METABOLISME

MIKROORGANISME
Marlia Singgih Wibowo
School of Pharmacy ITB
Mengapa mempelajari metabolisme?
Tujuan mempelajari metabolisme
mikroorganisme
Memahami jalur biosintesis suatu metabolit
(primer atau sekunder) yang diproduksi oleh
mikroorganisme
Memahami regulasi dalam proses metabolisme
(inhibisi, represi, kontrol, induksi)
Memanfaatkan mikroorganisme untuk
memproduksi metabolit yang kita inginkan
Dapat memanipulasi mikroorganisme dan
lingkungannya untuk mengatur laju pembentukan
metabolit yang kita inginkan
Dapat menetapkan faktor-faktor penentu dalam
suatu proses metabolisme
Metabolisme
Katabolisme : proses degradasi nutrien
menjadi fragmen-fragmen yang lebih
kecil. Proses katabolisme menghasilkan
ATP, proton motive force, menurunkan
tenaga dan pengambilan nutrisi serta
pembentukan rangka karbon dalam jalur
metabolisme inti
Jalur degradasi ini bisa pendek (misalnya
pembentukan asetat) atau bisa pula
panjang (misalnya pembentukan asam
benzoat)
Amphibolisme : proses pembentukan
intermediate (senyawa antara)
Terjadi pembentukan building blocks
(senyawa pembangun), misalnya asam
amino, purin, pirimidin, gula-gula fosfat,
asam organik, dan metabolit lain
Anabolisme : biosintesis polimer dari
monomer (asam amino, nukleotida dan
lipid) dari rangka karbon utama melalui
pemanfaatan ATP dan NADPH
Pertumbuhan sel dengan menggabungkan
struktur makromolekul melalui proses
polimerisasi monomer-monomer yang
dihasilkan dari proses biosintesis,
melibatkan berbagai nukleotida fosfat
Polimer sel a.l. protein, asam nukleat,
dinding sel, makanan cadangan, dll.
Tahap Utama Metabolisme
CO2
KH, Lemak,
Protein
Katabo
lisme
Biosin
tesis
Tumbuh
Kerangka
karbon
ADP
ATP
NADP
NADPH
NTP
NDP
Asam amino,
asam nukleat,
dll
Protein, lipid,
struktur sel
Jalur utama dalam metabolisme
Reaksi dalam proses metabolisme
Reaksi redoks (reduksi-oksidasi) yang
melibatkan donor elektron dan akseptor
elektron
Keseluruhan reaksi redoks menunjang
aktivitas sel yang menghasilkan salah
satu dari 3 macam energi kimia
berpotensi a.l :
Nukleotida piridin (NADH dan NADPH)
Nukleotida adenin (ATP,ADP dan AMP)
Proton motive force (pemindahan ion H dari
bagian interior ke bagian eksterior membran)
Fungsi energi dalam metabolisme
Nukleotida piridin (NADH dan NADPH) :
memindahkan hidrogen antara berbagai
bagian sel yang berbeda-beda
Nukleotida adenin (ATP,ADP dan AMP) :
memperpanjang reaksi sel misalnya pada
polimerisasi nukleotida dan asam amino
Proton motive force (pemindahan ion H
dari bagian interior ke bagian eksterior
membran) : berperan dalam pengambilan
substrat, atau untuk pergerakan
Fungsi enzim dalam metabolisme
Reaksi metabolisme dikatalisis oleh enzim
Semua protein pada sel tunggal (unisel)
berada dalam bentuk protein enzim
Pada bakteri, kebanyakan tidak memiliki
protein struktur
Setiap enzim secara spesifik bertanggung
jawab pada konversi suatu senyawa
menjadi senyawa lain
Kerja enzim dapat bersifat substrat-
spesifik, atau kerja-spesifik
Laju kerja enzim
Ko-enzim dan gugus prostetik
Untuk mengambil atau memberikan
fragmen suatu substrat, protein enzim
menggunakan suatu senyawa berBM kecil
yang bertindak sebagai tweezer untuk
menangani gugus amino, gugus metil,
hidrogen, elektron, dan fargmen kecil
lainnya
Ko-enzim sangat penting karena tidak
dapat disintesis oleh kebanyakan
organisme, sehingga harus diperoleh dari
luar. Contoh : vitamin
Pembentukan energi dalam reaksi
biokimia yang terjadi di dalam sel
Reaksi biokimia dalam metabolisme
melibatkan pembentukan ATP
Ada tiga cara ATP dibentuk :
Substrate-level phosphorylation
Oxidative/respiratory-chain
phosphorylation
Photosynthetic phosphorylation
Fosforilasi pada tingkat substrat
(Substrate-level Phosphorylation)
Reaksi biokimia yang terjadi di dalam
sitoplasma pada pembentukan ATP
Pada reaksi Gliserat 1,3 bifosfat 3
fosfogliserat : terbentuk 1 ATP
Fosfoenol piruvat piruvat (1 ATP)
Asetil fosfat asetat (1 ATP)
Pada reaksi ini hanya terjadi pada
bakteri yang memproduksi asetat,
butirat, butanol, aseton, isopropanol
Fosforilasi pada rantai respirasi
(Respiratory-Chain Phosphorylation)
Ditandai dengan kapasitas memproduksi energi
melalui proses respirasi
Disebut juga fosforilasi transport elektron
Sel bakteri dan mitokondria pada eukariot
bertindak sebagai vesikel yang dikelilingi oleh
membran sitoplasma.
