Escherichia coli (biasanya diringkaskan kepada E.

coli; disebut / /rki kola/ /, dinamakan bersempena dengan Theodor Escherich) adalahbakteria gram negatif berbentuk batang/basilus/rod yang umum ditemui di usus bawah organisma berdarah panas (endotermik). Kebanyakan strain E. coli tidak berbahaya, tetapi terdapat beberapa jenis/strain , seperti serotype O157: H7, boleh menyebabkan keracunan makanan yang serius pada manusia, dan kadang-kala strain ini menyebabkan [1][2] produk makanan dipanggil balik. Strain berbahaya ini juga sebenarnya adalah sebahagian dari unsur alam flora usus yang normal bersama dengan jenis bilion strain yang jahat dan baik yang lain. Strain ini [3] juga boleh menguntungkan perumah mereka dengan menghasilkan vitamin K2, , dan dengan mencegah [4][5] pembentukan bakteria patogen dalam usus. E. coli tidak hanya terbatas untuk hidup di usus sahaja, strain ini juga berkemampuan untuk bertahan hidup bagi jangka masa yang singkat di luar tubuh lantas membuatkan mereka suatu jenis organisma [6][7] penunjuk yang ideal untuk menguji sampel persekitaran bagi pencemaran najis sepertitahi. Bakteria ini juga boleh berkembang biak dengan mudah, dan genetiknya mudah untuk dimanipulasikan atau digandakan melalui prosesmetagenik, menjadikannya salah satu daripada model organisma terbaik prokariotik untuk didalami dan dipelajari, dan merupakan spesies penting dalam bidang kajian bioteknologi dan mikrobiologi. E. coli ditemui oleh seorang doktor watan Jerman dan ahli bakteriologi iaitu Theodor Escherich pada [6] [8] tahun 1885 and is now classified as part of theEnterobacteriaceae family of gamma-proteobacteria. , dan sekarang strain ini diklasifikasikan sebagai sebahagian daripada Enterobacteriaceae dalam [9] keluarga gamma-proteobakteria.

Isi kandungan
[sorokkan]

1 Strain

1.1 Model fizik binari berturutan dalam E. coli

2 Biologi dan biokimia 3 Kepelbagaian 4 Peranan sebagai mikrobiota normal

4.1 Penggunaan terapeutik bagi E. coli yang bukan patogen

5 Peranan dalam penyakit

o o o o

5.1 Jangkitan gastrousus 5.2 Sifat-sifat virulen 5.3 Epidemiologi jangkitan pencernaan 5.4 Jangkitan saluran kencing

6 Diagnosis makmal 7 Strain Beta-laktamase

8 Terapi fag 9 Vaksinasi 10 Peranan dalam bioteknologi 11 Kualiti persekitaran 12 Rujukan

[sunting]Strain [sunting]Model

fizik binari berturutan dalam E. coli

Setiap satu strain E. coli merupakan sub-kumpulan dalam spesies yang mempunyai ciri-ciri unik yang membezakannya dari strain E. coli yang lain. Perbezaan ini sering dikesan hanya pada peringkat molekul, namun mereka boleh menyebabkan perubahan fisiologi atau kitaran hidup bakteria. Misalnya, strain mungkin mendapatkan kapasiti patogen, kemampuan untuk menggunakan sumber karbon yang unik, kemampuan untuk mengambil bagi niche ekologi tertentu atau kemampuan untuk melawan agen antimikrob. Berbagai strain E. coli sering khusus-hos, sehingga memungkinkan untuk menentukan sumber pencemaran najis dalam sampel persekitaran Sebagai contoh., Mengetahui jenis E. coli strain yang hadir dalam sampel air membolehkan untuk membuat andaian tentang apakah pencemaran berasal dari manusia, mamalia lain atau burung. Strain baru E. coli berkembang melalui proses biologi alami mutasi dan melalui pemindahan gen hos mendatar. Beberapa strain mengembangkan ciri-ciri yang dapat berbahaya bagi haiwan hos. Strain merbahaya ini biasanya menyebabkan serangan cirit-birit yang tidak menyenangkan pada orang dewasa yang sihat dan sering membawa maut kepada anak-anak di negara-negara membangun. Lebih virulen strain, seperti O157:. H7 menyebabkan penyakit serius atau kematian pada orang tua, sangat muda atau immunocompromised. [sunting]Biologi

dan biokimia

Model kejayaan proses belahan dedua di dalam bakteria E. coli

E. coli adalah Gram-negatif, fakultatif anaerob dan bukan bersporulasi. Sel biasanya berbentuk batang dan sekitar 2 mikrometer (pM) 0,5 pM panjang dan diameter, dengan kelantangan sel 0,6-0,7 3 [10][11] (m) . Hal ini dapat hidup pada berbagai macam substrat. E. coli fermentasi menggunakan campuran asid dalam keadaan anaerobik, menghasilkan laktat, suksinat, etanol, asetik dan karbon

dioksida. Karena banyak pusat fermentasi asam campuran menghasilkan gas hidrogen, pusat ini memerlukan tahap hidrogen menjadi rendah, seperti halnya ketika E. coli tinggal bersama-sama dengan [12] hidrogen memakan organisma seperti bakteria-methanogen atau mengurangkan sulfat. Pertumbuhan optimum E. coli terjadi pada 37 C (98,6 F) tetapi beberapa strain makmal dapat [13] berkembang biak pada suhu sehingga 49 C (120.2 F). Pertumbuhan dapat digerakkan oleh respirasi aerobik atau anaerobik,. menggunakan berbagai macam pasangan redoks, termasuk pengoksidaan asid piruvat, asam format, hidrogen dan asid amino, dan pengurangan substrat seperti [14] oksigen, nitrat, sulfoxide dimetil dan trimetilamina N-oksida. Strain yang mengandungi flagela boleh berenang dan bergerak. flagela mempunyai susunan [15] peritrichous. E. coli dan bakteria yang berkaitan mempunyai kemampuan untuk memindahkan DNA melalui bakteria, transduksi konjugasi atau transformasi, yang membolehkan bahan genetik untuk menyebar secara melintang melalui penduduk yang ada. Proses ini menyebabkan penyebaran gen penyandi toksin Shiga [16] dari Shigella untuk E. coli O157:., H7 dibawa oleh suatu bakteriofag. [sunting]Kepelbagaian Filogeni strain-strain Escherichia coli
E. albertii

E. fergusonii

E. coli O157:H7

Shigella flexineri

Shigella dysenteriae

E. coli E24377A

Shigella boydii

Shigella sonnei

E. coli E110019

E. coli O26:H11

E. coli

O111:H-

E. coli SE11

E. coli B7A

E. coli O103:H2

E. coli E22

E. coli Olso O103

E. coli 55989

E. coli IAI1

E. coli 53638

E. coli HS

E. coli UMN026

E. coli SMS-3-5

E. coli IAI39

E. coli SE15

E. coli O127:H6

E. coli CFT073

E. coli APEC O1

E. coli UTI89

E. coli S88

E. coli F11

E. coli 536

E. coli BW2952 K-12 E. coli K-12 W3110

E. coli K-12 DH10b

E. coli K-12 DH1

E. coli K-12 MG1655 B E. coli 101-1

E. coli B REL606

E. coli BL21-DE3

Filogeni (ditaabir sejarah evolusi) bagi Escherichia coli berdasarkan kepada sekumpulan gen-gen dipulihara (adk, fumC, icd, gyrB, mdh, purA, recA)
[17]

Oleh kerana lebih banyak diketahui mengenai organisme-organisme tertentu, seperti maklumat genetik, pengkelasan taksonomi bagi spesies diubah untuk mencerminkan kemajuan di dalam pengetahuan berkenaan, walau bagaimanapun di dalam kes Escherichia coli disebabkan oleh kepentingan perubatan, [18] ianya tidak berlaku (namanya dipecah-pecahkan ke dalam beberapa genus/spesies) dan masih lagi menjadi salah satu daripada spesies bacteria yang paling pelbagai: hanya 20% daripada genom adalah [17] biasa bagi semua strain. Memang benar, daripada pandangan kajian evolusi, ahli-ahli genus Shigella (dysenteriae, flexneri, boydii, sonnei) are actually E. coli strains "in disguise" (i.e. E.coli is [19] paraphyletic to the genus). Suatu strain bagi E. coli adalah suatu sub-kumpulan di dalam spesies ini yan mempunyai ciri-ciri unik yang memisahkannya daripada strain-strainE. coli yang lain . Perbezaan ini selalunya dikesan hanya

pada aras molekul; bagaimanapun, mereka mungkin menyebabkan perubahan kepada fisiologi atau kitaran hidup bakteria itu. Sebagai contoh, satu strain mungkin menambah keupayaan berpatogen, kebolehan menggunakan satu sumber karbon yang unik, kebolehan untuk bertindak sendiri terhadap nic ekologi tertentu atau berkebolehan untuk menentang agen-agen antimikrob. Perbezaan strain-strain E. coli adalah selalunya perumah khusus, membolehkannya ia menilai sumber pencemaran najis di dalam [6][7] sampel-sampel alam sekitar. Sebagai contoh, mengetahi yang mana jenis E. coli yang wujud di dalam sampel air membolehkan penyelidik-penyelidik membuat andaian samada pencemaran ini berasal daripada manusia, in a water sample allows researchers to make assumptions about whether the contamination originated from a human, seekor mamalia lain atau seekor burung.

Satu sistem subdivisyen E.coli, tetapi tidak berdasarkan kepada kaitan evolusi, tetapi oleh serotip, yang mana ia berdasarkan kepada permukaan antigen-antigen utama (O antigen: sebahagian daripada [20] permukaan lipopolysaccharide; H: flagellin; antigen K : kapsul), e.g. O157:H7) (NB: K-12, strain makmal yang biasa bukan suatu serotip.) Strainstrain baru bagi E. coli berubah menerusi proses mutasi biologi semulajadi dan [21] menerusi pemindahan gen mendatar. Beberapa strain menghasilkan trait yang merbahaya kepada perumah haiwan. Strain-strain yang jenis virulen menyebabkan diarrhoea yang tidak selesa kepada orang dewasa yang sihat dan biasanya membawa maut kepada kanak-kanak di dalam negara-negara [22] membangun. Lebih banyak strain-strain yang virulen, seperti O157:H7 yang menyebabkan penyakit [4][22] yang serius atau kematian bagi orang-orang tua, orang-orang muda atau bai yangterimunokompromi.

