HANTU DALAM DNA MANUSIA
Tersembunyi dalam genom kita ada jejak spesies yang sama sekali tidak dikenal.
Catherine Brahic menyelidiki
Sumber: The Ghosts Within, New Scientist, 13 Oktober 2018
[SD@www.facebook.com/groups/AteisBertanyaIslamMenjawab]
Kita mengetahui nenek moyang kita
melalui banyak cara. Tulang-tulang
menceritakan pada kita bagaimana
penampakan mereka. Gigi
menunjukkan diet mereka. Alat, pot,
seni dan artefak lainnya menyimpan
cerita tentang kebudayaan mereka.
Kemudian, satu dekade lalu, genom
1
kuno pertama diurutkan , membuka
sebuah jendela yang sama sekali baru
tentang masa lalu kita—jendela yang
menjanjikan pemahaman yang lebih
mendalam.
1 2
Pengurutan genom (genome
sequencing) adalah usaha menemukan
urutan nukleotida DNA dalam sebuah
genom. Yaitu urutan A, C, G, dan T
yang membenuk DNA sebuah
organisme. Manusia memiliki 3 Milyar
huruf genetik ini.
(www.genomenetworks.org --SD)
Terobosan tersebut terkenal karena
mengungkapkan bahwa Neanderthal
sangat nyaman dengan manusia. Sejak
saat itu, genetisis menyelidiki fosil
demi fosil mencari bukti hubungan
romantik antar-spesies. Penelitian-
penelitian ini tidak mengecewakan.
Tapi dalam sebuah pembelokan yang
menarik perhatian, penelitian-
penelitian ini mulai mengungkapkan
sesuatu yang tidak terpikirkan:
tersembunyi di dalam genom ada
tanda-tanda nenek moyang yang kita
tidak pernah tahu bahwa mereka ada.
Para genetisis menyebut mereka
“hantu”.
Kita tidak punya rekaman fisik
2
hominin kuno ini—tidak ada tulang,
alat, tidak ada sisa arkeologis apapun.
Tetapi kode genetik yang mereka
tinggalkan di dalam fosil hominin lain,
dan juga pada manusia yang hidup,
menawarkan pengertian yang
mendalam dan tak dikenal sebelumnya
tentang bagaimana sepsies-spesies kita
Hominin adalah kelompok yang berisi
manusia modern, semua spesies
manusia yang sudah punah, dan semua
nenek moyang dekat kita (termasuk
anggota-anggota Homo,
Australopithecus, Paranthropus dan
Ardipithecus)
(https://australianmuseum.net.au –SD)
dihasilkan dan bagaimana dunia ini
pada saat itu.
Ide bahwa tiap sel kita menyimpan
fragmen kode genetik dari spesies yang
sudah punah sudah beredar lebih dari
satu dekade. Kemudian, pada 2008,
Svante Pääbo dan timnya dari Max
Planck Institute for Evolutionary
Anthropology di Liepzig, Jerman,
melakukan langkah jitu untuk
mengeluarkan DNA dari tulang
Nenaderthal berusia seribu tahun
dalam jumlah yang cukup banyak
untuk diurutkan. Hal ini membuka jalan
terang untuk menemukan bahwa
Homo sapiens sudah kawin mawin
dengan Neanderthal (Homo
neanderthalensis): anda dapat dengan
mudah melihat ke dalam genom
manusia hidup urutan DNA dengan
pola mutasi yang khas Neanderthal.
Studi-studi perbandingan ini
mengungkapkan bahwa manusia awal
memang kawin dengan Neanderthal,
dan bukan hanya sekali. Estimasi saat
ini adalah bahwa genom siapa saja
kecuali orang Afrika memiliki antara 2
sampai 4 persen Neanderthal.
Hubungan romantik yang tak
terduga
Ini merupakan dua spesies yang jelas
berbeda, terpisahkan hingga 70.000
tahun evolusi, tetapi jejak
Hantu dalam DNA Manusia 1
kecenderungan seksual mereka muncul
dalam DNA mayoritas manusia yang
hidup saat ini. Lebih dari itu, segera
diketahui bahwa nenek moyang kita
bukan hanya melakukannya dengan
Neanderthal.
Sesaat setelah Paabo menyelesaikan
pengurutan genom Neanderthal,
sebuah paket sampai di mejanya. Isinya
sebuah potongan kecil tulang jari dari
pegunungan Altai di Siberia. Potongan
ini berumur antara 30.000 sampai
50.000 tahun dan dipikir berasal dari
Neanderthal lain. Timnya mendapati
kejutan besar. Analisis DNA
mengungkapkan sebuah kelompok
manusia kuno yang sama sekali baru,
yang sekarang disebut Denisovan, yang
memisahkan diri dari nenek moyang
yang sama dengan Neanderthal sekitar
500.000 tahun lalu.
