Abstrak

Meskipun gen telah lama dianggap memiliki peran penting dalam menentukan risiko untuk gangguan
perkembangan pervasif, transkrip spesifik yang berkontribusi pada gangguan spektrum autisme (ASD)
telah cukup sulit untuk dikarakterisasi. Namun, temuan baru-baru ini sekarang memberikan wawasan
pertama ke dalam mekanisme molekuler yang mendasari sindrom-sindrom ini dan telah mulai
menjelaskan arsitektur alel ASD. Dalam artikel ini, kami membahas apa yang diketahui tentang
kontribusi relatif dari berbagai jenis variasi genetik untuk ASD, mempertimbangkan hambatan yang
dihadapi penemuan gen dalam gangguan kompleks ini, dan mengevaluasi metodologi umum yang
digunakan untuk mengatasi masalah ini, termasuk keterkaitan, molekul dan susunan sitogenetika
berbasis, dan strategi asosiasi. Kami meninjau literatur saat ini, menyoroti temuan terbaru yang
melibatkan mutasi langka dan polimorfisme genetik umum dalam etiologi autisme. Akhirnya, kami
menggambarkan kemajuan penting dalam teknologi genom yang mengubah semua bidang genetika
manusia dan mempertimbangkan peluang dan tantangan untuk penelitian autisme yang ditimbulkan
oleh perubahan cepat ini.

Selama lebih dari satu dekade, penyelidikan genetik telah memainkan peran utama dalam penelitian
autisme. Penekanan ini dihasilkan baik dari bukti yang sangat kuat bahwa gen membawa bagian
terbesar dari risiko untuk gangguan perkembangan pervasif [Bailey et al., 1995, ditinjau oleh Rutter et
al., 1999] serta harapan bahwa penemuan mekanisme etiologis akan mengarah pada kemajuan dalam
diagnosis, peningkatan pemahaman tentang sejarah alam dan pengembangan jalan baru untuk
pencegahan dan pengobatan.

Sementara alasan untuk menempatkan penekanan pada DNA dibenarkan dengan baik dan tujuan dari
pekerjaan itu patut dipuji, adalah adil untuk mengatakan bahwa catatan pencapaian berkaitan dengan
penemuan gen belum semua yang mungkin diharapkan oleh para ilmuwan, pasien, atau anggota
keluarga. Jalan itu telah lama, sulit, dan kadang-kadang sangat membuat frustrasi, ditandai dengan
arahan menggiurkan yang sulit dikonfirmasi, dan perkiraan yang terus meningkat tentang jumlah
subjek penelitian yang akan diperlukan untuk mengklarifikasi risiko genetik yang mendasarinya.

Bagaimanapun juga, bahkan pengamat yang paling skeptis tidak bisa tidak optimis tentang masa
depan bidang penelitian ini. Pandangan cerah ini, dalam menghadapi masa lalu yang diakui sebagai
kotak-kotak, adalah hasil dari beberapa kemajuan kunci baru-baru ini : pertama, selama beberapa
tahun terakhir pandangan yang semakin bernuansa arsitektur genetika gangguan spektrum autisme
telah muncul; kedua, alat yang diperlukan untuk mengidentifikasi risiko genetik umum dari efek kecil
dalam kondisi medis yang kompleks akhirnya telah tiba [Saxena et al., 2007; Scott et al., 2007;
Wellcome Trust Case Control Consortium, 2007; Zeggini et al., 2007]; ketiga, teknologi untuk
mengidentifikasi variasi genetis yang langka telah menjadi jauh lebih kuat dan berada di ambang
transformasi yang sama yang telah menandai pencarian variasi genetika yang umum; dan akhirnya,
dalam komunitas autisme, kemitraan antara pasien, orang tua dan keluarga, peneliti, dermawan dan
pemerintah federal telah menciptakan lingkungan penelitian yang sangat kondusif untuk kemajuan.

Diskusi berikutnya akan meninjau perkembangan konvergen ini, menjelaskan berbagai metode dan
pendekatan yang sekarang digunakan untuk mengidentifikasi gen autisme dan menyoroti temuan
yang sangat baru. Ini juga akan membahas tantangan yang sedang berlangsung di lapangan, termasuk
kebutuhan mendesak untuk memfasilitasi partisipasi pasien dan keluarga yang lebih besar dalam
penelitian genetika autisme untuk mengembangkan ukuran sampel yang diperlukan untuk
sepenuhnya mengklarifikasi kontribusi varian genetik langka dan umum pada ASD.
Dasar-dasar Genetik Autisme

Autisme umumnya diterima sebagai yang paling genetik dari semua sindrom neuropsikiatri
perkembangan. Risiko di antara saudara kandung individu yang terkena dampak diperkirakan 2-8%
[ditinjau oleh Rutter et al., 1999] atau sekitar 20–80 kali lebih tinggi daripada di antara populasi umum
[Fombonne, 2005]. Peningkatan serupa dalam risiko dalam keluarga diamati untuk spektrum yang
lebih luas [Bolton et al., 1994]. Selain itu, studi kembar menunjukkan bahwa agregasi ini dalam
keluarga paling baik dijelaskan oleh gen yang dibagi sebagai lawan dari lingkungan bersama [Bailey et
al., 1995].

