The stirred tank bioreactor

(STBR)
 KOMPETENSI PERTEMUAN ini

1. Mahasiswa dapat menjelaskan ciri-ciri rangkaian

dan set-up STR.
2. Mahasiswa dapat menghitung dimensi STBR.
3. Mahasiswa dapat menjelaskan sistem agitasi dan
pemasokan oksigen pada STBR.
4. Mahasiswa dapat menjelaskan sistem
pengendalian busa, suhu, pH, pembersihan dan
sterilisasi pada STBR.
5. Mahasiswa dapat menjelaskan sistem
port/lubang untuk inokulasi, nutrient feeding dan
sampling pada STBR.
 OUTLINE
Rangkaian dan Geometri bioreaktor
STBR
Sistem-sistem yang terdapat pada
rangkaian STBR
 Rangkaian Alat Bioreaktor

Bioreaktor skala laboratorium dengan volume liquid kecil dari 10 liter biasanya konstruksi bioreaktor
terbuat dari gelas Pyrex. Untuk reaktor lebih besar digunakan stainless steel.
 Keterangan Gambar
1. Bejana Gelas
2. Probe Dissolved Oxygen (DO)
3. Tube Sampling
4. Impeller/Pengaduk
5. Sparger
6. Probe pH
7. Probe Temperatur
8. Botol Sampling
9. Pemasukan air pendingin
10. Pengeluaran air pendingin
11. & 12. Filter Steril
13. Umpan basa
 Stainless steel
Stainless steel adalah kombinasi beberapa alloys/logam
seperti terutama iron/besi, nickel dan chromium.
Molybdenum juga biasanya ditambahkan untuk
meningkatkan resistance steel terhadap korosi.
Stainless steels terdiri dari beberapa grade. Grade yang
umum biasanya ditunjukkan oleh standard codes, contoh:
302, 304, 316, 318
Umumnya, semakin tinggi angkanya maka akan semakin
besar resilience/daya pegas dari steel/baja tersebut.
Grade stainless steel yang paling sering dipakai pada
konstruksi bioreaktor adalah 316L. "L" menunjukkan steel
mempunyai kandungan karbon yang rendah.
Stainless steel untuk bioreaktor biasanya dipolish untuk
memudahkan pembersihan dan sterilisasi lebih mudah.
Komponen Stainless steel yang digunakan untuk konstruksi
bioreaktor digabungkan dengan suatu oxygen-free
environment dengan teknik khusus yang disebut TIG
welding. TIG adalah Total Inert Gas dan tekniknya dengan
menggunakan gas argon sebagai pengganti udara. Kehadiran
oksigen pada saat welding dapat menyebabkan korosi.
 Geometri standard STR
STR biasanya berbentuk silindris atau mempunyai curved
base/dasar melengkung. Curved base membantu dalam
mixing /pencampuran isi dari reaktor.
STR biasanya dikonstruksi dengan dimensi standar, yaitu
seperti yang dipublish oleh International Standards
Organisation dan the British Standards Institution.
Dimensi-dimensi ini memperhitungkan keefektifan mixing
dan konsiderasi struktur.
Secara mekanis bioreaktor dilengkapi dg sparger dan turbin
Rushton mempunyai dimensi:
Nisbah (ratio) Nilai Catatan
Tinggi cairan dalam bioreaktor HL/Ht 0.7-0.8 Tergantung dari banyaknya busa
thd tinggi bioreaktor yang diproduksi selama kultivasi
Tinggi bioreaktor thd diameter HL/Dt 1-2 Bioreaktor prod.Eropa cendrung
tangki lebih tinggi daripada disain USA
Diameter impeller thd diameter Da/Dt 1/3-1/2 Rushton turbine reactors bianya
tangki 1/3 dr diameter tangki. Axial
flow impeller lebih besar
Diameter baffle thd diameter Db/Dt 0.008-0.1
tangki
W/Da 0.2
Tinggi bilah impeller thd
diameter impeller

Lebar bilah impeller thd diameter L/Da 0.25

impeller

Jarak antar pertengahan bilah E/W 1

impeller dgn tinggi bilah impeller

Perbandingan antar tinggi dengan diameter bioreaktor disebut aspect ratio

 EXERCISE
Suatu STR berbentuk silindris dengan total volume (Vt) = 100,000 liter.
Geometri reaktor adalah dengan rasio sbb:
Dt:Ht = 0.50
Da:Dt = 0.33
Db:Dt = 0.10
Hitung dimensi reaktor.
Convert the volume to SI units. (Important: Always use SI units!!!!)
Volume reaktor dalam unit SI = . m3 . Gunakan persamaan ini untuk volume silinder:
Karena Ht = 2 x Dt

Persamaan menjadi:

Substitusi nilai Vt, diperoleh:

Dt = .. m

terakhir hitung dimensi yang lainnya:

Ht = 2 x Dt = . m
Da = Dt /3 = . m
Db = Dt /10 = m
Volume headspace
Suatu bioreaktor terbagi menjadi: volume
kerja dan volume head-space
Volume kerja: fraksi volume total yang
dipakai media, mikroba dan gelembung gas
volume yang tersisa = head-space
Umumnya volume kerja: 70-80% volume
bioreaktor, tergantung busa yang terbentuk
Bila banyak busa yang terbentuk, maka
dibutuhkan head space lebih besar dan
volume kerja yang lebih kecil.
Modern STR akan terdiri dari: (= slide awal)
Sistem agitasi
Sistem pemasokan oksigen
Sistem pengendalian busa
Sistem pengendalian suhu
Sistem pengendalian pH
Lubang (port) inokulasi dan nutrient feeding
Lubang (port) sampling
Sistem pembersihan dan sterilisasi
Saluran untuk mengumpulkan dan
mengeluarkan isi bioreaktor
 Fungsi sistem agitasi
Agar pencampuran merata meningkatkan laju
perpindahan massa menembus film pembatas cairan
dan gelembung udara
Memberikan kondisi shear yang dibutuhkan untuk
memecah gelembung udara luas permukaan pindah
massa lebih besar
Sistem agitasi terdiri dari: agitator dan baffle
Baffle digunakan untuk memecah aliran cairan dalam
rangka meningkatkan turbulensi dan efisiensi
pencampuran
Jumlah impeller tergantung dari tinggi cairan dalam
bioreaktor tiap impeller terdiri dari 2-6 bilah
(blade)
Kebanyakan kultivasi mikroba
menggunakan Rushton turbine impeller
 Single phase (ie. 240 V) drive motor dapat
digunakan untuk reaktor kecil. Namun untuk
reaktor besar, 3 phase motor (ie 430 V)
harus digunakan, karena membutuhkan arus
yang lebih kecil sehingga akan menghasilkan
panas yang lebih sedikit.
Alat kontrol kecepatan/speed
digunakan untuk
mengendalikan kecepatan
agitasi.
Baffles

Alternatif terhadap off-centre impellers adalah

baffles.
Efeknya dapat dilihat pada foto-foto dibawah ini
yaitu STR 2 Liter yang diagitasi pada kecepatan
400 rpm.
Unbaffled bioreactor. Baffled bioreactor.
Catat kehadiran dari Catat kehadiran bubble-
vortex yang besar. bubble kecil dari
Liquid bersirkulasi entrainment gas dan
disekitar impeller. absensi vortex yang besar.
 Baffle memecah aliran liquid menyebabkan
pembentukan turbulent eddies.

Untuk turbulensi pada baffled reactor

membutuhkan kecepatan pengadukan jauh lebih
kecil daripada yang dibutuhkan pada unbaffled
fermenter.
 Arrangement Baffle pada
STR
Standar STR mempunyai 4 baffle yang masing-
masing mempunyai lebar antara 1/12 - 1/10 dari
diameter tangki.
 Baffle sebaiknya diletakkan didinding tangki pada posisi off-set agar
tidak ada gap antara baffle dan dinding tangki. Hal ini mencegah
pembentukan daerah stagnant dibelakang baffle.

Dengan off-setting baffles dari dinding tangki,

daerah stagnant pada dinding peletakan baffle diminimalkan.
Disain dan Operasi Agitator
Agitator diklasifikasikan mempunyai karakteristik
radial dan axial
Aliran radial
aliran cairan mengikuti jari-jari tangki bioreaktor
-meningkatkan kontak udara dan cairan kultivasi
-digunakan untuk kultur bakteri aerobik
-gaya geser lebih besar yang efektifuntuk memecah
gelembung udara, tapi kurang efisien dan
membutuhkan input energi lebih besar
-dapat menggunakan dua atau lebih bilah impeller
yang dipasang secara vertikal
- agitator yang paling sering digunakan untuk
kultivasi mikrobial adalah Rushton turbine/
disk turbine yang terdiri dari 4-6 bilah
 Diameter Rushton turbine harus 1/3 dari diameter
tangki.

Rushton turbine sering disebut juga dengan disk turbine.

 Aliran axial
-aliran cairan searah sumbu tangki
bioreaktor
-lebih lemah, tapi pencampuran efisien dan
digunakan untuk sel mikroba yang sensitif
terhadap gaya geser, lebih efektif
mengangkat padatan dari dasar tangki
-impeller aliran axial digunakan untuk proses
yang sensitif terhadap gaya geser, seperti
kultur sel hewan
- contoh impeller: marine impeller dan
hydrofoil impeller
 Axial flow impellers - Intermig Impeller
Intermig impeller adalah impeller axial flow untuk
fermentasi mikroba.