Sekali lagi, perbandingan dengan
genom manusia modern menunjukkan
bahwa keduanya kawin. Studi-studi
genetik mengungkapkan bahwa hal ini
terjadi di Eurasia. Studi juga
menunjukkan bahwa Denisovan
merentang dari Siberia hingga Asia
Tenggara, dan bahwa paling tidak satu
dari gen mereka membantu orang
Tibet modern dapat hidup di dataran
tinggi. Ide bahwa nenek moyang kita
mengalami hibridasi dengan hominin
lain pernah diabaikan. Sekarang ide itu
mulai dilihat seakan mereka akan
kawin dengan apapun yang samar-
samar seperti manusia.
Denisovan hampir seperti hantu: kita
punya satu tulang jari dan beberapa
gigi geraham sebagai bukti eksistensi
mereka, tapi tidak lebih dari itu.
Kemudian pada 2016, hantu yang
sebenarnya muncul dari genom 44
orang yang hidup di Timur Tengah
antara 14.000 hingga 3400 tahun lalu.
DNA mereka menyimpan penanda
genetik yang mengindikasikan sebuah
kelompok khusus H. sapiens kuno yang
tinggal di wilayah itu lebih dari 45.000
tahun lalu. Anggota populasi ini
sekarang dikenal sebagai Basal
Eurasian, dan mereka menyajikan
pertanyaan yang sulit. DNA mereka,
yang masih ditemukan di orang Eropa
modern, sama sekali tidak
menunjukkan tanda-tanda adanya
perkawinan dengan Neanderthal. Ini
mengejutkan karena nenek moyang
manusia kawin dengan Neanderthal
segera setelah meninggalkan Afrika
60.000 tahun lalu dalam migrasi yang
memunculkan seluruh manusia non-
Afrika yang hidup saat ini.
Penjelasan yang paling mungkin adalah
bahwa segera setelah migrasi itu,
sekelompok manusia terisolasi
sementara sisanya berjumpa dan kawin
dengan Neanderthal. “Bila anda mau,
ini adalah cabang ketiga,” kata Chris
Stringer dari Natural History Museum
di London—sebuah cabang yang
berbeda dari manusia yang tinggal di
Afrika dan yang secara perlahan
menyebar keluar sepanjang Eurasia,
Australia dan kemudian ke Amerika.
Karena
tidak ada
fosil yang
diketahui
terkait
dengan
Basal
Eurasia,
mustahil
—untuk
saat ini—
untuk
menyata
kan kenapa mereka terisolasi. Mungkin
sekadar karena tempat mereka
menetap, yang jauh dari kelompok-
kelompok lain. Atau mungkin mereka
mengembangkan budaya yang
berbeda. Yang manapun, hantu-hantu
ini tidak bercampur dengan manusia
lain selama seribu tahun—waktu yang
cukup panjang untuk memunculkan
penanda genetik yang berbeda.
Riset Basal Eurasia menunjukkan
bahwa pemahaman yang kaya ke
dalam sejarah manusia dapat dilihat
hanya dari DNA saja. Tetapi, seperti
studi-studi tentang Neanderthal dan
Denisovan, ia mengandalkan fosil
untuk mendapatkan DNA, sesuatu yang
tetap menjadi tantangan besar. DNA
mengalami degradasi seiring waktu,
sehingga dibutuhkan fosil khusus dan
keterampilan khusus untuk
mengekstraksinya dari tulang-tulang
yang sangat tua, terutama yang telah
terkubur ribuan tahun di iklim panas.
Akan tetapi, pada pertengahan tahun
2000an, genetisis sudah mendiskusikan
pendekatan lain. Di antaranya, Jeffrey
Wall, sekarang di University of
California, Los Angeles, dan Vincent
Plagnol, sekarang di University College
London, berpendapat bahwa mungkin
saja untuk menemukan tanda-tanda
populasi-populasi yang punah dalam
DNA manusia modern, cukup dengan
menggunakan statistik cerdas.
Ide umumnya adalah bahwa seluruh
DNA adalah subyek bagi mutasi acak
yang terakumulasi selama ribuan tahun
Hantu dalam DNA Manusia 2
dan diturunkan dari generasi ke
generasi. Dengan melihat pola mutasi
di populasi modern, adalah mungkin
untuk menemukan bagian yang tidak
cocok dengan pola H. sapiens yang
biasa. Bagian ini dianggap datang dari
populasi yang berkembang terpisah
dari spesies kita selama ribuan tahun
sebelum kawin dengan manusia.
