LAPORAN PRAKTIKUM VIROLOGI

PENGAMATAN VIRUS PADA BAKTERI DENGAN METODE PLAQUE

Disusun oleh :

Nama : Khafifah Leni Ashary

Nim : 1611050005
Kelompok : 3 (tiga)

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

FAKULTAS ILMU KESEHATAN
PROGRAM STUDI D4 TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIK
PURWOKERTO

2019
 BAB I. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Virus adalah partikel nukleoprotein yang berukuran sub mikroskopis,

memperbanyak diri dalam jaringan sel hidup, dan mempunyai kemampuan
menyebabkan penyakit pada makhluk hidup (Hatano et al., 2010). Bakteriofag
memiliki kapsid yang berbentuk polyhedral dan diselubungi oleh protein.
Bakteriofag juga memiliki ekor seperti benang, tersusun atas protein, yang
dapat mengenali reseptor pada sel inang pada saat tahap pelakatan (Haq et al.,
2012).
Bakteriofag merupakan virus yang menginfeksi bakteri dan mampu
membunuh sel bakteri dengan mengintegrasikan DNA virus ke kromosom
bakteri inang. Penggunaan bakteriofag ternyata relatif lebih efisien, spesifik
dan cost effective (Rahaju, 2014).
Virus dapat diisolasi dengan membentuk zona bening (plak) pada lapisan
sel inangnya. Plak juga dapat dibentuk oleh phages pada pertumbuhan bakteri.
Hal ini diasumsikan bahwa plak merupakan hasil dari infeksi sel oleh virion
tunggal (Rahaju, 2014).
Plaque merupakan “jendela” pada lapisan sel inang yang hidup menyebar
pada permukaan media agar. Plaque dapat dilihat apabila partikel virus
(bakteriofaga) dicampur dengan lapisan tipis inang bakteri yang ditumbuhkan
dalam media agar. Plaque dapat juga disebut sebagai zona bening yang timbul
akibat adanya sel bakteri yang dilisiskan oleh virus (Sihombing, 2002).
1.2. Tujuan

Tujuan dari praktikum kali ini yaitu

a. Untuk mengetahui ada tidaknya virus yang melukiskan sel bakteri pada
medium Luria Bertani setelah diinokulasikan sampel dan bakteri
Escherichia coli
b. Untuk mengetahui bagaimana cara melakukan pembiakan virus pada bakteri
Escherichia coli