E. coli adalah jenis spesies bagi genus dan strain neotip adalah ATCC 11775, juga dikenali sebagai [23] [24] NCTC 9001, yang patogenik kepada ayam-ayam dan mempunyai serotip O1:K1:H7. Walau bagaimanapun, di dalam kebanyakan kajian samada O157:H7 atau K-12 MG1655 atau K-12 W3110 digunakan sebagai wakil kepada E.coli. [sunting]Peranan

sebagai mikrobiota normal

E. coli biasanya mengkoloni saluran pencernaan bayi dalam masa 40 jam selepas lahir, tiba dengan makanan atau air atau dengan individu pengendalian anak. Dalam usus, ia melekat pada lendir/mukus dari usus besar. Ini adalah anaerob fakultatif utama dari saluran pencernaan manusia. (fakultatif anaerob adalah organisma yang dapat membiak di dalam oksigen samada wujud atau tidak.) Selama mana bakteria ini memperolehi pengekodan unsur-unsur genetik untuk faktor-faktor virulen, mereka tetap komensal yang jinak. [sunting]Penggunaan

terapeutik bagi E. coli yang bukan patogen

Strain Escherichia coli Nissle 1917 yang bukan patogen juga dikenali sebagai Mutaflor digunakan sebagai agen probiotik dalam rawatan, terutama untuk rawatan pelbagai penyakit gastroenterological, termasuk penyakit usus inflamatori. [sunting]Peranan

dalam penyakit

Strain E. coli yang virulen boleh menyebabkan gastroenteritis, jangkitan saluran kencing, dan meningitis neonatal. Dalam kes-kes yang jarang, strain ganas juga bertanggungjawab untuk sindrom hemolitikuremik, peritonitis, mastitis, septicemia, pneumonia gram-negatif.

[sunting]Jangkitan

gastrousus

Mikrograf elektron bersuhu rendah bagi segugus bakteria E. coli, diperbesarkan 10,000 kali. Setiap individu bakterium adalah bersilinder bulat.

Strain tertentu dari E. coli, seperti O157: H7, O121 dan O104: H21, menghasilkan racun yang membunuh. Keracunan makanan yang disebabkan oleh E. coli biasanya disebabkan oleh pemakanan sayuran yang tidak dibasuh atau daging kurang dimasak. O157: H7 juga terkenal menyebabkan komplikasi pembunuh jiwa yang serius, bahkan seperti sindrom hemolitik-uremik. Strain tertentu ini adalah berkaitan dengan wabak 2006 Amerika Syarikat E. coli disebabkan oleh bayam segar. Keterukan penyakit ini adalah perlbagai, boleh membunuh, terutama bagi kanak-kanak, orang tua atau yang berimunokompromi, tetapi lebih ringan. Sebelumnya, kaedah-kaedah menyediakan daging yang lemah di Scotland membunuh tujuh orang pada tahun 1996 akibat keracunan E. coli, dan menyebabkan beratusratus orang lebih dijangkiti. E. coli boleh melabuhkan enterotoksin tahan panas dan labil haba. Yang kedua, disebut sebagai LT, mengandungi satu subunit A dan lima subunit B yang disusun menjadi satu holotoksin, dan sangat mirip pada struktur dan fungsi untuk racun kolera/taun. Subunit B membantu dalam melekat dan memasukkan racun ke dalam sel-sel usus perumah, sedangkan subunit A ini melekat dan menghalang sel-sel daripada menyerap air, menyebabkan cirit-birit. LT ini dirembeskan oleh rembesan jenis laluan pusat 2. Jika E. coli bakteria melepaskan diri dari saluran usus melalui penembusan (misalnya dari ulser, usus apendiks yang pecah, atau kerana kesilapan pembedahan) dan memasuki abdomen, mereka biasanya menyebabkan peritonitis yang mengakibatkan kematian sekiranya tidak mendapat rawatan segera. Namun, E. coli sangat peka terhadap antibiotik seperti streptomisin atau gentamisin. Hal ini boleh berubah kerana, sebagaimana dinyatakan di bawah, E. coli cepat mangli kepada ubat-ubat antibiotik. Penyelidikan terkini menunjukkan bahawa rawatan dengan antibiotik tidak mengurangkan penyakit, dan ini mungkin sebenarnya secara signifikan meningkatkan kemungkinan mengembangkan sindrom hemolitik-uremik. Mukus usus berkaitan E. coli yang diperhatikan bertambah di dalam jumlah pada penyakit radang usus, penyakit Crohn dan kolitis ulser.Strain E. coli yang invasif wujud di dalam jumlah yang tinggi pada tisutisu keradangan, dan jumlah bakteria di dalam kawasan keradangan berkait rapat dengan peningkatan keterukan keradangan usus.

[sunting]Sifat-sifat

virulen

E. coli (EC)yang enterik dikelaskan berdasarkan asas-asas serologi dan sifat virulen. termasuklah:

[25]

Virotip-virotip

Nama

Perumah

Perincian

ETEC menggunakan adhesin fimbrium (unjuran dari permukaan sel bakteria) untuk mengikat sel-sel enterosit di dalam usus kecil. ETEC boleh menghasilkan dua protein enterotoksin:

agen penyebab diare/taun (tanpa demam) pada manusia, babi, domba, kambing, lembu, anjing, dan kuda

Di antara dua protein yang lebih besar, Enterotoksin LT, adalah serupa dengan toksin kolera dalam struktur dan fungsi.

Enterotoksigenik E. coli (ETEC)

Protein yang lebih kecil, Enterotoksin ST menyebabkan pengumpulan cGMP di dalam selsel sasaran dan perembesan seterusnya cairan dan elektrolit ke dalam lumen usus.

Strain ETEC adalah bukan jenis invasif, dan mereka tidak meninggalkan lumen usus. ETEC adalah bakteria penyebab utama diare pada anak-anak di negara-negara membangun, dan juga sebagai penyebab paling umum bagi taun. Setiap tahun, ETEC menyebabkan lebih dari 200 juta kes cirit-birit dan 380.000 kematian, terutama pada anak-anak di negara-negara membangun.
[26]

EnteropathogenicE. coli (EPEC)

agen penyebab diare pada manusia, kelinci, anjing, kucing dan kuda

Seperti ETEC, EPEC juga menyebabkan diare, tetapi mekanisme molekul penjajahan dan etiologi yang berbeza. EPEC mempunyai kurang fimbriae, racun ST dan LT, tetapi mereka menggunakan sebuah adhesin dikenali sebagai intimin untuk mengikat sel-sel usus perumah. Virotip ini mempunyai pelbagai faktor virulen yang mirip kepada yang ditemui di dalam Shigella, dan mungkin mempunyai toksin Shiga.Pelekatan pada mukus usus menyebabkan penyusunan semula aktin di dalam sel perumah, menyebabkan kecacatan yang signifikan. Sel-sel EPEC ini agak invasif (iaitu mereka memasuki sel perumah) dan menimbulkan gerakbalas

keradangan.Perubahan dalam sel usus ultrastruktur kerana "lampiran dan penghapusan" kemungkinan penyebab utama diare pada mereka yang menderita dengan EPEC.

Enteroinvasive E. coli (EIEC)

Jangkitan EIEC menyebabkan sindrom yang sama hanya ditemui pada dengan Shigellosis, dengan ceret-beret yang banyak dan manusia demam panas. Ahli paling terkenal di dalam virotip ini adalah strain O157:H7, yang menyebabkan diare berdarah dan tiada demam .EHEC boleh menyebabkan sindrom hemolitik-uremik dan kegagalan ginjal berfungsi serta merta. Ia menggunakan fimbrium bakteria untuk perlekatan [27] (E. coli common pilus, ECP), adalah agak invasif mempunyai racun Shiga difajkodkan yang dapat mencungkil satu gerakbalas keradangan yang menakutkan.

EnterohemorrhagicE. coli (EHEC)

ditemui pada manusia, lembu, dan kambing

EnteroaggregativeE. coli (EAEC)

Dinamakan sedemikian kerana mereka mempunyai fimbrium yang mengumpulkan sel-sel kultur tisu, mengikat hanya ditemui pada EAEC pada rembesan usus menyebabkan taun berair manusia tanpa demam. EAEC adalah bukan jenis invasif. Mereka menghasilkan suatu hemolisin dan enterotoksin ST serupa dengan ETEC.