Temuan ini memberikan bukti kuat untuk kontribusi faktor genetik. Namun, mereka hanya melangkah
sejauh ini dalam mengklarifikasi sifat risiko itu. Pertanyaan-pertanyaan penting tetap ada: di antara
mereka adalah masalah berapa banyak gen yang kemungkinan terlibat baik dalam satu individu atau
populasi, apakah variasi genetik yang berkontribusi terhadap risiko adalah umum atau jarang dalam
populasi, dan berapa proporsi risiko yang dilewati dari generasi ke generasi, vs. apa yang baru muncul
(de novo) pada individu yang terpengaruh. Pertanyaan-pertanyaan ini cukup penting karena arsitektur
genetik gangguan spektrum autisme (ASD) memiliki dampak luar biasa pada potensi keberhasilan
berbagai pendekatan untuk penemuan gen. Untungnya, data terbaru dari berbagai investigasi telah
mulai menjelaskan beberapa masalah ini.

Arsitektur Genetik ASD

Selama dekade terakhir, studi genetik skala besar telah secara efektif mengesampingkan kemungkinan
bahwa satu gen pengaruh besar akan ditemukan untuk menjelaskan sebagian besar ASD [ditinjau oleh
Gupta dan State, 2007]. Selain itu, upaya penemuan gen telah mengidentifikasi beberapa perubahan
langka yang jarang dalam kode genetik pada subset kecil individu yang menyebabkan atau
berkontribusi pada autisme. Singkatnya, autisme adalah kelainan heterogen secara genetik dengan
beragam variasi urutan dan struktur DNA yang dapat berkontribusi pada presentasi klinis yang serupa.

Meskipun kehadiran lebih dari satu gen ASD diterima dengan baik, tidak ada konsensus yang jelas
mengenai seberapa heterogennya sindrom itu, yaitu berapa banyak gen atau lokus yang dapat
berkontribusi baik dalam satu individu atau di antara seluruh kelompok yang terkena dampak.
individu. Selain itu, penting untuk membedakan antara heterogenitas lokus, yang mengacu pada
variasi pada banyak gen atau wilayah DNA (lokus) yang berbeda yang menghasilkan fenotipe yang
serupa, dan heterogenitas alel, yang merujuk pada variasi atau mutasi berbeda pada lokus yang sama
yang mengarah ke gambaran klinis yang identik atau tumpang tindih. Sampai saat ini, akumulasi bukti
menunjukkan bahwa keduanya cenderung memainkan peran dalam ASD dan masing-masing
memberikan tantangan khusus untuk penemuan gen, seperti yang dirinci di bawah ini.

Pertanyaan lain yang sangat penting mengenai arsitektur genetik ASD adalah apakah variasi genetik
yang relevan lebih cenderung umum atau jarang dalam populasi. Sekilas mungkin tampaknya menjadi
masalah langsung : karena ASD mewakili sekelompok kelainan umum (yang memengaruhi 0,1 hingga
0,67% individu), orang mungkin menyimpulkan bahwa pasti ada faktor genetik yang berperan, yang
sering disebut sebagai varian varian penyakit-umum. Memang, ada beberapa garis bukti yang
menunjukkan bahwa proporsi ASD yang signifikan mungkin merupakan hasil dari konspirasi alel risiko
umum dalam diri seseorang, biasanya bersamaan dengan pengaruh lingkungan, yang mengarah ke
fenotipe. Sebagai contoh, studi keluarga telah menunjukkan bahwa risiko ASD di antara kerabat
meluruh secara dramatis yang selanjutnya bergerak, dalam hal hubungan keluarga, dari proband yang
terkena dampak, sebuah pengamatan yang konsisten dengan beberapa alel umum yang berkumpul
pada keturunan yang terpengaruh. Selain itu, kehadiran gejala subklinis halus dalam kerabat individu
yang terkena dampak telah lama dihargai dan baru-baru ini mengumpulkan dukungan eksperimental
yang cukup [Constantino et al., 2006], menunjukkan bahwa seseorang mungkin mengamati ekspresi
beberapa bagian, tetapi tidak seluruh pelengkap, dari alel risiko di antara kerabat ini.

Memang, sebagai proposisi umum, sampai baru-baru ini, bidang genetika psikiatris sebagian besar
telah disibukkan dengan gagasan bahwa gangguan kompleks umum adalah hasil dari aksi dan interaksi
beberapa variasi genetik umum (atau alel). Namun, bukti terbaru menunjukkan bahwa ini bukan
kesimpulan terdahulu, baik yang berkaitan dengan autisme atau memang untuk sindrom psikiatrik
umum lainnya [McClellan et al., 2007].

Salah satu penentu utama dari frekuensi variasi genetik tertentu dalam suatu populasi adalah seleksi
alam. Jika perubahan merusak dimasukkan ke dalam urutan genom manusia yang menyebabkan
berkurangnya kebugaran dalam pengertian Darwinian, maka tidak mungkin berkembang dalam suatu
populasi dari waktu ke waktu atau naik ke frekuensi alel yang cukup besar. Selain itu, jika suatu
penyakit merupakan hasil dari mutasi de novo yang sering terjadi pada satu atau beberapa lokus,
masing-masing variasi kemungkinan akan langka, karena kemungkinannya akan berkurang untuk
menyebar dalam suatu populasi. Hipotesis umum penyakit langka-varian menyatakan bahwa jika
variasi dalam jumlah yang cukup lokus dapat menyebabkan fenotipe yang sama, akumulasi perubahan
langka secara individu dapat merupakan bagian besar dari risiko untuk gangguan umum.

Memang, dalam beberapa hal ASD akan tampak sebagai kandidat utama untuk model penyakit umum
varian langka: itu dimulai pada awal kehidupan, dapat secara dramatis mengganggu interaksi sosial
timbal balik, dan sering dikaitkan dengan keterbelakangan mental (MR) yang juga dapat
mempengaruhi kebugaran reproduksi. Selain itu, baik peningkatan risiko autisme yang diidentifikasi
pada ayah yang lebih tua [Reichenberg et al., 2006] dan perbedaan besar yang diamati antara tingkat
kesesuaian monozigot dan dizigotik konsisten dengan kontribusi signifikan mutasi de novo. Akhirnya,
seperti yang akan terjadi dibahas secara lebih rinci di bawah ini, variasi urutan langka telah terlibat
dalam etiologi ASD seperti yang jarang terjadi keuntungan sub-mikroskopis de novo atau kerugian
bahan kromosom [Sebat et al., 2007].

