I.

PENDAHULUAN
A. Judul
Isolasi DNA Secara Sederhana
B. Tujuan
Praktikum ini memiliki

tiga

tujuan

utama,

antara

lain

untuk

memperkenalkan mahasiswa metode ekstraksi DNA secara sederhana dengan

mempergunakan alat dan bahan yang umum ditemui, melakukan eksperimen
sederhana tentang bahan materi sumber DNA, dan membandingkan secara
kuantitatif hasil ekstraksi DNA yang diperoleh dari materi sumber DNA tersebut.

II. METODE

A. Alat dan Bahan

Alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain test tube, gelas
beker, gelas ukur, saringan kopi, pro pipet, pipet ukur, blender, dan rak tabung
reaksi. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini antara lain bawang putih, buah
stroberi, saliva, larutan deterjen, jus nanas, pelunak daging, etanol 70% dingin,
dan etanol 90% dingin.
B. Cara Kerja
Dalam praktikum ini, ada dua sampel utama yang digunakan, yaitu saliva
manusia dan bawang putih/stroberi. Pertama, sampel saliva manusia diambil
sebanyak 10 ml dan ditambahkan 10 ml larutan detergen untuk kemudian diaduk
hingga tercampur sempurna. Larutan yang sudah tercampur ditambahkan pelunak
daging/jus nanas sebanyak 10 ml. Kemudian, larutan tersebut diambil sebanyak 6
ml, dimasukkan ke dalam test tube, dan ditambahkan etanol dingin (70% atau
90%) sebanyak 6 ml melalui dinding tabung. Reaksi yang terjadi diamati dan
hasil kuantitatif secara visual dicatat.
Sampel selanjutnya, yaitu sampel bawang putih/stroberi, diambil sebanyak
20 gram dan ditambahkan 100 ml larutan detergen untuk kemudian di-blender.
Larutan yang sudah tercampur disaring menggunakan saringan kopi dan
dimasukkan ke gelas beker. Kemudian, larutan tersebut ditambahkan pelunak
daging/jus nanas sebanyak 30 ml. Campuran tersebut kemudian diambil sebanyak
6 ml, dimasukkan ke dalam test tube, dan ditambahkan etanol dingin (70% atau
90%) sebanyak 6 ml melalui dinding tabung. Reaksi yang terjadi diamati dan
hasil kuantitatif secara visual dicatat.

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil
Tabel 1. Pengaruh jenis sampel terhadap kuantitas DNA
Jenis Sampel
Enzim Lisis
DNA

Bawang putih
Buah stroberi

Jus nanas

+++
++++

Tabel 2. Pengaruh enzim lisis terhadap kuantitas DNA

Jenis Sampel
Enzim Lisis
DNA
Jus nanas
+++
Buah stroberi
Pelunak daging
++++
Tabel 3. Pengaruh konsentrasi ethanol terhadap kuantitas DNA
Jenis Sampel
Enzim Lisis
Konsentrasi Etanol
DNA
70%
+
Saliva
Jus nanas
95%
+++
Keterangan:
+
++
+++
+++

:
:
:
:

sangat sedikit
Sedikit
Cukup
Banyak

+
B. Pembahasan
Asam nukleat merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang
tersusun dari monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan
fosfodiester. Fungsi utama asam nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan
pemindahan informasi genetik. Informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel anak
melalui proses replikasi. Sel memiliki dua jenis asam nukleat yaitu asam
deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid/DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic
acid/RNA) (Dawn dan Mark, 2000).
DNA merupakan sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama
penyusun berat kering setiap organisme. DNA umumnya terletak di dalam inti sel.
DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA ini tersusun atas 3
komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan fosfat yang tergabung
membentuk nukleotida (Suryo, 2010).
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan
komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan

pasangan basa. Pasangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin dan
pirimidin. Basa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki struktur
cincin-ganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T) yang
memiliki struktur cincin tunggal. Ketika Guanin berikatan dengan Sitosin, maka akan
terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika Adenin berikatan dengan Timin
maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen. Satu komponen pembangun
(building block) DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat dan satu pasang
basa yang disebut nukleotida (Lewis, 2003).
Menurut Darnell dkk. (1994), ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini.
Struktur-struktur DNA tersebut adalah sebagai berikut:
1. Struktur primer
DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotida
terdiri dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula
pentosa berupa 2- deoksi D - ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul
fosfat. Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5 bebas (tidak terikat
nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3 hidroksil bebas atau dengan arah
5 3.
2. Struktur Sekunder
Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya sebagai
pembawa informasi genetic adalah komposisi basa penyusun. Pada tahun 19491953, Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk pemisahan dan
analisis kuantitatif keempat basa DNA, yang diisolasi dari berbagai organisme.
Kesimpulan yang diambil dari data yang terkumpul adalah sebagai berikut.
a. Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan spesies yang
lain.
b. Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesies yang sama
mempunyai komposisi basa yang sama.
c. Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh perubahan usia,
keadaan nutrisi maupun perubahan lingkungan.

d. Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah residu adenine yang
sama dengan jumlah residu timin (A=T), dan jumlah residu guanin yang sama
dengan jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G = C+T, yang disebut aturan
Charrgaff.
e. DNA yang diekstraksi dari spesies-spesies dengan hubungan kekerabatan
yang dekat mempunyai komposisi basa yang hamper sama.
Pada umumnhya, penelitian yang menggunakan DNA diawali dengan
ekstraksi. Menurut Lewis (2003), prinsip kerja dari ekstraksi DNA, yaitu:
1. Preparasi sel/jaringan
Darah yang digunakan leukositnya, eritrosit dilisiskan dan dibuang.
Secepatnya diekstraksi untuk mendapat hasil optimal,leukosit disimpan sebaiknya
pada suhu 4 derajat C, penyimpanan yang lama (> 1 bulan) akan menurunkan
hasil ekstraksi, volume 3 5 ml whole blood. Jaringan yang diambil secepatnya
diekstraksi. Jaringan yang disimpan dalam paraffin blok sulit untuk diekstraksi.
2. Lisis membran sel/organella (nukleus)
Senyawa yang digunakan untuk melisiskan membran yaitu fenol, senyawa
yang sangat kuat untuk melisiskan membran, tetapi bersifat toksik. Selain itu, lisis
membran bisa menggunakan guanidine isothicyanate yang tidak toksik sebagai
pengganti fenol.
3. Denaturasi senyawa organik
Pada umumnya, untuk mendenaturisasi protein yang ada digunakan
senyawa kloroform paling banyak digunakan karena prosedur sederhana, murah,
dan mudah diperoleh. Selain kloroform juga digunakan Proteinase K untuk
denaturasi protein tetapi perlu inkubasi.
4. Presipitasi DNA
Presipitasi DNA menggunakan senyawa isopropanol dengan volume 1:1,
atau etanol absolut dan sodium asetat dengan perbandingan 1:10.
5. Pencucian/washing
Pencucian sisa senyawa umumnya mengunakan etanol dengan kadar 70%.
Pada praktikum ini, ada tiga sampel sebagai sumber DNA yang diekstraksi.
Ketiga sampel berasal dari tiga spesies yang berbeda. Hal tersebut mempengaruhi

bentuk, ukuran, dan jumlah kromosom yang berbeda pada setiap spesies sehingga
sangat bernilai untuk tujuan taksonomi, mengetahui keanekaragaman, hubungan
kekerabatan dan evolusi, meskipun dalam keadaan tertentu dapat pula terjadi variasi
(Lewontin, 1974; Lindsey dan Grell, 1967). Ukuran panjang absolut kromosom
berbedabeda antar genus dalam satu familia, meskipun jumlah dasarnya sama.
Perbedaan jumlah kromosom menunjukkan perbedaan susunan duplikasi gen
(Darnaedi, 1991).
Sampel yang pertama adalah bawang putih. Bawang putih merupakan
tanaman herba parenial yang membentuk umbi lapis. (Hernawan dan Setyawan,
2003). Kandungan kimia yang berada dalam bawang putih ialah vitamin C, mineral,
fosfor, kalsium, kalium, besi dan vitamin B (Mukti, 2009). Menurut Supartiatun
(1997), bawang putih bersifat diploid (2n) dengan jumlah kromosom = 16 (2n = 16).
Rasio lengan kromosom bawang putih berkisar antara 1,09-1,93 mikron (Setyawan
dan Sutikno, 2000)
Sampel kedua adalah stroberi. Terdapat lebih dari 20 spesies stroberi di
seluruh dunia, pengelompokan ini berdasarkan jumlah kromosomnya. Panjang
kromosom dari tanaman stroberi berukuran 0,9 sampai 1,7 mikron. Terdapat tujuh
jenis kromosom utama yang tersebar diseluruh spesies. Beberapa spesies adalah
diploid yaitu mempunyai dua pasang dari tujuh kromosom sehingga jumlahnya 14
kromosom. Sementara itu, yang lainnya merupakan tetraploid yaitu memiliki empat
pasang dari ketujuh kromosom sehingga jumlahnya 28 kromosom, hexaploid (6
pasang), oktoploid (8 pasang), dan dekaploid (10 pasang) (Aristya, 2014).
Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel
yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit. Stroberi matang menghasilkan enzim pectinase dan
selulase yang membantu memecah dinding sel. Stroberi yang umum dibudidayakan
adalah octoploid dengan delapan set genom. Hal ini sangat baik untuk menunjukkan