[sunting]Epidemiologi

jangkitan pencernaan

Penularan patogen E. coli sering terjadi melalui penghantaran faecal-oral [19] [29] [30] laluan umum penularan meliputi:. Persiapan makanan tidak higienis, [29] pencemaran pertanian kerana baja pemupukan, [31] pengairan tanaman dengan tercemar greywater atau sisa mentah, [32] babi liar di ladang, [33] atau pengambilan langsung sisa-air yang tercemar [34] perah dan sapi potong adalah reservoir utama E. coli O157:. H7, [35] dan mereka boleh membawanya asymptomatically dan menumpahkan dalam kotoran mereka. [35] produk makanan yang berkaitan dengan wabak E. coli termasuk daging lembu mentah, [36] kecambah biji mentah atau bayam, [31] susu mentah, jus yang tidak dipasteurisasi, keju tidak dipasteurisasi dan makanan yang tercemar oleh dijangkiti makanan pekerja melalui laluan fekal-oral. [29] Menurut US Food and Drug Administration, kitaran fekal-oral penghantaran boleh terganggu dengan memasak makanan dengan baik, mencegah pencemaran silang, melembagakan halangan seperti sarung tangan untuk pekerja makanan, melembagakan dasar penjagaan kesihatan sehingga makanan pekerja industri mencari rawatan ketika mereka sakit, pasteurisasi produk jus atau susu dan keperluan cuci tangan yang benar. [29] Shiga racun-menghasilkan E. coli (STEC), khususnya serotype O157: H7, juga telah disebarkan oleh lalat, [37] [38] [39] dan juga sebagai kenalan langsung dengan haiwan ternakan, [40] [41] kebun binatang haiwan, [42] dan zarah udara yang ditemui di persekitaran haiwan-penyelenggaraan. [43]

[sunting]Jangkitan

saluran kencing

Bakteria E. coli , flora gram-negatif yang paling prevalen di dalam usus. [28]

Uropathogenic E. coli (UPEC) bertanggung jawab untuk sekitar 90% dari jangkitan saluran kencing (ISK) [25] terlihat pada individu dengan anatomi biasa. Inascending infections, fecal bacteria colonize the urethra and spread up the urinary tract to the bladder as well as to [29] the kidneys (causing pyelonephritis), Pada jangkitan naik,. Bakteria fecal menjajah uretra dan menyebar sampai saluran kencing ke pundi kencing juga sebagai kepada buah pinggang (menyebabkan pielonefritis), [45] atau prostat pada laki-laki. Kerana perempuan mempunyai uretra lebih pendek daripada lelaki, mereka adalah 14 kali lebih mungkin untuk menderita daripada ISK menaik. [18] Uropathogenic E. coli menggunakan fimbriae P (pili pielonefritis-persatuan) pada sel-sel saluran kencing endotel mengikat dan menjajah kandung kemih. Ini adhesins kumpulan mengikat khusus D-galaktosa-Dgalaktosa pada antigen darah-kumpulan P eritrosit dan sel uroepithelial. [18] Kira-kira 1% daripada penduduk manusia tidak memiliki reseptor ini, dan kehadiran atau tidak adanya menentukan kerentanan individu untuk E coli jangkitan. saluran kemih. Uropathogenic E. coli menghasilkan alpha-dan betahemolysins, yang menyebabkan kematian sel saluran kencing. UPEC boleh mengelakkan pertahanan bawaan kekebalan tubuh (contohnya komplemen sistem) dengan menyerang sel-sel payung dangkal untuk membentuk komuniti bakteria intraseluler (IBCs). [46] Mereka juga mempunyai kemampuan untuk membentuk antigen K, polisakarida kapsul yang menyumbang terhadap pembentukan biofilm. Biofilm-menghasilkan E. coli yang bandel dengan faktor kekebalan tubuh dan terapi antibiotik dan sering bertanggung jawab untuk kronik jangkitan saluran kencing [47] Kmenghasilkan antigen E. coli jangkitan. Biasanya ditemui di saluran kemih atas. [18] Penurunan jangkitan, meskipun relatif jarang terjadi, terjadi ketika sel E. coli masuk ke organ saluran kencing atas (ginjal, pundi kencing atau ureter) dari aliran darah. [Sunting] meningitis neonatal Hal ini dihasilkan oleh serotype Escherichia coli yang mengandungi antigen kapsul disebut K1. Penjajahan usus bayi yang baru lahir dengan batang tersebut, yang hadir dalam faraj ibu, menyebabkan bakteremia, yang mengarah ke meningitis. Dan kerana tidak adanya antibodi IgM dari ibu (ini tidak melewati plasenta kerana hanya FcRn menengahi pemindahan IgG), ditambah fakta bahawa tubuh mengakui sebagai diri antigen K1, kerana menyerupai glicopeptides otak, ini mengarah ke meningitis teruk pada neonatus. [sunting]Diagnosis

makmal

Dalam sampel tahi mikroskop akan menunjukkan batang Gram negatif, tanpa tatacara sel tertentu. Kemudian, baik MacConkey Agar atau agar-agar EMB (atau kedua-duanya) yang diinokulasi dengan bangku. Pada MacConkey agar-agar, tanah jajahan merah tua dihasilkan sebagai organisma adalah laktosa-positif, dan fermentasi gula ini akan menyebabkan pH medium turun, menyebabkan penggelapan dari media. Pertumbuhan pada to EMB Levine menghasilkan koloni hitam dengan kilau metalik kehijauan-hitam. Ini adalah diagnostik E. coli. Organisma ini juga lisin positif, dan tumbuh di cerun TSI dengan (A / A / g + / H2S-) profil. Juga, IMViC adalah {+ + - -} untuk E. coli, seperti itu indole-positif (cincin merah) dan metil merah-positif (merah cerah), tetapi VP-negatif (tidak ada-perubahan tidak berwarna) dan sitrat-negatif (tidak ada perubahan-warna hijau). Ujian untuk pengeluaran racun boleh menggunakan sel-sel mamalia dalam kultur jaringan, yang dengan cepat dibunuh oleh toksin Shiga. Walaupun sensitif dan sangat khusus, kaedah ini lambat dan mahal. [48] Biasanya diagnosis telah dilakukan oleh kultur pada sorbitol-MacConkey menengah dan kemudian menggunakan antiserum menaip. Namun, ujian lateks saat ini dan beberapa antiserum menaip menunjukkan reaksi silang dengan non-E. coli O157 tanah jajahan. Selain itu, tidak semua jenis E. coli O157 berkaitan dengan HUS adalah fermentor nonsorbitol. Dewan Negara dan Epidemiologi Wilayah mengesyorkan bahawa paparan makmal klinikal paling tidak semua tahi berdarah untuk patogen ini. The American Association Gastroenterological Foundation (AGAF) yang disarankan pada bulan Julai 1994 bahawa semua spesimen tahi harus secara rutin diuji untuk E. coli O157:. H7 [rujukan?] Disarankan bahawa cek doktor dengan jabatan kesihatan negara mereka atau Centers for Disease Control dan Pencegahan untuk menentukan spesimen perlu diuji dan apakah hasilnya dilaporkan. Kaedah lain untuk mengesan E. coli O157 dalam tahi meliputi ujian ELISA, immunoblots tanah jajahan, mikroskop immunofluorescence langsung penapis, serta immunocapture teknik menggunakan manikmanik magnet. [49] ujian ini direka sebagai alat skrining untuk membolehkan ujian cepat untuk kehadiran E. coli O157 tanpa terlebih dahulu kultur dari spesimen tahi. [Sunting] terapi antibiotik dan pertahanan Rencana utama: pertahanan antibiotik Jangkitan bakteria biasanya dirawat dengan antibiotik. Namun, sensitiviti antibiotik dari strain yang berbeza E. coli sangat bervariasi. Sebagai organisma Gram-negatif, E. coli yang dapat bertahan terhadap banyak antibiotik yang berkesan terhadap organisma Gram-positif. Antibiotik yang boleh digunakan untuk mengubati jangkitan E. coli termasuk amoksisilin serta penisilin semi-sintetik yang lain, banyak sefalosporin, carbapenems, aztreonam, trimetoprim-sulfametoksazol, Ciprofloxacin, nitrofurantoin dan aminoglikosida. pertahanan antibiotik merupakan masalah yang berkembang. Beberapa hal ini kerana terlalu banyak digunakan antibiotik pada manusia, tetapi beberapa dari itu mungkin disebabkan oleh penggunaan antibiotik sebagai promotor pertumbuhan dalam makanan haiwan [50] Penyelidikan yang diterbitkan dalam jurnal Science pada Ogos 2007 ditemui. Bahawa tingkat mutasi adaptif pada E. coli adalah "pada urutan 10-5 pada genome pada generasi, yang 1,000 kali lebih tinggi daripada anggaran sebelum ini," sebuah penemuan yang mungkin mempunyai arti penting bagi kajian dan pengurusan pertahanan antibiotik bakteria. [51] Antibiotik-tahan E. coli juga boleh meneruskan gen yang bertanggung jawab untuk pertahanan antibiotik dengan spesies lain bakteria, seperti Staphylococcus aureus, melalui proses yang disebut pemindahan gen horizontal. E. coli sering membawa multidrug plasmid tahan dan di bawah tekanan mudah dengan

alihan tersebut plasmid dengan spesies lain. Memang, E. coli adalah ahli sering biofilm di mana banyak spesies bakteria yang ada di dekat satu sama lain. Campuran ini spesies membolehkan E. coli strain yang piliated untuk menerima dan pemindahan plasmid dari dan ke bakteria yang lain. Jadi E. coli dan enterobacteria lain waduk penting pertahanan antibiotik dipindahmilik. [52] [sunting]Strain

