Mekanisme Dasar Penyakit

BIOKIMIA

dr. Jangki Hashumal Bagian Biokimia FK Unhas

Pendahuluan
Biokimia

merupakan ilmu pengetahuan yang mempelajari unsur-unsur kimia pembentuk sel hidup dan berbagai reaksi serta proses yang dijalaninya. Bersifat disiplin dan interdisiplin.

Ruang Lingkup Biokimia

Biologi Biologi

sel molekuler

enetika molekuler

Hubungan Biokimia! enetika! dan Biologi "olekuler

Fungsi

Proteinn

Gen

Bahasan Utama #lmu Biokimia

$%. "empelajari struktur kimia komponen& komponen makhluk hidup dan hubungan dengan fungsi biologisnya. '%. "empelajari metabolisme (reaksi&reaksi kimia yang terjadi di dalam tubuh%. (%. "empelajari molekuler genetik (proses dan substansi kimia yang terlibat dalam ekspresi informasi genetik%.

"akna Biomedis Umum

"emahami

berbagai kondisi fisiologis dalam tubuh manusia keadaan menyimpang dari kondisi fisiologis )mekanisme dasar suatu penyakit%. *asar pemeliharaan kesehatan "embantu menegakkan diagnosis dan meran+ang terapi efektif serta follo, up.

Hubungan Biokimia dgn #lmu Kedokteran

.sam /ukleat Protein

B#-K#"#.

Lipid

Karbohidrat

Penyakit enetik

.nemia 0el 0abit

.tero& sklerosis

*iabetes "ellitus

#L"U K1*-K21R./

B#-K#"#. 01B. .# *.0.R "1K./#0"1 P1/3.K#2

0istem muskuloskeletal4 angguan sintesis kolagen )penyakit scurvy akibat defisiensi 5itamin 6%! gout )degradasi purin berlebih%! osteoartritis! ataupun kelainan genetik tulang dan sendi lainnya )kelainan komponen matriks ekstraseluler%. 0istem 1H4 angguan en7im pen+ernaan! gangguan metab. empedu! dll 0istem imun4 .gammaglobulinemia 0istem neuropsikiatri4 angguan neurotransmiter )ketidakseimbangan neurotransmitter pada parkinson%! gangguan .6h pada meastenia gra5is 0istem metabolisme&endokrin4 angguan metabolisme lipoprotein )pembentukan aterosklesosis%! *"! hipertiroid Pengaturan keseimbangan asam basa yang melibatkan sistem respirasi dan ginjal Hematologi4 Kelainan sintesis&degradasi Hb dan metabolisme 0*" 1kskresi sisa metabolisme )amonia! urea! asam urat! dan lainnya% eriatri4 proses penuaan akibat proses degeneratif.

Beberapa +ontoh interelasi biokimia dasar dengan klinik

Kepentingan Klinik Biokimia Dasar "etabolisme karbohidrat dan mekanisme kontrolnya Katabolisme asam amino! siklus urea! fungsi hati "etabolisme lipid dan lipoprotein "etabolisme lipid dan lipoprotein 0intesis protein! fungsi hati Pembekuan darah dan sintesis protein Kinetika en7im! elektroforesis! en7yme assay Kinetika en7im! elektroforesis 0truktur dan replikasi */. Biokimia sistem endokrin Katabolisme asam amino dan inheritance of disease Ketogenesis "etabolisme nukleotida purin "etabolisme kalsium *egradasi hem dan fungsi hati 1n7yme assay! proses metabolisme yang berlangsung di hati "etabolisme 6$! metabolisme kreatinin otot Homeostasis glukosa lukosa darah Urea serum Kolesterol serum .sam lemak serum .lbumin serum Protrombin time Laktat dehidrogenase Kreatin kinase .nalisis */. 2iroksin dan 20H serum Fenilalanin Badan keton .sam urat serum Kalsium serum Bilirubin serum 2es fungsi hati Kreatinin plasma8urine Hemoglobin .$6

