1.COVER
2.HALAMAN PENGESAHAN
ANALISIS VARIASI FENOTIP ANTAR STRAIN IKAN 3.KATA PENGANTAR
4.DAFTAR ISI
MENGGUNAKAN ANALISIS TRUSS MORFOMETRIK 5.DAFTAR GAMBAR
6.DAFTAR TABEL (FORMAT TABEL TERBUKA)
7.DAFTAR LAMPIRAN
8.ACARA 1 belum ada?
Beri halaman.
Commented [H2]: bold
Oleh :
1.1. LatarBelakang
Ikan nila (Oreochromis niloticus) merupakan salah satu ikan air tawar yang
memiliki nilai ekonomis penting dan komoditas yang paling banyak diekspor ke
berbagai negara. Perkembangan ikan nila di Indonesia cukup pesat karena ikan ini
mudah dibudidayakan, rasanya digemari banyak masyarakat, harga yang cukup relatif
terjangkau dan memiliki toleransi yang luas terhadap perubahan lingkungan. Menurut
Ariyanto, et al. (2011), keberadaannya di Indonesia merupakan ikan introduksi dari Commented [H5]: miring
Commented [H6]: Ikan nila
beberapa negara.
budidaya, serta perbaikan genetik. Arifin dan Kurniasih (2007) menjelaskan bahwa
dalam program perbaikan genetik, salah satu hal mendasar yang harus diketahui
terlebih dahulu adalah tingkat keragaman dan potensi keragaman genetik. Keragaman
genetik suatu populasi sangat penting artinya faktor inilah yang mempengaruhi respon
populasi terhadap seleksi, baik seleksi alam maupun seleksi buatan yang dilakukan
oleh manusia (Imron, 1997 dalam Arifin da Kurniasih, 2007). Commented [H7]: dan
serta perbedaan genetik maupun fenotip antar spesies ikan (Muhitomah, et al., 2013).
Hasil analisis truss morfometrik pada banyak ikan menunjukkan keragaman genetik
yang bervariasi dan berdasarkan penulusuran kekerabatan genetik memungkinkan Commented [H8]: genetiknya
dapat dilakukan seleksi stok yang potensial dikembangkan dalam penangkaran selektif
menuju kegiatan budidaya yang berkelanjutan (Radona, et al., 2016). Oleh karena itu,
perlu dilakukan analisis variasi fenotip ikan nila menggunakan beberapa strain Commented [H9]: dari
menggunakan analisis truss morfometrik sebagai pengetahuan dan ilmu dasar dalam
1.2. Tujuan
IkanMenggunakanAnalisis Truss Morfometrik adalah untuk memahami dan dapat Commented [H10]: lowercase.
kecil aja hurufnya
2.1. Materi
Materi yang digunakan dalam praktikum ini adalah sebanyak 10 ekor ikan nila Commented [H11]: ikan nila strain nirwana dan larasati
masing-masing sebanyak 10 ekor, yang digunakan sebagai objek
pengamatan
nirwana dan 10 ekor ikan nila larasati sebagai objek pengamatan. Kemudian label dan Commented [H12]: Alat yang digunakan meliputi
milimeterblok,.......
diberi penjelasan kegunaan juga boleh
jarum pentul sebagai penanda sampel.
2.2. Metode
Dalam praktikum ini digunakan dua metode yaitu metode secara manual dan
metode digital. Pertama, ikan dipelihara nila dipelihara pada wadah yang berbeda Commented [H13]: hapus
Commented [H14]: ditempatkan
untuk setiap strain. Pada metode manual, disiapkan larutan untuk membius ikan. Commented [H15]: setiap strainnya dan dibius dengan minyak
cengkeh.