Permodelan statistik kemudian dapat
menghasilkan estimasi kapan kedua
kelompok kawin dan seberapa berbeda
populasi lain itu dengan nenek moyang
kita.
Beberapa tahun terakhir ini telah
tampak beberapa usaha untuk
merapikan metode-metode ini dan
menerapkannya ke Afrika—tempat
lahir spesies kita dan setting bagi
sepotong sejarah kita yang sangat
sedikit kita ketahui. Riset baru ini telah
mengungkapkan kehadiran paling
sedikit satu hantu kuno di benua
tersebut.
Neanderthal Afrika?
John Akey di University of Washington
di Seattle, Sarah Tishkoff di University
of Pennsylvania dan lainnya
menghabiskan waktu bertahun-tahun
mengurutkan dan menganalisa genom
orang Afrika modern yang menjadi
bagian kelompok dengan akar nenek
moyang yang dalam, termasuk
pemburu-pengumpul Baka dari
Kamerun, dan Hadza dan Sandawe dari
Tanzania. Di dalam genom-genom ini,
mereka menemukan rangkaian DNA
yang tampaknya datang dari spesies
hominin lain. Karena DNA ini hanya
ditemukan pada keturunan orang
Afrika—tidak ada pada Eurasia
manapun—spesies-spesies hantu pasti
pernah kawin mawin dengan H.
sapiens setelah migrasi keluar-dari-
Afrika 60.000 tahun lalu. Faktanya,
berdasarkan kalkulasi tim tersebut, hal
ini mungkin terjadi dalam 30.000 tahun
lalu. Kalau ini benar, ini hal besar. Ini
berarti paling sedikit satu spesies
hominin lain hidup bersama kita di
Afrika. Menurut Akeey, bukti yang akan
segera-dipublikasi menyiratkan bahwa
mungkin ada lebih dari satu.
Hantu-hantu Afrika tampak berbeda
secara evolusioner dari manusia
modern sebagaimana perbedaan
Neanderthal dengan Denisovan. “Yang
artinya bahwa mereka mungkin datang
dari populasi Afrika tempat
Neanderthal melacak nenek moyang
mereka” kata Akey. “Jadi idenya
adalah bahwa 700.000 tahun lalu, ada
populasi di Afrika yang terpisah dari
alur manusia modern, keluar dari
Afrika dan menjadi apa yang kita kenal
sebagai Neanderthal. Pada saat yang
sama, ada pemisahan lain di Afrika
yang menjadi semacam Neanderthal
Afrika.”
Siapa “Neanderthal Afrika” adalah
sebuah misteri. Satu petunjuk datang
dari sebuah fosil yang dikerjakan
Stringer untuk PhD-nya pada tahun
1970an: tengkorak Iwo Eleru dari
Nigeria. Berumur sekitar 13.000 tahun,
individu ini hidup cuma sekitar seribu
tahun sebelum beberapa manusia
mulai bertani, tetapi ia memiliki
campuran aneh antara fitur modern
dan primitif. Baru-baru ini, Stringer dan
Katarina Harvati di Universitas
Tubingen di Jerman melakukan analisis
baru terhadap tengkorak ini. Analisis
ini mengkonfirmasi bahwa tengkorak
itu sangat aneh bila dilihat dari
umurnya. “Ia sungguh lebih mirip fosil-
fosil awal sapiens dibanding fosil-fosil
akhir, dan jelas sama sekali tidak
tampak seperti orang Afrika yang
belakangan,” kata Stringer. “Kami
berpendapat tengkorak ini merupakan
contoh seorang Afrika yang
populasinya mengalami hibridasi kuno
yang berulang-ulang.” Dengan kata
lain, ia mungkin manusia yang nenek
moyangnya kawin dengan seorang
hantu Afrika.
Sampai saat ini, belum ada hominim
kuno Afrika yang genomnya sudah
diurutkan, sehingga mungkin bahwa
sisa fisik hantu ini sudah digali. Satu
kandidatnya adalah Homo naledi,
spesies yang ditemukan 2013 jauh di
dalam sebuah rangkaian gua sempit di
Afrika Selatan. Usia fosil sekitar
250.000 tahun, tapi tidak seorangpun
tau berapa lama spesies-spesies ini
hidup. Tapi kalau dipaksa, Stringer
akan memilih tersangka lain. “Taruhan
saya Homo heidelbergensis-lah yang
berhibridasi,” katanya. Bukti baru yang
belum dipublikasi menyiratkan bahwa
spesies ini masih hidup kurang dari
300.000 tahun lalu, ketika manusia
sudah muncul. Alternatifnya, hantu-
hantu itu mungkin sebuah subpopulasi
H. sapiens yang, seperti basal
Eurasians, terisolasi dari populasi lain
dalam waktu cukup lama sehingga DNA
anggotanya mendapatkan tanda-tanda
yang berbeda. “Bisa jadi pada 100.000
tahun lalu atau lebih, ada populasi
yang berbeda-beda yang memiliki
anatomi manusia modern dalam
berbagai bagian Afrika,” kata Tishkoff,
“Dan mungkin pada satu titik mereka
bercampur satu sama lain dan mungkin
beberapa populasi lenyap.”