Komposisi elemen rata&rata tubuh manusia )dry weight basis%

Elemen 6 H / 6a P K % 9: ': $: ;!9 < '!9 $ Elemen 0 /a 6l "g Fe "n # % :!; :!< :!< :!$ :!:$ :!::$ :!::::9

 BiomolekulSenyawa

PenyusunFungsi Utama */. )*eoksinukleotida%= "ateri genetik R/. )Ribonukleotida%= 2emplate )+etakan% untuk sintesis proteinProtein.sam&asam amino"olekul yang melakukan berbagai fungsi! misalnya en7im! elemen kontraktil! hormon! dll. Polisakarida )glikogen% lukosa0uplai dan simpanan8+adangan energi Lipid.sam&asam lemak! gliserol! dllBeraneka ragam! misalnya= komponen membran dan simpanan energi jangka panjang sebagai triasilgliserida

Proses&proses biokimia,i antara lain=

Pembentukan8sintesis struktur tubuh beserta fungsinya )membran sel! matriks ekstraseluler seperti kolagen serta protein struktural lainnya! dan lain&lain%. 0intesis senya,a fungsional serta akti5itas fisiologisnya )protein transpor seperti hemoglobin atau lipoprotein! protein kontraktil seperti aktin atau miosin! protein plasma! berbagai hormon! berbagai en7im! antibodi! neurotransmitter seperti asetilkolin atau epinefrin! dan lain&lain%. Penyimpanan dan penggunaan energi serta interaksi berbagai 7at gi7i )metabolisme bahan makanan yang meliputi anabolisme seperti biosintesis trigliserid atau glikogenesis dan katabolisme seperti glikolisis! glikogenolisis! atau lipolisis%.

Pengaturan8kontrol berbagai proses dan respon tubuh terhadap perubahan fisiologis8patologis )peranan en7im dan hormon! pengaturan keseimbangan asam basa! reaksi asam arakidonat akibat inflamasi! dan lain&lain% Pembuangan sisa metabolisme dan senya,a tidak berguna8bera+un serta detoksifikasi )siklus urea! asam urat! netralisasi radikal bebas seperti H'-'! dan lain& lain%. Proses penyampaian informasi genetik dan siklus sel )sintesis protein yang meliputi transkripsi! translasi! dan tahapan pembelahan sel%

Protein
Proteios:

>yang pertama> atau >yang sangat

penting>. Kelompok senya,a organik kompleks! yang mengandung unsur 6! H! -! / dan biasanya mengandung pula unsur 0 serta P. Penting pada struktur ? fungsi semua sel hidup Berat molekul tinggi! terdiri atas asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida.

Beberapa Fungsi Protein

Membentuk dan mempertahankan struktur (stabilitas mekanik organ dan jaringan seperti kolagen dan histon). Transpor (hemoglobin, albumin, serum, dan kanal ion). Perlindungan dan pertahanan (imunoglobulin, mekanisme pembekuan darah seperti fibrinogen). Pengendali dan pengatur (pemba,a sinyal seperti proteohormon atau sebagai reseptor%. atalisator (en!im). Pergerakan (aktin dan miosin). Penyimpanan (protein otot! feritin%.

& 0truktur dasar asam amino

& Bentuk 7,itterion asam amino

.tom hidrogen

ugus amino

H O @ A ugus karboksil H ! " # " # " OH $ B&karbon %

Rantai samping

Be&erapa #onto' (sam (mino)

(lanin *(la+(, &ersi-at netral, nonpolar

(sam Glutamat *Glu+E, &ersi-at asam, polar

Histi.in *His+H, &ersi-at, &asa polar

Struktur Protein

Heliks-

Pembentukan ikatan disulfide melalui oksidasi (( sistein

Interaksi rantai sisi AA melalui ikatan hidrogen dan ikatan ionik

Lembar-

Interaksi hidrofobik antara AA dgn rantai sisi nonpolar

En/im
"erupakan

protein4 +iri dan sifat protein berlaku bagi en7im! tidak berlaku sebaliknya. Lebih dari setengah jumlah protein yang ada. Bersifat katalis karena mampu mengaktifkan senya,a lain se+ara spesifik )"i#on dan $ebb%. "enjamin agar ke+epatan reaksi berjalan sesuai dengan kebutuhan sel dalam kondisi fisiologis.

