PENGAMBILAN SAMPEL

MIKROBIOLOGI
HIPPII CABANG JABAR

http://www.free-powerpoint-templates-design.com
Pengambilan Sampel
Mikrobiologi
Postulat Koch : pembuktian patogen
penyebab infeksi
 Specimen Collection –
Awal adalah yang terpenting!!!!

Laboratory Training for Field Epidemiologists

E P I D E M I C A L E R T A N D R E S P O N S E
Faktor-faktor yang mempengaruhi hasil mikrobiologi

Sample Sample
Transport Sample
handling
Sample receiving
Collection
Analysis
Patient Outside laboratory
preparation
Within laboratory

Requisition Results

Patient
Doctor Reports
Darah
Urine
 Indikasi Pemeriksaan Kultur Urine
Sepsis workup
Memiliki gejala ISK
Pasien Immunokompromais
Bumil
Pasien pembedahan dengan risiko trauma urogenital
 Urine-1
Clean-catch midstream
• Persiapan penderita: Bersihkan genitalia
Externa; bagian awal di buang dan setelah
beberapa mL lewat; collect midstream tanpa
menghentikan aliran urine.
• Kontainer: Sterile, screw-cap container atau
urine transport kit 2-3 mL
Catheter
• Persiapan penderita: Bersihkan area Urethra,
insersi catheter, dan biarkan 15 mL pertama
lewat; kemudian tampung sisanya
• Kontainer: Sterile, screw-cap container atau
urine transport kit
 Urine-2
Indwelling catheter
• Persiapan penderita: Disinfeksi catheter
collection port, aspirasi 5-10 mL dg jarum spuit
• Kontainer: Sterile, screw-cap container atau
urine transport kit
Aspirasi Suprapubic
• Persiapan penderita: Disinfeksi Kulit, aspirasi dg
spuit melalui dinding Abdomen ke dalam vesica
urinaria yg penuh
• Kontainer: Sterile, screw-cap container atau
anaerobic transport system
Kultur urin pada pemasangan kateter
indwelling lebih dari 48 jam

Clinical Excellence Commission 2015

Kriteria Penolakan spesimen urin

Urine 24 jam
Urine lebih dari 2 jam
dalam suhu ruang

Urine dari kantung

kateter

Permintaan kultur
anaerob untuk urine
Saluran pernapasan bagian bawah
 Pendahuluan
Kultur dari sal. nafas bagian bawah sangat bermanfaat walau tidak mudah

Spesimen mudah terkontaminasi dengan sekret air liur dari sal. nafas atas

Tidak semua agen penyebab pneumonia dapat dengan mudah dikultur (co.
Legionella spp., Chlamydia spp., Mycoplasma pneumoniae)

Apabila terdapat efusi pleura maka pilihan pengambilan sampel adalah

thorakocentesis
 Sputum sampel
Pasien dilarang untuk berkumur kumur dahulu
dengan air non steril untuk menghindari
kontaminasi dengan mikroba lingkungan

Spesimen sebaiknya berasal dari proses

batuk yang dalam bukan dari air liur

Lebih dianjurkan sputum saat

bangun di pagi hari (efek pooling)

Spesimen ditampung pada pot

sputum steril yang tertutup

Teknik :
 Sputum Induksi
Sikat gigi sekitar 10-15
menit sebelum dilakukan
induksi dengan
menggunakan sikat gigi dan
air steril

Jangan gunakan
pasta gigi

Pasien diminta
berkumur dengan
NaCl fisiologis steril

Pasien diminta untuk diuap

dengan menggunakan 20-
30 ml NaCl 3% (hipertonik)
dengan alat nebuliser

Tampung sputum
yang dihasilkan
dalam pot sputum
 Trakeostomi dan ETT

Sedot sputum dengan menggunakan mesin

suction yang sudah dihubungkan ke mucus trap

Jangan melakukan kultur kecuali pasien

memang sudah terindikasi pneumonia karena
dalam 24 jam setelah terpasang trakeostomi
atau ETT sudah akan terjadi kolonisasi bakteri
 Aspirat Paru (Efusi pleura)
Lakukan prosedur a dan antiseptik pada kulit seperti hendak melakukan pengambilan darah vena