Intermig impellers digunakan secara luas untuk agitasi dan

aerasi fermentasi dengan fungi.
 Sistem Agitasi Impeller dengan
Top entry dan bottom entry
Impeller top entry
lebih mahal karena
penginstalan motor
dan shaft harus
secara struktur kuat.
Impeller bottom entry
butuh maintenance
yang lebih besar
karena kerusakan
akibat partikulat yang
mengkristal pada seal
saat reaktor tidak
dipakai. Seal
mencegah kontaminan
untuk masuk kedalam
reaktor dan organisme
keluar melalui shaft.
 Sistem pemasokan oksigen
Oksigen mempunyai kelarutan yang kecil dalam
air, sekitar 7 ppm pada T&P standart. Oleh
karenanya oksigen biasanya merupakan nutrient
pembatas bagi pertumbuhan mikroba, akan tetapi
strategi pengumpanan nutrisi penting bagi
pertumbuhan dapat dilakukan untuk mengatur
laju alir pertumbuhan. Diatas konsentrasi kritis
O2, laju pertumbuhan tidak tergantung pada
konsentrasi O2. Keterbatasan O2 biasanya hadir
karena proses respirasi (O2 sebagai final eletron
acceptor) dimana terjadi oksidasi substrat
menjadi CO2.
glucose + 36 Pi + 36 ADP + 6 O2
6 CO2 + 6 H2O + 36 ATP
 Sistem pemasokan oksigen
Sistem pemasokan oksigen terdiri dari:
1. Compressor

Compressor mendorong udara masuk kedalam reaktor yaitu

dengan adanya tekanan menuju kontrolled (probe) DO,filter,
sparger holes dan akhirnya liquid.
Compressor untuk bioreaktor skala besar menghasilkan
udara pada 250 kPa. Udara yang dimasukkan harus kering
dan bebas minyak agar tidak menutup inlet air filter atau
kontaminasi medium.
2.Sistem sterilisasi udara masuk dan keluar
Sterilisasi udara masuk untuk mencegah kontaminasi organisme yang
masuk kedalam reaktor. Selain itu udara keluar juga disterilkan selain
dengan tujuan diatas juga untuk mencegah organisme didalam keluar
mengkontaminasi udara.
Metode umum untuk sterilisasi udara masuk dan keluar reaktor adalah
filtrasi (ukuran pori biasanya 0.2 m).
Untuk reaktor kecil (dengan volume kecil dari 5 liter), membrane Teflon
berbentuk cakram dengan bungkus polypropylene biasa digunakan. Teflon
kuat, dapat digunakan kembali dan tidak mudah tersumbat.
 Untuk fermenter skala laboratorium (s.d. 1000 liter), pleated membrane
filter berbungkus cartridges polypropylene digunakan. Mempunyai luas
permukaan yang besar sehingga mengurangi tekanan yang dibutuhkan
udara untuk melewati filter.

Sterilisasi inlet dan exit udara pada bioreaktor besar (> 10,000 liter)
jika menggunakan membrane filtration akan sangat mahal karena sulit
dibuat dan energi yang dibutuhkan udara untuk melewati filter akan
sangat besar.
Sterilisasi dengan panas adalah opsi lainnya. Steam dapat dipakai untuk
sterilisasi udara. Dengan compressor model lama, memungkinkan untuk
memanfaatkan panas yang dihasilkan oleh proses kompresi untuk
sterilisasi udara. Namun, compressor model sekarang adalah multi-stage
compressor yang dapat dilakukan pendinginan pada setiap tahap dan
temperatur disinfektan tidak dapat tercapai.
Sterilisasi dengan panas
 Pada reaktor kecil, sistem
udara keluar menggunakan
condenser:
Condensor adalah heat
exchanger sederhana
dimana air pendingin
melewatinya. Material
volatile dan uap air
terkondensasi didalam
permukaan condenser. Hal
ini mengurangi penguapan
air dan kehilangan volatile
material. Drying udara juga
mencegah tertutupnya
filter udara keluar dengan
air.
Positive pressure
Selama sterilisasi berlangsung ada konsep "maintaining positive
pressure" yang akan sering dipakai. Positive pressure artinya selama
sterilisasi, pendinginan dan pengisian dan proses fermentasi, udara harus
dipompa kedalam reaktor sehingga reaktor bertekanan, oleh karenanya
kontaminan tidak akan terhisap masuk kedalam reaktor. Sangat penting
untuk mempertahankan positive pressure pada saat reaktor didinginkan
setelah sterilisasi. Tanpa udara yang secara kontinu dipompa kedalam
reaktor, vakum akan terbentuk dan kontaminan akan masuk kedalam
reaktor.
 Probe DO
Probe DO harus dikalibrasi sebelum fermentasi berjalan.
Sebaiknya kalibrasi probe dilakukan sebelum autoclaving
probe dan setelahnya sebelum inokulasi karena probe DO
sering tidak akurat.
Prosedur kalibrasi Probe DO adalah sbb:
Hidupkan DO meter dan controller
Masukkan gas N2 terlebih dulu melalui filter kelubang head
plate tangki sambil diaduk. Amati DO meter, dan saat
nilai mencapai minimum (tidak ada perubahan lebih lanjut)
putar tombol kearah zero/nol sampai DO meter pada
bacaan 0.0.
Hentikan aliran gas N2 ke dalam vessel. Jangan ada bacaan
tekanan pada regulator.
Hidupkan kompressor udara melalui filter dan sparger
kedalam tanki/vessel. Amati lagi DO meter dan saat nilai
maximum dicapai, atur tombol sampai nilai mencapai 100.
Terakhir set controller ke nilai set-point yang diinginkan
antara zero dan 100.
 3. Sparger
Berfungsi untuk memecah udara yang masuk
menjadi gelembung-gelembung kecil tipe
yang sering digunakan sparger ring (terdiri
dari tabung berlubang kecil, mudah
dibersihkan & tidak mudah tersumbat)

