Isolasi dan Analisis Bakteri Kegiatan dengan antimikroba dari Sponge Laut Haliclona simulans Dikumpulkan dari Irish

Waters

Sampel dari sponge laut Haliclona simulans dikumpulkan dari perairan pantai Irlandia, dan bakteri yang diisolasi dari sampel tersebut. Filogenetik analisis dari isolat berbudaya menunjukkan bahwa empat filum bakteri yang berbeda diwakili; Bacteriodetes, Actinobacteria, Proteobacteria, dan Firmicutes. Isolat bakteri spons yang diuji untuk produksi zat antimikroba, dan aktivitas biologis terhadap bakteri Gram-positif dan Gram-negatif bakteri dan jamur yang ditunjukkan, dengan 50% dari isolat menunjukkan aktivitas antimikroba terhadap setidaknya satu dari strain uji. Pengujian lebih lanjut menunjukkan bahwa antimikroba kegiatan yang diberikan kepada penting patogen Pseudomonas aeruginosa, Clostridium difficile, Staphylococcus multi-resistan terhadap obat aureus, dan patogen strain ragi. The Actinomycetes secara numerik produsen paling berlimpah kegiatan antimikroba, meskipun kegiatan tersebut juga mencatat dari Basil dan Pseudovibrio isolat. Survei untuk Kehadiran potensi antibiotik poliketida sintase encoding dan gen peptida sintetase nonribosomal juga mengungkapkan bahwa gen untuk biosintesis metabolit sekunder hadir dalam filum sebagian bakteri tetapi terutama

umum di kalangan Actinobacteria dan Proteobacteria. Studi ini menunjukkan bahwa sebagian kecil culturable dari bakteri dari spons H. simulans beragam dan muncul untuk memiliki banyak potensi sebagai sumber untuk penemuan medis yang relevan bahan aktif biologis baru. Abstract

Spons laut adalah inang berbagai mikroba. itu peran mikroba ini beragam di bidang biologi spons bervariasi dari pencernaan mikroba sebagai sumber makanan untuk mutualistik simbiosis dengan spons. Untuk hubungan mutualistik, spons diyakini menyediakan tempat berlindung dari predator, sebuah substrat untuk kolonisasi, akses ke sinar matahari untuk fotosintesis mikroba, dan pasokan nutrisi. manfaat usulan dengan spons asosiasi simbiosis mikroba termasuk ketentuan untuk spons fotosintat dan eliminasi metabolik beracun oleh-produk (Taylor et al. 2007). Bioaktif metabolit mikroba penghasil juga diyakini memiliki hubungan simbiosis mutualistik dengan spons, dengan mikroba menghasilkan metabolit yang melindungi spons dari penyakit mikroba dan predasi. Lingkungan laut dan spons khususnya adalah sumber yang kaya baru bioaktif metabolit - lebih dari 200 baru metabolit diisolasi dari spons laut pada tahun 2005 ( Blunt et al . 2007) . Dalam spesies Haliclona , lebih dari 190 metabolit , dengan aktivitas biologis luas , memiliki diisolasi ( Yu et al . 2006) . Ini termasuk senyawa dengan anti - fouling ( Devi et al 1998; . . Sera et al, 2002 ) , antimikroba ( Clark et al , 2001; . . Richelle - Maurer et al, 2001 ) ,

