Analisis Diversitas Genetis Tanaman Kenaf (Hibiscus cannabinus L.

) KR 11 Hasil Mutasi EMS (Ethyl Methanesulfonate) dengan Penanda Gen Maturase K (Matk) dan Marka Morfologi

LATAR BELAKANG
Nilai ekonomi s Varietas unggul

KR 11

EMS

Gambar 1. Hibiscus cannabinus L.

Perubahan morfologi (Arumingtyas, dkk., 2005) RAP D

matK ?

matK (maturase K) tergolong dalam genom kloroplas Memiliki panjang sekitar 1570 bp Terletak di antara intron dari trnK Tingkat subtitusi nukleotida yang tinggi sehingga termasuk salah satu kandidat terkuat untuk barcoding tanaman

Gambar 2. Lokasi matK dalam genom kloroplas

RUMUSAN MASALAH
1. Bagaimana polimorfisme yang terjadi pada gen matK dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMS? 2. Bagaimana keragaman karakter morfologi dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMS tersebut?

TUJUAN
1.

2.

Mengetahui polimorfisme yang terjadi pada gen matK dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMS Mengetahui keragaman karakter morfologi dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMS tersebut

MANFAAT
1. Dapat memperoleh informasi mengenai keragaman kenaf hasil mutasi EMS baik secara molekuler maupun secara morfologi sehingga dapat digunakan sebagai acuan dan bahan pertimbangan dalam penggunaan mutagen kimia untuk pemuliaan tanaman kenaf.

Persiapan Penanaman Molekuler

Isolasi DNA, PCR gen matK, Sekuensing matK

Morfologi
Pengamatan karakter batang, daun, bunga, buah dan biji

Persiapan dan Penanaman

KR 11 KR 11 0,05% (3) 1 KR 11 0,05% (3) 2 KR 11 0,05% (4) Ditanam pada pot @ 10 kg tanah (tanah:kompo s=10:1) 5 lubang (kedalaman 2 cm)/pot @ 1 biji

1 tanaman/pot (28 HST)

KR 11 0,1%
KR 11 0,3% 5 Ulangan @ 2 tanaman/pot

Isolasi DNA (Doyle dan Doyle, 1990)

0.1 gram daun kenaf - digerus dengan mortar dan pestel - ditambahkan buffer ekstrak 1 mL (2% CTAB, 100 mM Tris/HCl, pH 7.5, 1.4 M NaCl, 2% polyvinylpyrrolidone (PVP)-40, 20 mM ethylene diamine tetraacetic acid (EDTA) pH 8.0) - ditambahkan 20 L/mL b-mercaptoethanol , inkubasi pada waterbath 65C, 1 jam - disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 15 menit, RT - supernatan dipisahkan, ditambahkan PCI 1:1, sentrifugasi kembali

- supernatan (upper phase) dipisahkan, ditambahkan CI 1:1, vortex, sentrifugasi kembali , 4C

-

- supernatan (upper phase) dipisahkan, ditambah ethanol absolut 2.5x volume + Ammonium asetat 7.5 M sebanyak 0.1x volume - mix gentle dan diinkubasi pada suhu -20C selama 1 jam, sentrifugasi - pelet dipisahkan, ditambah ethanol 70% 500 L, sentrifugasi - pelet dipisahkan dan dikeringkan dalam oven 55C - ditambahkan TE buffer 7.6

DNA whole genome

Uji kualitatif DNA whole genome Uji Kuantitatif

Elektroforesis gel agarose 1%

Spektrofotom etri

[DNA] = 260 x 50 x faktor pengenceran

PCR (CBOL, 2009)

Pembuatan PCR mix (master mix PCR 5 L, primer forward dan reverse @1 L (matK390F dan matK1326R), BSA 2 L)

Dimasukkan dalam microtube, ditambah DNA sampel @1 L

Dilakukan mix gentle dan di spin down Dilakukan program PCR denaturasi awal 94C, 3 menit; 35 siklus [denaturasi 94C 1 menit; annealing 61.3C 45 detik; ekstensi pada 72C 1 menit]; ekstensi akhir 72C,5 menit Elektroforesis gel agarose 1.5%

Sekuensing

Hasil PCR yang diperoleh dikirim ke Macrogen, Korea, untuk dilakukan proses sekuensing

Karakter Morfologi
Batang Tinggi tanaman, diameter batang, tekstur batang, jumlah cabang, jumlah buku ada tidaknya daun penumpu, bentuk daun, sudut daun, panjang dan lebar daun, berat daun, panjang tangkai daun, ada tidaknya bulu pada permukaan daun umur bunga pertama, umur berbunga 50% tekstur buah, jumlah buah, posisi buah buku pertama Bentuk biji, ukuran biji

Daun

Bunga

Buah
Biji

Analisa Data
Hasil sekuensing disejajarkan (Aligment) dengan software MEGA5 dan dibentuk dendogram untuk mengetahui persamaan antar galur tanaman kenaf Pengamatan mengenai variasi mutasi yang terjadi dari galur kenaf Data morfologi diubah menjadi data biner dan dibentuk dendogram dengan software Clad97

Kegiatan

Nov

Des

Jan

Feb

Mar

Apr

Mei

Jun

Penentua n topik penelitian

Uji viabilitas Preparasi media tanam Seminar proposal Penanam an Analisis molekuler Analisis morfologi Seminar Hasil

TERIMA KASIH