TAKSONOMI KIMIAWI

Kelompok 4:
Sukorini Ayu Alifiah 01311540000025
Kiki Novitasari 01311540000027
Nidatul Hikmah M 01311540000029
Nur Laili Alfina Rosidah 01311540000031
 Karakteristik
kategori untuk
Identifikasi Bakteria

(Logan, 1994)
  Taksonomi kimiawi analog dengan
taksonomi numerik
HANYA
Data yang digunakan adalah senyawa
kimiawi sebagai penyusun komoponen
sel
PENDAHULUAN
Misal:
- Senyawa organik utama penyusun sel
- Senyawa metabolit sekunder
- Dan sebagainya
 PENDAHULUAN

Taksonomi kimiawi merupakan salah satu cara menganalisis

keseluruhan organisme dan komponen sel menggunakan metode fisiokimia.
 Metode fisiokimia terdiri dari :
1. Gas kromatografi
2. Thin layer chromatography
3. High Performance Liquid Chromatography (HPLC)
4. Spectroscopy
5. Elektroforesis misal SDS PAGE
 5
SENYAWA ORGANIK SEL 

 Protein
 Lipid
 Karbohidrat
Komponen kimiawi MISAL:
sel  Perbandingan serologi
 Perbandingan protein dengan
elektroforesis
 Multilocus Enzyme Electrophoresis
(MEE)
Taksonomi Kimiiawi
  Taknosonomi kimiawi tradisonal menggunakan
analisis berdasarkan :
Taksonomi
1. Teknik analisiss dinding sel (1956)
Kimiawi
Tradisional 2. Rasio basa DNA (1966)
3. Ekstrak protein gel elektroforesis (1975)
  Analisis menggunakan taksonomi kimiawi
didasarkan pada komponen sel berupa
makromolekul, meliputi :
1. Asam amino dan peptida (pada peptidoglikan dan
pseudomurein)
2. Lipid ( dari polisakarida dan asam lemak)
Taksonomi
Kimiawi 3. Polisakarida (metachondroitin)
4. Protein
5. Enzim (seperti hydrolase dan lyase)
6. Senyawa polimer kompleks (seperti: isoprenoid dan
quinon)
 Analisis
taksnomi
kimiawi
  Berikut keuntungan menggunakan Taksonomi Kimiawi :
1. Taksonomi berdasarkan morfologi bakteria tidak mendukung data
kuantitatif seperti taksonomi kimiawi

2. Data molekukuler lebih jelas menjelaskan mengai hubungan filogenetik

pada bakteria
3. Analisis komponen sel bakteria tidak hanya bermanfaat bagi sistematika
Keuntungan namun juga identifikasi suatu spesies bakteria
Menggunakan 4. berkembangnya instrumen atau alat identifikasi taksonomi kimiawi
Taksonomi menyebabka proses identifikasi menjadi lebih cepat dan akurat

Kimiawi
(Colwell & Grigorova, 1987)
5. Dengan taksonomi kimia dapat mengetahui semua komponen sel mikroba
yang merupakan kumpulan dari substansi kimiawi (beberapa komponen
kimiawi hanya dimiliki oleh bakteri jenis tertentu)
6. Dengan menggunakan taksonomi kimiawi juga memungkinkan untuk
membandingkan mikroorganisme yang hidup pada kondisi yang berbeda
(lingkungan hidup menyebabkan mikroorganisme memiliki komponen
penyusun sel yang berbeda
  Komponen Kimia sel harus memenuhi
beberapa persyaratan untuk dapat
mendukung sistematika bakteri yaitu :
Syarat 1. Komponen sel tersbeut harus tersebar merata
Taksonomi pada mikroorganisme yang akan diuji
Kimiawi 2. Data yang digunakan merupakan data homolog
dari strain bakteri dalam satu taxon
3. Terdiri dari banyak sampel uji

(Colwell & Grigorova, 1987)

Klasifikasi Bakteria dalam
Taksonomi Kimiawi
 Jenis Bakteri Komponen Sel Kandungan
Bakteri Gram Negatif dan Bakteri Dinding Sel • Peptidoglikan
gram positif
Archaebacteria Dinding sel • Ikatan ether pada lipid
penyusun dinding sel
(Isoprenyl Glyceroether)
Eubacteria Dinding sel • Ikatan ester pada lipid
penyusun dinding sel
(Glyceroesther)
Bacterionema, Micropolyspora, • Memiliki susunan asam lemak
Mycobacterium dan Nocardia spesifik yang disebut asam
mycolic
Bakteri asam laktat Sitokrom • Hanya memiliki sitokrom C