ekstraksi DNA karena memiliki delapan dari setiap jenis kromosom yang juga
dikatakan bahwa strowberi memiliki DNA yang berlimpah (Aristya, 2014).
Sampel yang terakhir adalah saliva manusia. Saliva merupakan cairan mulut
yang kompleks terdiri dari campuran sekresi kelenjar saliva mayor dan minor yang
ada dalam rongga mulut. Saliva sebagian besar yaitu sekitar 90 persennya dihasilkan
saat makan yang merupakan reaksi atas rangsangan yang berupa pengecapan dan
pengunyahan makanan (Soesilo dkk., 2005).
Saliva memiliki berbagai macam fungsi diantaranya adalah untuk lubrikasi
jaringan dalam rongga mulut, melindungi jaringan dalam rongga mulut agar tidak
terjadi abrasi saat mastikasi berlangsung, membantu metabolisme karbohidrat,
aktivitas antibakteri terhadap bakteri patogen rongga mulut, membersihkan debris dan
sisa makanan yang tertinggal dalam rongga mulut, serta saliva juga turut membantu
mempertahankan kestabilan sistem bufer dalam rongga mulut (Minasari, 1999).
Derajat keasaman dan kapasitas bufer saliva selalu dipengaruhi perubahanperubahan, misalnya oleh siang dan malam, diet, perangsangan kecepatan sekresi.
Dukungan terbesar saliva secara kuantitatif diberikan oleh kelenjar parotis,
submandbularis, dan sublingualis. Saliva yang berasal dari manusia terdiri dari sel
dengan kromosom yang bersifat diploid (2n = 46 kromosom) (Chrismawaty, 2006).
Bahan penting lainnya yang digunakan dalam praktikum ini selain sampel
adalah detergen. Detergen berfungsi untuk melisiskan barrier (penghalang) sel secara
kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran
sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan
kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi untuk
menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan keseluruhan struktur
selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler yang dapat merusak DNA (ion
Mg2+ merupakan kofaktor penting bagi DNAse yang bisa memakan DNA).
Detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan
protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran selkarena
detergen mengandung disodium EDTA dan lauril sulfat yang memilikifungsi yang
sama dengan dodesil sulfat (Jamilah, 2005).

Sedangkan menurut Machmud (2006), penambahan deterjen dalam isolasi

DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel,
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan
lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks.
Senyawa tersebut dapatterbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik
dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu
ikatan kimia.
Bahan lain yang digunakan yang berperan sebagai pemecah protein adalah jus
nanas dan pelunak daging. Nanas mengandung enzim protease yang disebut enzim
bromelin yang berfungsi untuk mempercepat penguraian protein, sebagai enzim
proteolitik bromelin mampu memecah molekul-molekul menjadi bentuk asam amino.
Bromelin dapat diperole dari ekstraksi batang nanas atau dari buah nanas yang dibuat
menjadi ekstrak nanas (Arsyani, 2007).
Banyak varietas nanas (Pineapple, Ananas comosus L.) yang termasuk dalam
famili bromeliaseae mengandung enzim proteolitik yang disebut bromelin (Hui,
1992). Enzim ini menguraikan protein dengan jalan memutuskan ikatan peptida dan
menghasilkan protein yang lebih sederhana (Sumarno, 1989). Enzim bromelin
terdapat dalam semua jaringan tanaman nanas. Sekitar setengah dari protein dalam
nanas mengandung protease bromelin. Di antara berbagai jenis buah, nanas
merupakan sumber protease dengan konsentrasi tinggi dalam buah yang masak
(Donald, 1997).
Bromelin bonggol nanas memiliki sifat dan karakteristik (Mantell dkk, 1985)
sebagai berikut :
1. Berat molekul: 33.500 Da
2. Titik isoelektrik: pH 9,55
3. pH optimum: 6-8
4. Suhu optimum: 50-60 oC
5. Aktivitas spesifik: 5-10 U/mg protein
6. Warna: putih sampai kekuning-kuningan dengan bau khas.
Bromelin merupakan unsur pokok dari nanas yang penting dan berguna dalam
bidang farmasi dan makanan (Donald, 1997). Fungsi bromelin mirip dengan papain
dan fisin, sebagai pemecah protein. Pada akhir-akhir ini enzim bromelin lebih banyak

digunakan untuk penjernihan bir (chillpoofing bir) dan pengempukan daging.

