ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB/RIF DAN KULTUR

DAHAK MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS DALAM
MENEGAKKAN DIAGNOSIS TUBERKULOSIS PARU DAN
RESISTENSI RIFAMPISIN PADA ANAK DENGAN DUGAAN
TUBERKULOSIS PARU DI RSUD DR SOETOMO

Karya Ilmiah Akhir

Untuk memenuhi persyaratan dalam menyelesaikan
Program Pendidikan Dokter Spesialis I
Ilmu Kesehatan Anak

Oleh:
Berlian Beatrix Rarome, dr.

Pembimbing:
Retno Asih Setyoningrum, dr., SpA(K)
Deddy Iskandar, dr., SpA
Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih , dr., MS, SpMK(K)
Ir. Mahmudah, M.Kes

DEPARTEMEN/ SMF ILMU KESEHATAN ANAK

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
RSUD DR. SOETOMO
SURABAYA
2015

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

KATA PENGANTAR

Diagnosis Tuberkulosis (TB) pada anak lebih sulit dibandingkan

pada pasien dewasa karena terdapat beberapa keterbatasan. Kondisi ini

menyebabkan under dan over diagnosis TB anak sehingga

mengakibatkan morbiditas dan mortalitas yang tinggi. Tahun 2010 WHO

telah merekomendasikan penggunaan GeneXpert MTB/RIF sebagai alat

bantu diagnosis TB karena mempunyai nilai sensitivitas dan spesifisitas

yang tinggi, namun penelitian pada anak masih jarang.

Penelitian ini membandingkan pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF

dengankultur dahak MTB dalam menegakkan diagnosis TB paru dan

resistensi Rifampisin pada anak dengan dugaan TB paru di RSUD dr

Soetomo.

Meskipun dalam pelaksanaan penelitian karya ilmiah akhir ini

penulis telah berupaya semaksimal mungkin, namun penulis menyadari

bahwa makalah ini masih belum sempurna. Oleh karena itu setiap saran

maupun kritik yang konstruktif demi perbaikan akan diterima dengan

terbuka dan senang hati. Akhir kata, semoga penelitian karya ilmiah akhir

ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua.

Penulis

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

UCAPAN TERIMA KASIH

Puji Syukur ke hadirat Tuhan Yang Maha Kuasa karena atas

berkat dan rahmat-Nya, laporan penelitian ini dapat saya

selesaikan sebagai salah satu persyaratan untuk menerima tanda

keahlian di bidang Ilmu Kesehatan Anak Fakultas Kedokteran

Universitas Airlangga/RSUD dr. Soetomo Surabaya.

Pada kesempatan ini, saya menghaturkan terimakasih yang

sebesar-besarnya dan penghargaan yang setinggi-tingginya

kepada guru-guru saya, Landia Setiawati, dr., SpA(K) (alm);

Retno Asih Setyoningrum, dr., SpA(K); Deddy Iskandar, dr.,

SpA; Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih , dr., MS, SpMK (K). Beliau

semua telah membimbing saya dengan penuh kesabaran,

kesungguhan dan ketelitian dalam membekali, mengarahkan dan

membimbing saya sejak pembuatan naskah usulan penelitian

hingga penyelesaian karya ilmiah akhir ini.

Rasa hormat dan terimakasih yang sebesar-besarnya juga saya

sampaikan kepada yang terhormat :

- Prof. Dr. Agung Pranoto, dr., M.Kes, SpPD-KGEH,

selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga

dan Prof. Dr. Muhammad Amin, dr., SpP(K), selaku

mantan Dekan Fakultas Kedokteran, Universitas

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Airlangga, yang telah memberi kesempatan kepada saya

untuk menempuh Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu

Kesehatan Anak.

- Dodo Anondo, dr., MPH, selaku Direktur RSUD Dr.

Soetomo Surabaya dan H. Slamet Riyadi Yuwono, dr.,

DTM&H, MARS, selaku mantan Direktur RSUD Dr.

Soetomo Surabaya yang telah memberikan kesempatan

dan fasilitas selama masa pendidikan keahlian saya serta

memberikan kemudahan dalam melakukan penelitian.

- Prof. Dr. Triyono, dr., SpR(K), selaku Ketua Tim

Koordinasi Pelaksana, Program Pendidikan Dokter

Spesialis,Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga /

RSUD Dr. Soetomo yang telah memberikan kesempatan

dan fasilitas selama masa pendidikan keahlian saya.

