CLUSTER AND REPEAT

LEWIN IX CHAPTER 6

pengantar
Satu set gen diturunkan oleh duplikasi dan variasi dari beberapa gen leluhur disebut keluarga gen. Anggotanya
dapat dikelompokkan bersama atau tersebar pada berbagai kromosom (atau kombinasi keduanya). Analisis
genom menunjukkan bahwa banyak gen milik keluarga; 25.000 gen yang diidentifikasi dalam genom manusia
jatuh ke dalam-15.000 keluarga, sehingga gen rata-rata memiliki beberapa keluarga dalam genom (lihat Gambar
5.7). Keluarga gen sangat bervariasi dalam tingkat keterkaitan antara anggota, dari mereka yang terdiri dari
beberapa anggota identik dengan hubungan yang cukup jauh. Gen biasanya hanya terkait dengan ekson mereka,
dengan intron mengalami perbedaan (lihat Bagian 3.5, Urutan Exon Dikonservasi tapi Introns Vary). Gen
mungkin juga hanya berhubungan dengan beberapa ekson mereka, sedangkan yang lainnya unik (lihat Bagian
3.9, Beberapa Exons Bisa Disamakan dengan Fungsi Protein).

Kejadian awal yang memungkinkan ekson atau gen terkait berkembang adalah duplikasi,
saat salinan dihasilkan dari beberapa urutan dalam genom. Duplikasi tandem (bila duplikat
tetap sama) dapat timbul melalui kesalahan dalam replikasi atau rekombinasi. Pemisahan
duplikat dapat terjadi dengan translokasi yang mentransfer material dari satu kromosom ke
kromosom yang lain. Duplikat di lokasi baru mungkin juga diproduksi secara langsung oleh
peristiwa transposisi yang terkait dengan penyalinan wilayah DNA dari sekitar transposon.
Duplikasi mungkin berlaku baik untuk gen utuh atau koleksi ekson atau bahkan ekson
individu. Ketika gen utuh terlibat, tindakan duplikasi menghasilkan dua salinan gen yang
aktivitasnya tidak dapat dibedakan, namun biasanya salinannya berbeda karena masing-
masing menumpuk mutasi yang berbeda. Anggota keluarga gen struktural yang memiliki
hubungan baik biasanya memiliki fungsi yang terkait atau bahkan identik, walaupun dapat
diekspresikan pada waktu yang berbeda atau pada jenis sel yang berbeda. Akibatnya,
protein globin yang berbeda diekspresikan dalam sel darah merah embrio dan dewasa,
sedangkan aktin yang berbeda digunakan pada sel otot dan nonmuscle. Bila gen telah
menyimpang secara signifikan, atau bila hanya beberapa ekson yang terkait, protein
mungkin memiliki fungsi yang berbeda.

Beberapa keluarga gen terdiri dari anggota yang identik. Clustering adalah prasyarat untuk menjaga identitas
antar gen, meski gen berkerumun belum tentu identik. Gene cluster berkisar dari ekstrem dimana duplikasi

duplikasi telah menghasilkan dua gen terkait yang berdekatan dengan kasus di mana
ratusan gen identik berada dalam susunan tandem. Pengulangan ulang tandem yang
ekstensif dari gen dapat terjadi bila produk dibutuhkan dalam jumlah yang sangat besar.
Contohnya adalah gen untuk protein rRNA atau histone. Ini menciptakan situasi khusus
sehubungan dengan pemeliharaan identitas dan efek tekanan selektif. Gene cluster
memberi kita kesempatan untuk memeriksa kekuatan yang terlibat dalam evolusi genom di
wilayah yang lebih luas daripada gen tunggal. Urutan duplikat, terutama yang berada di
sekitar yang sama, memberikan substrat untuk evolusi lebih lanjut dengan rekombinasi.
Populasi berkembang dengan rekombinasi klasik yang diilustrasikan dalam GAMBAR 6.1
dan 6.2, di mana persimpangan yang tepat terjadi. Kromosom rekombinan memiliki
organisasi yang sama dengan kromosom parental. Mereka mengandung lokus yang sama
persis dengan urutan yang sama, namun mengandung kombinasi alel yang berbeda,
menyediakan bahan baku untuk seleksi alam. Namun, adanya urutan duplikat
memungkinkan kejadian menyimpang terjadi sesekali, yang mengubah isi gen dan bukan
hanya kombinasi alel.

Penyeberangan yang tidak sama (juga dikenal sebagai rekombinasi nonreciprocal) menggambarkan peristiwa
rekombinasi yang terjadi di antara dua situs yang tidak homolog. Fitur yang membuat kejadian semacam itu
dimungkinkan adalah adanya urutan berulang. GAMBAR 6.3 menunjukkan bahwa ini memungkinkan satu
salinan pengulangan dalam satu kromosom untuk misalign untuk rekombinasi dengan yang berbeda.

Fraksi genom yang sangat berulang terdiri dari beberapa salinan tandem unit pengulangan
yang sangat singkat. Ini sering memiliki sifat yang tidak biasa. Salah satunya adalah bahwa
mereka dapat diidentifikasi sebagai puncak terpisah pada analisis gradien kerapatan DNA,
yang memunculkan nama DNA satelit. Mereka sering dikaitkan dengan daerah inert
kromosom dan khususnya dengan sentromer (yang berisi titik-titik keterikatan untuk
segregasi pada poros mitosis atau meiotik). Sebagai hasil dari organisasi berulang mereka
'mereka menunjukkan beberapa perilaku yang sama berkenaan dengan evolusi sebagai
cluster gen tandem. Selain urutan satelit, ada rentang DNA yang lebih pendek yang disebut
minisatelit yang menunjukkan perilaku serupa. Mereka berguna dalam menunjukkan tingkat
perbedaan yang tinggi antara genom individu yang dapat digunakan untuk tujuan pemetaan.
Semua kejadian yang mengubah konstitusi genom ini jarang terjadi, namun penting selama
evolusi

Duplikasi Gene Merupakan Kekuatan Utama dalam EvoLution

Konsep kunci
Gen duplikasi mungkin berbeda untuk menghasilkan gen yang berbeda atau satu salinan mungkin menjadi
tidak aktif.
Exons berperilaku seperti modul untuk membangun gen yang diujicobakan dalam perjalanan evolusi dalam
berbagai kombinasi. Pada satu ekstrem, ekson individu dari satu gen dapat disalin dan digunakan pada gen lain.
Di sisi lain, keseluruhan gen, termasuk ekson dan intron, dapat diduplikasi. Dalam kasus seperti itu, mutasi
dapat terakumulasi dalam satu salinan tanpa menarik perhatian buruk seleksi alam. Salinan ini kemudian dapat
berkembang menjadi fungsi baru; menjadi dinyatakan dalam waktu atau tempat yang berbeda dari salinan
pertama, atau memperoleh aktivitas yang berbeda.
GAMBAR 6 4 merangkum pandangan kita saat ini tentang tingkat di mana proses ini terjadi. Ada kemungkinan
-1% bahwa gen tertentu akan dimasukkan dalam duplikasi dalam periode satu juta tahun. Setelah gen tersebut
menduplikasi, perbedaan berkembang sebagai akibat dari terjadinya mutasi yang berbeda pada setiap salinan. Ini
menumpuk pada tingkat -0,1% per juta tahun (lihat Bagian 6.4, Divergence Urutan Adalah Dasar untuk Jam
Evolusi)

Organisme ini tidak mungkin perlu untuk mempertahankan dua salinan identik dari gen tersebut. Sebagai
perbedaan

konten. Gen dalam duplikasi ini mungkin sangat menarik karena implikasi yang telah mereka kembangkan baru-
baru ini dan oleh karena itu penting untuk perkembangan evolusioner terakhir (seperti pemisahan manusia dari
monyet).

Globin Cluster adalah Dibentuk oleh Duplikasi dan Divergence Konsep kunci Semua gen
globin diturunkan oleh duplikasi dan mutasi dari gen leluhur yang memiliki tiga ekson. Gen
leluhur memunculkan myoglobin, leghemoglobin, dan a dan ~ globin. Gen a-dan ~ -globin
dipisahkan pada periode tersebut evolusi vertebrata awal, setelah itu duplikasi menghasilkan
kelompok individu memisahkan gen a dan ~-like. Begitu gen telah dilemahkan oleh mutasi,
itu dapat mengakumulasi mutasi lebih lanjut dan menjadi a pseudogene, yang homolog
dengan aktif gen (s) namun tidak memiliki peran fungsional.

Jenis duplikasi yang paling umum menghasilkan salinan gen kedua yang mendekati salinan pertama. Dalam
beberapa kasus, salinan tetap terkait dan duplikasi lebih lanjut dapat menghasilkan sekelompok gen terkait.
Contoh karakteristik terbaik dari cluster gen disajikan oleh gen globin, yang merupakan keluarga gen purba
yang berkaitan dengan fungsi yang penting bagi kerajaan hewan: pengangkutan oksigen melalui aliran darah.
Konstituen utama sel darah merah adalah tetramer globin, yang dikaitkan dengan kelompok heme (pengikat
besi) dalam bentuk hemoglobin. Gen globin fungsional pada semua spesies memiliki struktur umum yang sama:
terbagi menjadi tiga ekson, seperti yang ditunjukkan sebelumnya pada Gambar 3.7. Kami menyimpulkan bahwa
semua gen globin berasal dari gen leluhur tunggal, dan dengan menelusuri perkembangan gen globin individu di
dalam dan di antara spesies, kita dapat mempelajari mekanisme yang terlibat dalam evolusi keluarga gen.
Pada sel dewasa, tetramer globin terdiri dari dua rantai yang identik dan dua rantai identik. Sel darah embrionik
mengandung tetramer hemoglobin yang berbeda dengan bentuk orang dewasa. Setiap tetramer mengandung dua
rantai yang identik dan dua rantai mirip ~ seperti, yang masing-masing terkait dengan polipeptida dewasa dan
kemudian digantikan olehnya. Ini adalah contoh dari

kontrol perkembangan, di mana gen yang berbeda secara berturut-turut dinyalakan dan
dimatikan untuk menyediakan produk alternatif yang memenuhi fungsi yang sama pada
waktu yang berbeda. Pembagian rantai globin menjadi seperti dan menyerupai menyerupai
pengorganisasian gen. Setiap jenis globin dikodekan oleh gen yang disusun menjadi satu
kelompok tunggal. Struktur dari dua kelompok genom primata yang lebih tinggi diilustrasikan
dalam GAMBAR 6.5. Peregangan di atas 50 kb, cluster terdiri dari lima gen fungsional (E,
dua y, 0, dan ~) dan satu gen nonfungsional (\ jf ~). Gen dua gen berbeda dalam urutan
pengkodeannya hanya dalam satu asam amino; varian G memiliki glisin pada posisi 136,
sedangkan varian A memiliki alanin. Cluster yang lebih ringkas membentang lebih dari 28 kb
dan mencakup satu Sgene aktif, satu tidak berfungsi

