PENGAMATAN VIRUS PADA BAKTERI DENGAN

METODE PLAQUE

Oleh :
Nama : Sekar Tyas Pertiwi
NIM : B1A06080
Rombongan : III
Kelompok :2
Asisten : Dwi Rizki Nurjanah

LAPORAN PRAKTIKUM VIROLOGI

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2018
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Virus adalah partikel nukleoprotein yang berukuran sub mikroskopis,

memperbanyak diri dalam jaringan sel hidup, dan mempunyai kemampuan
menyebabkan sakit pada makhluk hidup (Hanadyo et al., 2013). Virus merupakan
mahluk peralihan antara benda mati dan benda hidup. Disebut benda mati karena
dapat dikristalkan, tidak memiliki protoplasma atau aseluler, dan di alam bebas
virus gangguan dormansi atau istirahat. Jika virus terbawa oleh angin, kemudian
menemukan tempat yang cocok maka virus itu akan aktif, tetapi jika tempat itu
tidak cocok maka virus akan terlempar dan terbawa oleh angin lagi. Virus juga
bersifat virulen dan hanya mampu hidup di kelompok yang hidup. Virus hanya
memiliki DNA atau RNA saja. Disebut benda hidup karena memiliki DNA atau
RNA dan dapat bereproduksi. Ukuran virus lebih kecil dari bakteri sekitar 200-300
milimikron. Bentuk virus ada yang poligonal, bulat, dan T. Contoh virus adalah T
adalah bakteriofag atu sering disebut fag saja. Virus ini menyerang bakteri
epidemik misalnya Eschericia coli (Deri, 2008).
Bakteriofag merupakan virus yang menginfeksi bakteri dan mampu
membunuh sel bakteri tersebut secara langsung atau mengintegrasikan DNA virus
ke dalam kromosom bakteri inang (Budzik, 2003). Bakteriofag adalah virus yang
sel inangnya berupa sel bakteri, contohnya virus bakteri E. coli. Sebagian besar
bakteriofag mempunyai asam nukleat double-stranded DNA (dsDNA), akan tetapi
ada juga yang asam nukleatnya berupa single-stranded DNA (ssDNA) dan virus
RNA. Bakteriofag memiliki kapsid yang berbentuk polyhedral dan diselubungi oleh
protein. Bakteriofag juga memiliki ekor seperti benang, tersusun atas protein, yang
dapat mengenali reseptor pada sel inang pada saat tahap pelakatan (Haq et al.,
2012).
Bakteriofag (atau virus yang melisiskan bakteri) adalah bentuk kehidupan
yang paling umum di dunia dan mereka adalah bagian dari mikroflora normal dari
semua makanan segar (Carter et al., 2012). Bakteriofag memiliki keunggulan
karena mampu menginfeksi dan melisiskan bakteri spesifik dengan menghasilkan
enzim lisozim. Hal tersebut menjadi salah satu keuntungan penggunaan bakteriofag
sebagai biokontrol bakteri yang lebih aman (Saefunida et al., 2016).
 Perkembangbiakan virus atau dalam siklus hidupnya virus memerlukan
lingkungan sel yang hidup. Oleh karena itu, virus menginfeksi sel bakteri, sel
hewan, atau sel tumbuhan untuk bereproduksi. Menurut Campbell (2004) ada dua
macam virus menginfeksi bakteri, yaitu :
a. Infeksi secara litik
Infeksi secara litik melalui fase-fase sebagai berikut ini:
1. Fase adsorpsi dan infeksi
Faga akan melekat atau menginfeksi bagian tertentu dari dinding sel
hospes, daerah itu disebut daerah reseptor. Daerah ini khas bagi faga tertentu dan
faga jenis lain tidak dapat melekat di tempat tersebut. Virus tidak memiliki
enzim untuk metabolisme, tetapi memliki enzim lisozim yang berfungsi merusak
atau melubangi dinding sel hospes. Sesudah dinding sel hospes terhidrolisis oleh
lisozim, maka seluruh isi faga masuk ke dalam hospes.Faga kemudian merusak dan
mengendalikan DNA hospes.
2. Fase replikasi (fase sintesa)
DNA faga mengadakan replikasi (menyusun DNA) menggunakan DNA
hospes sebagai bahan, serta membentuk selubung protein, maka terbentuklah
molekul DNA baru virus yang lengkap dengan selubungnya.
3. Fase pembebasan virus (faga-faga baru)/fase lisis.
Sesudah faga dewasa, sel hospes akan pecah (lisis), sehingga keluarlah
virus atau faga yang baru. Jumlah virus baru ini dapat mencapai sekitar 200.
b. Infeksi secara lisogenik
1. Fase adsorpsi dan infeksi
Faga menempel pada tempat yang spesifik.Virus melakukan penetrasi
pada hospes kemudian mengeluarkan DNA ke dalam tubuh hospes.
2. Fase penggabungan
DNA virus bersatu dengan DNA hospes membentuk profaga yang
memiliki sebagian besar gen yang berada dalam fase tidak aktif, tetapi
sedikitnya ada satu gen yang selalu aktif. Gen aktif berfungsi untuk mengkode
protein reseptor yang berfungsi menjaga agar sebagian gen profaga tidak aktif.
3. Fase pembelahan
Bila sel hospes membelah diri, profaga ikut membelah sehingga dua sel
anakan hospes juga mengandung profaga di dalam selnya. Hal ini akan
 berlangsung terus-menerus selama sel bakteri yang mengandung profaga
membelah.
Metode Plaque adalah salah satu metode yang digunakan untuk menguji
adanya virus yang melisiskan sel inang. Metode Plaque pertama kali
dikembangkan oleh Renato Dulbecco pada tahun 1952 untuk menghitung
banyaknya bakteriofage. Metode Plaque merupakan metode umum dalam
melihat kuantitas infeksi virus dan substansi virus. Selain itu, metode-metode
lain yang dapat digunakan untuk mendeteksi adanya virus adalah melalui PCR
dan pelacak DNA (Jawetz and Joseph, 1986). Metode plaque sering digunakan
karena lebih mudah dan sederhana, yaitu dengan melihat zona jernih dari biakan
bakteri yang ditumbuhkan. Zona jernih tersebut diakibatkan lisisnya bakteri
akibat virus. Kekurangan metode plaque adalah tidak terlalu akurat, karena
susah membedakan antara plaque yang terbentuk dengan media yang digunakan
(Matrosovich et al., 2006).

