Alif Rosyidah El Baroroh

Faiza Nur Imawati N.

Offering I

Regulasi Ekspresi Gen Dan Perkembangan Pada Eukariot

Diferensiasi sel pada eukariot yang lebih tinggi

Selama pengembangan eukariot yang lebih tinggi, sel memberikan sinyal pada zigot
dengan pembagian sel mitoptik ke rangkaian tipe sel yang luas, dengan morfologi dan
komposisi makromolekul yang sangat berbeda. Jenis sel yang berbeda ini seringkali sangat
khusus hanya melakukan beberapa fungsi metabolik tertentu. Misalnya sel darah merah yang
khusus untuk sintesis dan penyimpanan hemoglobin. Lebih dari 90 persen molekul protein
yang disintesis dalam sel darah merah selama periode aktivitas biosintesis maksimal adalah
rantai hemoglobin. Sel saraf ternyata satu-satunya sel yang mampu mensintesis
neurotransmiter.
Lalu bagaimana mekanisme diferensiasi berbagai sel ini. Hal ini telah ditunjukkan
oleh berbagai teknik perkembangan transkripsi pada oosit ampibi. Sebagian transkrip gen dan
atau produk gen lainnya terletak pada area khusus pada sitoplasma telur selama oogenesis. Ini
membuktikan bahwa sitoplasma menetukan perkembangan telur. Selain itu, analisis biokimia
DNA dari nukleus dari berbagai sel yang terdiferensiasi hampir di semua kasus menunjukkan
bahwa genom mengandung urutan pasangan nukleotida yang sama. Pengecualian yang jarang
diketahui. Sel darah merah Mamalia misalnya mengekstrusi nukleus selama tahap terakhir
diferensiasi
Selama pengembangan tanaman atau hewan yang kompleks, ekspresi gen telah untuk
diatur dalam proses transkripsi, mempersiapkan mRNA, pengolahan mRNA, transportasi
mRNA, stabilitas terjemahan protein post translational, pengolahan protein, dan fungsi
enzim. Namun data ekstensif sekarang menunjukkan bahwa ekspresi gen diatur terutama
pada tingkat pemrosesan transkripsi dan pra mRNA. Pengaturan pada tingkat translasi jelas
penting dalam pengendalian keseluruhan proses metabolisme organisme hidup. Namun
mekanisme pengatur dengan efek terbesar pada fenotip telah ditunjukkan untuk bertindak
pada tingkat pemrosesan transkripsi dan RNA.
Banyak proses perkembangan pada eukariota yang lebih tinggi tampaknya
dikendalikan oleh rangkaian ekspresi gen yang terprogam. Dalam kasus ini beberapa kejadian
seperti pelepasan hormon dalam aliran darah atau pemupukan telur memicu ekspresi satu set
gen. Produk dari salah satu fungsi gen ini dengan mematikan transkripsi set gen pertama dan
atau mengaktifkan transkripsi set gen kedua. Pada gilirannya satu atau lebih produk dari set
kedua bertindak dengan menyalakan set ketiga, dan seterusnya. Dalam kasus ini, ekspresi gen
diprogram secara genetis dan gen biasanya tidak dapat dihilangkan secara berurutan.

Dalam eukariot kita tahu bahwa hormon dapat memicu ekspresi sekuensial kumpulan
gen. Selain itu kita tahu bahwa gen pengatur terlibat dalam pengendalian pola
diferensiasi. Dalam beberapa kasus, kita tahu bahwa elemen peraturan yang disebut enhancer
dan silencer memodulasi tingkat ekspresi gen dari promotor terdekat.

Contoh neoklasikal perkembangan diregulasi ekspresi gen

Transkripsi pada kromosom lampbrush pada oosit ampibi, transkrip gen dan atau
produk gen lainnya terletak pada area khusus pada sitoplasma telur selama oogenesis. Ini
membuktikan bahwa sitoplasma menetukan perkembangan telur. Selain itu, contoh lainnya
adalah pengerasan gen rRNA pada oosit ampibi. Ketika banyak protein yang dibtuhkan,
pengerasan dapat terjadi pada tingkat translasi. Setiap molekul mRNA dapat ditranslasikan
berkali-kali.