Anestesi kulit permukaan dengan lidokain

Punksi aspirat pleura dengan spuit 3-5 ml dengan guiding USG

Masukkan aspirat pleura dalam spuit ke dalam botol BacT Alert aerob & anaerob sesuai indikasi atau masukkan dalam wadah
steril tertutup dan segera kirim ke lab

Sisa spesimen yang tersedia sebaiknya direncanakan untuk pewarnaan Gram

NB:
opsi mengirimkan sampel dalam spuit ke lab apabila tidak tersedia kedua hal diatas
dan mendesak maka ujung jarum dipastikan telah dibengkokkan
 Sampel Cairan Chest Thorakostomi Tube

Sampel cairan CTT bukan menjadi pilihan selama masih memungkinkan

untuk dilakukan punksi pleura

Spesimen dapat terkontaminasi oleh flora kulit yang masuk saat insersi
WSD

Apabila dilakukan maka sampel berasal dari CTT yang sudah terpasang
tidak lebih dari 2 hari karena berpotensi akan misleading dengan kuman
kolonisasi
Prosedur pengambilan sampel cairan
Chest Thorakostomi Tube
Disinfeksi permukaan (port suction)

Aspirasi cairan secara aseptik

Masukkan dalam wadah steril yang tertutup

Jangan memasukkan cairan CTT pada botol kultur darah karena

berpotensi untuk meningkatkan pertumbuhan bakteri flora kulit

Segera kirim ke lab

Hidung
 Swab pada Hidung
• Manfaat: deteksi karier MRSA, M. leprae,
C. diphteriae
• APD: Sarung tangan, Masker, Gaun
• Ekstensikan posisi kepala/leher pasien
• Gunakan lidi kapas steril yang sudah
dilembabkan dengan NaCl fisiologis steril
• Masukkan sekitar 2 cm ke dalam lubang
hidung lalu rotasikan pada mukosa hidung
• Kirim ke lab untuk dilakukan kultur dan
pewarnaan
Nasofaring
 Nasofaring
Indikasi : ILI, COVID, dsb
Persiapan: Minta pasien tengadah (ekstensi leher) maksimal

Pastikan sisi hidung yang akan diswab tidak ada sumbatan

Masukkan swab dacron/rayon NP sepanjang 2/3 batang swab di sisi medial

nasal dengan sudut mengarah ke arah nasofaring sampai menemui tahanan

Putar/rotasi swab selama kira-kira 10 detik

Tarik keluar dan masukkan swab ke dalam medium (co. VTM)

Tanda positif mengenai nasofaring: pasien mengeluarkan reflex air mata

Tenggorokan
 Tenggorok
• Indikasi : Tonsilofaringitis
• Persiapan: Minta pasien bernafas dengan
menggunakan mulut
• Tekan pangkal lidah dengan menggunakan spatula
• Swab dengan lidi kapas steril/ Amies pada area pilar
tonsil, uvula posterior dan faring posterior tanpa
menyentuh sisi lateral dari mukosa bukal mulut
• Apabila terdapat membran maka wajib diswab !
– Difteri: sampai berdarah pseudomembran
• Segera kirim ke lab
Luka
 Patogen:
• S. aureus
• S. pyogenes
• P. aeruginosa
• P. mirabilis
• E. faecalis
• E. coli
• C. perfringen
 Prinsip sampling
Bersihkan dahulu luka dengan NaCl fisiologis steril (debridement
terlebih dahulu lebih dianjurkan)  minimalisasi kontaminasi flora
• Gulirkan swab pada lesi sebanyak lima kali dengan melakukan penekanan ringan sehingga eksudat dapat terangkat (Levine teknik)
• Z method