Bakteri gram positif anaerob Sitokrom • Tidak memiliki sitokrom C

Clostridium Sitokrom • Tidak memiliki sitokrom

Bakteri gram negative Sitokrom • Sitokrom d dimiliki oleh hampir

semua bakteri gram negative (Hill & Kirsop
1991)
 ASAM LEMAK
salah satu komponen penting dalam
Salah satu taksonomi kimiawi adalah dengan melihat susunan
Komponen asam lemak bakteri. Membran sel merupakan
komponen bakteri yang disusun oleh lipid polar
penting dalam dan glycolipid. Secara umum bakteri memiliki
Taksonomi susunan asam lemak dalam bentuk
Kimiawi lipopolisakarida, dimana asam lemak penyusun sel
bakteri berfungis untuk mengatur jalur sintesis
bakteria

(Colwell & Grigorova, 1987)

Metode yang paling banyak digunakan dalam taksonomi kimiawi
 Senyawa protein
↓
Coding (Pengkodean)
↓
Tabel n x t
↓
Analisis Numerical Systematics
Analisis profil ↓
protein sel Clustring
↓
Dendrogram
↓
Klasifikasi & Identifikasi
  Suatu metode pemisahan molekul dan matriks
penyangga berpori (foresis).
 Metode ini banyak digunakan untuk memisahkan
elektroforesis molekul yang bermuatan , protein dapat dipisahkan
berdasarkan berat molekulnya (SDS-PAGE) atau
berdasarkan isoelektriknya (IEF).
Data elektroforesis 17

Taksonomi Kimiiawi
Diagram reperesentatif
Diagram Representatif 18

Taksonomi Kimiiawi
 19

Taksonomi Kimiiawi
 20

Taksonomi Kimiiawi
  Petidoglycan:
–TLC peptidoglikan: isomer
diaminopimelic acid
Analisis dinding  Lipids:
sel  Ikatan asam lemak: GC
 Lipid polar: TLC
 Isoprenoid quinon: HPLC
 Thin Layer Chromatography : metode
pemisahan kotor senyawa metabolit
Thin Layer sekunder suatu bakteri menggunakan
Chromatography kertas kromatografi atau kertas uji kimia.
Metode ini digunakan untuk jenis senyawa
non volatil.

(Frisvad et al., 1998)

  Thin Layer Chromatography dapat digunakan
mengidentifikasi aktivitas enzim khususnya Lipase dan
glicosidase.

 Penelitian terbaru menunjukkan, Thin Layer

Chromatography (TLC) digunakan untuk
Thin Layer menentukan dan mengidentifikasi bakteri gram negatif,
Mycobacterium berdasarkan susunan glicolipid dan
Chromatography mycobactin yang unik

• Identifikasi ini didasarkan pada reseptor lipid yang ada

pada seluruh bakteria. TLC dapat mengidentifikasi
reseptor lipid potensial seperti glicolipid dan fosfolipid

(Fried & Sherma, 1996)

Identifikasi Bakteria Menggunakan GLC

(Tauro et al.,2004)
  HPLC adalah kependekan dari High Performance Liquid
Chromatography yang diterjemahkan dalam bahasa
Indonesia menjadi "KCKT" atau Kromatografi Cair
Kinerja Tinggi.
 Pada HPLC sistem kromatografi yang digunakan adalah
High Performance cair-padat, fasa bergerak (mobile phase) berupa
Liquid cairan yaitu pelarut dan fasa diam (stationer phase)
berupa padatan yaitu adsorban yang terdapat dalam
Chromatography kolom analitik.
(HPLC)
 Senyawa dalam kolom akan keluar dari kolom atas
dasar kepolaran yang berbeda, sehingga akan
mempengaruhi kekuatan interaksi senyawa dengan
fase diam dan fase gerak.
 SCHEMATIC OVERVIEW OF HPLC

Injector

Pump Detector
Column

Injection
system

Solvent
 Column

Sample from
mobile phase
 Senyawa yang keluar dari kolom akan dideteksi dengan detektor yang sesuai dan
dilaporkan sebagai kromatogram
 Dari kromatogram dapat diidentifikasi waktu retensi (tR) dan luas area/tinggi puncak
 Dengan GC atau
HPLC (Asam lemak
termetilasi)
 Produk akhir metabolisme:
 Asam organik: asam acetat, propionat, malat dan
sebagainya

Analisis produk
Analisis GC atau HPLC:
akhir  Asam asetat
metabolisme  Asam propionat
 Asam butirat
Identifikasi Produk Akhir Bakteria