Beta-laktamase

Pertahanan terhadap antibiotik beta-laktam telah menjadi masalah tertentu dalam beberapa dekad terakhir, sebagai strain bakteria yang menghasilkan diperpanjang-spektrum beta-laktamase telah menjadi lebih umum. [53] Enzim-enzim beta-laktamase membuat banyak, jika tidak semua, dari penisilin dan sefalosporin tidak berkesan sebagai terapi. Extended-spektrum beta-laktamase E. coli sangat resisten terhadap pelbagai antibiotik dan jangkitan oleh strain yang sukar untuk mengubati. Dalam banyak kes, hanya dua antibiotik oral dan kumpulan yang sangat terhad antibiotik intravena tetap berlaku. Pada tahun 2009, gen yang disebut New Delhi Metallo-beta-laktamase (disingkat NDM-1) yang bahkan memberikan perlawanan terhadap carbapenem antibiotik intravena, ditemui di India dan Pakistan pada bakteria E. coli. Peningkatan keprihatinan tentang tersebar luasnya dari bentuk "super" di Inggeris telah menyebabkan panggilan untuk pemantauan lebih lanjut dan strategi Inggeris-luas untuk menangani jangkitan dan kematian. [54] Kerentanan ujian harus Manual perubatan di semua jangkitan yang organisma dapat diisolasi untuk budaya. [sunting]Terapi

fag

Fag terapi-virus yang secara khusus menargetkan patogen-bakteria telah dibangunkan selama 80 tahun terakhir, terutama di Kesatuan Soviet, di mana ia digunakan untuk mengelakkan diare yang disebabkan oleh E. coli [55] Saat ini,. Fag terapi untuk manusia sedia . hanya di fag Therapy Center di Republik Georgia dan di Poland [56] Namun, pada tarikh 2 Januari 2007, FDA Amerika Syarikat memberikan persetujuan Omnilytics untuk melaksanakan nya E. coli O157: H7 membunuh fag di sembur, kabut atau cuci pada haiwan hidup yang akan dipotong untuk dimakan manusia [57] The bakteriofag T4. adalah fag yang sangat mempelajari bahawa target untuk jangkitan E. coli. [sunting]Vaksinasi Para penyelidik telah aktif bekerja untuk mengembangkan keselamatan, vaksin yang efektif untuk menurunkan kejadian di seluruh dunia jangkitan E. coli [58] Pada bulan Mac 2006, vaksin mencetuskan respon kekebalan tubuh terhadap E. coli O157:. H7 O-khusus polisakarida terkonjugasi untuk rekombinan eksotoksin A Pseudomonas aeruginosa (O157-Rep) dilaporkan selamat pada anak 2-5 tahun. Penelitian sebelumnya telah menunjukkan bahawa sudah selamat untuk orang dewasa [59] Sebuah fasa III uji klinis untuk membuktikan keampuhan skala besar dari rawatan ini adalah. Dirancang. [59] Pada tahun 2006 Fort Dodge Kesihatan Haiwan (Wyeth) memperkenalkan vaksin dilemahkan yang berkesan untuk mengendalikan airsacculitis hidup dan peritonitis pada ayam. Vaksin ini adalah vaksin avirulen kejuruteraan genetik yang telah menunjukkan perlindungan terhadap O78 dan strain untypeable. [60]

Pada bulan Januari 2007, syarikat bio-farmasi Kanada Bioniche mengumumkan bahawa ia telah membangunkan sebuah vaksin ternakan yang mengurangkan jumlah O157:. H7 tertumpah dalam pupuk kandang dengan faktor 1000, untuk sekitar 1000 bakteria patogen pada gram baja [61] [62] [63] Pada bulan April 2009, Michigan State University penyelidik mengumumkan bahawa ia telah membangunkan vaksin bekerja untuk strain E. coli. Saeed Mahdi, profesor epidemiologi dan penyakit berjangkit di perguruan tinggi MSU's Perubatan Haiwan dan Manusia Perubatan, telah mengajukan permohonan paten untuk penemuan dan telah melakukan hubungan dengan syarikat farmasi untuk pengeluaran komersial. [64] [sunting]Peranan

dalam bioteknologi

Kerana sejarah panjang budaya makmal dan kemudahan manipulasi, E. coli juga memainkan peranan penting dalam kejuruteraan biologi moden dan mikrobiologi industri. [65] Karya Norman Stanley Cohen dan Herbert Boyer dalam E. coli, plasmid menggunakan dan sekatan enzim untuk membuat DNA rekombinan, menjadi asas dari bioteknologi. [66] Dianggap sebagai tuan rumah sangat serbaguna untuk pengeluaran protein heterolog, [67] penyelidik dapat memperkenalkan gen ke dalam mikrob menggunakan plasmid, sehingga memungkinkan untuk pengeluaran massa protein dalam proses fermentasi industri. sistem genetik juga telah dibangunkan yang membolehkan pengeluaran protein rekombinan menggunakan E. coli. Salah satu aplikasi yang berguna pertama dari teknologi DNA rekombinan adalah manipulasi E. coli untuk menghasilkan insulin manusia [68] Modified E. coli telah digunakan dalam pembangunan vaksin, bioremediasi, dan pengeluaran enzim amobil. [67] E. coli. tidak boleh, bagaimanapun, akan digunakan untuk menghasilkan beberapa, protein lebih besar kompleks yang mengandungi ikatan disulfida ganda dan, khususnya, tiol tidak berpasangan, atau protein yang juga memerlukan pengubahsuaian pasca-translasi untuk aktiviti. [65] Kajian juga sedang dilakukan ke dalam program E. coli berpotensi menyelesaikan masalah matematik yang rumit seperti masalah jalan Hamiltonian. [69] [sunting]Kualiti

persekitaran

E. coli bakteria telah sering ditemui di perairan rekreasi dan kehadiran mereka digunakan untuk menunjukkan adanya pencemaran feses baru-baru ini, tetapi E. coli kehadiran mungkin tidak menunjukkan kotoran manusia. E. coli yang berlabuh di semua haiwan berdarah panas: burung dan mamalia sama. bakteria E. coli juga telah dijumpai pada ikan dan penyu. Pasir dan tanah juga pelabuhan E. coli bakteria dan beberapa strain dari E. coli telah menjadi dinaturalisasi. Beberapa daerah geografi yang boleh menyokong penduduk yang unik dari E. coli dan sebaliknya, beberapa E. coli strain kosmopolitan [2]. [Sunting] Model organisma E. coli sering digunakan sebagai model organisma dalam kajian mikrobiologi. strain Budidaya (contohnya E. coli K12) adalah menyesuaikan diri dengan baik dengan persekitaran makmal, dan, tidak seperti strain jenis liar, telah kehilangan kemampuan mereka untuk berkembang di usus. Banyak makmal strain kehilangan kemampuan mereka untuk membentuk biofilm [70] [71] Ciri-ciri ini melindungi strain jenis liar dari antibodi dan serangan kimia lain,. Tetapi memerlukan perbelanjaan besar sumber daya tenaga dan material.

Pada tahun 1946, Joshua Lederberg dan Edward Tatum pertama menggambarkan fenomena yang dikenali sebagai konjugasi bakteria menggunakan E. coli sebagai bakteria model, [72] dan masih model utama untuk mempelajari konjugasi. [Rujukan?] E. coli merupakan bahagian integral dari percubaan pertama untuk memahami genetik fag, [73] dan penyelidik awal, seperti Seymour Benzer, digunakan E. coli dan fag T4 untuk memahami topografi struktur gen [74] Sebelum. untuk kajian Benzer, itu tidak diketahui apakah gen adalah struktur yang linier, atau jika memiliki pola percabangan. E. coli adalah salah satu organisma pertama yang mengandungi genom yang diurutkan;. Genom lengkap E. coli K12 diterbitkan oleh Science pada tahun 1997 [75] Percubaan evolusi jangka panjang menggunakan E. coli, bermula oleh Richard Lenski pada tahun 1988, telah membolehkan pemerhatian langsung dari perubahan evolusi besar dalam makmal [76] Dalam kajian ini,. Satu penduduk E. coli tak terduga mengembangkan kemampuan untuk aerobik memetabolisme sitrat. Kapasiti ini sangat jarang berlaku di E. coli. Sebagai ketidakupayaan untuk menumbuhkan aerobik biasanya digunakan sebagai kriteria diagnostik yang boleh digunakan untuk membezakan dari yang lain E. coli, bakteria erat berkaitan seperti Salmonella, inovasi ini mungkin menandakan peristiwa spesiasi diamati di makmal. Dengan menggabungkan teknologi nano dengan pemandangan habitat ekologi lanskap kompleks dapat dihasilkan dengan butiran pada skala nano. [77] Pada ekosistem sintetik seperti eksperimen evolusi dengan E. coli telah dilakukan dalam rangka untuk mempelajari biofizikal istimewa yang diadaptasi dalam biogeografi pulau on-cip.

Domain: Filum: Kelas: Order:

Bacteria Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales

Keluarga: Enterobacteriaceae Genus: Escherichia

Spesies: E. coli

HTTP://VIRAMEDIKA.BLOGSPOT.COM

SUNDAY, MARCH 9, 2008

Teknik pewarnaan gram

Pengecatan gram ini berguna untuk membedakan bakteri gram positif dan gram negatif. 1. Sediaan diambil menggunakan objek glass. Misalnya pada pasien tersangka GO, sediaan diambil dengan cara duh tubuh yang keluar di muara urethra ditempelkan pada objek glass. 2. Fiksasi. Sediaan apusan pada objek glass difiksasi dengan api bunsen (3-4x), dinginkan.

3. Stain pertama: objek glass posisi horizontal dituangi karbol gentian violet 0,5% atau kristal violet 2%. Biarkan tergenang 0,5 sampai 1 menit. Tuangi garam iodin atau lugol 1% biarkan 0,5 sampai 1 menit. Buang larutan, cuci dengan air mengalir, posisi ditegakkan. 4. Decolorisasi. Tuangi alkohol 96% (aseton) sampai air yang mengalir tidak berwarna lagi. Cuci lagi dengan air mengalir. 5. Stain counter/kontras. Tuangi air fuchsin lindi 0,35% (larutan netral red), larutan safranine 1%. Biarkan 10 detik sampai 1 menit. Buang dan cuci dengan air mengalir. Keringkan dalam posisi tegak. 6. Periksa dengan mikroskop minyak inersi.

Hasilnya: gram positif: warna violet. Staphylococcus: kecil bulat tersusun seperti anggur. Streptococcus: lebih besar dari staphylococcus tersusun seperti rantai.

Candida Sp: pseudohifa, sel tunas, sel ragi, klamidospora.

