VARIASI INTRA POPULASI

Oleh:
Nama
NIM
Rombongan
Kelompok
Asisten

: Nindya Nuraida Ayuningtyas

: B1J014118
: VII
:2
: Fika Nurul Falah

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA HEWAN I

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2016

BAB I. PENDAHULUAN
A. Latar belakang
Populasi adalah sekelompok idividu sejenis yang menempati ruang dan
waktu tertentu. Populasi adalah kelompok kolektif organisme dari jenis yang
sama yang menempati ruang atau tempat tertentu dan memiliki berbagai ciri atau
sifat yang unik dari kelompok dan bukan merupakan sifat milik individu di dalam
kelompok tersebut. Populsi memiliki sejarah hidup, tumbuh dan berkembang seperti
apa yang dimiliki oleh individu. Populasi memiliki organisasi dan struktur yang
pasti dan jelas (Campbell, 2000).
Variasi intra populasi ialah keanekaragam baik bersifat morfologi maupun
genetik yang dimiliki oleh suatu spesies dalam suatu populasi. Hal ini bisa
disebabkan oleh morfologi yang erat kaitannya dengan umur, status sosial (kasta),
habitat, dan juga pengaruh musim. Beberapa hewan seperti lebah madu (Apis
dorsata) memiliki keragaman dalam satu sarang diantaranya ada lebah pekerja, lebah
jantan, dan ratu lebah. Selain itu, bisa disebabkan pula oleh faktor genetik. Kasus
kelainan beberapa spesies dalam satu populasi secara genetik sangat sering terjadi
pada lalat buah (Drosophila melanogaster). Hal ini disebabkan adanya kelainan
penempatan kromosom sehingga menentukan perubahan jenis kelamin terutama pada
lalat buah yang bersifat intersex sehingga jenis kelaminnya belum jelas hingga
bentuk dewasa bahkan, bisa berubah-ubah menjadi jantan dan betina (Campbell,
2009)
Komponen- komponen dalam populasi menurut Brotowidjoyo (1993),
adalah sebagai berikut:
1.

Komponen Biotik
Komponen biotik adalah komponen hidup yang ada di alam meliputi semua

makhluk hidup, seperti hewan, tumbuhan, mikroorganisme, dan manusia. Di dalam

ekosistem, makhluk hidup autotrof berperan sebagai produsen.
2.

Komponen Abiotik
Komponen abiotik merupakan segala sesuatu di luar makhluk hidup yang

meliputi faktor fisik dan kimia.

Metode tradisional yang digunakan dalam taksonomi klasik adalah pengelompokan
individu yang diperoleh dari suatu lokasi berdasarkan persamaan dan perbedaan
morfologi yang dimiliki oleh masing-masing individu tersebut. Sebagai akibatnya Linnaeus
telah mendiskripsikan itik jantan berwarna cerah sebagai Anas boschas dan

mendiskripsikan itik betina berwarna sawomatang sebagai Anas platyrinchos , demikian juga
dengan elang dewasa berbintik-bintik sebagai Accipiter palumbarius dan elang muda
berstrip sebagai Accipiter gentiles. Padahal setelah status biologi mereka diketahui
ternyata merupakan spesies yang sama, tetapi phena yang berbeda (Tenzer, 2003).
B. Tujuan
Tujuan praktikum acara Variasi Intra Populasi adalah:
1.

Mengenali berbagai variasi (umur, seksual, musiman, polimorfisme, dsb)

pada suatu populasi hewan.

2.

Menentukan spesies hewan berdasarkan berbagai variasi yang terdapat pada

suatu populasi hewan.

3.

Menggunakan software aplikasi komputer dalam penelitian tentang variasi

intra atau inter populasi.

BAB II. TINJAUAN PUSTAKA

Variasi intra populasi adalah perbedaan-perbedaan yang terdapat pada hewan-hewan
dalam suatu populasi. Variasi di alam dipengaruhi oleh dua faktor utama yaitu faktor genetik
dan faktor non genetik. Faktor genetik yaitu faktor yang mempengaruhi variasi spesies
dikarenakan oleh peristiwa pewarisan sifat dari tetua ke keturunannya, yaitu melalui faktor
pembawa keturunan (DNA). Faktor non genetik yaitu faktor yang mempengaruhi variasi
spesies dalam populasi dikarenakan faktor selain genetik, yaitu seperti dikarenakan variasi
umur, variasi musiman pada suatu individu, variasi sosial, variasi habitat. Variasi intra

populasi dapat disusun level hirarkinya dari suatu individu ke subpopulasi. Menyadari bahwa
suatu populasi berkontribusi pada populasi niche yang besar, variaasi intra populasi dapat
membantu menulusuri evolusi dan ekologinya (Inger et al., 2005).