Pertanyaan tentang kontribusi relatif dari varian umum versus langka pada ASD bukan hanya
perdebatan akademis. Saat ini, ini adalah pertimbangan utama dalam desain, perilaku, dan
interpretasi upaya penemuan gen; misalnya, pendekatan utama untuk mengidentifikasi risiko genetik
umum tidak mampu mengidentifikasi mutasi langka. Atau, studi tentang varian urutan langka jauh
lebih mahal daripada yang mempertimbangkan varian umum dan akibatnya, saat ini, memiliki
keterbatasan praktis terutama mengenai ruang lingkup mereka.

Selain itu, strategi untuk merekrut keluarga mungkin memiliki dampak penting pada jenis variasi yang
paling dapat diidentifikasi. Studi terbaru mendukung hipotesis bahwa keluarga simpleks lebih mungkin
untuk mengidentifikasi mutasi de novo [Sebat et al., 2007], sedangkan keluarga multiplex cenderung
mengungkapkan varian yang ditransmisikan [Bakkaloglu et al., 2008]. Ada juga kemungkinan bahwa
keluarga yang direkrut dalam isolat genetik dan di daerah di mana kerabat bersama menjadi umum
akan sangat berharga untuk memetakan alel resesif dan mutasi pendiri yang langka [Strauss et al.,
2006]. Membatasi rekrutmen untuk, misalnya, individu dengan negosiasi kecerdasan yang lebih tinggi
dan tidak adanya kejang atau dismorfologi kemungkinan akan mengurangi jumlah kelainan kromosom
de novo dan langka yang ditemukan dalam sampel itu, sedangkan strategi sebaliknya kemungkinan
akan memperkaya jenis varian ini.

Singkatnya, baik metodologi maupun sifat strategi rekrutmen yang digunakan dalam studi autisme
memiliki dampak potensial pada apa yang akan ditemukan. Kenyataan ini menggarisbawahi bahwa
seseorang harus melihat dengan hati-hati pada sifat sampel penelitian dan metode yang digunakan
sebelum menafsirkan hasil studi tunggal atau kelompok studi. Untuk autisme, kehadiran beberapa
repositori DNA besar yang tersedia untuk umum tidak hanya secara dramatis meningkatkan kecepatan
penelitian genetik tetapi juga menghasilkan beberapa penelitian dari populasi yang sama yang
membawa bias intrinsik yang berasal dari sifat rekrutmen tertentu strategi.

Beberapa pengamatan tambahan mengenai transmisi ASD bisa terbukti sangat penting untuk
penemuan gen. Misalnya, autisme mempengaruhi pria empat kali lebih sering daripada wanita
[ditinjau oleh Fombonne, 2005]. Penyebab perbedaan ini tidak dipahami dengan baik, tetapi prima
facie menunjukkan kemungkinan peran kromosom seks dalam etiologi ASD. Meskipun penelitian
belum menyarankan variasi genetik umum dari efek besar pada kromosom X, kontribusi dari beberapa
mutasi terkait X individu atau variasi umum dari efek kecil sangat masuk akal. Namun demikian,
penting untuk ditekankan bahwa dominasi laki-laki, dalam dan dari dirinya sendiri, tidak selalu
menunjukkan faktor risiko terkait-X. Memang disana adalah beberapa contoh penyakit dengan bias
gender dalam prevalensi yang dihasilkan dari mutasi yang diketahui atau pemetaan alel risiko ke
autosom [Fontaine et al., 1994; Gharavi et al., 2000; Moirand et al., 1997], dan ada perbedaan yang
jelas dalam ekspresi gen pria dan wanita dari transkrip autosom dalam otak, yang telah diamati secara
luas dalam organisme model [Yang et al., 2006]. Ada, tentu saja, juga pengaruh hormonal yang
signifikan pada lingkungan dalam rahim yang berbeda pada pria dan wanita, yang mempengaruhi
ekspresi gen dan perkembangan otak, mungkin mengarah pada perbedaan rasio jenis kelamin di ASD
[Knickmeyer dan Baron-Cohen, 2006].

Akhirnya, penting untuk dicatat bahwa heterogenitas fenotipik paling tidak sama sulitnya dengan
penemuan gen dibandingkan dengan genetiknya. Berkenaan dengan ASD, sudah ada bukti kuat bahwa
mutasi tunggal dalam gen tunggal dapat menimbulkan berbagai presentasi klinis yang tidak mematuhi
batasan diagnostik saat ini [Jamain et al., 2003; Laumonnier et al., 2004]. Seharusnya ini tidak
sepenuhnya mengejutkan. Data dari studi kembar telah lama menunjukkan bahwa individu yang
berbagi semua DNA mereka sangat mungkin juga berbagi bukti kecacatan sosial, tetapi sebagian besar
tidak akan terpengaruh sama atau bahkan termasuk dalam kategori diagnostik yang sama [Bailey et
al., 1995] . Selain itu, sudah ada beberapa contoh di mana ekspresi variabel kelainan genetik tunggal
dalam beberapa kasus dapat menyebabkan ASD, sedangkan yang lain menghasilkan MR tanpa bukti
keterlambatan perkembangan sosial atau perilaku sangat terbatas atau stereotip [Laumonnier et al. ,
2004]. Faktanya, penelitian yang sangat baru-baru ini telah mengangkat prospek bahwa luasnya
manifestasi fenotipik dari beberapa lokus autisme dapat mencakup apa yang secara umum dianggap
sebagai kategori diagnostik psikiatri yang sepenuhnya berbeda [Weiss et al., 2008].