Populasi transkrip gen adalah divergen pada tipe sel yang berbeda
Pada eukariot hanya sebagian kecil genom yang di representasikan antara molekul
RNA pada banyak jenis sel. Hal ini di demontrasikan oleh RNA-DNA saturation
hybrodation experiment eksperimen hibridasi kejenuha RNA-DNA

RNA di ekstrak dari sel-sel tertentu dan dibolehkan untuk dihibridasi dengan DNA inti
total (denaturated).
RNA di tambahkan pada reaksi hibridasi yag berlebih (relative pada kosentrasi DNA)
sehingga semua squens komplementari DNA pada sequence direpresentasikan
antara populasi RNA yang membentuk RNA-DNA hybrid.
Penyediaan bagian genom yang ditunjukkan oleh squens populasi mRNA pada jenis sel
tertentu.
Hasilnya : kurang dari 10 % dari DNA pada genom di representasikan antara molekul
mRNA pada sitoplasme dari satu jenis sel.
Perbedaan set gen yang dijelaskna dan perbedaan transkrip primer diproses dalam mRNA
pada perbedaan jenis diferensiasi sel. Biasanya beberapa gen yang sama dan beberapa gen
yang berbeda dijelaskan pada perbedaan jaringan. Pada eksperimen RNA-DNA hibridasi
kompetitif RNA-DNA competitive hybridation experiment . Jika kedua jenis terdiri dari
populasi RNA yang berbeda, jumlah yang sama dari populasi RNA yang diberi label akan
bersilangan dengan DNA dengan ada tidaknya RNA pelengkap. Jika keduanya overlap,
jumlah dari RNA hidrib akan dukurangi pada bagian tingkat overlap (pengurangan pada
bagian equal ke bagian dari sequence RNA yang diberikan).

Eksperimen ini mengindikasikan bahwa sequence RNA ada ada populasi RNA yang
diambil dari jaringan yang berbeda atau jeni sel yang berbeda (10-100%). E.davidson dan
koleganya mendeteksi tdak adanya mRNA pada oosit dan blastula dari xenopus leavis. Pada
hati mencit, dan sel-sel ginjal terdiri dari kelompok mRNA diperkirakan berbeda pada
komposis sequence antara 15-70 %. Mereka mengindikasikan bahwa perbedaan set-set gen
dijelaskan dan perbedaan transkrip diproses dalam mRNA pada jenis sel yang berbeda.
Terdapat hipotesis bahwa gen eukariot dikemas dalam kromatin pada representasi
nonspesifik, dan bahwa regulasi transkripsi dan atau proses traskrip terjadi oleh mekanisme
positif activator gen tertentu. Aktiavtor ini dipicu untuk mengatur transkrip gen tertentu. Pada
beberapa kasus, aktivasi diketahui melibatkan sequence cis-acting regulator yang
disebut enhancers. Bukti-bukti mengindikasikan bahwa protein kromosomal nonhiston
berfungsi sebagai activator transkripsi. Pada kasus lain proses regulasi pada RNA transkripsi
penting untuk pengontrolan pada diferensiasi mengendalikan pada eukariot.

Histon bertanggung jawab pada kekurangan pada represi nonspesifik dari gen
eukariot, protein histon tersebut tidak termasuk dalan histon H1, diketahui menjadi komplek
dengan DNA pada nukelosom. Histon-komplexed DNA ditrnaskrip kurang efisien pada
sisten trnaskrip in vitro daripDNA sama stelah removal dari histon. Histon yang sama ada
pada kromatin jenis yang berbeda dari diferensiasi sel-sel, jadi scientist tpercaya bahwa
histon tidak berfungsi sebagai repressor atu activator transkripsi. Belum lam ini scientist
percaya bahwa modifokasi histon seperti phophorilation dan acylation dari kunci asam amino
dimasukkan dalam regulasi transkripsi.