Selain itu enzim bromelin sering pula dimanfaatkan sebagai bahan kontrasepsi KB
untuk memperjarang kehamilan. Ibu-ibu yang sedang mengandung tidak dianjurkan
makan nanas karena dapat mengakibatkan keguguran (Harianto, 1996). Kegunaan
lain dari bromelin adalah untuk memperlancar pencernaan protein, menyembuhkan
artritis, sembelit, infeksi saluran pernafasan, luka atletik (pada kaki), angina, dan
trauma (Wirakusumah dan Emma, 1999).
Untuk menentukan cara isolasi enzim, pertama-tama perlu mengetahui lokasi
enzim di dalam sumbernya. Enzim dari jasad hidup dibagi menjadi dua macam yaitu
enzim ekstraseluler dan intraseluler. Selanjutnya yang perlu diperhatikan adalah jenis
enzim serupa yang berasal dari sumber yang berbeda maka berbeda pula jumlah dan
aktivitas katalitik enzim walaupun katalisasi reaksinya sama. Sebagian besar waktu
yang dibutuhkan dalam isolasi enzim adalah digunakan dalam uji aktivitas dengan
ukuran/porsi yang berbeda-beda. Sangat dianjurkan uji aktivitas dengan cepat agar
lebih akurat (Paul dkk, 1985).
Bahan selanjutnya yang memiliki peranan yang sama dengan jus nanas
dengan kandungan berbeda adalah pelunak daging. Di dalam pelunak daging terdapat
enzim papain yang merupakan enzim proteolitik yang banyak kegunaannya dalam
dunia industri, di antaranya pelunak daging, pengolahan limbah industri pengalengan
ikan, pembuat produk pepton, asam-asam amino, stabilisator dalam industri bir, obatobatan, kosmetika, dan pelembut dalam industri penyamakan kulit. Enzim papain
terdapat pada getah papaya yang dapat mengkatalisa reaksi pemecahan rantai
polipeptida pada protein dengan cara menghidrolisa ikatan peptidanya menjadi
senyawa-senyawa yang lebih sederhana seperti dipeptida dan asam amino. Kualitas
getah sangat menentukan aktivitas proteolitik dan kualitas tersebut tergantung pada
bagian tanaman asal getah tersebut dan berdasarkan penelitian yang sudah dilakukan
bagian tanaman yang mengandung getah dengan kualitas aktivitas proteolitik yang
baik ada pada bagian buah, batang, dan daun (Sani, 2008).

Hidrolisis enzim papain mengakibatkan struktur daging menjadi terbuka,

protein myofibril, dan sarkoplasma hancur, ikatan antar serabut otot berkurang dan
memendek, serabut otot mudah putus, volume antar ruang serabut otot mengembang,
akibatnya pH daging dan kemampuan protein daging dalam mengikat air menurun
dan akhirnya mengindikasikan daging jadi empuk (Fogle dkk., 1982).
Papain adalah zat yang mudah rusak karena oksidasi udara baik yang terjadi
selama pembuatan maupun penyimpanan. Untuk menghindari kerusakan papain perlu
ditambahkan zat pengawet dalam pembuatannya. Misalnya dapat dipakai natrium
bisulfit yang dapat dicampurkan pada getah baik sebelum atau sesudah pengeringan.
Konsentrasi yang baik adalah 0,7 % natrium bisulfit (Sani, 2008).
Faktor yang sangat mempengaruhi kerjanya enzim yaitu suhu dan konsentrasi
enzim. Apabila penggunaan enzim papain dalam suhu tinggi, maka enzim tidak dapat
berfungsi malahan akan terdenaturasi, juga kalau digunakan dalam suhu yang dingin
(rendah) maka enzim tidak aktif. Sedangkan kalau konsentrasi enzimnya rendah maka
proses perombakan protein lambat, sebaliknya konsentrasi enzimnya terlalu tinggi
maka proses perombakan cepat tetapi tidak ekonomis.
Karakteristik dan sifat dari enzim papain antara lain sebagai berikut.
1. Berat molekul: 23.406 Da (Mitchel dkk., 1970)
2. pH optimum: 6-7
3. Suhu optimum: 65 oC (Kilara dkk., 1977)
Winarno (1995) dalam Taqwdasbriliani dkk. (2013) menjelaskan bahwa enzim
papain bekerja lebih aktif pada protein nabati sedangkan bromelin bekerja lebih aktif
pada protein hewani. Papain relatif tahan terhadap panas dibandingkan dengan enzim
proteolik lainnya seperti bromelin dan lisin. Enzim papain lebih tahan terhadap suhu
tinggi dibanding dengan enzim bromelin. Selain itu, menurut Wharton dkk. (1974),
hal lain yang membedakan enzim papain dengan bromelin adalah laju reaksi (Km)
terhadap prekursor protein, di mana laju reaksi enzim papain lebih tinggi dibanding
laju reaksi enzim bromelin.
Bahan terakhir yang digunakan dalam praktikum ini adalah etanol. Tingkat
kepolaran etanol 70% maupun 95% dibedakan dari nilai kontanta dielektriknya.
Polaritas sering diartikan sebagai adanya pemisahan kutub muatan positif dan negatif