Bubles rise directly

beneath the impeller.
Shear forces are highest
around the impeller. This
maximizes efficiently at
bubble break up
Laju alir udara:
dinyatakan dalam volume udara per volume
media per menit
volumetric air flowrate
vvm = ------------------------------
liquid volume

FA (litres.min-1)
= ----------------------
VL (litres)
 Pada bioreaktor yang
menggunakan sparger,
diperlukan pengendali
busa.
Foto dibawah ini
menunjukkan
akumulasi busa pada
bioreaktor 2 Liter.
 Busa yang berlebihan akan menyebabkan
penyumbatan pada filter udara keluar dan
meningkatkan tekanan didalam bioreaktor
yang menyebabkan kehilangan media dan
kerusakan bioreaktor (biasanya untuk
fermentor besar dilengkapi dg pengukur
tekanan)
Busa dikendalikan dengan penambahan
senyawa anti busa (silikon atau minyak nabati)
Penambahan senyawa anti busa yang
berlebihan dapat memperkecil laju
perpindahan oksigen
Faktor yang menyebabkan pembentukan busa:
*Media fermentasi kaya protein (e.g. whey powder
dan corn steep liquor)
*Produk yang dihasilkan selama fermentasi (senyawa
mirip deterjen: protein & lemak)
*Laju alir udara dan kecepatan agitasi
semakin besar kecepatan agitasi & laju aerasi
meningkatkan pembentukan busa
*Pemecah busa mekanik dapat mengeliminasi
atau mereduksi kebutuhan antifoam.

Untuk reaktor skala kecil seperti untuk kultur sel

hewan, pemecah busa ultrasonik kadang digunakan
untuk menghasilkan getaran/vibrasi frekuensi
tinggi yang memecah bubble dalam busa.
* volume head space: semakin besar volume
head space semakin besar kecendrungan busa
untuk pecah karena bobotnya sendiri
* condensor: densitas busa meningkat saat
berpindah dari volume head space bersuhu
hangat ke daerah condensor yang lebih
dingin, sehingga busa pecah.
 Sistem penambahan Antifoam
Foam terdeteksi dengan menggunakan dua
konduktivity atau probe "level". Satu probe
dalam liquid fermentasi dan satu lagi diatas
level liquid.
 Sistem pengendalian temperatur
Terdiri dari:
Probe Temperatur
Sistem perpindahan panas: jaket, coil (lebih baik,
tapi sulit dibersihkan dan disterilisasi)
Mikroba cendrung tumbuh lebih cepat pada
temperatur yang lebih tinggi sampai temperatur
optimum dicapai. Temperatur dapat menjadi
parameter penting bagi optimasi produksi produk
yang diinginkan. Produksi panas merupakan hasil
langsung dari metabolisme atau lebih spesifiknya
adalah respirasi. Oleh karenanya disamping mungkin
perlu untuk menambahkan panas ke bioreaktor
sesaat setelah inokulasi, saat densitas kultur kritis
tercapai, biasanya perlu untuk mendinginkan reaktor
untuk menjaga temperatur optimum pertumbuhan
organisme.
 Kebutuhan pemanasan/pendinginan dapat dipenuhi dengan
metoda seperti:
Laboratory scale reactors Pilot and production scale
reactors

Heating Electric heaters (eg. Steam generated in boilers

requirements Water bath)

Cooling Tap water or refrigerated Cooling water produced by

requirements water baths cooling towers or
refrigerants such as
ammonia.