Ion Hidrogen dipindahkan dari atau ke membran
sedemikian rupa sehingga terjadi gradien
elektrokimia antara bagian luar dan dalam
membran
Bagian luar membran bermuatan positif, bagian
dalam bermuatan negatif
Transport elektron terjadi pada membran dan
rantai respirasi tersebut bertindak sebagai pompa
proton. Pada sintesis ATP, proton mengalir dari
luar sel ke dalam sel
Proses ini terjadi pada membran sel
Terlibat suatu rangkaian reaksi yang
membawa elektron (oleh donor
elektron)dan yang menerima elektron
(oleh akseptor elektron)
Oksigen bukan satu-satunya spesi
akseptor elektron, tapi juga senyawa lain
misalnya senyawa inorganik nitrat, CO2,
senyawa organik fumarat, dll)
Pada Fotosintesis terjadi pula transport
elektron, dan cahaya merupakan pemicu
pompa proton
Fosforilasi fotosintesis
(Photosynthetic phosphorylation)
Mekanisme transport komponen
substrat ke dalam sel
Regulasi metabolisme
Seluruh kegiatan metabolisme berlangsung
sangat cepat dan harus bekerja di dalam sel
Mikroorganisme memiliki potensi genetik untuk
memproduksi lebih dari 1000 enzim
Enzim ini harus dibentuk dalam jumlah yang tepat
dan dalam sistem yang terkoordinasi dengan baik
agar sel bekerja secara efisien
Mikroorganisme dapat dengan cepat
mengantisipasi perubahan lingkungan sehingga
dapat dengan segera memperbaiki sistem
metabolismenya
Regulasi untuk sistem yang demikian terjadi pada
level sintesis enzim atau pada level kerja enzim
Faktor yang mempengaruhi regulasi
metabolisme
Jenis dan jumlah enzim
Jenis dan jumlah substrat
Adanya induktor, aktivator, represor
dan inhibitor
Faktor lingkungan
Faktor genetik
Pada tingkat apa regulasi itu terjadi?
Tingkat molekul : misalnya regulasi
terhadap ATP, NADPH
Tingkat efektor : misalnya cAMP,
Guanosin Trifosfat
Tingkat protein : ekspresi oleh gen
tertentu, induksi enzim, dll
Perbedaan Inhibitor, Represor, Aktivator dan
Induktor terhadap suatu enzim
Inhibitor : molekul atau senyawa yang
dapat menginhibisi atau menghambat
terjadinya suatu reaksi
Represor :molekul atau senyawa yang
menyebabkan berkurangnya kecepatan
reaksi enzim
Induktor : molekul atau senyawa yang
dapat menyebabkan terjadinya
peningkatan efek enzim yang lebih baik
Aktivator : molekul atau senyawa yang
dapat mengaktifkan kerja suatu enzim
Aktivitas metabolisme utama yang
dilakukan mikroorganisme
Metabolisme karbohidrat : amilum dan
selulosa diubah menjadi glukosa dan
selanjutnya menjadi senyawa lain
mis.asam organik, aldehid atau alkohol.
Dengan adanya oksigen senyawa tersebut
diubah menjadi CO2 dan H2O
Metobolisme lemak : lemak diubah
menjadi gliserol dan asam-asam lemak
(proses lipolisis)
Metobolisme protein dan asam amino :
protein diuraikan menjadi asam amino
dan selanjutnya di dekarboksilasi
Glikolisis
Adalah proses umum yang terjadi di
seluruh sel dimana substrat 6C diubah
menjadi 2 molekul 3C (asam piruvat)
2 molekul ATP digunakan pada awal
reaksi tetapi selanjutnya terbetuk 4 ATP
akibat proses fosforilasi pada substrat
Jalur : Embden-Meyerhof (EM), Entner-
Duodoroff (ED) atau Hexose
MonoPhosphate (HMP)
Embden-Meyerhof (EM) pathway
Entner-Duodoroff (ED) pathway
Metabolisme primer
Asam nukleat
Purin
Pirimidin
Glukosa
Asam amino
Asam sitrat
Jalur metabolisme primer
Hexosa
Piruvat Laktat Asetil CoA
asetat metana
oksaloasetat
sitrat
isositrat suksinat
propionat
asetoasetat
butirat
butanol
Aseton + CO2
asetoin
Asetil
&
format
EMP ED HMP
Gliserol