Singkatnya, bukti saat ini menunjuk pada ketidakpastian yang ditimbulkan oleh heterogenitas
fenotipik, kemungkinan keterlibatan heterogenitas alelik dan lokus, kontribusi potensial dari alel
langka dan umum dalam menganugerahkan risiko penyakit, dan keberadaan lokasi risiko (atau
pelindung) baik pada kromosom seks dan autosom. Alat-alat yang saat ini dimiliki oleh para ahli
genetika, hasil dari upaya eksperimental baru-baru ini, dan kontribusi potensial dari teknologi yang
berkembang untuk mengatasi tantangan-tantangan ini dijelaskan di bawah ini.

Strategi untuk Identifikasi Gen dan Temuan Terbaru

Secara umum, seseorang dapat menganggap upaya penemuan gen masuk dalam tiga kategori
metodologi umum : mereka yang menggunakan keterkaitan, sitogenetika, atau strategi asosiasi.
Setiap pendekatan memiliki kelebihan dan kekurangan potensial dalam hal kemampuannya untuk
mendeteksi berbagai jenis variasi genetik dan khususnya tantangan yang berkaitan dengan
menghubungkan variasi-variasi ini dengan fenotipe yang menarik. Meskipun demi artikel ini
bermanfaat untuk dikategorikan berdasarkan pendekatan luas ini, penting juga untuk dicatat bahwa
semakin banyak pendekatan ini cenderung menyatu, dengan laboratorium menggunakan kombinasi
strategi untuk mempersempit gen ASD tertentu dan mengkonfirmasi mereka. relevansi. Namun,
uraian metodologi yang disajikan di bawah ini bermanfaat untuk menyoroti hubungan antara sifat
variasi genetik yang sedang dikejar dan rincian strategi penemuan gen yang digunakan.

Analisis Tautan

Keterkaitan genetik melacak transmisi segmen kromosomal dari generasi ke generasi. Warisan ini
dilacak menggunakan penanda genetik, yang merupakan variasi urutan yang diketahui yang siap diuji.
Berbagai strategi dapat digunakan untuk menguji apakah pola penularan penanda semacam itu
konsisten dengan hipotesis bahwa interval (lokus) di mana mereka hadir membawa alel penyebab
penyakit atau risiko.

Ketika pola keseluruhan pewarisan untuk gangguan tertentu dapat diramalkan, seperti yang sering
terjadi pada kondisi Mendel tradisional, metode yang dikenal sebagai hubungan parametrik
genomewide telah terbukti menjadi alat yang sangat kuat untuk penemuan gen. Dalam pendekatan
ini, sebuah hipotesis mengenai spesifik penularan alel penyakit diusulkan, dan data genetik kemudian
dianalisis dalam beberapa generasi mencari penanda yang sesuai dengan model pewarisan yang
menunjukkan bahwa mereka diposisikan dekat (atau terkait) dengan suatu penyakit. tempat.
Seseorang kemudian dapat menghitung kemungkinan mengamati data, mengingat model transmisi
yang diusulkan dibandingkan dengan kemungkinan mengamati data hanya karena kebetulan, dengan
temuan yang secara tradisional dinyatakan sebagai logaritma skor odds (LOD).

Relatif sedikit studi hubungan parametrik yang telah dilaporkan dalam literatur autisme. Salah satu
alasan untuk ini adalah bahwa sebagai kelompok keluarga dengan ASD tidak menyarankan
keterlibatan satu atau sejumlah kecil gen, yang merupakan kondisi di mana hubungan parametrik
paling kuat. Meskipun demikian, ada beberapa keberhasilan penting menggunakan pendekatan ini,
menunjukkan bahwa menerapkan metodologi ini dalam populasi khusus dan keluarga yang tidak biasa
tetap merupakan bidang yang bermanfaat untuk penelitian. Misalnya, Laumonnier et al. [2004]
mempelajari satu keluarga besar yang terkena MR dan ASD, mengidentifikasi hubungan yang
signifikan secara statistik dengan wilayah pada kromosom X, dan kemudian menemukan mutasi
fungsional pada Neuroligin 4 X-linked (NLGN4X), memberikan dukungan kuat untuk temuan
sebelumnya. menyarankan peran untuk NLGN4X di ASD [Jamain et al., 2003]. Selain itu, hubungan
parametrik analisis sangat penting untuk mendefinisikan wilayah yang mengandung gen untuk
sindrom Rett, MECP2 [Curtis et al., 1993; Ellison et al., 1992; Schanen dan Francke, 1998; Schanen et
al., 1997; Webb et al., 1998; Xiang et al., 1998], yang mengklarifikasi dasar genetik dari sebagian besar
kasus Rett dan juga mengarah pada identifikasi mutasi MECP2 dalam sejumlah kecil kasus autisme
[ditinjau oleh Moretti dan Zoghbi, 2006]. Baru-baru ini, mutasi pendiri resesif yang jarang terjadi
dalam Contactin-Associated Protein-Like 2 (CNTNAP2) pada individu dengan sindrom epilepsi yang
sulit dipecahkan, MR, dan autisme [Strauss et al., 2006] diidentifikasi menggunakan hubungan
parametrik antara Old Order Amish populasi. Peran gen ini dalam autisme idiopatik baru-baru ini
disarankan oleh tiga kelompok peneliti independen [Alarcon et al., 2008; Arking et al., 2008;
Bakkaloglu et al., 2008], dirinci dalam bagian selanjutnya.
Dalam kasus di mana model pewarisan tidak jelas (atau kompleks), pendekatan non-parametrik atau
bebas model telah banyak digunakan. Metode-metode ini menyelidiki apakah pembagian penanda
antara anggota keluarga yang bersesuaian (terpengaruh), atau tidak adanya pembagian di antara
anggota keluarga yang berselisih, menyimpang dari yang diharapkan secara kebetulan. Ini
menghasilkan pendekatan yang lebih kuat dalam menghadapi ketidakpastian tentang sifat penularan
genetik, tetapi dalam praktiknya kurang kuat berkenaan dengan identifikasi gen penyakit tertentu
atau alel risiko.