(Tauro et al.,2004)
  Spektroskopi massa adalah suatu metode untuk
mendapatkan berat molekul dengan cara mencari
Analisis sel total perbandingan massa terhadap muatan dari ion.
(Pyrolysys Mass  Pyrolysis Mass Spectrometry (PyMS) bermanfaat bagi
Spectrometry: identifikasi Mycobacterium dan aktinomisetes yang
lain.
PMS)
 Karakterisasi bakteri menggunakan Py-MS pertama dilakukan oleh Meuzelaar
dan Kistemaker (1973).
 sampel bakteri dipanaskan sampai suhu dikontrol > 400 ° C dalam kekosongan.
 Dalam ketiadaan oksigen bebas, bahan organik dalam spesimen mengalami
degradasi termal rendah
 fragmen-fragmen mudah menguap, proses tersebut yang disebut pirolisis.
 35

Prinsip kerja:
 Pemanasan sel  suhu tinggi tanpa oksigen
 Komponen sel terurai menjadi molekul yang lebih kecil
 Dianalisis dengan Mass spectrometry

Karaktersitik:
 Waktu analisis cepat
 Dapat mengakomodasi dalam jumlah besar
 Biaya operasional murah
 Biaya investasi mahal

Taksonomi Kimiiawi
Tampilan pirogram Tampilanpirogram 36

Taksonomi Kimiiawi
Enny Zulaika 37

Taksonomi Kimiiawi
Presentasi analisis PMS
Presentasi analisis PMS 38

Taksonomi Kimiiawi
 39
Analisis PyMS - tampak samping

Taksonomi Kimiiawi
Identifikasi Bakteria menggukanakan Pyrolisis Gas
Chromatography

(Tauro et al.,2004)
Pyrolysis-Mass Spectrometry
 Setiap nilai diagonal mewakili rata-rata jarak individu antara
analisis dari satu strain dan strain lain yang sedang dibandingkan dan merupakan ukuran
perbedaan antara kedua strain.
 Dengan menghitung jarak (distance) masing – masing strand, maka peneliti dapat
mengidentifikasi dan membedakan jenis spesies mikroba.
Dendogram
Case Study
Perbedaan tiap – tiap spektrum diindikasikan
dengan tanda panah. Hasil dari Pirogram PMS
menunjukkan bahwa heterogenitas paling besar
ada pada M. bovis. Sedangkan M. tuberculosis
dan M. bovis BCG relatif homogen. Artinya, M.
tuberculosis dan M. bovis BCG mempunyai
komponen kimia penyusun sel yang hampir
sama jika dibandingkan dengan komponen
kimia M. bovis
Hasil dari PMS menunjukkan bahwa 10 spesies
yang berbeda yang diwakili oleh 58 strain yang
tidak termasuk dalam 'kompleks tuberkulosis':
M. kansasii (l0), M. terrae (1l), M. avium (7), M.
gordonae (8), M. gordonae var. ureolyticum (l), M.
fortuitum (8), M. xenopi (4), M. gastri (2), M.
scrofulaceum (2), M. marinum (1) dan
mycobacteria yang tumbuh dengan cepat (4).
 Prosedur Operasional PenggunaanMVSP (Multivariate
Statistical Package)

Sifat molekular
Konstruksi:
Klasifikasi
Sifat Kimiawi • matriks
Kemiripan Numerik
similaritas
Sifat fenetik
• dendogram
Sifat fisiologis

Sifat morfologis
KOLEKSI DATA

• Menentukan strain mikrobia terpilih (n = OTU)

• Mengumpulkan data karakter fenotipik
• Unit karakter yang dikoleksi, misal di kelompok kan menjadi:
(a). Karakter morfologis (koloni)
(b). Pengecatan
(c). Uji degradasi
(d). Uji biokimia
(e). Uji sumber karbon
(f). Uji toleransi
• Ditabulasikan dalam suatu tabel tersendiri
 Daftar Pustaka

 Colwell, R.R and R. Grigirova. 1987. Methods in Microbiolgy Vol. 19 : Current Methods for
Classification and Identification of Microorganism. London. Academic Press.
 Fried, Bernard and Joseph Sherma. 1996. Practical Thin – Layer Cromatography. Boca Raton.
CRC press, Inc.

 Frisvad, Jens C., Paul D. bridge and Dilip K Arora. 1998. Chemical Fungal Taxonomy. USA. Marcel
Dekker, Inc.
 Hill, L. R and B. E. Kirsop. 1991. Bacteria. Cambridge. Cambridge University Press.
 Logan, Niall A. 1994. Bacterial Systematics. London. Blackwell Scientific Publications.
 Tauro, p., K.K. Kapoor., and K.S Yadav. 1986. An Intoduction to Microbiology. New Delhi. New
Age International Limited Publishers