PENGELOLAAN SPESIMEN

UNTUK PEMERIKSAAN
MIKROBIOLOGI
Sudirman Katu

Tujuan Pemeriksaan Mikrobiologi

Mendeteksi dan mengidentifikasi
mikroorganisme penyebab
infeksi.

Memberikan ekspertisi terapi

antimikroba yang rasional.

Mengeradikasi mikroorganisme
penyebab infeksi.
From: Miller M, A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology, 2nd ed. Washington DC, ASM Press, 1999.

Alur Prosedur Lab MK

Pra-Analitik

Intra-Analitik

Pasca-Analitik

Mikrobiologi Klinik
Klinisi Terkait

Klinisi Terkait

Soebandrio A, Konsensus Mikrobiologi Klinik. Jakarta 2005

PEMERIKSAAN MIKROBIOLOGI
Mikroskopis
Kultur dan resistensi
Serologi pemeriksaan antigen dan antibodi
Widal, RPR, TPHA,

Molekuler asam nukleat

PCR

bakteri, virus, jamur

 pendahuluan

Pengelolaan spesimen baik kualitas

baik
Pemilihan
Pengambilan

Pengiriman
Penyimpanan/pengawetan

Kualitas spesimen baik hasil akurat

 pendahuluan

Pengelolaan tidak tepat :

Mikroorganisme tidak ditemukan
Hasil yang ditemukan: mikroorganisme bukan penyebab

Perhatikan :
Spesimen mikrobiologi organisme hidup dapat
bermultiplikasi dan cepat mati
Spesimen tidak lagi representatif bila mikroorganisme
bermultiplikasi selama pengumpulan, pengiriman atau
penyimpanan
Patogenesitas penyakit, sifat-sifat mikroorganisme tersangka

PRINSIP PENGELOLAAN SPESIMEN

1. Utamakan keselamatan dan keamanan petugas
rumah sakit / laboratorium:
Menggunakan alat-alat proteksi
standar (jas lab, sarung tangan,
dll)
Wadah spesimen ditutup rapat
dan tidak bocor
Lepaskan jarum

2. .

 prinsip pengelolaan spesimen

2. Pertimbangkan kenyamanan dan

keamanan pasien:
Informed consent sebelum mengambil spesimen

Tepat dalam waktu pengambilan dan pemilihan spesimen

mencegah resampling

3. ..

 prinsip pengelolaan spesimen

3. Jumlah mikroorganisme hidup saat kultur cukup

Jenis spesimen tepat
Waktu pengumpulan spesimen tepat
Volume cukup
Penyimpanan dan transportasi yang baik
Pemeriksaan yang benar dan tepat
Media transport
Sebelum pemberian antibiotika / bebas
antibiotika 3 hari
Bakteri anaerob: kontak dengan oksigen (-)
4. ..

 prinsip pengelolaan spesimen

4. Hindari kontaminasi flora normal atau dari

lingkungan
Cara pengumpulan spesimen
Tindakan asepsis
Wadah steril dan tertutup rapat / tidak bocor
5. Komunikasi yang baik antara dokter dan
laboratorium mikrobiologi

SUMBER KONTAMINASI OLEH FLORA

NORMAL
Tempat Infeksi

Sumber Kontaminasi

Vesika Urinaria

Uretra dan perineum

Darah

Kulit tempat pungsi

Fistula

Saluran cerna

Infeksi subkutan dan

luka superfisial

Kulit dan membran

mukosa

Miller J. A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology. 1996

PEMILIHAN SPESIMEN
DARAH
URINE
SPUTUM
GASTROINTESTINAL
LUKA, ABSES, EKSUDAT (PUS), LUKA
BAKAR

SALURAN NAPAS ATAS

USAP TENGGOROK
Tekan lidah dengan spatula lidah, usap lidi kapas pada
kedua tonsil dan faring belakang, jangan menyentuh lidah &
uvula
Pemeriksaan Difteri pseudomembran

 saluran napas atas

USAP HIDUNG
Cara:

Masukkan swab sekurangnya 1 cm ke dalam lobang

hidung atau bila ada lesi ambil di pinggir lesi
Putar swab dan diamkan 10 -15
Tusukkan ke medium transpor

Skrining MRSA

SALURAN NAPAS BAWAH

SPUTUM

Bukan saliva !!!

