Laprak Biologi - EKSTRAKSI DNA

LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOLOGI

EKSTRASI DNA

Kelas / No. Presensi : XII IPA 3 / 14

Kelompok : 2 (dua)
Tanggal Praktikum : 12 November 2013

A. TUJUAN
Mengekstrasi DNA dari kacang kapri.

B. DASAR TEORI
Rekayasa genetik atau DNA rekombinan atau pencangkokan gen adalah suatu kumpulan
teknikteknik eksperimental yang memungkinkan peneliti untuk mengisolasi, mengidentifikasi,
dan melipatgandakan suatu fragmen DNA dalam bentuk murninya. Manipulasi-manipulasi
tersebut dilakukan secara in vitro dengan menggunakan material-material biologi.

Ekstraksi DNA adalah langkah pertama yang sangat penting dalam langkah-langkah kerja
analisis DNA sequencing. Kualitas secara keseluruhan, akurasi dan panjang pembacaan urutan
basa DNA dapat dipengaruhi secara signifikan oleh karakter sample itu sendiri, dan metode yang
dipakai untuk ekstraksi DNA. Mengisolasi DNA dengan kualitas tinggi dari berbagai jenis
sample memiliki tantangan tersendiri, dan metode yang ideal akan beragam bergantung pada
jenis jaringan (termasuk darah), bagaimana ia diperoleh dari sumbernya, dan bagaimana sample
ditangani atau disimpan sebelum diekstrak. Metode untuk isolasi asam nukleat sering dikerjakan
menggunakan penghancuran mekanik atau metode kimiawi, yang kadang-kadang juga
terotomatisasi. Baik metode ekstraksi manual maupun otomatis yang digunakan, kita harus
berhati-hati untuk meminimalisir degradasi DNA, dengan menghindari ekspos terhadap panas,
cahaya, freeze-thaw yang berulang-ulang dan vortex. Selanjutnya, laboratorium harus diatur
sedemikian rupa untuk meminimalisir kemungkinan kontaminasi silang diantara sample
(Sutomo, 2002).
 Orang pertama yang melakukan penelitian mengenai rekayasa genetik adalah Paul Berg
sekitar tahun 1958, dan dikenal sebagai bapak rekayasa genetika. Tahun 1973, Berg
mengembangkan sebuah metode buat menyatukan DNA dari dua organisme, sebuah virus
monyet bernama SV40 dengan sebuah virus bernama lambda phage. Walaupun berhasil, metode
Berg ini rumit. Lalu di akhir tahun itu juga, seorang biokimiawan Amerika bernama Stanley
Cohen dari Stanford University, dan Herbert Boyer dari University of California at San
Francisco menemukan enzim yang meningkatkan efisiensi prosedur Berg dengan sangat besar.
Teknik transfer gen yang dikembangkan Berg, Boyer dan Cohen ini menjadi dasar dari banyak
kemajuan dibidang rekayasa genetika.

Para peneliti menemukan enzym restriksi endonuklease yang mampu memotong untaian
DNA pada sekuen/urutan tertentu dari molekul DNA, dan enzim ini mampu memotong pada
sekuen/urutan tertentu pada organisme lain dan hasilnya disebut DNA rekombinan. DNA yang
merupakan molekul unik dapat dikenali dengan teknik ekstrasi sederhana, dan untuk
mempelajari struktur DNA sudah dibuat dalam bentuk model DNA oleh Watson dan Crick.
Pengenalan struktur DNA penting untuk mengetahui sekuen yang ditampilkan oleh setiap
species. Sehingga dapat diaplikasikan dalam upaya peningkatan kesehatan bidang farmasi,
kedokteran, bidang pangan meliputi pertanian dan peternakan.

Cara-cara rekayasa genetika tersebut antara lain: kultur jaringan, mutasi buatan, persilangan,
dan pencangkokan gen. Rekayasa genetika dapat dimanfaatkan untuk tujuan berikut ini :

1. mendapatkan produk pertanian baru, seperti "pomato",

merupakan persilangan dari potato (kentang) dan tomato (tomat);
2. mendapatkan temak yang berkadar protein lebih tinggi;
3. mendapatkan temak atau tanaman yang tahan hama;
4. mendapatkan tanaman yang mampu menghasilkan insektisida sendiri.