Sebanyak satu ekor ikan dimatikan dengan menusuk bagian kepala menggunakan
jarum pentul. Setelah mati, ikan diletakkan di atas milimeter blok dan jarum pentul Commented [H16]: hapus
Commented [H17]: cek penulisan
disusun sesuai dengan format yang sudah ditentukan sebagai penanda dalam Commented [H18]: dipasang
pengukuran. Ikan dimatai dan diambil gambarnya, serta yang memiliki bentuk Commented [H19]: gambar
Commented [H20]: diamati
morfologi yang tidak normal dihitung jumlah individunya dan dituliskan pada tabel Commented [H21]: titik
Commented [H22]: hapus
pengamatan. Dilakukan pengukuran panjang total, panjang standard dan parameter
truss morfometrik, lalu ditulis pada tabel pengamatan. Data hasil pengukuran jarak
dianalisis menggunakan analisis varian (anava) dan post hoc test untuk mengetahui Commented [H23]: miring
Sementara pada metode digital, pengukurandilakukan menggunakan aplikasi Commented [H24]: Cara kerja
Commented [H25]: hapus
ImageJ. Aplikasi ImageJ dibuka, lalu klik open dan pilih foto yang akan diukur
Commented [H26]: miring
parameter truss morfometriknya. Pilih straight (garis lurus) pada toolbar. Lakukan Commented [H27]: miring.
Cek penulisan bahasa inggris lainnya
pengukuran panjang 1 cm pada penggaris. Kemudian, lakukan pengukuran panjang Commented [H28]: Panjang 1 cm pada penggaris dilakukan
untuk kalibrasi.
Commented [H29]: hapus
total, panjang standard dan parameter truss morfometrik, lalu hasil pengukuran
Commented [H30]: diukur
Commented [H31]: Serta dilakukan
dikalibrasi (hasil pengukuran dibagi panjang 1 cm penggaris foto) serta dituliskan pada
aplikasi SPSS, pilih Type in data pada kotak dialog yang muncul. Lalu, pilih variabel Commented [H33]: Aplikasi SPSS dibuka
Commented [H34]: Gunakan kata pasif.
view pada kiri bawah lembar kerja dan data dimasukkan. Kemudian, pilih data view Commented [H35]: miring
Commented [H36]: miring
dipilih
dan masukkan data. Selanjutnya, pilih analyze kemudian compare means dan One-
Commented [H37]: miring
Commented [H38]: data dimasukkan
Way Anova.
Commented [H39]: miring
III. HASILDANPEMBAHASAN
3.1. Hasil
Rerata Ukuran Morfometrik (mm) SD Commented [H41]: Rerata Ukuran Morfometrik (mm) ± SD
No Jarak Keterangan Commented [H40]: Gunakan align center. Biar rata ditengah
Strain Nila Nirwana Strain Nila Larasati semua..jaraj dalam tabel spasi 1.
3 1_2 .1117±.00954 .0945±.02999 Tidak Signifikan Commented [H42]: Tetep diberi angka 0 sebelum koma (for all)
ukuran (size) dan bentuk (shape) organisme secara kuantitatif (Suryobroto, 1999 dalam
memberikan gambaran bentuk tubuh yang lebih menyeluruh. Metode ini menghasilkan
ikan (Ariyanto dan Imron, 2008). Jarak truss morfometrik didasarkan pada titik-titik
dan diagonal, sehingga akan diperoleh gambaran tubuh yang lebih terinci. Dasar dari Commented [H45]: New paragraph
Diawali kalimat
“Pada praktikum ini dilakukan teknik pengukuran truss morfomtrik”
metode truss morfometrik, bahwa antar strain ikan memiliki pola pertumbuhan yang
berbeda, sehingga apabila dianalisis secara rinci akan ada bagian tubuh atau jarak truss
yang berbeda pula (Brezky dan Doyle, 1998 dalamSuryaningsih, et al., 2014). Metode
truss morfometrik dapat mengidentifikasi kemungkinan perbedaan morfologi Commented [H46]: Ini digunakan karena dapat
organisme yang mempunyai hubungan kekerabatan dekat, baik antar spesies maupun
sesama spesies, sehingga metode ini lebih dianjurkan, dibandingkan dengan metode
morfometrik biasa dimana jarak trussnya sangat terbatas sehingga kurang mampu
manualdalam praktikum sebagai berikut: ikan nila dimatikan dengan menggunaka Commented [H47]: Cek di metode lagi
jarum pentul, ikan yang sudah mati diletakkan di atas milimeter blok laminating
dengan posisi kepala menghadap ke arah kiri. Pada setiap individu ikan ditentukan 10
titik truss morfometrik. Titik-titik tersebut ditandai dengan menancapkan jarum hingga
tersebut (jarak truss). Hasil pengukuran semua jarak dikonversikan terhadap panjang
standard. Data yang diperoleh dianalisis menggunakan analisis varian (anava) dan post
hoc test.
aplikasi imageJ. Buka aplikasi imageJ, lalu klik open dan pilih foto yang akan diukur Commented [H48]: Gunakan kalimat pasif!. Cek metode lagi
parameter truss morfometriknya (foto diambil dari sampel ikan yang digunakan pada
pengukuran truss morfometrik secara manual). Kemudian pilih straight pada toolbar
Hasil analisis truss morfometrik secara manual dan digital terdapat perbedaan.