Gram negatif: merah sel leukosit PMN, sel epitel. Neisseria gonorrhoicae: diplococcus, seperti dua ginjal. Haemophylus ducreyi: streptobasil, bentuk khas seperti rel kereta api. Pewarna Ziehl-Neelsen, juga dikenali sebagai pewarna tahan asid, pertama sekali digambarkan oleh dua orang doktor Jerman; Franz Ziehl (1859 hingga 1926), pakar bakteria bakteriologi dan Friedrich Neelsen (1854 hingga 1894), ahli patologi. Ia merupakan pewarna bakteria khas yang digunakan bagi mengenal pasi organisma tahan asid, terutamanya Mycobacteria. Mycobacterium tuberculosis adalah yang paling penting dalam kumpulan ini, kerana ia bertanggungjawab bagi penyakit yang dikenali sebagai tuberkulosis (TB). Ia membantu mendiagnosis Mycobacterium tuberculosis kerana dinding lipid yang banyak selnya menjadikannya tahan kepada pewarna Gram. Ia juga boleh digunakan bagi mewarna beberapa bakteria lain seperti Nocardia. Reagen yang digunakan adalah carbolfuchsin ZiehlNeelsen, alkohol asid dan metilena biru.

The API-20E test kit for the identification of enteric bacteria (bioMerieux, Inc., Hazelwood, MO) provides an easy way to inoculate and read tests relevant to members of the Family Enterobacteriaceae and associated organisms. A plastic strip holding twenty mini-test tubes is inoculated with a saline suspension of a pure culture (as per manufacturer's directions). This process also rehydrates the dessicated medium in each tube. A few tubes are completely filled (CIT, VP and GEL as seen in the photos below), and some tubes are overlaid with mineral oil such that anaerobic reactions can be carried out (ADH, LDC, ODC, H2S, URE). After incubation in a humidity chamber for 18-24 hours at 37C, the color reactions are read (some with the aid of added reagents), and the reactions (plus the oxidase reaction done separately) are converted to a seven-digit code which is called the Analytical Profile Index, from which name the initials "API" are derived. The code can be fed into the manufacturer's database via touch-tone telephone, and the computerized voice gives back the identification, usually as genus and species. An online database can also be accessed for the identification. The reliability of this system is very high, and one finds systems like these in heavy use in many food and clinical labs. Note: Discussion and illustration of the API-20E system here does not necessarily constitute any commercial endorsement of this product. It is shown in our laboratory courses as a prime example of a convenient multi-purpose testing method one may encounter out there in the "real world." In the following photos:

Note especially the color reactions for amino acid decarboxylations (ADH through ODC) and carbohydrate fermentations (GLU through ARA).
o

The amino acids tested are (in order) arginine, lysine and ornithine. Decarboxylation is shown by an alkaline reaction (red color of the particular pH indicator used). The carbohydrates tested are glucose, mannitol, inositol, sorbitol, rhamnose, sucrose, melibiose, amygdalin and arabinose. Fermentation is shown by an acid reaction (yellow color of indicator).

Hydrogen sulfide production (H2S) and gelatin hydrolysis (GEL) result in a black color throughout the tube.

A positive reaction for tryptophan deaminase (TDA) gives a deep brown color with the addition of ferric chloride; positive results for this test correlate with positive phenylalanine and lysine deaminase reactions which are characteristic of Proteus, Morganella and Providencia.

In the first set of reactions:

Culture "5B" (isolated from an early stage of sauerkraut fermentation) is identified as Enterobacter agglomerans which has been a convenient dumping ground for organisms now being reassigned to better-defined genera and species including the new genus Pantoea. This particular isolate produces reddish (lactose +), "pimply" colonies on MacConkey Agar which exude an extremely viscous slime as may be seen here; this appearance is certainly atypical of organisms identified as E. agglomerans or Pantoea in general. Culture "8P44" is identified as Edwardsiella hoshinae. The CDC had identified this culture (in 1988) as the ultra-rare Biogroup 1 of Edwardsiella tarda which may not be in the API-20E database. This system probably would not be able to differentiate between these two organisms. Note that 8P44 shows H2S production which is probably typical of Edwardsiella tarda Biogroup 1. Clinical laboratories usually run this test in Triple Sugar Iron Agar in which the organism's fermentation of sucrose (with consequent high acid production) tends to negate the H2S reaction, and as a result the organism is mischaracterized throughout the literature as H2S negative even though it shows a positive reaction in KIA and other H2S-detecting media.

Decarboxylation Test Decarboxylase broth tests for the production of the enzyme decarboxylase, which removes the carboxyl group from an amino acid. Decarboxylase broth contains nutrients, dextrose (a fermentable carbohydrate), pyridoxal (an enzyme cofactor for decarboxylase), and the pH indicators bromcresol purple and cresol red. Bromcresol purple turns purple at an alkaline pH and turns yellow at an acidic pH. We also add a single amino acid to each batch of decarboxylase broth. The three amino acids we test in our decarboxylase media are arginine, lysine, and ornithine. The decarboxylase test is useful for differentiating the Enterobacteriaceae. Each decarboxylase enzyme produced by an organism is specific to the amino acid on which it acts. Therefore, we test the ability of organisms to produce arginine decarboxylase, lysine decarboxylase, and ornithine decarboxylase using three different but very similar media. If the organism is unable to ferment dextrose, there will be no color change in the medium. If an organism is able to ferment the dextrose, acidic byproducts are formed, and the media turns yellow. As the organisms ferment the dextrose, the media initially turns yellow, even when it has been inoculated with a decarboxylase-positive organism. The low pH and the presence of the amino acid will cause the organism to begin decarboxylation. If an organism is able to decarboxylate the amino acid present in the medium, alkaline byproducts are then produced. Arginine is hydrolyzed to ornithine and is then decarboxylated. Ornithine decarboxylation yields putrescine. Lysine decarboxylation results

in cadaverine. These byproducts are sufficient to raise the pH of the media so that the broth turns purple. If the inoculated medium is yellow, or if there is no color change, the organism is decarboxylase-negative for that amino acid. If the medium turns purple, the organism is decarboxylase-positive for that amino acid. Important: When you retrieve your decarboxylase broths from the rack on the side counter, be sure to label them immediately! The broths look the same, and if you become confused as to which amino acid is in which tube, your results will be useless. Important: After you inoculate the decarboxylase broth but before you incubate the tubes, add an overlay of sterile mineral oil to each tube. You do not need a thick layer of oil; you only need enough to cover the surface of the medium. This promotes fermentation by locking out oxygen, and it also prevents false alkalinization at the surface of the medium.

Serratia marcescens, displays a positive reaction, as the medium has turned purple.

Proteus vulgaris ( has too much sterile mineral oil in the overlay), displays a negative result.

Introduction Mannitol is a carbohydrate that can be fermented. There are two ways to test for Mannitol fermentation ability. One way to test for Mannitol fermentation ability is by using a Phenol Red- Mannitol broth. This culture medium is just like Glucose, Lactose, and Sucrose tubes except that Mannitol is the fermentable organic compound. See PR-Carb Broths for more information. A second way to test mannitol fermentation ability is by using Mannitol Salt (MS) Agar Plates. MS plates have 7% NaCl. Thus, MS plates are first selective--only those organisms that are salt tolerant (+ 7% NaCl) will grow. MS Agar plates should only be used to test mannitol fermentation ability if you know that your organism is capable of surviving 7% NaCl. If your organisms grow on MS plates, you can ascertain mannitol fermentation ability. MS agar has phenol-red pH indicator. If mannitol is fermented, the agar will turn yellow. If mannitol is not fermented, the agar will remain red. Results Possible Results No Growth Growth/Red Agar Growth/Yellow Agar 7% NaCl + + Mannitol Fermentation Not determined A

Methods 1. Obtain an MS agar plate. 2. Streak for isolation from your unknown stock culture. 3. Incubate your plate at appropriate temperature for 24 to 48 hours. 4. Observe your plate for growth and color.

Photograph + 7% NaCl/Mannitol Negative + 7% NaCl/Mannitol Positive

Urease Test Urease broth is a differential medium that tests the ability of an organism to produce an exoenzyme, called urease, that hydrolyzes urea to ammonia and carbon dioxide. The broth contains two pH buffers, urea, a very small amount of nutrients for the bacteria, and the pH indicator phenol red. Phenol red turns yellow in an acidic environment and fuchsia in an alkaline environment. If the urea in the broth is degraded and ammonia is produced, an alkaline environment is created, and the media turns pink. Many enterics can hydrolyze urea; however, only a few can degrade urea rapidly. These are known as rapid urease-positive organisms. Members of the genus Proteus are included among these organisms. Urea broth is formulated to test for rapid urease-positive organisms. The restrictive amount of nutrients coupled with the use of pH buffers prevent all but rapid urease-positive organisms from producing enough ammonia to turn the phenol red pink. Important: In our lab, we only use the urease broth, not the agar.

Proteus mirabilis is rapid urease positive as evidenced by the pink color of the media.

Escherichia coli on the right is negative.