SBC nonfungsional, dua gen, dua gen nonfungsional, dan egene fungsi yang tidak
diketahui. Dua gen kode untuk protein yang sama. Dua (atau lebih) gen identik yang ada
pada kromosom yang sama digambarkan sebagai salinan non-kuadrat. Rincian hubungan
antara embrio dan hemoglobin dewasa bervariasi dengan organisme. Jalur manusia
memiliki tiga tahap: embrionik, janin, dan dewasa. Perbedaan antara embrio dan orang
dewasa umum terjadi pada mamalia, namun jumlah tahap pra-dewasa bervariasi. Dalam
man, zeta dan alpha adalah dua rantai seperti itu. Epsilon, gamma, delta, dan beta adalah
rantai ~ -like. GAMBAR 66 menunjukkan bagaimana rantai diekspresikan pada berbagai
tahap perkembangan. Di jalur manusia, Sis menjadi rantai pertama yang harus
diungkapkan, tapi segera digantikan olehnya Sebuah. Di ~ -pathway, E dan yare
diekspresikan pertama, dengan dan ~ menggantikannya nanti. Pada orang dewasa,
bentuk a2 ~ 2 memberikan 97% hemoglobin,% 02 menyediakan -2%, dan -1% diberikan
dengan ketekunan bentuk janin a2Y2. Apa pentingnya perbedaan antara globin embrio dan
dewasa? Bentuk embrio dan janin memiliki afinitas yang lebih tinggi untuk oksigen. Hal ini
diperlukan agar bisa mendapatkan oksigen dari darah ibu. Ini menjelaskan mengapa tidak
ada yang setara dengan (misalnya) ayam, dimana tahap embrio terjadi di luar tubuh (yaitu di
dalam telur).
Gen fungsional didefinisikan oleh ekspresi mereka di RNA dan akhirnya oleh protein yang
menjadi kodenya. Gen nonfungsional didefinisikan sedemikian rupa oleh ketidakmampuan
mereka untuk kode protein; alasan ketidakaktifan mereka bervariasi, dan kekurangannya
mungkin ada dalam transkripsi atau terjemahan (atau keduanya). Mereka disebut
pseudogen dan ditandai dengan simbol \ jf. Organisasi umum serupa ditemukan di kelompok
gen globin vertebrata lainnya, namun rincian jenis, jumlah, dan urutan gen semuanya
berbeda-beda, seperti yang digambarkan pada GAMBAR 6.7. Setiap cluster berisi gen
embrio dan dewasa. Panjang total cluster sangat bervariasi. Yang terpanjang ditemukan di
kambing, di mana kelompok empat gen dasar telah diduplikasi dua kali. Distribusi gen aktif
dan pseudogen berbeda dalam setiap kasus, yang menggambarkan sifat acak dari konversi
satu salinan gen duplikat ke dalam keadaan tidak aktif. Karakterisasi gugus gen ini membuat
titik umum yang penting. Mungkin ada anggota keluarga yang lebih baik, baik fungsional
maupun nonfungsional, daripada yang akan kita duga berdasarkan

analisis protein Gen fungsional tambahan dapat mewakili duplikat bahwa kode untuk
polipeptida identik, atau mungkin terkait dengan protein yang berbeda dari yang diketahui
(dan mungkin hanya diekspresikan secara singkat atau dalam jumlah rendah). Sehubungan
dengan pertanyaan tentang berapa banyak DNA yang dibutuhkan untuk kode untuk fungsi
tertentu, kita melihat bahwa pengkodean untuk globin seperti ~ ~ memerlukan kisaran 20
sampai 120 kb pada mamalia yang berbeda. Ini jauh lebih besar daripada yang kita
harapkan hanya untuk meneliti ~ -globinprotein yang diketahui atau bahkan
mempertimbangkan gen individu. Namun, kelompok tipe ini tidak umum; Sebagian besar
gen ditemukan sebagai lokus individu. Dari pengorganisasian gen globin dalam berbagai
spesies, kita harus dapat melacak evolusi gugus gen globin sekarang dari satu gen globin
leluhur tunggal. Pandangan kita tentang keturunan evolusioner digambarkan dalam
GAMBAR 6 8. Gen tanaman leghemoglobin, yang terkait dengan gen globin, dapat mewakili
bentuk leluhur. Bagian belakang terjauh yang bisa kita telusuri gen globin dalam bentuk
modern disediakan oleh rangkaian rantai mioglobin mamalia tunggal, yang menyimpang dari
garis keturunan globin -800 juta tahun yang lalu. Gen myoglobin memiliki organisasi yang
sama dengan gen globin, jadi kita bisa mengambil struktur tiga ekson untuk mewakili nenek
moyang mereka yang sama. Beberapa "ikan primitif" hanya memiliki satu jenis rantai globin,
jadi mereka pasti telah menyimpang dari garis evolusi sebelum gen globin leluhur
digandakan untuk menghasilkan varian dan varian. Hal ini tampaknya telah terjadi

-500 juta tahun yang lalu, selama evolusi ikan bertulang. Tahap evolusi selanjutnya diwakili
oleh gen globin dalam kodok Xenopus laevis, yang memiliki dua kelompok globin. Setiap
cluster, meskipun, mengandung kedua gen dan gen larva dan dewasa. Oleh karena itu
cluster harus berevolusi dengan duplikasi pasangan yang terkait, diikuti oleh perbedaan
antara masing-masing salinan. Kemudian seluruh cluster diduplikasi. Amfibi dipisahkan dari
garis mamalia / avian -350 juta tahun yang lalu, sehingga pemisahan ex dan ~ -loblobine
harus dihasilkan dari transposisi di pelopor mamalia / unggas setelah waktu ini. Ini mungkin
terjadi pada periode evolusi vertebrata awal. Ada kelompok terpisah untuk mantan dan ~
globin pada burung dan mamalia, sehingga gen dan gen sebelumnya harus dipisahkan
secara fisik sebelum mamalia dan burung-burung menyimpang dari leluhur bersama
mereka, sebuah peristiwa yang mungkin terjadi -270 juta tahun yang lalu. Perubahan telah
terjadi dalam kelompok dan kelompok yang terpisah dalam waktu yang lebih baru, seperti
yang akan kita lihat dari deskripsi perbedaan gen individual pada bagian berikut.

Sequence Divergence
Apakah Dasar untuk
Jam Evolusi
Konsep kunci

Urutan gen homolog pada spesies yang berbeda bervariasi pada tempat pengganti (di mana mutasi menyebabkan
substitusi asam amino) dan lokasi diam (di mana mutasi tidak mempengaruhi urutan protein).

Mutasi terakumulasi di situs diam -lOx lebih cepat

daripada di situs pengganti.

Perbedaan evolusi antara dua protein diukur dengan persentase posisi di mana asam amino yang sesuai berbeda.

Mutasi terakumulasi pada kecepatan yang lebih atau kurang genap setelah gen terpisah, sehingga perbedaan
antara pasangan sekuens globin sebanding dengan waktu sejak gen mereka dipisahka

Sebagian besar perubahan urutan protein terjadi pada mutasi kecil yang menumpuk
perlahan seiring berjalannya waktu. Mutasi titik dan sisipan kecil dan penghapusan terjadi
secara kebetulan, mungkin dengan probabilitas yang kurang lebih sama di semua wilayah
genom. Pengecualian untuk ini adalah hotspot, di mana mutasi terjadi lebih sering.
Kebanyakan mutasi yang mengubah urutan asam amino itu merusak dan akan dieliminasi
dengan seleksi alam. Sedikit mutasi menguntungkan. Bila yang langka terjadi, kemungkinan
besar akan menyebar melalui populasi, akhirnya menggantikan urutan sebelumnya. Bila
varian baru menggantikan versi gen sebelumnya, konon telah menjadi tetap pada populasi.
Masalah yang diperdebatkan adalah berapa proporsi perubahan mutasi dalam urutan asam
amino yang netral, yaitu tanpa efek pada fungsi protein dan mampu, oleh karena itu,
diakibatkan sebagai hasil drift acak dan fiksasi.

Tingkat di mana perubahan mutasi menumpuk adalah karakteristik setiap protein, mungkin
paling tidak sebagian bergantung pada fleksibilitasnya sehubungan dengan perubahan.
Dalam sebuah spesies, protein berkembang dengan substitusi mutasi, diikuti dengan
eliminasi atau fiksasi di dalam kolam pengembangbiakan tunggal. Ingat bahwa ketika kita
meneliti kolam gen spesies, kita hanya melihat varian yang bertahan. Bila ada beberapa
varian hadir, mereka mungkin stabil (karena tidak ada keuntungan selektif), atau seseorang
mungkin bersifat sementara karena sedang dalam proses digantikan. Ketika sebuah spesies
memisahkan diri menjadi dua spesies baru, masing-masing spesies yang dihasilkan
sekarang merupakan kolam independen untuk evolusi. Dengan membandingkan protein
yang sesuai pada dua spesies, kita melihat perbedaan yang ada di antara keduanya sejak
nenek moyang mereka berhenti melakukan kawin silang. Beberapa protein sangat
dilestarikan, menunjukkan sedikit atau tidak ada perubahan dari spesies ke spesies. Hal ini
menunjukkan bahwa hampir semua perubahan bersifat merusak dan oleh karena itu tidak
dipilih.

Perbedaan antara dua protein dinyatakan sebagai divergensi mereka, persentase posisi di
mana asam amino berbeda. Perbedaan antara protein dapat berbeda dari divergensi antara
urutan asam nukleat yang sesuai. Sumber perbedaan ini adalah representasi masing-
masing asam amino dalam kodon tiga-dasar, di mana basis ketiga seringkali tidak
berpengaruh pada maknanya. Kita dapat membagi urutan nukleotida wilayah pengkodean
menjadi tempat pengganti potensial dan situs diam: Di lokasi pengganti, mutasi mengubah
asam amino yang dikodekan. Efek mutasi (merusak, netral, atau menguntungkan)
bergantung pada hasil penggantian asam amino.

Di situs diam, mutasi hanya mengganti kodon sinonim satu sama lain, jadi tidak ada perubahan protein.
Biasanya situs pengganti menyumbang 75% dari urutan pengkodean dan situs diam menyediakan 25%.
Selain urutan pengkodean, gen mengandung daerah yang tidak diterjemahkan. Di sini sekali lagi, mutasi
berpotensi netral, terlepas dari dampaknya pada sinyal sekunder atau (biasanya agak pendek) sinyal peraturan.
Meskipun mutasi diam bersifat netral berkaitan dengan protein, mereka dapat mempengaruhi ekspresi gen
melalui perubahan urutan RNA. Misalnya, perubahan struktur sekunder dapat mempengaruhi transkripsi,
pemrosesan, atau terjemahan. Kemungkinan lain adalah bahwa perubahan dalam kodon sinonim memerlukan
tRNA yang berbeda untuk merespons, yang mempengaruhi efisiensi terjemahan.
Mutasi pada lokasi pengganti harus sesuai dengan divergensi asam amino (ditentukan oleh persentase perubahan
urutan protein). Divergensi asam nukleat 0,45% pada lokasi pengganti sesuai dengan divergensi asam amino 1%
(dengan asumsi bahwa jumlah rata-rata situs pengganti per kodon adalah 2,25). Sebenarnya, perbedaan terukur
meremehkan perbedaan yang telah terjadi selama evolusi, karena terjadinya beberapa kejadian pada satu kodon.
Biasanya koreksi dibuat untuk ini.