B. Tujuan

Tujuan praktikum kali ini adalah untuk mengetahui ada tidaknya virus yang
melisiskan sel bakteri, yang terlihat dari zona jernih atau adanya plaque yang terbentuk
di dalam media Luria Bertani yang telah diinokulasikan sampel dan bakteri E. coli.
 II. MATERI DAN CARA KERJA

A. Materi

Alat-alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah pembakar spiritus,
korek api, wrapping, pipet ukur, botol steril, alumunium foil, inkubator, mikropipet,
tip, tabung reaksi, tabung falcon, Eppendorf, cawan petri, filter 0,45 µm, milipore,
dan erlenmeyer.
Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah sampel kotoran sapi 1
gram, inokulum Escherichia coli, media Luria Bertani (LB), akuades, dan
Phosphate Buffer Saline (PBS).

B. Cara Kerja

Metode yang digunakan pada praktikum kali ini adalah sebagai berikut :
A. Pembuatan Konsornium
1. Sampel kotoran 1 gram, media Luria Bertani (LB) 150 mL, dan isolat cair E.
coli 15 mL dimasukkan dalam konsorsium.
2. Konsorsium diinkubasi 2 x 24 jam pada suhu 37 ℃.
B. Isolasi Bakteriofag
1. Sampel dimasukkan ke dalam tabung falcon 15 ml yang telah disediakan.
2. Tabung falcon 15 mL yang telah dimasukkan sampel tadi disentrifugasi 3000
rpm selama 5 menit.
3. Setelah disentrifugasi, sampel disaring menggunakan milipore.
4. Setelah sampel disaring menggunakan milipore, dimasukkan ke dalam
Eppendorf.
C. Inokulasi Filtrat
1. Pengenceran bertingkat dilakukan sampai 10-3 dengan 0,1 ml filtrat
dipindahkan ke Eppendorf berisi 0,9 ml PBS sebagai pengenceran 10-1.
2. Pengenceran 10-2 dan 10-3 diambil untuk dimasukkan ke Eppendorf baru yang
berisi 0,5 ml E. coli.
3. Pengenceran 10-2 dan 10-3 yang telah dimasukkan ke Eppendorf yang berisi
0,5 ml E. coli dituang ke cawan petri berisi media Luria Bertani (LB) yang
berbeda, lalu diratakan dengan drugalsky.
4. Diinkubasi 2 x 24 jam dengan suhu 37 ℃.
5. Pembetukan plaque yang terjadi diamati apabila terbentuk plaque pada koloni
pertumbuhan bakteri maka diduga terdapat sel bakteri yang dilisiskan oleh
virus.
6. Jumlah plaque yang terbentuk dihitung.
𝑃𝐹𝑈′𝑠 𝑃𝑙𝑎𝑞𝑢𝑒
=
𝑚𝑙 𝑑𝑖𝑙𝑙𝑢𝑡𝑖𝑜𝑛 𝑥 𝑣𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒
 III. HASIL DAN PEMBAHASAN
Tabel 3.1. pengamatan virus yang menyerang bakteri dengan metode plaque
Kelompok Pengenceran
10-2 10-3
1 26,83 x 103 8,3 x 103
2 5 x 102 5 x 102
3 4,1 x 103 2,3 x 104