anti jamur ( Barrett et al 1996; . Clark et al, 2001 . ) , antimalaria ( Sakai et al . 1986) , dan kegiatan sitotoksik ( Erickson et al 1997; . Rashid et al, 2000 . ) . Kisaran senyawa yang diisolasi dari Haliclona sp . termasuk steroid , terpenoid , polyacetylenes , alakaloids , peptida siklik , tak jenuh asam lemak , dan poliketida ( Yu et al . 2006) . itu isolasi luas metabolit mikroba khas, seperti sebagai poliketida , dari spons menyebabkan hipotesis bahwa metabolit tersebut sebenarnya produk dari metabolisme mikroba . Isolasi bakteri penghasil metabolit sekunder dari spons dan gen metabolisme sekunder mikroba cluster dari metagenome spons telah menyebabkan penerimaan umum bahwa metabolit ini , dalam banyak kasus , produk dari simbion mikroba dan tidak berasal dari diet mikroba spons ( Fortman dan Sherman 2005) . Mikrobiota spons sangat beragam , dan perwakilan dari tujuh filum bakteri telah diisolasi dari spons ( Taylor et al . 2007) . Namun, dari cultureindependent teknik , diketahui bahwa setidaknya 16 filum bakteri yang dikenal untuk hadir dalam spons ( Taylor et al . 2007) . Untuk isolasi metaboliteproducing sekunder bakteri dari spons , fokus dari banyak peneliti telah di genera diketahui produsen metabolit sekunder , khususnya, Actinobacteria ( Jiang et al 2007; . Kim et al 2005; . Zhang et al 2006. ) . Pendekatan budaya -independen telah menunjukkan bahwa Actinobacteria yang berlimpah dalam spons Rhopaloeides

odorabile dan Xestospongia spp . ( Webster et al, 2001 . ; Montalvo et al . Pendekatan 2005) , dan budaya - dependent telah juga menunjukkan bahwa Actinobacteria dapat diisolasi dari spons tetapi bahwa kelimpahan dan keragaman komunitas actinobacterial diolah bervariasi antara spesies spons ( Zhang et al . 2008) . spons Hymeniacidon perleve ( Zhang et al . 2006) , Stelletta tenuis , dan Halichondria rugosa ( Zhang et al . 2008) , semua dikumpulkan dari Laut Kuning , ditemukan mengandung berlimpah diolah Actinobacteria , sementara spons Reniochalina sp . dan Craniella australiensis , dikumpulkan dari sama lokasi , menghasilkan lebih sedikit Actinobacteria ( Zhang et al . 2008) . Demikian pula , sebuah studi bakteri diolah dari Spons Mediterania ( Muscholl - Silberhorn et al . 2008) ditemukan sejumlah besar diolah Actinobacteria dari dua spesies spons dianalisis tetapi hanya sedikit dari tersisa delapan spesies spons . Analisis aktivitas antibiotik dan metabolit sekunder produksi dari isolat spons telah menyebabkan isolasi bakteri yang memproduksi dikenal bioaktif metabolit seperti manzamine (Hill et al. 2005) dan rifamycin (Kim et al. 2006). Survei antimikroba aktivitas dari isolat spons juga menunjukkan bahwa, sementara kegiatan antimikroba telah diamati dari Actinobacteria (Kim et al 2005;. Muscholl-Silberhorn et al. 2008), kegiatan ini juga dapat hadir dalam -dan Proteobacteria dan Basil (Thakur et al 2005;. Hentschel

et al. 2001; Pabel et al. 2003). The mikrobiologi kekayaan lingkungan spons menunjukkan bahwa kultivasi Penelitian-penelitian ini sangat relevan dan cenderung menghasilkan penemuan mikroba baru dan novel metabolik jalur. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan baik keragaman komponen bakteri dikultur dari Haliclona simulans dan yang dari isolat bakteri diproduksi zat antimikroba berpotensi berguna. Introduction

Koleksi Spons Sampel H. simulans (kelas Demospongiae, ketertiban Haplosclerida, keluarga Chalinidae) dikumpulkan dengan tangan selama menyelam di Gurraig Suara Kilkieran Bay, Mar Biotechnol (2009) 11:384-396 385 Galway, di pantai barat Irlandia, pada kedalaman 15 m (N 53 18,944 ', W 09 40,140'). Sampel spons Utuh yang disimpan dalam air laut pada suhu 4 C dan dibawa ke laboratorium. Budaya Bakteri Sponge - Associated Sekitar 1 cm3 sampel jaringan spons dibilas ekstensif dengan air laut buatan steril , dan dicuci jaringan spons dipotong menjadi potongan-potongan kecil < 1 mm3 dengan steril pisau bedah. Jaringan spons selanjutnya diproses dengan menggiling dengan 3 ml air laut buatan steril dalam Potter - Elvehjem jaringan penggiling . Ekstrak spons serial diencerkan air laut buatan untuk 10-6 , dan 100 ml aliquot yang berlapis keluar ke media isolasi . Media isolasi yang digunakan adalah starchyeast ekstrak - pepton air laut ( SYP - SW ) agar [ 1 % ( b / v )