C. ALAT DAN BAHAN

blender, Gelas Beker 1 L dan 200 mL, tusuk gigi atau lidi, tabung reaksi 50 mL, kain puring
(pelapis baju), gelas corong, 250 mL kacang kapri, 250 mL air hangat, 250 mL sabun cair,
 detergen, atau sampo encer, 100 mL isopropanol dingin, bubuk pengempuk daging, 5 gr garam
dapur

D. CARA KERJA
1. Larutkan garam dapur di dalam air hangat.
2. Blender kacang kapri serta larutan garam dapur dan air hangat sampai membentuk campuran
bubur kapri dengan cairannya.
3. Pindahkan kacang kapri yang telah diblender ke dalam gelas beker dan tambahkan sabun cair.
4. Aduk campuran tersebut secara perlahan agar tidak terbentuk gelembung. Campuran ini
merupakan sumber DNA.
5. Masukkan sekitar 50 mL sumber DNA (dari langkah kerja keempat) ke dalam tabung reaksi.

Gambar cairan isopropanol + metil merah (kiri) dan ekstrak kacang kapri + garam + air sabun
(kanan)
6. Saring sumber DNA tersebut dengan menggunakan kain puring dan gelas corong.
7. Filtrat hasil penyaringan dibagi sama rata ke dalam tiga tabung reaksi.Pada tabung reaksi
ditambahkan bubuk pengempuk daging.
8. Tambahkan isopropanol dingin sebanyak satu kali volume filtrat pada masing-masing tabung
reaksi.
9. Setelah penambahan isopropanol akan terbentuk campuran dengan dua lapisan isopropanol (di
bagian atas) dan lapisan air serta bubur kapri (di bagian bawah).
10. DNA kacang kapri akan mengembang di lapisan isopropanol. DNA tersebut dapat diperoleh
dengan melilit-lilitkannya pada lidi.

E. DISKUSI DAN PERTANYAAN

1. Terangkan bentuk DNA yang kamu peroleh!
Jawab :

DNA yang kami amati berbentuk seperti benang dan gumpalan kapas tipis.

2. Jika kamu mengambil DNA dari sumber-sumber yang berbeda, apakah yang diperoleh akan
terlihat beda?
Jawab :
Apabila mengambil DNA dari sumber yang berbeda, maka DNA antara keduanya juga
berbeda, karena makhluk hidup mempunyai kromosom yang berbeda-beda pula. Secara
makroskopis, DNA yang diperoleh tersebut terlihat berbeda, tetapi secara mikroskopis terlihat
sama (double helix) namun susunan basa nitrogennya berbeda. Jika kita mengambil sumber
DNA yang berbeda seperti dari kacang hijau secara makroskopik akan terlihat sama dengan
kacang kapri. Tetapi, jika kita lihat secara mikroskopik benang-benang yang merupakan DNA
antara kacang hijau dengan kacang kapri akan berbeda. Hal ini dikarenakan karena setiap
makhluk hidup mempunyai susunan DNA yang berbeda.

3. Jelaskan manfaat penambahan sabun cair, bubuk pengempuk daging, dan isopropanol pada
kegiatan ini!
Jawab :
DNA masih berada di dalam nukleus. Untuk menghancurkan nukleus dan mengeluarkan
DNA dapat dilakukan dengan pemberian sabun, karena membran nukleus sebagian besar adalah
 lemak. Maka untuk menghilangkan lemak tersebut diperlukan sabun. Sabun ini dianalogikan
sebagai SDS dalam proses isolasi DNA. Proses ini membebaskan DNA kromosom, DNA
plasmid, RNA, protein dan komponen lain.
Bubuk pengempuk daging mengandung enzim protease yang berfungsi untuk memecah
protein yang ada dalam sel sehingga DNA dapat keluar. Sedangkan pemberian isopropanol
bertujuan untuk visualisasi DNA, atau dengan kata lain untuk mengendapkan DNA.

4. Jelaskan rekayasa genetik apa saja yang dapat kamu lakukan dari DNA kacang kapri yang telah
kamu peroleh!
Jawab :

Isolasi, yaitu memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari

komponen - komponen sel lain.

Duplikasi, dengan cara penambahan enzim DNA polymerase.

Pemotongan DNA dengan menggunakan enzim restriksi. Enzim

restriksi juga berfungsi untuk penyisipan PCR.