Pada reaktor skala pilot dan produksi, pemanasan biasanya

hanya dibutuhkan pada tahap awal dan akhir fermentasi,
seperti proses kebanyakan yang umum pada proses
fermentasi.
reaksi biologis (misal. Pertumbuhan):
reaksi kimia
mixing
adalah bersifat eksotermis.
 Sistem pengendalian pH
Terdiri dari: probe pH, sistem pemberian alkali dan
sistem pemberian asam
Basa/asam yang digunakan jangan yang korosif atau
toksik terhadap sel mikroba
KOH lebih baik, namun lebih mahal dibandingkan
NaOH. NH4OH juga sering dipakai (berkontribusi
sbg sumber N)
Pada bioreaktor skala kecil sering digunakan
Na2CO3
HCl sebaiknya tidak digunakan karena sangat
korosif
Penggunaan asam sulfat jangan lebih besar dari
konsentrasi 10%
Probe pH dapat disterilisasi dengan steam.
Sistem kontrol pH: Setpoint dan deadband
Sistem kontrol pH-Setpoint dan deadband

Contoh, jika fermentasi akan di-run pada pH konstan 6,5 maka setpoint
adalah 6,5.
Jika misalnya, 5% nilai deadband digunakan, maka limit atas deadband
adalah : 1.05 x 6.5 = 6.83
dan limit bawah deadband adalah : 0.95 x 6.5 = 6.18
Jika deadband terlalu kecil, maka mungkin pH akan sering melampaui
atas dan bawah deadband sehingga menyebabkan penambahan alkali dan
asam berlebihan. Jika deadband terlalu besar akan menuju pada
ketidakakuratan kontrol pH.
Karena umumnya fermentasi cenderung untuk menghasilkan asam
daripada alkali maka penambahan asam jarang diperlukan. Tidak semua
fermentasi membutuhkan kontrol pH secara kontinu.
 Semua mikroorganisme pada kultur sensitif
terhadap pH medium. pH cytoplasma organisme
normalnya bernilai netral, karena protein-protein
bergantung pada ikatan hidrogen untuk fungsi
dan lipatannya. Umumnya mikoba tumbuh baik
pada nilai pH netral (antara pH 5.5-8).
Densitas sel yang tinggi akan menghasilkan
depletion satu atau beberapa nutrisi penting,
sering menghasilkan produksi dari asam-asam
organik seperti: acetic acid, succinate, formate
dan lactate.
Selain itu produksi CO2 menghasilkan dissolusi
CO2 dalam larutan membentuk bicarbonate.
Untuk menjaga pH/respons terhadap offset
rendah dari set point pH, biasanya basa yang
ditambahkan.
Seperti probe DO, probe pH juga harus dikalibrasi sebelum
dan sesudah autoclaving. Hal yang dilakukan adalah kalibrasi
probe pH dengan kontrol buffer sebelum dimasukkan
kedalam tangki, tambahkan media pertumbuhan sedikit
dibawah pH pertumbuhan optimum dan setelah autoclaving
dilakukan hal-hal sbb:

Ambil sedikit medium dalam botol sampling.