Jangan ambil pus permukaan tapi ambilah sampel dari dasar

lesi/tepi luka yang meluas

Jaringan lebih dianjurkan daripada swab

Metode swab:

Abses tertutup: aspirasi

Kirim ke lab untuk dilakukan kultur dan pewarnaan

 Prinsip sampling
Jangan kirim sampel dalam formalin

Saat pewarnaan Gram menunjukkan banyak

terdapat sel epitel (>10/LPF) maka besar
kemungkinan sampel terkontaminasi oleh flora kulit

Swab harus dikirim kurang dari 2 jam, untuk

jaringan dapat bertahan lebih lama (kec.
anaerob)
LCS
 Prinsip
• Semua organisme terutama kuman aerob merupakan
patogen yang potensial
– Indikasi sesuai, pengambilan benar
• Anaerob dapat sebagai penyebab apabila terdapat abses
meningen
• Prosedur LP:
– Pasien posisi miring ke samping
– Disinfeksi area yang hendak di LP
– Insersi stylet pada celah L3-L4/L4-L5/L5-S1
– Siapkan tabung steril
– Kirim sampel tabung no 2 untuk mikrobiologi atau yang paling keruh
• Untuk pewarnaan BTA dianjurkan volume sampel sekitar 6 ml atau
lebih
• Sampling dari Ommaya reservoir:
– Disinfeksi dan aspirasi spuit
• Kirim sampel segera ke lab untuk kultur dan pewarnaan
Cairan Tubuh Steril
Tipe Cairan tubuh yang dikirim untuk kultur
 Prinsip
Sebaiknya pengambilan sampel sebelum pemberian antimikroba

Disinfeksi area aspirasi dengan swab alkohol-chlorhexidine

Aspirasi

Inokulasi pada botol BacT Alert aerob dan anaerob (sesuai kebutuhan)
LAST BUT NOT THE LEAST
Resistensi terhadap Antibiotik dan Peng-
gunaan Antibiotika secara bijaksana
 Outline :

• Masalah resistensi terhadap antibiotik

• Penyebab resistensi terhadap antibiotik
• Mekanisme resistensi antibiotik
• Upaya untuk mengurangi kejadian resistensi
antibiotik : Antibiotic Stewardship
The prudent Use of Antibiotics
• Antibiotik profilaksis pada tindakan pembeda-
han
• Antibiotik dalam situasi pandemi
 Mekanisme Resistensi
• Bakteri menghasilkan enzim yang dapat menghancurkan an-
tibiotik sebelum terikat

• Pompa efluks: bakteri mengeluarkan molekul antibiotik yang

masuk ke sitoplasma sebelum terikat pada target

• Mengubah protein target tempat antibiotik terikat dan bekerja

• Mengubah “outer membrane protein channel” yang diper-

lukan antibiotik untuk masuk ke sel

Tenover, FC. The American Journal of Medicine

(2006) Vol 119 (6A), S3–S10
 Bagaimana Bakteri menjadi Resisten?

• Intrinsik: sifat resisten didapat secara alami, merupakan sifat bi-

ologi mikroba
• Didapat:
– Bakteri yang bersifat sensitif terhadap suatu antibiotik kemudian
menjadi resisten
– Terjadi akibat mutasi atau mendapatkan materi genetik baru
• Mutasi kromosomal dan seleksi: vertical evolution
• Mendapatkan materi genetik baru dari bakteri lain yang re-
sisten: horizontal evolution

Tenover, FC. The American Journal of Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
Hawkey, P. M BMJ 1998;317:657-660
 Inaktivasi antibiotika
Enzim menghancurkan Enzim merubah target
molekul antibiotika pada molekul antibi-
otika