pati , 0,4 % ( b / v ) ekstrak ragi, 0,2 % ( b / v ) pepton , 3,33 % ( b / v ) buatan laut Samudera Merek garam - Instan , 1,5 % ( b / v ) agar ] , Agar Kelautan [ 0,1 % ( b / v ) ekstrak ragi, 0,5 % ( b / v ) tryptone , 3,33 % ( b / v ) buatan laut Samudera garam - Instan Brand, 1,5 % ( b / v ) agar) , Modified Agar Laut ( 0,005 % ( b / v ) ekstrak ragi, 0,05 % ( b / v ) tryptone , 0,01 % ( b / v ) gliserol fosfat disodium garam, pentahydrate , 3,33 % ( b / v ) buatan laut Samudera Merek garam - Instan , 1,5 % ( b / v ) agar ] , Actinomycete Isolasi Seawater Agar [ 2,2 % ( b / v ) Difco Actinomycete Isolasi Agar, 0,5 % ( v / v ) gliserol , 3,33 % ( b / v ) buatan laut garam - Instan Samudera Merek ] , dan NaST21Cx ( Magarvey et al . 2004) . amfoterisin B ( 30 mg / mL ) ditambahkan untuk menghambat pertumbuhan jamur , dan piring dibuat dengan dan tanpa asam nalidiksat ( 25 mg / mL ) . Pelat diinkubasi pada suhu 28 C sampai 8 minggu .

Koloni diambil dari piring isolasi dan restreaked ke SYP-SW agar, kultur murni diperoleh dengan ulang adanya goresan dari koloni tunggal, minimal dua kali dari pelat yang secara visual dinilai tidak dari budaya tunggal. untuk pelestarian jangka panjang, budaya yang tumbuh pada suhu 28 C di SYP-SW kaldu, gliserol ini ditambahkan dengan 15%, dan sampel dibekukan pada -80 C. Spora dari bakteri bersporulasi juga diawetkan dengan resuspension di 20% (v / v) gliserol dan penyimpanan -20 C. Persiapan Ekstrak Kebudayaan dan Disc Antibiotik Budaya Bibit dibuat dengan inokulasi koloni

isolat bakteri spons ke dalam 5 ml SYP - SW kaldu dan inkubasi pada suhu 28 C dengan gemetar selama 3 hari . satu mililiter budaya ini biji digunakan untuk menyuntik 50 ml SYPSW kaldu dalam labu kerucut 250 ml . Ini diinkubasi pada suhu 28 C dengan gemetar selama 10 hari . Untuk persiapan ekstrak , sel-sel bakteri dihapus oleh sentrifugasi pada 3.000 g selama 15 menit atau dengan penyaringan jika langkah sentrifugasi tidak mengakibatkan pembentukan pelet padat . sebuah alikuot ( 5 ml) menjelaskan kaldu kultur dihapus karena langsung analisis . Untuk sisa kaldu , 2 g XAD - 16 resin ditambahkan , dan suspensi ini terguncang selama 2 jam untuk memungkinkan pengikatan senyawa hidrofobik dengan resin . itu manik-manik resin dikumpulkan dan dicuci dengan air . Senyawa teradsorpsi dielusi dari resin berurutan dengan 50 % metanol ( 5 ml ) , 100 % metanol ( 5 ml ) , dan 100 % etilasetat ( 5 ml ) . Ekstrak sel disiapkan dengan re - suspensi pelet sel bakteri dalam 10 ml 50 % metanol dan gemetar selama 1 jam dengan puing-puing sel dihapus oleh sentrifugasi seperti di atas . Semua ekstrak disimpan di ruang Suhu dalam gelap . Prosedur ini ditingkatkan untuk memproses 800 ml kaldu budaya . Dalam kasus ini , 2 400 ml budaya ( dalam 1 l labu Erlenmeyer ) masing-masing diinokulasi dengan 10 ml kultur benih dan diinkubasi pada suhu 28 C dengan gemetar selama 12 hari . Sel bakteri dihapus oleh filtrasi , dan 30 g resin XAD - 16 telah ditambahkan ke budaya kaldu . Suspensi ini terguncang selama 2 jam untuk memungkinkan mengikat resin . Resin dikumpulkan dalam kolom