Karakteristik 1n7im
"eningkatkan

ke+epatan reaksi&reaksi biokimia dalam tubuh8sel hingga jutaan kali lipat. 0angat spesifik terhadap reaksi yang dikatalisisnya dan terhadap reaktan )substrat% *iregulasi dari stadium yang rendah akti5itasnya menjadi berakti5itas tinggi atau sebaliknya.

Beberapa 0ifat 1n7im

2idak

mengubah keseimbangan reaksi kimia "emper+epat reaksi tanpa berubah. Bekerja dengan +ara mengurangi sa,ar energi )C D% Biokatalisator ini tidak mengubah perbedaan energi bebas )C % antara reaktan dan produk tidak mempengaruhi hasil reaksi. *ipengaruhi oleh suhu! pH! jumlah substrat! dan inhibitor

0a1u reaksi pa.a &er&agai kea.aan

Kea.aan 2ransisi Kea.aan 2ransisi Energi &e&as Su&strat Pro.uk 0a1u reaksi 0a1u reaksi 3G4 Kea.aan 2ransisi Energi &e&as Su&strat 3G4

Energi &e&as Su&strat

3G4

Pro.uk 0a1u reaksi

3G Pro.uk

Energi bebas dalam reaksi yang tidak dikatalisis

Energi bebas dalam reaksi yang dikatalisis

Perubahan energi bebas selama berlangsungnya reaksi

Kelas2ipe reaksi yang .ikatalisisSu&kelas yang penting-ksido& reduktase"engkatalisi pe&mindahan ekui5a&len pereduksi an&tara dua sistem redoks*ehidrogenase! -ksidase! peroksidase! reduktase! monooksigenase! dioksigenase2ransferase"engkatallisis pe&mindahan gugus&gugus lainnya dari satu molekul ke molekul yang lain6$&transferase! glikosiltransferase! aminotransferase! fosfotransferaseHidrolase"emindahkan gu&gus&gugus dengan molekul air sebagai akseptornya1sterse! glikosidase! peptidase! amidaseLiase )sintase%"engkatalisis peme+ahan atau pembentukan ika&tan kimia disertai pembentukan atau pemutusan ikatan rangkap 6&6&liase 6&-&liase6&/&liase6&0& liase#somerase"enggeser posisi gugus&gugus di da&lam satu molekul tanpa mengubah rumus kimia substrat 1pimerse! +is&trans& isomerase! intramolekuler transferaseLigase )sintetase%"enggabungkan dua molekul de&ngan mengguna&kan energi yang dilepaskan pada hidrolisis ikatan pirofosfat dari senya,a fosfat berenergi tinggi6&6&ligase 6&-&ligase6&/&ligase6& 0&ligase

 Pengikatan

ligan ke protein Untuk melaksanakan fungsinya banyak protein mengikat bahan atau 7at lain yang dikenal sebagai ligan. Bahan&bahan ini beragam! berkisar dari ion sampai koen7im yang kompleks )bergantung pada fungsi fiologik protein itu sendiri%! dan bahan&bahan ini masuk dengan pas ke dalam kantong dan +elah khusus pada protein. Protein yang mengikat ligan disebut apoprotein. Protein beserta ligan yang terikat kepadanya disebut holoprotein.

Klasifikasi dan tata nama en7im disusun oleh %nternational &nion of 'iochemistry )#UB% sebagai (n!im )omenclature $EE'. Berdasarkan kon5ensi tersebut! setiap en7im memiliki nomor tersendiri dan nama formal yang berakhiran dengan *ase. "asing& masing en7im ditulis dengan empat angka )nomor (+4 (+, en!yme comission% dalam suatu >katalog en7im>. Keempat angka tersebut berturut&turut adalah nomor kelas! subklas! sub&subklas dan nomor en7im tersebut pada sub&subklasnya. 6ontoh = 16 $.$.$.'F yang menunjukkan laktat dehidrogenase. 2ata nama baku en7im berguna untuk men+egah makna ganda dari suatu en7im yang ditulis dengan nama umumnya. /amun kekurangannya adalah penamaan tersebut bersifat kurang praktis. Pada tulisan&tulisan tentang biokimia! en7im seringkali dituliskan dengan menggunakan nama umumnya. Penamaan ini berdasarkan akti5itas en7im tersebut. 6ontoh = heksokinase! en7im ini memiliki nama resmi .2P=*&heGose H&fosfotransferase dengan nomor klasifikasi '.F.$.$. *i samping itu terdapat pula en7im&en7im yang pada penamaannya tidak berakhiran *ase. 6ontoh= pepsin! tripsin! kimotripsin! dan trombin.