Dimana pada analisis manual, jarak antar titik ujung mulut dengan titik awal sirip
dorsal dan titik awal sirip perut menunjukkan hasil yang signifikan, begitu juga dengan
jarak titik posterior sirip dorsal dengan batas atas ekor dengan sirip ekor dan batas
bawah ekor dengan sirip ekor. Sementara dari hasil analisis digital mendapat hasil yang
tidak signifikan. Hal ini diduga disebabkan karena ketidaktelitian saat pengukuran
jarak menggunakan cara manual. Kedua strain dikatakan signifikan karena secara
dapat diduga memiliki hubungan kekerabatan yang dekat, serta perkawinan silang dari
genetis dan karakter-karakter yang terkait dengan daya tahan, seperti sintasan dan
abnormalitas yang umum terjadi yaitu tulang punggung berbentuk kurva (spiral
kelainan pada mata (opthalmic defect). Kelainan bentuk atau malformation yang terjadi
Abnormalitas pada ikan dapat diduga disebabkan oleh adanya mutasi pada
persilangan tertua ikan nila. Noga (2000) dalamSyaifudin, et al., (2004) menyatakan
abnormalitas pada ikan seperti kerusakan pada operkulum, mata dan sirip. Perubahan
budidaya. Variasi lingkungan budidaya meliputi variabel suhu, pakan dan penyakit.
4.1. Kesimpulan
Analisis variasi fenotip menggunakan metode truss morfometrik dengan Commented [H49]: Analisis variasi fenotip dapat
digunakan untuk membedakan strain antar ikan nila. Metode
yang digunakan adalah truss morfometrik dengan cara
membandingkan karakter-karakter morfologi individu antar strain. Analisis dilakukan manual dan digital.Data dianalisis menggunakan ANOVA
dan post hoc pada SPSS.
dengan cara manual dan digital (menggunakan aplikasi ImageJ). Dimana data yang
4.2. Saran
selanjutnya dalam pelaksanaan praktikum lebih tertib. Dalam pengukuran jarak truss
morfometrik harus lebih teliti dan sebaiknya menggunakan jangka sorong agar data Commented [H50]: Are you sure?
Arifin, O. Z., T. Kurniasih. 2007. Karakterisasi Morfologi Keturunan Pertama Ikan Nila Commented [H51]: Penulis 2 orang pake dan
Ariyanto, D., Imron. 2008. Analisis Keragaman Morfometrik dan Genetik pada Strain
Ikan Mas (Cyprinus carpio). Jurnal Perikanan, 1(1) : 53-63.
Iswanto, B., R., Suprapto. 2015. Abnormalitas Morfologis Benih Ikan Lele Afrika (Clarias
gariepinus) Strain Mutiara. Media Akuakultur, 10(2) : 51-57.
Muhotimah, B. Triyatmo, S. B. Priyono, T. Kuswoyo. 2013. Analisis Morfometrik dan Commented [H52]: Antar nama dipisahkan dengan titik koma
(.,)
Meristik Nila (Oreochromis sp.) Strain Larasati F5 dan Tetuanya. Jurnal Perikanan,
15(1) : 42-53.
Suryaningsih, S., M. Sagi., H.N. Kamiso, S. Hadisusanto. 2014. Sexing pada Ikan Brek
Puntius orphoides (Valenciennes, 1863) Menggunakan Metode Truss Morfometrics.
Biosferai, 1(1) : 8-16.
1. Manual
ANOVA
Sum of Squares df Mean Square F Sig.