dan dicuci dengan 100 ml air . Ekstrak dielusi berurutan dengan 50 ml metanol 50% , 50 ml 100 % metanol , dan 50 ml etil asetat . Isolasi DNA genom dari Isolat Dua prosedur yang digunakan untuk isolasi DNA genom dari isolat bakteri , sel-sel bakteri dari kultur 3 - ml tumbuh selama 24-72 jam dalam SYP - SW diolah dengan menggunakan Qiagen DNeasy darah dan jaringan kit , sedangkan untuk tersangka Actinobacteria , versi skala kecil yang cetyltrimethylammonium Prosedur bromida untuk isolasi genom DNA dari Streptomycetes digunakan ( Kieser et al . 2000) . Amplifikasi 16S ribosomal RNA Partial , poliketida Sintase , dan Nonribosomal Peptida Synthase Gene produk DNAwas Genomic digunakan sebagai template untuk berantai polimerase reaction (PCR ) amplifikasi . Untuk 16S ribosom RNA ( rRNA ) amplifikasi gen , primer 27f ( 5' - AGAGTTTGATCMTGGCTCAG 3 ' ) dan 1492r ( 5' - TACGGYTACCTTGTTACGACTT 3 ' ) digunakan ( Lane 1991) . PCR dilakukan dengan ketentuan sebagai berikut : awal denaturasi pada 94 C selama 3 menit, diikuti dengan 30 siklus 94 C selama 1 menit , 50 C selama 1 menit , dan 72 C selama 2 menit , dengan ekstensi akhir 72 C selama 7 menit . Untuk synthase poliketida ( PKS ) amplifikasi PCR , primer MDPQQRf ( 5' RTRGAYCCNCAGCAICG - 3 ' ) dan HGTGTr ( 5' VGTNCCNGTGCCRTG - 3 ' ) ( Kim et al . 2005) yang digunakan . Untuk nonribosomal peptida sintase ( NRPS ) PCR amplifikasi ,

primer DKF ( 5'GTGCCGGTNCCRTGNGYYTC - 3 ' ) dan MTR ( 5' - GCNGGYGGYGCNTAYGTNCC - 3 ' ) yang digunakan ( Neilan et al . 1999) . Dua kondisi digunakan untuk baik PKS dan NRPS PCR . Untuk amplifikasi PKS dan Fragmen gen NRPS dari tinggi kandungan DNA GC ( misalnya , dari Actinomycetes ) , 10 % dimetil sulfoksida disertakan dalam campuran reaksi , dan kondisi berikut digunakan : denaturasi awal pada 95 C selama 5 menit , diikuti dengan sepuluh siklus 95 C selama 30 detik , 60 C selama 30 detik , dan 72 C untuk 1,5 menit , dengan suhu pendinginan dikurangi dengan 2 C per siklus , diikuti oleh 30 siklus 95 C selama 30 detik , 40 C selama 30 detik , dan 72 C selama 1,5 menit , dengan perpanjangan terakhir 72 C selama 7 menit . Untuk semua amplifikasi lain, berikut kondisi yang digunakan : denaturasi awal pada 95 C selama 5 menit , diikuti oleh sepuluh siklus 95 C selama 30 detik , 65 C selama 30 s , dan 72 C selama 1,5 menit , dengan suhu anil dikurangi dengan 2 C per siklus , diikuti oleh 30 siklus 95 C selama 30 detik , 45 C selama 30 detik , dan 72 C selama 1,5 menit , dengan akhir extension 72 C selama 7 menit . Dalam semua kasus , campuran reaksi ( 50 ml ) mengandung trifosfat deoxyribonucleotide ( 0,2 mM masing-masing) , 1 penyangga reaksi ( 20 mM Tris pH 8,4 , KCl 50 mM ) , MgCl2 ( 1,7 mM ) , primer ( 0,1 M masing-masing) , dan Taq DNA polymerase ( 1,25 unit , semua reagen PCR dibeli dari Bioline ) . Produk PCR dianalisis dengan elektroforesis agarosa gel . Sequencing dan Analisis filogenetik dari 16S rRNA Partial gen Produk PCR dimurnikan dengan ekstraksi gel Qiaquick