172 Merck Microbiology Manual 12 th Edition Arginine Broth acc. to SCHUBERT Arginine Brilliant-green Glucose Peptone Broth (ABGP Medium) Mode of Action The rich nutrient base of this medium allows best growth conditions. Brilliant-green inhibits the accompanying Gram-positive flora. The concentration of brilliant-green has no toxic effect on preinjured Pseudomonas aeruginosa. A colour change from grey-green to blue-violet indicates the presence of Ps. aeruginosa allowing a presumptive information about the presence of Ps. aeruginosa. The indicator system is based on the strong alcalisation of Arginine in the presence of Ps. aeruginosa. In combination with bromothymolblue and cresolred the colour changes to blueviolet. Typical Composition (g/litre) Peptone from casein 17.0; peptone from soymeal 3.0; L-argininemonohydrochloride 10.0; bromothymolblue 0.015; cresolred 0.02; brilliant-green 0.00038; D(+)glucose 0.5; sodium chloride 5.0. Preparation Suspend 35.5 g in 1 litre demin. water, dispense into test tubes and autoclave (15 min at 121 C).

pH: 7.0 0.2 at 25 C. FOR ENVIRONMENTAL WATER SAMPLES ONLY: For the inhibition of the accompanying flora it is recommended to add 1 ml of nalidixic acid solution (dissolve 5 mg nalidixic acid in 1 ml demin. water) to the medium at a temperature of 45-50 C. Homogenize by gently shaking. (Do not add nalidixic acid solution to chlorinated water sample!) The prepared broth is clear and grey-green. Experimental Procedure and Evaluation Membrane filter method: 100 ml water sample is filtered through a membrane filter which is then immersed into 15-20 ml of Arginine Broth. Direct Enrichment: Suspend 100 ml water sample into 100 ml of double strength Arginine Broth. Incubation: 48 h aerobically at 35 C. A colour change to violet is an indication for the presence of Pseudomonas aeruginosa. For confirmation streak onto selective agars, e.g. methods acc. to DIN 38411, part 8. Literature SCHUBERT, R.: The use of Arginine Brilliant Green Glucose Peptone Broth (ABGP Medium) as a Primary Culture Medium for Pseudomonas aeruginosa. - Zbl. Bakt. Hyg. B 187; 266-268 (1989). Mitteilung der Badewasserkommission des Umweltbundesamtes: Hygienische berwachung ffentlicher und gewerblicher Bder durch die

Gesundheitsmter. - Bundesgesundheitsbaltt 4/96. Ordering Information Quality control Product Merck Cat. No. Pack size Arginine Broth acc. to SCHUBERT 1.13892.0500 500 g DEV ENDO Agar 1.10684.0500 500 g MacCONKEY Agar 1.05465.0500 500 g Nelers reagent 1.09029.0100 100 ml Pseudomonas Agar F, Base 1.10989.0500 500 g Pseudomonas Agar P 1.10988.0500 500 g 1 + 2 Pseudomonas aeruginosa 3 Negative control 4 Enterococcus faecalis 5 E. coli 12345 Test strains Growth Colour change to violet Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 good / very good + Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027 good / very good + Pseudomonas stutzeri ATCC 17832 none Aeromonas hydrophila ATCC 7966 good / very good + Enterococcus faecalis ATCC 19433 none Escherichia coli ATCC 25922 good / very good + / - (yellow after 24h) Enrichment broth for chlorine damaged Pseudomonas aeruginosa within the testing of swimming pool water acc. to

bathingwater commission of "Umweltbundesamt" (German Authority for the Environment). Arginine Broth acc. to SCHUBERT Arginine Brilliant-green Glucose Peptone Broth (ABGP Medium)

BBL Malonate Broth, Ewing Modified L007466 Rev. 09 January 2011 QUALITY CONTROL PROCEDURES I INTRODUCTION Malonate Broth, Ewing Modified is a medium for the differentiation of enteric organisms on the basis of their ability to utilize malonate. II PERFORMANCE TEST PROCEDURE 1. Inoculate representative samples with the cultures listed below. a. Inoculate tubes with a 0.01 mL calibrated loop of 10-1 dilutions of 18- to 24-h Trypticase Soy Broth cultures. b. Incubate tubes with loosened caps at 35 2C in an aerobic atmosphere. 2. Examine tubes after 1824 and 4248 h for growth and reactions. 3. Expected Results Organisms ATCC Reaction *Enterobacter aerogenes 13048 Alkaline (blue color in medium) Klebsiella pneumoniae 33495 Alkaline (blue color in medium) subsp. pneumoniae Salmonella enterica 13314 Alkaline (blue color in medium) subsp. arizonae *Escherichia coli 25922 No color change (green) or yellow (dextrose fermentation only)

*Recommended organism strain for User Quality Control. III ADDITIONAL QUALITY CONTROL 1. Examine tubes as described under "Product Deterioration." 2. Visually examine representative tubes to assure that any existing physical defects will not interfere with use. 3. Determine the pH potentiometrically at room temperature for adherence to the specification of 6.7 0.2. 4. Incubate uninoculated representative tubes at 2025C and 3035C and examine after 7 days for microbial contamination. PRODUCT INFORMATION IV INTENDED USE Malonate Broth, Ewing Modified is used for the differentiation of coliforms and other enteric organisms. V SUMMARY AND EXPLANATION Leifson, in 1933, developed a synthetic liquid medium which differentiated Aerobacter (now Enterobacter) from Escherichia species based on their ability to utilize malonate.1 The current BBL formulation is a modification devised by Ewing et al. in which dextrose and yeast extract are incorporated.2,3 The addition of yeast extract, a source of vitamins, and a relatively small amount of dextrose, a minimal carbon source, is included in Ewing's modification to stimulate the growth of some organisms. The medium, therefore, will support the growth of organisms which cannot utilize malonate or ammonium salt, but any spontaneous alkalinization produced by such organisms is buffered by the phosphate system and counteracted by the acid produced in the fermentation of the small amount of dextrose.4 An alkaline result (blue color) is only produced in this medium by organisms capable of utilizing malonate and ammonium sulfate.

VI PRINCIPLES OF THE PROCEDURE An organism which simultaneously can utilize sodium malonate as its carbon source and ammonium sulfate as its nitrogen source, produces an alkalinity due to the formation of sodium hydroxide.4 The alkali changes the color of the bromthymol blue indicator in the medium to light blue to Prussian blue. The color of the medium remains unchanged in the presence of an organism which cannot utilize these substances. Some malonate-negative strains produce a yellow color due to the fermentation of dextrose only, which results in increased acidity causing the pH indicator to change to yellow at a pH of 6.0. VII REAGENTS Malonate Broth, Ewing Modified Approximate Formula* Per Liter Purified Water Yeast Extract ........................................................................1.0 g Sodium Chloride ..............................................................2.0 g Ammonium Sulfate ..............................................................2.0 g Sodium Malonate ............................................................3.0 g Dipotassium Phosphate ......................................................0.6 g Dextrose ............................................................................0.25 g Monopotassium Phosphate ................................................0.4 g Bromthymol Blue ..............................................................0.025 g *Adjusted and/or supplemented as required to meet performance criteria. Warnings and Precautions: For in vitro Diagnostic Use. Tubes with tight caps should be opened carefully to avoid injury due to breakage of glass. Observe aseptic techniques and established precautions against microbiological hazards throughout all procedures. After use, prepared tubes, specimen containers and other contaminated materials must be sterilized by autoclaving before discarding.

Storage Instructions: On receipt, store tubes in the dark at 225C. Avoid freezing and overheating. Do not open until ready to use. Minimize exposure to light. Tubed media stored as labeled until just prior to use may be inoculated up to the expiration date and incubated for the recommended incubation times. Allow the medium to warm to room temperature before inoculation. Product Deterioration: Do not use tubes if they show evidence of microbial contamination, discoloration, drying or other signs of deterioration. L007466 1 of 2 % 8VIII SPECIMEN COLLECTION AND HANDLING Specimens suitable for culture may be handled using various techniques. For detailed information, consult appropriate texts.5,6 Specimens should be obtained before antimicrobial agents have been administered. Provision must be made for prompt delivery to the laboratory. IX PROCEDURE Material Provided: Malonate Broth, Ewing Modified Materials Required But Not Provided: Ancillary culture media, reagents, quality control organisms and laboratory equipment as required. Test Procedure: Observe aseptic techniques. Inoculate tubes, using a light inoculum, with growth from an 18- to 24-h pure culture. Incubate tubes with loosened caps for 2448 h at 35 2C in an aerobic atmosphere. User Quality Control: See Quality Control Procedures. Quality Control requirements must be performed in accordance with applicable local, state and/or federal regulations or

accreditation requirements and your laboratorys standard Quality Control procedures. It is recommended that the user refer to pertinent CLSI (formerly NCCLS) guidance and CLIA regulations for appropriate Quality Control practices. A single electrode of sufficiently small size to fit into the tubes should be used to determine the pH potentiometrically of tubed media. The tip of the electrode should be placed below the surface of broth media. X RESULTS Bacterial genera in which the majority of species yield a positive alkaline reaction (light blue to Prussian blue color throughout the medium) include: Enterobacter Klebsiella Citrobacter Genera in which the majority of species yield a negative reaction (color of medium is unchanged or yellow) include: Escherichia Serratia Salmonella Morganella Shigella Proteus Edwardsiella Providencia Yersinia Consult an appropriate text for the expected reactions for specific microbial species.5-7 XI LIMITATIONS OF THE PROCEDURE For identification, organisms must be in pure culture. Morphological, biochemical, and/or serological tests should be performed for final identification. Consult appropriate texts for detailed information and recommended procedures.5-7 Some malonate-negative strains produce a yellow color due to the fermentation of dextrose only, which results in increased

acidity causing the pH indicator to change to yellow at a pH of 6.0.8 Some malonate-positive organisms produce only slight alkalinity. Compare any tube in question with an uninoculated malonate tube.9 XII PERFORMANCE CHARACTERISTICS Prior to release, all lots of Malonate Broth, Ewing Modified are tested for performance characteristics. Representative samples of the lot are inoculated with a 0.001 mL of a 24-h Trypticase Soy Broth culture of Enterobacter aerogenes ATCC 13048, Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumoniae ATCC 33495 and Salmonella enterica ATCC 13314, to yield 1 x 106 CFU/tube. Tubes are incubated with loose caps at 3537C for up to 2 days in an aerobic atmosphere. Positive reaction (color change from green to blue) is observed for E. aerogenes, K. pneumoniae and S. enterica and no reaction, or yellow color, is observed with E. coli. XIII AVAILABILITY Cat. No. Description 221322 BBL Malonate Broth, Ewing Modified, Pkg. of 10 size K tubes XIV REFERENCES 1. Leifson, E. 1933. Fermentation of sodium malonate as a means of differentiating Aerobacter and Escherichia. J. Bacteriol. 26:329-330. 2. Ewing, W.H., B.R. Davis, and R.W. Reavis. 1957. Phenylalanine and malonate media and their uses in enteric bacteriology. Public Health Lab. 15:153. 3. Ewing, W.H. 1986. Edwards and Ewing's identification of the Enterobacteriaceae, 4th ed. Elsevier Science Publishing Co., Inc., New York. 4. MacFaddin, J.F. 1985. Media for isolation-cultivation-identification-maintenance of medical bacteria, vol. I. Williams & Wilkins, Baltimore.

