BIOKIMIA 1

BIOMEDIK I
(BIOKIMIA)
 BIOKIMIA 1

KULIAH TEORI:
Struktur dan Fungsi sel (Dasar Ilmu Biologi), Pencernaan
Makanan, Metabolisme Energi, Enzim dan Koenzim,
Metabolisme Karbohidrat, Metabolisme Lipid, Metabolisme
Protein dan Asam Amino, Metabolisme Vitamin, Air dan
Mineral, Metabolisme Asam Nukleat, Hormon, Cairan tubuh
dan pernapasan.

PRAKTIKUM BIOKIMIA:
Uji Kuantitatif dan Kualitatif Urine, Uji aktivitas enzim, Uji
aktivitas metabolisme (Hewan), Identifikasi Nutrisi pada
Makanan, Analisis Sel Darah (Manusia).
 Pengertian Biokimia 1

• BIOKIMIA : ilmu yang berhubungan dengan berbagai

molekul di dalam sel atau organisme hidup sekaligus
dengan reaksi kimianya.
BIOS CHEMIOS

HIDUP/HAYATI KIMIA/SENYAWA
ORGANIK

KIMIA
BIOLOGI ORGANIK

ILMU KIMIA HAYATI (BIOKIMIA)

 MAKHLUK HIDUP

BERDASARKAN JUMLAH
SEL

BER SEL SATU/TUNGGAL

BANYAK SEL
(UNISELULER/MONOSELU
(MULTISELULER)
LER)

AMOEBA, TUMBUHAN, HEWAN,

BAKTERI MANUSIA,DLL
Level Organisme 1
 Aktivitas Internal Organisme (Sel) 1

Metabolic reactions occur in specific sites within cells.

• Apa itu sel.???
 Sel adalah bagian terkecil dari tubuh makhluk hidup yang membentuk
struktur dan fungsi tertentu.
 Tempat terselenggaranya fungsi kehidupan
 Manusia dewasa  75 triliun sel
 Ukuran, bentuk & fungsi bervariasi
 Ovum  140 m
 Eritrosit  7.5 m
 Sel otot polos  20 – 500 m
Variasi Ukuran Sel Organisme 1

8
 Aktivitas Sel 1

Sinyal
dari luar
mempe-
ngaruhi
aktivitas
sel

9
 BIOKIMIA 1

Gen yg
sama pada
organisme
berbeda

10
Metabolisme 1

Bioenergetika dan
metabolisme
 Pengantar Metabolisme 1
PENGANTAR METABOLISME

• Metabolisme adalah semua perubahan kimia dan energi

yang terjadi di dalam jasad hidup atau karena kegiatan jasad
hidup.
• Yang mengalami perubahan adalah substrat reaksi dan
energi. Perubahan dikatalisis oleh enzim.
• Fungsi metabolisme adalah mengekstrak energi dari substrat
atau sekelilingnya, menyimpannya dalam senyawa energi
tinggi untuk melaksanakan aktivitas/fungsi kehidupan.
• Secara umum metabolisme mengandung arti pemecahan
(katabolisme) dan pembentukan (sintesis/anabolisme).
 Prinsip Dasar Suatu Metabolisme 1

• Keseluruhan reaksi kimia yang terjadi di dalam

organisme
• Keseluruhan set transformasi molekul organik
yang dikatalisis enzim di dalam mahluk hidup
• Jumlah anabolisme dan katabolisme
Jalur metabolisme: serangkaian reaksi-reaksi yang dikatalisis enzim
dari prekursor (prazat) s.d. produk
Metabolit: prekursor yang diubah menjadi produk melalui serangkaian
antara metabolisme
Metabolit antara: gabungan aktivitas dari semua jalur metabolisme
yang mengubah prekursor, metabolit, dan produk dengan Mr
rendah (<1.000)

13
Zeily Nurachman
Jalur Metabolisme 1

Zeily Nurachman
 Tahapan Metabolisme 1

Catabolic reactions:
Stage 1: Digestion and
hydrolysis
break down large
molecules to smaller
ones that enter the
bloodstream.

Stage 2: Degradation
Further breaking and
some oxidation of
molecules to 2 & 3-
carbon compounds.

Stage 3: Oxidation
of small molecules to
CO2 & H2O in the citric
acid cycle and electron
transport provides
energy for ATP
Zeily Nurachman 16
synthesis.
Jalur Metabolisme 1
Hasil Metabolisme (Energi) 1

ATP merupakan energi utama sel

18
 ATP dan Energi 1

Adenosine triphosphate (ATP)

• Is the energy form stored in cells.
• Is obtained from the oxidation of food.
• Consists of adenine (nitrogen base), a ribose sugar, and
three phosphate groups.
• Requires 7.3 (31 kJ) per mole to convert ADP + Pi
to ATP.