kit ( Qiagen ) dan diurutkan secara langsung menggunakan 27f primer ( sequencing dilakukan oleh GATC Biotech , Konstanz , Jerman ) . 16S rRNA urutan gen dianalisis menggunakan BLAST ( Altschul et al . 1997) untuk mengidentifikasi terdekat tetangga bakteri . 16S rRNA urutan gen yang selaras dan pohon filogenetik tetangga - bergabung dibangun menggunakan MEGA 4 ( Tamura et al . 2007) . bootstrap tes dilakukan 1.000 kali menggunakan MEGA 4 . Kloning , Sequencing , dan Analisis filogenetik Parsial PKS Gen Produk PCR dimurnikan menggunakan Qiaquick Gel Ekstraksi Kit ( Qiagen ) dan subcloned menggunakan PCR Qiagen Kloning Kit . Plasmid yang berisi produk PCR dimurnikan menggunakan Qiaprep spin miniprep Kit dan sequencing menggunakan primer T7 promotor oleh GATC Biotech . Urutan DNA dianalisis dengan menggunakan BLAST dan Analisis BlastX maupun BlastN ( Altschul et al . 1997) . Pemeliharaan Indikator Strain Strain Indikator aktivitas antimikroba adalah Escherichia coli NCIMB12210 , Bacillus subtilis 1A40 ; Candida glabrata CBS138 , Listeria monocytogenes strain F2365 dan EGDE , methicillin-resistant S. aureus strain ST544 , ST528 , ST295 , ST299 dan , vankomisin - sensitif S. aureus ( VISA ) strain 35.403 , 35.197 , 32.681 , 32.679 , 32.647 , dan 32.682 , heterogen vankomisin -insensitive S. aureus ( hVISA ) 22900 , Streptococcus pneumoniae TIGR ; Bacillus cereus FLP1 , vankomisin - tahan enterococci

( VRE ) strain EC289 , EC292 , EC295 , EC533 , EC571 , dan EC618 , C. difficile strain ATCC43593 , DPC6357 , DPC6360 , DPC6361 , DPC6356 , DPC6353 , DPC6355 , DPC6507 , DPC6537 , DPC6538 , DPC6539 , dan DPC6535 . Strain indikator dikultur sebagai berikut : E. coli dan B. strain subtilis ditumbuhkan dalam Luria -Bertani ( LB ) pada 37 C. C. glabrata ditumbuhkan pada agar ragi pepton D - glukosa ( YPD ) . C. difficile isolat dipelihara rewel Agar anaerob ( Lab M ) mengandung 7,5% defibrinated kuda darah dan Diperkuat Clostridium Menengah ( Merck ) pada 37 C. L. monocytogenes strain ditanam di otak hati infus ( BHI ) broth pada 37 C. MRSA , VISA , dan strain hVISA diinkubasi pada suhu 37 C dalam Mueller Hinton Kaldu aerobik . Strain VRE ditumbuhkan dalam BHI pada 37 C. S. pneumoniae TIGR dikultur dalam BHI dan tumbuh anaerob pada suhu 37 C. B. cereus dikultur di BHI dan tumbuh pada suhu 30 C. MRSA dan VRE strain diberikan oleh Masyarakat Inggris of Antimicrobial Chemotherapy . VISA dan strain hVISA yang bersumber dari Bristol Centre for Penelitian antimikroba dan Evaluasi . C. difficile strain berasal dari koleksi di Teagasc , Moorepark dan kode DPC XXXX . Semua jenis lainnya berasal dari University College Cork koleksi kultur . Tes Antagonisme ditangguhkan Aktivitas antimikroba dinilai oleh awalnya ditangguhkan tes antagonisme diikuti oleh tes difusi cakram dalam kasus-kasus tertentu . Untuk tes antagonisme ditangguhkan , 5 ml