5. Murray, P.R., E.J. Baron, J.H. Jorgensen, M.A. Pfaller, and R.H. Yolken (ed.). 2003. Manual of clinical microbiology, 8th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. 6. Forbes, B.A., D.F. Sahm, and A.S. Weissfeld. 2002. Bailey & Scott's diagnostic microbiology, 11th ed. Mosby, Inc., St. Louis. 7. Holt, J.G., N.R. Krieg, P.H.A. Sneath, J.T. Staley, and S.T. Williams (ed.). 1994. Bergey's Manual of determinative bacteriology, 9th ed. Williams & Wilkins, Baltimore. 8. Power, D.A. and P.J. McCuen. 1988. Manual of BBL products and laboratory procedures, 6th ed., Becton Dickinson Microbiology Systems, Cockeysville, Md. 9. Becton Dickinson. 1997. Difco manual, 11th ed., Becton, Dickinson and Company, Sparks, Md. L007466 2 of 2 O Becton, Dickinson and Company $Benex Limited 7 Loveton Circle Rineanna House Sparks, MD 21152 USA Shannon Free Zone 800-638-8663 Shannon, County Clare, Ireland www.bd.com/ds ATCC is a trademark of the American Type Culture Collection. BD, BD Logo, BBL and Trypticase are trademarks of Becton, Dickinson and Company. 2011 BD.

BBL Malonate Broth, Ewing Modified L007466 Rev. 09 January 2011 QUALITY CONTROL PROCEDURES I INTRODUCTION Malonate Broth, Ewing Modified is a medium for the differentiation of enteric organisms on the basis of their ability to utilize

malonate. II PERFORMANCE TEST PROCEDURE 1. Inoculate representative samples with the cultures listed below. a. Inoculate tubes with a 0.01 mL calibrated loop of 10-1 dilutions of 18- to 24-h Trypticase Soy Broth cultures. b. Incubate tubes with loosened caps at 35 2C in an aerobic atmosphere. 2. Examine tubes after 1824 and 4248 h for growth and reactions. 3. Expected Results Organisms ATCC Reaction *Enterobacter aerogenes 13048 Alkaline (blue color in medium) Klebsiella pneumoniae 33495 Alkaline (blue color in medium) subsp. pneumoniae Salmonella enterica 13314 Alkaline (blue color in medium) subsp. arizonae *Escherichia coli 25922 No color change (green) or yellow (dextrose fermentation only) *Recommended organism strain for User Quality Control. III ADDITIONAL QUALITY CONTROL 1. Examine tubes as described under "Product Deterioration." 2. Visually examine representative tubes to assure that any existing physical defects will not interfere with use. 3. Determine the pH potentiometrically at room temperature for adherence to the specification of 6.7 0.2. 4. Incubate uninoculated representative tubes at 2025C and 3035C and examine after 7 days for microbial contamination. PRODUCT INFORMATION IV INTENDED USE

Malonate Broth, Ewing Modified is used for the differentiation of coliforms and other enteric organisms. V SUMMARY AND EXPLANATION Leifson, in 1933, developed a synthetic liquid medium which differentiated Aerobacter (now Enterobacter) from Escherichia species based on their ability to utilize malonate.1 The current BBL formulation is a modification devised by Ewing et al. in which dextrose and yeast extract are incorporated.2,3 The addition of yeast extract, a source of vitamins, and a relatively small amount of dextrose, a minimal carbon source, is included in Ewing's modification to stimulate the growth of some organisms. The medium, therefore, will support the growth of organisms which cannot utilize malonate or ammonium salt, but any spontaneous alkalinization produced by such organisms is buffered by the phosphate system and counteracted by the acid produced in the fermentation of the small amount of dextrose.4 An alkaline result (blue color) is only produced in this medium by organisms capable of utilizing malonate and ammonium sulfate. VI PRINCIPLES OF THE PROCEDURE An organism which simultaneously can utilize sodium malonate as its carbon source and ammonium sulfate as its nitrogen source, produces an alkalinity due to the formation of sodium hydroxide.4 The alkali changes the color of the bromthymol blue indicator in the medium to light blue to Prussian blue. The color of the medium remains unchanged in the presence of an organism which cannot utilize these substances. Some malonate-negative strains produce a yellow color due to the fermentation of dextrose only, which results in increased acidity causing the pH indicator to change to yellow at a pH of 6.0.

VII REAGENTS Malonate Broth, Ewing Modified Approximate Formula* Per Liter Purified Water Yeast Extract ........................................................................1.0 g Sodium Chloride ..............................................................2.0 g Ammonium Sulfate ..............................................................2.0 g Sodium Malonate ............................................................3.0 g Dipotassium Phosphate ......................................................0.6 g Dextrose ............................................................................0.25 g Monopotassium Phosphate ................................................0.4 g Bromthymol Blue ..............................................................0.025 g *Adjusted and/or supplemented as required to meet performance criteria. Warnings and Precautions: For in vitro Diagnostic Use. Tubes with tight caps should be opened carefully to avoid injury due to breakage of glass. Observe aseptic techniques and established precautions against microbiological hazards throughout all procedures. After use, prepared tubes, specimen containers and other contaminated materials must be sterilized by autoclaving before discarding. Storage Instructions: On receipt, store tubes in the dark at 225C. Avoid freezing and overheating. Do not open until ready to use. Minimize exposure to light. Tubed media stored as labeled until just prior to use may be inoculated up to the expiration date and incubated for the recommended incubation times. Allow the medium to warm to room temperature before inoculation. Product Deterioration: Do not use tubes if they show evidence of microbial contamination, discoloration, drying or other signs of deterioration. L007466 1 of 2

% 8VIII SPECIMEN COLLECTION AND HANDLING Specimens suitable for culture may be handled using various techniques. For detailed information, consult appropriate texts.5,6 Specimens should be obtained before antimicrobial agents have been administered. Provision must be made for prompt delivery to the laboratory. IX PROCEDURE Material Provided: Malonate Broth, Ewing Modified Materials Required But Not Provided: Ancillary culture media, reagents, quality control organisms and laboratory equipment as required. Test Procedure: Observe aseptic techniques. Inoculate tubes, using a light inoculum, with growth from an 18- to 24-h pure culture. Incubate tubes with loosened caps for 2448 h at 35 2C in an aerobic atmosphere. User Quality Control: See Quality Control Procedures. Quality Control requirements must be performed in accordance with applicable local, state and/or federal regulations or accreditation requirements and your laboratorys standard Quality Control procedures. It is recommended that the user refer to pertinent CLSI (formerly NCCLS) guidance and CLIA regulations for appropriate Quality Control practices. A single electrode of sufficiently small size to fit into the tubes should be used to determine the pH potentiometrically of tubed media. The tip of the electrode should be placed below the surface of broth media. X RESULTS Bacterial genera in which the majority of species yield a positive alkaline reaction (light blue to Prussian blue color throughout the medium) include: Enterobacter

Klebsiella Citrobacter Genera in which the majority of species yield a negative reaction (color of medium is unchanged or yellow) include: Escherichia Serratia Salmonella Morganella Shigella Proteus Edwardsiella Providencia Yersinia Consult an appropriate text for the expected reactions for specific microbial species.5-7 XI LIMITATIONS OF THE PROCEDURE For identification, organisms must be in pure culture. Morphological, biochemical, and/or serological tests should be performed for final identification. Consult appropriate texts for detailed information and recommended procedures.5-7 Some malonate-negative strains produce a yellow color due to the fermentation of dextrose only, which results in increased acidity causing the pH indicator to change to yellow at a pH of 6.0.8 Some malonate-positive organisms produce only slight alkalinity. Compare any tube in question with an uninoculated malonate tube.9 XII PERFORMANCE CHARACTERISTICS Prior to release, all lots of Malonate Broth, Ewing Modified are tested for performance characteristics. Representative samples of the lot are inoculated with a 0.001 mL of a 24-h Trypticase Soy Broth culture of Enterobacter aerogenes ATCC 13048, Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumoniae ATCC 33495 and Salmonella enterica ATCC 13314, to yield 1 x 106 CFU/tube.

Tubes are incubated with loose caps at 3537C for up to 2 days in an aerobic atmosphere. Positive reaction (color change from green to blue) is observed for E. aerogenes, K. pneumoniae and S. enterica and no reaction, or yellow color, is observed with E. coli. XIII AVAILABILITY Cat. No. Description 221322 BBL Malonate Broth, Ewing Modified, Pkg. of 10 size K tubes XIV REFERENCES 1. Leifson, E. 1933. Fermentation of sodium malonate as a means of differentiating Aerobacter and Escherichia. J. Bacteriol. 26:329-330. 2. Ewing, W.H., B.R. Davis, and R.W. Reavis. 1957. Phenylalanine and malonate media and their uses in enteric bacteriology. Public Health Lab. 15:153. 3. Ewing, W.H. 1986. Edwards and Ewing's identification of the Enterobacteriaceae, 4th ed. Elsevier Science Publishing Co., Inc., New York. 4. MacFaddin, J.F. 1985. Media for isolation-cultivation-identification-maintenance of medical bacteria, vol. I. Williams & Wilkins, Baltimore. 5. Murray, P.R., E.J. Baron, J.H. Jorgensen, M.A. Pfaller, and R.H. Yolken (ed.). 2003. Manual of clinical microbiology, 8th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. 6. Forbes, B.A., D.F. Sahm, and A.S. Weissfeld. 2002. Bailey & Scott's diagnostic microbiology, 11th ed. Mosby, Inc., St. Louis. 7. Holt, J.G., N.R. Krieg, P.H.A. Sneath, J.T. Staley, and S.T. Williams (ed.). 1994. Bergey's Manual of determinative bacteriology, 9th ed. Williams & Wilkins, Baltimore. 8. Power, D.A. and P.J. McCuen. 1988. Manual of BBL products and laboratory procedures, 6th ed., Becton Dickinson Microbiology Systems, Cockeysville, Md.