Mukolitik dan inhalasi sebelumnya
Bangun tidur berkumur batuk dalam
Wadah steril

Saliva vs sputum

Sputum + Pewarnaan Gram

Pemeriksaan Mikroskopik untuk

menilai Kualitas Sputum

Sputum Q scores

Evaluasi sel Epithelial dan Leukosit => sputum atau

saliva
>10 SEC/LPF Kualitas spesimen jelek
Bila SEQ > WBC - Kualitas spesimen jelek

Saliva tidak dikultur.

Minta untuk mengambil sampel kembali
Laporkan : Spesimen tidak dapat diterima karena sel
epitel > 10 /LPF

 saluran napas bawah

Lain :
Bronchial washing
Bronchial brushing
Dilakukan oleh dokter dengan
bronkoskopi
Bronchial brushing lebih baik daripada
bronchial washing

Bronchoalveolar lavage
Transtracheal aspiration
Tracheal aspiration

 saluran napas bawah

Beberapa mikroorganisme yang

memerlukan teknik isolasi atau media
tertentu seperti bakteri Corynebacterium
diphteriae, Bordetella pertussis, N.
gonorrhoeae, Legionella spp., Chlamydia,
atau Mycoplasma , dokter pengirim
hendaknya menghubungi laboratorium
mikrobiologi terlebih dahulu sebelum
mengambil spesimen.

DARAH
Possible types of bacteremia
Specimen collection methods
Blood volumes
Number of specimens
Timing of blood cultures
Interpretation of results

Bacteremia

Draw blood cultures as close as possible to the episode of

chills or fever. Do NOT delay, as recovery of
microorganisms diminishes with time after the fever spike.

When ?
Chills

Blood Cultures

Bacteremia
Level

Temp
30
0

Time (min)

60

DARAH

Waktu Pengambilan
Darah

diambil pada saat suhu badan

meningkat
Bakteremia intermiten darah diambil 2-3
kali, dari 2 tempat berbeda,interval 5 menit
aerob dan anaerob (juga menilai kontaminasi)
Untuk typhoid diambil pada demam minggu
pertama.
Sebaiknya sebelum pemberian antibiotik atau
setelah 3 hari antibiotik dihentikan.

 darah

Volume darah
Bayi : 1-3 ml.
Anak-anak: 3-5 ml
Dewasa:10-20 ml
Lokasi pengambilan :
Pada vena perifer, bukan pada ujung kateter
Cara pengambilan :
Proses aseptik dan antiseptik

SALURAN KEMIH: URIN

Pemeriksaan semikuantitatif
Sampel:
Mid stream urine ( Clean catch urine, urin porsi tengah)
Supra pubic puncture terutama kultur anaerob
Urin kateter

Transport :
minimal 2 jam setelah pengumpulan spesimen
> 2 jam : lemari es (bukan freezer)

Cara pengumpulan spesimen urin

1. Mid stream urine ( Clean catch
urine )
Explain to patients !
urine pertama di pagi hari
spesimen dikumpulkan di
pertengahan urine dikeluarkan
Penis / vulva dibersihkan
dengan air sabun atau tissue
basah steril
Hindari kemih mengenai kulit

Cara pengumpulan spesimen urin

2. Urin Kateter
bukan dari catheter bag
kumpulkan dari selang indwelling
catheter melalui sampling port
setelah dibersihkan dengan swab
alkohol terlebih dahulu

