PROPOSAL TESIS
OLEH
MUSHOFFA
NIM. 170341864553
Beberapa jenis bakteri endofit diketahui mampu menghasilkan senyawa aktif yang
bersifat antibiotic (Castillo et al 2003), antimalaria (Simanjuntak et al 2004) dan antifungi (Beck
et al 2003). ). Metabolit sekunder termasuk antimikroba yang dapat diproduksi oleh
mikrooorganisme endofit yang dalam habitat aslinya dapat membentuk koloni dalam jaringan
vaskuler tanaman (Bills dan polyshook, 2000). Selain itu kemampuan bakteri endofit
menghasilkan senyawa aktif dalam jumlah besar tersebut merupakan potensi yang dapat
dikembangkan mengingat umumnya senyawa aktif diperoleh dengan mengekstraksi tanaman,
khususnya tanaman obat. Untuk memperoleh senyawa aktif dari tanaman dibutuhkan waktu dan
proses yang lebih rumit dan panjang dibandingkan jika mengekstraksi senyawa dari bakteri
(Purwanto dkk, 2014).
Isolasi bakteri endofit dari sampel tumbuhan dapat dilakukan dengan melakukan
perendaman dalam etanol 70 % selama 1 menit, larutan natrium hipoklorit 5.25 % selama 5
menit, dan dicuci dengan etanol 70 % sebanyak tiga kali. Potongan sampel diiris secara steril
kemudian ditanam dalam media yang mengandung nistatin. Media yang sudah mengandung
sampel tersebut diinkubasi pada suhu ruang dalam keadaan gelap dan diamati setiap hari sampai
ada pertumbuhan koloni. Jika selama 24 jam di sekitar sampel tanaman belum menunjukkan
adanya pertumbuhan mikroba, sterilisasi permukaan dikatakan berhasil. Bakteri endofit yang
tumbuh dimurnikan satu per satu dan dikultivasi dalam agar miring. Isolat bakteri endofit yang
telah murni diidentifikasi secara morfologi berdasarkan warna koloni, bentuk tepian koloni,
elevasi koloni dan konsistensi koloni serta kecepatan pertumbuhan koloni (Modifikasi Desriani
et al. 2013). Metode surface sterilization digunakan pada langkah kerja diatas bertujuan untuk
menghilangkan mikroorganisme epifit pada tumbuhan (Larran dkk. 2001: 1).
Penelitian yang dilakukan oleh Nursanty dan Suhartono (2014) telah berhasil mengisolasi
tujuh isoat bakteri endofit yang berasal dari tumbuhan johar (Cassia siamea Lamk.), antara lain
Isolat DC 2, DC 3 dan BC 3 memiliki kemampuan antibakteri dengan diameter zona hambat
masing-masing 5 mm, 8,5 mm dan 11,5 mm. Anggraini, et al (2017) melakukan isolasi bakteri
endofit dari daun salam dan berhasil memperoleh 11 isolat bakteri dari daun salam, sedangkan 5
isolat mempunyai kemampuan antibakteri yang tinggi dibandingkan dengan 6 isolat lain yang
telah diisolasi sebelumnya.
Bakteri endofit mempunyai arti ekonomis karena menghasilkan senyawa bioaktif yang
sangat potensial untuk dikembangkan menjadi obat. Hal ini karena bakteri endofit
adalah organisme yang mudah ditumbuhkan, memiliki siklus hidup yang pendek daripada
tanaman dan dapat menghasilkan senyawa bioaktif dalam jumlah besar (Prihatiningtiyas dan
Wahyuningsih, 2011). Keuntungan lain yang diperoleh dari pengembangan bakteri endofit
sebagai penghasil antibakteri adalah dapat menjaga kelestarian tumbuhan obat, terutama jenis
tumbuhan yang langka, agar tidak dieksploitasi secara terus menerus yang akhirnya
mengakibatkan kepunahan (Prihatiningtiyas, 2016). Oleh karena itu bakteri endofit sangat
potensial untuk dikembangkan sebagai bahan obat sehingga dapat dilakukan penelitian terkait
dengan mengisolasi bakteri endofit dari beberapa jenis tanaman obat yang telah banyak
dimanfaatkan oleh masyarakat untuk menyebuhkan penyakit.
