TUTORIAL BIOINFORMATIKA 060615

(Octaviani, Sulfia, Lutfi, Dita, Fitriana, Purnamasari, Primasari,

Gumilang, Hartanti 2015)
Untuk mengetahui letak mutasi (program BioEdit)
Data nukleotida download di web pak wid Bioinfo Workshop Contoh
Masuk ke program BioEdit

Pilih new alignment sequence alignment file

File import pilih file

Akan muncul hasil sbb

Di awal muncul NNN, diblok pilih mode edit tekan delete di keyboard

Hasil accessory application

Cari urutan basa yang beda buka file graphic view one letter translation

(Hasil yang didapatkan : mutasi pada urutan ke 357 yang lain jadi R ada
satu yang jadi H
Berarti mutasi pada tingkat basa nukleotida urutan 357 menyebabkan
perubahan asam amino )
Untuk mengetahui urutan asam amino tertentu termasuk gen apa
Pake ncbi BLAST

Hasil di save .rich format text file dibuka denga MS Word keluar FASTA

kopi 2-3 baris dan diinput di blast

Klik BLAST

Hasil berupa nama gen yang mengkode asam amino / protein yang telah diinput
tadi
Muncul homologi (berapa %)

BENTUK 3 DIMENSI PROTEIN (MODELLING PROTEIN)

Ada 2 cara, menggunakan web swissmodel dan PDB (protein Data Bank)
Ke http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do ketik nama protein

Pilih salah satu model

Download file dan buka file tersebut

Bentuk 3 dimensi dari protein

Bentuk 3 dimensi protein (Hasil modifikasi)
Ke http://www.swissmodel.expasy.org/

Pilih start modelling

Ke web ncbi lagi pilih protein

pilih FASTA

Blok 2 baris , dikopi ke web swiss model pilih build model

Proses loading
Akan muncul hasil gambar 3 dimensi dari web swissmodel

Pilih save file pilih model buka (namafile).pdb untuk melihat struktur 3
dimensinya

Akan muncul tampilan sebagai berikut

Merancang mutasi
Ke web http://www.cmbi.ru.nl/hope --> pilih input --> masukkan sekuens DNA
yang akan dicek
(dari FASTA ncbi)

Pilih submit sequence

Pilih posisi mutasi nmr berapa pilih targetnya jadi protein apa confirm
tunggu informasi yang akan diberikan oleh project hope (loading lama -___-)
Molecule docking
2 software ( makro makro HEX, makro mikro AUTODOX)

Pilih file open receptor

Pilih lagi untuk ligand (pilih reseptor dan ligand dengan nama yang berbeda)

Pilih control docking

Untuk menampilkan ikatan hidrogen pilih controls molecule show H-bond
dismiss

Kemudian, pilih control docking, Ubah semua range dan dimension (diganti 15,
liat capture an) klik activate tunggu progress

Muncul informasi tentang energi dari ikatan 2 molekul dll

Download program ligplot Buka Ligplot +

(Selain LigPlot+, untuk melihat struktur 3 dimensi dapat digunakan program
discoveries studio

Pilih file open pdbfile Pilih DIMPLOT Run tunggu progress

Akan muncul hasil gambaran

(fungsi: untuk mengetahui ikatan yang terjadi antar asamamino apa saja)

Mencari kesamaan struktur dengan zat lain

Buka ncbi pilih PubChem Compound pilih chemical structure search
Substructure/
Superstructure

Klik Launch rancang struktur proteinnya copy struktur CCC nya (yang
diblok)

Pilih CID, SMILES/SMARTS, InChI klik search

Akan muncul protein lain yang memiliki struktur sejenis struktur yang kita
rancang

Untuk proses docking makro-mikromolekul (small molecule)

Ke web http://www.swissdock.ch/docking --> klik PDB.code muncul huruf kode
di kotak

Klik ligand selection dan isi bagian description start docking

Hasil berupa gambaran ikatan ligand dan reseptor akan dikirim ke email yang
kita input ( butuh waktu lama)

Untuk mengetahui hubungan /pathway suatu mekanisme molekular

Ke web http://string-db.org pilih multiple names

Masukkan protein yang diinginkan klik Go!

Centang apa saja yang ingin dipilih

Akan muncul hasil berupa protein yang terlibat dalam berbagai pathway

http://www.pantherdb.org/# input protein yang diinginkan klik submit

Muncul hasil seperti di bawah ini, pilih all klik gambar pie chart pilih salah
satu (misal MFP pie chart) akan muncul gambar dibawah ini ( untuk melihat
fungsi berapa persentase masing2 aktivitas dari suatu gen )

Untuk mencari data human genome

Ke web http://www.mirbase.org/ klik browse human homo sapiens

Akan muncul kode miRNA yang akan dimasukkan ke web diana

http://diana.imis.athena-innovation.gr software TarBase masukin code

accession (M0xxx) dari miRbase

Akan muncul hasil sbb (untuk m engetahui target miRNA atau gen tsb ditarget
oleh miRNA apa aja, pathway miRNAnya)

Gen X ditarhttp://diana.imis.athena-innovation.gr software microT_CDS

masukkan gen yang diinginkan pilih salah satu muncul tampilan
Interpretasi : gen p53 dihambat oleh miRNA 4977 dll.

Gen X ditarhttp://diana.imis.athena-innovation.gr software miRPath ketik

miRNA di add miRNA Run example pilih salah satu penyakit atau pathway
yang diinginkan

Hasil yang didapatkan

Merancang vaksin
Buka web http://tools.iedb.org/main/ pilih Bcell Tools

Buka ncbi buat cari nukleotida untuk vaksin yang akan dirancang pilih protein

Pilih salah satu pilih FASTA

Copy FASTA dari ncbi ke web pilih prediction of linear epitope from protein
sequence

Pilih salah satu metode submit

Kuning ( dapat dijadikan

epitope untuk vaksin )

Lakukan langkah dari awal dengan metode yang berbeda ( antigenecity)

Hasil yang didapatkan (Bandingkan hasil kedua gambar (ambil bagian kuning
yang overlap)

Lihat keterangan yang overlap berada pada basepair ke brapa

Misalkan yang dipilih adalah yang berada pada base pair di kotak lakukan
blast (ncbi) untuk identifikasi kesamaan dengan protein self