volume budaya yang akan diuji yang terlihat pada SYPSW pelat agar pada suhu 28 C sampai koloni ~ 0,5-1 cm diameter ( ini bervariasi dari 2 sampai 6 hari tergantung pada saring menjadi diuji ) . Untuk E. coli dan B. subtilis , ini adalah overlayed dengan 10 ml agar lembut LB ( 1,5 % b / v ) seeded dengan 50 ml budaya semalam dari target yang relevan saring . Untuk C. glabrata , tersebut overlayed dengan 10 ml Agar lembut YPD ( 1,5 % b / v ) dengan unggulan 50 ml dari budaya semalam. Untuk B. cereus , L. monocytogenes , S. pneumoniae , MRSA , dan VISA strain , tersebut overlayed dengan 20 ml BHI atau agar Mueller-Hinton lunak ( 1,5 % b / v ) unggulan dengan 50 ml dari budaya semalam dari regangan sasaran yang relevan . Untuk Pseudomonas aeruginosa , 100 ml budaya semalam bakteri spons yang terlihat pada Pelat agar SYP - SW dan diinkubasi pada suhu 30 C selama 3 hari . Kemudian piring dilapis dengan 5 ml agar lembut BK 0,5 % ( b / v ) yang mengandung P. aeruginosa diencerkan ke final Mar Biotechnol ( 2009) 11:384-396 387 OD600 dari 0,1 . Pelat diinkubasi semalam bawah kondisi optimal dan diperiksa untuk mengidentifikasi kasus di mana zona inhibisi yang jelas . Tes difusi disk dilakukan dengan cakram disiapkan seperti dijelaskan di atas . Strain uji dewasa semalam di media yang tepat sebelum diencerkan 1:100 dalam kaldu cair untuk mencapai konsentrasi akhir dari ~ 107 CFU ml - 1 . Kultur tersebar di permukaan agar-agar pilihan menggunakan manik-manik kaca steril , dan piring

dibiarkan kering oleh udara dalam aliran laminar kabinet selama 20 menit . Potensi antimikroba yang mengandung cakram yang aseptik ditempatkan ke permukaan plate agar diinokulasi . itu Pelat diinkubasi selama 18 sampai 36 jam , dan zona pertumbuhan penghambatan dicatat. Disc diresapi dengan metanol dan etil asetat juga digunakan untuk tujuan pengendalian . Deteksi Inhibitor Permukaan - Lampiran Isolat spons diinokulasi menjadi 10 ml SYP - SW kaldu dan diinkubasi pada suhu 30 C selama 11 hari dengan gemetar . The kaldu diklarifikasi dengan sentrifugasi ( 10 menit pada 4.500 g) siap diklarifikasi kaldu . Budaya semalam P. aeruginosa Strain PAO1 diencerkan ke OD600 dari 0,25 di LB kaldu , dan 100 ml dari budaya diencerkan digunakan untuk menyuntik sumur piring 96 sumur ( Sarstedt , USA ) . kaldu Klarifikasi ( 100 ml ) dibuat dari bakteri spons yang berbeda yang juga ditambahkan ke piring 96 - baik . Sel diizinkan untuk mematuhi ke sumur statis pada 37 C selama 1 jam . Selanjutnya , sumur bernoda dengan penambahan 100 ml 0,5 % ( b / v ) kristal violet selama 15 menit pada suhu kamar . Plat dibilas dengan air untuk menghilangkan sel terikat dan dibiarkan kering , setelah itu 250 ml etanol 96 % ditambahkan ke masing-masing baik untuk membubarkan kristal violet . Kepadatan optik pada 570 nm diukur untuk mendeteksi jumlah relatif sel terpasang . Isolasi Bakteri Total unit pembentuk koloni untuk setiap media isolasi dibandingkan 4 hari setelah inokulasi awal. koloni