Sebelum melakukan isolasi dan pengamatan fungi dan bakteri endofit, terlebih dahulu
dipilih tanaman yang memungkinkan terdapat mikroorganisme edofit, tanaman yang dapat
dilakukan pengamatan fungi endofit biasanya memiliki ciri-ciri antara lain memiliki habitat atau
cara hidup yang unik, atau tidak seperti tanaman pada umumnya. memiliki sejarah etnobotani,
misalnya: tanaman yang dapat digunakan untuk pengobatan, merupakan tanaman endemik yang
berumur panjang, tumbuh pada area yang memiliki keanekaragaman tumbuhan yang tinggi.
Sehingga kami memilih tanaman brotowali (Tinosphora crassa) untuk kami isolasi bakteri
endofitnya, karena tanaman brotowai mempunyai sejarah etnobotani sebagai tanaman obat yang
banyak dimanfaatkan oleh masyarakat untuk meyebuhkan beberapa jenis penyakit.
Keterampilan proses sains dalam melakukan isolasi, karakterisasi, dan identifikasi bakteri
endofit dari tanaman brotowali serta pengujian potensi metabolit sekundernya sebagai penghasil
antibakteri tersebut nantinya akan kami kembangkan keterampilan tersebut menjadi bahan ajar
mikrobiologi bagi mahasiswa S1 studi biologi. Hal ini dimaksudkan agar pembelajaran yang
dilakukan lebih efektif dengan memiliki buku ajar yang berisi cakupan materi yang aplikatif
yang melibatkan peserta didik dalam menyelesaikan masalah yang ada pada dunia nyata
(Dunham, 2002 dalam Rahmawati, 2017). Hal ini juga didukung oleh parmin dan paniati (2012)
dalam Rahmawati (2017), yang menyatakan bahwa hasil-hasil penelitian dan eksperimen yang
relevan perlu dijadikan materi pembelajaran di perguruan tinggi melalui buku ajar sehingga
karya para peneliti dapat berdayaguna dan termanfaatkan dengan baik tidak terabaikan begitu
saja.
Mikrobiologi merupakan salah satu mata kuliah wajib yang ada di Universitas Islam
Negeri (UIN) Malang, yang mana dalam mta kuliah mikrobiologi mahasiwa diajarkan untuk
mengenal peran beberapa mikroorganisme yang terdiri dari bakteri, jamur, protista yang
dipelajari di dalamnya . Materi Mikrobiologi yang disampaikan oleh dosen merupakan mata
pelajaran yang relevan dengan kebutuhan sehari-hari karena banyak sekali produk yang
dihasilkan oleh mikroorganime tersebut, terutama bakteri yang menghasilkan suatu metabolit
sekunder yang dapat dimanfaatkan sebagai antibakteri untuk obat kesehatan, namun yang
menjadi kendala respon mahasiswa terhadap keterampilan proses sains melalui kegiatan
praktikum pada materi bakteri endofit sangatlah kurang, karena tidak dilakukan kegiatan
praktikum tentang bakteri endofit, kegiatan pembelajaran hanya dilakukan dengan pembelajaran
teori saja, sehingga mahasiswa tidak memiliki keterampilan dalam mengisolasi, identifikasi,
serta memanfaatkan potensi bakteri endofit sebagai antibakteri secara maksimal. Sehingga
perlulah disusun modul pembelajaran bioteknologi yang dapat dijadikan sebagai bahan ajar oleh
seorang guru untuk meningkatkan keterampilan dan hasil belajaran siswa.
1. Kegunaan Teoritis
a. Hasil penelitian diharapakan dapat memperkaya kajian dalam bidang biologi
pertanian dan kesehatan
b. Hasil penelitian dharapkan mampu menyediakan tambahan materi akademik
mengenai mikrobiologi
c. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan imformasi mengenai beberapa jenis
bakteri endofit yang berasal dari tanaman brotowali serta metabolit sekunder yang
berasal dari bakteri tersebut sebagai antibakteri
2. Kegunaan Praktis
a. Merekomendasikan modul pembelajaran yang berisi tentang materi mikrobiologi
tentang bakteri endofit dan panduan untuk melakukan teknik isolasi yang natinya
diidentifikasi untuk menentukan bakteri endofit dari tanaman brotowali
b. Memberikan panduan praktis kepada mahasiswa yang menempuh mata kuliah
mikrobiologi untuk memprediksi potensi bakteri endofit yang diisolasi dari tanaman
brotowali untuk menghasilkan metabolit sekunder sebagai antibakteri.
