Kinetika Enzim

Kinetika Enzim
Membahas faktor yang membatasi laju reaksi enzim : ratelimiting step
Bioteknologi
Ekonomi
Biokimia
Mendalami bagaimana alam mampu membuat dan
mendegradasi building blocks
Biologi sel dan riset medis
Efisiensi dan pengaturan proses metabolisme
menentukan kesetimbangan antara sehat dan sakit

Interaksi Protein-ligan
Model untuk pengikatan enzim substrate
Ligan : substrate, coenzyme, inhibitor, aktivator
atau ion logam
Karakteristik spektroskopi
- Khususnya enzim yang mengandung gugus
prostetik berwarna
- Tryptophan synthase (piridoksal fosfat)

Interaksi Protein-ligan
Satu sisi pengikatan

E+L

Konstanta Dissosiasi

Kd

Derajat kejenuhan

Persamaan Scatchard

EL

[E][L]
[EL]

[EL]
[L]

[E] [EL]
K d [L]

r
1
r

[L]
Kd
Kd

Plot Scatchard

Multisisi pengikatan
Sisi identik atau berbeda
Interaksi bersamaan dimungkinkan
menghasilkan pengaruh satu sisi ke sisi
yang lain
Interkasi kooperatif atau alosterik

Kinetika Enzyme
Kinetika Steady-state

konsentrasi enzim-terikat intermediet adalah tetap

laju pembentukan laju perubahan
diukur dalam spektrofotometer konvensional

Kinetika Pre-steady-state

Tahap awal reaksi saat pembentukan intermediet reaksi terntentu

meningkatan konversi
Diukur dengan spectrofotometer stopped-fow dengan alat
pencampur yang cepat dan dead time untuk analisis 1 ms

Steady state vs Pre-stedy state

Kinetika Steady-state
Konstanta kinetika

V0
Vmax
KM
Ki

laju awal
laju maksimal
konsentrasi substrat saat v = Vmax
konstanta inhibisi

Bersama dengan Kd untuk pengikatan ligan, konstanta

kinetika ini memberikan informasi tentang efisiensi dan
keterbatasan suatu biokatalis
Satu substrat menjadi satu produk: uni-uni reaction

Kinetika Michaelis-Menten
kecepatan sebagai fungsi [S]

Vmax
KM

laju maksimal saat S >> KM

Konstnata Michaelis, konsentrasi substrat
saat v = Vmax

Kinetika Michaelis-Menten

Kinetika Michaelis-Menten

Pembentukan
Kompleks ESTidak ada reaksi balik

k1

k2

-1

-2

kk1 1

k2

k
k2

E + S k 1
ES
E+P

k
k
1
2

E + S k

ES
k1

E+P

-1

[ES] menentukan laju

pemebentukan P

d[P]
V0 k2 [ES]
dt

Steady-state:
Laju pembentukan ES
sama dengan
Laju peruraian ES

d[ES]
k1[E][S] (k1[ES] k2 [ES]) 0
dt

Persamaan Michaelis
[E]T [E] [ES]

[ES]

k1 k2
KM
k1

[E]T
k1 k2
k1
1
[S]

k2 [E]T
V0
KM
1
[S]

[E]T
[ES]
K
1 M
[S]

Vmax k2 [E]T
Vmax
V0
K
1 M
[S]

Vmax [S]
V0
K M [S]

Kinetika Michaelis-Menten
Menghitung perubahan [S] yang diperlukan untuk meningkatkan laju suatu
reaksi ensimatik dalam kondisi steady-state
Dari V1 = 0.1 Vmax menjadi V2 = 0.9 Vmax
Perubahan [S] yang bagaimana yang diperlukan untuk merubah laju menjadi
V3 = 0.95 Vmax?

Vmax [S]
V0
K M [S]
V1 = 0.1 Vmax [S]1 = 0.11 KM

V2 = 0.9 Vmax

[S]2/[S]1 = 81 [S]3 = 19 KM

[S]3/[S]2 = 2.11

[S]2 = 9 KM

Signifikansi KM
Nilai KM mempunyai kisaran yang lebar
KM tergantung kepada jenis substrat dan kondisi lingkungan seperti pH,
T dan kekuatan ionik

k1 k2
KM
k1

K ES

[E][S] k1

[ES]
k1

KM sama dengan Kd dari komplek ES jika k2 << k-1

Nilai KM yang tinggi menunjukkan ikatan lemak, nilai KM yang rendah
menunjukkan ikatan yang kuat
KM menunjukkan afinitas komplek ES hanya jika k-1 >> k2

Nilai KM

Significance of Vmax
Range nilai Vmax lebar
Vmax menunjukkan turnover number (kcat) enzim
Jumlah molekul substrat dirubah menjadi produk persatuan waktu
(s-1)
Turnover number (kcat) sama dengan k2 pada:

Vmax
k2
[E]T

Vmax = k2 [E]T

Vmax

Efisiensi katalitik
Dalam kondisi fisiologis kebanyakan enzim tidak dalam keadaan jenuh
substrat
[S]/KM antara 0.01 dan 1. Saat [S] << KM

[E] sama dengan [E]T

kcat
V0
[ S ][ E ]T
KM
kcat/KM adalah konstanta laju untuk interaksi S dan E dan dapat
digunakan sebagai pengukur efisiensi katalitik (catalytic effciency)
kcat/KM diartikan preferensi enzyme untuk substrat berbeda

Reaksi dua substrat

Banyak enzim mengkatalisis reaksi yang melibatkan dua
substrat dan dua produk: bi-bi reactions

A+B

P+Q

Bi-bi reactions dapat diterangkan dengan model MichaelisMenten untuk uni-uni reactions jika satu substrat dijaga
pada konsentrasi tetap (jenuh)
Mekanisme Kinetika:
Reaksi sequential dan double displacement

Sequential displacement
Semua substrat harus terikat dulu sebelum
produk terbentuk

Pembentukan komplek antara

Mekanisme bi-bi Sequential ordered

Mekanisme bi-bi Rapid equilibrium random
Mekanisme Theorell-Chance

Mekanisme bi-bi Sequential

ordered
Laktat dehidrogenase

NADH selalu terikat terlebih dahulu dan laktat (P) selalu

dilepaskan dahulu

Laktat dehidrogenase

Mekanisme bi-bi Rapid equilibrium

random
Creatine kinase

Urutan pengikatan dan pelepasan produk secara random

Creatine kinase

Mekanisme Theorell-Chance

Pengikatan substrat secara berurutan dan

pelepasanproduk secara berurutan
Lifetime kompleks antara sangat pendek
Alkohol dehidrogenase (liver kuda)

Double displacement
OSatu atau lebih produk dilepaskan sebelum semua
substrat terikat pada enzim

Reaksi bi-bi Ping-pong

Juga disebut substitusi enzim atau mekanisme shuttle

Mekanisme bi-bi Ping-pong

Terdapat intermediet enzim tersubstitusi dimana
enzim termodifikasi sementara
Produk pertma dari substrat pertama dilepaskan
sebelum pengikatan dan konversi substrat kedua
terjadi

Glutamat oksaloasetat
transaminase

Enzim Allosterik
Tidak mengikuti kinetika Michaelis-Menten
Plot sigmoidal
Kooperativitas Positif dan negatif