Antibiotic

Enzyme Target site

Dinding Sel
Pertukaran genetik

R
Selective Pressure Mechanism
 Peran antibiotik terhadap
50% rawat inap pemberian antibiotik tidak tepat, berupa:
timbulnya resistensi
1. A.B tidak perlu diberikan (misal DBD)
2. A.B terlambat diberikan
3. Spektrum terlalu luas atau sempit
3 alasan pemberian antibiotik :
4. Dosis terlalu tinggi atau rendah
terapi profilaksis, empiris,dan definitif
5. Durasi terapi terlalu lama atau cepat
6. Tidak ada data mikrobiologi
7. Tidak dilakukan de-ekskalasi/streamlining

Pemberian tidak tepat merupakan risiko untuk terjadinya re-

sistensi
• ECDC,Key Message for Hospital Prescribers,2009
 Pengendalian penggunaan antibiotika
(Antibiotic stewardship)

• the optimal selection, dosage, and duration of

antimicrobial treatment that results in the best
clinical outcome for the treatment or prevention
of infection with minimal toxicity to the patient
and minimal impact on subsequent resistance

Owens RC Pharmacotherapy, 2004

Multiple Drugs Resistant Organisms
(MDROs)

• Bakteri yang membawa beberapa gen

resisten minimal terhadap 3 kelas antibi-
otika
• Contoh: antibiotika kombinasi dengan
anti betalaktamase, cephalosporin, fluo-
roquinolon.

Barie, PS. Surg Clin N Am 92 (2012) 345–391

Faktor Resiko Infeksi MDRO
 Penggunaan antibiotik sebelumnya
 Perawatan RS yang lama
 Penggunaan alat invasif (infus, kateter)
 Kemungkinan pembentukan biofilm
 Tinggal dalam waktu lama di tempat perawatan
diluar RS
 Praktik pengendalian infeksi yang tidak adekuat
  Penggunaan antibiotik dalam waktu yang
lama
PEMILIHAN ANTIBI-
OTIK PADA
HEALTHCARE AS-
Antibiotik tepat guna dan
tepat waktu
Antibiotik segera dievaluasi
setelah hasil kultur dan uji
resistensi ada

SOCIATED INFEC-
TION Cek suhu tubuh, leukosit,
C-reaktif protein, dan
prokalsitonin

Hal yang harus diper-

hatikan
 De-eskalasi
• De-eskalasi melibatkan penggunaan awal dari an-
tibiotik spektrum luas pada pasien yang dicurigai
mengalami sepsis tanpa adanya data uji mikrobi-
ologi.
• Regimen terapi empiris yang agresif ini dilanjutkan
hingga 24-48 jam hingga hasil laboratorium keluar
dan didapatkan data terkait organisme penyebab
dan hasil uji sensitivitasnya. Hal ini memungkinkan
untuk dilakukan de-eskalasi terapi antibiotik.
 Terapi antibiotik Rota-
tuk mengurangi sional
• Terapi antibiotik rotasional merupakan strategi un-
resistansi antimikroba dengan
cara mengurangi antibiotik atau kelas antibiotik
terkait dalam periode singkat, dengan tujuan
menurunkan atau mempertahankan resistensi
• Translokasi dari gram – bakteri di dinding usus
dikatakan sebagai penyebab utama dari infeksi
rumah sakit. mengeliminasi bakteri aerob gram –
dengan cara dekontaminasi rongga mulut dan
saluran pencernaan.
• Non-absorbable polymyxin E, tobramycin, dan
amphotericin B dapat diberikan untuk dekontami-
nasi saluran cerna dan sefotaksim sebagai profi-
laksis untuk saluran nafas.
 ANTIBIOTIK PROFI-
LAKSIS
• Infeksi Daerah operasi (IDO): salah satu penyebab
utama infeksi rumah sakit  22% infeksi rumah sakit;
5% tindakan bedah

