KELOMPOK 4

FAUSTINE SHERYL ADEBOI

ISNI NUR SADRINA
JESSICA BALGANI
SAURIA KARINA
RIZKA DIVA PRATIWI

ASAM NUKLEAT
STRUKTUR ASAM NUKLEAT
 STRUKTUR ASAM NUKLEAT
Asam Nukleat
NUKLEOTIDA
merupakan polimer nukleotida yang berfungsi
dalam penyimpanan serta pemindahan informasi
genetik.
STRUKTUR Asam
ASAM nukleat
NUKLEAT
ASAM NUKLEAT: DNA VS RNA
RNA

Monomer asam nukleat

DNA
PERBEDAAN DNA DAN RNA
STRUKTUR ASAM NUKLEAT

Tingkatan monomer: Basa Nitrogen  Nukleosida  Nukleotida

 RANTAI NUKLEOTIDA
Asam nukleat adalah polimer nukleotida
yang merupakan gabungan monomer
nukleotida sebagai unit pembangunnya.

Tiap nukleotida terdiri atas nukleosida

(gula pentosa dan basa nitrogen) dan
asam fosfat.
 GULA PENTOSA
Gula pentosa adalah gula monosakarida
dengan lima atom karbon yang berbentuk
cincin segilima.
Gula pentosa berikatan dengan basa
nitrogen pada C-1dan dengan gugus fosfat
pada atom C-5
Terdapat dua jenis gula pentosa
1. ribosa (pada RNA)  C-2 berikatan
dengan gugus hidroksil (–OH)
2. 2-deoxyribosa (pada DNA). C-2
berikatan dengan –H.
 GUGUS FOSFAT
Gugus fosfat terikat pada atom C-5 yang berada di luar formasi cincin
segilima melalui ikatan fosfoester.
Baik DNA maupun RNA tersusun dari nukleosida trifosfat.
Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat
bermuatan negatif. Inilah penyebab pemberian nama “asam” kepada
molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa
nitrogen.
Untuk membentuk polimer nukleotida atau asam nukleat maka terjadi ikatan
fosfodiester
 GUGUS FOSFAT
IKATAN FOSFODIESTER

 Ikatan fosfodiester merupakan ikatan kovalen melalui

gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus
hidroksil (OH) pada posisi C-5 gula pentosa dan gugus
hidroksil pada posisi C-3 gula pentosa nukleotida
berikutnya.

 Ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua

nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian,
akan terbentuk suatu rantai polinukleotida
 Adenin
Purin
Guanin
Basa
KLASIFIKASI Timin
BASA Pirimidin Citosin
NITROGEN
Urasil
Purin merupakan Pirimidin merupakan
derivasi dari double- derivasi dari single-
ringed structure ringed structure
 KLASIFIKASI BASA NITROGEN
Posisi C-1 pada gula pentosa akan
berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa
purin atau posisi 1 (N-1) pada basa
pirimidin melalui ikatan glikosidik membentuk
kompleks gula-basa yang dinamakan
nukleosida.
Jika gula pentosanya adalah
ribosa seperti halnya pada RNA,
maka nukleosidanya dapat
berupa adenosin, guanosin, sitidin,
dan uridin.
jika gula pentosanya adalah
deoksiribosa seperti halnya pada
DNA, maka nukleosidanya terdiri
atas deoksiadenosin,
deoksiguanosin, deoksisitidin, dan
deoksitimidin.
• Aturan Chargaff mengatakan
banyaknya basa purin dan
pirimidin dalam DNA selalu
1:1 sebab mereka saling
berpasangan seperti yang
dapat dijelaskan aturan
pasangan basa Watson-
Crick.
IKATAN HIDROGEN Berdasarkan aturan pasangan basa Watson-Crick :
PADA BASA NITROGEN 1. Basa purin adenin akan selalu berpasangan
dengan basa pirimidin timin (atau urasil)
dengan 2 ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen
terbentuk karena grup eksosiklik amino di C-6
pada adenin berikatan dengan karbonil di C-4
pada timin.
2. Basa pirimidin sitosin akan selalu berpasangan
dengan basa purin guanin dengan 3 ikatan
hidrogen. Ikatan hidrogen terbentuk antara grup
eksosiklik NH2 di C-2 pada guanin dan karbonil di
C-2 pada sitosin. Ikatan hidrogen juga tebentuk di
N-1 pada guanin dan N-3 pada sitosin, serta
karbonil C-6 pada guanin dan eksosiklik NH2
sitosin.
TAUTOMER PADA
BASA NITROGEN Basa purin dan pirimidin juga
terdapat dalam bentuk lain yang
disebut sebagai tautomer.
Perubahan menjadi tautomer terjadi
apabila sebuah proton berubah
posisi. Tautomerisasi menyebabkan
basa berpasangan dengan
pasangan yang salah.
STRUKTUR DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) dibentuk oleh dua
rantai heliks (double helix) berbeda arah 180
derajat (antiparalel) yang terpilin menjadi satu.
Satu putaran heliks DNA pada umumnya kurang
lebih 3,4 nm. Satu putaran heliks dibentuk oleh
kurang lebih 10 nukleotida. Diameter pilinan heliks
sekitar 2nm. Spesifikasi (pembeda) suatu DNA dari
yang lain adalah urutan basa nukleotidanya. Arah
pembacaan basa nukleotida dari ujung-5‛ menuju
ujung-3‛.
DNA berbentuk heliks karena gaya
antarmolekul. Rangka fosfat/ribosa
bersifat hidrofilik, oleh sebab itu ia
mengarah keluar ke arah pelarut,
sementara basa nitrogen yang
bersifat hidrofobik mengarah ke
dalam. Juga, geometri tautan
deoksiribosa-fosfat menyebabkan
panjang yang pas untuk basa
berpasangan.
LEKUKAN MAJOR, LEKUKAN MINOR, RISE, DAN PITCH
 Ikatan hidrogen yang tidak sama kuat antara
pasangan basa adenin-timin dan guanin-sitosin
menyebabkan lekukan heliks DNA tidak sama
panjang.
pitch
 Lekukan yang lebih besar (major groove) berjarak
2,2 nm. Tempat menempel protein untuk transkripsi

 Lekukan lebih kecil (minor groove) mempunyai

lebar 1,2 nm.

 Terjadi satu belitan heliks sempurna di setiap 10

pasangan basa atau 3,4 nm  pitch
rise
 Jarak antar pasangan basa adalah sebesar 0,34
nm  rise
VARIASI KARAKTERISTIK HELIKS
Arah berpilinnya heliks, diameter, jumlah pasangan basa
dalam satu pilinan, serta topologi lekukan mayor dan
minor dapat menentukan tipe heliks tersebut, apakah
termasuk tipe A, tipe B, atau tipe Z.
PERBEDAAN DNA A, B, DAN Z (CONT’D)

Karakteristik DNA-A DNA-B DNA-Z

Kaidah putar Tangan kanan Tangan kanan Tangan kiri

Pasangan basa tiap pilinan 11 10,4 12

Diameter heliks (nm) 2,55 2,37 1,84

Kenaikan tiap pasangan basa

0,23 0,34 0,38
(nm)

Lekukan mayor Sempit, dalam Lebar, dalam Rata

Lekukan minor Dangkal, lebar Tidak dalam, sempit Dalam, sempit

PERBEDAAN DNA A, B, DAN Z

Tampak atas
 STRUKTUR RNA
RNA hanya terdiri dari satu untai tunggal
(single helix) polimer nukleotida. RNA
merupakan polimer dari monomer nukleotida
yang terdiri gula ribosa dan gugus fosfat,
dengan basa nitrogen purin (adenin dan
guanin) dan pirimidin (sitosin dan urasil).
RNA mempunyai bentuk-bentuk yang
bervariasi sesuai dengan fungsinya.
 TIPE RNA

RNA ribosom (rRNA) adalah bagian integral dari

ribosom. RNA ribosom adalah kelompok terbanyak
sekitar 80% total RNA sel.
RNA transfer (tRNA) hanya sepanjang 73 sampai 95
residu nukleotida. Mereka ada sekitar 15% dari total
RNA sel.
RNA messenger (mRNA) Umumnya mRNA hanya 3%
dari total RNA sel. Molekul ini adalah yang paling
tidak stabil dari asam ribonukleat sel.
RNA Kecil ada dalam semua sel. Sebagian molekul
RNA kecil punya atifitas katalitik dalam hubungan
dengan protein. Banyak molekul RNA kecil terkait
dengan proses modifikasi RNA setelah ia disintesis.
 RRNA (RNA RIBOSOM)
Terdapat dalam sitoplasma
Berperan dalam sintesis protein
Fungsi : untuk mempermudah perekatan
yang spesifik antara antikodon tRNA
dengan kodon mRNA selama sintesis
protein.
TRNA (RNA TRANSFER)
Terdapat dalam sitoplasma
Fungsi : menerjemahkan kodon dari mRNA menjadi
asam amino. Asam amino akan dibawa oleh tRNA ke
ribosom.
Pada salah satu ujung tRNA terdapat rangkaian
basa pendek disebut antikodon.
Asam amino melekat pada tRNA yang
bersebrangan dengan ujung antikodon agar tRNA
dapat berfungsi.
 MRNA (RNA MESSENGER)
Berupa rantai tunggal yang relatif
panjang.
Dibentuk dalam nukleus
Fungsi : membawa kodon dari DNA ke
ribosom
 RNA KECIL
Meliputi small-interferring RNA (siRNA), mikro
RNA (miRNA), dan piwi-interacting RNA (piRNA).
 SiRNA adalah molekul RNA yang mempunyai panjang
20-25 nukleotida. SiRNA adalah untaian ganda RNA
yang dirancang untuk menargetkan silencing transkripsi.
 MiRNA adalah molekul RNA untai tunggal yang dapat
ditemukan di sel eukariot. Pada umumnya panjang
mereka adalah 20-25 nukleotida dan juga terlibat
dalam repressi translasi dan silencing gen.
RNA kecil memegang peran penting dalam
proses-proses biologis.
FUNGSI ASAM NUKLEAT
FUNGSI PENTING
Menyimpan, Menstransmisi, dan Mentranslasi informasi genetik
“intermediary metabolism” dan reaksi-reaksi informasi energi
Koenzim pembawa energi
Koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino, dan
biomolekul lainnya
Koenzim reaksi oksidasi-reduksi
A. FUNGSI NUKELOTIDA SEBAGAI PEMBAWA ENERGI
AMP, ADP, dan ATP merupakan nukleotida yang penting dalam
penyimpanan dan pemanfaatan energi selama metabolisme sel.