Mekanisme regulasi transkripsi pada eukariot yang lebih tinggi

Transkripsi pada eukariot diinisiasi oleh protein pengkode. Protein ini hanya bisa
menginisiasi pada proses transkripsi, yang terdapat 4 protein asesori atau faktor transkripsi
umum.

Unit Transkripsi eukariot kebanyakan monogenic

Jika pada eukariot yang lebih rendah ditemukan opreon atau model mirip operon, di
eukariot yang lebih tinggi ini tidak ditemukan mRNA pada eukariot yang lebih tinggi adalah
bersifat monogenic yang mengandung sekuen pengkode dari satu gen struktural. Dalam
beberapa kasus, transkrip utama memang poligenik, tetapi kemudian membelah untuk
menghasilkan monogenik.

Peningkat dan Pembungkam Memodulasi Transkripsi Pada Eukariot

Peningkat bertujuan untuk meningkatkan gen yang di atur pada proses transkripsi,
pembungkam menurunkan transkripsi pada gen yang di atur. Ciri khas dari peningkat yang
membedakannya dengan promoter adalah (1) dapat bekerja pada jarak yang relatif panjang
hingga ribuan nukleotida, (2) berorientasi independen, (3) posisi yang independen. Sebagian
besar bekerja hanya pada target tertentu, sehingga meningkatkan proses transkripsi pada
target saja, tidak yang lain.
Regulasi pada Tahap Transkripsi Melalui Metilasi DNA

Pada tanaman dan hewan tingkat tinggi, DNA selalu dimodifikasi setelah sintesis
melalui pengubahan enzimatik basa sitosin menjadi 5-methylcytosine (metilasi). Peristiwa
metilasi ini bervariasi antar spesies; pada mamalia, dari 2-7% residu sitosin mengalami
metilasi.
Hingga saat ini, belum ada bukti pasti terkait peranan metilasi pada regulasi ekspresi
gen eukariot. Meskipun demikian, pendapat-pendapat tentang metilasi pada kontrol regulasi
gen pada organisme eukariot didasarkan pada 3 bukti secara tidak langsung:
a. Banyak kajian telah mendemonstrasikan hubungan antara level ekspresi gen dan
tingkat metilasi; misalnya metilasi rendah maka ekspresi gen akan tinggi, atau
sebaliknya.
b. Pola metilasi bersifat spesifik pada setiap jaringan
c. Obat-obatan (analog basa) 5-azacytidine, yang tidak dapat termetilasi setelah
bergabung dengan DNA suatu sel menunjukkan hasil ekspresi gen pada jaringan yang
awalnya tidak terekspresi menjadi terekpresi.
Aspek penting dari pola metilasi yaitu bahwa mereka terwariskan secara klonal. Lebih
dari 90% metilasi DNA pada sebagian besar eukariot terjadi pada sekuen di nukleotida CG
dan sekuen ini termetilasi secara simetris. Replikasi semikonservatif atas sekuen yang
termetilasi secara simetris akan menghasilkan dua sekuen yang termetilasi sebagian.
Kunci utama model regulasi ekspresi gen atau diferensiasi melalui metilasi DNA
melibatkan pembentukan pola metilasi yang spesifik pada suatu jaringan. Hipotesis yang
paling populer yaitu bahwa pola tersebut terbentuk selama perkembangan melalui tissue-
specific demethylases, yang mengakibatkan hilangnya gugus metil dari situs kritis suatu gen
yang secara terencana/terjadwal akan diekspresikan pada tipe sel tertentu. tetapi kita harus
menyadari bahwa ini hanyalah sebuah model.

Apakah Z DNA Memegang Peran Regulatori?

