Pemotongan Molekul DNA Menggunakan Enzim Restriksi Endonuklease Dan Pengukuran Besarnya Pasangan Basa Dari Fragmen Yang Terpotong
Pemotongan Molekul DNA Menggunakan Enzim Restriksi Endonuklease Dan Pengukuran Besarnya Pasangan Basa Dari Fragmen Yang Terpotong
Hasil pemotongan enzim restriksi endonuklease ada dua macam yaitu unjung
blunt atau flush dan ujung sticky atau cohesive (gambar 2).
sedangkan ujung sticky atau cohesive menunjukkan enzim restriksi endonuklease pada
posisi yang berbeda dari dua untai DNA yang komplementer. Beberapa pemotong
ujung sticky menghasilkan ujung 5 atau ujung 3 yang menggantung.
Fragmen DNA yang dipotong dengan enzim restriksi endonuklease dapat
ditentukan berapa besar ukurannya dengan menggunakan teknik elektroforesis gel
agarosa. Teknik ini tergantung oleh konsentrasi agarosa dalam gel. Fragmen yang
berukuran kurang dari 150 pasang basa dapat dipisahkan dengan cara elektroforesis
yang konsentrasi agarosanya 4% atau 5%.
Apabila ukuran dari sekuens DNA tidak diketahui maka fragmen yang
mengandung gen atau segmen DNA tersebut dapat diidentifikasi dengan Southern
hybridization. Adapun tahapannya yaitu:
1. Mentransfer fragmen restriksi dari gel agarosa ke nitroselulosa atau membran
nilon.
2. Menyediakan hybrization probe. Sekuens molekul DNA yang komplementer
dengan DNA target dilabeli. Pelabelan ini dapat menggunakan oligonukleotida
sintetik.
Pelabelan
kemudian
dideteksi
dengan
menggunakan
autoradiography.
Daftar Pustaka
Brown, T.A (2002) DNA in Genomes, 2nd ed.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6026
diakses tanggal 16 Oktober 2008
Situs Terkait
http://regeni.wordpress.com/bahan-ajar/laporan-praktikum/fitri/
http://lib.atmajaya.ac.id/default.aspx?tabID=61&src=k&id=135557
diakses tanggal 22 Oktober
http://bima.ipb.ac.id/~tpb-ipb/materi/genetika/dnarekombinan/enzimrestriksipdf.pdf
diakses tanggal 28 Oktober
http://users.sch.gr/ppoulio/Flash_animation/animation_biology/anasindiasmeno_DNA
%20Gkatefthinsis.swf
http://users.sch.gr/ppoulio/Flash_animation/animation_biology/endonukleases%20per
iorismou%20Gkatefthinsis.swf
http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/restriction.html
diakses tanggal 29 Oktober 2008