Bandingkan bacaan pH pada pH meter bioreaktor dengan
bacaan pH yang sudah dipisahkan (merupakan pH meter
kalibrasi)
Jika bacaan yang diperoleh sama (medium dalam vessel harus
pada temperatur ruangan), kemudian pada saat diaduk dan
pada temperatur pertumbuhan biarkan kontroller pH secara
otomatis mengatur pH ke nilai set-point pH pertumbuhan
yang diinginkan.
Jika bacaan yang diperoleh berbeda, kecil dari 0.5 unit pH,
atur set-point pH pertumbuhan yang diinginkan ada
perbedaan 0.5 unit pH, kemudian biarkan kontroller secara
otomatis mengatur pH.
 Jika bacaan yang diperoleh sangat jauh berbeda, atur
set-point pH pertumbuhan yang diinginkan untuk
memperhitungkan perbedaan tsb, kemudian biarkan
kontroller secara otomatis mengatur pH.
Pastikan dan ambil sampel saat set-point pH dicapai dan
check pH akhir. Jika berbeda dari pH pertumbuhan
yang diinginkan, atur set-point pH lagi dan biarkan
kontroller melakukan penambahan basa dari sistemnya,
atau juga asam untuk menurunkan pH (hal ini adalah
hasil yang tidak diinginkan karena dapat menambah ion-
ion kedalam larutan). Pastikan pH selalu terukur selama
fermentasi berlangsung dengan pH meter eksternal dan
atur set point seperti yang diperlukan.
Set-point dan offset (nilai minimum dan maximum yang
diijinkan) harus ditentukan. Untuk beberapa organisme,
sedikit perubahan pH (" 0.1 unit pH) dapat menimbulkan
dampak pada karakteristik pertumbuhan organisme.
 Sistem pembersihan dan sterilisasi
Reaktor skala kecil dilepaskan dari instrumentasi
dan dibersihkan sebelum ditaruh kembali, diisi dan
disterilkan dalam autoclave.
Namun, untuk reaktor skala besar dengan volume
besar dari 5 Liter, tidak dapat ditaruh dalam
autoclave. Reaktor ini harus dibersihkan dan
disterilkan "in place/pada tempatnya". Disebut
juga Sterilize in Place atau CIP atau SIP.
CIP dan SIP meliputi pembersihan dan sterilisasi
tidak hanya fermenter tapi juga semua aliran
terhubung dengan komponen internal reaktor.
Steam, bahan kimia pembersih dan pensteril,
spray balls dan pompa high pressure digunakan
pada proses ini. Biasanya proses automatik untuk
meminimalkan human error.
Prosedur sterilisasi reaktor skala lab:
1. Lepaskan vessel dari instrumentasi listrik, isi dengan ketinggian
medium yang diinginkan.
2. Semua tube penghubung seperti untuk udara dan sampel, juga
ujung-ujung terbuka harus ditutup/clamped dan dicover aluminium
dg foil yang kuat sebelum sterilisasi.
3. Botol umpan glukosa dapat dihubungkan dengan vessel
menggunakan clamp pada line umpan.
4. Condenser harus disangga agar tidak jatuh/bergantung.
5. Putar screw bagian atas probe-probe jika ada. Tutup dengan foil.
6. Taruh vessel, botol glukosa dan botol antifoam (jika ada) pada
kontainer kedua pada volume yang cukup.
7. Sebelum taruh di autoclave, lobggarkan screw top plate agar
udara dapat keluar jika terjadi kenaikan tekanan.
8. Autoclave selama 20 menit pada 121C.
9. Saat cukup dingin keluarkan dari autoclave, dan kencangkan lagi
head plate screws. Biarkan sampai menuju temperatur ruangan.
Saat menunggu temperaturnya turun, hubungkan probe pH dan DO
dengan meternya masing-masing, perlu untuk kebanyakan probe
dihubungkan selama 24 jam terlebih dahulu sebelum memulai
operasi agar mempunyai respons yang cepat.
Aseptic operation and containment:
 Bakteri sensitif terhadap konsentrasi glukosa (atau
nutrient lainnya) dalam larutan. Oleh karena itu, metoda
untuk kontrol konsentrasi glukosa dalam fermentor harus
ada. Fermentasi yang melibatkan penambahan nutrient
selama fermentasi berlangsung disebut kultivasi fed-
batch dan dapat dioptimasi untuk masa fermentasi yang
cukup lama guna memperoleh densitas sel yang tinggi
(pada order 50-200 g/liter dry cell weight) dan hasil lain
yang diinginkan.
Strategi umum yang yang paling sering dilakukan adalah
loose loop control, dimana ada manual sampling dari
kultur, perhitungan konsentrasi glukosa (Glucose
analyzer) dan kemudian pengaturan feed ratenya untuk
memperoleh konsentrasi yang diinginkan.
Biasanya perlu untuk mengatur feed rate nutrient selama
fermentasi berlangsung karena densitas sel dan laju
pertumbuhan berubah selama fermentasi tsb. Parameter
berikut dapat ditentukan dan feed rate diatur sehingga
dapat dijaga hampir sama:
average nutrient consumption rate (g/l/h)
= #concentration in samples (g/l)
time between samples (hr)
nutrient feed rate (g/l/hr)
= (feed bottle concentration (g/l)) x (pump flow rate (liters/hr))
fermentor volume (liters)

Laju konsumsi nutrient akan tergantung dari

densitas sel dan growth rate. Faktor Yield
tipikal (YX/S, yield biomass per substrat) adalah
0.4 - 0.6 dengan substrat glukosa untuk
organisme aerobik. Ini dapat digunakan untuk
perkiraan feed rate untuk starter jika korelasi
antara dry cell weight dan optical density
diketahui.
 Sampling
Lubang sampling didisain untuk mencegah sitem terhadap
mikroba dari udara luar. Kultur yang terkontaminasi
diakibatkan oleh cara sampling yang tidak benar. Sekali
lubang sampling terisi dengan medium, mikroba dari luar
akan lekat dan tumbuh disana. Karena itu, fermentor
skala besar yang digunakan untuk waktu yang lama
biasanya dipasang valve-off untuk steam, shg
dekontaminasi dapat dilakukan sebelum dan setelah
sampel diambil.
Prosedur sampling sbb:
- Botol sampel yang bersih harus diletakkan dekat lubang
sampling. Botol sampel lainnya harus diletakkan langsung
menggantikan botol sampel sebelumnya pada lubang (port)
sampling tsb.
- Pertama, ambil syringe dari konektornya dan isi dengan
udara, letakkan syringe tsb kembali.
- Buka valve sampel dan alirkan/hembuskan udara tadi dengan
menekan piston syringe, sampai bubble kelihatan pada
dasar tube sampel.
-Balik arah hembusan dengan menarik piston syringe sampai
kultur kelihatan keluar menuju sample vial. Saat 3 - 5 ml kultur
mengisi sampel vial, putar arah hembusan lagi sampai bubble
kelihatan lagi pada dasar tube sampel.
- Tutup sampling valve. Ambil sample vial dan langsung gantikan
dengan yang baru.

