ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA

Oleh:
Nama : Siti Khoerun Nisa
NIM : B1A015016
Rombongan : III
Kelompok :4
Asisten : Rani Eva Dewi

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2016
 I. HASIL

Hasil pita DNAnya clear, artinya dapat diukur dan polimorfik karena hasilnya
kurang dari 95%. Hasil 95% dari 3 pita DNA yang terlihat sejajar dibagi 6 dan dikali
100%:
3
x 100% = 50%  hasil kurang dari 95% sehingga hasilnya polimorfik.
𝟔

Gambar 1. Hasil Visualisasi Pita DNA

Keterangan:
1. DNA Marka
2. DNA Sampel
 II. PEMBAHASAN

Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA

berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Gel yang
biasa digunakan antara lain agarosa. Elektroforesis gel agarosa dapat dilakukan untuk
memisahkan sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang
basa (bp). Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan
bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anode). Makin besar ukuran
molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA dapat
diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi fragmen-
fragmen molekul DNA standar (DNA marker) yang telah diketahui ukurannya.
Visulisasi DNA selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet setelah
terlebih dahulu gel dalam pembuatannya ditambahkan larutan etidium bromid. Cara
lain untuk melihat visualisasi DNA adalah gel direndam di dalam larutan etidium
bromid sebelum dipaparkan di atas sinar ultraviolet (Pratiwi, 2001).
Metode Elektroforesis Gel Agarosa didasarkan pada pergerakan molekul
bermuatan dalam media penyangga matriks stabil di bawah pengaruh medan listrik.
Media yang umum digunakan adalah gel agarosa atau poliakrilamid. Elektroforesis
gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang berukuran lebih besar
dari 100 pb dan dijalankan secara horizontal, sedangkan elektroforesis poliakrilamid
dapat memisahkan 1 pb dan dijalankan secara vertikal. Elektroforesis poliakrilamid
biasanya digunakan untuk menentukan urutan DNA (sekuensing). Prinsip pemisahan
dalam elektroforesis didasarkan atas perbedaan migrasi komponen pada fase
pendukung, karena adanya perbedaan muatan dan masa molekul ( Zubay, 1989).
Laju migrasi molekul DNA dipengaruhi oleh beberapa faktor, yaitu:
1. Konformasi molekul DNA. Konformasi DNA ada tiga, yaitu sirkuler yang terdiri
dari open dan close, linier, dan supercoil. Close lebih cepat mempengaruhi laju
migrasi molekul DNA. Urutan konformasi DNA dari cepat ke lambat, yaitu close
open linier supercoil.
2. Konsentrasi gel. Konsentrasi gel yang digunakan dapat mempengaruhi laju
migrasi molekul DNA. Semakin tebal gelnya atau tinggi konsentrasi gelnya maka
akan memperlambat laju migrasi molekul DNA sebaliknya jika rendah
konsentrasi gelnya maka akan mempercepat laju migrasi molekul DNA.
3. Voltage. Semakin tinggi voltage maka akan mempercepat laju migrasi molekul
DNA, dan sebaliknya. Pada voltage 50, bekerja lambat tetapi dapat memperoleh
hasil yang maksimal.
4. Suhu. Pada suhu tinggi, DNA akan cepat terurai seperti halnya protein yang akan
terdenaturasi pada suhu yang tinggi dan tidak aktif jika suhunya rendah.
5. Larutan buffer. Larutan buffer dengan kadar ion yang tinggi akan menaikkan
konduktivitas listrik yang akan mempercepat laju migrasi molekul DNA.
6. Densitas muatan. Jika densitas muatannya tinggi maka laju migrasi molekul DNA
akan bergerak lebih cepat dan sebaliknya.
Larutan DNA yang bermuatan negatif dimasukkan ke dalam sumur-sumur
yang terdapat pada gel agarosa dan diletakkan di kutub negatif, apabila dialiri arus