- H. Sjamsul Arief, dr., MARS, SpA(K), selaku Ketua

Departemen Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas Kedokteran,

Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo,yang telah

berkenan memberikan kesempatan kepada saya untuk

memperdalam pengetahuan di bidang Ilmu Kesehatan

Anak, serta atas bimbingan dan pengarahannya selama

saya mengikuti pendidikan keahlian.

- Dr. I Dewa Gede Ugrasena, dr., SpA(K), selaku Ketua

Program Studi Ilmu Kesehatan Anak, Departemen Ilmu

Kesehatan Anak, Fakultas Kedokteran, Universitas

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Airlangga / RSUD Dr. Soetomo, dan Hj. Siti Nurul

Hidayati, dr., M.Kes, SpA(K) selaku Sekretaris Program

Studi Ilmu Kesehatan Anak, Departemen/SMF Ilmu

Kesehatan Anak, Fakultas Kedokteran, Universitas

Airlangga / RSUD Dr. Soetomo, atas segala bimbingan

yang amat berharga yang senantiasa diberikan kepada

saya selama mengikuti pendidikan keahlian.

- H. Mahrus A. Rachman, dr., SpA(K), selaku Koordinator

Litbang Departemen Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas

Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo

yang bersedia mendukung konsep penelitian ini sehingga

karya akhir saya dapat terwujud, serta saran dan kritik

yang menggugah saya untuk terus membaca.

- Ir Mahmudah M.Kes. selaku pembimbing statistik yang

telah membantu dalam hal penyusunan metode

penelitian dan pengolahan data.

- Dr. Ninik Asmaningsih Soemyarso, dr., MM Paed,

SpA(K); Prof. Parwati SB, dr., DTM&H,

MSc(CTM),SpA(K), Siti Nurul Hidayati, dr.,SpA(K),

M.Kes, Dr.Anang Endaryanto, dr., SpA(K), Martono

Tri Utomo,dr.,SpA(K) selaku tim penguji atas asupan

konstruktif yang berharga untuk perbaikan karya ilmiah

penelitian ini.

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

- Seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan

Anak, Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga/RSUD

Dr. Soetomo, Surabaya yang telah membimbing dan

membantu dalam menyelesaikan studi di bagian Ilmu

Kesehatan Anak sekaligus memberikan ilmu baru yang

sangat bermanfaat.

- Seluruh staf pengajar Mata Kuliah Dasar Umum

(MKDU), Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga

yang telah memberi bekal untuk menempuh pendidikan

di Program Studi Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas

Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo

Surabaya.

- drg Febria Rachmanita selaku Direktur RS dr Soewandi

dan Kepala Dinas Kesehatan Kota Surabaya dan Radix

Hadriyanto,dr., SpA, Retna Hastuti, dr., SpA, Ariani,

dr., SpA, Hendarti, dr., SpA selaku staf medik SMF

Anak RS dr Soewandhi, drg I Made S.D, Nina

Apriyanti,dr., Novi Milawati, Amd Kep selaku staf

medik Pusksmas Gunung Anyar yang telah membantu

dalam pengumpulan sampel penelitian karya akhir saya

- dr. Sigit Prihutomo, MPH, selaku direktur PPML,

Kemenkes RI,dr Retnokusuma selaku staf kelompok

kerja TB Anak Depkes RI, Sri Puji, dr., SpP(K) selaku

ambasador WHO untuk program TB Depkes RI, dr Setyo

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Budionoselaku Kepala Seksie P2 Dinas Kesehatan

Proponsi Jatim, Ibu Satitistaf P2 Dinas kesehatan

Propinsi Jatim,Darsono, dr., SpP (K) selaku kepala TB

DOTS RS dr Seotomo, Bu Sri beserta perawat poli TB

DOTS RSUD dr Soetomo, dr Koesprijani SpPK dan

Ibu Ratna Handayani S.Si beserta seluruh petugas lab

BBLK Surabaya yang telah membantu kelancaran

penelitian saya

- Seluruh rekan sejawat PPDS-1 Ilmu Kesehatan Anak,

Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr.

Soetomo Surabaya yang telah bersama-sama dalam

suka dan duka menempuh pendidikan spesialis anak.