Cara pengumpulan spesimen urin

Cara pengumpulan spesimen urine

3. Urine Aspirasi Suprapubik

Spesimen urine paling
baik
Invasif

Tindakan secara aseptik

Dikerjakan bila urin porsi
tengah sulit didapatkan

SPESIMEN SALURAN CERNA

FESES

Feses segar sebanyak + 10 gram/ 1 sendok

teh, taruh dalam wadah bersih, jangan
tercampur dengan urine atau air kloset.
Feses berdarah atau berlendir, ambil bagian
berdarah/ berlendir

 spesimen saluran cerna

USAP DUBUR (rectal swab)

Bayi,

konstipasi
memasukkan lidi kapas
steril sepanjang 1 inchi/ 2,5
cm ke dalam sfingter anus.
Secara hati-hati, putar lidi
kapas pada kripte anus
searah jarum jam dan putar
balik lidi kapas.
Bila tidak langsung
ditanam, masukkan ke
dalam media transport
Carey-Blair.

 spesimen saluran cerna

Pemeriksaan spesimen feses

dilakukan dengan tujuan untuk
mengisolasi Shigellae, Salmonella,
E. Coli patogen, dan dengan
permintaan khusus yaitu
Clostridium difficile, Vibrio, dan
Yersinia.

LUKA / ABSES
Cara : biopsi (terbaik), aspirasi, dan swab
Anaerob : biopsi dan aspirasi
Aspirasi untuk :

Abses tertutup
Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang
tertutup debris superfisial

Swab :

Pus diluar dibersihkan terlebih dahulu dengan swab

yang telah dicelupkan dengan NaCl steril dengan swab
baru buat usapan dari dasar ulkus

Tidak dianjurkan untuk mengambil pus yang

berasal dari drain

 luka / abses

BIOPSI DAN ASPIRASI

Aspirasi untuk :
Abses tertutup
Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang tertutup
debris superfisial

 luka / abses

SWAB

UROGENITALIA
A. Urogenitalia wanita Usap vagina, usap serviks

Jangan gunakan pelumas (lubricant), analgetik, atau

antiseptik.
Bersihkan vulva dangan kapas/kassa yang dibasahi
dengan aquades atau NaCl steril
Masukkan spekulum dengan hati-hati
Ambil sampel dari forniks posterior vagina atau
endoserviks dengan kapas lidi steril. Ambil 2 swab.
Bila penderita belum menikah, jangan gunakan
spekulum, ambil sampel dengan kapas lidi steril
dengan hati-hati.

B. Urogenitalia Pria Sekret uretra

Ambil sampel paling sedikit 2 jam setelah penderita
berkemih
Bersihkan glans penis dengan kapas/kassa yang
dibasahi dengan air/Na Cl steril
Lakukan urutan ringan dari pangkal ke ujung penis, dan
ambil sekret yang keluar dengan lidi kapas steril.
Bila tidak terlihat sekret, masukkan swab urogenital
kira-kira 2 cm ke endouretra, putar perlahan 5-10
detik

PEMERIKSAAN

MYCOBACTERIUM

Sputum
Waktu pengambilan :
Sputum pertama pagi sesudah bangun
tidur, 3 kali berturut-turut bila diperlukan
Sputum sewaktu di bawah pengawasan
dokter pagi - sewaktu

Alat : Wadah + Penutup ( bersih )

Cara pengambilan ( sama dengan
diatas)
Jumlah : 3-5 ml

 pemeriksaan Mycobacterium

Bahan lain
Waktu pengambilan : sewaktu.
Cairan Pleura (> 50 cc)
Bronchial wash ( minimal 40 50 cc )
Aspirat Trakhea
Liquor ceresbrospinal & cairan sendi
Jaringan biopsi ( dianjurkan jaringan yang nekrotik ).
Bilasan lambung ( minimal 50 cc ).
Urin ( urin porsi tengah bangun tidur, minimal 10 cc, 3 hari
berturut-turut).
Feces