Ruang lingkup dan keterbatasan pada penelitian ini dijabarkan sebagai berikut :
1. Ruang Lingkup
Ruang lingkup penelitian ini adalah isolasi, karakterisasi dan identifikasi bakteri
endofit dari tanaman brotowali sebagai penghasil senyawa metabolit sekunder yang
berpotensi sebagai antibakteri. Hasil penelitian digunakan sebagai bahan dalam
pengembangan modul pembelajaran mikrobiologi berbasis penelitian eksploratif untuk
matakuliah mikrobiologi di UIN Malang
2. Keterbatasan Penelitian
Keterbatasan penelitian ini yaitu :
a. Bahan utama yang digunakan pada penelitian tahap I berupa tanaman brotowali yang
diperoleh dari Balai Material Medika Batu kemudian dilakukan isolasi dengan
melakukan sterilisasi permukaan tanaman yang dengan menggunakan NaOCl
kemudian diidentifikasi menggunakan alat Microbact 2E untuk mengetahui jenis
bakteri endofit.
b. Modul pembelajaran yang dikembangkan pada penelitian tahap II menggunakan
model pengembangan Borg & Gall. Modul pembelajaran ditujukan untuk mahasiswa
S1 Biologi Universitas Islam Negeri (UIN) Malang
c. Modul pembelajaran yang dikembangkan bersisi materi tentang Mikrobiologi
khususnya mikrobiologi di bidang pertanian dan kesehatan, bakteri endofit, metabolit
sekunder dari bakteri, antibakteri, dan pengujian antibakteri
d. Data yang diperoleh dari penelitian tahap II adalah data yang diperoleh dari proses
validasi oleh dosen ahli isi materi, ahli media pembelajaran, dosen praktisi
pembelajaran dan uji joba perorangan.
1.6 Definisi Operasional
Definisi operasional dalam penelitian dan pengembangan ini adalah sebagai berikut :
1. Modul pembelajaran dikembangkan berdasarkan hasil penelitian eksploratif isolasi,
karakterisasi dan identifikasi bakteri endofit sebagai penghasil antibakteri dari tanaman
brotowali dikembangkan dengan model Borg & Gall yang divalidasi oleh ahli isi materi,
ahli media pembelajaran, dosen praktisi pembelajaran dan uji joba perorangan. Validasi
menggunakan instrument validasi dengan menggunakan skor yang tekah tersedia. Buku
ajar ini diimplementasikan kepada mahasiswa untuk mengetahui kepraktisan dan
keefektifan menggunakan instrument berupa angket penelitian.
2. Bakteri endofit merupakan mikroorganisme secara alami hidup di dalam jaringan
tumbuhan, namun tidak memberikan dampak negatif terhadap tumbuhan tersebut. Bakteri
endofit yang diisolasi dari tanaman inang mempunyai potensi dapat menghasilkan
metabolit sekunder yang dapat digunakan sebagai antibakteri.
3. Tanaman brotowali (Tinosphora crassa) merupakan merambat dengan panjang mencapai
2,5 meter atau lebih. Brotowali tumbuh baik di hutan te rbuka atau semak belukar di
daerahtropis. Batang Brotowali hanya sebesar jari kelingking, berbintil- binti lrapat dan
rasanya pahit. Daun dan batang Tinospora mengandung alkaloid, saponin, dan tanin.
Sedangkan batangnya mengandung flavanoid, yang mana dari beberapa kandungan
brotowali berpotensi sebagai antibakteri.
4. Metabolit sekunder merupakan senyawa kimia aktif yang dihasilkan oleh bakteri endofit
yang mempunyai beberapa potensi sebagai antibakteri, antifungi, antikanker, antioksi dan
antimalaria. Metabolit sekunder yang dihasilkan oleh bakteri endofit termasuk
antimikroba yang dapat diproduksi oleh mikrooorganisme endofit yang dalam habitat
aslinya dapat membentuk koloni dalam jaringan vaskuler tanaman.
5. Validasi materi diukur dengan menggunakan instrument validasi yang terdiri dari aspek
kelayakan isi, bahasa, serta penyajian yang mengacu pada Badan Standar Nasional
Pendidikan (BSNP). Validasi materi nantinya akan dilakukan oleh Dosen yang ahli dalam
bidang mikrobiologi terutama bakteriologi.
6. Validasi media diukur dengan menggunakan instrument vilidasi yang terdiri dari aspek
kelayakan kegrafikan dan penyajian yang mengacu pada Badan Standar Nasional
Pendidikan (BNSP). Validasi media dilakukan oleh dosen yang ahli dalam bidang media
pembelajaran terutama modul pembelajaran.
DAFTAR PUSTAKA
Beck, H.C.,, Hansen AM, Lauritsen FR. 2003. Novel pyrazine metabolites found in polymyxin
biosynthesis by Paenibacillus polymyxa. FEMS Microbiol Lett 220: 67–73.