- Rekan PPDS-1 Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas

Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo

periode Juli 2011, yaitu Devi Emawanti, dr., Putu Dian

Saraswati dr., Hakimah Maimunah dr., IDAA Shinta

Kamaya., Natalia Kristanti dr., Kristina Natalia Marbun

dr., Siti Nur Azizah dr., Heru setiawan dr., Septria

Erlita Soejito dr., Ilham Bondan dr.atas kekompakan

dan kerjasamanya selama menempuh pendidikan dokter

spesialis anak.

- Andi Cahyadi, dr., SpA., M Riza Kurniawan, dr., selaku

Sie Ilmiah PPDS yang telah meluangkan waktu lebih

demi kemajuan masyarakat ilmiah PPDS-1 Ilmu

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Kesehatan Anak, Fakultas Kedokteran, Universitas

Airlangga / RSUD Dr. Soetomo.

- Teman-teman yang akan bersama mengikuti ujian board

bulan Febuari 2016 yaitu Hidayati Utami Dewi, dr.,Yeni

Kusumawati, dr., Areta Indarto, dr., IDAA Shinta

Kamaya, dr.semoga kita bisa lulus mendapat hasil

terbaik dan tidak mengecewakan seluruh pihak.

- Seluruh paramedis di Instalasi Rawat Jalan Anak dan

Instalasi Rawat Inap Anak, RSUD Dr. Soetomo,

Surabaya yang telah membantu saya selama masa

pendidikan.

- Mbak Timur, Mbak Didi, Mbak Nita, Bu Win, Mbak

Dian, Mbak Yuni dan Mbak Indri terima kasih atas

bantuannya mengurusi PPDS selama ini.

- Semua pihak yang telah membantu saya sampai lulus

pendidikan dokter spesialis anak yang tidak dapat saya

sebutkan satu persatu.

Saya sungguh bersyukur karena memiliki keluarga yang luar

biasa, yang senantiasa mendukung dan memberi kesempatan

kepada saya untuk mewujudkan apa yang saya inginkan, saya

sampaikan rasa hormat dan kasih sayang kepada:

- Suami saya, Denny Christupel Tupamahu AP, M.Si,

M.Mis, MH, dan anak-anak saya tersayang Michael

Joshua Kalendesang Tupamahu, Gloria Miracle

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Buligang Tupamahu atas kesabaran dan ketabahan

mendampingi selama saya menempuh pendidikan serta

doa yang selalu dipanjatkan demi keselamatan dan

keberhasilan saya. Maafkan saya karena sering

meninggalkan kewajiban sebagai istri dan ibu untuk

beberapa waktu dalam menunaikan tugas-tugas sebagai

PPDS.

- Kedua orang tua saya tercintaIr John W Rarome dan

Bernadette Maria Tiwa (alm) atas dukungan moral,

dukungan material dan doa yang selalu dipanjatkan

untuk saya agar saya dapat mencapai cita-cita menjadi

dokter spesialis anak.

- Kedua mertua saya,Bpk Jonny Tupamahu (alm) dan

Ibu Yoke Tupamahu yang telah memberikan dukungan

material dan spiritual sehingga saya dapat

menyelesaikan pendidikan saya.

- Kakak, kakak ipar, adik ipar saya, Nova Rarome dan

keluarga, dra Mutiara Anna Rarome Apt, dan

keluarga, Andreas IP Rarome dan keluarga, Melati

Ester dr dan keluarga, Ketty Katharina Tupamahu SE

dan keluarga, Kenny P Tupamahu STP dan keluarga.

atas dukungan dan doanya.

- Seluruh keluarga besar saya yang tidak dapat saya

sebutkan satu persatu atas bantuannya selama ini.

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Semoga penelitian ini bermanfaat bagi penulis khususnya

dan bagi pembaca pada umumnya. Peneliti juga berharap

semoga hasil yang didapat dapat bermanfaat bagi

perkembangan ilmu kedokteran dan pada akhirnya

bermanfaat bagi kesehatan anak-anak Indonesia. Semoga

Tuhan Yang Maha Kuasa senantiasa melimpahkan berkah

dan rahmat-Nya kepada kita semua.