PEMERIKSAAN ANAEROB
Kriteria spesimen yang baik untuk
pemeriksaan kuman anaerob :
Spesimen yang baik diambil secara tepat (aspirasi
atau biopsi jaringan swab)
Tidak tercemar oleh mikroba yang tidak diinginkan
Terhindar dari kontak dengan udara.
Menggunakan media transport anaerob (bila perlu)

 pemeriksaan anaerob

PENYIMPANAN & PENGIRIMAN ANAEROB

Spesimen :
Medium

transport
anaerob thioglikolat
kantong anaerob

Sampel penderita
dalam spuit tidak
dianjurkan
Jangan dimasukkan
dalam lemari es

 pemeriksaan anaerob

Spesimen yang bukan untuk kultur anaerob

Spesimen
Eksudat atau material lain yang diambil dari luka di
permukaan, abses, luka bakar, kista, ulkus
Swab vagina, serviks dan uretra
Spesimen saluran nafas yang diambil dengan swab,
suction nasotrakeal atau orotrakeal, sputum, bronkoskopi
Feses, usap dubur
(kecuali sampel feses dengan permintaan spesifik :
C.difficile, C. botulinum)

Urin porsi tengah atau urin dari kateter

DIAGNOSIS LABORATORIUM INFEKSI VIRUS

Pengumpulan, pengolahan dan pengiriman

Persyaratan Umum spesimen:

1. Jumlah bahan cukup

2. Bahan mewakili suatu proses infeksi ---- SESUAI

PATOGENESIS
3. Hindari kontaminasi
4. Dikirim dan diperiksa sesegera mungkin
5. Untuk pembiakan, spesimen dikirim pada 4-8oC,
jangan dibekukan.

Cara Pengambilan Spesimen

Proses selanjutnya:
- masukkan swab ke dalam cryotube yang berisi media
transport virus
- Putuskan tangkai plastik didaerah mulut
botol/tabung.
- Bungkus tabung dgn tisu bersih, masukkan ke tabung
kemas
- Masukkan kertas koran yang telah diremas
- Masukkan tabung ke dalam kotak pengiriman primer

Cara Pengambilan Spesimen

Bilasan bronchoalveolar:
- Spesimen yang diambil dpt berupa bilasan bronkoalveolar, aspirasi
trakeal, atau cairan pleural.
- Separuh cairan disentrifugasi (lab BSL 2+)
- Endapan selnya difiksasi dgn formalin
- Sisa cairan ditampung

Pengambilan spesimen swab

Spesimen nasopharynx

Spesimen oropharynx

Label untuk usap oro dan nasopharynx

Nama

Umur

Jenis Kelamin

Tanggal pengambilan :
Tempat

Dibungkus dengan Parafilm (agar kedap air)

a. Masukkan dalam plastik kedap air

b. Sisipkan kertas penyerap cairan

1. Masukkan kedalam wadah spesimen

2. Tutup wadah disegel

Pemberian Identitas
wadah spesimen

1. Beri pendingin (ice pack) min. 4 5 buah.

2. Masukkan kedalam box stirofoam.
3. Beri ganjal agar spesimen tidak terbalik.

Pemberian label untuk pengiriman

Kepada:
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI KLINIK FKUI
Jl. Pegangsaan Timur No.16
Jakarta 10320 - INDONESIA
Telp : 0213120491/92
FAX : 021-3100810

Pengirim:
Dr. ....
RS/Pkm
(Kota.)
Telp:...