Jenis analisis yang paling banyak digunakan ini dikenal sebagai Affected Sib-Pair, yang meneliti
penanda yang dibagikan oleh saudara kandung yang terkena dampak. Dari catatan, studi hubungan
non-parametrik dapat melaporkan keterkaitan dalam skor LOD standar, skor-Z (yang didasarkan pada
standar deviasi dari distribusi normal), atau nilai-P. Saat ini, ambang batas yang paling banyak diterima
untuk signifikansi adalah sebagai berikut: a LOD42.2, Z-score43.2, atau Po0.0007 diambil sebagai bukti
sugestif dari pertalian, yang berarti bahwa satu nilai yang melebihi ambang ini akan diharapkan secara
kebetulan di setiap pemindaian genomewide. LOD43.6, Z-score44.1, atau Po0.00002 dianggap sebagai
keterkaitan yang signifikan, yang setara dengan satu temuan secara kebetulan per 20 pemindaian
seluruh genom [Lander dan Kruglyak, 1995].

Ada lebih dari selusin studi ASD genomewide linkage nonparametric sampai saat ini. Ini ditinjau secara
luas di tempat lain [lihat, misalnya, Veenstra-VanderWeele dan Cook, 2004]. Hampir setiap kromosom
telah menunjukkan beberapa bukti yang mendukung keterkaitan, tetapi tidak ada satu pun wilayah
yang ditemukan sangat signifikan, dan tidak ada variasi genetik atau mutasi yang ditemukan di
kawasan ini yang sepenuhnya menjelaskan bukti statistik. Pemindaian terbaru yang dilakukan oleh
The Autism Genome Project Consortium [2007] melibatkan 1.181 keluarga multipleks dan 10.000
spidol, dengan daya 80% untuk mendeteksi skor LOD 3 (seperti dicatat, ambang batas antara
hubungan sugestif dan signifikan) dan spesifik lokus risiko lebih besar dari 1,29. Studi ini menemukan
bukti terkuat untuk keterkaitan pada 11p12 (Z-score53.57), Selain itu, beberapa penelitian telah
menunjukkan hubungan sugestif atau signifikan dengan kromosom 7 dan 17 [Ashley-Koch et al., 1999;
Barrett et al., 1999; IMGSAC, 1998, 2001; Molloy et al., 2005; Philippe et al., 1999], daerah yang saat
ini sedang dalam penyelidikan intensif mencari alel risiko yang berkontribusi.

Mengingat banyaknya analisis dan sub-analisis data non-parametrik, dan diskusi ekstensif dalam
literatur, tinjauan ini akan fokus pada kesimpulan umum yang dapat diambil dari badan kerja ini:
pertama, tidak adanya hasil yang lebih mencolok dari pemindaian terbaru menunjukkan bahwa alel
umum yang berkontribusi pada ASD kemungkinan mengandung risiko yang sangat kecil. Ini adalah
pengamatan penting karena menunjukkan bahwa pendekatan alternatif, seperti asosiasi
genomewide, yang sangat cocok untuk jenis variasi ini, mungkin sangat berharga. Yang penting, studi
hubungan non-parametrik mampu mengidentifikasi variasi langka yang berkontribusi terhadap
gangguan bahkan di hadapan heterogenitas alelik yang nyata. Namun, strategi kehilangan daya
dengan cepat di hadapan heterogenitas lokus. Jadi, jika sejumlah kecil gen dengan banyak alel
penyakit hadir dalam ASD, pemindaian saat ini harus mengidentifikasi mereka. Untungnya, alat untuk
berhasil mengidentifikasi alel umum yang membawa risiko sedang sekarang tersedia secara luas, dan
kemampuan untuk mencari genom untuk berbagai variasi langka dalam banyak gen hampir di tangan.

Hasil pemindaian linkage non-parametrik hingga saat ini jelas menggarisbawahi tantangan yang
ditimbulkan oleh kombinasi heterogenitas genetik dan fenotipik. Mereka juga menyarankan bahwa
penting untuk mempertimbangkan strategi alternatif yang dapat mengurangi kekacauan ini. Beberapa
kelompok telah menggunakan metode yang berupaya memanfaatkan apa yang disebut endofenotipe
dalam upaya mengurangi heterogenitas sampel. Ini adalah fenomena yang dapat diamati yang berada
di sepanjang kontinum biologis dari genotipe ke diagnosis kategori. Beberapa temuan yang sangat
menarik telah muncul ketika, misalnya, langkah-langkah pengembangan bahasa dianggap sebagai
alternatif untuk kategori diagnostik standar dalam pemindaian tautan [Alarcon et al., 2002, 2005;
Bradford et al., 2001]. Selain itu, serangkaian percobaan baru-baru ini yang sangat menarik telah
menunjukkan bahwa profil ekspresi darah mungkin dapat membedakan antara individu dengan
autisme berdasarkan berbagai mutasi genetik yang diketahui [Nishimura et al., 2007], meningkatkan
kemungkinan bahwa tipe data ini dapat menyebabkan untuk identifikasi kelompok pasien yang lebih
homogen dan memfasilitasi penemuan gen. Pada akhirnya, ukuran nilai dari salah satu pendekatan ini
akan menjadi identifikasi dan konfirmasi variasi genetik yang berkontribusi pada sifat-sifat ini.