dari suatu molekul sebagai akibat terbentuknya konfigurasi tertentu dari atom-atom
penyusunnya. Keadaan ini menyebabkan molekul tersebut dapat tertarik oleh molekul
lain yang juga mempunyai polaritas yang sama. Besarnya polaritas dari suatu zat
pelarut mempunyai hubungan tegak lurus dengan besarnya konstanta dielektriknya
() atau dengan kata lain, semakin besar nilai konstanta dielektrik maka kepolaran
suatu zat akan semakin tinggi (Adnan, 1997). Air memiliki nilai konstanta dielektrik
sebesar 80,10 (Lide, 2004), sementara etanol sebesar 33 (Adnan, 1997). Dengan
begitu, penambahan air pada etanol akan meningkatkan konstanta dielektrik etanol.
Penambahan etanol berfungsi untuk memisahkan DNA sampel yang sudah
terekstrak dari bahan lainnya atau dengan kata lain membersihkan DNA dari
pengotor-pengotornya (Faatih, 2009). Menurut Moulana dkk. (2012), terpisahnya
suatu zat dari pengotornya diduga karena zat tersebut memiliki kepolaran yang relatif
sama dengan etanol. Selain itu, etanol memiliki gugus OH yang bersifat hidrofilik
atau mengikat air sehingga DNA terpisah dari air karena air berikatan dengan etanol.
Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin untuk menyempurnakan presipitasi.
Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka akan mengakibatkan
pembentukan presipitat yang kurang sempurna.
Langkah penting pertama yang dilakukan dalam praktikum ini adalah
mencampurkan sampel dengan larutan detergen yang berfungsi untuk melisiskan
dinding sel secara kimiawi. Agar proses lisis secara kimiawi berlangsung sempurna,
maka perlu dilanjutkan dengan proses lisis secara mekanik, yaitu menggunakan
blender (untuk sampel bawang putih/stroberi) ataupun pengadukan secara manual
(untuk sampel saliva). Pengadukan larutan bertujuan untuk untuk memperbesar
pergerakan partikel sel dan detergenagar reaksi berlangsung cepat, karena detergent
merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Tetapi jika pengadukannya
terlalu cepat akan menimbulkan buih yang dapat menyebabkan terganggunya proses
isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah
atas antara alkohol dengancampuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya
rongga udara yangditimbukan oleh adanya buih.

