http://buntutdangdeur.blogspot.co.

id/2015/06/laporan-praktikum-
mikrobiologi-umum_28.html

UJI BIOKIMIA

I. Tujuan:
1. Mahasiswa dapat memahami prosedur Uji biokimia pada isolate bakteri untuk
mengidentifikasi mikroorganisme.
2. Mahasiswa dapat mengetahui fungsi dari masing-masing uji biokimia yang
dilakukan.
3. Mahasiswa dapat mengetahui prinsip dari uji biokimia yang dilakukan.
4. Mahasiswa dapat mengetahui hal-hal yang harus diperhatikan dalam uji biokimia
terhadap isolate bakteri.
5. Mahasiswa dapat memahami sifat dan aktivitas enzim yang dihasilkan bakteri
melalui uji biokimia.
6. Mahasiswa dapat mengidentifikasi jenis bakteri dari hasil uji biokimia yang
dilakukan.
7. Mahasiswa dapat mengidentifikasi kuman sampai tingkat spesies
II. Prinsip:

Karakterisasi dan klasifikasi sebagian besar mikroba seperti bakteri

berdasarkan pada reaksi enzimatik ataupun biokimia. Mikroba dapat tumbuh
pada beberapa tipe media, memproduksi tipe metabolit tertentu yang di deteksi
dengan interaksi mikroba dengan reagen tes yang menghasilkan warna reagen.
Reaksi-reaksi dalam sel akan teridentifikasi dengan melakukan pengujian-
pengujian tertentu. Sel akan memberikan respon sesuai dengan kemampuan
yang dimilikinya, misalnya menghasilkan enzim katalase, enzim gelatinase atau
kemamupuan untuuk menghidrolisis lemak.

Uji Biokimia membantu identifikasi bakteri, melengkapi identifikasi

makroskopis dan mikroskopis yang tidak dapat membedakan bakteri sampai
tingkat spesies. Pada uji biokimia reaksi bersifat spesifik karena melibatkan
enzim-enzim yang dihasilkan oleh bakteri. Bakteri yang menghasilkan tertentu
akan bereaksi positif ketika diberi substrat yang sesuai dimana substrat yang
dimaksud diperoleh dari media biokimia. Dengan memberikan indicator tertentu
hasil reaksi dapat dilihat secara kasat mata, seperti perubahan warna pada
media.

Secara morfologis, biakan maupun sel bakteri yang berbeda dapat tampak
serupa. Karena itu ciri fisiologis atau biokimiawi merupakan kriteria yang amat
penting di dalam identifikasi spesimen yang tidak dikenal. Tanpa hasil
pengamatan fisiologis yang memadai mengenai organisme yang diperiksa maka
penentuan spesiesnya tidaklah mungkin dilakukan.
III. Dasar Teori

Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel
(prokariotik). Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran
sangat kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi.
Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit,
sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan,
pengobatan, dan industri. Struktur sel bakteri relatif sederhana: tanpa nukleus/inti
sel, kerangka sel, dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Hal
inilah yang menjadi dasar perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang
lebih kompleks . Bakteri sebagai makhluk hidup tentu memiliki informasi genetik
berupa DNA, tapi tidak terlokalisasi dalam tempat khusus ( nukleus ) dan tidak ada
membran inti. Bentuk DNA bakteri adalah sirkuler, panjang dan biasa disebut
nukleoi. Pada DNA bakteri tidak mempunyai intron dan hanya tersusun atas akson
saja. Bakteri juga memiliki DNA ekstrakromosomal yang tergabung menjadi plasmid
yang berbentuk kecil dan sirkuler ( Jawetz, 2004) . Faktor-faktor yang
mempengaruhi pertumbuhan bakteri adalah Sumber energi, yang diperlukan untuk
reaksi reaksi sintesis yang membutuhkan energi dalam pertumbuhan dan
restorasi, pemeliharaan keseimbangan cairan, gerak dan sebagainya, Sumber
karbon, Sumber nitrogen, sebagian besar untuk sintesis protein dan asam-asam
nukleat, Sumber garam-garam anorganik, khususnya folat dan sulfat sebagai anion
dan potasium, sodium magnesium, kalsium, besi, mangan sebagai kation, Bakteri-
bakteri tertentu membutuhkan faktor-faktor tumbuh tambahan, disebut juga
vitamin bakteri, dalam jumlah sedikit untuk sintesis metabolik esensial (Koes
Irianto, 2006). Isolasi mikroba merupakan upaya pembiakkan suatu jenis mikroba
tertentu yang diperoleh dari suatu sampel di dalam suatu media yang spesifik,
sehingga selanjutnya dapat dilakukan identifikasi dan konfirmasi. Setiap mikroba
memiliki kebutuhan akan zat pertumbuhan yang spesifik sehingga hal ini dapat
dijadikan acuan dalam pemilihan media untuk isolasi, identifikasi dan konfirmasi.
(Koes Irianto, 2006).

Bakteri memiliki berbagai aktivitas biokimia (pertumbuhan dan perbanyakan)

dengan menggunakan raw material (nutrisi) yang diperoleh dari lingkungan
sekitarnya. Transformasi biokimia dapat timbul di dalam dan di luar dari bakteri
yang diatur oleh katalis biologis yang dikenal sebagai enzim. Setiap bakteri memiliki
kemampuan dalam menggunakan enzim yang dimilikinya untuk degradasi
karbohidrat, lemak, protein, dan asam amino. Metabolisme atau penggunaan dari
molekul organik ini biasanya menghasilkan produk yang dapat digunakan untuk
identifikasi dan karakterisasi bakteri (Maisyah, 2009). Transformasi biokimia dapat
timbul di dalam dan di luar dari bakteri yang diatur oleh enzim. Setiap bakteri
memiliki kemampuan dalam penggunaan enzim yang dimilikinya untuk degradasi
karbohidrat, lemak, protein dan asam amino. Metabolisme ini biasanya
menghasilkan produk yang dapat digunakan untuk identifikasi dan katakterisasi
bakteri. Pada prinsipnya pengamatan aktivitas biokimia atau metabolisme
mikroorganisme yang diketahui daro kemampuan mikroorganisme untuk
menggunakan dan menguraikan molekul yang kompleks dan molekul-molekul
sederhana. Selain itu, metabolisme sering kali menghasilkan hasil sampingan yang
dapat digunakan untuk identifikasi (Ramaisyah, 2011).

Aktivitas metabolisme tidak terlepas dari adanya enzim. Berdasarkan tempat

bekerjanya, bakteri memiliki juga jenis enzim yaitu endoenzim dan eksoenzim.
Endoenzim yaitu enzim yang bekerja dalam sel. Sistem endoenzim selain bersifat
anabolik dapat juga bersifat katabolik, sedangkan eksoenzim yaitu enzim yang
disekresikan ke luar sel dan berdifusi ke dalam media. Sebagian besar eksoenzim
bersifat hidroliktik yang berarti bahwa eksoenzim menguraikan molekul kompleks
menjadi molekul-molekul yang lebih sederhana. Molekul-molekul yang lebih kecil ini
kemudian dapat memasuki sel dan digunakan untuk kepentingan sel (Waluyo,
2004).