19
 Kategori Metabolisme
1

1. Katabolisme (degradasi): penguraian molekul

organik kompleks (karbohidrat, lemak, dan
protein) menjadi molekul lebih sederhana dan
kecil (asam laktat, CO2, NH3) → melepas
energi (ATP, NADH, NADPH, FADH2)
2. Anabolisme (biosintesis): pembentukan
molekul organik kompleks dari molekul
anorganik sederhana → memerlukan energi
(ATP, NADH, NADPH, FADH2)
 Molekul Energi (Hasil Metabolisme) 1

KI3261 Zeily Nurachman 21

 Tipe Jalur Metabolisme 1

Konvergen
Divergen

Lingkar
 Tujuan Mempelajari Metabolisme 1

1. Mengidentifikasi pereaksi, produk, dan

kofaktor (termasuk stoikhiometri) dari tiap-
tiap reaksi yang terlibat
2. Memahami bagaimana cara mengendalikan
reaksi
3. Mengidentifikasi fungsi biologi tiap reaksi dan
mekanisme pengendalian
 Pentingnya Metabolisme 1

• Mahluk hidup harus melakukan kerja → agar

tetap hidup, tumbuh, dan bereproduksi
• Sifat dasar mahluk hidup: mampu mengekang
energi dan menyalurkannya dalam kerja biologi
• Energi kimia dari bahan bakar diubah menjadi
gradien konsentrasi dan listrik yang dipakai
untuk bergerak, panas, dan cahaya.
• Transformasi energi biologi mematuhi hukum-
hukum termodinamika
 Perubahan Energi dalam Sel 1

Perubahan energi yang terjadi dalam reaksi kimia

• Energi bebas Gibbs,G, mengekspresikan jumlah

energi yang mampu melakukan kerja selama
reaksi pada suhu dan tekanan tetap
• Entalpi, H, merupakan kandungan kalor dari
sistem reaksi
• Entropi, S, merupakan ekspresi kuantitatif dari
keacakan atau ketidakteraturan sistem
ΔG = ΔH — TΔS (T, P tetap)
 Bioenergetika 1

• Studi kuantitatif transduksi energi (perubahan satu bentuk

energi ke bentuk lain) yang berlangsung pada sel mahluk
hidup; serta sifat dan fungsi proses kimia yang mendasari
transduksi
• Sel merupakan sistem isoterm
• Aliran kalor bukan sebagai sumber energi karena kalor dapat
melakukan kerja hanya bila melewati zona/obyek bersuhu
lebih rendah
• Energi yang dapat dan harus digunakan oleh sel berasal dari
energi bebas
• Sel heterotrofi memperoleh energi bebas dari molekul
nutrien, sementara sel fotosintesis dari serapan radiasi sinar
matahari
• Kedua jenis sel mengubah energi bebas ini menjadi ATP dan
senyawa kaya energi lain untuk kerja biologi

26
BIOKIMIA: PERTEMUAN II (ENZIM) 2

ENZIM

27
organisme jaringan sel

hubungan erat

tersusun dari molekul

Reaksi kimia
 ENZIM Sebagai Biokatalis dalam suatu sel 2

• Hampir semuanya protein

• Karakteristik: kekuatan daya katalitik dan
kespesifikan
• Peran: membawa substrat ke orientasi tepat
dan kedekatan agar terjadi reaksi kimia
(pemutusan dan pembentukan ikatan)
• Kespesifikan enzim akibat interaksi tepat
antara substrat dan residu katalitik

29
ENZIM Sebagai Biokatalis dalam suatu sel 2

• Enzim berfungsi sebagai biokatalisator, artinya

mempercepat jalannya reaksi dengan cara menurunkan
energi aktivasi

Energi aktivasi adalah

energi yang diperlukan
untuk mengaktifkan suatu
reaktan sehingga dapat
bereaksi untuk
membentuk senyawa lain.