Sebagai contoh rantai manusia ~ dan <5-globin, ada 10 perbedaan dalam 146 residu, divergensi 6,9%. Urutan
DNA memiliki 31 perubahan pada 441 residu. Namun, perubahan ini didistribusikan sangat berbeda di situs
pengganti dan silent. Ada 11 perubahan di 330 situs pengganti, namun 20 perubahan hanya ada pada situs diam
diam. Ini memberi (koreksi) tingkat divergensi 3,7% di situs pengganti dan 32% di lokasi diam, hampir sesuai
dengan besarnya perbedaan.
Perbedaan mencolok pada divergen: lokasi pengganti dan diam menunjukkan adanya kendala yang jauh lebih
besar pada posisi nukleotida yang mempengaruhi konstitusi protein dibandingkan dengan yang tidak. Jadi
mungkin sedikit sekali perubahan asam amino yang netral.
Misalkan kita mengambil tingkat mutasi di situs diam untuk menunjukkan tingkat fiksasi mutasi yang
mendasarinya (ini mengasumsikan bahwa tidak ada pilihan sama sekali di situs diam). Kemudian selama
periode sejak gen ~ dan <5 menyimpang, seharusnya ada perubahan pada 32% dari

330 situs pengganti, dengan total 105. Semua kecuali 11 di antaranya telah dieliminasi,
yang berarti bahwa -90% mutasi tidak bertahan. Perbedaan antara pasangan sekuens
globin (kurang lebih) sebanding dengan waktu sejak mereka berpisah. Ini menyediakan jam
evolusioner yang mengukur akumulasi mutasi pada tingkat yang tampaknya bahkan selama
evolusi protein tertentu. Tingkat divergensi dapat diukur sebagai perbedaan persen per juta
tahun, atau sebagai timbal baliknya, periode evolusioner unit (UEr), waktu dalam jutaan
tahun yang dibutuhkan untuk divergensi 1% untuk dikembangkan. Begitu jam telah
ditetapkan dengan perbandingan berpasangan antar spesies (mengingat kesulitan praktis
dalam menentukan waktu spesiasi), hal itu dapat diterapkan pada gen terkait dalam suatu
spesies. Dari divergensi mereka, kita bisa menghitung berapa banyak waktu yang telah
berlalu sejak duplikasi yang dihasilkannya. Dengan membandingkan urutan gen homolog
pada spesies yang berbeda, tingkat divergensi pada kedua lokasi pengganti dan diam dapat
ditentukan, seperti yang digambarkan dalam Gambar 6.9. Dalam perbandingan
berpasangan, ada perbedaan rata-rata 10% di situs pengganti gen gen mamalia (X-atau ~ -
globin yang telah dipisahkan sejak radiasi mamalia terjadi -85 juta tahun yang lalu. Hal ini
sesuai dengan divergensi pengganti tingkat 0,12% per juta tahun. Tingkat ini stabil ketika
perbandingan diperluas ke gen yang menyimpang di lebih
jauh masa lalu Misalnya, perbedaan penggantian rata-rata antara gen mamalia dan ayam
globin yang sesuai adalah 23%. Sehubungan dengan perpisahan -270 juta tahun yang lalu,
ini memberi tingkat 0,09% per juta tahun. Lebih jauh ke belakang, kita dapat
membandingkan (Xwith the ~ -globingenes dalam spesies. Mereka telah terdiversifikasi
karena jenis gen individu dipisahkan 500 juta tahun yang lalu (lihat Gambar 6.8). Mereka
memiliki divergensi penggantian rata-rata -50%, yang memberikan tingkat 0,1% per juta
tahun. Ringkasan data ini pada Gambar 6.9 menunjukkan bahwa penggantian divergensi
pada gen globin memiliki tingkat rata-rata -0,096% per juta tahun (atau UEP sebesar 10,4).
Mengingat ketidakpastian dalam memperkirakan waktu di mana spesies tersebut
menyimpang, hasilnya memberi dukungan yang baik terhadap gagasan bahwa ada jam
linear. Data tentang divergensi situs diam jauh kurang jelas. Dalam setiap kasus, terbukti
bahwa divergensi situs diam jauh lebih besar daripada divergensi situs pengganti, oleh
faktor yang bervariasi dari 2 sampai 10. Penyebaran divergensi situs diam dalam
perbandingan berpasangan, meskipun, terlalu besar untuk menunjukkan apakah sebuah
jam berlaku (jadi kita harus mendasarkan perbandingan temporal pada situs pengganti).
Dari Gambar 6.9, jelas bahwa tingkat pada situs diam tidak linier berkenaan dengan waktu.
Jika kita berasumsi bahwa harus ada divergensi nol di

nol tahun pemisahan, kita melihat bahwa tingkat divergensi situs diam jauh lebih besar untuk
pemisahan pertama -100 juta tahun. Satu interpretasi adalah bahwa sebagian kecil dari
setengah dari situs diam dengan cepat (dalam 100 juta tahun) dipenuhi oleh mutasi; Fraksi
ini berperilaku sebagai situs netral. Fraksi lainnya menumpuk mutasi lebih lambat, pada
tingkat yang hampir sama dengan lokasi penggantian; Fraksi ini mengidentifikasi situs yang
diam berkenaan dengan protein, namun hal itu berada di bawah tekanan selektif karena
alasan lain. Sekarang kita dapat membalikkan perhitungan tingkat divergensi untuk
memperkirakan waktu sejak gen dalam satu spesies terpisah. Perbedaan antara gen
manusia dan gen adalah 3,7% untuk situs pengganti. Pada sebuah UEP dari 10,4, gen ini
pasti menyimpang 10,4 x 3,7 = 40 juta tahun yang lalu - sekitar waktu pemisahan garis yang
mengarah ke monyet Dunia Baru, monyet dunia lama, kera besar, dan manusia. Semua
primata yang lebih tinggi ini memiliki gen ~ dan <> gen, yang menunjukkan bahwa
divergensi gen dimulai tepat sebelum titik ini dalam evolusi. Melanjutkan lebih jauh ke
belakang, perbedaan antara situs pengganti gen "{dan adalah 10%, yang sesuai dengan
waktu pemisahan -100 juta tahun yang lalu. Pemisahan antara gen globin embrio dan janin
oleh karena itu mungkin baru saja mendahului atau menemani mamalia. radiasi. Pohon
evolusioner untuk gen globin manusia dibangun dalam GAMBAR 6.10. Fitur yang berevolusi
sebelum radiasi mamalia - seperti pemisahan dari "{- harus ditemukan di semua mamalia.
Fitur yang berkembang sesudahnya - seperti pemisahan gen ~ dan - globin - harus
ditemukan di bidang individu mamalia. Pada masing-masing spesies, terjadi perubahan
struktur kluster yang relatif baru. Kita mengetahui hal ini karena kita melihat perbedaan
bilangan gen (satu dewasa ~ -globingene pada manusia, dua pada tikus) atau tipe (paling
sering mengenai apakah ada gen embrio dan janin yang terpisah). Ketika data yang cukup
dikumpulkan pada urutan gen tertentu, argumen dapat dibalik, dan perbandingan antara gen
pada spesies yang berbeda dapat digunakan untuk menilai hubungan taksonomi.

Tingkat Netral
Pergantian bisa
Diukur dari
Divergensi berulang
Urutan
Konsep kunci
Tingkat substitusi per tahun di lokasi netral adalah
lebih besar di mouse daripada di genom manusia

Kita dapat membuat estimasi terbaik dari tingkat substitusi di lokasi netral dengan
memeriksa urutan yang tidak kode untuk protein. (Kami menggunakan istilah netral di sini
daripada diam, karena tidak ada potensi pengkodean). Perbandingan informatif dapat
dilakukan dengan membandingkan anggota keluarga berulang yang umum dalam genom
manusia dan tikus. Prinsip analisis dirangkum dalam GAMBAR 6.11. Kami memulai dengan
keluarga dari rangkaian terkait yang telah berevolusi dengan duplikasi dan penggantian dari
anggota keluarga asli. Kita berasumsi bahwa urutan leluhur yang sama dapat disimpulkan
dengan mengambil basis yang paling umum pada setiap posisi. Kemudian kita dapat
menghitung divergensi masing-masing anggota keluarga sebagai proporsi basa yang
berbeda dari urutan leluhur yang disimpulkan. Dalam contoh ini, masing-masing anggota
bervariasi dari 0,13 sampai 0,18 divergensi dan rata-rata adalah 0,16. Satu keluarga yang
digunakan untuk analisis ini dalam genom manusia dan tikus berasal dari urutan yang
dianggap tidak lagi aktif pada saat terjadi perbedaan antara manusia dan hewan pengerat
(keluarga LINES; lihat Bagian 22.9, Retroposon Jatuh ke Tiga Kelas ). Ini berarti bahwa
telah divergen tanpa tekanan selektif untuk jangka waktu yang sama pada kedua spesies.
Perbedaan rata-ratanya pada manusia adalah -0,17 substitusi per situs, sesuai dengan
tingkat substitusi 2,2 x 10-9 per basis per tahun selama 75 juta tahun sejak pemisahan.
Dalam genom tikus, bagaimanapun, substitusi netral telah terjadi dua kali lipat tingkat ini,
sesuai dengan substitusi 0,34 per lokasi dalam keluarga, atau tingkat 4,5 x 10-9. Namun,
perlu dicatat bahwa jika kita menghitung tingkat per generasi dan bukan per tahun, itu akan
lebih besar daripada manusia daripada tikus (-2,2 x 10-8 berlawanan dengan -10-9).

Angka-angka ini mungkin meremehkan tingkat substitusi pada tikus; Pada saat divergensi,
tingkat pada kedua spesies akan sama, dan perbedaannya pasti berevolusi sejak saat itu.
Tingkat substitusi netral per tahun saat ini pada mouse mungkin 2-3x lebih besar dari rata-
rata historis. Tingkat ini mencerminkan keseimbangan antara terjadinya mutasi dan
kemampuan sistem genetik organisme untuk memperbaikinya. Perbedaan antara spesies
menunjukkan bahwa masing-masing spesies memiliki sistem yang beroperasi dengan
efisiensi karakteristik. Membandingkan genom tikus dan manusia memungkinkan kita untuk
menilai apakah urutan syntenic (sesuai) menunjukkan tanda-tanda konservasi atau telah
berbeda pada tingkat yang diharapkan dari akumulasi substitusi netral. Proporsi situs yang
menunjukkan tanda-tanda seleksi adalah -5%. Ini jauh lebih tinggi daripada proporsi yang
mengkode protein atau RNA (-1%). Ini menyiratkan bahwa genom mencakup lebih banyak
peregangan yang urutannya penting untuk fungsi noncoding daripada fungsi pengkodean.
Unsur peraturan yang diketahui cenderung terdiri dari sebagian kecil dari proporsi ini. Angka
ini juga menunjukkan bahwa sebagian besar (yaitu, sisanya) urutan genom tidak memiliki
fungsi yang bergantung pada urutan yang tepat.

Pseudogenes Mati Akhir Evolusi

Konsep kunci
 Pseudogen tidak memiliki fungsi codi ng, namun dapat dikenali dengan urutan kemiripan dengan gen
fungsional yang ada. Mereka timbul dengan akumulasi mutasi pada gen fungsional (sebelumnya).