ATP = pembawa energi utama dalam sel

 B. FUNGSI NUKLEOTIDA SEBAGAI BAHAN
PEMBENTUK DASAR SUATU MOLEKUL
Contoh:
C. FUNGSI NUKLEOTIDA SEBAGAI KOENZIM
D. FUNGSI DNA
1. Sebagai bahan warisan sel
 Setiap terdapat generasi sel, DNA secara otomatis
akan memperbanyak diri (berkembang biak).

2. Mengendalikan aktivitas sel

 Mengendalikan semua aktivitas sel dengan penentuan
protein dan sintesis enzim.
D. FUNGSI DNA
3. Sebagai kumpulan informasi
 Fragmen yang fungsional pada DNA: gen yang
berfungsi dalam proses penentuan rangkaian asam amino
protein.

4. Ekspresi informasi genetik

 Gen-gen pembawa informasi yang berfungsi dalam
mekanisme sintesis protein.
E. FUNGSI DNA BERDASARKAN JENIS
1. DNA Kloroplas
 Letak: stroma
 Hadir bersama ribosom dan molekul lain yang diperlukan untuk
sintesis protein.
E. FUNGSI DNA BERDASARKAN JENIS
2. DNA Mitokondria
 Jumlah: lebih dari 1000 kopi dalam setiap sel
 Bentuk: lingkaran
 Sifat: haploid
 Genom: lebih sedikit dibandingkan DNA Nukleus.
 E. Fungsi DNA Berdasarkan Jenis
3. DNA Nukleus
 Jumlah: 2 kopi dalam setiap sel
 Pencampuran dari DNA kedua orang tua

Struktur Nukleus
 E. Fungsi DNA Berdasarkan Jenis
4. DNA Plasmid
 Plasmid: Ekstrakromosomal untai ganda DNA yang ditemukan
dalam sitoplasma mikroba.
 F. FUNGSI RNA
 Peran penting: sebagai perantara antara DNA dan protein
dalam proses ekspresi genetik.
 Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan
basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi.
 G. Fungsi RNA Berdasarkan Jenis
1. RNA Genetik
 Fungsi: sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa keterangan genetik
dan mengatur aktivitas sel.
 Makhluk hidup tertentu yang tidak memiliki DNA. Contoh: Virus
 G. Fungsi RNA Berdasarkan Jenis
2. RNA non-Genetik
 Tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik.
 Berdasarkan letak dan fungsi:
mRNA, tRNA, dan rRNA
 G. Fungsi RNA Berdasarkan Jenis
a. mRNA (messenger RNA) atau ARN duta
 Fungsi: membawa kode-kode genetik dari DNA di inti sel menuju
ke ribosom di sitoplasma.
 G. Fungsi RNA Berdasarkan Jenis

b. tRNA (transfer RNA) atau ARN transfer

Fungsi:
-Sebagai penerjemah kodon dari mRNA.
-Mengikat asam-asam amino di dalam
sitoplasma yang akan disusun menjadi protein
dan mengangkutnya ke ribosom.
 G. Fungsi RNA Berdasarkan Jenis

c. rRNA (ribosomal RNA) atau ARN ribosomal

 Fungsi: Sebagai mesin perakit dalam

sintesis protein yang bergerak ke satu arah
sepanjangan mRNA.
BIOSINTESIS ASAM NUKLEAT
REPLIKASI DNA PADA EUKARIOTIK
Replikasi DNA adalah proses dimana seluruh DNA untaian ganda didupllikasi untuk
menghasilkan DNA untaian ganda kedua yang identik. Proses replikasi DNA dimulai
pada lokasi tertentu di dalam molekul DNA yang disebut dengan asal replikasi
Pada eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S
siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim
DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida
penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam
proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR)
Pada eukariot, molekul DNA lebih besar daripada di prokariot dan tidak melingkar,
dan juga banyak tempat untuk memulai replikasi. Pada eukariot replikasi DNA hanya
terjadi pada fase S di dalam interfase.
Tahap utama: inisiasi, elongasi, dan terminasi
 REPLIKASI DNA-INISIASI
Protein tertentu mengikat ke situs asal, enzim
helikase membuka heliks DNA dan
membentuk dua garpu replikasi. Eukariota
memiliki beberapa asal replikasi yang
memungkinkan replikasi secara simultan di
beberapa tempat.
Gambar . Proses Inisiasi (sumber:https://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80)
Pada tahapan ini enzim Helicase memutus
ikatan kimia yang paling lemah yaitu ikatan
hydrogen di antara basa komplementer.
Hasil pemutusan ikatan hydrogen ini
menghasilkan dua DNA dengan rantai
tunggal. Mekanisme replikasi pada kedua
rantai yang telah dipisahkan tersebut
adalah sama atau identik. Masing-masing
rantai untaian tunggal atau rantai
polinukleotida tersebut akan menjadi rantai
dasar (template) untuk membentuk dua untai
rantai DNA baru. Disaat helicase
memisahkan untaian rantai DNA, masing-
masing rantai DNA bereaksi dengan single-
strand binding protein agar masing-masing
rantai tersebut menjadi stabil.
REPLIKASI DNA-ELONGASI
Selama proses perpanjangan enzim yang disebut DNA polymerase menambahkan
nukleotida DNA pada ujung 3 ‘ template. Leading adalah untai yang disintesis dalam
arah 5 ‘- 3’. Lagging strand, nukleotida baru dalam bentuk nukleotida RNA
kemplementer yang baru ditambahkan. Nukleotida RNA kemudian diganti dengan
nukleotida DNA. Leading strand yang melengkapi ke untai DNA orangtua disintesis
terus menerus menuju garpu replikasi, karena DNA polimerase dapat mensintesis
DNA dalam arah 5 ‘ke 3’. Lagging strand disintesis dalam bentuk fragmen okazaki.
Fragmen ini memerlukan primer RNA untuk memulai sintesis.
ELONGASI-SINTESIS PRIMER
Tahapan berikutnya adalah menempelnya
RNA primer pada asal replikasi dari untaian
tunggal dengan bantuan enzim Primase. Hal
ini dikarenakan enzim DNA polimerase
hanya dapat menambahkan nukleotida DNA
baru ke rantai yang sudah ada nukleotida,
sehingga diperlukannya RNA primer untuk
meletakan nukleotida sebagai permulaan.
RNA primer tersebut terdiri dari sedikit RNA
nukleotida secara berurutan.
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan
untai yang ada sebagai template yang dibawa oleh
enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting
dalam perbaikan DNA dan rekombinasi. Namun, DNA
polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk
memulai penambahan nukleotida komplementer. Ini
disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase
yang merupakan jenis DNA dependent-rna polimerase.
Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA
yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan
terdiri dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA
polimerase platform yang diperlukan untuk mulai
menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk
pada kedua untai, DNA polimerase dapat
memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
ELONGASI-SINTESIS LEADING STRAND
Setelah RNA primer menepati asal replikasi,
DNA polimerase III dapat menambahkan
nukleotida. Pada tahapan ini dimulailah
proses konstruksi rantai komplementer yang