30
 CARA KERJA KATALISATOR

kead. transisi

G tanpa katalisator
E. level

Ea
=

dgn katalisator inorg

E. bebas
Ea'
dgn enzim

Ea''
kead. awal G = Perubahan
E. bebas

kead. akhir

Perjalanan
reaksi
• KESIMPULAN :
* katalisator menurunkan energi aktivasi
* enzim menurunkan energi aktivasi lebih banyak

• Ea = ENERGI AKTIVASI :
jumlah energi yang diperlukan untuk membawa semua
molekul dalam 1 mole bahan pada suatu suhu
tertentu dari keadaan awal menuju keadaan transisi

• ΔG = Perubahan energi bebas

 Sifat ENZIM 2

• Tidak ikut bereaksi

• Struktur enzim tetap tidak berubah baik
sebelum dan sesudah reaksi
• Berkerja spesifik dan selektif
• Enzim bersifat koloid, luas permukaan besar,
bersifat hidrofil
• Peka terhadap faktor-faktor yang
menyebabkan denaturasi protein misalnya
suhu dan pH
• Enzim dibuat dalam cytoplasma
33
 SUSUNAN ENZIM 2

• Holoenzim (keseluruhan enzim)

• Holoenzim = bagian protein
(apoenzim/apoprotein) + bagian gugus
prostetik (kofaktor atau koenzim)
• Kofaktor: ion-ion logam; koenzim: molekul
organik atau metaloorganik
• Vitamin: prekursor untuk koenzim

34
34
SUSUNAN ENZIM 2

SEDERHANA PROTEIN

ENZIM

KONJUGASI/HALOENZIM

PROTEIN BUKAN PROTEIN

APOENZIM GUGUS PROSTETIK

ORGANIK = KOENZIM ANORGANIK = KOFAKTOR

35
35
STRUKTUR ENZIM 2

• Enzim mimiliki sisi aktif = bagian yang

berikatan dengan subtrat

36
36
KERJA ENZIM 2

Mekanisme kerja enzim

• E+S ES E+P

Dua model ikatan enzim

37
37
 How do enzymes work?
(continued…)
Catabolic reaction

Substrate Activated Complex Products

Anabolic reaction

Substrates Activated Complex Product

 MEKANISME KERJA ENZIM
• Enzim adalah suatu protein yg tersusun dari asam amino
• Asam amino dalam larutan selalu berbentuk ion ter
gantung pH larutan
• Rumus umum asam amino :
R – C – COOH
NH2
• Aktivitas katalitik enzim erat hubungannya dengan
struktur enzim (protein)
STRUKTUR PRIMER PROTEIN
Yaitu : Urutan Asam – Asam Amino yang tersusun
sebagai satu rantai Polipeptida yang dipertahan-
kan oleh ikatan Peptida ( dari ujung Amino
Bebas sampai dengan Ujung Karboksil Bebas )

- Lys – Ala – His – Gly – Lys – Lys – Val – Lau – Gly – Ala -

H O H H O
+H N – C – C – N – C - - - - - - – - C – N – C – C – OH
3
R1 H R2 O H R5
STRUKTUR SEKUNDER PROTEIN
Yaitu : Bentuk 3 Dimensi Rantai Polipeptida
yang meliuk – liuk membentuk :
- α – Helix ( Terutama )
- β – Pleat
- Random coil

Yang dipertahankan oleh :

– Ikatan Disulfida  Kovalen
– Ikatan Hidrogen  Non Kovalen
STRUKTUR SEKUNDER PROTEIN
STRUKTUR SEKUNDER PROTEIN
STRUKTUR TERSIER PROTEIN
Yaitu :
Bentuk pelipatan struktur sekunder ( Helix )
membentuk Bentukan – Bentukan :
– Fibriler
– Globuler
- Lameller

Yang dipertahankan oleh :

– Ikatan Elektrostatik
– Ikatan Hidrogen & Gaya - gaya V.D. Walls
- Ikatan Hidrofobik
STRUKTUR KWARTENER PROTEIN
Merupakan gabungan SubUnit – SubUnit yang
dipertahankan oleh ikatan – Ikatan Non
Kovalen ( masing – masing SubUnit punya
struktur Primer , Sekunder dan Tersier )

Yang dipertahankan oleh, misal :

– Ikatan Hidrogen
- Ikatan Elektrostatik

SubUnit

1 rantai Polipeptida 1 SubUnit

STRUKTUR KWARTERNER PROTEIN
 DENATURASI PROTEIN

• Rusaknya struktur protein tetapi tidak sampai

merusak struktur primer (ikatan peptida)
• Ikatan peptida tidak mudah rusak
Ikatan disulfida
• Kerusakan dapat disebabkan :
1. Suhu tinggi
2. pH terlalu tinggi atau terlalu rendah (pH ekstrim)
3. Logam berat Hg mengikat gugus –SH

enzim inaktif/denaturasi
STRUKTUR TERSIER PROTEIN
PENGGOLONGAN ENZIM 2

Penggolongan enzim

Tempat
bekerjanya (Endo Cara terbentuknya
dan Ekso Enzim) (Konstitutif &
Adaptif)