Pseudogen ('l') didefinisikan oleh urutan mereka yang terkait dengan gen fungsional, tapi itu
tidak dapat diterjemahkan ke dalam protein fungsional. Beberapa pseudogen memiliki
struktur umum yang sama dengan gen fungsional, dengan urutan yang sesuai dengan
ekson dan intron di lokasi yang biasa. Mereka mungkin telah dianggap tidak aktif oleh
mutasi yang mencegah setiap atau semua tahap ekspresi gen. Perubahan tersebut dapat
berupa penghapusan sinyal untuk memulai transkripsi, mencegah penyambungan pada
sambungan exon-intron, atau terjemahan prematur berakhir. Biasanya pseudogene memiliki
beberapa mutasi yang merusak. Agaknya setelah berhenti aktif, tidak ada halangan untuk
mengakumulasi mutasi lebih lanjut. Pseudogen yang mewakili versi aktif dari gen aktif saat
ini telah ditemukan di banyak sistem, termasuk globin, imunoglobulin, dan antigen
histokompatibilitas, di mana mereka berada di sekitar cluster gen, sering diselingi dengan
gen aktif.

Contoh tipikal adalah kelinci pseudogene, 'l' ~ 2, yang memiliki organisasi ekson dan intron
yang biasa dan paling terkait dengan gen globin fungsional ~ l. Kelinci pseudogene tidak
fungsional. GAMBAR 6.12 merangkum banyak perubahan yang terjadi pada pseudogene.
Penghapusan pasangan dasar pada kodon 20 'l' ~ 2 telah menyebabkan framehift yang
akan menyebabkan penghentian segera setelahnya. Beberapa mutasi titik telah berubah
kemudian kodon yang mewakili asam amino yang sangat dilestarikan di dalam ~ globin. Tak
satu pun dari dua intron ini lagi memiliki batas yang dapat dikenali dengan ekson, jadi
mungkin intron tidak dapat disambung bahkan jika gen itu ditranskripsikan. Namun, tidak
ada transkrip yang sesuai dengan gen, mungkin karena telah terjadi perubahan pada
daerah mengapit 5 '. Daftar cacat ini mencakup mutasi yang berpotensi mencegah setiap
tahap ekspresi gen, sehingga kita tidak memiliki alat untuk mengetahui kejadian mana yang
awalnya menonaktifkan gen ini. Jika kita mengukur divergensi antara gen pseudogene dan
gen fungsional, kita dapat memperkirakan kapan pseudogene terbentuk dan kapan
mutasinya mulai terakumulasi. Jika pseudogene menjadi tidak aktif begitu dihasilkan oleh
duplikasi, kita harus mengharapkan kedua lokasi pengganti dan tingkat divergensi situs diam
sama. (Mereka akan berbeda hanya jika gen diterjemahkan untuk menciptakan tekanan
selektif pada situs pengganti.) Sebenarnya, penggantian substitusi situs lebih sedikit
daripada substitusi situs diam. Hal ini menunjukkan bahwa pada awalnya (sementara
gennya dinyatakan) ada seleksi terhadap penggantian substitusi situs. Dari luapan substitusi
relatif di dua jenis situs, kita dapat menghitung bahwa '1' 2 yang menyimpang dari ~ 1-55
juta tahun yang lalu, tetap menjadi gen fungsional selama 22 juta tahun, namun telah
menjadi pseudogene untuk yang terakhir. juta tahun.

Perhitungan serupa bisa dilakukan untuk pseudogen lainnya. Beberapa tampaknya telah aktif untuk beberapa
waktu sebelum menjadi pseudogen; yang lain tampaknya tidak aktif sejak zaman aslinya. Poin umum yang
dibuat oleh struktur pseudogen ini adalah bahwa masing-masing telah berevolusi secara independen selama
pengembangan cluster gen globin di setiap spesies. Ini memperkuat kesimpulan bahwa penciptaan gen baru
yang diikuti oleh penerimaan mereka sebagai duplikat fungsional, variasi menjadi gen fungsional baru, atau
inaktivasi sebagai pseudogen - berlanjut
proses dalam gen cluster Kebanyakan keluarga gen memiliki anggota yang pseudogen.
Biasanya pseudogen mewakili minoritas kecil dari jumlah gen total. Gen tikus ' a3-g10bin
memiliki properti yang menarik: justru tidak memiliki kedua intron. Urutannya dapat
diselaraskan (memungkinkan untuk akumulasi mutasi) dengan mRNA a-globin. Waktu
inaktivasi yang jelas bersamaan dengan duplikasi asli, yang menunjukkan bahwa kejadian
inaktivasi asli dikaitkan dengan hilangnya intron. Urutan genom tidak aktif yang menyerupai
transkrip RNA disebut pseudogen diproses. Setelah peristiwa retrotransposisi, pseudogen
diproses berasal dari penyisipan di beberapa situs acak produk yang berasal dari RNA,
seperti yang dibahas pada Bab 22, Retrovirus dan Retroposon. Ciri khas mereka dirangkum
dalam Gambar 22.19. Jika pseudogen adalah jalan keluar yang evolusioner - hanya iringan
yang tidak diinginkan untuk penataan kembali gen fungsional - mengapa masih ada dalam
genom? Apakah mereka memenuhi fungsi apa pun atau seluruhnya tanpa tujuan, dalam hal
mana seharusnya tidak ada tekanan selektif untuk mempertahankannya?

Kita harus ingat bahwa kita melihat gen-gen yang bertahan pada populasi sekarang. Di
masa lalu, sejumlah pseudogen lainnya mungkin telah dieliminasi. Penghapusan ini bisa
terjadi dengan menghapus urutan sebagai kejadian mendadak atau dengan pertambahan
mutasi ke titik di mana pseudogene tidak dapat lagi dikenali sebagai anggota keluarga
urutan aslinya (mungkin nasib akhir dari setiap pseudogene yang tidak tiba-tiba dieliminasi).
Bahkan relik evolusi pun bisa diduplikasi. Dalam gen ~ -lobin kambing, ada tiga spesies
dewasa: ~ A, ~ B, dan ~ C (lihat Gambar 6.7). Masing-masing memiliki pseudogene
beberapa kilobus di bagian hulu. Pseudogen lebih baik berhubungan satu sama lain
daripada gen ~ -globin dewasa; khususnya, mereka berbagi beberapa mutasi yang tidak
aktif. Selain itu, gen ~ -globin dewasa lebih baik berhubungan satu sama lain daripada
pseudogen. Ini menyiratkan bahwa struktur ' 13-- ~ asli itu sendiri diduplikasi, memberikan
gen fungsional (yang menyimpang lebih jauh) dan dua gen nonfungsional (yang
menyimpang ke dalam pseudogen saat ini). Mekanisme yang bertanggung jawab untuk
duplikasi gen, penghapusan, dan penataan ulang tindakan pada semua urutan yang diakui
sebagai anggota cluster, apakah

atau tidak, mereka fungsional. Dibiarkan seleksi untuk membedakan produk.

Menurut definisi, pseudogen tidak memasukkan protein, dan biasanya tidak berfungsi sama sekali. Setidaknya
dalam satu kasus yang luar biasa, seekor pseudogene memiliki fungsi pengaturan. Transkripsi pseudogene
menghambat degradasi mRNA yang dihasilkan oleh gen aktif homolognya. Kemungkinan besar ada protein
yang bertanggung jawab atas degradasi ini yang mengikat urutan tertentu dalam mRNA. Jika urutan ini juga ada
dalam RNA yang ditranskripsi dari pseudogene, efek proteinnya! diencerkan saat pseudogene ditranskripsikan.
Tidak jelas seberapa umum efek semacam itu, tapi sebagai aturan umum, kita mungkin mengharapkan efek
pengenceran jenis ini dimungkinkan kapan pun pseudogen ditranskripsikan.

Penyimpangan yang Tidak Sama Rearranges Gene Cluster Konsep kunci Ketika sebuah
genom mengandung sekelompok gen dengan urutan terkait, mispairing antara nonallelic
gen bisa menyebabkan persimpangan yang tidak setara. Ini menghasilkan penghapusan
satu rekombinan kromosom dan duplikasi yang sesuai di yang lain. Thalassemia yang
berbeda disebabkan oleh berbagai macam penghapusan yang menghilangkan gen a ~ ~
~globin. Itu Tingkat keparahan penyakit tergantung pada individu penghapusan.
Ada seringnya kesempatan untuk penataan ulang dalam kumpulan gen terkait atau identik. Kita dapat melihat
hasilnya dengan membandingkan kelompok mammaHan ~ yang termasuk dalam Gambar 6.7. Meskipun kluster
melayani fungsi yang sama, dan semua memiliki organisasi umum yang sama, masing-masing berbeda
ukurannya, ada variasi jumlah dan jenis gen ~ -lobin, dan jumlah dan struktur pseudogen berbeda. Semua
perubahan ini pasti terjadi sejak radiasi mamalia -85 juta tahun yang lalu (titik terakhir evolusi sama dengan
semua mamalia).
Perbandingan tersebut membuat titik umum bahwa duplikasi gen, penataan ulang, dan variasi sama pentingnya
sebagai faktor dalam evolusi sebagai akumulasi mutasi titik lambat pada gen individu. Jenis mekanisme apa
yang bertanggung jawab untuk reorganisasi gen?
Seperti yang dijelaskan dalam pendahuluan bab ini, persimpangan yang tidak setara dapat terjadi sebagai
hasilnya

dari pasangan antara dua situs yang tidak homolog. Biasanya, rekombinasi melibatkan
urutan DNA yang sesuai yang dilakukan dengan tepat antara dua kromosom homolog.
Namun, bila ada dua salinan gen pada setiap kromosom, sesekali misalignment
memungkinkan pasangan di antara keduanya. (Ini memerlukan beberapa wilayah yang
berdekatan untuk tidak berpasangan). Hal ini dapat terjadi di wilayah pengulangan singkat
(lihat Gambar 6.3) atau dalam kelompok gen. GAMBAR 6 13 menunjukkan bahwa
persimpangan yang tidak sama dalam kelompok gen dapat memiliki dua
konsekuensiquantitatif dan kualitatif: Jumlah pengulangan meningkat dalam satu
kromosom dan menurun di sisi lainnya. Akibatnya, satu kromosom rekombinan memiliki
delesi dan yang lainnya memiliki penyisipan. Hal ini terjadi terlepas dari lokasi sebenarnya
dari crossover. Pada gambar tersebut, rekombinan pertama mengalami peningkatan jumlah
salinan gen dari dua menjadi tiga, sedangkan yang kedua mengalami penurunan dua
banding satu.

Jika peristiwa rekombinasi terjadi di dalam gen (berlawanan dengan gen), hasilnya
bergantung pada apakah gen rekombinasi identik atau hanya terkait. Jika gen yang tidak
sesuai satu dan dua sama sekali homolog, tidak ada perubahan urutan gen keduanya.
Namun, persimpangan yang tidak sama juga dapat terjadi bila gen yang berdekatan terkait
dengan baik (walaupun probabilitasnya kurang dari saat keduanya identik). Dalam kasus ini,
masing-masing gen rekombinan memiliki urutan yang berbeda dari kedua induknya. Apakah
kromosom memiliki keunggulan selektif atau merugikan akan tergantung pada konsekuensi
dari setiap perubahan urutan produk gen, serta pada perubahan jumlah salinan gen.
Hambatan terhadap persimpangan yang tidak sama dipaparkan oleh struktur gen yang
terganggu. Dalam kasus seperti globin, eksot yang sesuai dari salinan gen yang berdekatan
kemungkinan akan cukup terkait untuk mendukung pasangan; Namun, urutan intron telah
menyimpang lumayan. Pembatasan pasangan ke ekson sangat mengurangi panjang
kontinu DNA yang dapat dilibatkan. Hal ini menurunkan kemungkinan terjadinya
persimpangan yang tidak setara. Jadi perbedaan antara intron dapat meningkatkan stabilitas
cluster gen dengan menghambat terjadinya persimpangan yang tidak setara.

