur
bertahan dalam jangka waktu lama, walaupun antagonis yang biasa digunakan untuk
tanpa kehadiran inangnya. Hal ini disebabkan menghambat pertumbuhan jamur patogen F.
oleh kemampuannya membentuk klamidospora oxysporum, seperti yang dilaporkan oleh Suniti
yang merupakan struktur resisten dari jamur ini, dan Sudarma (2016). Sarah dkk. (2018) juga
sehingga mampu bertahan pada lingkungan melaporkan penggunaan jamur A. niger sebagai
yang miskin unsur hara (Nicoli dkk., 2013). agen biokontrol untuk mengendalikan
Selain F. oxysporum, Colletotrichum sp. pertumbuhan jamur F. oxysporum pada bawang
juga berhasil diisolasi pada penelitian ini (Tabel merah (Allium cepa L.), dan efektivitas daya
1). Colletotrichum sp. merupakan kelompok hambatnya mencapai 66,33%.
jamur yang bersifat tular benih (seed borne) dan Selain jamur, kelompok bakteri juga
dapat bertahan hidup pada sisa tanaman yang berhasil diisolasi pada penelitian ini (Tabel 1).
mati di dalam tanah (Garg dkk., 2013) dan Isolat bakteri yang diperoleh teridentifikasi
merupakan penyebab utama penyakit sebagai Pseudomonas sp. dan Bacillus sp.
antraknosa pada tanaman cabai merah (Hariati, (Gambar 5; Tabel 2). Chakravarty and Kalita,
2007). (2012) menyatakan bahwa bakteri kelompok
Berdasarkan hasil identifikasi yang telah genus Pseudomonas dan Bacillus merupakan
dilakukan, Colletotrichum sp. memiliki ciri bakteri antagonis yang mudah diisolasi dan
morfologi koloni yang berwarna putih abu-abu cenderung mendominasi pada lingkungan
dengan apresorium berbentuk lonjong dan spora rhizosfer. Menurut Moore dkk. (2006) bakteri
210
Metamorfosa:Journal of Biological Sciences 7(2): 205-213 (September 2020) eISSN: 2655-8122
Pseudomonas sp. mampu memanfaatkan dilakukan percobaan skala rumah kaca atau
berbagai senyawa organik maupun anorganik skala lapangan.
sehingga dapat bertahan pada berbagai kondisi
lingkungan. Sementara itu, Bacillus sp. UCAPAN TERIMA KASIH
memiliki kemampuan untuk membentuk Penulis mengucapkan terima kasih kepada
endospora yang memungkinkan kelompok ini Bapak Nyoman Widana yang telah
dapat bertahan hidup dalam jangka waktu yang meminjamkan lahan perkebunan stroberinya di
lama serta pada kondisi lingkungan yang kawasan Pancasari Bedugul Bali, untuk
ekstrim (Emmert and Handelsman, 1999). digunakan selama penelitian ini. Selain itu
Genus Pseudomonas dan Bacillus juga dikenal ucapan terima kasih juga disampaikan kepada
sebagai kelompok bakteri pelarut fosfat, seluruh staff laboran di Laboratorium
sehingga dapat dipakai sebagai biofertilizer Mikrobiologi Pangan FTP Unud yang telah
dengan cara melarutkan unsur fosfat. Hal ini memberikan kontribusi dan bantuannya selama
akan meningkatkan ketersediaan unsur P bagi penelitian ini dilakukan.
tanaman (Marista dkk. 2013).
Faktor lingkungan dapat mempengaruhi DAFTAR PUSTAKA
keberadaan mikroba rhizosfer di dalam tanah Agrios, G. N. 2005. Plant Pathology 5th
antara lain derajat keasaman (pH), temperatur Editions. New York : Elsevier Academic
dan kelembaban (Semangun, 2001). Selain Press.
faktor diatas, kondisi tanah memiliki peranan Akanmu, A. O., M. A. Abiala, and A. C.
penting yang dapat mempengaruhi diversitas Odebode. 2013. Pathogenic Effect of
mikroba pada zona rhizosfer (Wang dkk., Soilborne Fusarium Species on the
2006). Tanah yang memiliki tingkat kesuburan Growth of Millet Seedlings. World
tinggi cenderung memiliki keragaman mikroba Journal of Agricultural Sciences 9(1): 60
yang tinggi, karena mikroba-mikroba tersebut – 68.
berperan dalam menghancurkan atau Amelia, R. dan P. Aditiawati. 2016.
mendekomposisi limbah organik, memfiksasi Keanekaragaman Bakteri Rhizosfer
nitrogen, meningkatkan kelarutan fosfat, dan Pemacu Pertumbuhan Tanaman (Plant
membantu penyerapan unsur hara. Hasil-hasil Growth Promoting Rhizobacteria /PGPR)
dari proses-proses tersebut dapat dimanfaatkan Selama Pertumbuhan Ubi Jalar Cilembu
oleh tanaman untuk memacu pertumbuhannya (Ipomoea batatas L. var. Rancing).
(Wulandari dkk. 2013). Prosiding SNIPS. Hal: 899-906.
Barnett, H. L. and B. B. Hunter. 1972.
KESIMPULAN Illustrated Genera of Imperfect Fungi 2th
Mikroba yang berhasil diisolasi dari Edition. West Virginia: Burgress
rhizosfer tanaman stroberi terdiri dari 4 isolat Publishing Company.
jamur (Fusarium oxysporum, Colletotrichum Chakravarty, G., and M. C. Kalita. 2012.
sp., Aspergillus flavus, dan Aspergillus niger) Biocontrol Potential of Pseudomonas
dan 2 isolat bakteri (Pseudomonas sp., dan fluorescens Againts Bacterial Wilt of
Bacillus sp.). Jamur-jamur dan bakteri-bakteri Brinjal and its Possible Plant Growth
tersebut teramati mendominasi rhizosfer Promoting Effects. Annals of Biological
tanaman stroberi dalam penelitian ini. Research 3(11): 5083 – 5094.
Chehri, K., T. J. Saeed, R. N. R. Kasa, A.
SARAN Saeed, and S. Baharuddin. 2010.
Penelitian lanjutan yang dapat dilakukan Occurrence of Fusarium spp. and
adalah mengivestigasi potensi jamur dan bakteri Fumonisins in stored wheat grains
tersebut sebagai agen biokontrol. Uji marketed in Iran. Toxins. 2(28): 16 – 23.
antagonism in vitro merupakan topic penelitian Dwiastuti, M. E., M. N. Fajri, dan Yunimar.
menarik yang dapat dilakukan sebelum 2015. Potensi Trichoderma spp. Sebagai
211
Metamorfosa:Journal of Biological Sciences 7(2): 205-213 (September 2020) eISSN: 2655-8122
212
Metamorfosa:Journal of Biological Sciences 7(2): 205-213 (September 2020) eISSN: 2655-8122
213