Daya katalisnya
(Oksidoreduktase, Subtrat yang
Tranferase, dll) dikatalisnya
(Amilase, Lipase,
Protease, dll)
49
49
 KINETIKA ENZIM 2

• Aktivitas enzim = kecepatan enzim untuk

melakukan katalis pada subtrat, satuannya
Unit (U)
• 1 U = Jumlah enzim yang melakukan katalis
sehingga terjadi perubahan 1 mikronmol
subtrat per menit pada suhu 25oC

50
50
 AKTIVITAS ENZIM 2

FAKTOR YANG MEMPENGARUHI AKTIVITAS

ENZIM

• 1. Kadar enzim
• 2. Kadar substrat
• 3. Aktivator
• 4. Inhibitor
• 5. pH
• 6. Suhu

51
51
 3

METABOLISME KARBOHIDRAT

52
52
 3

Metabolisme :
Perubahan kimia dalam tubuh khususnya dalam sel

Anabolisme :
Bahan yang lebih sederhana -> lebih kompleks (sintesis)
Contoh : Glukosa -> Glikogen
Katabolisme :
Bahan yg lebih kompleks -> lebih sederhana
Contoh : Glikogen -> glukosa
Glukosa -> CO2 + H2O + E

53
53
 METABOLISME KARBOHIDRAT
3

• DIET BERVARIASI P.U. KARBOHIDRAT >

• FUNGSI KARBOHIDRAT TERUTAMA SEBAGAI SUMBER
ENERGI ( DR. GLUKOSA )
• MONOSAKARIDA ( HEKSOSA ) HASIL PENCERNA-
AN KARBOHIDRAT TERUTAMA :
* GLUKOSA
* FRUKTOSA
* GALAKTOSA
• FRUKTOSA DAN GALAKTOSA DI HATI GLUKOSA

55
55
 3

PROSES2 PADA METABOLISME KARBOHIDRAT :

1. Glikolisis
2. Glikogenesis
3. Glikogenolisis
4. HMP Shunt
5. Glukoneogenesis

56
56
 3

• Glukosa darah : memacu jalur metabolisme karbohidrat

berikut :
1. Glikolisis
2. Glikogenesis
3. HMP Shunt
4. Oksidasi Piruvat
5. Siklus Asam Sitrat
6. Sisa ditimbun sbg lemak
Puasa / kelaparan kadar glukosa darah : memacu
jalur metabolisme karbohidrat berikut :
1. Glikogenolisis
2. Glukoneogenesis 57
57
 3

Kenapa metabolisme KH penting?

• Glukosa adalah sumber energi utama
• Kadar Glukosa darah harus seimbang antara
80-180g/ml
• Bila berlebih atau berkurang dari kadar normal
 gangguan kesehatan
• Berlebih  hiperglikemia Glukosa sangat
reaktif  merusak
• Kekurangan  hipoglikemia low batt
58
58
 GLIKOLISIS 3

• Disebut juga EMBDEN MEYER HOFF PATHWAY

• Terjadi di dalam sitosol
• Glikolisis : oksidasi glukosa energi ( ATP )

Aerob Anaerob
( asam piruvat ) ( asam laktat )
• Pada keadaan aerob :
Hasil akhirnya asam piruvat Masuk ke dalam
mitokondria Asetil KoA

Siklus Krebs ATP + CO2+ H2O

59
59
 GLIKOGENESIS 3

• Sintesis glikogen dari glukosa

• Terjadi di dalam hati dan otot
• Reaksi 1 : Mg++
Glukosa + ATP Glukosa 6-p + ADP
Glukokinase / Heksokinase
• Reaksi 2 :
Glukosa 6-p Glukosa 1-p
Fosfoglukomutase
• Reaksi 3 :
Glukosa 1-p + UTP UDPG + Pirofosfat
UDPG Pirofosforilase 60
60
 3

 Enzim Glikogen sintetase ( sintase )

membentuk ikatan α-1,4 Glikosidik ( rantai lurus )
dr glikogen
 Enzim Pencabang ( Branching Enzyme )
membentuk ikatan α-1,6 Glikosidik ( rantai cabang )
dr glikogen

Molekul glikogen seperti pohon + cabang + rantingnya

61
61
SINTESIS GLIKOGEN 3

62
62
 GLIKOGENOLISIS 3
• Proses pemecahan glikogen
• Dalam otot :
* tujuannya untuk mendapat energi bagi otot
* hasil akhirnya : piruvat / laktat sebab gluko-
sa 6-p yg dihasilkan dr glikogenolisis masuk ke jalur
glikolisis di otot
• Dalam hati :
* tujuannya : untuk mempertahankan kadar glukosa
darah di antara dua waktu makan
* Glukosa 6-p akan diubah menjadi glukosa
Glukosa 6-p + H2O Glukosa + Pi
Glukosa 6-fosfatase
63
63
 3