Peneliti

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Abstrak

PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB/RIF DAN KULTUR DAHAK

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS DALAM MENEGAKKAN
DIAGNOSIS TUBERKULOSIS PARU DAN RESISTENSI RIFAMPISIN
PADA ANAK DENGAN DUGAAN TUBERKULOSIS PARU DI RSUD
DR SOETOMO

Berlian Beatrix, Deddy Iskandar, Retno Asih Setyoningrum,

Ni Made Mertaniasih, Mahmudah

Latar belakang : Menegakkan diagnosis Tuberkulosis (TB) pada anak

sampai saat ini masih sulit dikerjakan. GeneXpert MTB/RIF adalah suatu
metode diagnostik baru yang dapat mengidentifikasi Mycobacterium
tuberculosis (MTB) dengan cepat. Walaupun metode ini telah
direkomendasikan pada anak-anak, namun penelitian tentang GeneXpert
MTB/RIF dalam mendiagnosis TB paru anak di lingkungan Rumah Sakit
(RS) belum pernah dikerjakan di Indonesia
Tujuan : Membandingkan hasil pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dengan
kultur dahak MTB pada media Lowenstein Jensen (LJ) dalam
menegakkan diagnosis TB paru pada anak yang diduga TB paru
Metode : Consecutive sampling mengumpulkan 27 anak usia 3 bulan
sampai 14 tahun yang diduga TB paru antara Juni sampai Agustus 2015
pada penelitian cross sectional di RSUD dr Soetomo. Pada setiap anak
dilakukan pengambilan dahak dengan cara induksi dahak kemudian
dilakukan tiga metode pemeriksaan sekaligus yaitu secara mikroskopis,
GeneXpert MTB/RIF dan kultur yang dilanjutkan dengan uji kepekaan
MTB bagi spesimen yang terdeteksi ada pertumbuhan MTB
Hasil : Sensitivitas GeneXpert MTB/RIF adalah 100% (95% CI 100-100)
dan spesifisitas 95% (95% CI 85-100). Nilai duga positif GeneXpert
MTB/RIF adalah 89% (95% CI 68-100), sedangkan nilai duga negatifnya
adalah 100% (95% CI 100-100) dan Likelihood positive nya adalah 20
(95%CI 2,82-128)
Kesimpulan :GeneXpert MTB/RIF mampu mendeteksi semua spesimen
yang terdeteksi positif MTB oleh Kultur dahak MTB namun dalam waktu
yang lebih singkat dan dengan spesifisitas yang tinggi
Kata Kunci : TB paru anak. Sensitifitas, spesifisitas, GeneXpert MTB/RIF

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Abstract

GENEXPERT MTB/RIF AND MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

SPUTUM CULTURE IN ESTABLISHING THE DIAGNOSIS OF
PULMONARY TUBERCULOSIS AND RIFAMPICIN RESISTANCE IN
SUSPECTED CHILDHOOD PULMONARY TUBERCULOSIS IN
SOETOMO HOSPITAL

Berlian Beatrix, Deddy Iskandar, Retno Asih Setyoningrum,

Ni Made Mertaniasih, Mahmudah

Background: The diagnosis of childhood tuberculosis remains a challenge

worldwide. The GeneXpert MTB/RIF test, a rapid Mycobacteria
tuberculosis diagnostic tool, was recommended for use in children. No
pediatric studies of GeneXpert MTB/RIF assessing pulmonary tuberculosis
with hospital base have been done in Indonesia
Objective : We evaluated the performance of the GeneXpert MTB/RIF test
compared with sputum culture on Lowenstein-Jensen (LJ) for the
diagnosis of childhood pulmonary tuberculosis.
Methods: We consecutively enrolled 27 children aged 3 months to 14
years with suspected pulmonary tuberculosis between June and August
2015 into a cross-sectional diagnostic study at Soetomo Hospital a tertiary
care facility in Surabaya. Sputum collection was performed by induced
sputum then three examination methods were performed, microscopic,
GeneXpert MTB/RIF and sputum culture simultaneously. Followed by
Drug sensitivity test for specimens detected with MTB growth
Results: The GeneXpert MTB/RIF test had a sensitivity of 100% (95% CI
100- 100) and a specificity of 95% (95% CI 85-100). Positive predictive
value for diagnosing pulmonary TB was 89% (95% CI 68-100), negative
predictive value was 100% (95% CI 100-100), positive likelihood ratio was
20 (95% CI 2,82-128)
Conclusion: The GeneXpert MTB/RIF test on one sputum sample rapidly
and correctly identified all children with culture confirmed pulmonary
tuberculosis with high specificity.
Keywords: Childhood Pulmonary tuberculosis, Sensitivity, Specificity,
GeneXpert MTB/RIF