FRAGILE/Mudah Pecah

ALAMAT
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI KLINIK FKUI
Jl. Pegangsaan Timur No.16
Jakarta 10320 - INDONESIA
Telp : 0213120491/92
FAX : 021-3100810

DIAGNOSIS LABORATORIUM INFEKSI JAMUR

Pengumpulan, pengolahan dan pengiriman

Persyaratan Umum spesimen:

1.Jumlah bahan cukup

2. Bahan mewakili suatu proses infeksi
3. Hindari kontaminasi
4. Dikirim dan diperiksa sesegera mungkin
5. Bahan diambil sebelum pengobatan dimulai

Mikosis Superfisialis

Rambut
Pinset/gunting steril, rambut dicabut/digunting
sedekat mungkin dengan kulit kepala
Kulit
Kerokan diambil dari pinggir lesi/ bagian yang aktif.

Sebelum pengambilan bahan, daerah yang terinfeksi dibersihkan dulu

dengan isopropanol/alkohol 70%
Pemeriksaan langsung dengan KOH, identifikasi dengan biakan

Kuku
Kerokan, guntingan kuku atau kulit utuh.
Kuku dibersihkan dengan isopropanol/alkohol 70%. Buang
kerokan superfisial, dan kumpulkan kerokan dari bagian yang
sakit yang lebih dalam dan di bagian bawah kuku
Pemeriksaan langsung dengan KOH, identifikasi dengan
biakan

PENGAMBILAN SPESIMEN KEROKAN KULIT UNTUK

PEMERIKSAAN MIKOSIS SUPERFISIALIS

Mikosis Subkutis

Abses dan eksudat : Biopsi atau aspirasi

Jaringan diiris/digerus sebelum dibiak
Jika banyak, ambil dari daerah purulen atau
daerah yang terdapat perubahan warna

Mikosis Profunda
SPESIMEN SESUAI PATOGENESISNYA

Darah dan sumsum tulang

Untuk darah harus dilakukan dengan lysis
centrifugation , kemudian dibiak, sedangkan
sumsum tulang dapat langsung dibiak
Cairan serebrospinal
Disentrifugasi dulu sebelum dibiak pada medium
tanpa antibiotik. Pewarnaan dengan tinta India

Sekret saluran nafas

Sputum, aspirat transtrakeal, cairan pleura
Sputum pagi hari, dapat dibantu dengan nebulizer

Wadah steril tertutup

Urin

Urin pancaran pertama pagi hari

Sekret genitalia

LEMBAR PERMINTAAN

PELABELAN
Label melekat pada kontainer:
Nama pasien:
No rekam medis:
Dokter:
Ruangan / Bagian / Poliklinik:
Tanggal pengambilan:
Waktu pengambilan:

Catatan tambahan: urgent/rutin/elektif atau

berisi patogen berbahaya.
Waktu penerimaan spesimen harus dicocokkan
dengan lembaran permintaan.

PENYIMPANAN DAN PENGIRIMAN

Wadah yang kuat (tidak pecah/ tidak

bocor / tidak tumpah)
Terbaik bila spesimen langsung
dikirim ke laboratorium pada suhu
ruang pemeriksaan/penanaman
dilakukan dalam waktu kurang dari 1
jam.
Darah bed site
Swab jangan sampai kering

 penyimpanan & pengiriman

Transportasi > 1- 2 jam

spesimen tanpa medium transport harus

disimpan dalam 4C, KECUALI untuk
pemeriksaan darah, anaerob, cairan tubuh,
swab luka atau curiga infeksi oleh Haemophilus,
Meningokokus, dan Gonokokus.
Gunakan medium transport diperiksa kurang
dari 24 jam.

Medium transport : Stuart, Amies, CaryBlair, Pepton alkali, thioglikolat

Spesimen ditolak atau

diterima dengan catatan bila :

Penderita memakai antibiotik

Ada kemungkinan bahan terkontaminasi
Jumlah kurang
Penyimpanan dan pengiriman tidak
memenuhi syarat
Bahan untuk pemeriksaan anaerob tidak
dikirim dalam suasana anaerob.

GOOD QUALITY SPECIMENS

ARE NEEDED FOR RELIABLE
MICROBIOLOGIC
DIAGNOSES

TERIMA KASIH