Nama : Nurul Hilmiyah

NIM : T20188060

Kelas :Biologi 2

JAWABAN REMIDI BIOTEKNOLOGI

1. Prinsip kerja Western Blot yaitu pertama kali dilakukan analisis dengan SDS-PAGE
karena protein mempunyai berat molekul yang beragam, sehingga setelah dilakukan
SDSPAGE, protein dengan berat molekul yang berbeda akan terpisah pada area gel.
Kemudian dilanjutkan dengan mentransfer protein tersebut dari Polyacrilamide Gel ke
membrane nitroselulose dan selanjutnya dilabel dengan antibodi. Hasil ikatan antara
protein antigen dan antibodi tersebut kemudian diwarnai dengan menggunakan
pewarnaan yang diinginkan, seperti pewarnaan dengan commasie blue.
2. Prinsip dan Tahapan DNA Rekombinan
Teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa teknik diantaranya adalah teknik
mengisolasi DNA, memotong DNA, menggabung / menyambung DNA serta teknik
memasukkan DNA ke dalam sel hidup sehingga DNA rekombinan dapat bereplikasi dan
dapat diekspresikan. Adapun langkah-langkah pembuatan DNA rekombinan menurut
Moeljopawiro adalah sebagai berikut:
a. Isolasi sumber DNA
Elusi atau isolasi fragmen tunggal DNA adalah proses pemisahan fragmen DNA
target dari campuran fragmen-fragmen DNA pengotornya. Tahap pertama adalah
pemisahan fragmen yang ingin diisolasi dari fragmen lainnya dengan pemotongan
menggunakan enzim restriksi atau hasil PCR, yang dilanjutkan dengan
elektroforesis menggunakan gel agarose. Tahap selanjutnya adalah mendeteksi
fragmen yang akan diisolasi dan memotong gel agarose yang mengandung
fragmen tersebut. Tahap terakhir adalah mengisolasi fragmen DNA dari gel
agarose dengan cara melewatkannya pada membran Hybon N netral dan memberi
larutan buffer elusi yang berisi Tris buffer dan Sodium Dodesil Sulfat.
b. Pemotongan Gen
 Restriksi plasmid merupakan proses pemotongan fragmen DNA pada situs
tertentu sesuai yang diinginkan dengan menggunakan enzim restriksi. Molekul
DNA rekombinan tidak dapat dibuat dengan mudah tanpa adanya dua jenis enzim,
yaitu: enzim restriksi endonuklease yang berperan sebagai “gunting” untuk
memotong DNA pada situs spesifik. Setiap enzim restriksi mengenali urutan
spesifik dan memotong hanya di tempat-tempat tertentu dari urutan basa tersebut.
Enzim restriksi memotong DNA double strands dengan memutus ikatan kovalen
di antara phosphat dari satu deoksiribonukleotida dengan gula dari
deoksiribonukleotida yang berbatasan dengannya. Terdapat dua tipe hasil
pemotongan, ujung rata (blunt end) dan ujung kohesif (sticky end). Ujung rata
(blunt end) dihasilkan ketika dua utas molekul dipotong pada posisi yang sama,
bagian akhirnya rata dan tidak ada nukleotida yang tidak berpasangan. Ujung
kohesif (sticky end) dihasilkan ketika setiap molekul DNA dipotong pada posisi
yang tidak sama sehingga salah satu utas (5’ atau 3’) menggantung dengan
beberapa nukleotida. Akhiran single strand yang tidak rata ini dapat berpasangan
secara spontan dengan basa pasangannya sehingga disebut “sticky” (mudah
lengket) atau kohesif.
c. Penggabungan Gen
Ligasi adalah proses penyambungan antara satu fragmen DNA dengan fragmen
DNA lainnya. Di dalam pengklonan gen, DNA insert disambungkan dengan
vector pengklonan. Terdapat beberapa jenis vector, diantaranya vector untuk
bakteri adalah plasmid, phage dan cosmid, serta beberapa vector lain yang
digunakan untuk organisme selain bakteri, yaitu Yeast Artificial Chromosomes
(YAC), Bacterial Artificial Chromosomes (BAC), Plant Cloning Vectors dan
Mammalian Cell Vectors. Faktor yang sangat berperan dalam proses ligasi adalah
Enzim Ligase. Ligasi berhasil bila kedua ujung yang akan disambungkan
berkomplemen. Kecocokan yang sangat spesifik dibutuhkan bila fragmen DNA
yang akan disambungkan mempunyai ujung tidak rata (sticky end), karena
penyambungannya harus mengikuti kaidah Chargaff, yaitu T berpasangan dengan
A dan G berpasangan dengan C. Sedangkan fragmen DNA yang mempunyai
ujung rata (blunt end) dapat disambungkan dengan sembarang fragmen DNA lain
 yang berujung rata. Oleh karena itu untuk mengklon suatu fragmen DNA yang
spesifik menggunakan ujung tidak rata sedangkan pengklonan DNA yang tidak
memerlukan spesifikasi tertentu menggunakan ujung rata
d. Penyisipan Gen ke dalam Bakteri
Penyisipan gen dapat dilakukan melalui dua cara yaitu: Konjugasi : perpindahan
DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri lainnya (sel resipien) melalui
kontak fisik antara kedua sel. Transformasi : pengambilan DNA oleh bakteri dari
lingkungan di sekelilingnya. Transduksi : cara pemindahan DNA dari satu sel ke
dalam sel lainnya melalui perantara fage. DNA yang masuk ke dalam bakteri
dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri sehingga terbentuk DNA
rekombinan atau kromosom rekombinan.
e. Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target
Memasukkan DNA Rekombinan ke Sel Target / Sel Hidup dapat dilakukan
dengan tiga cara yaitu:
 Transformasi : pengambilan DNA rekombinan dari lingkungan di
sekelilingnya.
 DNA-packaging : memasukkan molekul DNA-phage ke dalam partikel
phage.
 Minkroinjection : memakai jarum super kecil untuk menginjekasikan
DNA rekombinan langsung ke inti sel yang ditransformasi.
3. Penelitian yang berkaitan dengan teknologi DNA rekombinan yaitu
 Penelitian : Teknologi DNA Rekombinan dan Aplikasinya dalam Eksplorasi
Mikroba Laut
 Penjelasan : Pada pengembangan bioteknologi kelautan dan perikanan, teknologi
DNA rekombinan ini dapat digunakan untuk eksplorasi potensi dan biodiversitas
organisme laut. Organisme laut (dalam hal ini mikroba laut) yang sebelumnya
hanya merupakan kekayaan alam laut yang potensial dan belum memberikan nilai
tambah, maka dengan teknologi DNA rekombinan dapat ditingkatkan nilai
tambahnya untuk menghasilkan suatu produk yang sangat prospektif.
4. Bioteknologi tidak lain adalah suatu proses yang unsur-unsurnya sebagai berikut:
 Input yaitu bahan kasar (raw material) yang akan diolah seperti; beras, anggur,
susu dsb.
 Proses yaitu mekanisme pengolahan yang meliputi; proses penguraian atau
penyusunan oleh agen hayati.
 Output yaitu produk baik berupa barang atau jasa seperti; alkohol, enzim,
antibiotika, hormon, pengolahan limbah.