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

RINGKASAN

Diagnosis Tuberkulosis (TB) pada anak yang sulit menyebabkan

under dan over diagnosis TB anak, hal ini mengakibatkan morbiditas dan
mortalitas yang tinggi. Menegakkan diagnosis dini TB pada anak sangat
penting dalam rangka pengendalian kejadian penyakit TB. Namun
pendekatan diagnosis yang ada saat ini kurang sensitif. GeneXpert
MTB/RIF adalah uji molekuler dengan metode Polymerase chain reaction
(PCR) memberikan sensitivitas tinggi dengan cara melipatgandakan
deoxyribonucleic acid (DNA) Mycobacterium tuberculosis (MTB).
Penelitian untuk mengevaluasi hasil pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF
dalam menegakkan diagnosis TB paru anak belum pernah dikerjakan di
Indonesia.

Tujuan penelitian ini adalah membandingkan hasil pemeriksaan

GeneXpert MTB/RIF dengan kultur dahak MTB dalam menegakkan
diagnosis TB paru anak di lingkungan Rumah Sakit. Penelitian ini
dilakukan di poli respirologi anak dan bangsal respirologi anak RSUD dr
Soetomo. Subyek penelitian adalah anak yang mempunyai kontak erat
dengan penderita TB dewasa dan menunjukkan gejala TB paru. Jumlah
sampel pada penelitian ini adalah 27 anak. Spesimen yang digunakan
adalah dahak yang akan melalui tiga metode pemeriksaan sekaligus yaitu
mikroskop, GeneXpert MTB/RIF dan kultur yang dilanjutkan dengan uji
kepekaan MTB pada spesimen yang terdeteksi ada pertumbuhan kuman
MTB.

Hasil analisa statistik menunjukkan GeneXpert MTB/RIF

mempunyai sensitifitas dan spesifisitas yang tinggi dalam menegakkan
diagnosis TB paru anak. Terdapat kesepadanan hasil antara GeneXpert
MTB/RIF dan kultur dahak berdasarkan kelompok umur dan kelompok
manifestasi klinis TB.

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

DAFTAR ISI

LEMBAR KEPUTUSAN TIM PENGUJI.............................................. i

LEMBAR PENGESAHAN.............................................. ..................... ii

LEMBAR PERNYATAAN .............................................. .................... iii

LEMBAR PENGESAHAN BUKTI KEPEMILIKAN............................... iv

KATA PENGANTAR .............................................. ............................ v

UCAPAN TERIMAKASIH .............................................. .................... vi

ABSTRAK .............................................. ............................................ xiv

ABSTRACT .............................................. ......................................... xv

RINGKASAN .............................................. ....................................... xvi

DAFTAR ISI......................................................................................... xvii