Disain sederhana sampling port

 Inokulasi dan nutrient feeding
Inokulum dibuat dengan menumbuhkan mikroba yang
diinginkan pada medium di shake flask. Medium ini bisa
berbeda dari medium yang berada pada fermentor
karena di shake flask tidak perlu alat untuk kontrol pH
atau DO. Kontrol temperatur pada shaker biasanya
culup untuk kultur s/d 500 ml. Untuk memperoleh
suplai oksigen yang cukup pada shaker flask, volume
liquid pada flask harus sekitar 1/5 dari volume flask.
Baffle pada flask diinginkan untuk memperoleh oksigen
yang lebih pada shaker cultures.
Untuk organisme wild-type seperti E. coli,
pertumbuhan sehari kultur pada flasks diperlukan
sampai stationary phase, baru digunakan untuk
inokulasi fermentor. Organisme yang lebih sensitif
memerlukan kultur pada exponential phase yang
digunakan sebagai inokulum.
 Saat & Akhir Fermentasi
Saat fermentasi: Saat OD sekitar 10, DCW dapat diukur.
25 ml sampel diambil, langsung didinginkan di es/chilled,
dan pengukuran OD dalam triplicate, diencerkan seperlunya.
Sel dapat disentrifuge pada 8000 RPM selama 10 menit.
Supernatan dapat diuji produknya dan sel diresuspensi
kembali dengan netral buffer (e.g. Phosphate Buffer).
Ulangi dua kali pencucian dengan air suling. Terakhir,
resuspensi sel dalam 5 ml air suling dan letakkan pada pan
dan keringkan pada oven. Timbang pan + sel dan hitung
berat 25 ml sel pada OD terukur. Pengukuran ini dapat
terjadi error shg beberapa pengukuran dapat dibuat pada
OD berbeda.
Saat akhir fermentasi: Saat tidak ada informasi lain yang
diinginkan, matikan kontroller temperatur, pH dan DO dan
tambahkan clorox ke fermentor dengan konsentrasi10%
volume. Teruskan aduk fermentor selama sejam sebelum
dishutdown. Biarkan semalaman.
SEKIAN DAN TERIMA KASIH
 EXERCISES
1. Which of the following types of stainless steel is
most commonly used in the construction of
bioreactors?
a.302 stainless steel
b.316 stainless steel
c.318 stainless steel
d.Carpenter C20
2. What would the approximate ratio of the sparger
diameter and impeller diameter for a stirred tank
bioreactor fitted with a Rushton turbine be?
3. The geometry of a cylindrical tank with a volume of
120,000 litres is described by the following
ratios:
Hl = 1.5 x Dt
Da = 1/3 x Dt
Ht = 1.4 x Hl
Calculate the dimensions of the tank.
Dt= m Ht= .m Hl= .m Da= m
4. A cylindrical tank has the following dimensions: Ht = 5.50 m
Dt = 5.00 m
The liquid volume is 70% of the total volume
Calculate the volume of the tank and the liquid volume.
Tank Volume (Vt)= ..m3
Working volume = ..m3
5. A bioreactor is divided into a working volume and a
volume.The size of the headspace volume will depend on the
rate of formation during the fermentation.
6. The function(s) of the agitation system include
a.increasing mass transfer rates through the bulk liquid
b.providing appropriate levels of shear
c.increasing heat transfer rates
d.reducing the size of boundary layers
7. Which of the following is a /are component(s) of the agitator?
a.Drive motor
b.Speed reducer
c.Impeller
d.Heat transfer jacket
8. Which of the following statement(s) is/are true with regards to
baffles?
a.Baffles are used to prevent the formation of a vortex
b.A stirred tank bioreactor typically has 6 baffles
c.A baffle should have a width of 1/3 - 1/2 of the tank diameter
d.Baffles are placed in an off-set position to minize the
formation of deadzones around the baffles.
9. The turbine consists of a flat disk on which vertical
blades have been welded.
It is a ..flow impeller. The vertical blades generate the
high .conditions required for breaking up bubbles.
The flat .ensures that maximum energy consumption
occurs at the impeller blades where bubble break-up
occurs.
The impeller diameter is typically 1 /.. the tank diameter.
10. Axial flow impellers direct the flow of the liquid in an
initial downward motion; along the .of the tank. They
generate lower ..conditions as compared to radial flow
impellers
and are more energy efficient at ...
The also more efficient at lifting .
11. The Intermig impeller is an ..flow impeller used for
culture of aerobic microorganisms. .break up occurs in
the "fingers" located at the tip of the impeller blades.They
are widely used for the culture of filamentous .
12. Impellers can be described as having axial flow or radial
flow characteristics. Draw a table which describes the
differences between the axial and radial flow impellers in
terms of
construction
mixing pattern
energy efficiency
shear characteristics
applications
13. Which of the following is correct with regards top entry
impellers?
a.Top entry impellers are more expensive to install than a
bottom entry impeller.