Variasi intra populasi berdasarkan jenisnya dibagi menjadi dua, taitu variasi
genetik dan variasi non genetik. variasi genetik atau keragaman genetik adalah
kecenderungan berbagai individu dalam suatu populasi untuk memiliki genotipe
yang berbeda-beda. Variabilitas dalam suatu sifat (karakter) tertentu menggambarkan
bagaimana sifat itu mampu berubah-ubah untuk menanggapi pengaruh lingkungan
dan genetik. Variasi genetik dapat teramati apabila terjadi perubahan lingkungan
yang memaksa suatu populasi beradaptasi. Apabila populasi tersebut mampu tetap
bertahan tanpa mengalami penyusutan populasi, dapat diketahui bahwa individuindividu anggotanya memiliki variabilitas genetik yang tinggi. Seksual dimorfisme,
polimorfisme, intersex, dan gynandromorphy merupakan contoh dari variasi genetik.
Sedangkan variasi non-genetik tidak disebabkan karena perbedaan genotype.
Contohnya adalah variasi morfologi dan fisiologi dalam usia tertentu, variasi sosial
dan variasi alometrik (Gutowsky & Fox et al, 2011). Perbedaan lingkungan dapat
memengaruhi kemampuan adaptasi dan tanggap parasitoid secara intrinsik sehingga
berkontribusi terhadap terbentuknya keragaman intraspesifik. Hambatan geografis
dapat pula menyebabkan peningkatan keragaman karena aliran gen (gen flow)
melalui perkawinan tidak dapat terjadi secara intens antara satu populasi dengan
populasi lainnya (Reflinaldon et al., 2011).
Variasi genetik merupakan variasi intrapopulasi karena perbedaan komposisi
genetik. Variasi genetik, terjadi karena adanya seksual dimorfisme seperti perbedaan
seks primer dan seks sekunder, gynandromorfi dan intersek, strain seksual dan
uniparental serta variasi diskontinyu dan variasi kontinyu. Variasi seksual merupakan
variasi yang berasosiasi kelamin, meliputi perbedaan kelamin primer dan perbedaan
kelamin sekunder. Perbedaan jantan dan betina kadang sangat terbatas. Perbedaan
dideskripsikan sebagai species yang berbeda contohnya,

kakatua raja (Eclectus

rotatus Muller) jantan berwarna hijau dengan lambung oranye dan betina berwarna
merah dan biru dengan lambung hitam (Mahardono, 1980).
Macam-macam variasi genetik yang terdapat pada berbagai organisme
menurut Brotowidjoyo (1993):
1. Seksual Dimorfisme

Terdapat perbedaan kelamin primer maupun kelamin sekunder pada suatu

individu dan terdapat pada dua individu yang berbeda. Contohnya adalah pada
jangkrik, pada jangkrik betina terdapat ovipositor dibagian ujung abdomennya.
2. Spesies Sibling
Spesies yang sangat mirip dengan morfologi, prilaku dan karakteristik lain,
tetepi hewan-hewan tersebut terisolasi reproduktif (terlahir dalam keadaan steril).
Contoh spesies dari spesies sibling adalah mule, hasil persilangan antara keledai dan
kuda.
3. Gynandromorfi
Organisme yang memiliki karakter jantan dan betina. Contohnya adalah pada
kupu-kupu.
4. Phena
Istilah yang menunjukkan perbedaan bentuk atau fenotipe yang terjadi dalam
suatu polulasi.
5. Interseks
Istilah umum yang digunakan untuk berbagai kondisi dimana suatu individu
dengan anatomi seksual jantan dan betina dalam satu organisme namun tidak
berkembang dengan baik
6.

Variasi Diskontinyu
Terjadi ketika fenotipe sifat dikendalikan oleh gen tunggal dan dapat

dimasukkan ke dalam dua kelas fenotipe berbeda

7.

Variasi Kontinyu

Kondisi dimana di dalam suatu populasi terdapat spesies yang sangat mirip dan
spesies yang memiliki tingkat kemiripan semakin jauh.
8.

Uniparental
Keadaan dimana hewan bersifat hermaprodit sinkroni, yaitu memiliki

kelamin ganda dan kedua gametnya (jantan dan betina) matang secara bersamaan
yang

kemudian

melakukan

fertilisasi

sendiri

dan

menghasilkan

individu

monomorfik, yaitu tidak memiliki variasi alel karena berasal dari tetua yang sama.
Contohnya pada cacing pita.
9.