• Lebih kecil dari sebenarnya  infeksi seringkali saat

di rumah

•  Pencukuran
Pencegahan: rambut
fase preoperatif, tempat operasi
intraoperatif,
 Pakaian khusus operasi
pascaoperatif
 Dekontaminasi nasal
•  Antibiotik profilaksis
Preoperatif:
 Pendahuluan
• (lanjutan)
Tindakan bedah Infeksi luka operasi

• Antibiotik profilaksis mencegah, melindungi

seseorang dengan risiko
infeksi

Durasi pendek
Mencegah bakteri patogen yang diketahui jenis
dan pola resistensinya

CDC: Sebesar 1-10 miliar dolar Amerika / tahun dikeluarkan akibat

infeksi luka operasi
 Infeksi Daerah
Operasi (IDO)
• Infeksi yang terjadi dari prosedur tindakan
pembedahan yang invasif

• Terjadi dalam 30 hari pascaprosedur (tersering hari

ke-5 atau ke-10)

• Tiga faktor utama untuk menilai resiko IDO:

i. Skor American Society of Anesthesiologists
(ASA)
ii. kategori prosedur pembedahan
iii. durasi operasi
 Skor ASA
• Pembagian resiko preoperatif berdasarkan komorbid
saat pembedahan

• Skor >2  peningkatan terjadi ILO

Skor ASA Status Fisik

1 Penderita sehat (normal)
2 Penderita dengan penyakit sistemik ringan
3 Penderita dengan penyakit sistemik berat yang membatasi aktifitas,
namun tidak menjadi lumpuh

4 Penderita dengan penyakit sistemik yang menjadikan lumpuh dan

mengancam jiwa
5 Penderita kritis yang diperkirakan tidak akan bertahan dalam 24 jam,
dengan atau tanpa operasi
 Prosedur
Pembedahan
• 4 kategori berdasarkan resikonya

Kategori Definisi
Bersih Operasi pada luka yang tidak terinfeksi, tidak didapatkan
  reaksi inflamasi pada luka, dan tidak melibatkan sistem
pernapasan, pencernaan atau genitourinari
Bersih Operasi yang melibatkan sistem pernapasan, pencernaan,
terkotaminasi atau genitourinari pada kondisi terkontrol tanpa kontaminan
yang tidak wajar
Terkontamina Operasi pada luka yang didapatkan inflamasi (tanpa pus), atau
si bila secara kasat mata didapatkan kontaminasi luka. Termasuk
luka terbuka, luka baru, luka kecelakaan, terdapatnya isi
saluran pencernaan (spillage), luka penetrasi kurang dari 4
jam
 Antibiotik
Profilaksis
– Antibiotik profilaksis:
Untuk
 penggunaan obat antibiotik tanpa infeksi yang

Tindakan
dicurigai
kejadian Bedah
atau diketahui untuk mengurangi
infeksi

– Hanya diindikasikan bila:

Risiko infeksi yang mengancam dengan kuman patogen
spesifik

Antibiotik tertentu Individu rentan

mengeliminasi
patogen tersebut
Pemberian Antibiotik
Profilaksis
– Harus berdasarkan karakteristik, efikasi,
keamanan antibiotik, dan alergi pengobatan
penderita

– Rute pemberian secara umum diberikan secara

intravena  paling ideal (cepat, dapat
diandalkan, konsentrasi serum terprediksi)
 Waktu Pemberian
– Keberhasilan Profilaksis memerlukan antibiotik
mencapai daerah operasi sebelum kontaminan

– Diberikan hingga konsentrasi melebihi MIC

organisme yang berkaitan dengan jenis prosedur
Waktu insisi

– Secara umum diberikan 30-60 menit

Lama prosedur
sebelum
 Dosis
– Mencapai konsentrasi serum dan jaringan
adekuat:
i. farmakokinetik dan farmakodinamik antibiotik
ii. faktor penderita

– Dosis berdasarkan berat badan

– Pengulangan dosis  bila waktu operasi > 2 kali

waktu paruh
*Perlu juga diberikan pada
- Kehilangan darah berlebih
KERANGKA REGULASI SUDAH
CUKUP KUAT