Uji biokimia bakteri merupakan suatu cara atau perlakuan yang dilakukan
untuk mengidentifikasi dan mendeterminasi suatu biakan murni bakteri hasil isolasi
melalui sifat - sifat fisiologinya. Proses biokimia erat kaitannya dengan metabolisme
sel, yakni selama reaksi kimiawi yang dilakukan oleh sel yang menghasilkan energi
maupun yang menggunakan energi untuk sintesis komponen-komponen sel dan
untuk kegiatan selular, seperti pergerakan. Suatu bakteri tidak dapat dideterminasi
hanya berdasarkan sifat-sifat morfologinya saja, sehingga perlu diteliti sifat-sifat
biokimia dan faktor-faktor yang mempengaruhi pertumbuhannya. Ciri fisiologi
ataupun biokimia merupakan kriteria yang amat penting di dalam identifikasi
spesimen bakteri yang tidak dikenal karena secara morfologis biakan ataupun sel
bakteri yang berbeda dapat tampak serupa, tanpa hasil pegamatan fisiologis yang
memadai mengenai kandungan organik yang diperiksa maka penentuan spesiesnya
tidak mungkin dilakukan. Karakterisasi dan klasifikasi sebagian mikroorganisme
seperti bakteri berdasarkan pada reaksi enzimatik maupun biokimia.
Mikroorganisme dapat tumbuh pada beberapa tipe media yang memproduksi tipe
metabolit yang dapat dideteksi dengan reaksi antara mikroorganisme dengan
reagen test yang dapat menghasilkan perubahan warna reagen (Cowan, 2004).

Uji biokimia merupakan salah uji yang digunakan untuk menentukan spesies
kuman yang tidak diketahui sebelumnya. Setiap kuman memiliki sifat biokimia yang
berbeda sehingga tahapan uji biokimia ini sangat membantu proses identifikasi.
Setelah sampel diinokulasikan pada media differensial atau selektif, kemudian
koloni kuman diinokulasikan pada media uji biokimia. Ada 12 jenis uji yang sering
digunakan dalam uji biokimia walaupun sebenarnya masih banyak lagi media yang
dapat digunakan (Adam, 2008). Pentingnya dilakukan praktikum ini adalah untuk
melakukan teknik identifikasi dan karakterisasi jenis bakteri melalui uji biokimia.
 Ciri biokimia merupakan kriteria yang amat penting di dalam identifikasi
spesimen bakteri yang tak dikenal karena secara morfologis biakan ataupun sel
bakteri yang berbeda dapat tampak serupa, tanpa hasil pengamatan fisiologis yang
memadai mengenai organik yang diperiksa maka penentuan spesiesnya tidak
mungkin dilakukan. Karakteristik dan klasifikasi sebagai mikroba seperti bakteri
berdasarkan pada reaksi enzimatik ataupun biokimia. Mikroba dapat tumbuh pada
beberapa tipe media memproduksi metabolit tentunya yang dideteksi dengan
interaksi mikroba dengan reagen test yang mana menghasilkan perubahan warna
reagen (Murray, 2005).

Uji fisiologi bisanya identik dengan uji biokimia. Uji biokimia yang biasanya
dipakai dalam kegiatan identifikasi bakteri atau mikroorganisme yang antara lain uji
katalase, koagulase, dan lain-lain. Pengujian biokimia merupakan salah satu hal
yang sangat penting dalam dunia mikrobiologi (Lim, 2005). Uji-uji biokimia yang
biasanya dipakai dalam kegiatan identifikasi bakteri atau mikroorganisme yaitu
antara lain adalah uji MR-VP, uji gula-gula, uji SIM, Uji TSIA, IMVIC, Uji Indol, dan Uji
Simmons Citrate (Lehninger, 2007).

1. Uji Indol

Media yang dipakai adalah pepton 1%. Uji indol digunakan untuk
mengetahui apakah kuman mempunyai enzim triptophanase sehingga kuman
tersebut mampu mengoksidasi asam amino triptophan membentuk indol. Adanya
indol dapat diketahui dengan penambahan reagen Ehrlich/Kovacs yang berisi
paradimetil amino bensaldehid. Interpretasi hasil : negatif (-) : Tidak terbentuk
lapisan cincin berwarna merah pada permukaan biakan, artinya bakteri ini tidak
membentuk indol dari triptophan sebagai sumber karbon. Positif (+) : Terbentuk
lapisan cincin berwarna merah pada permukaan biakan, artinya bakteri ini
membentuk indol dari triptophan sebagai sumber karbon(Cowan, 2004).

2. Uji MR

Media yang digunakan adalah pepton glukosa phosphat. Uji ini digunakan
untuk mengetahui adanya fermentasi asam campuran (metilen glikon). Interpretasi
hasil : negatif (-) : Tidak terjadi perubahan warna media menjadi merah setelah
ditambah methyl red 1%. Positif (+) : Terjadi perubahan warna media menjadi
merah setelah ditambahkan methyl red 1%. Artinya bakteri menghasilkan asam
campuran (metilen glikon) dari proses fermentasi glukosa yang terkandung dalam
media MR (Cowan, 2004).

3. Uji VP

Media yang dipakai adalah pepton glukosa phosphat. Uji ini digunakan
untuk mengetahui pembentukan asetil metil karbinol (asetoin) dari hasil fermentasi
glukosa. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadi perubahan warna media
menjadi merah setelah ditambahkan naphtol 5% dan KOH 40%. Positif (+) :
terjadi perubahan warna media menjadi merah setelah ditambahkan naphtol 5%
dan KOH 40%, artinya hasil akhir fermentasi bakteri adalah asetil metil karbinol
(asetoin) (Colome, 2001).

4. Uji Citrat

Media yang dipakai adalah Simons citrat. Tujuan dari uji ini adalah untuk
mengetahui apakah kuman menggunakan sitrat sebagai sumber karbon. Pada
media Simons citrat berisi indikator BTB (Brom Tymol Blue). Apabila bakteri
menggunakan sitrat sebagai sumber karbon maka media berubah menjadi basa dan
berubah warna menjadi biru. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadinya
perubahan warna media dari hijau menjadi biru. Artinya bakteri ini tidak
mempunyai enzim sitrat permease yaitu enzim spesifik yang membawa sitrat ke
dalam sel. Sehingga kuman tidak menggunakan citra sebagai salah satu/satu-
satunya sumber karbon. Positif (+) : terjadinya perubahan warna media dari hijau
menjadi biru, artinya kuman menggunakan citrat sebagai salah satu/satu-satunya
sumber karbon (Ratna, 2012).

5. Uji Motilitas

Media yang dipakai adalah media yang bersifat semi solid dengan
kandungan agar-agar 0,2-0,4%. Tujuan dari uji ini adalah untuk mengetahui gerak
kuman, bisa memakai media MO (Motilitas Ornitin) atau SIM (Sulfida Indol Motility).
Pada media SIM selain untuk melihat motilitas bisa juga untuk test indol dan
pembentukan H2S. Interpretasi hasil : negatif (-) : terlihat adanya penyebaran yang
berwarna putih seperti akar hanya pada bekas tusukan inokulasi. Positif (+) :
terlihat adanya penyebaran yang berwarna putih seperti akar disekitar inokulasi.
Hal ini menunjukan adanya pergerakan dari bakteri yang diinokulasikan, yang
berarti bahwa bakteri ini memiliki flagel (Burrows, 2004).