baru. Proses konstruksi ini meliputi basa-
basanya akan berikatan dengan basa-basa
yang ada di dalam rantai dasar (template),
akan berpasangan hanya dengan basa lain
yang merupakan pasangannya.
DNA polimerase dapat menambahkan
nukleotida baru hanya untuk ujung 3′ dari
untai yang ada, dan karenanya dapat
mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja.
Tapi untai DNA berjalan di arah yang
berlawanan, dan karenanya sintesis DNA
pada satu untai dapat terjadi terus menerus.
Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal
(leading strand). Di sini, DNA polimerase III
(DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA
primer, dan menambahkan nukleotida
komplementer baru. Saat garpu replikasi
berlangsung, nukleotida baru ditambahkan
secara terus menerus, sehingga menghasilkan
untai baru
ELONGASI-SINTESIS LAGGING STRAND (UNTAI
TERTINGGAL)
Kedua rantai komplementer dari molekul DNA
terorientasi pada arah yang berlawanan dan DNA
polimerase hanya dapat mereplikasi dalam satu
arah, (hanya bekerja dari ujung 5’ ke ujung 3’)
sehingga muncul dua mekanisme duplikasi dari
rantai DNA. Salah satu rantai direplikasi secara
kontinu seiring dengan proses pemisahan untaian
rantai DNA, sementara itu rantai yang lainnya
tereplikasi secara diskontinu dalam arah yang
berlawanan dengan dibentuknya sepotong segmen
DNA yang disebut dengan fragmen Okazaki. Dalam
setiap fragmen okazaki mengandung RNA primer
yang terseparasi.
Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara
terputus dengan menghasilkan serangkaian fragmen
kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen
ini disebut fragmen okazaki, yang kemudian
bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai
lagging strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis
DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih
rendah. Di sini, primase menambahkan primer di
beberapa tempat sepanjang untai terbuka. DNA pol
III memperpanjang primer dengan menambahkan
nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen
yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu
untuk melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih
lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer
RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di
tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi
 REPLIKASI DNA-TERMINASI
Selanjutnya dalam proses, primer RNA dihapus
dan nukleotida RNA digantikan oleh nukleotida
DNA oleh polimerase DNA enzim. Celah antara
fragmen ditutup oleh enzim DNA ligase.
Penghapusan primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer
RNA hadir pada untai baru terbentuk harus
digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh
enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus
menghilangkan primer RNA melalui ‘5→ 3’
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan
mereka dengan deoksiribonukleotida baru
dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas polimerase DNA
Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai
tertinggal masih mengandung celah antara
fragmen okazaki berdekatan. Enzim ligase
mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut
dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5
‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan
Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus
yang terdiri dari urutan nukleotida yang unik.
Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut,
sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase.
Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein pengikat
terdekat
TRANSKRIPSI RNA PADA EUKARIOTIK
Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah
arahan DNA. Kedua asam nukleat
menggunakan bahasa yang sama, dan
informasi hanya ditranskripsi, atau
disalin, dari satu molekul menjadi
molekul lain. Selain menjadi cetakan
untuk sintesis untai komplementer baru
saat replikasi DNA, untai DNA juga bisa
berperan sebagai cetakan untuk merakit
sekuens nukleotida RNA komplementer.
Mekanisme transkripsi pada eukariot pada
dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot, melalui tahap inisiasi, elongasi,
dan terminasi, kemudian masuk ke tahap
translasi. Proses transkripsi diawali oleh
proses penempelan faktor-faktor transkripsi
dan kompleks enzim RNA polimerase pada
daerah promoter. RNA Polimerase eukariot
tidak menempel secara langsung pada DNA
di daerah promoter, melainkan melalui
perantaraan protein-protein lain, yang
disebut sebagai faktor transkripsi
(Trancription Factor = TF).
Pada eukariotik terdapat tiga kelas gen
yang masing-masing dikatalisis oleh RNA
polimerase dan faktor transkripsi yang
berbeda
TRANSKRIPSI GEN KELAS I (EUKARIOTIK)
Transkripsi gen kelas I dilakukan oleh RNA polimerase I. Proses transkripsi gen kelas I
juga dimulai dengan pembentukan kompleks pra inisiasi yang dilakukan oleh RNA
polimerase I dan dua faktor transkripsi yaitu SL1 (selectivity factor) dan UBF
(upstream binding factor). SL1 merupakan faktor transkripsi yang mempunyai
spesifisitas untuk suatu species, artinya dapat membedakan antara promotor gen
pada manusia dan promotor gen pada hewan. Faktor SL1 diketahui berperan dalam
penyusunan kompleks pra inisiasi RNA polimerase 1. Transkripsi gen kelas I dimulai
dari daerah promotor antara dan berakhir pada sisi sebelah hulu promotor utama.
Selain faktor SL1 inisiasi transkripsi gen kelas I juga memerlukan faktor transkripsi
UBF. SL1 berinteraksi dengan bagian hilir elemen inti yang bebas. Pengikatan
kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan RNA pol I untuk memasuki kompleks
tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.
Terdapat 3 produk hasil transkripsi pada eukariot antara lain :
1. RNA polimerase I (RNA pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim ini
terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap α-amanitin.
2. RNA polimerase II (RNA pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan
beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma
dan sangat sensitif terhadap α-amanitin.
3. RNA polimerase III (RNA pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6 snRNA
dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan
agak sensitif terhadap α-amanitin.
MEKANISME TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK

RNA Polymerase I RNA Polymerase I, II, dan III

 TRANSKRIPSI GEN KELAS II (EUKARIOTIK)
Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polimerase
II yang dibantu oleh beberapa faktor transkripsi
umum. Penyusunan kompleks faktor transkripsi umum
dan RNA polimerase II pada daerah promotor
membentuk kompleks pra inisiasi yang akan segera
mengawali transkripsi jika ada nukleotida. Ikatan
semacam ini membuat daerah promotor menjadi
terbuka sehingga RNA polimerase II dapat membaca
urutan DNA pada cetakan. Faktor transkripsi umum
yang berperan dalam mengarahkan RNA polimerase
II kepromotor adalah TFIIA, TFIIB, TFIID,TFIIE, TFIIF,
TFIIH dan TFIIJ. Faktor-faktor transkripsi tersebut akan
menempel ke daerah promotor secara beratahap
sebelum akhirnya terbentuk kompleks pra inisiasi
TRANSKRIPSI GEN KELAS III
Transkripsi gen kelas III (gen tRNA dan 5S
rRNA) dilakukan oleh RNA polimerase III
dibantu oleh sekelompok protein yang
dikenal sebagai faktor transkripsi TFIII yang
meliputi; TFIIIA, TFIIIB, dan TFIIIC serta
protein TBP. Secara invitro kompleks ikatan
TFIIIA, TFIIIB, TFIIIC, dan RNA polimerase III
tersebut dapat mendukung proses transkripsi
sampai kurang lebih 40 kali. Selama
rangkaian proses tersebut, RNA polimerase
III akan berdisosiasi dan berasosiasi kembali
ke dalam kompleks protein setiap kali
terjadi proses transkripsi. Sejauh ini diketahui
bahwa terminasi transkripsi gen kelas III
terjadi pada suatu daerah tertentu dan
tidak melibatkan protein khusus
PROSES PASCA-TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT
Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus, sedangkan translasi berlangsung di dalam
sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan
translasi, yang disebut sebagai fase pasca-transkripsi. Pada fase ini terjadi
beberapa proses antara lain (1) pemotongan dan penyambungan RNA (RNA
spilicing), (2) poliadenilasi (penambahan gugus poli-a pada ujung 3’ mRNA), (3)
penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA.
TRIMMING
Proses ini menyebabkan residu nukelotida dihilangkan dari 3’ dan 5’ akhir dari
transkrip primer. Enzim yang berperan dalam proses ini adalah nuklease yang
mengkatalisasi hidrolisis dari ikatan fosfodiester dalam asam nukleat. Banyak
nuklease yang berurutan secara spesific dan nuklease tersebut mengakataliasasi
hidrolisis dari ikatan partikular dalam urutan nukleotida spesifik. Sebagian besar
nuklease mengakatalisasi hidrolisis dari asam nukleat dengan untaian tunggal (single-
stranded) atau untaian ganda (double-stranded) atau bahkan bukan keduanya.
Nuklease mengkatalisasi hidrolisis RNA adalah RNases, sedangkan substrat yang
mengandung DNA disebut DNases. Eksonuklease hanya akan mengkatalisasi hidrolisis
link fosfodiester terminal, biasanya 3 atau 5, atau bukan keduanya, dimana
endonuklease membuat ikatan internal.
 PEMOTONGAN DAN PENYAMBUNGAN RNA
(SPLICING)
Splicing merupakan proses pembuangan
intron dan penyambungan ekson. RNA hasil
transkripsi pada eukariot yang disebut RNA
prekursor atau pre-RNA dikarenakan RNA
hasil dari transkripsi masih mengandung
intron yang tidak mengkodekan asam amino,
sehingga perlu dibuang. Pada proses ini,
intron akan dipotong oleh spliceosome dan
penyambungan ekson dilakukan oleh enzim
ligase
Mekanisme splicing membutuhkan sekuens
nukleotida yang spesifik pada daerah dua
ujung intron, yakni pada ujung 5′ terdapat
sekuens 5′–GU–3′ dan pada ujung 3′
terdapat sekuens 5′–AG–3′. Ujung sisi 3′
bertujuan untuk mengenali daerah
downstream splicing, sementara ujung sisi 5′
bertujuan untuk mengenali daerah upstream
splicing. Pola sekuens spesifik pada b-globin
manusia yang mana garis warna hijau
menunjukkan daerah intron dengan ciri khas
adanya sekuens GT (GU) pada ujung 5′ dan
adanya sekuens AG pada ujung 3′.
Sementara warna merah adalah daerah
ekson yang mana ekson 1 adalah leader
sequence; ekson 2 adalah coding area; dan
ekson 3 adalah untranslated sequence.
 POLIADENILASI
Transkip mRNA pada eukariot juga mengalami
pemrosesan dalam bentuk penambahan poliA (rantai
AMP) pada ujung 3’ sepanjang kurang lebih 200-250
nukleotida. Penambahan polia tersebut ditambahkan
pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen yang
mengkode rangkaian A atau T semacam ini.
Penambahan tersebut dilakukan dengan menggunakan
aktivitas enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam
nucleus. Sebagian mrna mengandung polia, kecuali
mRNA histon.
Penambahan poli A pada ujung 3’ meningkatkan
stabilitas mRNA sehingga mRNA mempunyai umur yang
lebih panjang dibandingkan dengan mrna yang tidak
mempunyai poliA. Selain itu juga ada bukti yang
menunjukan bahwa keberadaan poliA meningkatkan
efisiensi translasi mRNA semacam itu. Diketahui ada
suatu protein, yaitu poly (a)-binding protein I, yang
menempel pada poliA sehingga meningkatkan efisiensi
translasi.
CAPPING
Capping adalah proses penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA. Tudung Mrna
tersebut berupa molekul 7-metilguanosin (m7g). Tudung mrna tersebut disintesis dalam
beberapa tahapan. Pertama, enzim RNA trifosfatase memotong gugus fosfat pada ujung pre
mrna, kemudian enzim guanili transferase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA.
Kemudian enzim guanili transferase menambahkan GMP (guanosin fosfat). Selanjutnya, enzim
metil transferase melakukan metilasi tudung guanosin pada N7 dan gugus 2’-O metil pada
nukleotida ujung tudung tersebut. Proses penambahan tudung tersebut berlangsung pada
tahapan awal transkripsi sebelum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida. Tudung mRNA
mempunyai empat macam fungsi, yaitu: (1) melindungi mRNA dari degradasi. (2)
meningkatkan efisiensi translasi mRNA, (3) meningkatkan pengangkutan mRNA dan nucleus ke
sitoplasma dan (4) meningkatkan efisiensi proses spilicing mRNA. Tudung m7g berikatan
dengan mRNA melalui ikatan trifosfat. Tudung tersebut juga meningkatkan efisiensi translasi
karena ribosom dapat mengakses mRNA melalui suatu protein yang menempel pada tudung.
Dengan demikian, jika tidak ada tudung, maka protein yang melekat pada tudung tidak akan
menempel. Hal itu akhirnya akan mengurangi kemungkinan ribosom untuk menempel dan
melakukan translasi.
PENYUNTINGAN RNA
Selain fenomena trans-splicing, pada tripanosoma juga terdapat mekanisme pasca
transkripsi lain yang disebut sebagai penyuntingan RNA (RNA editing). Pada
perkembangan selanjutnya diketahi bahwa sekuen mRNA sitokrom oksidase II (COII)
pada tripanosoma ternyata tidak sesuai dengan sekuens gen yang mengkodenya.
Sekuens mrna COII diketahui mengandung 4 nukleotida yang tidak terdapat pada
gen COII yang ada di dalam kinetoplast (semacam mitokondria yang mengandung
dua DNA lingkar yang terikat bersama menjadi struktur catanane). Ketiadaan
keempat nukleotida tersebut pada gen COII nampaknya dapat menyebabkan
terjadinya mutasi pergeseran pola baca (frame hift) yang dapat menyebabkan gen
menjadi tidak aktif. Meskipun demikian, mRNA yang dihasilkan ternyata mengandung
empat nukleotida tersebut sehingga tidak terjadi pergeseran pola baca. Rob Banne
berkesimpulan bahwa mRNA tripanosoma tersebut dikopi dari suatu gen yang tidak
lengkap, disebut sebagai cryptogene, kemudian disunting lagi dengan menambahkan
empat nukleotida yang kesemuanya adalah urdine
REPLIKASI DNA PADA PROKARIOTIK
Proses replikasi DNA pada prokariot dan
eukariot pada dasarnya hampir sama,
melewati proses inisiasi, elongasi, dan
terminasi, hanya terdapat sedikit perbedaan.
Pada prokariot, proses replikasi proses
replikasi terjadi secara cepat dan terus-
menerus. Seperti pada E. coli yang memiliki 4,6
juta pasangan basa dalam kromosom sirkuler
tunggal dan semua itu akan direplikasi di
sekitar 42 menit, mulai dari asal tunggal dari
replikasi dan melanjutkan sekitar lingkaran di
kedua arah. Pada proses replikasi tersebut
jarang sekali terjadi kesalahan. Hal ini
dikarenakan genom pada prokariot lebih
sederhana daripada eukariot. Selain itu proses
replikasi hanya terjadi di satu tempat yang
disebut oriC.
Proses replikasi DNA membutuhkan sejumlah
besar protein dan enzim yang memainkan
peran penting selama proses tersebut. Salah
satu enzim yang paling penting dalam proses
ini adalah DNA polimerase, yang menambah
urutan nukleotida ke rantai DNA yang
berkembang. Pada prokariota, ada urutan
nukleotida spesifik yang dikenal sebagai asal
replikasi yang merupakan titik inisiasi dari
proses replikasi. E.Coli memiliki asal replikasi
tunggal yang kaya dengan urutan A T.
 REPLIKASI DNA PADA PROKARIOTIK (CONT.)
Protein tertentu mengenali situs asal dan mengikat
dengan itu. Enzim helikase membuka DNA dengan
memecah ikatan hidrogen. DNA membentuk struktur
berbentuk Y disebut garpu replikasi. Untai tunggal
yang mengikat protein melapisi untai DNA dekat
garpu replikasi yang mencegah DNA tidak berliku
kembali. Enzim DNA polimerase menambahkan
nukleotida hanya pada arah 5′-3’. Leading stand
yang melengkapi dari arah 3 ‘ke 5’ untai orangtua
disintesis terus menerus menuju garpu replikasi.
Lagging strand yang melengkapi dalam arah 5 ‘ke 3’
untai orangtua yang membutuhkan RNA primer untuk
mensintesis nukleotida dalam fragmen pendek yang
dikenal sebagai fragmen okazaki. Enzim DNA
polimerase I menggantikan primer RNA dengan
nukleotida DNA. DNA ligase menutup celah antara
fragmen okazaki yang bergabung dengan fragmen
untuk membentuk molekul DNA tunggal.
No Replikasi DNA prokariotik Replikasi DNA eukariotik
1 Hal ini terjadi di dalam sitoplasma Hal ini terjadi di dalam nukleus
2 Hanya ada satu asal replikasi per molekul DNA Asal replikasi banyak (lebih dari 1000) dalam setiap kromosom eukariotik

3 Asal replikasi terbentuk sekitar 100-200 atau lebih nukleotida Setiap asal replikasi terbentuk dari sekitar 150 nukleotida

4 Replikasi DNA terjadi pada satu titik di setiap molekul DNA prokariotik Replikasi DNA terjadi di beberapa titik secara bersamaan di setiap
kromosom.

5 Hanya dua cabang replikasi dibentuk di setiap kromosom prokariotik replikasi, Sejumlah cabang replikasi terbentuk secara bersamaan di setiap DNA
replikasi DNA adalah dua arah replikasi.

6 kromosom prokariotik memiliki satu replikon Molekul DNA eukariotik memiliki sejumlah besar replikon (50.000 dan di atas),
tetapi replikasi tidak terjadi secara bersamaan pada semua replikon

7 Satu replikasi gelembung terbentuk selama replikasi DNA Banyak gelembung replikasi terbentuk dalam satu molekul DNA bereplikasi.

8 Inisiasi replikasi DNA di prokariota dilakukan oleh DnaA protein dan DnaB Inisiasi replikasi DNA dilakukan oleh protein multisubunit