inetika En!im Kinetika en7im adalah ilmu yang mempelajari sifat ke+epatan reaksi yang dikatalisis oleh en7im. Ke+epatan reaksi en7imatik sebagian diatur oleh konsentrasi en7im dan konsentrasi substratnya. Ke+epatan berlangsungnya suatu reaksi diukur berdasarkan penurunan konsentrasi reaktan atau peningkatan konsentrasi produk. Bila diproyeksikan ke dalam grafik akan memberi bentuk grafik hiperbolik! dimana ke+epatan reaksi mula&mula meningkat lambat laun tidak terdaji lagi peningkatan )konstan%. ) ambar $(%.

*asar persamaan "i+haelis&"enten adalah pada reaksi yang dikatalisis oleh en!im, en!im berikatan dengan substratnya membentuk kompleks en!im-substrat ((.), yang kemudian dapat pecah men/adi en!im dan substrat atau men/adi en!im dan produk. k$ k' 1I0 10 1IP k&$ )$% "enurut dasar persamaan "i+haelis&"enten! terjadi peningkatan Ji bila K0L dinaikkan! sebab terjadi peningkatan jumlah 10 yang terbentuk. Pada Jmaks! semua en7im terikat pada komples 10. *engan menggunakan dasar di atas! diturunkan persamaan sebagai berikut. Jmaks K0L Ji M K0L I )k&$ I k'% k$ )'% k$! k'! dan k&$ adalah konstante ke+epatan reaksi parsial. Bila rasio konstante tersebut ditetapkan sebagai konstante "i+haelis )Km%! yaitu = k&$ I k' Km M k$ )(% 0elanjutnya persamaan di atas menjadi = Jmaks K0L Ji M K0L I Km )<% /ilai Km dapat diketahui dengan meme+ahkan persamaan "i+haelis&"enten untuk beberapa konsentrasi substrat. 0ehingga pada K0L sama dengan Km! maka ke+epatan a,al )Ji% adalah setengah dari J maks. Jadi dapat dikatakan! Km adalah konsentrasi substrat yang menyebabkan kecepatan reaksi yang dikatalisis en!im sama dengan setengah dari kecepatan maksimal ) ambar $9%.

Pada keadaan di mana Jmaks sukar ditentukan se+ara tepat terhadap ke+epatan dan konsentrasi substrat sehingga Km tidak dapat ditentukan! yaitu pada keterbatasan kelarutan substrat! maka persamaan "i+haelis&"enten yang menunjukkan kur5a hiperbolik diubah menjadi persamaan garis lurus Line,ea5er&Bu+k atau double reciprocal. $ Km M Ji $8Ji $8Jmaks &$8Km $8K0L Gam&ar 56. 0rafik kinetika en!im dalam bentuk kebalikan berganda (double-reciprocal) Jmaks G K0L $ I Jmaks $

Kemiringan M Km8Jmaks

Pada en7im alosterik! kinetika en7imnya menunjukkan kur5a sigmoid. Hal ini disebabkan en7im tersebut sangat peka terhadap peningkatan substrat yaitu akti5itas pada suatu permukaan aktif meningkatkan kesempatan akti5itas permukaan aktif lain pada en7im yang sama sehingga terjadi peningkatan akti5itas yang besar )kerja sama positif%. Hal yang berkebalikan dapat terjadi pada en7im yang tidak peka terhadap konsentrasi substrat )kerja sama negatif% dan kinetikanya menunjukkan kur5a hiperbola datar. ) ambar $H%.