b.Bottom entry impellers require less maintenance than top
entry impellers
c.Top entry impellers need less extensive support structures
as compared to bottom entry impellers.
d.All of the above are correct
14. Which of the following is/are correct with regards to
mechanical seals?
a.They are designed to prevent contaminants from entering
the process
b.They are designed to prevent contaminants from leaving
the process
c.Lubrication is via vapours from the process liquid
d.It is OK to turn a shaft fitted with a mechanical seal, when
the tank is dry.
15.A.. is used to pressurize the air in order to force it
through the sparger holes and through the bioreactor liquid.
The compressors used for aeration generate . air which
should be dry and -free. "Instrument" air is used for
pneumatic control and should be dry and is aspirated with
. .You should never use instrument air to aerate a
fermentation process.
16. Laboratory air filters typically contain a filter in a ..
housing . The function of the condensor is to minimize .
and the loss of substances.
17. During sterilization and filling of a bioreactor, air
continuously pumped into the reactor. This is performed to
a.Encourage the growth of microorganisms in the reactor
b.Discourage the maintenance of positive pressure.
c.Prevent the entry of aerial contaminants
d.Increase the gas hold-up
18. Which of the following is/are correct with regards to
spargers
a.The most commonly used type of sparger is a hollow ring into
which holes have been drilled.
b.The sparge ring diameter is approximately the same size of
the impeller diameter.
c.The role of the sparger is to cause the bubbles to coalesce
d.The sparger should be located above the impeller.
19. If the impeller speed is too slow or the aeration rate is too
high then a phenomenom known as a .. impeller will arise.
A flood impeller will lead to poor .. transfer efficiencies
20. Air flow rate Liquid volume vvm
2 l.min-1 5l ..
50 m3.h-1 l 0.5
.l.h-1 1000 l 2
21. Which of the following explains why foam control is an essential
component of a sparged bioreactor?
a.Excessive foam buildup can lead to a loss of the bioreactor contents.
b.Excessive foam buildup can lead to damage to the bioreactor.
c.Excessive foam buildup can lead to injury to operating personnel.
d.All of the above are correct
22. Which of the following correct with regards to the formation of foam
and its control?
a.The release of DNA and proteins by the microbial population will lead
to an increase in the rate of foam formation.
b.Excessive antifoam addition can reduce the oxygen transfer rateThe
level of foam formation decreases with increasing stirrer speed
c.In laboratory scale bioreactors, a cold condenser temperature is used
to collapse the foam.
d.For fermentations that generate significant levels of foam, a large
headspace volume should be used.
23.Which of the following is/are correct with regards to the temperature
control system used in bioreactors?
a.Large scale and pilot scale reactors are heated using electrical
heaters.
b.For large scale reactors, heating requirements typically exceed
cooling requirements.
c.Jackets are preferred to coils for temperature control.
d.Jackets are dimpled to increase turbulence.
24.Which of the following is correct with regards to neutralizing agents
and their delivery systems used in the operation of bioreactors?
a.Hydrochloric acid is often used for pH control in operation of
bioreactors
b.The corrosiveness of sulphuric acid increases with concentration
c.Silicone tubing is resistant to caustic and hydrochloric acids
d.Tygon tubing is not autoclavable.
25. A pH control system has been setup with a setpoint of 6.0 and a 10%
deadband.
Upper dead band limit Lower deadband limit .
26. The acronym CIP stands for in place. CIP and SIP uses chemicals
and/or steam, sprayballs and high pressure for cleaning and
sterilization.
27. Which of the following statement(s) is/are true with regards to radial
flow impellers?
a. Radial flow impellers direct the liquid flow outwards towards the walls
of the reactor
b.They used when a low shear environment is required The used
primarily for crystallization reactions
c.A high shear environment is created in the vortices generated behind
the moving impeller
d.They are less energy efficient as compared to axial flow
impellersThey are commonly used in the culture of aerobic bacteria
28. During the fermentation run, what is the
significance of a reading of "20" on the DO
meter?
29. During the fermentation run, under what 2
conditions may the DO meter read 0.0?
30. Explain how to calibrate the pH probe
after autoclaving. Remember that you cannot
open the vessel or stick anything into it.