9 Enzim girase DNA diperlukan Enzim girase DNA diperlukan

10 Okazaki fragmen besar, 1000-2000 nukleotida panjang. Okazaki fragmen pendek, 100-200 nukleotida panjang.

11 Replikasi sangat cepat, ditambahkan sekitar 2000 nukleotida per detik Replikasi lambat, ditambahkan sekitar 100 nukleotida per detik
TRANSKRIPSI RNA PADA PROKARIOTIK
Transkripsi pada dasarnya adalah proses
penyalinan urutan nukleotida yang terdapat
pada molekul DNA. Secara umum proses
transkripsi pada prokaryot berjalan serupa
dengan transkripsi pada eukaryot, meskipun
ada beberapa rincian proses yang berbeda
antara kedua system tersebut. Tahapan
transkripsi pada prokariot meliputi inisiasi
transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
pemanjangan dan terminasi (tergantung faktor
rho dan tidak tergantung faktor rho).
Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya
struktur operon. Operon adalah organisasi dari
beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan
oleh satu promotor. Misal operon lac, pada
metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Pada
saat ditranskripsi, operon lac akan
menghasilkan satu mRNA yang membawa
kode-kode genetik untuk polipeptida berbeda
yang disebut dengan mRNA polisistronik.
Operon lac mempunyai 3 gen struktural yaitu
lac Z, lac Y dan lac A. Masing-masing dari gen
tersebut memiliki kodon permulaan dan kodon
akhir yang berbeda. Namun, ekspresinya tetap
dikendalikan oleh operon yg sama. Pada saat
transkripsi hasilnya 1 mRNA yg dibawa oleh
kodon-kodon untuk 3 macam polipeptida yg
berbeda. Pada akhirnya akan membentuk 3
polipeptida yang independen.
TRANSKRIPSI RNA PADA PROKARIOTIK (CONT.)
Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG)
sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan
diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, pada sel prokariot tidak ada intron
(sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu.
Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter
tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot). Pada
prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya
sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai.
Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan
cetakannya. Misalnya urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul
DNA yang ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperan sebagai cetakan, hanya
salah satu untaiannya.
Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi : Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung
transkripsi); Pemanjangan; Terminasi (tergantung faktor rho)
 TRANSKRIPSI RNA-INISIASI
Proses transkripsi dari molekul RNA dimulai dengan
diurainya kedua untaian dari molekul DNA. Pemisahan
kedua untaian DNA pertama kali terjadi di suatu tempat
di dalam molekul DNA yang disebut dengan promoter.
Promoter ini nantinya merupakan tempat melekatnya
RNA polimerase untuk memulai transkripsi. Proses
transkripsi ini mulai terjadi ketika RNA polimerase
menyadari dan mengikat daerah promotor yang
terdapat dalam molekul DNA. RNA polimerase melekat
atau berikatan dengan promoter dibantu oleh adanya
faktor sigma. Faktor sigma atau kofaktor merupakan
subunit RNA polimerase. Setelah promoter berikatan
dengan kumpulan protein yang disebut kofaktor-
kofaktor. Kumpulan antara promoter, RNA polimerase,
dan kofaktor-kofaktor ini disebut kompleks inisiasi
transkripsi. Selanjutnya, RNA polimerase membuka rantai
ganda DNA. Setelah proses inisiasi terjadi maka faktor
sigma akan berdisosiasi dari RNA polimerase, bersama-
sama dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru
disintesis), akan membentuk kompleks terner atau
kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan
adanya kompleks terner ini RNA polimerase dapat
berjalan di sepanjang molekul DNA.
Tahapan ini meliputi 4 langkah : 1)
pembentukan kompleks promoter tertutup; 2)
pembentukan kompleks terbuka; 3)
penggabungan beberapa nukleotida awal (10
nukleotida) dan 4) perubahan konformasi RNA
polimerase karena pelepasan subunit sigma
(). pada prokariot, RNA polimerase
menempel secara langsung pada DNA di
daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan
dengan protein lain (yang membedakan
dengan eukariot). Bagian DNA yang berikatan
dengan RNA polimerase membentuk uatu
struktur gelembung transkripsi. Setelah struktur
promoter terbuka secara stabil, selanjutnya
RNA polimerase melakukan proses inisiasi
transkripsi dengan menggunakan urutan DNA
cetakan sebagai panduannya. Dalam proses
transkripsi, nukleotida RNA digabungkan
sehingga membentuk transkrip RNA.
TRANSKRIPSI RNA-ELONGASI
Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-
kofaktornya pada untai DNA template
membentuk kompleks transkripsi. Pada tahap
elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan
memanjang seiring dengan pembentukan pasangan
basa nitrogen DNA pada ujung 3’ nya. Sehingga,
proses elongasi RNA berlangsung dari arah 5’ ke 3’,
sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari
arah 3’ ke 5’ di sepanjang untai DNA template.
Pembentukan RNA analog dengan pembentukan
pasangan basa nitrogen pada replikasi.
Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa
molekul RNA membentuk hibrid dengan DNA
cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida.
Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebab
setelah RNA polimerasenya berjalan, maka hibrid
tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang
terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA
polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan
untuk melakukan proses pemanjangan (elogation)
untaian RNA. Proses pemanjangan transkrip dapat
dihambat oleh antibiotic streptoligin. Kepekaan atau
ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan
oleh subunit β pada RNA polimerase. Dalam
pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan
secara kovalen pada ujung 3’ molekul rna yang
baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambah
tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida
pada untaian DNA cetakan.
TRANSKRIPSI RNA-ELONGASI (CONT.)
Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi sintesis
RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu
dengan nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan
oleh keberadaan subunit β pada RNA polimerase. Transkripsi akan berakir pada
saat RNA polimerase mencapai ujung gen yang disebut terminator. Pada bakteri E.
Coli ada dua macam terminator yaitu: (1) terminator yang tidak tergantung pada
protein rho (rho-dependent terminator), dan (2) terminator yang tergantung pada
protein rho(rho-independent terminator).
TRANSKRIPSI RNA-TERMINASI
Berakhirnya proses elongasi RNA ditandai oleh terlepasnya enzim RNA polimerase beserta
kofaktor-kofaktornya dari untai DNA template. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil
sintesis. Terlepasnya RNA polimerase dan kofaktor-kofaktor tersebut dikarenakan telah dicapainya
suatu urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya bergantung
kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang memerlukan kehadiran
suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya, terminasi diri lebih umum dijumpai.
Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan
palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena
urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang
dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk batang dan kala (loop).
Inisiasi transkripsi berikutnya tidak harus menunggu selesainya tahapan transkripsi sebelumnya. Hal
ini dikarenakan, ketika RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida,
promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan
cepat re-inisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut akan terselubungi
oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.
 PENGAKHIRAN TRANSKRIPSI YANG TIDAK
TERGANTUNG PADA FAKTOR
Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung
RHO
pada rho dilakukan tanpa harus melibatkan
suatu protein khusus, melainkan ditentukan oleh
adanya suatu urutan nukleotida tertentu pada
bagian terminator. Sinyal yang akan mengakhiri
transkripsi dengan mekanisme semacam ini
ditentukan oleh daerah yang mengandung
banyak urutan GC yang dapat membentuk
struktur batang dan lengkung (stem-and-loop)
pada RNA dengan panjang sekitar 20 basa di
sebelah hulu dari ujung 3’ –OH dan diikuti oleh
rangkaian 4-8 residu uridin berurutan. Struktur
batang lengkung tersebut menyebabkan RNA
polimerase berhenti dan merusak bagian 5’ dari
hibrid RNA-DNA. Bagian sisa hibrid RNA-DNA
tersebut berupa urutan oligo (rU) yang tidak
cukup stabil berpasangan dengan dA. Akibatnya
ujung 3’ hibrid tersebut akan terlepas sehingga
transkripsi berakhir.
Eksperimen yang dilakukan oleh Peggy
Farnham dan Terry Platt menunjukkan bahwa
pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan
factor rho mempunyai 2 ciri utama, yaitu,
(1)adanya rangkaian basa berulang-balik
(inverted repeat) yang dapat membentuk
lengkungan, dan
(2)adanya rangkaian basa T pada untaian
DNA bukan cetakan (nontemplate strand)
sehingga membentuk pasangan basa yang
lemah antara rU-dA yang menahan transkrip
RNA pada untaian DNA cetakan. Pada
waktu lengkungan RNA terbentuk, maka RNA
polimerase berhenti dan ikatan basa yang
lemah menyebabkan RNA yang baru
terbentuk akan lepas.
TERMINASI MENGGUNAKAN PROTEIN RHO
Terminasi transkripsi dapat juga terjadi dengan
bantuan suatu protein khusus yang dinamakan
protein rho (ρ). Rho merupakan protein heksamer
yang akan menghidrolisis ATP dengan adanya RNA
untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada
urutan sepanjang 72 basa pada RNA, yang diduga
lebih disebabkan oleh pengenalan suatu struktur
spesifik daripada karena adanya urutan konsensus.
Rho bergerak di sepanjang RNA nasen menuju
kompleks transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini
rho memungkinkan RNA polimerase untuk berhenti
pada sinyal terminator tertentu. Sinyal-sinyal
terminator ini, seperti halnya sinyal terminator yang
tidak bergantung kepada rho, lebih dikenali oleh
RNA daripada oleh DNA cetakannya. Adakalanya
terminator tersebut juga berupa struktur tusuk konde
tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U.
Pengakhiran transkripsi yang memerlukan faktor rho
hanya terjadi pada daerah jeda yang terletak
pada jarak tertentu dari promoter. Dengan demikian
jika ada daerah jeda yang terletak di dekat
promoter, maka daerah itu tidak dapat berfungsi
sebagai daerah pengakhiran transkripsi. Terminator
yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan
berulang-balik yang dapat membentuk lengkungan
(loop), tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti
pada daerah terminator yang tidak melibatkan
faktor rho. Selanjutnya, faktor rho menyebabkan
destabilitasasi ikatan RNA-DNA sehingga transkrip
RNA terlepas dari DNA cetakan
 TRANSLASI
Translasi adalah proses sintesis polipeptida spesifik berdasarkan sandi genetika pada mRNA.
Proses ini adalah bagian kedua dari tahapan biosintesis protein setelah proses transkripsi.
Translasi melibatkan ribosom sebagai tempat penggabungan asam amino menjadi polipeptida
dan tRNA sebagai pembawa asam amino ke ribosom dan penerjemah sandi genetika RNA.
Translasi sangat berhubungan dengan transkripsi karena kedua tahap tersebut merupakan tahap
dalam sintesis protein dalam sel.
Pada prokariot tidak terdapat membrane inti sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi
dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot) sehingga translasi dapat segera
dilakukan.
Tahapan translasi umumnya mirip dengan transkripsi, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
TRANSLASI
 BIOSINTESIS PURIN