67
 STRATEGI PENGENDALIAN RESISTENSI ANTIMIKROBA DAN PPI

KESELAMATAN PASIEN

CEGAH
BERKEM- CEGAH PENYE- PENCEGAHAN DAN PEN-
BANGNYA BARAN MIKROBA GENDALIAN INFEKSI
MIKROBA RE- RESISTEN
SISTEN
PENGENDALIAN RESISTENSI
ANTIMIKROBA

1.Gunakan antibiotik dengan bijak

2.Taat terhadap prinsip pencegahan dan
pengendalian infeksi
 ANTIBIOTIC STEWARDSHIP DAN
COVID-19
• WHO tidak menyarankan penggunaan antibiotik pada
COVID-19 kecuali secara klinis diduga kuat adanya in-
feksi bakteri

• 72% pasien COVID-19 diberikan antibiotik spektrum

luas, walaupun hanya 8% yang memiliki koinfeksi bak-
teri atau jamur (IDSA)

• Pada pelaksanaannya dokter sering menggunakan an-

tibiotik untuk pasien COVID-19 karena ketidakpastian
klinis, risiko infeksi bakteri sekunder pada pasien den-
gan kondisi yang mendasarinya serta rawat inap yang
lama, dan yang terpenting, kurangnya bukti pada pen-
gobatan lainnya
 PERAN ANTIBIOTIK SELAMA PANDEMI

• bahan dalam uji klinis yakni potensi terapi untuk virus

COVID-19 (SARS-CoV-2) seperti azitromisin dan an-
tivirus seperti lopinavir, ritonavir dan remdesivir

• untuk penatalaksanaan koinfeksi bakteri yang diduga

atau dikonfirmasi secara langsung terkait dengan
COVID-19 yang terjadi bersamaan pada saat infeksi,
atau terkait dengan proses perawatan, seperti lama
perawatan saat kritis
 kalsifikasi WHO AWaRe (2019)
• 3 grup pengawasan yaitu Access, Watch dan Reserve,
untuk menekankan pentingnya kemungkinan re-
sistensi obat

• Antibiotik Grup Access: mencakup antibiotik yang

memiliki aktivitas luas terhadap pathogen susceptible
yang umumnya secara epidemiologi menyebabkan
penyakit di komunitas, tetapi menunjukkan angka
potensial resistensi yang rendah dibandingan antibiotik
di kedua kelompok

• Antibiotik Grup Watch: mencakup antibiotik dengan

risiko resistensi yang lebih tinggi, antibiotic digrup ini
harus diprioritaskan sebagai target kunci dalam pro-
gram antibiotic stewardship.
Pemberian antibiotik pada anak dengan COVID-19 selama pandemi se-
baiknya mengikuti panduan sebagai berikut:

1. Sebagian besar panduan yang ada tidak merekomendasikan pemilihan

agen antibiotik secara random dan tidak sesuai, tetapi harus memiliki
bukti yang kuat atau terkonfirmasi adanya infeksi sekunder oleh antibi-
otik.

2. Penggunaan antibiotik dapat dipertimbangkan pada pasien sakit berat

dan kritis, terdapat sekresi yang masif pada saluran nafas, dan lesi
yang luas pada paru-paru.

3. Penggunaan antibiotik dapat dipertimbangkan diberikan pada anak dan

remaja yang dengan kondisi immunocompremised

4. Penggunaan terapi empiris harus didasarkan pada factor host dan epi-
demiologi mikroorganisme pathogen lokal, serta dilakukan penilaian se-
tiap hari untuk kemungkinan de-eskalasi.

5. Pada anak kurang dari 5 tahun kondisi klinis COVID-19 sedang dapat
dipertimbangkan untuk diberikan antibiotik, pemilihan antibiotik
berdasarkan prinsip WHO’s AWaRe (access, watch, Reserve) harus di-
Thank you