6. Uji Urenase

Tujuan dari uji ini adalah untuk mengetahui apakah kuman mempunyai
enzim urease yang dapat menguraikan urea membentuk amoniak. Media urea berisi
indikator phenol red. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadi perubahan warna
media menjadi pink/merah jambu, artinya kuman tidak memecah urea membentuk
amoniak. Positif (+) : tidak terjadi perubahan warna media menjadi pink/merah
jambu, artinya kuman memecah urea membentuk amoniak (Lim, 2006).

7. Uji TSA (Triple Sugar Iron Agar)

 Tujuan dari tes ini adalah untuk mengetahui kemampuan kuman untuk
memfermentasikan karbohidrat. Pada media TSIA berisi 3 macam karbohidrat yaitu
glukosa, laktosa dan sukrosa. Indikatornya adalah phenol red yang menyebabkan
perubahan warna dari merah orange menjadi kuning dalam suasana asam. Glukosa
berada di dasar media sedangkan laktosa dan sukrosa berada di bagian lereng.
Selain menggunakan media TSIA dapat pula digunakan media KIA (Kligers Iron
Agar), bedanya adalah pada media KIA hanya berisi 2 macam karbohidrat yaitu
glukosa dan laktosa. Interpretasi hasil : hanya memfermentasi glukosa : Bila pada
dasar (butt) media berwarna kuning (bersifat asam) dan lereng (slant) berwarna
merah (bersifat basa) Al/Ac atau K/A. Memfermentasi semua karbohidrat : bila
pada dasar (butt) media berwarna kuning (bersifat asam) dan lereng (slant)
berwarna kuning (bersifat asam) Ac/Ac atau A/A. Tidak memfermentasi semua
karbohidrat : bila pada dasar (butt) media berwarna merah (bersifat basa) dan
lereng (slant) berwarna merah (bersifat basa) Al/Al atau K/K. Fermentasi pada
TSIA juga disertai dengan pembentukan gas CO2 yang dapat dilihat dari pecahnya
dan terangkatnya agar. Media TSIA juga dapat digunakan untuk mengetahui
pembentukan H2S yaitu melihat apakah kuman memfermentasi metionin dan
sistein (Asam amino yang mempunyai gugus S). Pada media TSIA terdapat asam
amino metionin dan sistein, jika kuman memfermentasi kedua asam amino ini maka
gugus S akan keluar dan gugus S akan bergabung dengan H2O membentuk H2S.
Selanjutnya H2S bergabung dengan Fe2+ membentuk FeS berwarna hitam dan
mengendap (Buchanan, 2003).

8. Uji Gula-gula

Uji ini digunakan untuk mengetahui apakah kuman memfermentasi

masing-masing gula diatas membentuk asam. Media gula-gula ini terpisah dalam 5
tabung yang berbeda dan media yang digunakan adalah masing-masing gula
dengan konsentrasi 1% dalam pepton. Masing-masing gula gula ditambahkan
indikator phenol red. Interpretasi hasil : negatif (-) : tidak terjadi perubahan warna
media dari merah menjadi kuning, artinya kuman tidak memfermentasi gula .Positif
(+) : terjadi perubahan warna media dari merah menjadi kuning. Artinya kuman
memfermentasi gula membentuk ditandai dengan tinta pada tutup kapas yang
berbeda-beda. Untuk glukosa tidak berwarna, laktosa berwarna ungu, maltosa
berwarna merah, manitol berwarna hijau, dan sukrosa berwarna biru. Didalam
media gula- asam, positif + gas (+g) : Terjadi perubahan warna media dari merah
menjadi kuning. Artinya kuman memfermentasi gula membentuk asam dan gas.
Gas yang diperhitungan minimal 10% dari tinggi tabung durham (Adam, 2001)
IV. Pembahasan

Pada praktikum bakteriologi ini, praktikan melakukan uji biokimia dimana uji
biokimia bakteri adalah salah satu uji yang dilakukan untuk mengidentifikasi jenis
bakteri. Dilakukannya uji biokimia karena setiap jenis bakteri memiliki sifat biokimia
yang berbeda. Secara morfologis, biakan maupun sel bakteri yang berbeda dapat
tampak serupa. Oleh karena itu ciri fisiologis atau biokimiawi merupakan kriteria
yang amat penting di dalam identifikasi spesimen yang tidak dikenal. Tanpa hasil
pengamatan fisiologis yang memadai mengenai organisme yang diperiksa maka
penentuan spesiesnya tidak dapat dilakukan. Bakteri memiliki berbagai aktivitas
biokimia (pertumbuhan dan perbanyakan) dengan menggunakan raw material
(nutrisi) yang diperoleh dari lingkungan sekitarnya. Transformasi biokimia dapat
timbul di dalam dan di luar dari bakteri yang diatur oleh katalis biologis yang
dikenal sebagai enzim. Setiap bakteri memiliki kemampuan dalam menggunakan
enzim yang dimilikinya untuk degradasi karbohidrat, lemak, protein, dan asam
amino. Metabolisme atau penggunaan dari molekul organik ini biasanya
menghasilkan produk yang dapat digunakan untuk identifikasi dan karakterisasi
bakteri (Maisyah, 2009).

Pada praktikum dilakukan serangkaian uji biokimia dari isolate bakteri yang
ditumbuhkan pada media Na miring yang bertujuan sebagai stock kuman untuk
identifikasi lebih lanjut pada uji biokimia. Pada praktikum ini dilakukan pada 2 jenis
isolate dari sampel yang berbeda yaitu isolate sampel urine dan feses. Dimana
kedua sampel ini pada praktikum sebelumnya telah diuji pada media TSIA yang
didapatkan hasil isolate dari sampel feses dapat memfermentasi ketiga jenis gula
yang terdapat pada media TSIA (glukosa, sukrosa dan laktosa) yang ditandai
dengan perubahan warna media menjadi kekuningan akibat terbentuknya asam dan
menghasilkan gas CO2 sebagai hasil fermentasi yang menyebabkan media
terangkat. Pada media TSIA yang diinokulasikan bakteri dari sampel feses tidak
membentuk endapan hitam(FeS) sebagai hasil fermentasi asam amino sistein dan
metionin yang menghasilkan gas H2S, yang menandakan bakteri tersebut tidak
dapat memfermentasi asam amino sistein dan metionin. Sedangkan pada media
TSIA yang diinokulasikan dengan sampel urine didapatkan hasil perubahan warna
menjadi kuning hanya pada dasar media (butt) yang menandakan bakteri tersebut
hanya dapat memfermentasikan satu jenis gula yaitu glukosa. Pada sampel ini juga
tidak ditemukan terbentuknya endapan hitam (FeS) sehingga jenis bakteri tersebut
juga tidak dapat memfermentasi asam amino sistein dan metionin. Dari hasil uji
TSIA tersebut, didapatkan hipotesa bahwa bakteri yang terdapat pada isolate
tersebut merupakan golongan Escherecia coli, Klebsiella, dan Enterobacter namun
dari hasil uji TSIA ini bakteri yang diuji belum dapat diidentifikasi kelompoknya
sehingga untuk mengidentifikasi lebih lanjut, koloni bakteri tersebut diuji kembali
dengan serangkaian uji biokimia dimana uji yang dilakukan adalah Uji Sulfur, Indol,
motilitas, urease, sitrat, dan uji gula-gula(Manitol, glukosa, laktosa, sukrosa,
maltose). Dimana uji tersebut bertujuan untuk mengetahui fermentasi bakteri
berdasarkan enzim yang dihasilkan( Bhowmik 2011). Fermentasi merupakan salah
satu aktivitas biokimia yang dilakukan oleh mikroba. Fermentasi adalah proses
penggunaan senyawa makromolekul organik menjadi senyawa yang lebih
sederhana oleh aktivitas mikroba pada kondisi anaerob. Fermentasi dapat
menghasilkan berbagai senyawa akhir, contohnya fermentasi karbohidrat yang
dapat menghasilkan berbagai senyawa asam seperti asam laktat dan propionat,
ester-ester, keton dan gas (Pelczar, 2008).