Khusus untuk sampel bawang putih/stroberi, penting sekali dilakukan

penyaringan untuk menghilangkan sisa-sisa atau debris sel, yang berisi dinding sel,
membran, organela, dan protein. Penyaring yang digunakan harus memiliki ukuran
mesh yang cukup kecil sehingga hanya filtrat yang berisi organela (termasuk nucleus
dan mitokondria di mana terdapat DNA) yang bisa melewati proses penyaringan.
Mengingat salah satu tujuan praktikum ini adalah memperkenalkan mahasiswa
metode ekstraksi DNA secara sederhana dengan mempergunakan alat dan bahan yang
umum ditemui, selain memiliki ukuran mesh yang kecil, maka alat yang tepat
digunakan untuk menyaring adalah saringan kopi. Fungsi penyaringan adalah untuk
memisahkan DNA dari kotoran yang mengendap bersama sari buah.
Setelah proses pelisisan dinding sel, langkah penting selanjutnya adalah
penambahan pelunak daging/jus nanas. Penambahan pelunak daging/jus nanas
bertujuan untuk mendenaturasi senyawa organik, khususnya protein. Dengan kata
lain, hal ini dilakukan untuk mendapatkan DNA yang murni tanpa kontaminan.
Langkah selanjutnya adalah presipitasi DNA. Langkah ini dilakukan dengan
cara memasukkan etanol dingin (70% atau 90%) melalui dinding test tube yang sudah
berisi filtrate dari sampel. Etanol dingin dimasukkan secara perlahan-lahan melalui
dinding tabung bertujuan untuk mencegah terdispersinya molekul DNA. Pemberian
etanol dalam kondisi dingin bertujuan untuk menghambat kerja enzim nuklease
sehingga DNA tidak terdegragasi.
Dari hasil percobaan yang dilakukan pada Tabel 1, pengaruh jenis sampel
terhadap kuantitas DNA menggunakan enzim lisis jus nanas pada sampel bawang
putih menunjukkan hasil DNA yang diperoleh dalam jumlah cukup dengan bentuk
berupa bongkahan, sedangkan sampel stroberi menunjukkan hasil DNA dengan
jumlah banyak dan berbentuk untaian-untaian panjang yang melayang di bagian
atas larutan ekstak. Hasil ini sesuai dengan teori, di mana stroberi memiliki DNA
yang lebih banyak disbanding bawang putih mengingat stroberi memiliki sel
oktoploid dengan delapan set genom setiap jenis kromosomnya yang sangat baik
untuk menunjukkan hasil ekstraksi DNA. Selain itu, stroberi matang menghasilkan

enzim pektinase dan selulase yang membantu memecah dinding sel sehingga
kuantitas DNA yang diperoleh lebih banyak dibandingkan bawang putih. Selain itu,
stroberi memiliki kadar air yang lebih tinggi dibanding bawang putih sehingga selselnya lebih mudah terlarut dan DNA yang terpretisipasi akan lebih banyak.
Hasil selanjutnya, yaitu hasil dari uji pengaruh enzim lisis terhadap kuantitas
DNA dengan menggunakan sampel stroberi ditunjukkan pada Tabel 2. Kuantitas
DNA yang diperoleh dengan penggunaan pelunak daging sebagai sumber enzim lisis
lebih banyak dibandingkan dengan jus nanas. Peristiwa ini terjadi karena adanya
perbedaan keefektifan enzim protease yang terdapat pada jus nanas dan pelunak
daging. Enzim protease yang terdapat dalam jus nanas adalah enzim bromelain atau
bromelin, sedangkan enzim yang terdapat dalam pelunak daging adalah enzim
papain. Kedua enzim ini bekerja memutuskan ikatan peptida sehingga rantai protein
terpotong-potong membentuk rantai yang lebih pendek.
Perbedaan jumlah kuantitas DNA ini dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor
yang dapat mempengaruhi kerja enzim antara lain suhu, konsentrasi enzim,
konsentrasi substrat, pH, struktur kimia enzim, sifat-sifat enzim, dan juga inhibitor
yang terdapat dalam substrat. Namun, hal yang sangat mempengaruhi kuantitas DNA
yang diperoleh adalah laju reaksi (Km) masing-masing enzim terhadap prekursor
protein, di mana laju reaksi enzim papain lebih tinggi dibanding laju reaksi enzim
bromelin. Dengan begitu, dalam waktu singkat, kuantitas sampel dengan enzim
papain akan lebih banyak dibanding sampel dengan enzim bromelin.
Selain kecepatan laju reaksi, sifat enzim yang khas juga mempengaruhi
kuantitas DNA yang diperoleh. Enzim papain bekerja lebih aktif pada protein nabati
yang terdapat pada sampel bawang putih maupun stroberi, sedangkan enzim bromelin
bekerja lebih aktif pada protein hewani. Papain juga relatif tahan terhadap panas
dibandingkan dengan enzim proteolik lainnya seperti bromelin dan lisin. Konsentrasi
enzim, konsentrasi substrat, dan pH tidak dihitung dalam praktikum kali ini sehingga
tidak menutup kemungkinan perbedaan efektifitas kerja enzim juga dapat dipengaruhi
oleh faktor-faktor tersebut.