yang paling berlimpah di SYP-SW media (~ 2.4 106 g-1 spons) dengan titer terendah di Seawater Isolasi actinomycete Agar (AIA-SW) (~ 6 105 g-1 spons). Secara umum, penambahan asam nalidiksat kepada media menghasilkan 50% pengurangan unit pembentuk koloni (CFU, CFUs tidak bisa secara akurat dihitung NaST21Cx). maksimum Jumlah bakteri dari 2,4 106 g-1 jaringan spons tidak konsisten dengan perkiraan bakteri> 108 g-1 untuk high-microbialabundance spons atau bacteriosponges, dengan asumsi bahwa komponen mikroba culturable adalah <1% seperti yang banyak diperkirakan bagi banyak relung lingkungan (Amann et al. 1995). filogeni Bakteri dijemput , dan 52 isolat yang dipilih untuk analisis lebih lanjut pada basis keragaman warna koloni , ukuran, dan morfologi , dengan penekanan khusus pada isolasi bersporulasi atau bakteri yang berpotensi berserabut untuk isolasi Actinobacteria . Bakteri yang dipilih ( Tabel 1 ) tidak karena sampel yang representatif dari mikrobiota culturable spons . analisis filogenetik (Gambar 1 ) menunjukkan bakteri terisolasi untuk menjadi anggota empat bakteri filum ( - dan - Proteobacteria , Firmicutes , Actinobacteria , dan Bacteroidetes ) dan 12 genera bakteri . paling umum di antara isolat tersebut pengelompokan dengan Streptomycetes ( 19 ) , Pseudoalteromonads ( 12 ) , Halomonads ( 5 ) , Pseudovibrio ( 4 ) , dan Basil Tahan ( 3 ) . Prevalensi Streptomycetes actinobacterial antara isolat bertanggung karena pemilihan bakteri bersporulasi dan tidak

menyiratkan bahwa mereka adalah kelompok culturable dominan bakteri . Para Pseudoalteromonads - proteobacterial , bagaimanapun, akan cenderung tidak diperkaya dengan proses seleksi dan mungkin kelompok yang paling dominan tunggal culturable bakteri dari spons . Pseudoalteromonads juga ditemukan kelompok ditanami paling umum di akhir Studi bakteri spons terkait dari Norwegia pantai ( Dieckmann et al . 2005) . Analisis filogenetik, berdasarkan 16S rRNA gen keberpihakan, menunjukkan bahwa sebagian besar isolat bakteri dibagi Identitas% 99 dengan spesies yang dikenal, namun, satu kelompok Bakteri Streptomycete terkait, SM15, dan Bacillusrelated lain bakteri, BC3, berbagi identitas hanya 97% dengan mereka tetangga terdekat oleh pencarian BLAST. Salt Preferensi Semua strain dianalisis diisolasi pada media yang mengandung 100% air laut buatan. Air laut preferensi semua strain dianalisis, dan ditemukan bahwa 30 dari 52 strain memiliki persyaratan mutlak untuk air laut. Persyaratan ini termasuk semua keluar -Proteobacteria dan 17 dari 21 -Proteobacteria. Di antara Actinobacteria, hanya empat dari 20 memiliki kebutuhan garam mutlak, meskipun tambahan delapan strain dipamerkan preferensi yang kuat untuk garam, dengan memperhitungkan efek pada pertumbuhan dan sporulasi (Tabel 1). bioaktivitas Semua strain terisolasi awalnya diuji untuk antimikroba aktivitas menggunakan lempeng agar tes overlay. hasil