Perhitungan Pengenceran 10-2 Perhitungan Pengenceran 10-3

𝑃𝐹𝑈′𝑠 3 𝑃𝐹𝑈′𝑠 3
= = 5 x 102 = = 5 x 102
𝑚𝑙 0,001 𝑥 0,6 𝑚𝑙 0,001 𝑥 0,6

Berdasarkan pengamatan bahwa hasil plaque pada rombongan III masing-

masing kelompok menunjukan adanya zona lisis atau terbentuknya plaque baik pada
pengenceran 10-2 maupun 10-3. Kelompok 1 pada pengenceran 10-2 memperoleh 26,83 x
103, sedangkan pada pengenceran 10-3 memperoleh 8,3 x 103. Kelompok 2 baik pada
pengenceran 10-2 dan 10-3 memperoleh hasil yang sama yaitu 5 x 102. Kelompok 3 pada
pengenceran 10-2 memperoleh 4,1 x 103, sedangkan pada pengenceran 10-3 memperoleh
2,3 x 104

Gambar 3.1 Hasil plaque Gambar 3.2 Hasil plaque

pengenceran 10-2 pengenceran 10-3

Menurut Sihombing (2000), saat partikel virus melakukan infeksinya pada

lapisan sel inang yang tumbuh menyebar di media sedang, zona lisis atau zona hambat
akan muncul yang akan terlihat pada bagian yang terang pada lapisan sel inang.
Wilayah ini dinamakan sebagai plakat yang diasumsikan bahwa setiap plak berasal dari
satu partikel virus. Plakat adalah jendela pada lapisan sel yang hidup menyebar pada
permukaan media agar. Plaque dapat dilihat dari virus sampah (bakteriofag) campuran
dengan lapisan untuk inang bakteri yang ditumbuhkan pada media agar.
 IV. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil pengamatan dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa

terdapat virus yang terlihat dari zona jernih atau adanya plaque yang terbentuk pada
media Luria Bertani (LB) yang telah diinokulasikan sampel dan bakteri E. coli
dengan pengenceran 10-2 dan 10-3.

B. Saran
Sebaiknya pengencerannya ditambah, bukan hanya pengenceran 10-2 dan
pengenceran 10-3.
 DAFTAR PUSTAKA

Budzik, J. M., 2003. Phage Isolation and Investigation. Dartmouth Undergraduate

Journal of Sciences, 3(1), pp. 37-43.

Campbell, N. A., 2004. Biologi. Jakarta: Erlangga.

Carter, D. C., Adam, P., Tamar, A., Manrong, L., Joelle, W., Joshua, M., Andre, S.,
Andrew, M. K. & Alexander, S., 2012. Bacteriophage Cocktail Significantly
Reduces Escherichia coli O157. Bacteriophage, 2(3), pp. 178-185.

Deri, A., 2008. Jenis atau Macam Daur Infeksi Virus (Litik & Lisogenik) dan Contoh
Virus pada Hewan dan Tumbuhan. Jakarta: Erlangga.

Hanadyo, R., Tutung, H. & Mintarto, M., 2013. Pengaruh Pemberian Pupuk Daun Cair
Terhadap Intensitas Serangan Tobacco Mosaic Virus (TMV), Pertumbuhan,
dan Produksi Tanaman Tembakau (Nicotiana tabacum L.). Jurnal HPT, 1(2),
pp. 28-36.

Haq, A., Irshad, U. I., Chaudhry, W. N., Akhtar, M. N., Andleeb, S. & Qadri, I., 2012.
Bacteriophages and Their Implications on Future Biotechnology: A Review.
Virology Journal, 9(9), pp. 1-12.

Jawetz, E. & Joseph, L. M., 1986. Mikrobiologi untuk Profesi Kesehatan Edisi 16.
Jakarta: ECG.

Matrosovich, M., Matrosovich, T., Garten, W. & Klenk, H. D., 2006. New
Lowviscosity Overlay Medium for Viral Plaque Assays. Virology Journal,
3(63), pp. 1-7.

Saefunida, D. S., Wijanarka., Isworo, R. M. G. & Novik, N. H., 2016. Isolasi

Bakteriofag Escherichia coli dari Sistem Distribusi Air Minum Isi Ulang
Sebagai Antibiofilm. Jurnal Biologi, 5(2), pp. 68-75.

Sihombing, D. T. H., 2000. Teknik Pengelolaan Limbah Kegiatan/Usaha Peternakan.

Bogor: Pusat Penelitian Lingkungan Hidup Lembaga Penelitian IPB.