Pengambilan 

Spesimen Mikrobiologi
 Tujuan Pemeriksaan Mikrobiologi
3

 Memberikan informasi yang akurat tentang ada atau
tidaknya mikroba di dalam spesimen yang mungkin
merupakan penyebab infeksi
 
 Bila terdapat pertumbuhan dan merupakan patogen
maka dilanjutkan dengan uji kepekaan mikroba
terhadap antibiotik
 Quality In 4 Quality Out

Test ordering
Result transcription
Order transcription
Result delivery
Patient preparation Sample testing
Result review
Specimen collection
Action taken on basis of
Specimen identification result
Specimen transport

Pre analy tical      Analy tical       Post analytical

 Pendahuluan

 Pemeriksaan Mikrobiologi:
 Mikroskopik
 Kultur dan Resistensi
 Serologi:
Deteksi antigen
Deteksi antibodi
 Molekular:
Deteksi asam nukleat
Spesimen yang baik
 … pendahuluan

Pengelolaan  spesimen baik  kualitas baik
• Pemilihan
• Pengambilan
• Pengiriman
• Penyimpanan/pengawetan
 
 Kualitas spesimen baik  hasil akurat
 … pendahuluan

 Pengelolaan tidak tepat 
 Mikroorganisme tidak ditemukan
 Hasil yang ditemukan: mikroorganisme bukan penyebab
 
‼
 Spesimen mikrobiologi mungkin mengandung organisme hidup yang
dapat bermultiplikasi dan cepat mati
 Spesimen tidak lagi representatif bila flora pendamping
bermultiplikasi selama pengumpulan, pengiriman atau penyimpanan
 Patogenesitas penyakit, sifat­sifat mikroorganisme tersangka
 PRINSIP PENGELOLAAN SPESIMEN

1. Utamakan keselamatan dan keamanan petugas rumah
  sakit / laboratorium:
Menggunakan alat­alat proteksi standar
(jas lab, sarung tangan, dll)
 

Wadah spesimen ditutup rapat dan
tidak bocor
 

Lepaskan jarum
 
2. …….
 
 … prinsip pengelolaan spesimen

2. Pertimbangkan kenyamanan dan keamanan
pasien:
 
Informed consent sebelum mengambil spesimen
 

Tepat dalam waktu pengambilan dan pemilihan spesimen  
mencegah resampling
 
3. …..
 … prinsip pengelolaan spesimen

3. Jumlah mikroorganisme hidup saat kultur cukup
 

Jenis spesimen tepat
Waktu pengumpulan spesimen tepat
Volume cukup
Penyimpanan dan transportasi yang baik
Pemeriksaan yang benar dan tepat
Media transport
Sebelum pemberian antibiotika / bebas antibiotika ± 3 hari
Bakteri anaerob: tidak/sedikit mungkin kontak dengan oksigen
 
4. …..
 … prinsip pengelolaan spesimen

4. Hindari kontaminasi flora normal atau dari lingkungan
 

Cara  pengumpulan spesimen
 
Tindakan asepsis
 
Wadah steril dan tertutup rapat / tidak bocor
 
5. Komunikasi yang baik antara dokter dan laboratorium
mikrobiologi
 
 
 SUMBER KONTAMINASI OLEH FLORA NORMAL

Tempat Infeksi Sumber Kontaminasi
Vesika Urinaria Uretra dan perineum

Darah Kulit tempat pungsi

Fistula Saluran cerna

Infeksi subkutan dan luka Kulit dan membran mukosa
superfisial
 Miller J. A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology. 1996
 Pengambilan Spesimen

 Fase akut, sebelum pemberian antibiotik
 Tempat pengambilan yang tepat
 Pengambilan yang tepat, hindari kontaminasi
 Jumlah yang cukup
 Kontainer
 Label
 Transpor
 Spesimen yang Diambil Pasien
14