Sebelum dilakukan uji biokimia sampel feses dan urine yang tumbuh pada
media Na miring yang berfungsi sebagai stock kuman, diremajakan kembali pada
media Na plate secara aseptis dengan teknik goresan 4 kuadran (streak plate),
dimana Prinsip metode ini yaitu mendapatkan koloni yang benar-benar terpisah dari
koloni yang lain, sehingga mempermudah proses isolasi. Cara ini dilakukan dengan
membagi 3-4 cawan petri. Ose steril yang telah disiapkan diletakkan pada sumber
isolat , kemudian menggoreskan ose tersebut pada cawan petri berisi media steril.
Goresan dapat dilakukan 3-4 kali membentuk garis horisontal disatu cawan. Ose
disterilkan lagi dengan api bunsen. Penggunaan teknik aseptis pada peremajaan
bakteri bertujuan untuk mencegah terjadinya kontaminasi. Dasar digunakannya
teknik aseptik adalah adanya banyak partikel debu yang mengandung
mikroorganisme (bakteri atau spora) yang mungkin dapat masuk ke dalam cawan
setelah dilakukan inokulasi media diinkubasi pada incubator dengan suhu 37 oC
selama 24 jam. Bakteri yang tumbuh pada media tersebut diinokulasikan pada
media uji biokimia. Rangkaian uji biokimia dimulai dari uji sitrat.

Uji ini digunakan untuk melihat kemampuan mikroorganisme berdasarkan

kemampuan memfermentasi sitrat sebagai sumber karbon dalam metabolisme dan
pertumbuhan. Perbenihan Simmons Citrate ini mengandung indikator bromtimol
biru yang akan berubah menjadi biru pada reaksi positif dan tetap hijau jika reaksi
negatif (Volk dan Wheeler, 2005). Bakteri diinokulasikan pada media Simone Citrate
Agar dan diinkubasi selama 24-48 jam pada suhu 37. Pengamatan dilakukan dengan
melihat perubahan warna yang terjadi pada medium. Bakteri dapat menggunakan
sitrat sebagai sumber carbon tunggal, dengan bantuan enzim sitrat permease maka
bakteri akan menyebarkan sitrat kedalam sel. Selain itu bakteri mengubah
Amonium Dihidrogen Phosfat menjadi Amonium Hidroksida (NH4OH) dan
amoniak(NH3) yang bersifat basa. Pada pH 7,5 keatas indicator BTB akan berwarna
biru , sedangkan pada pH netral akan berwarna hijau. Komposisi media Simmon
Citrat adalah Natrium Sitrat sebagai sumber karbon, Amonium Dihidrogen Phosphat
sebagai sumber nitrogen. Media Simmon sitrat juga mengandung natrium klorida,
Magnesium sulfat, agar, bromtimol biru, aquades dan memiliki pH 6,9 (Waluyo,
2004). Bakteri diinokulasi pada medium yang mengandung natrium sitrat dan
indikator pH bromothymol biru. Apabila bakteri menggunakan sitrat sebagai sumber
karbon maka media menjadi basa dan berubah warna menjadi biru. Proses
terjadinya Susana basa pada media yaitu pemanfaatan sitrat melibatkan enzim
citrat permease, yang memecah sitrat menjadi oksaloasetat dan asetat.
Oksaloasetat lebih lanjut dipecah menjadi piruvat dan gas CO2. Produksi Na2CO3
serta NH3 dari pemanfaatan natrium sitrat dan garam amonium masing-masing
menghasilkan pH basa. Hal ini menyebabkan perubahan warna medium dari hijau
menjadi biru dengan Reaksi kimia yang terjadi adalah sebagai berikut:

Bromothymol blue digunakan sebagai indikator saat asam sitrat dimetabolisme,

menghasilkan karbondioksida yang menggabungkan natrium dengan air untuk
membentuk natrium karbonat yang merupakan produk alkaline yang menghasilkan
perubahan warna dari hijau menjadi biru dan hal ini menunjukkan tes tersebut
positif. Sedangkan dalam praktikum uji sitrat dengan menggunakan sampel feses
dan sampel urine setelah diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37 didapatkan hasil
negative yang ditandai dengan tidak terjadinya perubahan warna media dari hijau
menjadi biru. Hal ini dapat diinterpretasikan bakteri pada sampel tidak mempunyai
enzim sitrat permease yaitu enzim spesifik yang membawa sitrat ke dalam sel.
Sehingga kuman tidak menggunakan sitrat sebagai salah satu/satu-satunya
sumber karbon.
Uji selanjutnya yaitu Urease, Uji hidrolisis urea dilakukan untuk melihat
kemampuan bakteri menghasilkan enzim urease dan menguraikan urea(CO(NH2)2)
menghasilkan Amonia dan CO2. Urease merupakan enzim hidrolitik yang memecah
senyawa amida seperti urea menghasilkan ammonia yang bersifat basa. Suasana
basa akan menyebabkan indicator fenol red berubah warna menjadi merah muda
sebagai reaksi positif dan negatif warna tidak berubah (Steven, 2004). Urease
merupakan enzim konstitutif yang dapat menghidrolisis urea menjadi ammonia dan
karbondioksida berdasarkan reaksi berikut: CO(NH2)2 + H2O 2NH3 +CO2. Urea
dihidrolisis menjadi ammonia oleh organisme yang menghasilkan enzim urease dan
berubah menjadi buffer dalam jangka menengah dan mengubah warna orange
menjadi berwarna merah muda yang disebabkan oleh indicator phenol red yang
memiliki trayek pH 6,4-8,2 dimana dalam hal ini ammonia yang dihasilkan memiliki
sifat basa. Pengaruh dari amonia inilah yang akan menyebabkan pH menjadi naik
dan menyebabkan perubahan warna pada indicator phenol red menjadi merah
muda. (Lim, 2006). Dalam praktikum kedua sampel tidak menunjukkan perubahan
warna sehingga diinterpretasikan (-) terhadap uji urease. Dari hasil tersebut
menandakan jenis kuman yang terdapat dalam sampel tidak dapat memecah urea
membentuk amoniak.
 Uji yang ketiga adalah uji pada media SIM (Sulfur indole motility). Media SIM
memiliki kandungan Nutrisi seperti pepton yang mengandung asam amino
triftophan, iron(FeSO4) dan Natrium tiosulfat. Pada media ini terdapat 3 parameter
uji, yang pertama yaitu menentukan kemampuan bakeri membentuk gas H2S dari
senyawa asam amino sistein dan metionin. Dimana pada media SIM mengandung
pepton dan natrium tiosulfat yang berfungsi sebagai substrat sulfur dan FeSO4
sebagai indicator dari gas H2S yang dihasilkan bakteri. FeSO4 pada media ini
berfungsi sebagai indicator yang akan bereaksi dengan gas H2S membentuk Fero
sulfide (FeS) yang berwarna hitam sebagai hasil fermentasi asam amino sistein dan
metionin. Apabila jenis bakteri yang diuji mampu memfermentasikan asam amino
yang mengandung sulfur maka gugus sulfur (S) akan terurai dari FeSO4 dan akan
berikatan dengan H2O membentuk H2S. kemudian selanjutnya H2S akan
bergabung dengan ion Fe2+ membentuk FeS yang berwarna hitam dan
mengendap. Hal inilah yang menjadi dasar dalam identifikasi mikroorganisme yang
dapat memfermentasi asam amino metionin dan sistein sehingga menghasilkan
warna hitam pada media. Pada praktikum dengan isolate sampel feses dan urine
parameter pertama uji SIM menunjukkan hasil negative yang ditandai dengan tidak
terdapatnya endapan hitam yang menandakan jenis bakteri yang diuji pada kedua
isolate merupakan jenis bakteri yang tidak dapat memfermentasikan asam amino
sistein dan metionin.
Parameter yang kedua pada media SIM adalah uji indol, dimana pada uji indol
ini menentukan kemampuan mikroorganisme untuk menguraikan asam amino
triftophan. Dimana asam amino triftophan merupakan asam amino esensial,
perubahannya menjadi produk metabolic disebabkan oleh enzim triptofanase yang
dihasilkan oleh bakteri. Suatu bakteri yang memiliki enzim tritofanase akan mampu
menghidrolisis triptofan mnjadi prodduk-produk metabolik seperti indol, asam
piruvat, dan ammonia. Pada uji Indol, Tryptophan yang merupakan asam amino
esensial dapat mengalami oksidasi dengan cara kegiatan enzimatik beberapa
bakteri. Konversi triptofan menjadi produk metabolik di mediasi oleh enzim
Tryptophanase. Media ini biasanya digunakan dalam indetifikasi yang cepat.
Perbenihan indol digunakan untuk melihat kemampuan bakteri mendegradasi asam
amino triptofan secara enzimatik. Hasil uji indol yang diperoleh positif karena
terbentuk lapisan (cincin) berwarna merah muda pada permukaan biakan, artinya
bakteri ini membentuk indol dari tryptopan sebagai sumber karbon, yang dapat
diketahui dengan menambahkan reagen kovaks yang berisi HCl, paradimetil amino
bensaldehid, reaksi asam amino triftophan dengan indole akan menghasilkan
senyawa aminoidal merah.. Asam amino triptofan merupakan komponen asam
amino yang lazim terdapat pada protein, sehingga asam amino ini dengan mudah
dapat digunakan oleh mikroorganisme akibat penguraian protein (Volk dan Wheeler,
2003).Pada hasil praktikum, kedua isolate bakteri menunjukkan reaksi positif
terhadap uji indol dengan perubahan warna menjadi merah ceri setelah
penambahan reagen kovac. Hal ini menunjukkan bahwa isolate bakteri yang diuji
memiliki enzim triptofanase sehingga mampu menghidrolisis asam amino triftophan
membentuk indol berdasarkan reaksi berikut:
Triptophan Indole + asam piruvat + amonia
P-dimethyl benzaldehide (dlm reagen kovaks) + indole Quinoidal red-violet
compound (merah ceri)
Secara struktur, reaksi pada uji indol adalah sebagai berikut:
 Parameter terakhir pada uji SIM adalah uji motilitas. Motilitas adalah salah satu
dari ciri mahluk hidup, begitu pula dengan mikroorganisme, namun alat geraknya
masih sederhana berupa flagella atau cilia. Bakteri melakukan motilitas dengan
menggunakan energi yang diperoleh dari ATP yang diuraikan oleh koenzim ATP-ase
membentuk fosfo anorganik. Media yang dipakai adalah media yang bersifat semi
solid dengan kandungan agar-agar 0,2-0,4% agar bakteri dapat bergerak. Uji
motilitas digunakan untuk mengetahui apakah bakteri yang diamati motil
(bergerak) atau tidak (Pommerville 2007 ; Koneman 2006). Bakteri motil
mempunyai alat gerak berupa flagel, karena ukurannya yang kecil maka terkadang
flagel tidak dapat dilihat dengan mikroskop. Flagela merupakan struktur kompleks
yang tersusun atas bermacam-macam protein termasuk flagelin yang membuat
flagela berbentuk seperti tabung cambuk dan protein kompleks yang
memanjangkan dinding sel dan membran sel untuk membentuk motor yang
menyebabkan flagela berotasi. Flagela berbentuk seperti cambuk. Flagela
digunakan bakteri sebagai alat gerak (Pelczar 2010 ). Pada praktikum dengan stock
kuman dari sampel feses didapatkan hasil motilitas negative, dimana penyebaran
tumbuhnya bakteri yang berwarna putih seperti akar hanya pada bekas tusukan
inokulasi. Sedangkan pada sampel urie didapatkan hasil motilitas positif dengan
terlihat adanya penyebaran yang berwarna putih seperti akar disekitar inokulasi.
Hal ini menunjukan adanya pergerakan dari bakteri yang diinokulasikan, yang
berarti bahwa bakteri ini memiliki flagel (Burrows, 2004).
Berikut ini adalah mekanisme reaksi yang terjadi pada uji motilitas :