9. Becton Dickinson. 1997. Difco manual, 11th ed., Becton, Dickinson and Company, Sparks, Md. L007466 2 of 2 O Becton, Dickinson and Company $Benex Limited 7 Loveton Circle Rineanna House Sparks, MD 21152 USA Shannon Free Zone 800-638-8663 Shannon, County Clare, Ireland www.bd.com/ds ATCC is a trademark of the American Type Culture Collection. BD, BD Logo, BBL and Trypticase are trademarks of Becton, Dickinson and Company. 2011 BD.

Triple Sugar Iron Agar Triple sugar iron agar (TSI) is a differential medium that contains lactose, sucrose, a small amount of glucose (dextrose), ferrous sulfate, and the pH indicator phenol red. It is used to differentiate enterics based on the ability to reduce sulfur and ferment carbohydrates. As with the phenol red fermentation broths, if an organism can ferment any of the three sugars present in the medium, the medium will turn yellow. If an organism can only ferment dextrose, the small amount of dextrose in the medium is used by the organism within the first ten hours of incubation. After that time, the reaction that produced acid reverts in the aerobic areas of the slant, and the medium in those areas turns red, indicating alkaline conditions. The anaerobic areas of the slant, such as the butt, will not revert to an alkaline state, and they will remain yellow. This happens with Salmonella and Shigella. NOTE: SIM medium should be read after an incubation of only 24 hours because a longer incubation time can cause a false negative. Vigorous fermenters such as Escherichia coli and Entrobacter cloacae will ferment all the available sugars and then begin using the amino acids. This will produce amine groups and cause the medium to turn alkaline. If an organism can reduce sulfur, the hydrogen sulfide gas which is produced will react with the iron to form iron sulfide, which appears as a black precipitate. If the precipitate is formed, it can mask any acid/alkaline results. Sulfur reduction requires an acidic environment, so if the black precipitate is present, some fermentation took place. If the butt of the slant is obscured by the precipitate, look at the top of the slant to determine if the organism could ferment only dextrose (red), or if it could ferment either lactose and/or sucrose (yellow). If the fermentation produced gas, you may see fissures in the medium, or the entire slant may be raised above the bottom of the test tube.

Enterobacter cloacaeexhibits fermenation of glucose and gas production but no sulfur reduction. This would be read K/A,G.

Salmonella Staphylococcus aureusexhibits typhimuriumferments glucose & acidic fermentation. reduces sulfur. This would be read A/A.

Would be read K/A, H2S.

Micrococcus luteus uses the amino acids and does not grow in the butt of the slant. This would be read K/NC.

Bacillus megateriumfermented sugars but didn't grow in the anaerobic area of the butt. This would be read A/NC.

Enterobacter aerogenesfermented the sugars but turned to the amino acids. This would be read as K/A.

Results (slant/butt) Red/yellow Yellow/yellow Red/red Red/no color change Yellow/yellow with bubbles Red/yellow with bubbles Red/yellow with bubbles and black precipitate Red/yellow with black

Symbol K/A A/A K/K K/NC A/A,G

Interpretation Glucose fermentation only; Peptone catabolized Glucose and lactose and/or sucrose fermentation No fermentation; Peptone catabolized No fermentation; Peptone used aerobically Glucose and lactose and/or sucrose fermentation; Gas produced Glucose fermentation only; Gas produced Glucose fermentation only; Gas produced; H2S produced Glucose fermentation only; H2S

K/A,G K/A,G, H2S K/A, H2S

precipitate Yellow/yellow with black precipitate No change/no change A/A, H2S NC/NC

produced Glucose and lactose and/or sucrose fermentation; H2S produced No fermentation

A=acid production; K=alkaline reaction; G=gas production; H2S=sulfur reduction

Indole test
From Wikipedia, the free encyclopedia

The indole test is a biochemical test performed on bacterial species to determine the ability of the organism to split indole from the amino acid tryptophan. This division is performed by a chain of a number of different intracellular enzymes, a system generally referred to as "tryptophanase."
Contents
[hide]

1 Biochemistry 2 Performing a Test

o o

2.1 Indole-Positive Bacteria 2.2 Indole-Negative Bacteria

3 References

[edit]Biochemistry
Indole is generated by reductive deamination from tryptophan via the intermediate molecule indolepyruvic acid. Tryptophanase catalyzes the deamination reaction, during which the amine (-NH2) group of the tryptophan molecule is removed. Final products of the reaction are indole, pyruvic acid, ammonia (NH3) and energy. Pyridoxal phosphate is required as a coenzyme. The theory of Vial Lab is the innovation & application of KOVCS Indol reagent at

2010.

[edit]Performing

a Test

Like many biochemical tests on bacteria, results of an indole test are indicated by a change in color following a reaction with an added reagent. Pure bacterial culture must be grown in sterile tryptophan or peptone broth for 24-48 hours before performing the test. Following incubation, add 5 drops of Kovac's reagent (isoamyl alcohol, paraDimethylaminobenzaldehyde, concentrated hydrochloric acid) to the culture broth. A variation on this test using Ehrlich's reagent (using ethyl alcohol in place of isoamyl alcohol, developed by Paul Ehrlich) is used when performing the test on nonfermenters and anaerobes. A positive result is shown by the presence of a red or red-violet color in the surface alcohol layer of the broth. A negative result appears yellow. A variable result can also occur, showing an orange color as a result. This is due to the presence of skatole, also known as methyl indole or methylated indole, another possible product of tryptophan degradation.

[edit]Indole-Positive

Bacteria

Bacteria that test positive for cleaving indole from tryptophan include: Aeromonas hydrophilia, Aeromonas punctata, Bacillus alvei, most Citrobacter sp., Edwardsiella sp., Escherichia coli,Flavobacterium sp., Haemophilus influenzae, Klebsiella oxytoca, Proteus sp. (not P. mirabilis), Plesiomonas shigelloides, Pasteurella multocida, Pasteurella pneumotropica, Streptococcus faecalis, and Vibrio sp.

[edit]Indole-Negative

Bacteria

Bacteria which give negative results for the indole test include: Actinobacillus spp., Aeromonas salmonicida, Alcaligenes sp., most Bacillus sp., Bordetella sp., Enterobacter sp., Lactobacillus spp., most Haemophilus sp., most Klebsiella sp., Neisseria sp., Pasteurella haemolytica, Pasteurella ureae, Proteus mirabilis, Pseudomonas sp., Salmonella sp., Serratia sp., Yersinia sp

Principle
Simmons' Citrate Agar is a defined, enrichment medium that tests for an organism's ability to use citrate as a sole carbon source and ammonium ions as the sole nitrogen source. The medium contains citrate, ammonium ions, and other inorganic ions needed for growth. It also contains bromothymol blue, a pH indicator. Bromothymol blue is green at pH below 6.9, and then turns blue at a pH of 7.6 or greater. [edit]Physical

Format

Although it could be used in other formats (e.g., Petri plates), Simmons Citrate Agar is often used in slants. [edit]Interpretation Organisms growing on Simmons Citrate Agar are capable of using citrate as the sole carbon source and they can metabolize the ammonium salt in the medium. Use of citrate increases the pH of the medium. The increase in pH then causes color change in the bromothymol blue indicator, turning it blue. Under acidic condition it changes to yellow colour. This color change is useful because growth on Simmons Citrate Agar is often limited and would be hard to observe if it were not for the color change. Sometimes, it is possible to detect growth on the Simmons Citrate Agar without the accompanying color change to blue. This is most likely due to insufficient incubation. Either a combination of blue color and growth or growth alone without the blue color should be scored as a positive for the citrate use test.
[hide]

Growth media / agar plates

Gram positive Selective media Gram negative Actinobacteria

Mycobacterium tuberculosis (Lowenstein-Jensen medium, Middlebrook 7H9 Brot agar)

Firmicutes Corynebacterium diphtheriae (Hoyle's agar) Enterococcus (Bile esculin agar) L Alphaproteobacteria Brucella abortus (Brucella agar) Betaproteobacteria Neisseria (Thayer-Martin agar) Gammaproteobacteria Differential media Fungal media Nonselective media Other/ungrouped media

Bordetella (Bordet-Gengou agar) Enterobacteriaceae (VRBD agar) H agar) Pseudomonas aeruginosa (Cetrimide agar) Salmonella (XLT ag

Lactose fermenting gram negative (MacConkey agar/Sorbitol-MacConkey agar, Eosin methylene blue) Hektoen enteric aga Dermatophyte test medium Potato dextrose agar Sabouraud agar Chocolate agar Nutrient agar Plate count agar

Cysteine lactose electrolyte deficient agar Cystine tryptic agar Endo agar LIA slant Mller-Hinton agar/PNP agar R2a

M: BAC

bact (clas)

gr+f/gr+a(t)/g

Citrate Test Simmons citrate agar tests the ability of organisms to utilize citrate as a carbon source. Simmons citrate agar contains sodium citrate as the sole source of carbon, ammonium dihydrogen phosphate as the sole source of nitrogen, other nutrients, and the pH indicator bromthymol blue. This test is part of the IMViC tests and is helpful in differentiating theEnterobacteriaceae . Organisms which can utilize citrate as their sole carbon source use the enzyme citrase or citratepermease to transport the citrate into the cell. These organisms also convert the ammonium dihydrogen phosphate to ammonia and ammonium hydroxide, which creates an alkaline environment in the medium. At pH 7.5 or above, bromthymol blue turns royal blue. At a neutral pH, bromthymol blue is green, as evidenced by the uninoculated media. If the medium turns blue, the organism is citrate positive. If there is no color change, the organism is citrate negative. Some citrate negative organisms may grow weakly on the surface of the slant, but they will not produce a color change.

When Simmons Citrate agar is inoculated withSalmonella typhimurium , the medium turns royal blue. This is a positive result for the citrate test.

When Simmons Citrate agar is inoculated withEscherichia coli , the medium remains green. This is a negative result for the citrate test