"empat aktif dan #pesifisitas En!im 0eperti yang telah disebutkan sebelumnya! untuk mengkatalisis suatu reaksi! en7im berikatan dengan substrat dan membentuk kompleks en7im&substrat. Reaksi ini berlangsung di suatu daerah dinamik pada en7im yang berukuran relatif ke+il yang dinamakan tempat aktif en7im atau tempat katalitik )active site1 catalytic site%. 2empat aktif memiliki bentuk geometrik yang unik yang bersifat komplementer dengan bentuk geometrik molekul sustrat! sama seperti potongan&potongan Npu77le> yang saling bersesuaian. Hal ini berarti bah,a en7im khusus akan bereaksi dengan hanya satu molekul substrat yang memiliki bentuk geometrik yang bersesuaian. Kedekatan dan orientasi molekul substrat dalam tempat aktif ikut berperan menentukan daya katalitik en7im. Pada beberapa en7im! tempat aktifnya dapat mengandung kofaktor berupa senya,a organik nonprotein atau logam yang ikut serta dalam reaksi. *engan menggunakan kristalografi sinar&G dapat diketahui bah,a tempat aktif terletak di pe+ahan! +elah! atau rongga dari molekul en7im.

0pesifisitas suatu reaksi en7imatik timbul akibat susnan tiga& dimensi residu asam amino pada en7im yang membentuk tempat pengikatan untuk substrat dan mengaktifkan substrat seama reaksi berlangsung. #nteraksi pengikatan antara en7im dan substrat dapat dijelaskan dengan model >kun+i Oanak kun+i> )lock and key% yang dipostulasikan oleh 1mil Fis+her pada tahun $;E< dan model >suai& bentur> )induced fit%> yang diajukan oleh Koshland! /emethy! dan Filmer pada tahun $E9;. "odel Kun+i&.nak Kun+i "odel ini digambarkan en7im bersifat seperti kun+i yang kaku dan substrat adalah anak kun+i yang memiliki ukuran dan bentuk yang bersesuaian dengan kun+i. 0ehingga antara en7im dan substrat terjadi saling komplementaritas yang memungkinkan terjadinya reaksi. ) ambar $F%.

"odel ini menunjukkan bah,a tempat pengikatan substrat mengandung residu asam amino yang tersusun membentuk permukaan tiga&dimensi komplementer yang mengikat substrat melalui interaksi hidrofobik multiple! interaksi elektrostatik! dan ikatan hidrogen. "odel 0uai&Bentur "odel suai&bentur mengasumsikan bah,a substrat berperan dalam menentukan bentuk akhir dari en7im dan en7im merupakan molekul yang fleksibel )tidak kaku seperti model kun+i&anak kun+i%. 0e,aktu substrat terikat! hampir semua en7im pengalami perubahan konformasi yang menyebabkan reposisi rantai samping asam amino di tempat aktif dan meningkatkan jumlah interaksi pengikat. ) ambar $;%.

Fungsi perubahan konformasi yang diinduksi oleh pengikatan substrat biasanya adalah untuk menyusun ulang residu asam amino melalui +ara&+ara yang mendorong berlangsungya reaksi. $ekanisme er%a En!im Untuk memungkinkan terjadinya reaksi! substrat harus memiliki energi yang memadai agar dapat men+apai keadaan transisi! yaitu harus mampu mengatasi sa,ar energi yang dimiliki oleh C D. *an sebagian besar tenaga katalitik en7im tergantung pada kemampuannya menurunkan sa,ar akti5asi yang memisahkan substrat dari produk. Untuk melakukan ini! suatu en7im membutuhkan lingkungan permukaan aktif yang mempermudah keadaan transisi! atau menyediakan gugus katalitik yang memungkinkan reaksi berlangsung melalui perantara.