DNA adalah bentuk DNA dengan left handed double helix untuk jalur zig zag gula
fosfat suatu molekul. Bentuk Z dari sekuen DNA purin dan pirimidin yang saling bergantian
hanya terjadi pada konsentrasi garam yang tinggi. Ketika beberapa basa pada sekuens bentuk
Z termetilasi, konformasi Z ini akan stabil pada konsentrasi garam yang lebih rendah
sehingga komposisi Z-DNA yang terdiri dari sekuen purin pirimidin yang saling bergantian
yang di dalamnya mengandung basa-basa termetilasi mungkin stabil dalam keadaan in vivo.
Selain itu, kestabilan Z-DNA dapat ditingkatkan oleh kation, meliputi poliamin misalnya
spermine. Kestabilan Z-DNA juga dapat ditingkatkan oleh negative supercoiling dan DNA
binding protein yang spesifik untuk Z-DNA. Sementaran itu ketika purin dan pirimidin yang
saling bergantian dilengkapi dengan histon, sekuens tersebut tidak akan mengalami transisi
dari bentuk B menjadi bentuk Z. Penghubung transisi tersebut merupakan nuclease sensitive
yang dekat dengan daerah promotor gen yang aktif dalam transkripsi. Z DNA ditemukan
pada kromosom raksasa drosophila dan protozoa S.mytilus.indikasi dari Z DNA berpengaruh
adalah protein aktivator tertentu hanya menempel pada bentuk B-DNA.
Struktur Kromatin: Tempat Sensitif Nuklease Dekat Pada Gen Aktif

Dalam nukleosom, frekuensi gen yang aktif ditranskripsi dan gen yang inaktif sama
walaupun keduanya tidaklah identik. DNA yang berada di nukleosom tidak di degradasi oleh
nuklease. Sensitivitas nuklease dari gen-gen yang aktif tergantung pada keberadaan dua
protein kromosomal non histon, yaitu HMG14 dan HMG17 (HMG: High Mobility Group).
Saat protein ini dipindahkan dari kromatin yang aktif, sensitivitas nukleasenya hilang. Saat
protein tersebut ditambahkan kembali, sensitivitasnya akan kembali.
Daerah hypersensitive berlokasi di ujung promotor gen yang ditranskripsi. Daerah
hypersensitive juga bisa berada di enhancer atau dekat dengan promotor. DNA tidaklah selalu
berbentuk sama karena dapat mengalami modifikasi ke bentuk lain pada daerah
hypersensitive.

Kontrol Hormonal Ekspresi Gen

Ada dua macam sistem sinyal oleh hormon dalam komunikasi intraselular, yakni sinyal
yang ditimbulkan oleh hormon melalui membran sel karena ukuran molekulnya yang besar
sehingga tidak dapat masuk ke dalam sel dan sinyal yang ditimbulkan oleh masuknya hormon
ke dalam plasma sel karena ukuran molekulnya yang kecil.

Aktivasi Transkripsi Oleh Hormon Steroid

Kompleks protein reseptor hormon mengaktifkan transkripsi gen target dengan

berikatan pada sekuens DNA spesifik yang ada pada daerah regulatori cis-acting gen tersebut.
Hal ini tanpa adanya daerah promotor dan enhancer yang meregulasi transkripsi gen target,
misalnya pada glucocorticoid, esterogen dan tiroid pada hewan tingkat tinggi. Perkiraan
lainya kompleks protein reseptor berinteraksi dengan protein kromosomal nonhiston spesifik
(di kromatin sel target). Interaksi ini menstimulasi transkripsi pada gen yang tepat. Secara
umum, kompleks protein reseptor hormon berfungsi sebagai regulator positif atau activator
transkripsi. Secara singkatnya karena adanya protein histon termodifikasi kemudian akan
terjadi ekpresi gen.