Uji terakhir yang dilakukan adalah pengaruh konsentrasi etanol terhadap

kuantitas DNA dan hasilnya ditunjukkan pada Tabel 3. Berdasarkan percobaan, hasil
menunjukkan sampel saliva yang sudah dicampur dengan enzim lisis nanas dan
etanol dengan konsentrasi 70% memiliki jumlah DNA yang sangat sedikit
dibandingkan konsentrasi 95% menunjukkan jumlah DNA yang banyak. Berdasarkan
teori yang ada, hal ini dikarenakan adanya pengaruh konstanta dielektrik, di mana
semakin tinggi nilai konstanta dielektrik, maka semakin polar suatu larutan. Etanol
dengan konsentrasi 70% memiliki kepolaran yang lebih tinggi karena mengandung
lebih banyak air yang bersifat polar, dibanding etanol dengan konsentrasi 95%.
Kepolaran yang tinggi justru akan menyebabkan DNA semakin larut dan sulit
terpresipitasi. Selain itu, etanol bersifat hidrofilik sehingga akan cenderung berikatan
dengan air yang terdapat pada filtrat. Semakin tinggi konsentrasi etanol, maka akan
semakin banyak DNA yang terpisah dari air karena air berikatan dengan etanol. Maka
dari itu, ekstraksi DNA dengan etanol 95% memiliki kuantitas yang lebih banyak
dibanding ekstraksi dengan etanol 70%.

IV.KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum kali ini, kesimpulan pertama yang berhasil diperoleh
adalah metode ekstraksi DNA dapat dilakukan secara sederhana menggunakan alat
yang mudah ditemukan, seperti blender dan alat penyaring kopi, juga bahan yang
mudah ditemukan, seperti detergen, pelunak daging, dan jus nanas. Kesimpulan
kedua adalah eksperimen sederhana tentang bahan materi sumber DNA dilakukan
dengan pelisisan dinding sel menggunakan detergen, degradasi senyawa organik
menggunakan jus nanas/pelunak daging, dan presipitasi menggunakan etanol 70%
atau 95%. Kesimpulan terakhir adalah stroberi memiliki kuantitas DNA yang lebih
tinggi dibanding bawang putih, sampel stroberi dengan enzim lisis papain memiliki
kuantitas DNA yang lebih tinggi dibanding sampel stroberi dengan enzim lisis
bromelin, dan sampel saliva dengan presipitan etanol 95% memiliki kuantitas DNA
lebih tinggi dibanding sampel saliva dengan presipitan etanol 70%.

DAFTAR PUSTAKA
Adnan, M. 1997. Teknik Kromatografi untuk Analisis Bahan Makanan. Universitas
Gadjah Mada. Yogyakarta.
Aristya, G. R. 2014. Optimalisasi Induksi Poliploid Pada Tanaman Stroberi (Fragaria
spp. Festival dan Californica. Jurnal Penelitian dan Pengembangan
Pemerintah Daerah DIY 6 (10):77-91.
Arsyani, D.M. 2007. Eksperimen Pembuatan Kecap Manis dari Biji Turi dengan
Bahan Ekstrak Nanas. Skripsi. Universitas Negri Semarang. Semarang.
Chrismawaty, E. 2006. Peran Struktur Mukosa Rongga Mulut dalam Mekanisme
Blokade Fisik terhadap Iritan. Jurnal MIKGI 5 : 244 -249.
Lide, D.R. CRC Handbook of Chemistry and Physics 85th Ed. 2004. CRC Press.
Boca Raton.
Darnaedi, D. 1991. Kromosom dalam Taksonomi. Herbarium Bogoriense Puslitbang
Biologi LIPI. Bogor.
Darnell, J., Lodish, H., dan Baltimore, D. 1994. Molecular Cell Biology 2nd edition.
Scientific American Book, Inc. New York. Halaman 76-79.
Dawn, B. dan Mark. 2000. Biokimia Kedokteran Dasar. EGC. Jakarta.

Donald, K.T. 1997. Fruit and Vegetable Juice Processing Technology. The AUI
publishing. An-Najah.
Faatih, M. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains &
Teknologi 10 (1) : 61 67.
Fogle, D.R., Plimton, R.F., Ockerman, H.W., Jarenback, L., dan Persson, T. 1982.
Tenderization of Beef, Effect of Enzyme, Enzyme Level, and Cooking
Method. Journal of Food Science 47 : 1113-1118.
Harianto, E. 1996. Nanas. Penerbit Swadaya. Jakarta.
Hernawan,U.E. dan Setyawan, A.D. 2003. Review: Senyawa Organosulfur Bawang
Putih (Allium sativum L.) dan Aktivitas Biologinya. Jurnal Biofarmasi 1 (2):
65-76.
Hui, Y.H. 1992. Encyclopedia of Food Science and Technology Vol. 3. John Wiley
and Sons, Inc. New York.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika.
Skripsi. Universitas Negeri Malang. Malang.
Kilara, A., Shahani, K.M., dan Wanger, F.W. 1977. Preparation and properties of
immobilized papain and lipase. J Biotechnol. Bioeng 19 : 1703-1714.
Lewis, R. 2003. Human genetics: Concepts and Applications. The McGraw-Hills
Company, Inc. Boston.
Lewontin, R.C. 1974. The analysis of variance and and the analysis of causes.
American Journal of Human Genetics 26: 400-411.
Lindsley, D.C. dan Grell, E.H. 1967. Genetics variation of Drosophilla melanogaster.
Carnegie Institute of Washington. Washington.
Machmud, W. 2006. Penentuan LC50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya terhadap
Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus carpio) Ras Punten dengan Tipe Ploidi
yang Berbeda. Skripsi. Universitas Negeri Malang. Malang.
Mantell, S.H., Matthew, J.A., dan McKee, R.A. 1985. Principles of Plant
Biotechnology: An Introduction to Genetic Engineering in Plants. Blackweell
Scien Publication. London.
Minasari. 1999. Peranan Saliva dalam Rongga Mulut. Dent J: Majalah Kedokteran
Gigi USU 4 (2) : 33-39.