Strain Seksual
Keadaan dimana hewan bersifat hermaprodit sekuensial yaitu memiliki

kelamin ganda, gamet tersebut matang secara bergantian. kemudian melakukan

fertilisasi dengan individu lain dan menghasilkan individu polimorfik, yaitu memiliki
variasi alel. Variasi ini terjadi pada ikan sidat dan belut.
Menurut Radiopoetro (1990), variasi non genetik juga dapat terjadi karena
adanya:
1.

Variasi umur
Variasi umur merupakan variasi berdasarkan umur suatu hewan. Misalnya,

hewan yang melewati fase juvenil atau larva yang sangat berbedadari fase dewasa.
Contohnya

pada

bentuk

immature

ikan

yang

sangat

berbeda

sehingga

diklasifikasikan kedalam genus bahkan family yang berbeda. Larva ikan sidat
(Anguilla) awalnya dideskripsikan sebagai Leptochepalus brevirostris.
2.

Variasi musiman pada suatu individu

Hewan yang hidupnya pada beberapa musim dapat memperlihatkan variasi

individu, contohnya pada burung. Burung akan memiliki warna yang cerah pada
musim kawin dan pucat pada beberapa spesies. Perubahan warna bulu hanya terjadi
pada individu jantan.
3.

Variasi Ekologi (Habitat)

Bivalvia tertentu yang hidup di daerah hulu dan hilir di suatu sungai akan

menunjukan perbedaan morfologi cangkangnya. Kondisi ini merupakan variasi lokal.

4.

Variasi sosial
Variasi ini terdapat pada hewan yang hidupnya berkoloni, contohnya pada

rayap. Rayap menunjukan adanya kasta pekerja, tentara dan ratu yang memiliki
perbedaan morfologi.
5.

Variasi jenis inang

Parasit akan memperlihatkan perbedaan morfologi jika inangnya berbeda.

Contohnya adalah Laconium cornii yang hidup pada inang Prunus dan Laconium
cornii yang hidup pada inang Photinia. Laconium cornii yang hidup dalam inang
Prunus akan memperlihatkan tubuh yang lebih besar dengan alat gerak yang lebih
pendek. Laconium cornii yang hidup pada inang Photinia akan memperlihatkan
tubuh yang lebih kecil dengan alat gerak yang lebih panjang.
6.

Variasi allometrik
Suatu jenis ikan menunjukan adanya perbedaan sifat tumbuh yaitu allometrik

dengan pertambahan besar bagian tubuh hewan bias berbada dengan hewan lainnya.
Hal ini mungkin karena perbedaan nutrisi yang didapat.
7.

Variasi karena kepadatan

Hewan tertentu akan memperlihatkan perbedaan morfologi berdasarkan

kepadatannya. Belalang yang hidup berkoloni akan memperlihatkan morfologi yang
berbeda berdasarkan tiga fase yang berbeda, yaitu bersifat soliter jika jarang, bersifat
transisi jika agak padat dan bersifat koloni jika padat.
8.

Variasi Neurogenik
Variasi ini muncul karena adanya respon terhadap perubahan lingkungan yang

berupa penyebaran atau berkumpulnya kromatofora (pigmen warna pada hewan).

Contohnya pada bunglon.
9.

Variasi Traumatik
Variasi ini pada umumnya terjadi karena adanya induksi parasit. Contohnya

pada Stylopirosi andrena jantan dan Stylopirosi andrena betina. Stylopirosi andrena
jantan yang pernah terinduksi parasit akan memperlihatkan adanya perubahan bulu
dan antena menjadi lebih panjang dan ukuran genitalia yang tereduksi. Stylopirosi
andrena betina yang pernah terinduksi parasit akan memperlihatkan organ
pengumpul nektar yang tereduksi, panjang segmen antena berubah dan organ
aksesori tereduksi.
Preparat yang digunakan dalam praktikum Variasi Intra Populasi adalah ;
Carassius auratus auratus atau yang lebih dikenal dengan ikan mas koki
merupakan spesies ikan hias yang merupakan hasil budidaya. Terdapat banyak
variasi dalam satu spesies ikan ini karena saling disilangkan satu sama lain. Ciri
khusus pada masing-masing varian dikarenakan faktor genetik. Ciri-ciri khusus dapat
terlihat dari bentuk sirip ekor, bentuk mata, postur tubuh, dan ada juga keberadaan
sirip dorsal, begitu pula pada warna yang terdapat pada tubuh ikan ini. Ikan ini
sangat populer dipelihara, karena variasi warnanya yang banyak dan cerah. Referensi
perawatannya yang mudah didapat juga menjadi alasan ikan ini umum dipelihara
oleh banyak masyarakat. (Smartt, 2001).
Katak sawah (Fejerfarya cancrivora). Variasi umur pada katak yaitu dimulai
dari telur yang berasal dari katak betina dewasa yang sudah dibuahi, kemudian telur
tersebut akan menetas setelah 10 hari. Setelah menetas, telur katak tersebut menjadi
berudu. Setelah berumur 2 hari, berudu mempunyai insang luar yang berbulu untuk
bernapas. Setelah berumur 3 minggu insang berudu akan tertutup oleh kulit.
Menjelang umur 8 minggu, kaki depan mulai muncul. Umur 12 minggu, kaki
depannya mulai berbentuk, ekornya menjadi pendek serta bernapas dengan paru-