Banyak en7im bekerja sebagai katalisator asam&basa umum. Pada kasus ini! katalisis dilakukan oleh gugus yang terletak pada permukaan aktif yang memberikan serta menerima proton daru substrat. 1n7im lain bekerja dengan berikatan se+ara ko5alen dengan substrat. Untuk memahami mekanisme kerja en7im! tripsin sebagai protease yang mengkatalisis reaksi hidrolisis dari ikatan peptida! digunakan sebagai model. 2ripsin termasuk ke dalam golongan en7im yang dikenal sebagai serin protease di samping kimotripsin dan elastese. 1n7im&en7im tersebut menggunakan residu serin reaktif yang terletak pada permukaan aktifnya. Hidrolisis ikatan peptida dimulai bila residu serin membentuk ikatan dengan karbon karbonil ikatan peptida substrat. #ni mengakibatkan pembentukan perantara transisi di mana atom karbon karbonil substrat terikat pada < atom dan oksigen karbonil mempunyai 5alensi yang kurang memuaskan dan bermuatan negatif. *engan sendidinya! perantara transisi seperti ini sukar di+apai. .kan tetapi! lingkungan permukaan aktif membuat perantara ini lebih mudah terbentuk dengan menyediakan gugus yang dapat berikatan dengan bagian yang bermuatan dari perantara transisi. Palaupun perantara transisi sedikit distabilkan oleh permukaan aktif! ia tidak benar& benar stabil dan akan pe+ah. Peme+ahan perantara transisi ini mengakibatkan peme+ahan ikatan peptida. Bagian substrat yang berperan dalam pembentukan gugus amino yang baru kemuan meninggalkan permukaan aktif. 0elanjutnya air akan masuk ke permukaan aktif dan melalui perantara transisi lain yang serupa! bereaksi dengan karbon karbonil dan melepaskannya dari permukaan aktif en7im. ) ambar $E%.

Faktor-faktor yang mempengaruhi akti&itas en!im .uhu 1n7im menjadi inaktif oleh paparan suhu yang tinggi. 0uhu yang dapat menyebabkan inakti5asi en7im ber5ariasi antara satu en7im dengan en7im lainnya! namun umumnya berkisar antara 9:Q&H:Q6. 1n7im yang terdapat pada mikroorganisme yang bersifat termofilik dapat bertahan pada suhu $::Q6. 0edangkan sebagian besar en7im manusia memiliki suhu optimum (FQ6. Peningkatan suhu dari :Q6 menjadi (FQ6 meningkatkan ke+epatan reaksi karena energi getaran substrat meningkat. .kti5asi maksimum untuk sebagian besar en7im manusia berkisar dekat suhu (FQ6! pada suhu yang lebih tinggi menyebabkan denaturasi en7im )yaitu hilangnya struktur sekunder dan struktur tersier%. p2 Ke+epatan reaksi en7imatik meningkat seiring dengan pergeseran pH dari tingkat yang sangat asam menunju rentang fisiologis dan menurun se,aktu bergerak dari rentang fisiologis ke rentang yang sangat basa. Umumnya en7im manusia bekerja pada suhu netral )pH F%. /amun ada pula en7im yang mampu bekerja pada suhu yang sangat asam! yaitu pepsi! suatu protease pen+ernaan di dalam lambung. 1n7im ini mempunyai pH optimum $!H. %nhibitor

2erdapat senya,a yang dapat menghambat reaksi yang dikatalisis oleh en7im. Penghambatan atau inhibisi tersebut dapat dibagi menjadi dua ma+am! yaitu inhibisi yang re5ersibel dan inhibisi yang ire5ersibel. #nhibisi yang re5ersibel sendiri dibagi menjabi inhibisi kompetitif dan inhibisi nonkompetitif. #nhibisi en7im yang bersifat re5ersibel dalam interaksi molekul inhibitor dengan en7im tidaklah sampai membentuk ikatan kmia yang permanen. Penghambatan ini dapat lenyap jika senya,a inhibitor tersingkir dari lingkungan en7im. Pada inhibisi kompetitif! inhibitor bersaing dengan substrat untuk menempati tempat aktif en7im dan menempatinya! sehingga en7im tidak dapat lagi bereaksi dengan substratnya yang spesifik. #nhibitor ini biasanya analog struktural yang erat dari substrat yang disainginya. ) ambar ':%.