Sitogenetika

Telah diketahui selama beberapa waktu bahwa kelainan kromosom ditemukan pada anak-anak autis
pada tingkat yang jauh lebih tinggi daripada populasi umum. Xu et al. [2004] baru-baru ini meninjau
sejumlah besar kelainan yang dilaporkan, dan database yang tersedia tersedia di web
(http://projects.tcag.ca/autism/). Bukti tambahan untuk kontribusi penyusunan ulang kromosom
terhadap ASD dapat dilihat pada identifikasi kelainan sitogenetik yang mengelompok di wilayah
genom tertentu. Salah satu temuan terkuat hingga saat ini dalam hal ini melibatkan duplikasi 15q11-
13 yang ditularkan secara maternal yang dapat ditemukan pada 1-3% pasien yang didiagnosis dengan
autisme idiopatik [ditinjau oleh Veenstra-VanderWeele dan Cook, 2004].

Faktanya, pendekatan sitogenetik memberikan bukti pertama untuk gen autisme empat dekade lalu
ketika Lubs [1969] mendeskripsikan kelainan kromosom pada lengan panjang kromosom X pada
empat laki-laki yang terkena MR, memberikan deskripsi pertama dari situs rapuh yang terkait dengan
lokus Fragile X Syndrome (FXS). Selama dekade terakhir, kehadiran autisme di antara individu yang
membawa mutasi X rapuh telah ditandai dengan baik: ASD dapat didiagnosis pada 30% pria dengan
FXS dan juga mutasi X rapuh dapat ditemukan di antara sebanyak 7-8% individu dengan idiopatik ASD
[diulas oleh Muhle et al., 2004].

Salah satu keuntungan potensial dari mempelajari subkelompok pasien yang langka adalah janji
bahwa sebagian besar bentuk monogenik dari kondisi umum dapat memberikan jendela ke dalam
biologi gangguan. Dalam kasus FXS, studi terbaru dari gen penyakit, retilasi mental Fragile X 1 (FMR1)
[Kremer et al., 1991] dan produk proteinnya, protein retardasi mental Fragile X (FMRP), telah sangat
menarik: FMRP adalah diketahui berinteraksi dengan banyak transkrip dan menekan terjemahan gen,
berkontribusi pada plastisitas melalui keterlibatan dalam proses depresi jangka panjang di sinaps, dan
untuk membantu mengatur fungsi reseptor glutamat metabotropik kelompok I (mGluR) [ditinjau oleh
Penagarikano et al ., 2007]. Hilangnya FMRP menyebabkan peningkatan aktivitas pensinyalan mGluR5
dan mempengaruhi plastisitas sinaptik. Temuan-temuan baru-baru ini telah mengarah ke jalan baru
dan tidak terduga untuk intervensi: dalam model hewan FXS, penggunaan antagonis reseptor
glutamat (seperti 2-metil-6- (phenylethynyl) pyridine atau lithium) dapat menyelamatkan beberapa
fitur fenotipik yang dihasilkan dari hilangnya ekspresi FRMP [McBride et al., 2005; Tucker et al., 2006;
Yan et al., 2005b]. Sama-sama menjanjikan mungkin mengurangi ekspresi mGluR5 [Dolen et al., 2007].
Apakah intervensi seperti itu mungkin relevan untuk pasien dengan FXS saja, FXS dengan ASD, atau
ASD saja belum dijawab. Meskipun demikian, kemajuan baru-baru ini menyoroti wawasan yang
mungkin berkilau dari bentuk genetik langka dari penyakit umum.

Meskipun pemetaan kelainan kromosom untuk mengidentifikasi lokus penyebab penyakit atau alel
risiko dalam autisme adalah pendekatan yang menjanjikan untuk penemuan gen, metode ini juga
menimbulkan tantangan signifikan sehubungan dengan menunjukkan kausalitas. Seringkali penelitian
tersebut dimulai dengan pengamatan awal tentang kelainan yang jarang terjadi pada struktur
kromosom individu yang terkena atau sejumlah kecil individu. Ketika metode molekuler menunjukkan
bahwa kelainan seperti itu mengganggu struktur gen yang diekspresikan oleh otak, tergoda untuk
menganggap fenotip sebagai penataan ulang ini. Namun, penting untuk diingat bahwa seringkali tidak
ada bukti statistik a priori mengenai hubungan ini. Selain itu, seperti yang akan dibahas secara lebih
rinci di bawah ini, semakin jelas bahwa genom sering dapat mentolerir gangguan atau bahkan
hilangnya segmen kromosom tanpa konsekuensi yang dapat diamati.

Tantangan untuk bergerak dari identifikasi satu atau sejumlah kecil kelainan kromosom ke
demonstrasi relevansi gen tertentu untuk ASD ditunjukkan dengan baik sehubungan dengan temuan
terbaru yang melibatkan neuroligin, keluarga transkrip yang diekspresikan oleh otak yang terlibat
dalam pembentukan sinaps. dan fungsi [Lise dan El-Husseini, 2006]. Awalnya, beberapa kasus
dilaporkan di mana segmen kecil dari kromosom X dihapus di antara perempuan yang terkena dampak
[Thomas et al., 1999]. Jamain et al. [2003] kemudian mengevaluasi urutan gen dalam interval ini,
NLGN4X, menyelidiki 158 subyek dengan autisme idiopatik dan menemukan mutasi yang terpotong
pada dua individu yang terkena dalam satu keluarga. Temuan ini sangat menyarankan peran mutasi
langka di NLGN4X dalam sejumlah kecil kasus ASD. Para penulis juga melaporkan substitusi missense
yang mengakibatkan perubahan asam amino pada daerah NLGN3 yang sangat terkonservasi (juga
terkait X). Dalam hal ini, perubahan urutan DNA sangat mencurigakan, tetapi dampaknya pada fungsi
protein kurang jelas daripada dalam kasus NLGN4X.