2
 BAB II. TINJAUAN PUSTAKA

Virus merupakan partikel nukleoprotein yang berukuran sub mikroskopis,

memperbanyak diri dalam jaringan sel hidup, dan mempunyai kemampuan
menyebabkan penyakit pada makhluk hidup (Hanadyo et al., 2013)
Virus merupakan parasit intraseluler obligat yang berukuran sangat kecil yang
dapat melakukan aktifitas metabolik di dalam sel inang yang lebih spesifik. Di dalam
virus ini terdapat dua kelompok virus yaitu : virus yang mengandung
Deoxyribonucleic Acid (DNA) dan virus yang mengandung Ribonucleic Acid (RNA)
(kurniawan,2019)
Metode plaque merupakan metode yang umum digunakan dalam melihat
kuantitas infeksi virus dan substansi virus. Infeksi partikel virus mengalami
multiplikasi pada area yang ditumbuhi bakteri. Sel-sel yang terinfeksi menghasilkan
zona jernih atau biasa disebut plaque. Plaque merupakan daerah yang jelas pada
bidang buram, mengindikasikan bakteri yang lisis oleh agen berupa virus atau
antibiotik. Plaque akan terlihat pada sel-sel yang mati atau rusak (Suryati, 2007).
Plaque merupakan “jendela” pada lapisan sel inang yang hidup menyebar pada
permukaan media agar. Plaque dapat dilihat apabila partikel virus (bakteriofage)
dicampur dengan lapisan tipis inang bakteri yang ditumbuhakan dalam media agar.
Sel-sel yang terinfeksi menghasilkan zona jernih yang mengindikasikan bakteri yang
lisis oleh agen virus. Setiap plaque merupakan hasil infeksi dari satu sel per satu virus
diikuti oleh replikasi dan penyebaran virus tersebut. Kelebihan metode plaque ini yaitu
lebih mudah dan sederhana yaitu dengan melihat zona jernih dari biakan bakteri yang
ditumbuhkan. Zona jernih tersebut diakibatkan lisisnya bakteri akibat virus.
Kekurangannya yaitu penghitungan jumlah virus yang menginfeksi tidak spesifik
dikarenakan satu zona jernih dianggap sebagai satu virus (Suryati, 2007).
Menurut Deri (2008) daur hidup yang terjadi pada virus ketika menginfeksi
organisme lain (contohnya adalah E.coli), yaitu sebagai berikut:
A. Daur Litik
Disebut daur litik karena ketika pada fase pembebasan membran plasma bakteri
akan lisis/pecah, berikut ini fase-fase pada daur litik sebagai berikut:
1. Fase adsoprsi
3
 Fase ini adalah fase melekatnya virus pada membran plasma bakteri.
2. Fase penetrasi/injeksi
Fase ini adalah fase virus merusak membran plasma bakteri dengan enzim
lisozim yang dipunyanya. Kemudian setelah membran tersebut
terhidrolisis/rusak barulah virus memasukan DNA/RNAnya kedalam tubuh
inang.
3. Fase sintesis
Fase dimana terjadinya membentukan DNA/RNA baru virus oleh DNA dan
RNA bakteri
4. Fase replikasi
Fase ini fase dimana terjadinya pembentukan selubung protein/kapsid.
5. Fase Perakitan
Fase ini terjadi perakitan faga-faga baru
6. Fase pembebasan
Setelah sejumlah fag-fag baru terbentuk kemudian membran plasma bakteri
pecah dan virus-virus tersebut keluar kemudian berpencar dan menginfeksi
organisme lainya.
B. Daur Lisogenik
Pada daur ini membran plasma tidak mengalami lisis,tetapi setelah daur ini selesai
dilanjutkan lagi ke daur litik. Daur ini terdapat beberapa fase yaitu:
1. Fase Adsorpsi
Pada fase ini terjadi pelekatan virus pada membran plasma bakteri.
2. Fase Penetrasi/injeksi
Fase pemasukan DNA/RNA virus pada bakteri.
3. Fase Penggabungan
Pada fase ini DNA/RNA virus bergabung dengan DNA dan RNA bakteri
4. Fase Replikasi
Pada fase ini terjadi pembentukan kapsid/selubung protein virus.
Setelah fase replikasi diatas berarti daur lisogenik telah selesai kemudian
dilanjutkan ke fase-fase yang terdapat pada daur litik seperti: fase Perakitan dan
fase pembebasan (fase ini adalah fase lisisnya membran bakteri dan keluarnya
faga baru yang telah terbentuk ke udara)

4
 BAB III. ALAT DAN BAHAN

3.1 Materi

a. Alat
Alat yang digunakan pada saat praktikum kali ini adalah :Bunsen ; Pipet ukur ;
Drugalsky ; Tabung mikrosentrifuga ; Syringe ; Botol steril ; Wrapping ; Labu
Erlenmeyer ; Filter bulb ; Mikropipet dan tipe ; Tabung reaksi ; Shaker incubator
; Sentifuse
b. Bahan
Bahan yang digunakan pada saat praktikum kali ini adalah : Medium Luria
Bertani ; Inoculum Escherichia coli ; Phosphate Buffer Saline (PBS) ; Sampel
air kloset ; Kertas membrane filter 0,45 µm ; Alcohol 70%
3.2 Cara Kerja

a. Pengkayaan Bakteriofag

1) Memasukkan 10 mL sampel air kloset dari setiap kelompok ke dalam labu

Erlenmeyer
2) Memasukkan media Luria Bertani sebanyak 7,5 mL ke dalam labu
Erlenmeyer
3) Memasukkan inoculum Escherichia coli sebanyak 7,5 mL ke dalam labu
Erlenmeyer
4) Meinkubasi selama 1x24 jam pada suhu 370C dengan shaker incubator
b. Kontrol

1) Memasukkan media Luria Bertani dan inoculum e.coli masing-masing

sebanyak 7,5 mL ke dalam labu Erlenmeyer
2) Menginkubasi selama 1x24 jam pada suhu 370C dengan shaker incubator
c. Isolasi Bakteri