Thalassaemia berasal dari mutasi yang mengurangi atau mencegah sintesis dari suatu
globin atau. Terjadinya persimpangan yang tidak sama dalam kelompok gen globin manusia
diungkapkan oleh sifat thalassemia tertentu. Banyak hasil thalassemia yang paling parah
akibat penghapusan sebagian cluster. Setidaknya dalam beberapa kasus, akhir dari
penghapusan terletak di daerah yang homolog, itulah yang diharapkan jika dihasilkan oleh
persimpangan yang tidak setara. GAMBAR 6.14 merangkum penghapusan yang
menyebabkan a-thalassemia. Penghapusan a-thal-l panjang, bervariasi di lokasi ujung kiri,
dengan posisi ujung kanan berada di luar gen yang diketahui. Mereka menghilangkan kedua
gen tersebut. Penghapusan a-thal-2 singkat dan hanya menghilangkan satu dari dua gen.
Penghapusan L menghapus 4,2 kb DNA, termasuk gen a2. Mungkin hasil dari
penyeberangan yang tidak sama, karena ujung-ujungnya terbengkalai di daerah homolog,
tepat di sebelah kanan gen 'l'a dan a2. Hasil penghapusan R

dari penghapusan persis 3.7 kb DNA, jarak yang tepat antara gen al dan a2. Tampaknya
telah dihasilkan oleh persimpangan yang tidak setara antara gen al dan a2 sendiri. Inilah
situasi yang digambarkan pada Gambar 6.13. Bergantung pada kombinasi diploid
kromosom thalassemic, individu yang terkena mungkin memiliki sejumlah rantai dari nol
sampai tiga. Ada sedikit perbedaan dari jenis liar (empat gen) pada individu dengan tiga
atau dua gen. Jika seseorang hanya memiliki satu gen, rantai kelebihan itu membentuk
tetramer yang tidak biasa ~ 4, yang menyebabkan penyakit HHH (hemoglobin H). Tidak
adanya gen yang lengkap menghasilkan hidrops fetalis, yang fatal pada atau sebelum
kelahiran. Persimpangan yang sama yang tidak sama yang menghasilkan kromosom
thalassemic juga telah menghasilkan kromosom dengan tiga gen. Individu dengan
kromosom semacam itu telah diidentifikasi pada beberapa populasi. Pada beberapa
populasi, frekuensi triple lokus hampir sama dengan lokus tunggal; Di lain, triple gen kurang
umum daripada satu gen. Ini menunjukkan bahwa faktor selektif (tidak diketahui) beroperasi
pada populasi yang berbeda untuk menyesuaikan tingkat gen. Variasi jumlah gen ditemukan
relatif sering, yang berpendapat bahwa persimpangan yang tidak sama di dalam cluster
harus cukup umum. Ini terjadi lebih sering di cluster daripada di cluster, mungkin karena
intron dalam gen jauh lebih pendek dan oleh karena itu kurang menghambat penghinaan
antara gen nonomolog

Penghapusan yang menyebabkan ~ - talasemia dirangkum dalam GAMBAR 6.15. Dalam

beberapa kasus (jarang), hanya gen yang terpengaruh. Ini memiliki penghapusan 600 bp,
membentang dari intron kedua melalui 3 'area yang mengapit. Dalam kasus lain, lebih dari
satu gen cluster terpengaruh. Banyak dari deletions sangat panjang, membentang dari
ujung 5 'yang ditunjukkan pada peta untuk> 50 kb ke arah kanan. Tipe Lepore Hb
memberikan bukti klasik bahwa penghapusan dapat terjadi akibat persimpangan yang tidak
sama antara gen terkait. Gen ~ dan b hanya berbeda -7% secara berurutan. Rekombinasi
yang tidak sama menghapus materi di antara gen, sehingga menggabungkannya bersama-
sama (lihat Gambar 6.13). Gen yang menyatu menghasilkan rantai ~ seperti tunggal yang
terdiri dari rangkaian N-terminal yang digabungkan ke urutan terminal C ~. Beberapa jenis
Hb Lepore sekarang diketahui, perbedaan antara keduanya tergeletak di titik

transisi dari 8 ke ~ urutan. Jadi ketika 8 dan ~ gen berpasangan untuk persimpangan yang
tidak sama, titik rekombinasi yang tepat menentukan posisi di mana peralihan dari b ke ~
urutan terjadi dalam rantai asam amino. Timbal balik peristiwa ini telah ditemukan dalam
bentuk Hb anti-Lepore, yang diproduksi oleh gen yang memiliki bagian terminal-N dari ~ dan
bagian terminal C dari b. Gen fusi terletak di antara gen b dan ~ normal. Bukti bahwa
persilangan yang tidak sama dapat terjadi antara gen yang berhubungan jauh lebih jauh
diberikan oleh identifikasi Hb Kenya, hemoglobin lain yang menyatu. Ini berisi

N-terminal urutan rangkaian Aygene dan Cterminal gen ~. Fusi harus dihasilkan dari
persimpangan yang tidak sama antara Ay dan ~, yang berbeda -20% secara berurutan. Dari
perbedaan antara gugus gen globin dari berbagai mamalia, kita melihat bahwa duplikasi
diikuti (kadang-kadang) oleh variasi telah menjadi fitur penting dalam evolusi setiap cluster.
Penghapusan thalassemic manusia menunjukkan bahwa persimpangan yang tidak setara
terus terjadi pada kedua gugus gen globin. Setiap peristiwa tersebut menghasilkan duplikasi
dan juga penghapusannya, dan kita harus memperhitungkan nasib kedua lokus rekombinan
dalam populasi. Penghapusan juga dapat terjadi (pada prinsipnya) dengan rekombinasi
antara urutan homolog yang berada pada kromosom yang sama. Ini tidak menghasilkan
duplikasi yang jelas. Sulit memperkirakan frekuensi alami kejadian ini, karena kekuatan
selektif dengan cepat menyesuaikan tingkat kelompok varian dalam populasi. Umumnya
kontraksi pada bilangan gen kemungkinan akan merugikan dan dipilih. Namun, pada
beberapa populasi, mungkin ada keuntungan menyeimbangkan yang mempertahankan
bentuk yang dihapus pada frekuensi rendah. Struktur dari kelompok manusia saat ini
menunjukkan beberapa duplikasi yang membuktikan pentingnya mekanisme semacam itu.
Urutan fungsional meliputi dua a. gen mengkode protein yang sama, gen yang cukup terkait
~ dan 0, dan dua gen y yang hampir sama. Duplikasi independen yang relatif baru ini
bertahan dalam populasi, belum lagi duplikasi yang lebih jauh yang pada awalnya
menghasilkan berbagai jenis gen globin. Duplikasi lainnya mungkin telah menimbulkan
pseudogen atau telah hilang. Kami berharap duplikasi dan penghapusan berlanjut menjadi
ciri semua kelompok gen

Gen untuk rRNA Form Tandem Repeat

Konsep kunci

Ribosomal RNA dikodekan oleh sejumlah besar gen identik yang diulang ulang untuk membentuk satu atau
beberapa kelompok.

Setiap cluster rDNA disusun sedemikian rupa sehingga unit transkripsi memberikan prekursor sendi ke rRNA
utama secara bergantian dengan spacer yang tidak ditranskripsi.

Dalam kasus yang telah kita bahas sejauh ini, ada perbedaan antara anggota individu dari
kelompok gen yang memungkinkan tekanan selektif untuk bertindak secara independen
terhadap setiap gen. Kontras diberikan oleh dua kasus kelompok gen besar yang
mengandung banyak salinan identik dari gen atau gen yang sama. Kebanyakan organisme
mengandung banyak salinan gen untuk protein histone yang merupakan komponen utama
kromosom, dan hampir selalu ada banyak salinan gen yang menjadi kode RNA ribosom.
Situasi ini menimbulkan beberapa pertanyaan evolusioner yang menarik. _ Ribosomal RI A
adalah produk utama transkripsi, membentuk sekitar 80% -90% dari total massa RNA
seluler baik pada eukariota dan prokariota. Jumlah gen rRNA utama bervariasi dari tujuh inci
E. coli, 100 sampai 200 pada eukariota rendah, sampai beberapa ratus pada eukariota yang
lebih tinggi. Gen untuk rRNA besar dan kecil (ditemukan di subunit besar dan kecil ribosom,
masing-masing) biasanya membentuk pasangan tandem. (Satu-satunya pengecualian
adalah mitokondria ragi.)
Tidak adanya variasi yang terdeteksi dalam urutan molekul rRNA menyiratkan bahwa semua
salinan setiap gen harus identik, atau setidaknya harus memiliki perbedaan di bawah tingkat
deteksi pada rRNA (-1%). Titik perhatian utama adalah mekanisme apa yang digunakan
untuk mencegah variasi dari perolehan dalam urutan individu. Pada bakteri, beberapa
pasangan Rene Agene terdispersi. Pada kebanyakan nuklei eukariotik, gen rR A terkandung
dalam cluster atau cluster tandem. Terkadang daerah ini disebut rDNA. (Dalam beberapa
kasus, proporsi rDNA dalam total DNA, bersama dengan komposisi dasarnya yang atipikal,
cukup besar untuk memungkinkan isolasinya sebagai pecahan terpisah langsung dari DNA
genom yang dicukur.) Gambaran diagnostik penting dari cluster tandem adalah bahwa hal
itu menghasilkan peta pembatasan melingkar, seperti yang ditunjukkan pada P Misalkan
setiap unit rekam memiliki tiga tempat restriksi. Ketika kita memetakan fragmen-fragmen ini
dengan cara konvensional, kita menemukan bahwa A berada di sebelah B, yang berada di
sebelah C, yang berada di sebelah A, menghasilkan peta melingkar. Jika clusternya besar,
fragmen internal (A, B, dan C) akan hadir dalam jumlah yang jauh lebih besar daripada
fragmen terminal (X dan V), yang menghubungkan cluster ke DNA yang berdekatan. Dalam
kelompok 100 ulangan, Xand Ywould hadir pada 1% tingkat A, B, dan C. Hal ini dapat
menyulitkan untuk mendapatkan ujung cluster gen untuk tujuan pemetaan. Daerah nukleus
dimana sintesis rRNA terjadi memiliki ciri khas,

dengan inti fibrillar yang dikelilingi oleh korteks granular. Inti fibrillar adalah tempat rRNA
ditranskripsikan dari tempelan DNA, dan korteks granular dibentuk oleh partikel
ribonukleoprotein dimana rRNA dirakit. Seluruh daerah itu disebut nukleolus. Morfologi
karakteristiknya terlihat pada Gambar 6.17. Daerah kromosom tertentu yang terkait dengan
nukleolus disebut penyelenggara nukleolar. Setiap penyelenggara nukleolar sesuai dengan
sekelompok gen rRNA yang diulang tandem pada satu kromosom. Konsentrasi gen rRNA
yang diulang ulang secara bersamaan, bersamaan dengan transkripsi mereka yang sangat
intensif, bertanggung jawab untuk menciptakan morfologi karakteristik nukleoli.