Meskipun pengamatan awal ini sangat menarik, tidak ada jumlah yang cukup dalam laporan awal
untuk mengkonfirmasi hubungan statistik dengan gangguan tersebut. Selain itu, kehadiran gen yang
sangat homolog pada kromosom Y (NLGN4Y) meningkatkan kemungkinan bahwa tidak seperti banyak
mutasi terkait-X di mana hanya wanita yang memiliki kemampuan untuk mengkompensasi mutasi
yang sangat merusak (dengan memiliki 50% dari sel mereka mengekspresikan salinan normal karena
inaktivasi X acak), dalam hal ini, NLGN4Y mungkin memberikan ukuran perlindungan yang sama untuk
pria. Akhirnya, penapisan selanjutnya dari kelompok individu yang relatif besar dengan autisme gagal
menunjukkan mutasi pengkodean dalam neuroligin yang jelas berkontribusi pada ASD, meskipun
beberapa varian missense langka diidentifikasi dalam NLGN4X [Blasi et al., 2006; Gauthier et al., 2005;
Vincent et al., 2004; Yan et al., 2005a].

Terlepas dari pertanyaan yang diajukan oleh pengamatan ini, beberapa bukti tambahan kemudian
bertemu untuk mendukung relevansi mutasi, khususnya di NLGN4X, untuk ASD. Pertama,
sebagaimana dicatat, Laumonnier et al. [2004] melakukan analisis keterkaitan dalam silsilah dengan
MR dan ASD, menemukan bukti statistik yang kuat untuk mutasi pada kromosom X, dan kemudian
mengidentifikasi substitusi pergeseran-kerangka pemilahan dalam NGLN4X pada pria dan wanita
pembawa yang terkena dampak, mewakili replikasi independen yang kuat.

Studi in vitro tambahan juga telah mengkonfirmasi potensi fungsional dari mutasi yang diidentifikasi
awalnya: Chih et al. [2004] menunjukkan bahwa ekspresi berlebihan NLGN3 / 4X dalam neuron
hippocampal yang dikultur menyebabkan pembentukan elemen pra-sinaptik dan bahwa aktivitas ini
hilang ketika mutasi yang ditemukan pada pasien ASD diperkenalkan. Ketika direkapitulasi dalam sel
COS, mutasi manusia yang teridentifikasi juga telah ditemukan mengakibatkan hilangnya NLGN4X dan
penurunan tingkat NLGN3 pada permukaan sel serta retensi keduanya dalam retikulum endoplasma
[Chih et al., 2004; Chubykin et al., 2005; Comoletti et al., 2004].

Temuan yang lebih baru juga memberikan bukti bahwa molekul yang berinteraksi dengan neuroligin
dapat berperan dalam etiologi ASD. Dua laporan baru-baru ini telah menemukan berbagai de novo
dan mutasi yang diwariskan pada gen SH3 dan beberapa domain berulang ankyrin 3 (SHANK3) di
antara individu dengan ASD [Durand et al., 2007; Moessner et al., 2007]. SHANK3 diperkirakan
mengatur kerapatan post-sinaptik [Baron et al., 2006] dan diketahui mengikat neuroligin dalam dua
sistem hibrida ragi [Meyer et al., 2004]. Tingkat mutasi de novo yang relatif tinggi yang melibatkan
segmen pengkodean SHANK3 pada individu dengan autisme idiopatik, serta penemuan keterlambatan
perkembangan dan fitur autistik pada pasien dengan sindrom penghapusan 22q13, mendukung
relevansi temuan ini.

Beberapa makalah baru-baru ini juga menyoroti peran potensial untuk Neurexin 1 (NRXN1), mitra
pengikatan trans-sinaptik untuk neuroligin [Lise dan El-Husseini, 2006]. Dalam pemindaian tautan
terbaru yang dilaporkan oleh The Autism Genome Project Consortium [2007], analisis jumlah salinan
dilakukan meskipun dengan kekuatan hanya untuk mendeteksi kelainan skala besar (probe 10K). Satu
keluarga diidentifikasi di mana dua saudara kandung yang terkena dampak memiliki penghapusan
300kb yang sama, yang mencakup daerah pengkodean NRXN1, yang tidak ada pada orang tua.
Temuan-temuan ini menyoroti relevansi potensial transkrip ini untuk ASD dan lebih umum
menggarisbawahi fenomena mosaicism germline, di mana mutasi genetik hanya ada di beberapa sel
dalam germline induk. Kemungkinan ini adalah salah satu dari beberapa alasan bahwa mutasi de novo
dapat diselidiki dalam keluarga multipleks maupun simpleks. Saat ada, kasus langka seperti banyak
keturunan dengan kelainan yang sama dapat dievaluasi untuk konkordansi penyakit. Varian missense
langka dan kelainan kromosom seimbang yang mengganggu NRXN1 pada pasien ASD juga baru-baru
ini dilaporkan [Feng et al., 2006; Kim et al., 2008]. Secara keseluruhan, data ini memberikan bukti awal
untuk keterlibatan neurexins dalam ASD dan, lebih luas, mendukung hipotesis bahwa gangguan jalur
molekuler yang mencakup NLGN mungkin relevan untuk patofisiologi ASD.