Natrium tiosulfat yang merupakan komposisi media SIM ini akan bereaksi
dengan ion hidrogen dari air, dan dengan adanya enzim tiosulfat reduktase, maka
akan dihasilkan ion sulfit dan gas H2S. Gas ini akan bereaksi dengan feri ammonium
sulfat yang datambahkan (sebagai indicator untuk H2S) ke dalam media sehingga
terbentuk FeS yang berwarna hitam. Pembentukan FeS inilah yang diamati sebagai
penunjuk adanya aktivitas motil dari bakteri uji pada tabung yang berisi medium
motility setelah diinkubasikan.
Uji yang keempat adalah uji gula-gula. Uji ini digunakan untuk mengetahui
apakah kuman memfermentasi masing-masing gula (Manitol, Glukosa, Laktosa,
Sukrosa, Maltosa) membentuk asam. Kemampuan memfermentasikan berbagai
karbohidrat dan produk fermentasi yang dihasilkan merupakan ciri yang sangat
berguna dalam identifikasi mikroorganisme. Hasil akhir dari fermentasi karbohidrat
ini ditentukan oleh sifat mikroba, media biakan yang digunakan, serta faktor
lingkungan antara lain pH dan suhu. Media fermentasi harus mengandung senyawa
yang dapat dioksidasi dan difermentasikan oleh mikroorganisme. Uji media gula-
gula ini dilakukan pada 5 tabung terpisah dan ditambahkan tabung durham yang
berfungsi menangkap gas hasil fermentasi sehingga pada akhir pengamatan akan
terdapat gelembung didalam tabung durham jika bakteri memfermentasi gula pada
media uji. Sebagian besar mikroorganisme memperoleh energi dari substrat berupa
karbohidrat yang selanjutnya di fermentasi menghasilkan asam-asam organik
(seperti asam laktat, format, asetat), dengan disertai atau tidak disertai
pembentukan gas. Organisme-organisme yang berbeda akan menggunakan
karbohidrat/gula-gula yang berbeda tergantung dari komponen enzim yang
dimilikinya (McNeil & Harvey 2008). Uji gula-gula ini menggunakan indicator BTB
yang akan mengubah warna media menjadi kuning pada suasana asam karena jika
suatu bakteri memfermentasikan gula akan menghasilkan asam laktat dan CO2
dimana asam laktat ini akan meurunkan pH media menjadi asam sehingga indicator
BTB akan berubah warna menjadi kuning.
Uji gula-gula digunakan untuk melihat adanya pembentukan asam yaitu
dengan adanya perubahan warna indikator (biru bromtimol) yang terdapat dalam
perbenihan menjadi kuning yang sebelum ditanami berwarna biru (indikator biru
bromtimol) serta untuk pembentukan gas, yaitu dengan terlihatnya udara di dalam
tabung peragian/fermentasi (tabung durham). Jenis karbohidrat yang digunakan
pada uji fermentasi karbohidrat antara lain: Sukrosa, Laktosa, Maltosa, Manitol.
Fermentasi merupakan salah satu aktivitas biokimia yang dilakukan oleh mikroba.
Fermentasi adalah proses pengunahan senyawa makromolekul organik menjadi
senyawa yang lebih sederhana oleh aktivitas mikroba pada kondisi anaerob.
Fermentasi dapat menghasilkan berbagai senyawa akhir. Fermentasi adalah
penggunaan piruvat atau derivatnya sebagai aseptor electron untuk mengoksidasi
NADH menjadi NAD+. Glukosa dapat langsung masuk dalam jalur fermentasi tahap
pertama karena sudah merupakan gula sederhana. Sedangkan, sukrosa, laktosa
manitol, dan maltosa akan di hidrolisis terlebih dahulu menjadi monosakarida
penyusunnya. Laktosa dihidrolisis menjadi galaktosa dan glukosa. Monosakarida
jenis manosa dan galaktosa terlebih dahulu akan diubah menjadi glukosa melalui
reaksi epimerisasi. Sedangkan fruktosa akan diubah terlebih dahulu menjadi
fruktosa 6-fosfat dan kemudian fruktosa 6-fosfat diubah menjadi glukosa 6-fosfat.
Glukosa 6-fosfat dan glukosa hasil epimerisasi galaktosa dan manosa akan masuk
dalam tahap awal proses fermentasi untuk menghasilkan asam piruvat, asam asetat
dan CO2 dan kemudian pada tahap kedua fermentasi asam piruvat dan asam asetat
di reduksi kembali oleh atom hidrogen yang dilepaskan dalam tahap pertama,
membentuk asam laktat dan etanol (Volk dan Wheeler, 1993 pada Waluyo 2004).
Perubahan warna medium mejadi kuning disebabkan karena terdapatnya indicator
brom timol blue (BTB) dalam medium. Dimana penambahan indicator BTB ke dalam
medium yang mengalami fermentasi karbohidrat jadi asam dalam keadaan aerob,
maka pH akan turun dan akhirnya indikator BTB ini akan berubah warna menjadi
kuning. serta untuk pembentukan gas, yaitu dengan terlihatnya udara di dalam
tabung peragian/fermentasi (tabung durham)( Bhowmik 2011).
Jenis karbohidrat yang pertama digunakan pada uji asam dari gula dalam
paktikum ini yaitu Glukosa. Glukosa dapat langsung masuk dalam jalur fermentasi
tahap pertama untuk menghasilkan asam piruvat, asam asetat dan CO 2 dan
kemudian pada tahap kedua fermentasi asam piruvat dan asam asetat di reduksi
kembali oleh atom hidrogen yang dilepaskan dalam tahap pertama, membentuk
asam laktat dan etanol (Bamforth 2005). Uji asam dari gula digunakan untuk
mengetahui apakah bakteri uji dapat memfermentasi glukosa membentuk asam
dan gas. Pengerjaan uji asam dari glukosa dilakukan dengan cara aseptik. Setelah
24 jam, dilakukan pengamatan terhadap media dan didapatkan interpretasi hasil
pada media yang diinokulasikan dengan sampel feses dan urine : Positif yang
ditandai dengan perubahan warna media dari biru menjadi kuning sebagai tanda
fermentasi glukosa. Positif gas (+g) : Terjadi perubahan warna media dari biru
menjadi kuning. Artinya bakteri uji memfermentasi gula membentuk asam dan gas
yang diperhitungkan minimal 10% dari tinggi tabung durham(Vos 2009). Reaksi
interpretasi hasil positif perubahan warna dan fermentasi adalah sebagai berikut:
Glukosa asam piruvatasam laktat +CO2+H2O. Pada reaksi tersebut glukosa
yang sudah merupakan monosakarida (gula sederhana) langsung dipecah menjadi
asam piruvat dan membentuk asam laktat, karbondioksida dan H2O pada akhir
reaksi. Asam laktat yang dihasilkan menyebabkan Susana asam dan mengubah
warna meda menjadi kuning.

Jenis gula yang kedua yaitu Manitol, Kandungan dari medium Manitol adalah
pepton, BTB dan manitol. Pada praktikum kedua isolate menunjukkan hasil positif
pada manitol dengan terjadi perubahan warna menjadi warna kuning. Hal ini terjadi
karena bakteri mampu menfermentasikan karbohidrat yang terdapat pada medium
ini menghasilkan asam dan gas. Gula selanjutnya adalah Laktosa dimana gula ini
merupakan suatu disakarida sehingga dalam fermentasi oleh bakteri gula ini
dipecah terlebih dahulu menjadi gula yang lebih sederhana yaitu glukosa dan
galaktosa. Gula yang dalam bentuk monosakarida kemudian akan dipecah menjadi
asam piruvat sehingga bisa difermentasikan oleh bakteri membentuk asam laktat
gas CO2 dan H2O berdasarkan reaksi berikut: Laktosa Glukosa + Galaktosa
Asam Piruvat Asam Laktat+CO2 + H2O. Pada hasil praktikum, media yang
diinokulasikan dengan sampel feses didapatkan hasil uji Positif laktosa dengan
perubahan warna menjadi kuning yang menunjukkan jenis bakteri yang terdapat
pada isolate tersebut dapat memfermentasikan laktosa membentuk asam dan gas
yang termasuk kedalam golongan Lactosa fermenter. Sedangkan pada media yang
diinokulasikan dengan sampel urine didapatkan hasil uji negative dengan tidak
adanya perubahan warna sehingga dapat diinterpretasikan bakteri yang terdapat
pada sampel urine tidak dapat memfermentasikan laktosa sehingga tergolong jenis
bakteri nonlactose fermenter.