Mitchel, R.E.J., Chaiken, I.M., dan Smith, E.L. 1970. The Complete Amino Acid
Sequence of Papain. J. Biol. Chem. 245 : 3485-3492.
Moulana, R., Juanda, Rohaya, S., dan Rosika, R. 2012. Efektivitas Penggunaan Jenis
Pelarut dan Asam dalam Proses Ekstraksi Pigmen Antosianin Kelopak Bunga
Rosella (Hibiscus sabdariffa L). Jurnal Teknologi dan Industri Pertanian
Indonesia 4 (3):20-25.
Mukti, A. 2009. Efek Bawang Putih (Allium sativum) dan cabe jawa (Piper
retrofractum Vahl.) terhadap Kadar Albumin pada Tikus yang Diberi
Suplemen Kuning Telur. Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro.
Semarang.
Paul, N.C., Robert, P., dan Ovellette. 1985. Biotechnology. Technomic Publishing,
Inc. Lancater.
Sani. 2008. Penambahan Natrium Bisulfit pada Kualitas Enzim Papain dari Getah
Pepaya secara MCU. UNESA Press. Surabaya.
Setyawan, A.D. dan Sutikno. 2000. Karyotipe Kromosom pada Allium sativum L.
(Bawang Putih) dan Pisum sativum L. (Kacang Kapri). Jurnal BioSMART 2
(1):20-27.
Soesilo, D., Santoso, R.E., dan Diyatri, I. 2005. Peranan Sorbitol. Dent Journal:
Majalah Kedokteran Gigi 38(1):25-8.
Sumarno. 1989, Studi Perbedaan Aktifitas Bromelin dari Buah, Tangkai, dan Batang
Nenas Inaftas comosus L. Merr. terhadap Substrat Kasein. Skripsi.
Universitas Indonesia. Depok.
Supartiatun, E. 1997. Jumlah dan Morfologi Kromosom Beberapa Jenis Tanaman
Bawang. Skripsi. Universitas Diponegoro. Semarang.
Suryo. 2010. Genetika Manusia. Gadjah Mada University Press. Yogyakarta.
Taqwdasbriliani, E.B., Hutabarat, J., dan Endang, A. 2013. Pengaruh Kombinasi
Enzim Papain dan Enzim Bromelin Terhadap Pemanfaatan Pakan dan
Pertumbuhan Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscogutattus). Journal of
Aquaculture Management and Technology 2(3): 76-85.
Wharton, C.W., Cornish-Bowden, A., Brocklehurst, K., Dan Crook, E.M. 1974.
Kinetics of the Hydrolysis of N-Benzoyl-L-serine Methyl Ester Catalysed by
Bromelain and by Papain. J of Biochem. 141 : 365-381
Winarno, F.G. 1995. Enzim Pangan. PT. Gramedia. Jakarta.

Wirakusumah dan Emma, S. 1999. Buah dan Sayur untuk Terapi. Penebar Semangat.
Jakarta.

LAMPIRAN

Gambar 1. Kuantitas DNA stroberi (kiri) dan bawang putih (kanan)

(Sumber: dokumentasi pribadi)

Gambar 2. Kuantitas DNA stroberi dengan enzim lisis jus nanas (kiri) dan stroberi
dengan enzim lisis pelunak daging (kanan)
(Sumber: dokumentasi pribadi)

Gambar 3. Kuantitas DNA saliva dengan ethanol 95% (kiri) dan saliva dengan
ethanol 70% (kanan)
(Sumber: dokumentasi pribadi)