Total 8080.950 19
Total 4300.000 19
Total .010 19
Total .038 19
Total .012 19
Total .043 19
Total .013 19
Total .096 19
Total .008 19
Total .028 19
Total .050 19
Total .201 19
Total .041 19
Total .030 19
Total .013 19
Total .171 19
Total .007 19
Total .030 19
Total .048 19
Total .030 19
Total 1.441 19
2. Digital
ANOVA
Total 56.824 19
Total 41.283 19
Total .006 19
Total .092 19
Total .105 19
Total .044 19
Total .038 19
Total .058 19
Total .061 19
Total .342 19
Total .220 19
Total .191 19
Total .007 19
Total .200 19
Total .110 19
Total .066 19
Total .005 19
Total .024 19
Total .061 19
Total .035 19
P9_10 Between Groups .000 1 .000 .638 .435
Total .013 19
Ikan Nila Nirwana Commented [H56]: Lampiran 5.
Rapihkan lagi gambarnya
Oleh :
1.1. LatarBelakang
Deoxyribonucleicacid(DNA) merupakansenyawakimia yang
palingpentingdalammakhlukhidup. DNA merupakansenyawa yang
mengandunginformasigenetikmakhlukhidupdarisatugenerasikegenerasiselanjutnya
(Suryo, 2004).Keseluruhan DNA dalamsuatuselakanmembentukgenom.
Genommeliputibagian gen yangfungsionalmaupun non-fungsionaldalamselorganisme.
DNA genommeliputi gendanintergen(Campbell dkk, 2004). Commented [H58]: Disamakan. mau pake (dkk) atau (et al.,)
DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita. Hal
tersebut dikarenakan DNAmerupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk Commented [H59]: karena
1. Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup Commented [H61]: Satukan dengann paragraf.
“DNA berfungsi sebagai ....”
(Sadava dkk., 2004).
2. Fungsi heterokatalis, yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan
molekul-molekullain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis, yaitu
fungsi DNA untuk mereplikasi dirinya sendiri (Suryo, 1999).
DNA membawa materi genetik yang dapat kita lihat bagaimana variasi
genetiknya. Untuk melihatnya dapat digunakan beberapa metode salah satunya Commented [H62]: Variasinya menggunakan metode
isolasi DNA. Kemudian hasilnya dapat dilihat melalui tahap elektroforesis. Oleh Commented [H63]: Hasil isolasi DNA melalui tahap
elektroforesis kemudian diamati dibawah UV transiluminator.
karena itu, praktikum acara Genetika Molekuler ini bertujuan untuk mengetahui Commented [H64]: genetika molekuler perlu dipelajari
metode analisis variasi genetik yang dapat diterapkan pada bidang perikanan.
1.2. Tujuan
a) Penggunaan Mikropipet
Mengetahui berbagai ukuran mikropipet
Mampu menggunakan mikropipet dengan benar
b) Isolasi DNA
Memahami metode isolasi DNA dan jaringan/organ tubuh ikan dengan
menggunakan metode berdasar membran silika.
c) Elektroforesis DNA
Memahami proses dan cara kerja elektroforesis DNA
Memahami cara membuat gel agarose
Memahami cara interpretasi hasil elektoforesis
II. MATERI DAN METODE
2.1. Materi
Tabel 1. Alat yang digunakan dalam praktikum acara Genetika Molekuler
Alat yang digunakan Fungsi Alat Commented [H65]: spasi dalam tabel 1.
LENGKAPI LAGI
Vortex Berfungsi untuk...
Mikropipet
Tip
Microcentrifuge tube
Micropastle
Spindown
Inkubasi
Collection tube
Timbangan
Pemanas
Chamber elektroforesis
Power supply
UV transiluminator
sampel. Vortex dan spindown sampai homogen kemudian diinkubasi pada Commented [H71]: koma, divortex dan dispindown.
gunakan kata pasif pada caker.
suhu 60 oC selama 30 menit. Selama inkubasi homogenkan tube dengan cara Commented [H72]: Tube dihomogenkan
GBT Buffer sebanyak 20 μL ditambahkan , lalu vortex dan spindown Commented [H74]: Koma, divortex dan dispindown
baru).
2.2.2.3. DNA Binding Commented [H76]: Tahap 2: DNA binding
temperatur ruang dan gel terbentuk sempurna. Sisir dilepaskan dari gel agarose. Sisir
tersebut akan meninggalkan sumuran di gel agarose.