Uji selanjutnya bakteri diinokulasikan pada media sukrosa. Dimana gula

sukrosa merupakan suatu disakarida yang dimana dalam fermentasinya akan
dipecah terlebih dahulu menjadi gula yang lebih sederhana yaitu 1 molekul glukosa
dan 1 molekul fruktosa. Dalam bentuk gula sederhana kemudian akan dipecah
kembali menjadi asam firuvat yang akan difermentasi oleh bakteri membentuk
asam laktat, karbondioksida, dan H2O berdasarkan reaksi berikut: Sukrosa
Glukosa+Fruktosaasam piruvat asam laktat + CO2 +H2O. Pada hasil
praktikum pada media yang diinokulasikan dengan sampel feses dan urine tidak
menunjukkan perubahan warna media sehingga dapat diinterpretasikan negative
yang menunjukkan bakteri pada kedua isolate tersebut tidak dapat
memfermentasikan sukrosa. Jenis gula terakhir yang diuji adalah maltose, dimana
maltose merupakan disakarida yang dibentuk oleh dua molekul glukosa dengan
ikatan alfa yang terbentuk berdasarkan reaksi kondensasi. Dimana dua molekul
glukosa tersebut dipecah menjadi asam piruvat dan akan difermentasikan menjadi
asam laktat, CO2 dan H2O. Setelah diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37 isolat
bakteri dari sampel feses menunjukkan hasil positif terhadap uji maltose yang
ditandai dengan perubahan warna media menjadi kekuningan dan terbentuknya gas
pada tabung durham, sehingga dapat diinterpretasikan bakteri yang terdapat dalam
isolate tersebut dapat memfermentasikan maltose. Sedangkan pada bakteri dari
sampel urine negative terhadap uji maltose yang menandakan bahwa bakteri
tersebut tidak dapat mefermentasi maltose.

Proses Diferensiasi kelompok bakteri dilanjutkan dengan uji Tes IMViC ini
digunakan untuk membedakan beberapa bakteri golongan Enterobacteriaceae,
berdasarkan kemampuannya dalam memfermentasi glukosa dan laktosa,
penguraian triptosan yang menghasilkan indole serta adanya enzim sitrat permease
yang mampu menguraikan natrium sitrat dari medium khusus yang digunakan.
Pada uji MR-VP dimulai dari Uji MR dimana uji ini digunakan untuk mendeteksi
bakteri yang memiliki kemampuan untuk mengoksidasi glukosa menghasilkan
produk asam berkonsentrasi tinggi yang stabil sehingga menyebabkan pH media
turun hingga dibawah 4,4 yang ditandai dengan hasil positif, terjadi perubahan
warna menjadi merah setelah ditambahkan Methyl Red. Artinya, bakteri ini
menghasilkan asam campuran (metilen glikon) dari proses fermentasi glukosa yang
terkandung dalam medium MR-VP (Lehninger, 2005). Media yang digunakan adalah
pepton glukosa phosphat. Uji ini digunakan untuk mengetahui adanya fermentasi
asam campuran (metilen glikon). Uji metil merah bertujuan untuk mengetahui
kemampuan suatu bakteri untuk menghasilkan asam-asam campuran, sehingga
dapat mengubah indikator metil merah menjadi merah. Medium yang digunakan
adalah Metil red yang ditambahkan dengan metil merah, hasil positif ditandai
dengan adanya warna merah. Sebagai contoh beberapa jenis bakteri mampu
membentuk asam tetapi tidak cukup banyak untuk mengubah indikator dan
penurunan pH sampai 5,0 , pada umumnya untuk menghambat kelangsungan hidup
mikroorganisme. Sedangkan bakteri seperti E. Coli dapat memberikan hasil
pengujian positif karena dapat menurunkan pengujian positif dan dapat
menurunkan pH sampai di bawah 4,5. Sebaliknya Klebsiella aerogenes mengadakan
dekarboksilasi dan kondensasi asam piruvat untuk membentuk asetilmetilkarbinol,
sehingga pH meningkat, dan bila ditambahkan metil merah warnanya menjadi
kuning hal ini berarti hasil pengujian negatif. Pada praktikum kedua isolate
menunjukkan hasil negative pada uji Metil red dan karena pada praktikum larutan
metil red yang digunakan bersifat jenuh maka hasil pada uji MR tidak digunakan
sebagai acuan.
 Pada percobaan ini, penambahan indikator metil red pada akhir pengamatan
dapat menunjukkan perubahan pH menjadi asam. Metil red akan menjadi merah
pada suasana asam (pada lingkungan dengan pH 4,4) dan akan berwarna kuning
pada suasana basa (pada suasana lebih dari atau sama dengan 6,2). Uji ini berguna
dalam identifikasi kelompok bakteri yang menempati saluran pencernaan, seperti
pada golongan coliform dan enterobacteriaceae. Berikut ini reaksi biokimia yang
terjadi pada penguraian glukosa yang menghasilkan berbagai asam yang mampu
mengubah pH sehingga mampu mengubah warna indicator pada Uji Metil merah :

Uji kemudian dilanjutkan dengan Uji VP Media yang dipakai adalah pepton
glukosa phosphat. Uji Voges-Proskueur digunakan untuk mengidentifikasi
mikroorganisme yang melakukan fermentase dengan hasil akhir 2,3 butanadiol. Bila
bakteri memfermentasikan karbohidrat menjadi 2,3 butanadiol sebagai produk
utama, akan terjadi penumpukan bahan tersebut dalam media pertumbuhan. Pada
uji VP ini dilakukan penambahan 40% KOH dan 5% larutan alfa naftol pada saat
pengamatan. Hal ini dapat menentukan adanya asetoin (asetil metil karbinol), suatu
senyawa pemula dalam sintesis 2,3 butanadiol.Dengan adanya penambahan KOH
40 %, keberadaan setoin ditunjukkan dengan perubahan warna medium menjadi
merah, dan perubahan ini makin jelas dengan penambahan alfa naftol beberapa
tetes. Uji VP ini sebenarnya merupakan uji tidak langsung untuk mengetahui adanya
2,3 butanadiol. Karena uji ini lebih dulu menentukan asetoin, dan seperti yang kita
ketahui bahwa asetoin adalah senyawa pemula dalam sintesis 2,3 butanadiol,
sehingga dapat dipastikan bahwa dengan adanya asetoin dalam media berarti
menunjukkan adanya produk 2,3 butanadiol sebagai hasil fermentasi.

Mekanisme terjadinya reaksi pada Uji Voges-Proskueur dapat digambarkan sebagai

berikut :
 Glukosa + O2 asam asetat 2,3 butanadiol asetil metil karbinol CO2 +H2
Acetylmethyl - carbinol + alpha naftol + KOH 40% Diacetyl + Guanidine dari
peptone.
Hasil positif ditandai dengan terbentuknya cincin merah. Hasil MR dengan VP selalu
bertolak belakang karena suatu bakteri tidak mungkin memiliki dua sifat yang sama
pada satu jenis bakteri.

Dari hasil uji biokimia yang didapatkan bakteri yang terdapat pada dari pada
sampel feses menurut microrao.com adalah Escherecia coli dimana bakteri ini
merupakan bakteri anaerob fakultatif gram negatif berbentuk batang yang
termasuk dalam famili Enterobacteriaceae. Baktei ini merupakan penghuni normal
usus, selain berkembang biak di lingkungan sekitar manusia. Sehingga sering
ditemukan dari sampel feses (Arisman, 2009). Bakteri Escherichia coli mampu
menggunakan triptofan sebagai sumber karbon. E.coli menghasilkan enzim
triptofanase yang mengkatalisasikan penguraian gugus indol dari triptofan. Sesuai
dengan hasil praktikum dimana didapatkan hasil positif pada uji indol, E.coli tidak
dapat menggunakan sitrat sebagai sumber carbon utama sesuai dengan hasil
praktikum didapatkan hasil negative pada uji sitrat, E.coli juga tidak dapat
menghasilkan enzim urease sehingga menunjukkan hasil negative pada uji urea
sesuai dengan hasil praktikum. E.coli dapat memfermentasikan semua jenis gula
kecuali manitol, namun dalam praktikum diperoleh manitol positif dan sukrosa
negative. Hal ini kemungkinan disebabkan oleh kesalahan dalam praktikum atau
analisa yang kurang teapat pada microrao.