Pasangan rRNA utama ditranskripsikan sebagai prekursor tunggal di kedua bakteri dan
nukleotida eukariotik. Setelah transkripsi, precurFIGURE 6.17 Inti nukleoLar mengidentifikasi
rDNA di bawah Sor dibelah untuk melepaskan transkripsi rRNA individu, dan korteks
granuLar di sekitarnya terdiri dari merakit subunit ribosomaL. Bagian tipis ini menunjukkan
molekul. Unit transkripsi terpendek di inti dari newt Notopthalmus viridescens. Foto bakteri
dan terpanjang pada mamalia (di mana tempatnya milik Oscar MiLLer. dikenal sebagai 455
RNA, sesuai dengan tingkat sedimentasinya). Sebuah cluster rDNA berisi banyak unit
transkripsi, masing-masing terpisah dari yang berikutnya oleh spacer yang tidak
ditransmisikan. The alterexpressed, sehingga banyak polimerase RNA adalah bangsa dari
unit transkripsi dan tidak terikat secara serentak terlibat dalam transkripsi pada satu spacer
dapat dilihat langsung pada unit microrepeating elektron. Polimerase sangat erat grafiknya.
Contoh yang ditunjukkan dalam Gambar 6.18 dikemas bahwa transkrip RNA membentuk
grafik dari newt Notopthalmus viridescens, dalam matriks akustik yang meningkatkan
panjangnya setiap unit transkripsi secara intensif di sepanjang unit transkripsi.

Pasangan rRNA utama ditranskripsikan sebagai prekursor tunggal di kedua bakteri dan
nukleotida eukariotik. Setelah transkripsi, precurFIGURE 6.17 Inti nukleoLar Attractive rDNA
di bawah Sor dibelah untuk melepaskan transkripsi rRNA individu, dan korteks granuLar di
sekitarnya terdiri dari merakit subunit ribosomaL. Bagian tipis ini menunjukkan molekul. Unit
transkripsi terpendek di inti dari newt Notopthalmus viridescens. Foto bakteri dan terpanjang
pada mamalia (di mana tempatnya milik Oscar MiLLer dikenal sebagai 455 RNA, sesuai
dengan tingkat sedimentasinya). Sebuah cluster rDNA berisi banyak unit transkripsi,
masing-masing yang terpisah dari yang berikutnya oleh spacer yang tidak ditransmisikan.
RNA yang mudah berubah, jadi banyak polimerase RNA adalah bangsa dari unit transkripsi
dan tidak terikat secara langsung pada unit microrepeating elektron. Polimerase sangat erat
grafiknya. Contoh yang dalam tampilan 6.18 dikemas dengan transkrip RNA membentuk
grafik dari newt Notopthalmus viridescens, dalam matriks akustik yang meningkatkan
panjangnya setiap satuan transkripsi secara intensif di seluruh unit transkripsi.

Spacer yang tidak ditransmisikan sangat bervariasi antara dan (kadang-kadang) di dalam
spesies. Pada ragi ada spacer nontranscribed pendek yang panjangnya relatif konstan. Di
D. melanogaster hampir ada variasi dua kali lipat dari panjang spacer yang tidak ditransisi
antara salinan unit pengulangan yang berbeda. Situasi serupa terlihat di X. laevis. Dalam
masing-masing kasus ini, semua unit berulang hadir sebagai cluster tandem tunggal pada
satu kromosom tertentu. (Dalam contoh D. melanogaster, ini terjadi pada kromosom seks.
Kluster pada kromosom X lebih besar dari pada kromosom Y, jadi lalat betina memiliki lebih
banyak salinan gen rRNA daripada lalat jantan.) Pada mamalia, unit pengulangan jauh lebih
besar, terdiri dari unit transkripsi -13 kb dan spacer yang tidak tertranskripsikan -30 kb.
Biasanya, gen terletak pada beberapa kelompok yang terdispersi - dalam kasus manusia
dan tikus, kelompok tersebut berada pada lima dan enam kromosom. Pertanyaan yang
menarik (tapi tidak terjawab) adalah bagaimana mekanisme korektif yang mungkin berfungsi
dalam satu cluster untuk memastikan keteguhan urutan rRNA dapat bekerja bila ada
beberapa kelompok. Variasi panjang spacer yang tidak ditentukan dalam satu cluster gen
berbeda dengan konservasi urutan unit transkripsi. Terlepas dari variasi ini, sekuen spacer
yang tidak terjelaskan lagi tetap homolog dengan spacer pendepitan yang lebih pendek. Ini
berarti bahwa setiap spacer yang tidak ditranskripsikan secara internal berulang, sehingga
variasi panjangnya disebabkan oleh perubahan jumlah pengulangan beberapa subunit.

Sifat umum spacer yang tidak ditranskripsi diilustrasikan dengan contoh X. laevis. GAMBAR
6.19 menggambarkan situasinya. Kawasan yang diperbaiki panjangnya bergantian dengan
daerah yang bervariasi. Masing-masing dari ketiga wilayah repetitif tersebut terdiri dari
sejumlah pengulangan dari urutan yang agak pendek. Salah satu jenis wilayah berulang
telah mengulangi urutan 97 bp; Yang lain, yang terjadi di dua lokasi, memiliki unit berulang
yang ditemukan dalam dua bentuk, 60 bp dan 81 bp panjang. Variasi jumlah unit berulang di
wilayah yang berulang menyumbang variasi panjang spacer secara keseluruhan. Daerah
yang berulang-ulang dipisahkan oleh rangkaian konstan yang lebih pendek yang disebut
pulau Bam. (Deskripsi ini mengambil namanya dari isolasi mereka melalui penggunaan
enzim restriksi BamHI.) Dari jenis organisasi ini, kita melihat bahwa cluster tersebut telah
berkembang dengan duplikasi yang melibatkan wilayah promotor. Kita perlu menjelaskan
kurangnya variasi dalam salinan gen yang diulang. Satu model akan menduga bahwa ada
permintaan kuantitatif untuk sejumlah urutan "baik". Akan tetapi, ini memungkinkan urutan
mutasi menumpuk sampai suatu titik di mana proporsi cluster mereka cukup besar untuk
tekanan selektif yang akan diberikan. Kita dapat mengecualikan model seperti itu karena
kurangnya variasi dalam cluster tersebut.

Kurangnya variasi menyiratkan adanya tekanan selektif dalam beberapa bentuk yang
sensitif terhadap variasi individu. Satu model akan menduga bahwa keseluruhan cluster
diregenerasi secara berkala dari satu atau beberapa anggota saja. Sebagai masalah praktis,
mekanisme apapun perlu melibatkan regenerasi setiap generasi. Kita dapat mengecualikan
model seperti itu karena cluster yang diregenerasi tidak akan menunjukkan variasi di daerah
yang tidak diterjemahkan dari pengulangan individu. Kita ditinggalkan dengan dilema.
Variasi di daerah yang tidak diterjemahkan menunjukkan bahwa sering terjadi persimpangan
yang tidak setara. Ini akan mengubah ukuran cluster, namun tidak akan mengubah sifat
pengulangan individual. Lalu bagaimana mutasi dicegah dari akumulasi? Kita akan melihat
di bagian selanjutnya bahwa kontraksi dan perluasan cluster yang kontinyu dapat
menyediakan mekanisme untuk menghomogenisasi fotokopinya.

Crossover Fixation Bisa Pertahankan Identik Berulang Konsep kunci Perubahan

persimpangan yang tidak sama ukuran cluster mengulangi tandem. Unit pengulangan
individu dapat dieliminasi atau bisa menyebar melalui cluster. Masalah yang sama ditemui
setiap kali gen telah diduplikasi. Bagaimana pemilihan bisa dilakukan untuk mencegah
akumulasi mutasi yang merugikan? Duplikasi gen cenderung menghasilkan relaksasi
langsung dari tekanan evolusioner pada urutannya. Sekarang ada dua salinan identik,
perubahan urutan salah satu tidak akan menghilangkan organisme protein fungsional,
karena urutan asam amino asli terus dikodekan oleh salinan lainnya. Kemudian tekanan
selektif pada kedua gen itu menyebar, sampai salah satu dari mereka bermutasi cukup jauh
dari fungsinya semula untuk memfokuskan kembali semua tekanan selektif pada sisi
lainnya. Segera setelah duplikasi gen, perubahan bisa terakumulasi lebih cepat di salah satu
salinan, yang akhirnya mengarah pada fungsi baru (atau penggunaannya yang tidak
berguna dalam bentuk pseudogene). Jika fungsi baru berkembang, gen kemudian
berkembang pada karakteristik tingkat normal yang lebih lambat dari fungsi aslinya. Mungkin
inilah jenis mekanisme yang bertanggung jawab atas pemisahan

fungsi antara embrio dan gen globin dewasa. Namun ada beberapa kasus di mana gen
duplikat mempertahankan fungsi yang sama, mengkodekan protein identik atau hampir
identik. Protein identik dikodekan oleh dua gen a-globin manusia, dan hanya ada satu
perbedaan asam amino antara dua protein y-globin. Bagaimana tekanan selektif diberikan
untuk mempertahankan identitas urut mereka? Kemungkinan yang paling jelas adalah
bahwa kedua gen tersebut sebenarnya tidak memiliki fungsi yang sama, namun berbeda
pada beberapa properti (tidak terdeteksi), seperti waktu atau tempat ekspresi. Kemungkinan
lain adalah kebutuhan dua salinan bersifat kuantitatif 'karena tidak dengan sendirinya
menghasilkan protein dalam jumlah yang cukup. Namun, dalam kasus pengulangan yang
lebih ekstrem. Tidak mungkin untuk menghindari kesimpulan bahwa tidak ada satu salinan
gen yang penting. Bila ada banyak salinan gen, efek langsung mutasi pada siapa pun harus
sangat sedikit. Konsekuensi mutasi individual diencerkan dengan banyaknya salinan gen
yang mempertahankan urutan tipe liar. Banyak salinan mutan bisa terakumulasi sebelum
efek mematikan dihasilkan. Lethality menjadi kuantitatif, sebuah kesimpulan diperkuat oleh
pengamatan bahwa setengah dari unit cluster rDNA dari X. laevis atau D. melanogaster bisa
terhapus tanpa efek buruk. Jadi, bagaimana unit-unit ini mencegah mutasi mutasi secara
bertahap? Kesempatan apa yang ada untuk mutasi menguntungkan langka untuk
menampilkan kelebihannya di cluster? Prinsip dasar model untuk menjelaskan pemeliharaan
identitas di antara salinan yang diulang adalah dengan menganggap bahwa gen non-paralel
tidak diwariskan secara independen, namun harus terus-menerus diregenerasi dari salah
satu salinan dari generasi sebelumnya. Dalam kasus paling sederhana dari dua gen yang
identik, ketika sebuah mutasi terjadi dalam satu salinan, entah itu secara kebetulan
dihilangkan (karena urutan salinan lainnya mengambil alih), atau disebarkan ke kedua
duplikat (karena salinan mutan menjadi dominan versi). Penyebaran mengekspos mutasi ke
seleksi. Hasilnya adalah kedua gen tersebut berevolusi seolah-olah hanya ada satu lokus.
Ini disebut evolusi kebetulan atau evolusi terpadu (kadang-kadang coevolution). Hal ini
dapat diterapkan pada sepasang gen yang identik atau (dengan asumsi lebih lanjut)
terhadap gugus yang mengandung banyak gen. Salah satu mekanisme mengandaikan
bahwa urutan gen non-paralel secara langsung