paru. Setelah pertumbuhan anggita badannya sempurna, katak tersebut akan berubah
menjadi katak dewasa (King, 1996).
Katak dewasa apabila diamati dengan teliti, akan terlihat jelas adanya
keragaman variasi antara spesies yang satu dengan yang lainnya katak mempunyai
badan yang lebar dilengkapi dengan dua pasang anggota gerak. Anggota gerak
bagian depan lebih pendek dan kecil, serta mempunyai 4 jari, sedangkan bagian
belakang jauh lebih besar dan panjang. Hal ini sesuai dengan fungsinya yaitu untuk
melompat. Anggota gerak ini biasanya juga dilengkapi dengan selaput renang untuk
memudahkan katak berenang (Mahardono, 1980).
Hamster (Podophus sp) memiliki mewakili spesies dengan variasi genetik
yaitu sibling. Spesies yang secara morfologinya hampir sama, tetapi genetik dan
fisiologinya berbeda. Terdapat tiga variasi yaitu campbeli, roborovski dan sungorus.
Campbeli adalah hamster mini yang memiliki paling banyak variasi warna dan tipe
bulu, karakter yang menonjol dari hamster ini adalah sifatnya yang lebih berani
dibandingkan jenis hamster yang lain. Roborovski adalah hamster yang paling kecil
di antara hamster mini lainnya. Hamster ini memiliki gerakan yang paling lincah,
suka berlari dan melompat dan cemderung lebih takut kepada manusia dibanding
dengan jenis yang lain. Hamster roborovski umumnya hanya mempunyai 2 variasi
warna yaitu: normal dan white face (muka putih) dengan warna bulu kurang lebih
sama yaitu punggung kekuningan dan bagian perut putih. Sungorus adalah hamster
yang paling besar dari antara hamster lain dan tidak terlalu lincah (Radiopoetro,
1990).
Kadal (Eutropis multifasciata) adalah hewan yang memiliki variasi seksual
dimorfisme. Kadal jantan memiliki suatu organ yang disebut hemipenis. Kadal betina
tidak memiliki organ tersebut. Hemipenis berfungsi sebagai alat kopulasi dalam
perkawinan pada kadal (Radiopoetro, 1990).
Kadal memiliki karakteristik yaitu badannya tertutup oleh squamae yang
menanduk dan tidak berlendir. Kadal memiliki kulit yang kering, tertutup oleh sisiksisik atau papan epidermal. Tubuh kadal berbentuk memanjang tertekan lateral.
Kadal memiliki kaki yang biasanya digunakan untuk memanjat. Mandibula bersatu
di bagian anterior, tulang pterigoid berkontak dengan tulang kuadrat. Kelopak mata
dapat digerakkan, sabuk pektoral berkembang dengan baik. Tubuh kadal terdiri atas
caput, cervix, truncus dan cauda. Caput berbentuk tegak piramidal, meruncing ke
arah postral dan memipih dalam arah dorsoventral. Sisik pada daeah perut warnanya