• Enzim Glukosa 6-fosfatase terdapat di : hati, ginjal

dan epitel usus ( tetapi tidak terdapat di otot )

• Enzim Glikogen fosforilase memutus ikatan

α-1,4 glikosidik dr glikogen

• Debranching enzyme memutus ikatan

α-1,6 glikosidik

64
64
 GLUKONEOGENESIS 3

• Pembentukan glukosa dari bahan bukan karbohidrat

• Pada mmalia terutama terjadi di : hati dan ginjal
• Substrat :
1. Asam laktat dr. otot, eritrosit
2. Gliserol dr. hidrolisis Triasilgliserol dlm. jar.
lemak ( adiposa )
3. Asam amino glukogenik
4. Asam propionat pd ruminansia

• Glukoneogenesis penting sekali untuk penyediaan glu

kosa bila karbohidrat tidak cukup dlm diet
65
65
 3

• Jaringan perlu pasokan glukosa kontinu sebagai

sumber energi terutama sistem saraf dan eritrosit

• Enzim bantuan :
1. Piruvat karboksilase
2. Fosfoenolpiruvat karboksikinase
3. Fruktosa 1,6 bifosfatase
4. Glukosa 6-fosfatase

66
66
 3

Siklus
ASAM LAKTAT Asam Amino asam sitrat

Piruvat

oksaloasetat
BIOSINTESISKARBOHIDRAT/
fosfoenolpiruvat GLUKONEOGENESIS

3 fosfogliserat

Glukose Glukosa 6 fosfat Monosakarida

Polisakarida Glikogen Disakarida

67
67
 HMP (HEKSOSA MONO PHOSPHAT) SHUNT 3
Disebut juga : Pentose Phosphate Pathway
• Merupakan jalan lain untuk oksidasi glukosa
• Tidak bertujuan menghasilkan energi ( ATP )
• Aktif dalam :
1. Hati
2. Jar. Lemak
3. Klj. Korteks adrenal
4. Klj. Tiroid
5. Eritrosit
6. Klj. Mammae ( laktasi )
68
68
 HMP SHUNT 3

• Fungsi utama jalur ini adalah untuk

menghasilkan NADPH, yaitu dengan
mereduksi NADP+. NADPH diperlukan untuk
proses anabolik di luar mitokhondria, seperti
sintesis asam lemak dan steroid. Fungsi yang
lain adalah menghasilkan ribosa-5-fosfat
untuk sintesis nukleotida dan asam nukleat.

69
69
 GLUKOSA DARAH 3

• Glukosa dapat dipakai oleh semua jaringan tubuh,

disimpan :
* hati dan otot Glikogen
* jaringan lemak Triasilgliserol ( TG )
• Sumber glukosa darah :
1. Karbohidrat Makanan
2. Glikogenolisis hepar
3. Glukoneogenesis
• Hormon yg mengatur glukosa darah :
* Insulin
* Hormon dr. klj. Hipofisa anterior : Growth Hormone
* Hormon klj. Medula adrenal : epinefrin, glukagon
70
70
 KESETIMBANGAN TUBUH OLEH HORMON3
• PENGARUH HORMON :

* Keadaan kadar glukosa darah

merangsang sekresi hormon glukagon

* Keadaan kadar glukosa darah

merangsang sekresi hormon insulin

* Keadaan darurat merangsang sekresi

hormon adrenalin

71
71
 KESETIMBANGAN TUBUH OLEH HORMON3
• Glukagon (hati) Pembentukan cAMP
• Epinefrin (otot)
1. cAMP menghambat Glikogen sinta-
se menghambat glikogenesis
2. cAMP memacu fosforilase
memacu glikogenolisis
• INSULIN :
1. Memacu glikogen sintase
2. Memacu fosfodiesterase yg akan memecah cAMP
menjadi 5’AMP
Efek : memacu glikogenesis
menghambat glikogenolisis
72
72
• Makan banyak karbohidrat :
Karbohidrat dpt dibentuk jadi lemak
• Makan banyak protein :
Protein dpt dibentuk jadi lemak
• Makan banyak lipid :

Diabetes Mellitus:
GDP ≥ 126 mg/dl
GDA ≥ 200 mg/dl
Glukosuria bila GD > 170 – 180 mg/dl, jadi glukosuria
saja tidak dpt dipakai sbg Dx DM