5. Jelaskan manfaat rekayasa genetik dalam kehidupan manusia dg contoh!

Jawab :
Rekayasa genetik sangat bermanfaat pada berbagai bidang kehidupan manusia. Misalnya dalam
bidang kedokteran & farmasi, perternakan & perindustrian, pertanian.
1. Manfaat rekayasa genetika di bidang kedokteran dan farmasi
a. Pembuatan insulin manusia oleh bakteri
b. Terapi gen manusia

c. Antibodi monoklonal
2. Manfaat rekayasa genetik di bidang perternakan
a. Organisme transgenik
b. Transfer gen pada hewan
c. Klona embrio
d. Klona dengan transfer inti
3. Manfaat rekayasa genetik di bidang pertanian
a. Adanya buah tanpa biji (semangka tanpa biji)
 Manfaat lain rekayasa genetika secara garis besar sebagai berikut.

1. Meningkatnya derajat kesehatan manusia, dg diproduksinya berbagai

hormon manusia seperti insulin dan hormone pertumbuhan. Karena
penyakit yang dulunya tidak bisa disembuhkan, kini dapat disembuhkan
dengan rekayasa genetika.
2. Tersedianya bahan makanan yang lebih melimpah. Hal ini terjadi karena
semakin banyak ditemukannya variasi-variasi makanan dengan
menggunakan rekayasa genetika.
3. Tersedianya sumber energi yang terbaharui.
4. Proses industri yang lebih murah karena tidak banyak mengeluarkan biaya
untuk fasilitas.

5. Berkurangnya polusi.

F. PEMBAHASAN
Percobaan kali ini yaitu mengenai ekstrasi DNA kacang kapri. Dalam melakukan
percobaan, terdapat dua tabung yang isinya berbeda. Tabung pertama berisi cairan isopropanol +
metil merah, sedangkan tabung kedua berisi ekstrak kacang kapri + garam + air sabun.
Kemudian cairan pada tabung pertama dituangkan pada tabung kedua. Berdasarkan pengamatan
yang ada, terlihat bahwa terdapat 3 lapisan pada tabung tersebut. Lapisan paling bawah adalah
ekstrak kacang kapri, lapisan tengah merupakan benang-benang yang merupakan DNA, dan
lapisan paling atas adalah cairan isopropanol (yang tidak berwarna diberi metil merah). Dari
percobaan tersebut, maka dapat diketahui bahwa bentuk DNA kacang kapri seperti benang dan
gumpalan kapas tipis.

Pada praktikun kacang kapri penambahan sabun cair berguna untuk pembentukan benang-
benang DNA dalam waktu yang relative cepat. Waktu rata-rata pembentukan benang-benang
DNA oleh sabun cair membutuhkan waktu maksimal 10 menit. Sehingga benang-benang DNA
dapat terlihat dengan mata telanjang. Penambahan isopropanol sendiri berguna untuk
mempresipitasikan asam nukleat polimerik denga baik untuk meningkatkan konsentrasi DNA.
Sedangkan penambahan bubuk pengepuk daging bertujuan agar DNA tersebut dapat berkumpul
dan mengembang sehingga dapat terlihat.

Jika DNA diambil dari sumber-sumber yang berbeda, secara makroskopis DNA yang
diperoleh terlihat berbeda, namun secara mikroskopis terlihat sama, akan tetapi susunan basa
 nitrogennya berbeda. Jika kita mengambil sumber DNA yang berbeda seperti dari kacang hijau,
secara makroskopik akan terlihat sama dengan kacang kapri. Tetapi, jika kita lihat secara
mikroskopik benang-benang yang merupakan DNA antara kacang hijau dengan kacang kapri
akan terlihat DNA yang berbeda. Hal ini karena setiap makhluk hidup mempunyai susunan DNA
yang berbeda.

G. KESIMPULAN

1. Bentuk DNA dari ekstrak kacang kapri yaitu berbentuk seperti benang dan
gumpalan kapas tipis, sedangkan DNA manusia seperti benang tipis.
2. Setiap sumber DNA yang berbeda menghasilkan DNA yang berbeda-
beda.
3. DNA hasil ekstraksi dapat digunakan untuk menunjang munculnya bibit-
bibit unggul dengan cara rekayasa genetik.

DAFTAR PUSTAKA

Diah dkk. Biologi SMA 2. Esis tahun 2008.

Bagod Sujdai dkk. Yudhistira. 2009.

Slamet Prawirohartono. Bumi Aksara. 2007.

http://bebas.vlsm.org/v12/sponsor/SponsorPendamping/Praweda/Biologi/0040%20Bio%201-
9a.html.diakses pada 19 November 2013.
http://www.faktailmiah.com/2010/06/24/prinsip-rekayasa-genetika.html. diakses pada 19
November 2013.