 Urin, Sputum, Feses, Semen
 
 Jangan menganggap pasien sudah tahu cara mengambil
 
 Instruksi tertulis: apakah akan dibaca dan dimengerti?
Verbal, gambar dan tertulis
 SALURAN KEMIH: URIN

 Pemeriksaan semikuantitatif
 Sampel:
 Mid stream urine ( Clean catch urine, urin porsi tengah)
 Supra pubic puncture – terutama kultur anaerob
 Urin kateter
 Transport :
 Dalam 2 jam, suhu ruang
 > 2 jam : lemari es 40C (bukan freezer)
 
 Cara pengumpulan spesimen urin

1. Mid stream urine ( Clean catch urine )
 

JELASKAN!
urin pertama di pagi hari
spesimen dikumpulkan di
pertengahan urin dikeluarkan
Penis / vulva dibersihkan dengan
air sabun atau tissue basah steril
Hindari urin mengenai kulit
 
 
 Cara pengumpulan spesimen urin

2. Urin Kateter
 

 bukan dari catheter bag
 
 kumpulkan dari selang indwelling catheter melalui sampling port
setelah dibersihkan dengan swab alkohol terlebih dahulu
 
 T IDAK dapat digunakan potongan ujung kateter
Cara pengumpulan spesimen urin
 Cara pengumpulan spesimen urine

3. Urine Aspirasi Suprapubik

Spesimen urine paling baik

Invasif

Tindakan secara aseptik

Dikerjakan bila urin porsi
tengah sulit didapatkan
 
 SPESIMEN SALURAN CERNA

 FESES
 Feses segar sebanyak + 10 gram/ 1 sendok teh,
taruh dalam wadah bersih, jangan tercampur
dengan urine atau air kloset.
 Feses berdarah atau berlendir, ambil bagian
berdarah/ berlendir
 
 … spesimen saluran cerna
Juni
2006

USAP DUBUR (rectal swab)
 Bayi, konstipasi
 
 memasukkan lidi kapas steril sepanjang
1 inchi/ 2,5 cm ke dalam sfingter
anus. Secara hati­hati, putar lidi
kapas pada krip te anus searah jarum
jam dan putar balik lidi kapas.
 
 Bila tidak langsung ditanam, masukkan
ke dalam media transport Carry­Blair.

 
 … spesimen saluran cerna

ª Spesimen feses dikirim pada suhu dingin dalam 2 jam
 
ª Usap dubur di dalam medium transpor dikirim pada suhu
ruang sampai 6 jam
 
ª Pemeriksaan spesimen feses dilakukan dengan tujuan untuk
mengisolasi Shigellae, Salmonella, E. Coli patogen, dan dengan
permintaan khusus yaitu Clostridium difficile, Vibrio, dan
Yersinia.
 SALURAN NAPAS ATAS

 USAP T ENGGOROK
 Tekan lidah dengan spatula lidah, usap lidi kapas pada kedua tonsil dan faring belakang, jangan
menyentuh lidah & uvula
 
 Pemeriksaan Difteri  pseudomembran
 
 Bukan untuk mencari patogen penyebab sinusitis, otitis media atau infeksi saluran nafas bawah
 … saluran napas atas
Juni
2006

 USAP HIDUNG
 Masukkan swab sekurangnya 1 cm ke dalam lobang
hidung atau bila ada lesi ambil di pinggir lesi
 
 Putar swab dan diamkan 10 ­15’

 
 Tusukkan ke medium transpor

 
 Hanya untuk skrining MRSA atau identifikasi virus
influenza (PCR)
 
 Telinga

 Saluran telinga luar
 
 Bersihkan kotoran saluran telinga luar menggunakan swab yang dibasahi
NaCl
 Ambil spesimen dengan mengusapkan dinding saluran telinga dengan
tekanan menggunakan swab kapas
 