kekuning-kuningan, sisik pada daerah punggung berwarna antara kuning sampai

coklat tua. Warna tubuh ini tergantung pada umur, jenis kelamin, keadaan lingkungan
dan keadaan fisiologis tubuhnya (Kurniati, 2003).
Berdasarkan variasi genetik, organ genital pada kadal jantan terdiri dari testis,
epididymis, vas deferens, hemipenis. Testis berjumlah sepasang berbentuk oval, kecil
dan agak keputih-putihan. Dari testis keluar saluran halus yang berkelok-kelok
terletak dekat sisi lateral testis disebut epididymis. Epididimis melanjutkan diri ke
caudal menjadi vas deferens dimana sebelum masuk ke cloaca bersatu dulu dengan
ureter, selanjutnya terdapat sepasang hemipenis yaitu suatu alat yang merupakan
tonjolan dari dinding cloaca dan berfungsi untuk kopulasi. Oleh karena sudah
mempunyai alat kopulasi, maka hewan ini mengadakan fertilisasi secara interna
(Hildebrand, 1983).
Testis pada kadal mempunyai kecenderungan bahwa satu testis terletak lebih
tinggi dari testis yang lain. Bagian dari ductus wolffi dekat testis berkelok-kelok
untuk membentuk epididymis. Ductus wolffi ke arah posterior menjadi ductus
deferens yang biasanya lurus, tetapi ada pula yang berkelok-kelok (Radiopoetro,
1977).
Manfaat mempelajari VIP adalah dapat mengtahui perbedaan morfologi atau
pun genetik pada suatu spesies dalam suatu populasi. Mengetahi kekerabatan antar
spesies dalam suatu populasi. Mengetahui keberagaman morfologi spesies
(Radiopoetro, 1977).
Arlequin ver 3.0 adalah sebuah paket software yang mengintegrasi beberapa
metode dasar dan lanjut untuk analisis data populasi genetik, seperti komputasi dari
diversitas genetik indices standar, estimasi dari frekuensi alel dan halotipe, tes untuk
penyimpangan dari hubungan keseimbangan, penyimpangan dari keadaan netral
yang selektif dan keseimbangan demografik, estimasi atau parameter dari ekspansi
populasi yang lalu, dan melalui analisis dari populasi subdivisi didalam struktur
AMOVA (Excoffier, 2005). Pendekatan menggunakan arlequin adalah strategi
kopling serbaguna yang telah sukses digunakan di beberapa konfigurasi modelkoupling yaitu kopling model, pendekatan multimodal dan multi skala mekanik.
Pendekatan ini mendefinisikan total energi atas daerah pengeleman dengan bobot
energi dari kedua model. Metode Arlequin dan metode elastisitas sepenuhnya
merupakan metode nonlokal (Han et al., 2011).

DnaSP adalah sebuah paket software untuk analisis polimorfisme data DNA.
Versi terkini mengenalkan beberapa modul baru dan fitur, yang diantaranya opsi
membolehkan : (1) menangani set data yang besar (~5 Mb per sekuens); (2)
melaksanakan tes yang berdasarkan penggabungan dalam jumlah yang besar oleh
simulasi komputer Monte Carlo; (3) analisis yang luas dari diferensiasi genetik dan
aliran gen ditengah-tengah populasi; (4) menganalisis pola evolusioner dari codon
yang diinginkan dan tidak diinginkan; (5) menghasilkan keluaran grapikal untuk
visualisasi yang mudah dari hasil. DnaSP versi 5 digunakan untuk mengkalkulasikan
polimorfisme yang dibagi dan perbedaan yang tetap, dan Arlequin versi 3.11
digunakan untuk mengkalkulasikan nilai fixation index (FST) (Excoffier, 2005).
Sebuah haplotype dalam istilah sederhana adalah kelompok tertentu gen atau
alel keturunan yang diwariskan dari satu parental. Ada beberapa definisi spesifik
istilah yang digunakan dalam bidang genetika. Pertama, adalah kata portmanteau
untuk genotip haploid, yang merupakan kumpulan dari alel tertentu (yaitu, urutan
DNA spesifik) dalam sebuah cluster gen yang erat-terkait pada kromosom yang
kemungkinan akan diturunkan bersama. Yaitu, mereka yang bertahan keturunan dari
banyak generasi reproduksi untuk dilestarikan (Masatoshi & Tajima, 1981).

BAB III. MATERI DAN CARA KERJA

A. Materi
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum acara satu bak preparat, pinset,
laporan sementara, alat tulis, perangkat computer/laptop berisi aplikasi Arlequin dan
DnaSP.
Bahan-bahan yang digunakan yaitu Carassus auratus auratus (ikan mas
koki), Eutropis multifasciata (kadal kebun), tahap telur, berudu, berudu berkaki, dan
katak berekor, dan katak dewasa dari Fejervarya cancrivora (katak sawah), Jangkrik
(Gryllus sp.) dan Podophus sp. (hamster).