Sedangkan bakteri yang terdapat pada sampel urine menurut microrao.com

adalah serratia marcencens, dimana sesuai dengan isolate yang diperiksa
sebelumnya bahwa jenis bakteri target yang diperiksa merupakan golongan
Enterobacteriaceae. Bakteri ini termasuk kedalam klasifikasi Kingdom : Bakteri,
Phylum : Proteobakteri, Class : Gamma Proteobakteri, Marga : Enterobacteriales,
Famili : Enterobacteriaceae, Genus : Serratia, Spesies : Serratia marcescens.
Serratia marcescens adalah suatu jenis bakteri gram negatif sehingga dapat
tumbuh pada media MCA dan EMB pada praktikum sebelumnya, berbentuk basil
(bulat lonjong) dan beberapa galur membentuk kapsul. Bakteri ini termasuk
organisme yang bergerak dengan cepat (motil) karena mempunyai flagela peritrik,
dapat tumbuh dalam kisaran suhu 5 0C-40 0C dan dalam kisaran pH antara 5-9.
Koloni Serratia marcescens pada media agar biasa tidak terbedakan pada hari
pertama atau hari kedua dan kemudian mungkin berkembang menjadi cembung.
Pada suhu kamar, bakteri patogen ini menghasilkan zat warna (pigmen) merah
.Bakteri ini jenis fakultatif anaerobik yang tidak terlalu membutuhkan Oksigen.
(Saputra, 2010).

Aktivitas biokimia Organisme Serratia menfermentasikan mannitol, salisin, dan

sukrosa sedangkan dalam praktikum pada kedua isolate menunjukkan hasil
negative. Hasil fermentasi manitol, salisin dan sukrosa berupa asam dan kadang-
kadang terdapat buih/gelembung. Serratia marcescens dibedakan dari bakteri gram
negatif lainnya karena ia melakukan hidrolisis kasein. Hidrolisis kasein yang
dilakukan Serratia marcescens untuk menghasilkan metalloprotease ekstraselular
yang berfungsi dalam interaksi sel ke matriks ekstraselular. Serratia marcescens
juga menunjukkan adanya triptofan dan degradasi sitrat. Salah satu produk akhir
dari degradasi triptofan adalah asam piruvat. Sitrat dan asetat dapat digunakan
sebagai sumber karbon satus-atunya sedangkan dalam praktikum didapatkan hasil
uji sitrat negative yang kemungkinan disebabkan oleh kesalahan dalam inokulasi.
Banyak galur menghasilkan pigmen merah muda, merah/magenta. Glukosa
difermentasikan dengan atau tanpa produksi gas dengan volume kecil selobiose,
inositol, dan gliserol difermentasi tanpa menghasilkan gas. Kandungan G + C DNA
berkisar dari 53 samapi 59 mol %. Habitat Serratia marcescens banyak ditemukan
di alam terutama di air dan tanah, tetapi beberapa terdapat dalam usus manusia.
Penularannya melalui kontak langsung, tetesan dan dalam beberapa kasus
ditemukan tumbuh pada saluran kencing, pada larutan garam, dan dalam larutan
lain yang semula diduga steril. Dari hasil yang diperoleh dari microrao.com
terdapat banyak uji yang seharusnya positif tetapi diperoleh negative pada
praktikum hal ini kemungkinan disebabkan oleh kesalahan dalam teknik pengerjaan
dan analisa yang kurang tepat dari aplikasi tersebut.

Dalam praktikum terdapat beberapa Faktor Penyebab Kesalahan Identifikasi

Bakteri. Pada kegiatan Identifikasi bakteri ada beberapa faktor yang perlu
diperhatikan yaitu sebagai berikut: Mekanisme Identifikasi dimana hal ini dapat
diatasi dengan memastikan menggunakan kultur murni, Bekerja dari kategori/sifat
yang umum menuju yang spesifik, menggunakan semua informasi yang ada untuk
mempersempit kemungkinan, menggunakan common sense pada setiap langkah,
menggunakan karakter (test) minimal untuk identifikasi, menggunakan bakteri
referen untuk memastikan bahwa kondisi uji di lab valid atau dapat menggunakan
acuan atau literature mengenai bakteri target. Identifikasi, Identifikasi bakteri
secara teori adalah membandingkan bakteri yang belum diketahui dengan bakteri
yang sudah diketahui identitasnya. Sehingga bakteri yang belum diketahui dapat
diidentifikasi dengan benar. Kultur Murni dalam praktikum Bakteri yang diidentifikasi
harus benar-benar berasal dari kultur murni, Isolat bakteri yang didapat dari
medium spesifik, sebaiknya dihindari untuk identifikasi kecuali telah dikultur pada
medium umum. Sebab bakteri yang tidak sepesifik mungkin tumbuh lambat di
medium spesifik, sehingga kemungkinan akan terbawa saat dipindah ke medium
lain. Medium Sesuai Dengan Petunjuk, yaitu dengan cara memastikan medium yang
digunakan belum habis umur teknisnya (expired), pH medium sesuai dengan
petunjuk yang dikeluarkan oleh produsen, Cara pembuatan dan sterilisasi sesuai
dengan petunjuk yang dikeluarkan oleh produsen, Inkubasi pada suhu dan waktu
yang sesuai,Karakter Yang Diuji Mencukupi, Kurangnya karakter yang diuji sering
menimbulkan kesulitan dan ketidak tepatan dalam identifikasi bakteri, Jumlah
karakter yang diuji sebaiknya mengacu pada buku pedoman. Faktor kesalahan yang
biasa terjadi yaitu praktikan yang salah dalam menggoreskan misalnya
penggoresan yang terlalu dalam atau penggoresan yang membuat media rusak dan
kurangnya ketelitian, sehingga pertumbuhan biakan murni tidak didapatkan.
 DAFTAR PUSTAKA

Nama. 2007. IDENTIFIKASI BAKTERI GRAM NEGATIF . tersedia

[https://file:///D:/1.%20Semester%203%20BAG/BAKTERI/13.BAB%20II.pdf]

https://file:///D:/1.%20Semester%203%20BAG/BAKTERI/Appendix.pdf

Ramaisyah. 2011. UJI BIOKIMIA MIKROORGANISME

https://file:///D:/1.%20Semester%203%20BAG/BAKTERI/BAB%20III,,,.pdf diakses 15
oktober 2016

https://file:///D:/1.%20Semester%203%20BAG/BAKTERI/bab%20III.pdf

Waluyo, dkk. 2004. AKTIVITAS BIOKIMIA MIKROORGANISME. Tersedia: [https://

file: ///D:/ 1.%20Semester%203%20BAG/BAKTERI/aktivitas-biokimia-
mikroorganisme.pdf] diakses 15 oktober 2016

www.microrao.com

Catherine D. Luyt. 2012. Microbial Monitoring of Surface Water in South Africa:

An Overview. [online] tersedia:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3447580/ diakses 17 oktober 2016