 Telinga
 Saluran telinga tengah
 Indikasi biakan: complicated, recurrent, atau chronic persistent
otitis media.
 Membran timpani intak:
Bersihkan liang telinga luar dengan swab steril yang dibasahi NaCl steril
Tympanocentesis  aspirasi, masukkan ke dalam medium transpor
 Membran timpani ruptur
Bersihkan liang telinga luar dengan swab steril yang dibasahi NaCl steril
Ambil cairan dengan aspirasi atau swab kecil, masukkan dalam medium
transpor
 Kirim ke lab dalam waktu <2jam
 MATA

 Spesimen diambil oleh dokter spesialis mata
 
 Konjungtiva:
 Chlamydia: gunakan swab kalsium alginat dengan medium transpor (bisa digunakan media
transpor virus)
 Virus: gunakan swab dacron dengan medium transpor
 Pemeriksaan biakan bakteri aerob: bila konjungtiva purulen, ambil dengan swab kapas
dengan medium transpor
 Tangkai swab tidak terbuat dari kayu
 Gunakan swab yang berbeda untuk mata kanan dan kiri. Pengambilan spesimen harus
dari kedua mata meskipun infeksi hanya di salah satu mata
 Ambil 2 swab untuk sediaan apus dan biakan
 Tidak untuk biakan anaerob
 Kirimkan ke lab pada suhu ruang
 
 MATA

 Kornea:
 Kerokan kornea
 Langsung masuk ke medium transpor atau inokulasi langsung ke agar
darah dan agar coklat (bedsite)
 Sediaan untuk mikroskopik tidak dilakukan secara rutin
 Kirimkan ke lab pada suhu ruang

 
 Cairan intra­okuler:
 Aspirat
 Kirimkan ke lab pada suhu ruang
 
 
 SALURAN NAPAS BAWAH

 SPUT UM
   Bukan saliva !!!
   Mukolitik dan inhalasi sebelumnya
  Bangun tidur – berkumur dengan air    matang –
batuk dalam
   Wadah steril
 Sputum

 Sputum yang dikeluarkan secara spontan
 Sputum yang dikeluarkan dengan induksi
 Sputum dari endotrakheal yang diambil melalui mucus
extractor atau double lumen suction
 T IDAK dapat digunakan potongan ujung selang
 … saluran napas bawah

 Beberapa mikroorganisme yang memerlukan teknik isolasi
atau media tertentu seperti bakteri Corynebacterium
diphteriae, Bordetella pertussis, N. gonorrhoeae, Legionella
spp., Chlamydia, atau Mycoplasma, dokter pengirim
hendaknya menghubungi laboratorium mikrobiologi terlebih
dahulu sebelum mengambil spesimen.
  
PEMERIKSAAN  MYCOBACT ERIUM

Sputum
 Waktu pengambilan  :
 Sputum pertama pagi sesudah bangun tidur, 3 kali berturut­turut bila
diperlukan
 Sputum sewaktu di bawah pengawasan dokter – pagi ­ sewaktu
 
 Alat : Wadah + Penutup ( bersih )
 Jelaskan cara pengambilan (bukan saliva!)
 Jumlah : 3­5 ml
 
 … pemeriksaan Mycobacterium

BAHAN LAIN
 Waktu pengambilan : sewaktu.
 Cairan Pleura (> 50 cc)
 Bronchial wash ( minimal 40 – 50 cc )
 Aspirat Trakhea

 Liquor ceresbrospinal & cairan sendi

 Jaringan biopsi ( dianjurkan jaringan yang nekrotik ).

 Bilasan lambung ( minimal 50 cc ).