Sintesis purin diawali oleh reaksi pembentukan molekul prpp (5-

phospho ribosil pyro phosphate) yang berasal dari ribosa-5p yang
mengkaitkan atp dan ion mg²+ sebagai aktivator. Selanjutnya
pembentukan senyawa 5-phosphoribosilamin dari hasil reaksi PRPP
dengan glutamin. Reaksi ini menghasilkan pula asam amino glutamat
+ ppi. Kemudian, terjadi pembentukan senyawa GAR (glycin amid
ribosil-5p) dari hasil reaksi ribosilamin-5p dengan glisin yang
mengaktipkan ATP dan mg²+ sebagai aktivator dan yang dikatalisis
oleh enzim GAR syn-thetase. Senyawa 5-amino- 4- amidazole-
karboksamid- ribosil- 5P, melakukan reaksi formilasi yang dikatalisis
oleh enzim transformilase dengan koenzim FH4 (tetrahidrofolat) dan
senyawa donor gugus formil, maka terbentukny senyawa 5-
formamido- 4- imidazole karboksamide- ribosil-5p. Akhirnya Biosintesis Purin
terjadilah reaksi penutupan cincin yang ke-2 kalinya terbentuklah
derivat purin yang pertama berupa IMP (inosin monophosphate=
inosinic acid) yaitu derivat hiposantin atau 6- oksipurin. Sedangkan
AMP dan GMP diturunkan dari IMP.
 BIOSINTESIS PIRIMIDIN

Biosintesis pirimidin diawali oleh reaksi pembentukan

karbamoil-p yang dihasilkan dari reaksi antara glutamin,
atp dan co2 yang dikatalisis oleh enzim karbamoil-p
sintetase yang berlangsung didalam sitosol. Berbeda
dengan enzim karbamoil-p sinthase yang bekerjapada
reaksi pembentukan urea, dimana reaksi nya berlangsung
bukan didalam sitosol melainkan didalam mitokondria.
Selanjutnya terjadi reaksi penambahan gugus ribosa-p
pada asam orotat. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim orotat
fosforibosil transferase dan dihasilkan orotidilat OMP Biosintesis Pirimidin
(orotidin mono posphate). Akhirnya enzim orotidilat
dikarboksilase mengkatalisis reaksi dikarboksilasi
orotidilat dan menghasilkan uridilat (uridin mono
phosphate) yaitu produk nukleotida pertama pada
biosintesis pirimidin.
TRANSKRIPSI BALIK PADA RETROVIRUS
Transkripsi balik (Reverse transcription) merupakan proses kebalikan transkripsi yaitu mengkopi
RNA menjadi DNA. Definisi yang lain menyebutkan bahwa reverse transcription adalah proses
yang mentranskripsikan untai tunggal RNA menjadi DNA komplemennya (cDNA) dengan
katalisator enzim reverse transcriptase, primer dNTPs dan enzim RNAase Inhibitor. Tanpa
reverse transkripsi, pekerjaan mencari umumnya dilakukan dengan mengisolasi DNA total
genom kemudian memotong-motongnya menjadi ratusan ribu potongan dan diteruskan
dengan mempelajari masing-masing potongan dengan teliti, cara tersebut menghabiskan
waktu dan tenaga yang banyak dan tidak efisien. Dengan enzim yang sesuai, pekerjaan
mencari gen tidak harus dimulai dengan mengisolasi DNA genom total tetapi cukup
dengan mengisolasi mRNA
Proses transkripsi balik dimulai ketika RNA dari retrovirus memasuki sel inang, RNA genomik
dari retrovirus tersebut akan ditranskripsikan menjadi DNA rantai ganda dan nantinya akan
diinfeksikan ke DNA inang. Transkripsi dari RNA ke DNA ini disebut transkripsi balik.
MEKANISME TRANSKRIPSI BALIK
 MEKANISME TRANSKRIPSI BALIK (CONT.)
Seluruh proses transkripsi balik dikatalis oleh enzim reverse transcriptase yang mempunyai DNA polymerase
dan aktivitas Rnase H. Proses tersebut adalah :
1. tRNA dari sebuah retrovirus akan berhibridisasi dengan sebuah area komplementer yang disebut
dengan primer binding site (PBS).
2. Sebuah segmen DNA diperpanjang dari tRNA berdasarkan pada sekuens dari RNA genomik
retrovirus.
3. Sekuens R dan U5 dari RNA virus akan dihapuskan oleh RNase H.
4. Lompatan pertama: DNA berhibridisasi dengan sekuens R yang tersisa dari RNA virus di ujung 3’
5. Sebuah rantai DNA diperpanjang dari ujung 3’.
6. Hampir seluruh RNA virus dihapus oleh RNase H.
7. Rantai kedua dari DNA diperpanjang dari RNA virus
8. tRNA dan sisa dari RNA virus dihapuskan oleh RNase H.
9. Lompatan kedua: area PBS dari rantai kedua berhibridisasi dengan area PBS dari rantai pertama
10. Perpanjangan pada kedua rantai. LTR merupakan "long terminal repeat".
ANALISIS ASAM NUKLEAT KUALITATIF DAN KUANTITATIF
ANALISIS KUALITATIF
Metode untuk mengetahui keberadaan atau eksistensi dari DNA atau RNA yang
sedang diuji dan juga mengenai cara dalam memanipulasi/menggunakan DNA atau
RNA dalam proses pengujian

STAINING ELEKTROFORESIS GEL

DNA SEQUENCING HIBRIDISASI

SENTRIFUGASI
STAINING
Staining merupakan sebuah metode yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan
atau menunjukkan keberadaan DNA maupun RNA, terutama setelah mengalami
proses pemisahan. Pemberian zat berwarna bertujuan untuk mengetahui keberadan
atau letak DNA atau RNA.
STAINING
TUJUAN

1) Mengetahui apakah sampel termasuk sel hidup atau tidak dengan

mendeteksi keberadaan DNA
2) Mengetahui apakah sampel berada dalam siklus proses sintesis protein
dengan mendeteksi keberadaan RNA
3) Untuk mengetahui letak nukleus
4) Untuk mengetahui siklus sel
STAINING
PEWARNA YANG DIGUNAKAN

Etidium Bromida
Pewarna ini dapat digunakan dalam gel, baik pada
larutan penyangga elektroforesis ataupun pada gel.
Molekul-molekul pewarna ini menempel pada rantai
DNA dan bersifat fluoresens dia bawah cahaya UV.
SYBR Gold
Jenis pewarna ini merupakan salah satu alternatif
pewarna etidium bromida dan dinilai lebih sensitif
daripada pewarna etidium bromida.
STAINING
PEWARNA YANG DIGUNAKAN :

SYBR Green
Terbagi menjadi dua jenis, yaitu SYBR Green I dan II.
SYBR Green I lebih sensitif terhadap pengunaan DNA
rantai ganda, sedangkan SYBR Green II paling baik
untuk DNA rantai tunggal
SYBR Safe
Lebih aman daripada pewarna etidium bromida dan
pewarna SYBR lainnya. Pewarna ini tidak bersifat
beracun dan aman untuk dibuang langsung ke dalam
sistem pembuangan limbah.
STAINING
PEWARNA YANG DIGUNAKAN :

Eva Green
Dapat dimanfaatkan dalam metode PCR (Polymerase
Chain Reaction). Selain itu, pewarna ini juga cocok
digunakan untuk gel yang memiliki titik leleh yang
rendah. Eva Green sangat stabil dalam suhu tinggi dan
memiliki fluoresensi yang rendah
GEL ELEKTROFORESIS
Elektroforesis adalah suatu proses migrasi
molekul bermuatan di dalam suatu media yang
bermuatan listrik, dimana kecepatan migrasinya
tergantung pada muatan, ukuran dan bentuk
setiap molekul yang terlibat.
Prinsip dasar elektroforesis adalah
pergerakkan molekul bermuatan dalam medan
listrik, dimana diketahui bahwa DNA bermuatan
negatif.
Elektroforesis memerlukan komponen utama
berupa gel, antara lain gel pati, gel agarosa,
gel poliakrilamida, dan gel selulosa asetat
GEL ELEKTROFORESIS
Beberapa faktor yang mempengaruhi
kecepatan molekul bergerak melewati gel,
yaitu
o Ukuran molekul
o Bentuk molekul
o Densitas muatan
o Komposisi gel
o Kuat medan listrik
DNA SEQUENCING
Metode untuk menentuan urutan basa nukleotida dari molekul DNA.
Pengurutan (sequencing) asam nukleat memungkinkan kita mengetahui kode
genetik dari molekul DNA.
1. Sanger/Terminasi Rantai
2. Maxam Gilbert/Degradasi Kimia
DNA SEQUENCING
1. Sanger/Terminasi Rantai
Urutan DNA ditentukan melalui
sintesis enzimatik dari untaian
komplementer yang berakhir
pada posisi spesifik. Prosedur
umum metode sanger yaitu
menyiapkan template, membuat
kumpulan potongan berlabel,
elektroforesis dan pembacaan
gel.
DNA SEQUENCING
1. Maxam Gilbert/Degradasi
Kimia
Urutan DNA ditentukan melalui
penambahan bahan kimia yang
memotong DNA pada nukleotida
spesifik. Prosedur umum maxam-
gilbert yaitu menyiapkan untaian
berlabel, membuat kumpulan
potongan berlabel, elektroforesis,
dan pembacaan gel.
HIBRIDISASI
Teknik ini digunakan untuk Southern blotting, Northern
blotting dan untuk skrining library. Tujuan metode ini
adalah untuk melihat (visulisasi) sekuens asam nukleat
tertentu (DNA atau RNA) dalam lingkungan/latar
belakang campuran sekuens lain yang kompleks. Teknik
ini memanfaatkan sifat DNA yaitu dua untai asam nukleat
yang komplemen akan saling mengikat (hibridisasi)
dengan tingkat spesifisitas yang tinggi.
Southern Blotting
1. Pemisahan fragmen DNA dengan elektroforesis gel
2. Denaturasi
3. Transfer ke membran
HIBRIDISASI
Northern Blotting
Beberapa hal yang membedakan
dengan Southern blotting adalah:
RNA jauh lebih rentan terhadap
degradasi dibanding DNA, oleh
karena itu elektroforesis dilakukan
dalam buffer yang mengandung
zat kimia yang bersifat melindungi
(biasanya formaldehid). RNA sudah
berupa untai tunggal dan
membutuhkan kondisi denaturasi
yang lebih ringan.
SENTRIFUGASI
Sentrifugasi digunakan untuk
memisahkan sel atau organel sel
subseluler ataupun molekular
dengan prinsip dasar
mengendapkan partikel tersuspensi
di dasar wadah karena gravitasi
yang dipengaruhi oleh berat
molekul dan bentuk partikel
ANALISIS KUANTITATIF
Analisis kuantitatif membahas mengenai bagaimana menghitung kemurnian dan
konsentrasi dari DNA atau RNA yang sedang diuji