Aktivasi Hormon Glucocorticoid Melalui Element Enhacer

Hormon steroid seperti glukokortikoid (misalnya kortisol) dan esterogen (misalnya -

estradiol) mampu mengaktifkan gen-gen sel target spesifik dengan protein sebagai perantara
terjadinya interaksi dengan sekuen regulatori cis-acting. Sekuen cis-acting inilah yang
biasanya disebut enhancer. Hormon glukokortikoid pada awalnya mengikatkan diri ke

protein reseptor yang ada di sitoplasma sel-sel target. Kompleks reseptor-hormon

glukokortikoid mengaktifkan gen-gen target dengan cara mengikatkan diri pada sekuen GREs
(glucocorticoid response elements )di enhancer yang terletak berdekatan dengan gen tersebut.
Ikatan reseptor-hormon ke enhancer kemudian akan mengaktifkan promoter dari gen-gen
target yang berdekatan sehingga promoter terbuka dan mengakibatkan RNA polimerase
melekat pada binding site nya dan terjadilah transkripsi.
Ecdison dan kromosom Puffs Pada Lalat

Puff merupakan pita kromosom yang memiliki struktur berwarna dengan tingkat
kerapatan yang rendah, dan mekanisme pembentukannya disebut dengan puffing. Puff ini
menunjukkan segmen kromosom yang melebar; berperan untuk memfasilitasi transkripsi
sekelompok gen. Puff mengandung sekuen DNA yang komplementer dengan sekuen RNA
yang dijumpai pada mRNA sitoplasmik. Selama perkembangan lalat diptera, Edison
dilepaskan dan menrangsang molting. Edison menginduksi bagian Puffing sequensial sebagai
efek dari hormone steroid pada ekspresi gen. pada daerah puff ini menandakan terjadinya
transkripsi gen.

Regulasi Melalui Jalur Pemotongan-Penyambungan Hasil Transkripsi

Pada lalat Antp, transkrip adalah jalur pemotongan alternatif pada embrio dan pupa.
Misalnya yang terjadi pada gen tropomiosin Drosophila dan hewan vertebrata. Tropomiosin
adalah kelompok protein yang memperantarai antara aktin dan troponin yang membantu
regulasi kontraksi otot. Pada jaringan yang berbeda yaitu antara otot dan bukan otot ditandai

dengan adanya isoform tropomiosin. Isoform tropomiosin dihasilkan dari gen yang sama
sebagai pemotongan alternatif.