dibandingkan satu sama lain dan dihomogenkan oleh enzim yang mengenali perbedaan.
Hal ini dapat dilakukan dengan menukarkan untaian tunggal di antara mereka untuk
membentuk gen, yang salah satunya berasal dari satu salinan, dan satu dari salinan lainnya.
Setiap perbedaan diwahyukan sebagai basis pasangan yang tidak benar, yang menarik
perhatian dari enzim yang mampu mengeluarkan dan mengganti basa, sehingga hanya
pasangan A-T dan G-C yang bertahan. Jenis peristiwa ini disebut konversi gen dan dikaitkan
dengan rekombinasi genetik. Kita harus dapat memastikan cakupan kejadian tersebut
dengan membandingkan urutan gen duplikat. Jika mereka mengalami evolusi bersama, kita
seharusnya tidak melihat akumulasi substitusi situs diam di antara mereka (karena proses
homogenisasi berlaku untuk hal ini dan juga terhadap situs pengganti). Kita tahu bahwa
sejauh mana mekanisme pemeliharaan tidak perlu melampaui gen itu sendiri, karena ada
kasus gen duplikat yang urutan sayapnya sama sekali berbeda. Memang, kita mungkin
melihat batas-batas mendadak yang menandai ujung-ujung rangkaian yang dihomogenisasi.
Kita harus ingat bahwa keberadaan mekanisme semacam itu dapat mematahkan penentuan
sejarah gen tersebut melalui perbedaannya, karena divergensi hanya mencerminkan waktu
sejak peristiwa homogenisasi / regenerasi terakhir. bukan duplikasi aslinya.

Model fiksasi crossover mengandaikan bahwa seluruh cluster tunduk pada penataan ulang yang terus-menerus
oleh mekanisme persimpangan yang tidak setara. Peristiwa semacam itu dapat menjelaskan evolusi bersama
beberapa gen jika penyeberangan yang tidak setara menyebabkan semua salinan diregenerasikan secara fisik
dari satu salinan.
Mengikuti jenis acara yang digambarkan pada Gambar 6.13, misalnya, kromosom yang membawa triple locus
dapat mengalami penghapusan salah satu gen. Dari dua gen yang tersisa, 112 mewakili urutan salah satu salinan
asli; hanya 12 dari urutan salinan asli lainnya yang bertahan. Setiap mutasi di wilayah pertama sekarang ada di
kedua gen dan tunduk pada tekanan selektif.
Pengelompokan Tandem memberi banyak kesempatan untuk "keliru" gen yang urutannya sama, tapi itu berada
pada posisi yang berbeda dalam kelompok mereka. Dengan terus memperluas dan mengontrak jumlah unit
melalui persimpangan yang tidak sama, adalah mungkin bagi semua unit dalam satu cluster berasal dari
sebagian kecil dari mereka yang berada dalam kelompok leluhur. Panjang variabel spacer konsisten dengan
gagasan bahwa persimpangan yang tidak sama

Peristiwa terjadi di spacer yang secara internal salah paham. Ini bisa menjelaskan
homogenitas gen dibandingkan dengan variabilitas spacer. Gen terpapar seleksi saat unit
pengulangan individual diperkuat dalam cluster; Namun, spacer tidak relevan dan dapat
mengumpulkan perubahan. Di daerah DNA yang tidak dapat diulang, rekombinasi terjadi
antara titik pencocokan tepat pada dua kromosom homolog, yang menghasilkan rekombinan
timbal balik. Dasar untuk ketepatan ini adalah kemampuan dua sekuens DNA dupleks untuk
menyelaraskan secara tepat. Kita tahu bahwa rekombinasi yang tidak sama dapat terjadi
bila ada banyak salinan gen yang eksonnya terkait. meskipun urutan mengapit dan
menginterferensi mungkin berbeda. Hal ini terjadi karena adanya keliru antara ekson yang
sesuai pada gen nonorder. Bayangkan berapa banyak misalignment yang lebih sering
terjadi di cluster tandem dari pengulangan identik atau hampir identik. Kecuali di ujung-ujung
cluster, hubungan erat antara pengulangan berturut-turut membuat tidak mungkin bahkan
untuk menentukan pengulangan yang persis sama! Ini memiliki dua konsekuensi: ada
penyesuaian terus menerus dari ukuran cluster; dan ada homogenisasi unit pengulang.

Pertimbangkan urutan yang terdiri dari unit berulang "ab" dengan ujung "x" dan "y." Jika kita
mewakili satu kromosom dalam warna hitam dan warna lainnya, urutan yang tepat antara
urutan "allelic" adalah: xabababababababababababababababy
xabababababababababababababababy Akan tetapi, kemungkinan bagaimanapun, bahwa
setiap urutan ab dalam satu kromosom dapat dipasangkan dengan urutan ab di kromosom
lainnya. Dalam misalignment seperti: xababababababababababababababababy
xababababababababababababababababy daerah pemasangan tidak kalah stabil dibanding
pasangan sejajar sempurna, meski lebih pendek. Kami tidak tahu banyak tentang
bagaimana pemasangan dimulai sebelum rekombinasi, namun sangat mungkin dimulai
antara daerah yang berdekatan dan kemudian menyebar. Jika dimulai dengan DNA satelit,
kemungkinannya lebih besar daripada melibatkan unit pengulangan yang tidak memiliki
lokasi yang sesuai dengan cluster mereka. Sekarang anggaplah bahwa suatu peristiwa
rekombinasi terjadi di dalam wilayah yang tidak merata. Rekombinan akan memiliki jumlah
yang berbeda

unit berulang Dalam satu kasus, cluster menjadi lebih panjang; di sisi lain, ia telah menjadi
lebih pendek, xababababababababababababababababy x ..
xabababababababababababababababy J, xababababababababababababababababababy +
xababababababababababababababy dimana "x" menunjukkan lokasi crossover. Jika jenis
kejadian ini biasa terjadi, kelompok pengulangan tandem akan mengalami ekspansi dan
kontraksi terus-menerus. Hal ini dapat menyebabkan unit pengulangan tertentu menyebar
melalui cluster, seperti yang digambarkan pada GAMBAR 6.20. Misalkan cluster awalnya
terdiri dari sekumpulan abcde,

dimana setiap huruf mewakili unit yang berulang. Unit pengulangan yang berbeda cukup dekat satu sama lain
untuk salah berpartisi untuk rekombinasi. Kemudian oleh serangkaian peristiwa rekombinasi yang tidak sama,
ukuran daerah berulang meningkat atau menurun, dan satu unit menyebar untuk menggantikan yang lainnya.
Model fiksasi crossover memprediksi bahwa setiap rangkaian DNA yang tidak berada di bawah tekanan selektif
akan diambil alih oleh serangkaian pengulangan tandem identik yang dihasilkan dengan cara ini. Asumsi
kritisnya adalah bahwa proses fiksasi crossover cukup cepat dibandingkan dengan mutasi, sehingga mutasi baru
dapat dieliminasi (pengulangannya hilang) atau datang untuk mengambil alih keseluruhan cluster. Dalam kasus
cluster rDNA, tentu saja, faktor selanjutnya dipaksakan oleh pemilihan untuk urutan transkripsi yang efektif.
DNA satelit sering berkeliaran di Heterochromatin Konsep kunci DNA yang sangat
berulang memiliki pengulangan yang sangat singkat urutan dan tidak ada fungsi
pengkodean. Itu terjadi di blok besar yang bisa berbeda properti fisik. Seringkali
merupakan unsur utama sentromerik heteroch romati n. DNA berulang didefinisikan oleh
tingkat renaturasinya yang relatif cepat. Komponen yang renomen paling cepat dalam
genom eukariotik disebut DNA yang sangat berulang dan terdiri dari sekuen yang sangat
pendek yang berulang kali berulang kali dalam kelompok besar. Sebagai hasil dari unit
pengulangan singkatnya, kadang-kadang digambarkan sebagai DNA urutan sederhana.
Komponen jenis ini hadir pada hampir semua genom eukariotik yang lebih tinggi, namun
jumlahnya secara keseluruhan sangat bervariasi. Dalam genom mamalia biasanya <10%,
namun dalam (misalnya) Drosophila virilis, jumlahnya mencapai -50%. Selain kelompok
besar di mana jenis urutan ini awalnya ditemukan, ada kelompok kecil yang diselingi dengan
DNA yang tidak diulang. Ini biasanya terdiri dari sekuens pendek yang diulang dalam salinan
identik atau terkait dalam genom. Pengulangan tandem dari urutan pendek sering
menciptakan pecahan dengan sifat fisik khas yang dapat digunakan untuk mengisolasinya.
Dalam beberapa kasus, urutan berulang memiliki komposisi dasar yang berbeda dari rata-
rata genom, yang memungkinkannya membentuk fraksi terpisah berdasarkan kerapatan
apung yang berbeda. Sebagian kecil dari jenis ini

disebut DNA satelit. Istilah DNA satelit pada dasarnya identik dengan DNA berurutan
sederhana. Konsisten dengan urutan sederhana, DNA ini tidak ditranskripsi atau
diterjemahkan. Urutan berulang yang ditangguhkan secara khusus bertanggung jawab untuk
mengalami misalignments selama pasangan kromosom, dan dengan demikian ukuran
cluster tandem cenderung sangat polimorfik, dengan variasi yang luas antar individu.
Sebenarnya, kelompok yang lebih kecil dari urutan semacam itu dapat digunakan untuk
mengkarakterisasi genom individu dalam teknik "sidik jari DNA" (lihat Bagian 6.14,
Minisatellites Berguna untuk Pemetaan Genetika). Kerapatan DNA dupleks yang apung
bergantung pada kandungan G-C-nya sesuai dengan rumus empiris p = 1.660 + 0.00098 (%
G-C) g-cm-3 Kerapatan apung biasanya ditentukan oleh DNA sentrifugasi melalui gradien
kerapatan CsCl. DNA membentuk sebuah band pada posisi yang sesuai dengan
kerapatannya sendiri. Pecahan DNA yang berbeda dalam kandungan G-C> 5% biasanya
dapat dipisahkan pada gradien kerapatan. Ketika DNA eukariotik disentrifugasi pada gradien
kerapatan, dua jenis bahan dapat dibedakan: Sebagian besar genom membentuk
rangkaian fragmen yang tampak sebagai puncak yang agak luas yang terpusat pada
kerapatan apung yang sesuai dengan kandungan GC rata-rata genom. Ini disebut band
utama. Terkadang puncak yang lebih kecil dari puncak (atau puncak) terlihat pada nilai
yang berbeda. Bahan ini adalah DNA satelit.