1) Mesiapkann 95 mL sampel air ke dalam labu Erlenmeyer

5
2) Memasukkan sampel air ke dalam 10 tabung mikrosentrifuga dengan
masing-masing sebanyal 1,5 mL, kemudian sentrifugasi dengan
kece[atan 2000 rpm selama 5 menit
3) Mengumpulkan supernatan yang didapatkan dari setiap tabung
mikrosentrifuga
4) Menyaring supernatant yang dikumpulkan dengan menggunakan
membrane filter milipore 0,45 µm sehingga dihasilkan filtrat
5) Melakukan pengenceran bertingkat hingga pengenceran 10-6 dari
filtratb yang diperoleh dengan larutan Phosphate Buffer Saline
(masing-masing pengenceran 0,9 mL
6) Mengambil sebanyak 0,1 mL hasil pengenceran 10-5 dan 10-6 dan
dimasukan ke dalam tabung mikrosentrifuga baru kemudian di
tambahkan E.coli untuk dijadikan suspense faga masing-masing
sebanyak 0,5 mL dan inkubasi selama 10 menit pada suhu 370C
7) Planting secara Pour Plate dengan masing-masing suspensi faga
sebanyak 0,6 mL dengan media Luria Betani (7mL)
8) Menginkubasi selama 2x24 jam pada suhu 370C
9) Melakukan pengamatan dengan menghitung jumlah plaque yang
terbentuk pada perlakuan dan control
10) menghitung jumlah Plaque dengan rumus

∈Plaque
𝑃𝑙𝑎𝑞𝑢𝑒 = PFU’s/mL
pengenceran ×volume

6
 BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

Tabel 4.1 Deteksi Virus Bakteri Dengan Metode Plaque

Pengenceran 10-5 Pengenceran 10-6 Kontrol

4,5 × 1010 9 × 1011 Negatif (-)

Gambar 4.1 Plaque 10-6 Gambar 4.1 Kontrol 10-6

Gambar 4.1 Kontrol 10-5 Gambar 4.1 Plaque 10-5

4.2. Pembahasan

Bakterifage ini berasal dari kata bacteria dan phagus (Bahasa yunani).
Bakteriofage ini mula-mula ditemukan secara terpisah oleh Frederich W.Twort di
inggris pada tahun 1915 dan oleh ilmuan Prancis, bernama D’Herelle pada tahun
1917, yang merupakan virus menginfeksi atau menyerang bakteri.
Virus yang menginfeksi bakteri (faga) adalah yang paling melimpah, beragam
dan tersebar dalam entitas biologi di lautan dunia. Faga adalah agen kematian
substansial bakteri, sehingga akan mempengaruhi proses biogeokimia secara
global dan fluks energy. Pengaruh faga pada proses ekologi dan biogeokimia ini
dipengaruhi oleh siklus hidup mereka. Virus pada siklus litik, replikasi akan

7
dimulai segera setelah terinfeksi, yang akan menyebabkan faga yang diproduksi
dan sel inang akan lisis (Payet dan Suttel,2013)
Metode plaque dengan menggunakan E.coli karena termasuk ke dalam
golongan bakteri gram negative yang lebih dominan dan dapat menyebabkan
suatu penyakit. Selain itu mudah untuk didapatkan isolasi E.coli. Habitat alami
bakteri ini adalah di dalam saluran pencernaan manusia dan hewan. Oleh karena
itu , pada kondisi sanitasi dan higienitas yang buruk, bakteri ini dapat mencemari
air, tanaman maupun bahan pangan. Salah satu virus yang mampu menginfeksi
E.coli disebut coliphage, salah satu kegunaan dari coliphage ini adalah sebagai
indikator kontaminasi tinja. Berbagai coliphage ini dapat diisolasi dari bahan
limbah domestic maupun limbah tercemar. Coliphage juga dianggap sebagai
indikator virus yang mengkontaminasi limbah cair suatu kotoran, makanan dan
media lainnya.
Plaque dapat terlihat bening yang menandakan bahwa adanya zona kerusakan
sel, setiap plaque ini berasal dari satu partikel faga sama seperti setiap koloni yang
berasal dari satu sel bakteri. Satu plaque ini berasal dari satu partikel virus,
sehingga seluruh partikel virus yang terdapat pada plaque tersebut seharusnya
juga memiliki sifat genetic yang sama. Faga yang melekat ke sel tersebut akan
peka terhadap rangsangan pada lokasi yang lebih spesifik di di dinding sel bakteri
. E.coli merupakan bakteri gram negative dan terdapat bagian yang peka terhadap
rangsangan , yaitu komponen protein dan lipopolisakarida yang melapisi lapisan
selaput sebelah luar yang termasuk peptidoglikan. Faga tertentu atau sekelompok
faga akan melekat ke reseptor spesifik dan faga berbeda akan melekat ke reseptor
yang berbeda.
Berbagai macam manfaat bakterifage seperti ini dapat bermanfaat untuk
mengendalikan populasi bakteri dan dapat juga diterapkan di berbagai bidang
diantaranya yaitu pada bidang kedokteran, dan bidang pertanian. Manfaat
bakteriofage pada bidang kedokteran yaitu untuk membuat peta
kromosom,sedangkan untuk di bidang pertanian yaitu sebagai vektor untuk
keperluan kloning molekuler.
Berdasarkan hasil pengamatan kami di dapatkan bahwa pada pengenceran 10-
5
yaitu 4,5 × 1010 dan jika dibandingkan dengan referensi Kusumawardani (2015)