 Urin ( urin porsi tengah bangun tidur, minimal 10 cc,  3 hari berturut­
turut).
 Feces

 
 GENITAL T RACT SPECIMENS

 For Females
 Cervical specimens should be collected
after removing excess mucous from the
cervical os and surrounding mucosa
 Use a second swab to collect specimen by
rotating the swab for 10 to 30 secs. in
the endocervical canal
 Collect vaginal specimens using a speculum
without any lubricant
 
 GENITAL T RACT SPECIMENS

 For males
 Urethral specimens are collected by
inserting a swab 2 to 4 cm. into
the urethra and rotating the swab
for 2 to 3 seconds
 GENITAL T RACT SPECIMENS

 For HSV lesions
 Fluid from lesions should be aspirated using a syringe
 Swab can be used to collect vesicle fluid or cellular material
from the base of the lesion before crusting and healing
have begun
 Genital Specimens

Specimen source Potential Primary plating

Pathogens media
Cervix Chlamydia; GC; herpes SBA, Choc, T M;
viral transport media
for herpes
Cul­de­sac Anaerobes, GC, CT, SBA, choc, T M,
enterics Mac, ana, thio

Endometrium Mixed aerobes / SBA, choc, T M,

anaerobes Mac, ana, thio
 
Vagina Group B strep; SBA; LIM or other
Mixed aerobes anaerobes special broth
BV
 LUKA / ABSES

 Cara : biopsi (terbaik), aspirasi, dan swab
 Anaerob : biopsi dan aspirasi
 Aspirasi untuk :
 Abses tertutup

 Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang tertutup debris
superfisial
 Swab :
 Pus diluar dibersihkan terlebih dahulu dengan swab yang telah
dicelupkan dengan NaCl steril dengan swab baru buat usapan dari
dasar ulkus
 Tidak dianjurkan untuk mengambil pus yang berasal dari drain
 … luka / abses

Aspirasi untuk :
• Abses tertutup
• Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang tertutup debris
superfisial
 … luka / abses

SWAB

Juni
2006
 Faktor Penting dalam Pengambilan Spesimen DARAH

 Tipe bacteremia
 Metode pengambilan spesimen
 Volume
 Jumlah spesimen
 Waktu pengambilan spesimen
 Interpretasi
Bacteremia
 Kapan ?

Ambil spesimen darah sedekat mungkin dengan waktu demam.
Jumlah bakteri menurun ketika suhu tubuh menurun.
 
Demam Biakan Darah

Bacteremia
Level
Temp
30

0 60
Waktu (min)
 Efek Volume

*Reprinted from Infectio us Disease Clinics of North America, Vol 16, M.L. Towns and L. B. Relle r, Diagnostics

methods: Current best practices and guidelines for isolatio n of bacteria and fungi in infective endocarditis, p.
363­376(2002) with permissio n from Elsevie r.

44
Jumlah Spesimen
45
 Jumlah Set

2­3 set spesimen akan dapat meningkatkan angka
deteksi~99% episode sepsis.
 
JANGAN hanya menggunakan 1 set spesimen untuk
diagnosis sepsis pertama kali
 
Set: diartikan sebagai jumlah spesimen yang diambil dari 1
tempat (vena), untuk pemeriksaan bakteri aerob dan
anaerob
 
 Sampling: Children
Sepsis – Blood culture

Concentration of bacteria in children bloodstream is usually higher than in adults. Therefore the amount of blood
required can be as low as few milliliters.
Concentration of bacteria in bloodstream decreases with age, the volume has to increase as well.

Weight of Recommended volume of blood for culture (mL) % of patient’s total blood

patient volume
Culture 1
kg Pediatric bottle %
≤ 1 0,5 to 2 4

1.1 – 2 1.5 to 4.5 4.5

2.1 – 12.7 3 to 6 3
Weight of Recommended volume of blood for culture (mL) % of patient’s
patient total blood volume
Culture 1 Culture 2 Culture 3
  Aerobic Anaerobic Aerobic Anaerobic Aerobic Anaerobic %
12.8 – 36.3 5 5 to 7 5 to 7 5     2.9

Anaerobi>36.3 10
c  bot t les allow the growth of both aerobic10 and anaerobic  organi
10 sms. 10 10 10 2.8

(5) ‘’European Manual of Clin ical Microbiology’’ ESCMID 1st edition. 2012.
 Anticoagulation