Regulasi sirkuit kompleks Gen pada eukariot

Ada beberapa model yang telah dikemukakan oleh beberapa ahli dan salah satu yang
terkenal adalah model yang dikemukakan oleh R.J. Britten dan E.H. Davidson. Model
tersebut mengemukakan bahwa integritas regulasi sekelompok gen-gen structural oleh gen-
gen regulator kompetitif. Model tersebut menghitung sekun DNA kopi tunggal penyela dan
sekuen DNA repetitif. Berdasarkan model Britten dan Davidson, gen-gen sensor spesifik
menunjukkan sekuen pengikatan spesifik. Ketika gen sensor menerima sinyal yang sesuai,
mereka akan mengaktifkan transkripsi gen-gen yang berdekatan.menurut Britten dan
Davidson menyatakan bahwa produk gen integrator merupakan activator RNA yang
berintrraksi secara langsung dengan gen-gen reseptor yang merangsang
transkripsi contiguous producer genes (analog dengan gen structural pada operon
prokariotik).
Pembuatan gen-gen reseptor atau gen integrator secara redundan, berbagai macam gen-
gen produser dapar diaktifkan sebagai respon terhadap sinyal yang berbeda. Apabila gen
integrator dan reseptor memang redundan,complex integrated circuits ekspresi gen dapat
mudah ditemukan. Gambaran yang menarik terhadap model Britten dan Davidson bahwa
model ini memberikan alas an yang logis terhadap pola penyela sekuen DNA repetitive dan
sekuen DNA kopi tunggal. Bukti langsung mengindikasikan bahwa sebagian gen sruktural
(gen-gen produser) merupakan sekuen DNA kopi tunggal. Berdasarkan model Britten dan
Davidson, sekuen DNA repetitive yang berdekatan mengandung berbagai macam gen-gen
regulator (sensor, integrator, dan gen-gen reseptor).
Kajian selanjutnya tentang perbadingan kompleksitas antara populasi hnRNA
(Heterogenous nuclear DNA) dan populasi RNAd [ada tipe sel yang berbeda menunjukkan
bahwa hnRNA lebih kompleks daripada RNAd. Hal tersebut menunjukkan bahwa regulasi
terjadi pasca transkripsi selama pemrosesan RNA, yaitu pada tahap hnRNA menjadi RNAd.
Model kedua yang dikemukakan oleh Britten dan Davidson mengemukakan bahwa
ekspresi gen diregulasi pada tingkat pemrosesan RNA. Berdasarkan model ini sebagian gen
struktural berada di constitutive transcription units yang akan ditranskripsikan pada level
basal pada semua sel. Hasil transkripsi konstritutif ini hanya akan diproses pada sel yang
mengandung integrating regulatory transcript yanga akan ditranskripsikan sel dengan cara
yang spesifik. Dan harus ada sebelum hasil transkripsi kontitutif dari gen structural tersebut
diproses menjadi RNAd. Iintegrating regulatory transcript mengandung sekuen repetitive
yang berinteraksi dengan hasil transkripsi gen structural yang berbeda seperti gen integrator
spesifik yang berinteraksi gengan gen gen reseptor berbeda pada model Britten dan Davidson
yang asli. Perbedaan utama yaitu bahwa regulasi terjadi pada post transkripsi selama
pemrosesan RNA pada model Britten-Davidson dan bukan pasa saat transkripsi seperti yang
telah dikemukakan pada model yang pertama.
Pertanyaan
1. Mengapa eukariot memiliki mekanisme ekspresi gen yang lebih rumit, apakah setiap sel
dari organisme ini memiliki gen yang sama?
Sebab sel eukariot mengandung lebih banyak informasi genetic dan tersimpan dalam
beberapa kromosom sedangkan pada prokariot hanya pada satu kromosom. Serta
kebanyakan eukariot adalah organisme multiseluler dengan tipe sel berbeda. Setiap
sel menggunakan seperangkat gen yang berbeda untuk mensintesis protein yang
berbeda. Dalam semua jaringan organisme ini seperti dalam jaringan otot, jaringan
tulang, dan semuabagian tubuh memiliki gen yang sama, namun dalam setiap jaringan
tersebut ekspresi dari gen yang ada akan berbeda beda.
2. Puff pada kromosom lalat mengapa mengempis setelah terjadi pembentukan puff baru di
kromosom tersebut?
Pada puff terjadi transkripsi gen, kemudian puff pertama akan hilang setelah hadirnya
puff kedua karena hasil dari transkripsi (produk) puff pertama akan menonaktifkan
transkripsi yang terjadi pada puff pertama juga mengkatifkan puff lain setelahnya
atau mengaktifkan transkripsi gen lain pada puff selanjutnya.
3. Proses apa saja yang dapat mengendalikan ekspresi genetik eukariot sehingga diperoleh
interaksi antarmolekul?
RNA polimerase sebagai protein utama selama proses transkripsi.
Protein-protein pembantu yang dapat berikatan dengan nukleotida dan protein yang
terlibat selama proses translasi menjadi poliptida.
4. Mengapa pada pengendalian ekspresi genetik eukariot tidak ditemukan operon seperti pada
prokariot?
Karena pada eukariot memiliki sifat monogenic yang mengandung sekuen pengkode
gen struktural. Transkrip utama bersifat poligenik, tetapi kemudian akan membelah untuk
menghasilkan monogenik sedangkan pada prokariot proses transkrip dibutuhkan pemicu
untuk aktivitas gen regulator untuk diaktifkan dan penonaktivan.