DAFTAR GAMBAR.. xxi

DAFTAR TABEL...... xxii

DAFTAR LAMPIRAN............. xxiv

DAFTAR SINGKATAN xxv

BAB 1 PENDAHULUAN.. 1

1.1 Latar Belakang..... 1

1.2 Identifikasi Masalah 4

1.3 Rumusan Masalah... 4

1.4 Tujuan Penelitian. 5

1.4.1 Tujuan Umum. 5

1.4.2 Tujuan Khusus... 5

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

1.5 Manfaat Penelitian.. 5

1.5.1 Manfaat Teori. 5

1.5.2 Manfaat Praktis. 6

BAB 2 TINJAUAN KEPUSTAKAAN.. 7

2.1 Mycobacterium tuberkulosis.. 7

2.2 Patogenesis dan Perjalanan Alamiah

Tuberkulosis. 8

2.3 Diagnosis Tuberkulosis Anak 13

2.3.1 Pendekatan Dignosis TuberkulosisAnak.. 13

2.3.2 Kesulitan Diagnosis TuberkulosisAnak. 20

2.4 Tuberkulosis-Multiple drug resistance. 22

2.4.1 Epidemiologi Tuberkulosis-Multiple Drug

Resistance.. 22

2.4.2 Patogenesis Tuberkulosis-Multiple Drug

Resistance 23

2.4.3 Pendekatan Diagnosis Tuberkulosis-Multiple

Drug Resistance 26

2.5 Penggunaan GeneXpert MTB/RIFuntuk Diagnosis

Tuberkulosis Anak dan Resistensi Rifampisin... 27

2.5.1 Sistem GeneXpert MTB/RIF 27

2.5.2 Pemeriksaan Molekuler Mycobacterium

tuberculosis dengan GeneXpert MTB/RIF. 29

2.5.3 Pengumpulan Spesimen Pemeriksaan

GeneXpert MTB/RIF. 33

2.6 Penelitian tentang penggunaan GeneXpertMTB/R. 35

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

2.6.1 Penelitian tentang GeneXpert MTB/RIFpada

TB paru 36

2.6.2 Penelitian tentang GeneXpert MTB/RIF

pada Diagnosis Resistensi Rifampisin... 40

Bab 3KERANGKA KONSEPTUAL 42

3.1 Kerangka Konseptual Penelitian... 41

3.2 Penjelasan Kerangka konsep penelitian.. 43

3.3 Hipotesis... 44

Bab 4 METODE PENELITIAN....... 45

4.1 Jenis Penelitian.... 45

4.2 Waktu dan Tempat Penelitian....... 46

4.2.1 Waktu Penelitian 46

4.2.3 Tempat Penelitian.. 46

4.3 Populasi danSampel Penelitian... 46

4.3.1 Populasi Penelitian 46

4.3.2 Sampel Penelitian.. 46

4.3.3 Kriteria Inklusi dan Eksklusi.. 46

4.3.4 Estimasi Besar Sampel..... 47

4.3.5 Teknik Pengambilan Sampel 48

4.4 Variabel Penelitian... 48

4.5 Definisi Operasional Penelitian.. 48

4.6 Teknik Pengumpulan Data..... 55

4.6.1 Pemilihan Subyek Penelitian... 55

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

4.6.2 Pengumpulan Data Dasar Penelitian.. 55

4.7 Teknik Analisis Data 57

4.8 Etika Penelitian 57

4.9 Alur Penelitian...... 57

Bab 5 HASIL PENELITIAN DAN ANALISIS 59

5.1 Karakteristik Sampel 59

5.2 Diagnosis TB Paru Anak dengan GeneXpert

MTB/RIF 65

5.3 Deteksi Resistensi Rifampisin pada TB Paru Anak

dengan GeneXpert MTB/RIF. 66

5.4 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur

Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan
Kelompok Umur.............. 67

5.5 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur

Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan
Status Gizi............... 69

5.6 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur

Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan
Manifestasi Klinis............ 73

BAB 6 PEMBAHASAN...................... 76

6.1 Karakteristik Sampel.............. 76

6.2 Diagnosis TB Paru dengan GeneXpert MTB/RIF...... 80

6.3 Deteksi Resistensi Rifampisin pada TB paru Anak

dengan GeneXpert MTB/RIF................
84

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

6.4 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur

Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan
Kelompok Umur.............. 86

6.5 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur

Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan
Status Gizi............... 88

6.6 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur

Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan
Manifestasi klinis............. 89

BAB 7 PENUTUP. 93

7.1 Simpulan .. 93

7.2 Saran. 93

Daftar Pustaka.. 94

Lampiran... 102

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 Kuman Mycobacterium tuberculosis pada pemeriksaan

mikroskopis.... 7

Gambar 2.2 Gen rpoB enzym RNA polymerase yang mengalami

mutasi.. 25

Gambar 2.3 Primer GeneXpert MTB/RIF pada Rifampisin Resistance

Determining Region... 29

Gambar 2.4 Perangkat pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF.. 31