listrik dengan menggunakan larutan buffer yang sesuai maka DNA akan bergerak ke
kutup positif. Laju migrasi DNA dalam medan listrik berbanding terbalik dengan
massa DNA. Migrasi DNA terutama ditentukan oleh ukuran panjang dan bentuk
DNA. Fragmen DNA yang berukuran kecil akan bermigrasi lebih cepat dibanding
yang berukuran besar, sehingga elektroforesis mampu memisahkan fragmen DNA
berdasarkan ukuran panjangnya. Untuk visualisasi maka ditambahkan larutan
etidium bromida yang akan masuk diantara ikatan hidrogen pada DNA, sehingga pita
fragmen DNA akan kelihatan dibawah lampu UV. Panjang amplikon bisa
diperkirakan dengan membandingkannya dengan pita DNA standar (Pratiwi, 2001).
Gel elektroforesis digunakan untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan
ukurannya. Dimana jika sentrifugasi berarti memisahkan molekul menggunakan
kekuatan gravitasi sementara gel elektroforesis berarti memisahkan molekul dengan
menggunakan kekuatan elektrik. Gel elektroforesis mengambil keuntungan bahwa,
sebagai asam organik, DNA bermuatan negatif. Ketika diletakkan di dalam medan
listrik, molekul DNA menuju ke kutub positif (anoda) dan menjauhi kutub negatif
(katoda). Sebelum dilakukan elektroforesis, suspensi DNA terlebih dahulu harus
ditambahkan loading buffer (dye), yang berfungsi untuk menambah densitas,
sehingga DNA akan selalu berada di dasar sumur; pewarna untuk memudahkan
meletakkan sampel DNA ke dalam sumur, agar dapat bergerak ke arah anoda dengan
laju yang dapat diperkirakan sehingga dapat digunakan sebagai tanda migrasi DNA.
Pewarna yang biasa digunakan adalah bromophenol blue dan xylene cyanol. Selain
itu, pembacaan pita DNA di dalam gel yang telah diwarnai dengan ethidium bromida
di atas lampu UV yang dibandingkan dengan DNA standar juga sering dilakukan
untuk menganalisis kuantitas jumlah DNA (Suharsono & Widyastuti , 2006).
Fungsi dari alat dan bahan yang digunakan dalam elektroforesis gel agarosa,
yaitu akuades sebagai pelarut, Etidium bromide untuk mewarnai sampel DNA
dengan cara menyisip ke basa nitrogennya, Baki gel agarosa sebagai cetakan gel
agarosa, Sisir elektroforesis untuk membuat sumuran pada gel agarosa. Mikropipet
untuk mengambil dan menghomogenkan sampel DNA dan loading dye, Kertas
Parafilm untuk tempat menghomogenkan sampel DNA dan loading dye. UV
Transiluminator untuk melihat pita-pita DNA. TAE : Trisbass sebagai buffer sesuai
dengan pH, Asam Asetat Glasial sebagai elektrolit gram, EDTA (Etylen Diamine
Tetra Asetic Acid) sebagai penonaktif DNA-se. Loading dye: bromophenol blue
sebagai penanda jalannya elektroforesis, xylene cyalol sebagai penanda awal
jalannya elektroforesis, ficoll tipe 4000 sebagai pemberat, dan EDTA untuk
mengaktivasi DNAse. DNA marka sebagai DNA penanda dan Sarung tangan untuk
melindungi terkena DNA-se yang dapat merusak DNA.
Interpretasi hasil visualisasi pita DNA ada 3, yaitu:
1. Monomorfik, yaitu pita DNA muncul pada ukuran tertentu.
2. Polimorfik, yaitu pita DNA terdapat pada beberapa sampel hingga tidak memiliki
variasi.
3. Smear, yaitu pita DNA yang tidak berbentuk (ghost atau smeary bands) sehingga
sulit diinterpretasikan.
 DAFTAR PUSTAKA

Pratiwi, R. 2001. Mengenal Metode Elektroforesis. Oseana. Volume XXVI. Nomor

1. Balitbang Biologi Laut, Puslitbang Osenologi LIPI, Jakarta.
Suharsono & Widyastuti, U. 2006. Penuntun Praktikum Pelatihan Teknik
Pengklonan Gen. Pusat Penelitian Sumber Daya Hayati dan Bioteknologi, IPB.
Zubay, G.L. 1989. Biochemistry 2nd Edition . Mcmillan Publishing Coorporation.
New York.