Tishkoff menganggap akan
mengejutkan kalau nenek moyang
tidak kawin dengan hominin kuno lain
di Afrika. Akan tetapi, dia
mengingatkan bahwa bukti untuk
hantu-hantu Afrika masih tentatif:
karena kita tau sangat sedikit tentang
sejarah populasi Afrika, dia dan
koleganya harus membuat banyak
asumsi untuk menafsirkan data
mereka. “Itu bukan berarti [hibridasi]
Hantu dalam DNA Manusia 3
tidak terjadi di Afrika,” kata Tishkoff.
“Hal itu mungkin telah terjadi. Tapi
adalah tantangan yang sulit untuk
membuktikannya.” Pengaitnya akan
datang ketika ada yang bisa
mengurutkan DNA yang diekstrak dari
sebuah fosil Afrika dan
membandingkannya dengan fragmen
DNA hantu yang ditemukan pada orang
Afrika modern. Ini tantangan, tapi,
dengan kemajuan di bidang
pengurutan DNA di dekade lalu,
mungkin hanya soal waktu sampai ada
yang menemukan itu.
“Genetika secara umum mengubah
bagaimana kita memahami spesies
kita,” kata Tomas Marques-Bonet di
Pompeu Fabra University di Spanyol.
“bagi saya, segala sesuatu bermula
dari Denisovan; pertama kalinya kita
mengangkat DNA dari sepotong jari
dan menemukan sesuatu yang bukan
manusia bukan pula Neanderthal—
sesuatu yang kita tidak tau wajahnya
dan sangat sedikit informasi lain—
itulah pertama kalinya genetika
menunjukkan sesuatu yang selama ini
tidak pernah diketahui palaeontologi.”
Sekarang terpikirkan bahwa Denisovan
punya hantu mereka sendiri. Orang
yang hidup di Oceania dan Asia Timur
dan Asia Tenggara saat ini mewarisi
sekitar 5% DNA mereka dari
Denisovan. Dengan melihat lebih dekat
urutan genetik ini, tim Akey
menemukan bahwa tidak semuanya
berhubungan dengan genom tulang-
jari yang asli dalam cara yang sama.
Faktanya, tim menemukan tanda-tanda
dari dua populasi Denisovan yang
secara evolusioner berbeda. “Hal ini
sama sekali tidak terduga,” katanya.
“Ada hantu di jalur Denisovan yang
lain.”
Apa yang digarisbawahi seluruh studi
ini adalah bahwa adalah sebuah
hukum, bukan sekadar pengecualian,
bagi populasi hominin untuk terpisah
selama ribuan, atau bahkan ratusan
ribu tahun dan kemudian bertemu lagi
dan kawin. Pohon evolusi yang rapi,
dan bercabang dua musti ditinggalkan.
“Ambil sebuah pena di atas sebuah
kertas dan mulailah membuat garis-
garis pendek yang berbelok-belok acak,
“kata Akey. “Itulah sejarah manusia.”
Dalam tingkat yang lebih dasar, hal ini
juga menyebabkan banyak yang berada
di bidang ini berhenti menggunakan
istilah spesies dan subspesies untuk
menyebut hominin yang berbeda, lebih
suka membicarakan kelompok atau
populasi. Apalagi, individual-individual
yang berasal dari spesies berbeda—
seperti H. sapiens dan H.
neanderthalensis—tidak dianggap
mampu menghasilkan keturunan.
Hantu-hantu dan nyaris-hantu
membuat dunia kuno menjadi lebih
tidak sepi. “Kalau kita melihat dunia
sekitar kita saat ini, kita satu-satunya
hominin yang ada.” Kata Akey. “Orang
berasumsi bahwa begitulah selalu
keadaannya. Faktanya, dunia ini
merupakan tempat yang jauh lebih
menarik di waktu yang tak terlalu lama
dulu.”**
Catherine Brahic menulis ini ketika
masih di New Scientist. Sekarang dia
bekerja di The Economist
Hantu dalam DNA Manusia 4