Nama : Asbar Hamzah

Nim

: 60300110006

Kelas : A
1. Perbedaan vektor kloning dan vektor ekspresi
a. Vektor kloning adalah agen pembawa fragmen DNA masuk ke dalam sel
makhluk hidup yang berfungsi untuk memperbanyak fragmen DNA. Beberapa
vektor kloning yang umum digunakan adalah plasmid, vektor lamda, virus,
kromosom bakteri buatan, kromosom khamir buatan, dan cosmid. Suatu vektor
kloning harus dapat disambungkan atau menyatu dengan fragmen DNA yang
ingin ditransfer kemudian dapat dimasukkan ke dalam sel. Di dalam sel
tersebut, fragmen DNA akan diperbanyak jumlahnya. Untuk memilih vektor
kloning

yang

cocok

dalam

penelitian,

beberapa

hal

yang

harus

dipertimbangkan adalah ukuran fragmen DNA yang akan ditransfer, jumlah

salinan, inkompatibilitas (ketidaksesuaian), marka pemilihan (selectable
marker) untuk seleksi, situs kloning, dan fungsi khusus dari suatu vektor.
b. Vektor ekspresi, adalah salah satu teknik yang digunakan untuk mempelajari
fungsi protein. Pada teknik ini, potongan DNA penyandi protein yang
diinginkan ditransplantasikan ke suatu plasmid (DNA sirkular yang biasanya
ditemukan pada bakteri; dalam teknik ini, plasmid disebut sebagai vektor
ekspresi). Plasmid yang telah mengandung potongan DNA yang diinginkan
tersebut kemudian dapat disisipkan ke dalam sel bakteri atau sel hewan.
Penyisipan DNA ke dalam sel bakteri disebut transformasi, dan dapat
dilakukan dengan berbagai metode, termasuk elektroporasi, mikroinjeksi dan
secara kimia. Penyisipan DNA ke dalam sel eukaryota, misalnya sel hewan,
disebut sebagai transfeksi, dan teknik transfeksi yang dapat dilakukan
termasuk transfeksi kalsium fosfat, transfeksi liposom, dan dengan reagen
komersial. DNA dapat pula dimasukkan ke dalam sel dengan menggunakan

virus (disebut transduksi viral). Setelah penyisipan ke dalam sel, protein yang
disandi oleh potongan DNA tadi dapat diekspresikan oleh sel bersangkutan.
2. Enzim retriksi sticky end dan blunt end
a. Enzim retriksi sticky end adalah Enzim yang memotong pada kedua utas DNA
tidak berhadapan langsung, tetapi selisih 2-4 basa menghasilkan potongan
dengan ujung lengket (lancip.) Pemotongan DNA dengan tempat pemotongan
semacam ini akan menghasilkan fragmen-fragmen dengan ujung 5 yang
runcing karena masing-masing untai tunggalnya menjadi tidak sama panjang.
Dua fragmen DNA dengan ujung yang runcing akan mudah disambungkan satu
sama lain. Sedangkan enzim retriksi blunt end adalah enzim yang memotong
DNA pada tempat yang berhadapan sehingga menghasilkan ujung, karena
masing-masing untai tunggalnya sama panjangnya. Fragmen-fragmen DNA
dengan ujung tumpul (blunt end) akan sulit untuk disambungkan. Biasanya
diperlukan perlakuan tambahan untuk menyatukan dua fragmen DNA dengan
ujung tumpul, misalnya pemberian molekul linker, molekul adaptor, atau
penambahan enzim deoksinukleotidil transferase untuk menyintesis untai
tunggal homopolimerik 3.

b. Contoh enzim retriksi blunt end dan sticky end dan hasilnya
Blunt end (Ujung Tumpul)

 Sticky end (Ujung Lancip)

3. Metode transformasi
a. Heat shock adalah metode transformasi DNA ke dalam sel inang dengan
metode kejut panas. Perlakuan ini dimaksudkan untuk membuka pori membran
sel dan mengaktifkan protein Hsp (heat shock protein). Suhu yang digunakan
untuk proses kejut panas adalah 420 C. Perlakuan heatshock tidak dilakukan
terlalu lama yaitu maksimal 90 detik agar sel yang sudah terbuka tidak
membuka terus sehingga sel tidak menjadi lisis. Sebelum diberi suhu 420 C sel
tersebut diinkubasi dalam es selama 20 menit. Selanjutnya untuk mengetahui
DNA insert yang digunakan telah masuk ke dalam sel, maka sel ditumbuhkan

dalam media LB padat yang mengandung ampisilin, LA, xgaL, dan IPTG,
selanjutnya diinkubasi pada suhu 370 C.
b. Elektroforasi adalah transformasi DNA ke dalam sel inang dengan
menggunakan arus listrik. Permeabilitas dinding sel bakteri dapat ditingkatkan
dengan cara menempatkan sel bakteri kedalam medan listrik yang kuat. DNA
dan sel bakteri dimasukkan bersama-sama dalam kuvet khusus yang kemudian
ditempatkan dibawah medan listrik (1,8 kv), dalam waktu yang sangat singkat
sekitar 4-5 detik. Dibawah medan listrik ini dinding sel bakteri dipaksa terbuka
dengan sendirinya, sehingga DNA dapat masuk kedalam sel bakteri kedalam
lubang yang terbentuk tersebut. Teknik ini dapat menyebabkan sebagian besar
sel bakteri mati, namun sel yang bertahan hidup akan menerima DNA. Dewasa
ini elektroporasi sering digunakan untuk transfer DNA karena prosesnya lebih
cepat.
4. Perbedaan E.coli dan A. Tumefaciens sebagai sel inang
a. E. Coli sebagai sel inang
Pemain utama dalam pengembangan teknik dan rekayasa genetika.
Hampir seluruh rekayasa genetika dikembangkan melalui bantuan E.
coli yang berperan sebagai inang plasmid/fage rekombinan.
Hingga saat ini hampir seluruh tahapan kloning, karakterisasi dan
modifikasi fragmen DNA spesifik dilakukan dengan menggunakan
sistem E coli.
Pengembangan vektor bolak balik (shuttel vektor) yang diaplikasikan
untuk mikrorganisme lain dikerjakan dalam sistem E coli.
E. coli masih berperan penting dalam industri bioteknologi untuk
menghasilkan berbagai macam protein
E. coli digunakan sebagai sel inang pada rekayasa genetika hewan.
b. A. tumefaciens sebagai sel inang
A. tumefaciens adalah bakteri patogen pada tanaman yang banyak
digunakan untuk memasukkan gen asing ke dalam sel tanaman untuk
menghasilkan suatu tanaman transgenik.
Di era transformasi genetik sekarang ini, peran agrobacterium sangat besar
dalam menghasilkan tanaman yang dimodifikasi untuk mendapatkan sifat
yang diinginkan.
A. tumafaciens digunakan sebagai sel inang pada sel tanaman
Riany_sains@yahoo.co.id