SPEKTROFOTOMETRI UV-VIS PCR

DNA MICROARRAY
SPEKTROFOTOMETRI
Spektrofotometri merupakan metode untuk mengetahui konsentrasi dan kemurnian
suatu zat berdasarkan pengukuran nilai absorbansi dan nilai transmitansi. Jenis
spektrofotometri yang dapat digunakan untuk uji juantitatif DNA adalah
Spektrofotometri Visible dan Spektrofotometri UV-Vis
SPEKTROFOTOMETRI
Spektroskopi Sinar Spektroskopi UV-Vis
Tampak
Sinar tampak UV dan sinar tampak Å260
Panjang gelombang Panjang gelombang 190- 𝑲𝒆𝒎𝒖𝒓𝒏𝒊𝒂𝒏 =
Å280
380-750 nm 380 nm
Sampel harus Sampel tidak harus
berwarna berwarna

Pita ganda DNA/RNA dapat menyerap Kemurnian <1.8 → Isolasi belum

cahaya UV pada 260 nm, sedangkan murni
kontaminan protein atau fenol pada
280 nm. Dalam hal ini, kemurnian DNA Kemurnian >2.0 → nilai ddH2O
berkisar Antara 1.8 – 2.0. yang diambil lebih banyak dari
DNA/RNA
SPEKTROFOTOMETRI
Menghitung konsentrasi DNA menggunakan rumus :

𝐷𝑁𝐴 = Å260 × 50 × 𝑓𝑎𝑘𝑡𝑜𝑟 𝑝𝑒𝑛𝑔𝑒𝑛𝑐𝑒𝑟𝑎𝑛

Menghitung konsentrasi RNA menggunakan rumus :

𝑅𝑁𝐴 = Å260 × 50 × 𝑓𝑎𝑘𝑡𝑜𝑟 𝑝𝑒𝑛𝑔𝑒𝑛𝑐𝑒𝑟𝑎𝑛

PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
PCR merupakan salah satu metode dalam
menganalisis DNA dimana metode ini
memanfaatkan salah satu sifat DNA yang
dapat direplikasi. Biasanya, dalam analisis
DNA, diperlukan jumlah DNA yang tidak sedikit.
Oleh karenanya, diperlukan metode PCR yang
fungsi utamanya ialah melakukan penggandaan
DNA dengan bantuan enzim polymerase.
Penggandaan ini dilakukan pada bagian atau
daerah tertentu dari suatu DNA template. PCR
berlangsung dalam 20 hingga 40 siklus.
Prosedur umum PCR merupakan proses siklus
yang berulang yaitu denaturasi untai ganda
DNA, primer annealing, dan ekstensi pita DNA
dengan DNA polymerase.
PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
Menghitung jumlah salinan DNA pada PCR yaitu

𝑦 = 2𝑛 − 2𝑛 𝑥

Dalam hal ini, y merupakan jumlah amplicon, n merupakan jumlah siklus,

dan x merupakan jumlah molekul DNA tempat semula
DNA MICROARRAY
DNA Microarray adalah suatu metode yang digunakan untuk menganalisa
ekspresi gen dalam jumlah besar secara simultan dan dalam satu kali
eksperimen saja karena metode ini dapat menyaring ribuan gen dalam satu
eksperimen saja.
Langkah –langkah pembuatan DNA Microarray
1. Proses produksi Microarray
2. Persiapkan target
3. Hibridisasi
4. Scaning slide
5. Analisis data
APLIKASI ASAM NUKLEAT
APLIKASI ASAM NUKLEAT
•Terapi Gen
Kesehatan • Vaksinasi Gen

Rekayasa • Genetically Modified Organism

Genetika • Kloning

• DNA Fingerprinting
Forensik • DNA Microarray
 Teknik yang digunakan untuk
memperbaiki gen mutan penyebab
TERAPI GEN penyakit.
Dalam terapi gen diperlukan
molekul karier yang disebut vektor.
Dengan tujuan untuk membawa gen
normal ke sel target.
Prinsip kerja dari terapi gen adalah
memberikan gen yang tepat,
sehingga tubuh mampu memproduksi
enzim/protein yang diperlukan untuk
melawan penyakit.
JENIS VIRUS YANG DIGUNAKAN UNTUK TERAPI
GEN
Retrovirus Adeno- Herpes simpleks
associatedvirus
• Golongan virus • Virus dengan • Golongan virus
yang dapat rantai tunggal dengan rantai
membuat rantai yang dapat ganda yang
ganda DNA dari memasukkan menginfeksi
genomnya dan material genetik sebagian dari sel,
disatukan dengan di tempat spesifik seperti sel neuron.
kromosom sel pada kromosom
inangnya. 19.
MEKANISME TERAPI GEN
Menggantikan Gen yang Bermutasi
• Gen mutan menyebabkan sel tidak mampu menjalankan fungsinya dengan baik
sehingga dilakukan penggantian gen rusak dengan gen normal
Memperbaiki Gen yang Bermutasi
• Jika gen masih dapat diperbaiki, maka gen tersebut diperbaiki agar faktor
pemicunya mampu ditekan
Memperkuat Sistem Kekebalan Tubuh
• Menambahkan gen pada sel yang tidak lengkap, menambahkan sel kanker agar
peka terhadap radiasi, menambahkan gen pada sel kanker agar mudah dikenali
 JENIS TERAPI
Ex Vivo
GEN In Vivo

Rekayasa genetika dilakukan di luar tubuh. Rekayasa genetika dilakukan di dalam

tubuh.
Sel dari jaringan diekstrak keluar kmudian
sel dimasukkan gen tertentu. Memasukkan gen tertentu ke dalam tubuh
dengan melibatkan virus sebagai vektor.
Reinfusi dari sel tertransduksi kembali ke
tubuh pasien.
MANFAAT TERAPI GEN
Penyembuhan penyakit hemofilia dan thalasemia
Memperlambat pertumbuhan kanker
Menangani penyakit defisiensi Adenosin Deaminase
Memperpanjang usia sel dengan mensubstitusikan protein
Menyembukan kelainan genetik.
RISIKO TERAPI GEN
Reaksi berlebihan dari sistem kekebalan tubuh
Bekerja pada sel yang salah
Infeksi yang disebabkan oleh virus
Kesalahan penyisipan DNA
Menimbulkan mutasi gen baru
VAKSINASI GEN
Teknik perlindungan dari penyakit dengan cara menginjeksi sel menggunakan
DNA yang telah di rekayasa genetik sehingga sel secara langsung
menghasilkan antegen dengan respon protektif imunologi.
Prinsip kerjanya adalah dengan mengembangkan DNA yang
mengekspresikan sel untuk menghasilkan protein yang dapat merangsang
sistem kekebalan tubuh.
Vaksin gen terdiri atas plasmid bakteri pembawa gen yang mengkode
antigen di bawah kendali promotor sel inang.
DNA diberikan melalui suntikan menggunakan liposom atau dengan
penembakan partikel.
MEKANISME 1. Plasmid yang mengandung protein
disuntikkan ke dalam kulit target.
VAKSINASI GEN 2. Protein diproduksi secara endogen, kemudian
diolah secara intraseluler menjadi peptida
antigenik dengan enzim protease.
3. Peptida dimasukkan ke dalam retikulum
endopasma oleh vesikel.
4. Dalam RE, peptida mengikat molekul major
histocompability complex.
5. Kemudian dikeluarkan pada permukaan sel,
sehingga merangsang CTL membangkitkan
imunitas seluler.
6. CTL menghambat virus dengan 2 cara:
Sitolisis, dari sel yang terinfeksi
Nonsitolisis, melalui proses sitokin
METODE VAKSINASI GEN
Injeksi Hipodermis Penembak Gen
Menggunakan jarum hipodermis Tembakan gen mempercepat
dengan media air garam. DNA plasmid yang telah
diserap oleh mikropartikel.
Dilakukan secara intraseluler
dengan mengirimkan DNA ke Proses ini menggunakan helium
ruang ekstraseluler. sebagai akseleran
Pemilihan metode menentukan dosis yang dibutuhkan untuk menghasilkan respon
imun yang efektif. Injeksi hipodermis membutuhkan lebih banyak DNA dibanding
penembak gen.
JENIS RESPON IMUN
Respon Sitosik Sel T (CTL), penargetan antigen untuk degradasi
intraseluler mampu meningkatkan respon CTL.