 Entrapped bacteria within a clot may go undetected
 Inoculated into sterile tube containing an anticoagulant for
transport to the laboratory
 Heparin, EDTA, Citrate : not recommended
 SPS (Sodium polyanethol sulfonate)
 0,025­0,03%
 SPS : anticoagulant, anti­complementary, anti­phagocytic, interferes
activity of some antibiotics
 Inhibit Neisseria spp., Gardnerella vaginalis, Streptobacil us moniliformis,
Peptostreptococcus anaerobius
 
 Step­by­step method:

1 Clean the selected area with 70% alcohol, swabbing concentrically from
the venipuncture site outward.
2 Clean again with 10% povidone­ iodine or 2% tincture of iodine, again
swabbing concentrically from the venipuncture site outward.
3 Allow the iodine to dry completely (at least 1 minute) before performing
venipuncture.
4 While waiting for the site to dry, the plastic cap covering each blood
culture bottle should be removed, and the rubber stopper should be
decontaminated with 70% alcohol. (Iodine solutions will disintegrate the
rubber and should not be used.)
Clean the tops of the tubes with alcohol if visibly dirty or dusty.
 Step­by­step method

5 Perform venipuncture, withdrawing 5 to 7 mL of blood.

6 Place needle into the blood culture bottle. Place at least 3 mL into
the blood culture bottle. Do not change needles between venipuncture
and inoculation of the bottle.
7 Remove residual iodine solution from the skin with alcohol.

8 Hold pressure for 30 to 60 seconds.

9 Inspect site for bleeding. If bleeding is noted, repeat step 8.

 
Order:
sterile – plain – Citrate – Heparin – EDTA­K3 – Oxalate­F
 Pemeriksaan biakan ujung CVC hanya dilakukan bersamaan
dengan pengambilan darah vena untuk biakan
 Indikasi: sepsis karena infeksi aliran darah
 Biasanya dilakukan bila tidak ditemukan sumber infeksi lain
(pneumonia, infeksi intra abbdomen, ISK, dll)
 Bila hasil biakan ujung CVC sama dengan biakan darah,
dianggap sumber infeksi adalah ujung CVC
 PEMERIKSAAN ANAEROB

 Kriteria spesimen yang baik untuk pemeriksaan kuman
anaerob :
 Spesimen yang baik diambil secara tepat (aspirasi atau biopsi
jaringan)
 Tidak tercemar oleh mikroba yang tidak diinginkan
 Terhindar dari kontak dengan udara.
 Menggunakan media transport anaerob
 … pemeriksaan anaerob
PENYIMPANAN & PENGIRIMAN ANAEROB

Spesimen :
Medium transport anaerob 
thioglikolat dimasukkan kantong
anaerob
 
Sampel penderita dalam spuit
 tidak dianjurkan
 
Jangan dimasukkan dalam lemari
es
 … pemeriksaan anaerob
Spesimen yang bukan untuk kultur anaerob

Spesimen
Eksudat atau material lain yang  diambil dari luka di permukaan,
abses, luka bakar, kista, ulkus
Swab vagina, serviks dan uretra

Spesimen saluran nafas yang diambil dengan swab, suction
nasotrakeal atau orotrakeal, sputum, bronkoskopi
Feses, usap dubur
(kecuali sampel feses dengan permintaan spesifik :  C.difficile, C.
botulinum)
Urin porsi tengah atau urin dari kateter
Melabel pada sisi wadah,
Bukan pada tutup.
Label menyantumkan:
•Nama
•Tanggal lahir/umur
•Tempat rawat/nama poli
•Jenis spesimen dan sumber
•Tanggal dan jam pengambilan
 FORMULIR PENGIRIMAN SPESIMEN

Identitas pasien (nama lengkap, jenis kelamin, umur)
Identitas dokter pengirim (nama lengkap, alamat, nomor telepon)
Alamat lengkap rumah sakit/ tempat pasien dirawat
Deskripsi singkat dan jelas asal spesimen
Tanggal dan jam pengambilan spesimen
Diagnosis atau keadaan klinis pasien saat pengambilan
spesimen
Permintaan pemeriksaan laboratorium mikrobiologi: Aerob,
anaerob, Gram
Antibiotika yang telah diberikan
 PENYIMPANAN DAN PENGIRIMAN