B. Cara Kerja
Cara kerja yang digunakan dalam praktikum Variasi Intra Populasi adalah
sebagai berikut :
1. Preparat yang akan diamati disiapkan.
2. Preparat berupa telur katak, berudu, katak berekor, katak dewasa diamati dan
digambar serta diberi keterangan tentang jenis variasi yang terjadi.
3. Preparat kadal dibedah, dilihat perbedaan antara kadal jantan dan betina.
4. Preparat ikan mas koki diamati perbedaan sifat setiap jenisnya, dicatat.
5. Preparat hamster diamati perbedaan sifat setiap jenisnya, dicatat

B. Pembahasan
Fejervarya cancrivora atau katak sawah digunakan sebagai preparat yang
memiliki variasi intra populasi berupa variasi umur. Variasi umur pada katak sawah
berupa variasi spesies pada setiap fase metamorfosis. Tahapan dalam metamorfosis
katak yaitu tahap telur, lalu berudu, berudu berkaki, katak berekor, katak muda, lalu
katak dewasa. Variasi ini menunjukan perbedaan morfologi dan fisiologinya. Secara
morfologi pada berudu tidak mempunyai tungkai dan memiliki ekor. Sedangkan
tahap berudu berkaki hanya mempunyai perbedaan morfologi dengan penambahan
tungkai. Pada katak berekor secara morfologi sudah menyerupai katak namun masih
memiliki ekor yang mulai tereduksi. Pada tahap katak muda dan katak dewasa hanya
berbeda ukuran saja. Secara fisiologi, pembuangan zat sisa (ekskresi) berbeda. Tahap
akuatik (berudu sampai berudu berkaki) mengeluarkan ekskresi berupa amonia.
Sedangkan pada tahap terestrial mengeluarkan urea. Serta pada fase larva, katak
adalah hewan herbivor dan pada fase dewasa sudah menjadi karnivor dan insektifor.

Semua hewan yang mengalami metamorfosis memiliki variasi usia. Contoh lainnya
adalah Bintag laut (Luidia sp.)
Hamster (Podophus sp) memiliki spesies dengan variasi genetik yaitu
sibling. Spesies yang secara morfologinya hampir sama, tetapi genetik dan
fisiologinya berbeda. Terdapat tiga variasi yaitu campbeli, roborovski dan sungorus.
Campbeli adalah hamster mini yang memiliki paling banyak variasi warna dan tipe
bulu, karakter yang menonjol dari hamster ini adalah sifatnya yang lebih berani
dibandingkan jenis hamster yang lain. Roborovski adalah hamster yang paling kecil
di antara hamster mini lainnya. Hamster ini memiliki gerakan yang paling lincah,
suka berlari dan melompat dan cemderung lebih takut kepada manusia dibanding
dengan jenis yang lain. Hamster roborovski umumnya hanya mempunyai 2 variasi
warna yaitu: normal dan white face (muka putih) dengan warna bulu kurang lebih
sama yaitu punggung kekuningan dan bagian perut putih. Sungorus adalah hamster
yang paling besar dari antara hamster lain dan tidak terlalu lincah.
Eutropis multifasciata atau kadal kebun digunakan sebagai preparat yang
memiliki variasi intra populasi sexual dimorphism. Jantan dan betina memiliki
morfologi yang berbeda. Pada kadal kebun morfologi anatomi jantan dan betina
sangat berbeda, pada jantan memiliki organ genital yaitu hemipenis. sedangkan dari
coraknya sulit ditemukan perbedaan yang signifikan. Selain kadal, hewan yang
memiliki variasi seksual dimorfisme adalah jangkrik atau Gryllus sp. perbedaan
terletak pada organ non genitalianya yaitu ovipositor pada betinanya.
Ikan Mas Koki (Carassius auratus auratus) yang memiliki beberapa jenis.
Ikan Mas Koki dengan jenis Mutiara Jenis variasi Polimorfisme, memiliki warna
tubuhnya yng putih dengan bercak warna, matanya yang berwarna hitam, memiliki
sirip ekor yang bercabang, perutnya yang bergelembung dan membulat, tidak adanya
ween. Ikan Mas Koki (Penser) memiliki jenis variasi Polimorfisme. Memiliki warna
tubuh orange dan adanya bercak hitam, warna matanya yang hitam, sirip ekor yang
bercabang, perut yang bergelembung dan membulat dan memiliki ween. Ikan Mas
Koki (Komet) memiliki jenis variasi Polimorfisme. Ikan Mas Koki (Komet) ini
memiliki warna tubuh yang putih dan orange dengan matanya yang hitam sirip
ekornya yang bercabang, perutnya yang ramping dan Ikan Mas Koki jenis Komet ini
tidak memiliki ween. Ikan Mas Koki (Lowo) memiliki jenis variasi Polimorfisme.
Keseluruhan tubuhnya yang berwarna hitam, matanya berwarna hitam, sirip ekor
yang bercabang, tubuhnya yang membulat dengan perutnya yang bergelembung.