Satelit hadir dalam banyak genom eukariotik. Mereka mungkin lebih berat atau ringan
daripada band utama, tapi jarang bagi mereka untuk mewakili> 5% dari total DNA. Contoh
yang jelas disediakan oleh DNA tikus. ditunjukkan dalam GAMBAR 6.21. Grafik adalah
pemindaian kuantitatif dari pita yang terbentuk saat DNA tikus disentrifugasi melalui gradien
kerapatan CsCI. Band utama berisi 92% genom dan berpusat pada kepadatan apung 1,701
g-cm-3 (sesuai dengan rata-rata G-C 42%, khas untuk mamalia). Puncak yang lebih kecil
mewakili 8% genom dan memiliki kerapatan apung yang berbeda antara 1.690 g-cm-3. Ini
berisi DNA satelit tikus, yang kandungan G-C (30%) jauh lebih rendah daripada bagian
genom lainnya. Perilaku DNA satelit pada gradien densitas seringkali anomali. Bila
komposisi dasar satelit ditentukan, berbeda dengan prediksi berdasarkan kerapatan
apungnya. Alasannya adalah bahwa p adalah fungsi bukan hanya komposisi dasar, tapi
konstitusi dalam hal pasangan tetangga terdekat. Untuk urutan sederhana, ini cenderung
menyimpang dari hubungan pairwise acak yang diperlukan untuk mematuhi persamaan
untuk kerapatan apung. Selain itu, DNA satelit dapat dimetilasi, yang mengubah
densitasnya.

Seringkali, sebagian besar DNA genom yang sangat berulang dapat diisolasi dalam bentuk satelit. Ketika
komponen DNA yang sangat berulang tidak terpisah sebagai satelit, pada isolasi sifatnya sering terbukti serupa
dengan DNA satelit. Artinya, DNA yang sangat berulang terdiri dari beberapa pengulangan tandem dengan
sentrifugasi anomali. Bahan yang diisolasi dengan cara ini terkadang disebut sebagai satelit samar. Bersama
satelit samar dan jelas biasanya memperhitungkan semua blok berulang berulang DNA yang sangat berulang.
Ketika sebuah genom memiliki lebih dari satu jenis DNA yang sangat berulang, masing-masing ada di blok
satelitnya sendiri (walaupun terkadang blok yang berbeda berdekatan).
Dimana genom adalah blok DNA yang sangat repetitif? Perpanjangan teknik hibridisasi asam nukleat
memungkinkan lokasi urutan satelit ditentukan secara langsung dalam pelengkap kromosom. Dalam teknik
hibridisasi in situ, DNA kromosom didenaturasi dengan merawat sel-sel yang tergencet pada selubung penutup.
Selanjutnya, larutan yang mengandung probe DNA atau RNA berlabel radioaktif ditambahkan. Probe
dihibridisasi dengan pelengkap genom yang terdenaturasi. Lokasi situs
118

hibridisasi dapat ditentukan dengan autoradiografi (lihat Gambar 28.19). DNA satelit
ditemukan di daerah heterochromatin. Heterochromatin adalah istilah yang digunakan untuk
menggambarkan daerah kromosom yang dilapisi erat secara permanen dan inert, berbeda
dengan euchromatin yang mewakili sebagian besar genom (lihat Bagian 28.7, Chromatin
Terbagi menjadi Euchromatin dan Heterochromatin). Heterochromatin umumnya ditemukan
pada sentromer (daerah dimana kinetochores terbentuk pada mitosis dan meiosis untuk
mengendalikan pergerakan kromosom). Lokasi sentromer DNA satelit menunjukkan bahwa
ia memiliki beberapa fungsi struktural dalam kromosom. Fungsi ini bisa dihubungkan dengan
proses segregasi kromosom. Contoh lokalisasi DNA satelit untuk pelengkap kromosom
mouse ditunjukkan pada Gambar 6.22. Dalam kasus ini, satu ujung dari setiap kromosom
diberi label, karena di sinilah sentromer berada pada kromosom Mus musculus.

Satelit Arthropoda Sudah sangat singkat Mengulang IdenticaL Konsep kunci Unit satelit
DNA arthropoda yang berulang hanya sedikit nukleotida. Sebagian besar salinan urutannya
identik.

homogen. Biasanya, unit pengulangan tunggal yang sangat singkat menyumbang> 90%
satelit. Hal ini membuat relatif mudah untuk menentukan urutannya. Drosophila virilis
memiliki tiga satelit utama dan satelit samar; bersama-sama mereka mewakili> 40% genom.
Urutan satelit dirangkum dalam GAMBAR 6.23. Tiga satelit utama memiliki keterkaitan erat.
Substitusi dasar tunggal cukup untuk menghasilkan satelit II atau III dari urutan satelit 1.
Urutan satelit saya ada pada spesies Drosophila lainnya yang terkait dengan virilis dan
mungkin telah mendahului spesiasi. Urutan satelit II dan III tampaknya spesifik untuk D.
virilis, dan mungkin telah berevolusi dari satelit setelah spesiasi. Fitur utama dari satelit ini
adalah unit pengulangan mereka yang sangat pendek: hanya 7 bp. Satelit serupa ditemukan
pada spesies lain. D. melanogaster memiliki beragam satelit, beberapa di antaranya
memiliki unit pengulangan yang sangat singkat (5, 7, la, atau 12 bp). Satelit yang sebanding
ditemukan di kepiting. Hubungan urutan dekat yang ditemukan di antara satelit D. virilis
belum tentu merupakan ciri genom lain, yang mungkin memiliki urutan yang tidak terkait.
Setiap satelit muncul dengan amplifikasi lateral dari urutan yang sangat pendek. Urutan ini
mungkin mewakili varian dari satelit yang ada sebelumnya (seperti pada D. virilis), atau bisa
memiliki asal lain. Satelit terus dihasilkan dan hilang dari genom. Hal ini membuat sulit untuk
memastikan hubungan evolusioner, karena satelit saat ini dapat berevolusi dari beberapa
satelit sebelumnya yang telah hilang. Fitur penting dari satelit ini adalah bahwa mereka
mewakili DNA membentang sangat dalam yang sangat rendah

kompleksitas urutan, di mana keteguhan urutan dapat dipertahankan

Salah satu fitur dari banyak satelit ini adalah asimetri yang diucapkan dalam orientasi pasangan basa pada dua
untai. Pada contoh satelit D. virilis yang ditunjukkan pada Gambar 6.22, di masing-masing satelit utama, salah
satu untai jauh lebih kaya pada basis T dan G. Hal ini meningkatkan densitas apungnya, sehingga pada saat
denaturasi untai berat ini (H) dapat dipisahkan dari untai cahaya komplementer (L). Ini bisa berguna dalam
mengurutkan satelit.

Satelit mamalia Terdiri dari hirarkis Berulang Konsep kunci DNA satelit tikus telah
berevolusi dengan duplikasi dan mutasi unit pengulangan singkat untuk memberi a unit
pengulangan dasar 234 bp di mana Pengulangan awal, seperempat, dan delapan dapat
dilakukan diakui.

Pada mamalia, seperti yang ditunjukkan oleh berbagai hewan pengerat, urutan yang terdiri
dari masing-masing menunjukkan perbedaan yang jelas pada satelit antara pengulangan
tandem. Urutan singkat yang umum dapat dikenali oleh kelebihan mereka di antara fragmen
oligonukleotida yang dikeluarkan oleh pengobatan kimia atau enzimatik. Namun, urutan
pendek yang dominan biasanya hanya menyumbang sebagian kecil salinannya. Urutan
singkat lainnya terkait dengan urutan dominan oleh berbagai substitusi, delesi, dan sisipan.
Serangkaian varian unit pendek ini bisa menjadi unit pengulangan yang lebih panjang, yang
sendirinya berulang bersamaan dengan beberapa variasi. Jadi DNA satelit mamalia
dibangun dari hirarki unit pengulangan. Unit pengulangan yang lebih panjang ini merupakan
urutan yang renature dalam analisis reassociation. Mereka juga bisa dikenali dengan
pencernaan dengan enzim restriksi. Bila DNA satelit dicerna dengan enzim yang memiliki
tempat pengenal di unit pengulangannya, satu fragmen akan diperoleh untuk setiap unit
berulang dimana situs tersebut terjadi. Sebenarnya, ketika DNA genom eukariotik dicerna
dengan enzim restriksi, sebagian besar memberikan smear umum karena distribusi acak
dari daerah pembelahan. DNA satelit menghasilkan band yang tajam, meskipun, karena
besar

Jumlah fragmen ukuran identik atau hampir identik dibuat oleh pembelahan pada situs
restriksi yang jaraknya terpisah. Menentukan urutan DNA satelit bisa jadi sulit. Dengan
menggunakan pita diskrit yang dihasilkan oleh pembelahan pembatas, kita dapat mencoba
untuk mendapatkan urutan secara langsung. Namun, jika ada perbedaan yang berarti
antara unit pengulang individu, nukleotida yang berbeda akan hadir pada posisi yang sama
dalam pengulangan yang berbeda, sehingga gel sekuelnya akan tidak jelas. Jika divergensi
tidak terlalu besar-katakanlah, di dalam -2% dimungkinkan menentukan urutan pengulangan
rata-rata. Segmen individu satelit dapat dimasukkan ke dalam plasmid untuk kloning.
Kesulitannya adalah bahwa urutan satelit cenderung dieksisi dari plasmid chimeric dengan
rekombinasi di host bakteri. Namun, bila kloning berhasil, mungkin untuk menentukan urutan
segmen kloning dengan jelas. Meskipun ini memberi urutan aktual unit atau unit yang
berulang, kita harus memiliki sekuens individu untuk merekonstruksi jenis divergensi khas
satelit secara keseluruhan. Dengan menggunakan pendekatan sekuensing, informasi yang
bisa kita dapatkan terbatas pada jarak yang dapat dianalisis pada satu set gel urutan.
Pengulangan salinan tandem yang berbeda membuat tidak mungkin untuk merekonstruksi
urutan yang lebih panjang dengan mendapatkan tumpang tindih antara fragmen
pembatasan individu.

DNA satelit mouse M. musculus dibelah oleh enzim EcoRII menjadi serangkaian band,
termasuk fragmen monomer utama sebesar 234 bp. Urutan ini harus diulang dengan sedikit
variasi sepanjang 60% -70% satelit yang dibelah menjadi pita monomer. Kami dapat
menganalisis urutan ini dalam hal unit pengulang konstituen yang berturut-turut lebih kecil.
GAMBAR 6.24 menggambarkan urutannya dalam dua setengah pengulangan. Dengan
menulis urutan 234 bp sehingga 117 bp pertama disejajarkan dengan 117 bp kedua, kami
melihat bahwa kedua bagian tersebut cukup terkait dengan baik. Mereka berbeda pada 22
posisi, sesuai dengan divergensi 19%. Ini berarti bahwa unit pengulang 234 bp saat ini
pastinya telah dihasilkan beberapa waktu sebelumnya dengan menduplikat unit pengulang
117 bp, setelah itu akumulasi perbedaan antara duplikat. Dalam unit 117 bp kita bisa
mengenali dua subunit lebih lanjut. Masing-masing adalah seperempatnya relatif terhadap
keseluruhan satelit. Keempatnya

Hal 23