 Wadah yang kuat (tidak pecah/ tidak bocor / tidak
tumpah)
 Terbaik bila spesimen langsung dikirim ke laboratorium
pada suhu ruang pemeriksaan/penanaman dilakukan
dalam waktu kurang dari 1 jam.
 Darah  bed site
 Swab  HARUS dalam medium transpor
 
 … penyimpanan & pengiriman

 Transportasi > 1 jam
 spesimen  tanpa medium transport harus disimpan  dalam 4C,
KECUALI untuk  pemeriksaan darah, anaerob, cairan tubuh, swab luka
atau curiga infeksi oleh Haemophilus, Meningokokus, dan  Gonokokus
 
 Gunakan medium transport  diperiksa kurang dari 24 jam.

 
 Medium transport : Stuart, Amies, Cary­Blair, Pepton alkali,
thioglikolat
 Spesimen ditolak atau
diterima dengan catatan bila :

 Penderita memakai antibiotik
 Ada kemungkinan bahan terkontaminasi
 Jumlah kurang
 Penyimpanan dan pengiriman tidak memenuhi syarat
 Bahan untuk pemeriksaan anaerob tidak dikirim dalam
suasana anaerob.
 Masalah dalam Identifikasi Fenotip

 Beberapa patogen tidak dapat
dibiakkan dengan medium yang rutin
digunakan
 
Chlamydia pneumoniae
 
 Bakteri tertentu memerlukan masa
tumbuh yang lebih dari 24 jam

Legionella pneumophila
 Masalah dalam Identifikasi Fenotip

 Sifat fenotip tertentu dari suatu mikroba mungkin bervariasi
tergantung kondisi inkubasi yang digunakan di laboratorium
 
 Suatu sifat fenotip mungkin dimiliki oleh beberapa spesies
mikroba dan dikode oleh gen yang berbeda
 
 Diperlukan identifikasi toksin atau faktor virulen lainnya
 
 
 Lalu bagaimana?

Pilihan:
 
 Serologi
 
 Molekuler: PCR
 Deteksi Antigen

 Mendeteksi struktur spesifik mikroba (antigen) dalam
spesimen pasien
 
 Digunakan untuk identifikasi mikroba (dari kultur
murni)
 
 
 Deteksi Antibodi

 IgM
 Awal infeksi (7­10 hari)
 Mengindikasikan infeksi akut
 
 IgG
 Riwayat infeksi atau imunisasi
 Untuk diagnosis diperlukan pengukuran konsentrasi IgG pada serum akut
dan seru konvalesen ( beda 7 hari)
 Mengetahui beberapa infeksi kronik, epidemiologi
 Hasil Negatif Palsu
(pada pasien yang terinfeksi)

 
 Sistem imun yang tidak normal
Kongenital atau penyakit imunodefisiensi


 Penggunaan obat penekan sistem imun (transplantasi (kanker)

 
 Neonatus: sistem imun belum sempurna
 
 Pada infeksi tertentu antibodi terbentuk sangat lambat (sampai
beberapa bulan. Misal infeksi legionella
 Hasil Positif Palsu

 Reaksi silang (kekerabatan bakteri terlalu dekat)
 
 Reaktifasi mikroba laten akibat infeksi oleh mikroba
berbeda
 
 Mendapatkan immunoglobulin (vaksin pasif)
 Keterbatasan PCR:
Clinical significance of positive PCR

 PCR dapat mendeteksi mikroba dengan jumlah yang
lebih sedikit dari metode lain  interpretasi kadang sulit,
apakah betul sebagai penyebab?
pengembangan metode kuantitatif
 
 PCR dapat mendeteksi mikroba yang mati dan hidup
    dilakukan deteksi RNA