Setelah gel agarose terbentuk, chamber elektroforesis disiapkan. Gel agarose
diletakkan pada chamber elektroforesis, 1x buffer TBE dimasukkan hingga menggenangi
permukaan gel agarose dan tidak melampaui batas maksimal. Loading buffer sebanyak
1 μL dicampurkan dengan 5μL sampel DNA. Campuran tersebut dimasukkan tepat ke
dasar sumuran yang ada di gel agarose. Satu sumuran hanya digunakan untuk satu
sampel. Sebanyak 5 μL DNA ladder dimasukkan pada sumuran yang masih kosong
(umumnya dua atau satu sumuran yang paling pinggir). Chamber elektroforesis ditutup
dan elektroforesis dijalankan sampai pewarna DNA ladder mencapai 2/3 panjang gel
agarose. Power supply dimatikan dan gel agarose diambil. Terakhir, gel diamati dengan
UV transluminator.
III. HASIL DAN PEMBAHASAN
- Tabel hasilelektroforesis
3.2. Pembahasan
b. PenggunaanMikropipet Commented [H84]: a.
Mikropipet (micropipet) adalah suatu alat yang digunakan untuk memindahkan Commented [H85]: Kata dalam bahasa inggris dimiringkan (cek
all).
cairan dalam jumlah kecil secara akurat. Penggunaan pipet gelas seperti pipet ukur
dan pipet gondok tidak mempunyai akurasi yang tinggi untuk volume kurang dari 1
ml. Sehingga pada pemindahan cairan dengan volume kecil kurang dari 1000
microliter, orang cenderung menggunakan mikropipet, biasa juga disebut dengan Commented [H86]: Mikroliter, atau paka µL
pipet otomatis (Widodo,2001). Pipet otomatis ini mempunyai akuraritas dan presisi
yang lebih baik dari pada pipet gelas. Disamping itu setiap pipet dapat diset
berapapun volumenya selama dalam range volume pipet (Lay, 1992).
Ada beberapa macam micropipet yang digunakan dilaboratorium seperti
misalnya pipet merk Gilson yang mana tertulis di bagian atas pipet P20, P200 dan
P1000.
P 20 : untuk memipet larutan dengan volume antara 2 - 20 ul Commented [H87]: Buat kalimat saja. Jangan point
4.1. Kesimpulan
Berdasarkanhasildanpembahasan di atasdapatdisimpulkanbahwa :
1. Ada tigajenisukuranmikropipetberdasarkanjenis tip nyayaitu White Commented [H99]: yang digunakan saat praktikum yaitu
Tip (<10µL), Yellow Tip (10-100 µL) dan Blue Tip (100-1000 µL).
2. Cara penggunaanmikropipetyaituatur volume sampel yang dibutuhkan, Commented [H100]: gunakan kata kerja pasif !
Hasilmenunjukkanbahwasampeltidakdapatditentukanukurannya,
karena marker tidakmunculatautidakmembentuk pita. Commented [H104]: hapus
5. Cara membuat gel agaroseyaitudengancara Commented [H105]: Gunakan kata kerja pasif
Commented [H106]: hapus
gelagaroseditimbangsebanyak 1,2 gram dandimasukkan8 mL 10x Buffer
TBE dan 45 mL aquadesdenganmikropipet, gel
agarosedipanaskansambildiaduk di ataskomporlistrikhinggamendidih,
diamkanhinggahangat-hangat kuku, tambahkan 5 µL Sybr
safegelstaining, larutan gel dituangpadacetakan yang
telahdipasangisisir, ditunggu30menithingga gel mengeras.
6. Cara interpretasihasilelektroforesisyaitudenganmelihat pita- Commented [H107]: hasil elektroforesis diinterpretasikan
dengan melihat.....
pitasampeldibandingkandengan pita marka yang
sudahdiketahuipanjanggelombangnya.
4.2. Saran
Berdasarkanpraktikum yang telahdilakukanpraktikandalam melakukan
pengolahan data harusteliti agar pembahasandankesimpulansesuaidengan data
yang didapat. Commented [H108]: Dapus dan lampiran mana?