Ikan Mas Koki jenis Lowo ini tidak memiliki wen. Ikan Mas Koki (Ranchu)
memiliki wen, tipe sirip ekor bercabang, tubuh berwarna putih dan oranye dan mata
hitam, dan perut bergelembung.
Pada kupu-kupu atau Lepidoptera, memiliki variasi genetik berupa
gynandromorph. Adalah variasi dimana jantan dan betina mempunyai karakteristik
yang sama. Penyebab variasi ini belum diketahui secara pasti.
lebah (Apis sp.) merupakan contoh variasi social, lebah memiliki lebah ratu,
pekerja dan lebah pejantan. Lebah ratu berukuran besar hanya terdapat satu ekor
pada tiap koloninya, berumur 3-5 tahun, mempunyai feromon dan bertelur hingga
1500-2000 telur setiap harinya. Ratu lebah memakan royal jelly sepanjang hidupnya,
sehingga berumur lebih lama dari pada lebah pekerja yang hanya mengkonsumsi
royal jelly selama 3 hari saat menjadi larva. Lebah pejantan mempunyai ukuran
sedang yaitu lebih kecil dari ratu lebah dan lebih besar dari lebah pekerja. Lebah
pejantan memiliki mata yang besar dan menonjol. Lebah jantan bertugas membuahi
ratu lebah dan setelah membuahi sang ratu lebah mereka akan mati. Lebah jantan
tidak bertugas mengumpulkan polen atau madu, karena tidak memiliki pipa
penghisap. Lebah pekerja memiliki tugas tergantung usia lebah, contohnya lebah
pekerja muda bertugas untuk mencari makan. Selain itu lebah pekerja akan
melindungi sarang dan menyerang siapapun yang mengganggu dengan sengatnya.
Lebah pekerja memiliki ukuran tubuh yang lebih kecil dari pada lebah ratu dan lebah
jantan.
Variasi non-genetik lainnya adalah variasi alometrik. Kumbang tanduk
(Oryctes rhinoceros) memiliki variasi intra populasi berupa allometrik pada tanduk
jantan. Panjang tanduk jantan bervariasi antar individu. Hal ini disebabkan karena
nutrisi yang didapat berbeda.
Software Arlequin merupakan software yang digunakan untuk menganalisis
keragaman populasi. Menganalisis keragamanan populasi diperlukan DnaSP,
arlequin, dan sekuensnya. Arlequin dapat digunakan setelah sequens DNA dianalisis
oleh dnaSP (DNA Sequence Polymorphism). Langkah pertama yaitu melakukan
input file bentuk fasta dengan membuka sofware DnaSP, dan akan muncul Tcrocea,
Sejumlah nama sequence akan muncul, kemudian blok nama sequence yang sama
dan select. Langkah selanjutnya yaitu add new sequence dan diberi nama populasi
dan klik OK. Setelah semua di klik kemudian generate, haplotype data file dengan n
menyatakan jumlah sedangkan t adalah panjang sequence. Klik considered,

invariable site included dan pilih arlequin generate haplotype, kemudian list klik OK,
ganti nama file sesuai dengan nama preparat pada .hap atau haplotype list project
dan disimpan dengan nama .arp pada suatu folder. Dnasp akan memuat number of
haplotype dan haplotype diversity. Setelah itu, software arlequin dibuka, buka file
.arp tadi yang telah disimpan. Open struktur editor, pilih setting dan akan muncul
tabel AMOVA, pilih standart amova comp. Klik kolom ke satu dari tabel amova dan
use conventional. Selanjutnya pilih standard diversity dan molecular diversity indices
kemudian start
Hasil analisis sequence DNA menggunakan sofware Arlequin versi 3.5, dapat
diketahui bahwa besarnya d.f. yaitu 299, sum fo squares 843.340, variance
components 3.44055. Fixation Indices dari amova tersebut memiliki indeks antar
populasi (FSC) 0.16864, indeks viksasi individu dalam populasi (FST) 0.36845, dan
indeks viksasi (FCT) 0.24034. significance tests yaitu 1023 permutation. Selain itu,
akan didapatkan number of gene copies 8, number of gene sequence 7, panjang basa
456, number of polymorphism side 27, komposisi basa, dan perbandingan persentase
basa.
AMOVA (Analysis of Molecular Variance) design result adalah hasil
analisis yang menggunakan aplikasi Arlequin untuk mengevaluasi jumlah struktur
genetik dalam populasi dan tugasnya menyajikan data berdasarkan metode yang
digunakan dalam analisis. Biasanya hasil data AMOVA menggunakan ekstensi *.res.
Fixation indices dan significance indices adalah ukuran pasti dari variasi dalam
populasi karena struktur genetik. Hal ini dihasilkan dengan gabungan data
polimorfisme genetik, seperti SNP atau mikrosatelit. Populasi Tridacna crocea pada
project menunjukan polimorfisme pada daerah-daerah yang dikunjungi. Hewanhewan ini tetap dalam satu spesies namun variasinya polimorfisme. Dengan bantuan
DnaSP untuk memasukan sequens DNAnya dapat diperkirakan seberapa besar
variasi genetiknya.

BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan
Berdasarkan hasil pengamatan dan pembahasan, dapat disimpulkan bahwa:
1. Variasi intra populasi dibagi menjadi dua jenis, yaitu faktor non genetik dan
genetik.
2. Variasi genetik seksual dimorfisme terjadi pada kadal, variasi genetic
polimorfisme terjadi pada ikan mas koki dan variasi genetic gynandromorphy
terjadi pada kupu-kupu. Variasi non-genetik usia terjadi pada katak dan hewan
yang mengalami metamorfosis, variasi non-genetik sosial terjadi pada koloni
lebah madu dan variasi alometrik terjadi pada kumbang tanduk.
3. Software yang digunakan pada praktikum yaitu arlequin. AMOVA (Analysis of
Molecular Variance) design result adalah hasil analisis yang menggunakan
aplikasi Arlequin untuk mengevaluasi jumlah struktur genetik dalam populasi dan
tugasnya menyajikan data berdasarkan metode yang digunakan dalam analisis.

1.

B. Saran
Saran untuk praktikum Variasi Intra Populasi adalah:
Praktikan harus mengetahui prinsip dasar dalam variasi intra populasi dari aspek

2.
3.

penyebab hingga berbagai macam jenis serta contohnya.

Berhati-hati dalam menggunakan preparat awetan agar tidak mudah rusak.
Berlatih menggunakan software Arlequin dan AMOVA.

DAFTAR REFERENSI
Brotowijoyo, M. D. 1993. Zoologi Dasar. Jakarta: Erlangga.
Campbell, Neil A. Jane B. Reece, Lawrence G. 2000. Biologi Edisi Kelima Jilid 3.
Jakarta: Erlangga.
Campbell, Reece, Urry, Cain, Wasserman, Minorsky, dan Jackson. 2009. Biology 8th
Edition. San Fransisco: Benjamin Cummings.
Excoffier, L., Guillaume L, dan Stefan S. 2005. Arlequin (Version 3.0) : An
Integrated Software Package for Population Genetics Data Analysis.
Evolutionary Bioinformatics Online. pp. 47-50.
Gutowsky, L.F.G. & Fox, M. G. 2011. Intra-population variability of life-historytraits
and growth during range expansion of the invasive round goby, Neogobius
melanostomus. Journal Fisheries Management and Ecology, 19, pp. 78-88.
Han, F., G. Lubineau. 2011. Coupling of nonlocal and local continuum models by the
Arlequin approach. Int. Journal Numer. Meth. Engn. Published online in
Wiley Online Library.
Hildebrand, M. 1983. Analisa Struktur Vertebrata. Bandung: Armico.
Inger, R. F., Iskandar, J. T. 2005. A Colletion of Amphibians From West Sumatra
With Description of A New Species of Megrophys (Amphibia:Anura).
Journal Zoology, 53(1), pp.133-142.
King, G. 1996. Reptiles and Herbivory. London: Chapman & Hall.

Kurniati, H. 2003. Amphibians and Reptiles of Gunung Halimun Nation Park West
Java Indonesia (Frogs, Lizards and Snakes). An Illustrated Guide Book.
Bogor: Research Center For Biology-LIPI.
Mahardono, A. 1980. Anatomi Katak. Jakarta: Intermasa.
Masatoshi, N., Fumio, T. 1981. DNA polymorphism detectable by restriction
endonucleases. Jepang: Genetics
Radiopoetro, 1977. Zoologi. Jakarta: Erlangga.
Radiopoetro. 1990. Zoologi. Jakarta: Erlangga.
Reflinaldon, D. B., Dwinardi A. 2011. Keragaman Genetik, Kebugaran dan
Inkompatibilitas
Reproduksi
Hemiptarsenus
Varicornis
Girault
(Hymenoptera: Eulophidae), Parasitoid Larva Liriomyza Huidobrensis
(Diptera: Agromyzidae). Journal HPT Tropika, 11 (1), pp. 1-10.
Smartt, J. 2001. Goldfish Varieties and Genetics : A Handbook for Breeders.
Blackwell Science. London: Oxford.
Tenzer, Amy. 2003. Petunjuk Praktikum Struktur Hewan II. Malang: Universitas
Negeri Malang.