Respon Sel T-Helper, jenis bantuan sel T dipengaruhi oleh

penargetan kompartemen limfoid.
KELEBIHAN VAKSINASI GEN
Urutan DNA tertentu memiliki kemampuan bawaan untuk
merangsang sistem kekebalan tubuh.
Gen yang mengkode protein mempengaruhi fungsi dari respon
imun yang dapat disisipkan bersama dengan vaksin.
Dapat digunakan untuk mengobati infeksi kronis.
KEKURANGAN VAKSINASI GEN
Beberapa mikroba memiliki kapsid yang mengandug
polisakarida sehingga membatasi penggunaan vaksin
DNA, karea tidak mampu menggantikan subunit vaksin
berbasis polisakarida.
GENETICALLY MODIFIED ORGANISM (GMO)
GMO merupakan organisme hasil rekayasa genetika yang telah
mengalami perubahan DNA.
Tujuan dari GMO adalah untuk menghasilkan produk rekayasa
genetika yang memiliki sifat-sifat keunggulan dan hemat biaya.
Proses ini menggunakan teknologi DNA rekombinan.a
MEKANSIME GMO 1. Isolasi gen target dari organisme
tertentu yang memiliki sifat spesifik.
2. Ligasi DNA target ke dalam vektor
sehingga membentuk DNA rekombinan.
3. Transformasi vektor DNA rekombinan
ke dalam bakteri tertentu untu
memperbanyak DNA rekombinan.
4. Penyisipan vektor dengan DNA target
ke dalam sel yang diinginkan.
METODE GENETIC ENGINEERING
1. Bacterial Carriers
Menggunakan bakteri dalam larutan
sehingga dinding selnya berpori
2. Pengendapan Kalsium Fosfat
Gen target diberikan kalsium fosfat
sehingga menghasilkan butiran kecil.
3. Elektroporasi
Sel inang dan gen target disimpan
dalam larutan jenuh, kemudian
diberikan sengatan listrik.
4. Biolistik
DNA ditempelkan pada partikel emas
dan dimasukkan ke dalam sel.
METODE GENETIC ENGINEERING
5. Isolasi Gen
Gen target diidentifikasi dalam
organisme dan dilihat salinan gen
yang mencegah ekspresi tsb.
7. Menggunakan Virus Pembawa
Virus yang dipilih tidak
menyebabkan penyakit.

6. Penyambungan Gen
Menggunakan enzim untuk
menambahkan gen ke kromosom.
KELEBIHAN GMO
Mengandung gizi dan varian rasa yang lebih banyak.
Menghilangkan sifat penyebab alergi.
Resistensi organisme terhadap hama, gulma, dan penyakit.
Mampu berkembang pada kondisi yang tidak ideal.
Ramah lingkungan.
Dapat tumbuh pada lahan yang kecil.
KEKURANGAN GMO
Memiliki risiko respon gen yang salah, sehingga ekspresi
gen tidak dapat dikendalikan.
Penyerbukan silang antara tanaman transgenik dan
normal akan merusak ekologi.
Merugikan petani lokal.
KLONING
Proses reproduksi aseksual untuk menghasilkan sejumlah
individu yang identik secara genetik dan mempunyai
susunan dan jumlah gen yang sama.
Spesies yang dihasilkan disebut klon.
Prinsip kerja kloning adalah transfer inti sel somatik.
 1. Inti sel somatik diambil dan
dimasukkan ke dalam sel telur
yang tidak dibuahi dan intinya
telah dihapus.
2. Telur dan inti sel somatik tsb
dijaga hingga menjadi embrio.
3. Kemudian embrio ditempatkan
dalam induk pengganti
MEKANISME KLONING
KLONING HEWAN
 1. Gen insulin dan plasmid bakteri
E. Coli dipotong menggunakan
enzim restriksi.
2. Lalu bagian plasmid disatukan
dengan gen insulin mengunakan
enzim ligase, menghasilkan
plasmid rekombinan.
3. Kemudian plasmid dimasukkan e
dalam bakteri kembali untuk
MEKANISME KLONING mengalami pembiakan.
KLONING GEN
JENIS KLONING
Kloning DNA Rekombinan Kloning Terapeutik
Pemindahan sebagian rantai Kloning untuk memproduksi
DNA pada satu elemen replikasi embrio manusia dengan tujuan
genetik. mendapatkan sel batang yang
akan digunakan untuk penelitian

Kloning Reproduktif
Teknologi yang digunakan untuk
menghasilkan hewan yang sama.
TEKNIK KLONING
Teknik Roslin
Sel somatik dibiarkan tumbuh
hingga kehilangan nutrisi.
Kemudian sel somatik menginduksi
sel ke tahap tidak aktif.
Lalu sel somatik didekatkan denga
sel telur tak berinti.
Dengan memanfaatkan listrik sel
tsb berkembang menjadi embrio.
Teknik Hondulu
Inti dari sel somatik diambil dan
dimasukkan ke dalam sel telur tak
berinti.
Kemudian sel telur ditetesi larutan
kimia sehingga tumbuh menjadi
embrio.
MANFAAT KLONING
Mengembangkan dan memperbanyak bibit unggul
Pengobatan penyakit
Mengatasi infertilitas
Pembuatan organ pengganti
KEKURANGAN KLONING
Mampu menciptakan spesies baru yang bertentangan
dengan nilai kemanusiaan.
Klon sangat rentan terhadap penyakit.
DNA FINGERPRINTING
Proses identifikasi individu berdasarkan DNA.
Memiliki beberapa metode, yaitu:
a. Restriction Fragment Length Polymorphism
b. Short Tandem Repeat
c. Amplifie Fragment Length Polymorphism
METODE DNA
FINGERPRINTING:
RFLP
 METODE DNA FINGERPRINTING: STR
1. Isolasi DNA sampel.
2. Memasukkan sampel ke dalam alat PCR
untuk replikasi damampifikasi segmen
DNA.
3. Dihasilkan salinan DNA dan DNA sampel.
4. Salinan DNA dikarakterisasi dengan
elektroforesis ntuk melihat pola pita DNA.
 METODE DNA FINGERPRINTING: AFLP
1. Pemotongan oleh enzim restriksi dan
penempelan adapter.
2. Perbanyakan selektif atas potongan
DNA.
3. Analisis hasil amplifikasi lewat
elektroforesis gel.
DNA MICROARRAY
Analisis kualitatif yang digunakan untuk menganalisis DNA
dari sel-sel orang berpenyakit seperti sel tumor, gen yang
termutasi, aktivitas gen pada sebuah se/jaringan tertentu,
bahkan dapat menentukan ekspresi gen/profil gen dari
sampel yang berbeda-beda
 MEKANISME DNA MICROARRAY
1. Menggunakan dua sampel yang berbeda.
2. Kedua sampel tersebut diisolasi mRNA-nya
dan kemudian diletakkan ke dalam chip
microarray.
3. Chip tsb diberi penanda radioaktif untuk
menghasilkan warna fluoresens setelah
dilakukan scanning.
4. Komputer akan menganalisis kedua sampel
tersebut berdasarkan pola warna yang ada.
 DAFTAR PUSTAKA
Anonim. (2014). Transcription [HD Animation]. [Online] Available
from: https://www.youtube.com/watch?v=pNVPB6NFIZU
[Accessed : 24 Februari 2015]
Anonim. (2014). Sintesis Protein dan Kode Genetik. [Online]
Available from: http://www.biologi-sel.com/2012/06/sintesis-
protein-dan-kode-genetik.html [Accessed: 24 Februari 2015]
Anonim. Mechanism of Reverse Transcription. [Online] Available
from: http://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch4J1.htm
[Accessed : 24 Februari 2015]
Budisma. (2015). Perbedaan Retrovirus dan Virus. [Online]
Available from:http://budisma.net/2015/02/perbedaan-virus-
dan-retrovirus.html [Accessed : 24 Februari 2015]
Capsalis, T. (2011). DNA Replication. [Online] Available from:
https://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80 [Accessed:
24 Februari 2015]
Chinyere. The Lactose Operon. [Online] Available from :
http://userpages.umbc.edu/~lrowan1/lactoseoperon.html [Accessed : 24
Februari 2015]
Clark, J. (2007). Transcription : From DNA to RNA. [Online] Available
from: http://www.chemguide.co.uk/organicprops/aminoacids/dna3.html
[Accessed: 24 Februari 2015]
Damayantie, E. (2011). Replikasi DNA dan Abnormalitasnya pada
Pertumbuhan Sel Tumor. [Online] Available from:
http://www.academia.edu/5085250/makalah._Replikasi_DNA
[Accessed: 23 Februari 2015]
Ernawati, M. (2012). Transkripsi. [Online] Available from :
http://mitaunair-fk12.web.unair.ac.id/artikel_detail-63925-
Mata%20Kuliah%20Biomedik-TRANSKRIPSI.html [Accessed : 24 Februari
2015]
The Mc Graw-Hill Companies. (2007). DNA Replication. [Online]
Available from: http://highered.mcgraw-
hill.com/sites/0072943696/student_view0/chapter3/animation__dna_r
eplication__quiz_1_.html [Accessed: 24 Februari 2015]
Yuwono, T. (2005). Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.