Bhore, S.J.,and G.Sathisha. 2010. Screening of Endophytic Colonizing Bacteria of
Cyrokinin Like Compounds : Crude Colonizing Bacterial Unsuitable in Cucumer
Cotyledon Bioassay.World. J. Agric. Sci. Vol. 6 (4) :345-352
Bills, G.F and J.D. Polysool. 1992. Recovery of endophyte fungi from Chamaechyparis tyoides.
Sydowia, 44: p(P itu maksudnya apa mas ?): 1-12
Castillo U, et al. 2003. Kakadumycins, novel antibiotics from Streptomyces sp.NRRL 30566, an
endophyte of Grevillea pteridifolia. FEMS Microbiol. Lett. 224: 180-190.
Desriani, Kusumawati DE, Rivai A, Hasanah N, Amrinola W, Triratna L, Sukma A. 2013.
Potential endophytic bacteria for increasing paddy var rojolele productivity. Int. J. on
Adv. Sci., Eng. and Information Tech. 3(3 (1)) (1) : 76-78. (jurnalnya yang miringkan)
Dunham, T., Wells, J., dan White, K. 2002. Biotechnology Education. A Multiple Instructional
Strategis Approach. Journal of Technology Education, 14 (1), DOI:
https://doi.org/10.21061/jte.vI4IL.A.5
Izza, I. 2011. Isolasi, Karakteristik danIdentifikasi Bkateri Endofit Dari Tanaman Mahkota
Dewa (Phaleria macrocarpa) Yang Berpotensi Sebagai Antimikroba. Skripsi.
Yoggyakarta : Universitas Islam Kalijaga.
Hallman, J, and G. Berg. 2006. Spectrum and Population dynamics of bacterial root endophyte.
Dalam Schulz B, Boyle, and T.Scieber (Eds). Soil biology microbial root endophyte,
Vol.9, Berlin, Heidelberg, Germany, Springer-Verteg.
Magharaniq, S.F, Pasaribu, F, H, Maria Bintang. Isolasi Bakteri Endofit dari Tanaman Sirih
Hijau (Piper betle L.) dan Potensinya sebagai Penghasil Senyawa Antibakteri. Current
Biochemistry. Volume 1(1(1)) (1): 51 – 57
Nursanty, R. dan Suhartono. 2012. Isolasi Karakterisasi Dan Uji Antimikroba Bakteri Endofit
Asal Tumbuhan Johar (Cassia SiameaLamk.).Jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi,Biologi
Edukasi.Vol.4(1): 7 10.
Prihatiningtias W., Wahyuningsih H.S.M. 2011. Prospek Mikroba Endofit Sebagai Sumber
Senyawa Bioaktif. Artikel. Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta.
Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 20 Tahun 2013 tentang Sistem Pendidikan
Nasional. 2013. Jakarta. Lembaga Negara Republik Indonesia
Strobel, G.A.,and B. Daisy. 2003. Bioprospecting for Microbial Endophytes and Their Natural
Products.Microbial and Mol. Biology Rev. Vol.67(4): 63-68.
Simarmata, R, S. Lekatompessy, dan H.Sukimah. 2007. Isolasi Mikroba Endofitik dari Tanaman
Obat Sambung Nyawa (Gymuraprocumbens) dan Analisis potensinya sebagai
antimikroba.Berk Penel Hayati. Vol. 3 (13) : 85-90.
Simanjuntak. P, Bustanussalam, Otovina D.M, Rahayuningsih M, Said.E.G. 2004. Isolasi dan
identifikasi artemisinin dari hasil kultivasi mikroba endofit dari tanaman Artemisia
annua. Majalah Farmasi Indonesia.Vol.15(2): 68- 74.
Soedibyo B.M, 2000. Pendayagunaan tanaman obat. Procceding Forum Komunikasi Ilmiah.
Hasil Penelitian Plasma Nutfah dan Budidaya Tanaman Obat. Puslitbang Tanaman
Industri. Bogor. Buku I. hlm. 7-15
Tan, R.X. dan Zou, W.X., 2001. Endophytes: a rich source of functional metabolites. Natural
product reports, 18: 448–459.
Rahmawati, B.D., 2017.Analisis Revers Docking Senyawa Alami Mangiferin Pada Daun
Mangga Sebagai Anti Diabet da Pnegembangannya untuk Bahan Ajar Bioteknologi
Mahasiswa S1 Pendidikan Biologi. Proposal Tesis. Malang: Universitas Negeri Malang