8
yang menghasilkan 6 × 107 PFU’s/mL maka lebih banyak dari pengamatan
kelompok kami di banding dengan referensinya, sedangakan untuk pengenceran
10-6 menghasilkan 9 × 1011 dan jika dibandingkan dengan referensi
Kusumawardani (2015) yang menghasilkan 5 × 106 PFU’s/mL maka lebih
banyak dari pengamatan kelompok kami di banding dengan referensinya.
Sedangkan untuk control antara kelompok kami dengan referensinya sama yang
menghasilkan negative yang artinya bahwa media tersebut tidak terdapat plaque
yang merupakan satu parameter penting dari adanya faga pada siklus litik.

9
 BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

Berdasarkan pembahasan di atas dan rangkaian acara praktikum yang telah

dilaksanakan dan didapatkan kesimpulan sebagai berikut :
a. Terdapat adanya virus yang melisiskan sel bakteri pada kelompok kami
baik itu pengenceran 10-5 maupun 10-6 dan terlihat dari zona jernih atau
adanya plaque yang terbentuk di dalam yang telah diinokulasikan sampel
dan bakteri E.coli,
b. Cara melakukan inokulasi virus pada bakteri ini dengan cara aseptic yang
berfungi agar media ataupun sampel terkontaminan langsung dengan
bakteri yang bukan E.coli
5.2 Saran
Saran untuk praktikum kali ini yaitu adanya komunikasi antara asisten dosen
dengan dosen pengampu, agar pada saat praktikum tidak terjadi kesalahan
dalam pengerjaannya.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Deri, A. 2008. Jenis atau Macam Daur Infeksi Virus (Litik dan Lisogenik).
Jakarta: Erlangga
Dian, K. 2015. Pengamatan Virus Pada Bakteri Dengan Metode Plaque. Universitas
Jendral Soedirman : Purwokerto
Hatano, Ben, A. Kojima, T. Sata, & H. Katano. 2010. Virus detection using
viro adembeads, a rapid capture system for viruses, and plaque assay
in intentionally virus-contaminated beverages. J. Infect. 63 pp : 52-54.
Haq, A., Irshad, U.l., W.N. Chaudhry, M.N. Akhtar., S. Andleeb, and I. Qadri. 2012.
Bacteriophages and Their Implications on Future Biotechnology: A Review.
Virology Journal. Vol. 9 (9) pp : 1-12.
Payet, J.P dan Suttle, C.A. 2013. To Kill or not to kill : The balance between lytic and
lysogenic viral infection is driven by trophic status. Journal of limmol.
Ocenogr, 58(2), pp: 465-474
Rahaju. S.H. 2014. Metoda Pengkayaan, Filtrasi, dan Pertumbuhan untuk
Isolasi Bateriofag Spesifik Salmonella typhimurium pada Sampel Air.
Journal Sains, Teknologi, dan Kesehatan. 4 (1): 315-322.
Sihombing, D. T. H. 2002. Teknik Pengelolaan Limbah Kegiatan/Usaha
Peternakan. Pusat Penelitian Lingkungan Hidup Lembaga Penelitian IPB
: Bogor.
Suryati. 2007. Prosedur Diagnostik dengan Metode Klasik dan Metode Molekuler.
Bandung : Institut Teknologi Bandung.
Wardani,D,P,K., Kurniawan. 2019. Buku Panduan Praktikum Virologi. UMP :
Purwokerto

11
LAMPIRAN

12