Gambar 2.5 Hasil pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF 33

Gambar 2.6 Alur penggunaan Mesin GeneXpert MTB/RIF.. 35

Gambar 3.1 Kerangka Konsep Penelitian... 42

Gambar 4.1 Pembacaan hasil TST.. 50

Gambar 4.2 Alur Penelitian... 58

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

DAFTAR TABEL

Tabel 2.1 Average age specific risk for disease development

following primary infection......... 12
Tabel 2.2 Sistem skoring diagnosis Tuberkulosis anak........ 14
Tabel 2.3 Factors causing false-negative Tuberculin Skin
Tests... 15
Tabel 2.4 Factors causing false-positive Tuberculin Skin
Tests 16
Tabel 2.5 Penelitian tentang penggunaan GeneXpert MTB/RIF
pada Tuberkulosis paru......... 38
Tabel 2.6 Perbandingan Hasil pemeriksaan GeneXpert
MTB/RIFdengan pemeriksaan mikroskopis dan
kultur .. 39
Tabel 2.7 Penelitian tentang penggunaan GeneXpert MTB/RIF
untuk deteksi kuman MTB yang resisten terhadap
Rifampisin. 41
Tabel 4.1 Interpretasi hasil Tuberculin Skin Test. 50
Tabel 4.2 Penentuan status gizi menurut kriteria Waterlow, WHO
2006 dan CDC 2000. 52
Tabel 4.3 Standard Nasional Pencatatan Hasil Kultur Dahak MTB.
.................... 54
Tabel 5.1 Karakteristik Sampel. 60
Tabel 5.2 Perbandingan Hasil Pemerksaan TST dengan GeneXpert
MTB/RIF . 62
Tabel 5.3 Pemeriksaan Dahak............... 62
Tabel 5.4 Perbandingan Pemeriksaan Mikroskopis BTA dan
GeneXpert MTB/RIF. 63
Tabel 5.5 Perbandingan Pemeriksaan Mikroskopis BTA, dan Kultur
Dahak MTB........ 64
Tabel 5.6 Pemeriksaan Uji Kepekaan MTB 65

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

Tabel 5.7 Perbandingan Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan

Kultur Dahak MTB 66
Tabel 5.8 Perbandingan GeneXpert MTB/RIF berdasarkan
Kelompok Umur...... ........... 67
Tabel 5.9 Perbandingan Kultur dahak MTB berdasarkan Kelompok
Umur.................................. 68
Tabel 5.10 Kesepadanan Hasil GeneXpert MTB/RIF dan Kultur
Dahak MTB berdasarkan Kelompok Umur...................... 69
Tabel 5.11 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF berdasarkan Status
Gizi.............................. 70
Tabel 5.12 Pemeriksaan Kultur dahak MTB berdasarkan Status
Gizi....................... 70
Tabel 5.13 Kesepadanan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak
MTB berdasarkan Status Gizi ........................ 71
Tabel 5.14 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF berdasarkan
Manifestasi Klinis...... 73
Tabel 5.15 Perbandingan Kultur dahak MTB berdasarkan Manifestasi
Klinis........ 74
Tabel 5.16 Kesepadanan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak
MTB berdasarkan Manifestasi Klinis. 75

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Jadwal Kegiatan Penelitian... 102

Lampiran 2 Lembar Pengumpul Data... 103

Lampiran 3 Informasi Penelitian untuk peserta... 107

Lampiran 4 Permohonan Menjadi Subyek Penelitian 112

Lampiran 5 Surat pernyataan kesediaan mengikuti penelitian. 113

Lampiran 6 Etik Penelitian......... 114

Lampiran 7 Hasil Penghitungan SPSS..... 115

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R

 ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

DAFTAR SINGKATAN

AFB : Acid Fast Bacili

BB : Berat Badan
BTA : Basil Tahan Asam
DNA : Deoxyribonucleic acid
DL : Darah lengkap
DST : Drug Susceptibility Testing
IMT : Indeks Masa Tubuh
LED : Light Emitting Diode
LR : Likelihood ratio
LJ : Lowenstein Jensen
MODS : Microscopic Observation Drug Susceptibility
MTB : Mycobacterium tuberculosis
NPV : Negative Predictive Value
RIF : Rifampisin
RNAP : Ribonucleic acid polymerase
RRDR : Rifampisin-Resistance Determining Region
Sen : Sensitifitas
Sp : Spesifisitas
SPC : Sample Processing Control
PPC : Probe Processing Control
PPD : Purified Protein Derivative
PPV : Positive Predictive Value
TB : Tuberkulosis
TB-HIV : Tuberculosis-Human Immunodeficiency Virus
TB-MDR : Tuberculosis-Multiple Drug Resistance
Tb : Tinggi badan
TBM : Tuberculous Meningitis
TST : Tuberculin skin test
TU : Tuberculin Unit
WHO : World Health Organization
ZN : Ziehl-Neelsen

KARYA ILMIAH AKHIR PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB BERLIAN BEATRIX R