Kemungkinan serupa juga muncul untuk keterlibatan jalur terkait-kontak dalam ASD. Fernandez et al.
[2004] ditandai kelainan kromosom langka yang mengganggu gen Contactin 4, molekul adhesi yang
diekspresikan secara neuron, pada pasien sindrom dengan ASD. Pekerjaan selanjutnya dari beberapa
laboratorium, yang dirinci di tempat lain dalam artikel ini, juga baru-baru ini mendukung peran variasi
dalam CNTNAP2, mitra pengikatan sinaptik untuk molekul-molekul contactin yang terlibat dalam
migrasi neuron [Alarcon et al., 2008; Arking et al., 2008; Bakkaloglu et al., 2008; Strauss et al., 2006].
Selain itu, laboratorium kami juga telah mengidentifikasi translokasi de novo di Contactin-Associated
Protein-Like 4 (CNTNAP4) pada anak dengan keterlambatan perkembangan dan kelainan migrasi
neuron [M.W.S. dan B.J.O., komunikasi pribadi]. Semua data ini menunjukkan bahwa keluarga molekul
yang berinteraksi ini dapat menjadi area subur untuk penyelidikan genetik dan neurobiologis
tambahan.

Singkatnya, memperjelas relevansi satu atau sejumlah kecil pengamatan varian sitogenetik langka
mungkin memerlukan waktu dan memerlukan pendekatan multi-disiplin. Sesuai sifatnya, peristiwa ini
jarang terjadi dan, akibatnya, memperoleh jumlah yang cukup untuk membangun dukungan statistik
yang tegas mungkin menjadi masalah. Namun, potensi manfaat mengikuti petunjuk dari pengamatan
ini telah lahir, dan menggiurkan data tentang jalur molekuler potensial yang terlibat dalam ASD telah
mulai muncul dari temuan ini.
Sitogenetika Berbasis Array / Analisis Nomor Salin

Salah satu temuan paling menarik dari dekade terakhir telah berpusat pada bentuk variasi genetik
yang baru diidentifikasi [Iafrate et al., 2004; Sebat et al., 2004]. Dalam upaya untuk mendeteksi
kelainan kromosom cryptic yang sebelumnya di antara pasien dengan kanker dan keterlambatan
perkembangan, beberapa pendekatan dikembangkan pada awal abad ini yang menggunakan
microarray untuk memeriksa struktur kromosom pada resolusi tinggi. Seperti yang diharapkan,
platform ini mampu mendeteksi penghapusan dan duplikasi yang sebelumnya tidak terlihat
menggunakan teknik sitogenetik molekuler standar. Selain itu, para peneliti membuat temuan
mengejutkan bahwa keuntungan dan kerugian materi kromosom sangat umum di seluruh genom di
antara individu yang tampaknya berkembang.

Kemampuan untuk mendeteksi penghapusan sub-mikroskopis dan duplikasi bahan kromosom dengan
cepat menyebabkan temuan penting dalam ASD. Seperti dicatat, identifikasi penghapusan cryptic
yang sebelumnya di NRXN1 selama pemindaian genomewide [The Autism Genome Project
Consortium, 2007] menunjukkan kekuatan potensial dari deteksi variasi nomor copy (CNV) berbasis
microarray. Sebuah studi kunci yang baru-baru ini diterbitkan [Sebat et al., 2007] menggunakan teknik
hibridisasi genomik kompetitif yang dikenal sebagai Analisis Mikroarray Oligonukleotida
Representasional untuk menyaring 195 keluarga autisme dan 196 keluarga kontrol. Perubahan jumlah
salinan de novo terdapat pada 12 dari 118 (10%) pasien dari keluarga simpleks, dua dari 77 (2%) pasien
dari keluarga multipleks, dan dua dari 196 (1%) individu dari keluarga kontrol, mendukung hubungan
peningkatan perubahan jumlah salinan de novo dalam keluarga autisme simpleks dibandingkan
dengan keluarga kontrol (P50.0005). Makalah ini menyoroti kegunaan dari pendekatan ini sebagai
langkah pertama yang kuat dalam penemuan gen dan menggarisbawahi perbedaan potensial dalam
arsitektur genetika yang mungkin ditemukan pada populasi individu dengan autisme yang berasal dari
beragam strategi rekrutmen.

Munculnya teknologi berbasis array baru telah memperluas temuan tingkat tinggi kelainan kromosom
pada individu dengan ASD ke tingkat submikroskopis, menawarkan kesempatan untuk mempercepat
upaya identifikasi gen dengan memungkinkan setiap pasien, bukan hanya individu langka yang
ditemukan dengan penataan ulang kromosom mikroskopis besar, untuk menjadi sumber potensial
penemuan. Selain itu, analisis CNV, saat ini, satu-satunya metode praktis untuk menganalisis seluruh
genom pada resolusi tinggi untuk variasi langka. Dalam hal ini mereka memiliki janji luar biasa untuk
mengidentifikasi alel yang berpengaruh besar dalam autisme.

Satu catatan peringatan adalah bahwa peningkatan jumlah varian nomor salinan umum yang
diidentifikasi dalam pemetaan individu yang berkembang menjadi gen yang diekspresikan oleh otak
(lihat database varian genom, http://projects.tcag.ca/ variasi /) menunjukkan bahwa membedakan
patogen dari non Variasi-patogenik akan tetap menantang. Tentu saja beberapa prioritas temuan
memiliki potensi untuk memperkaya varian yang benar-benar merusak: misalnya, perubahan de novo
yang jarang terjadi, kehilangan atau perolehan materi yang besar, atau penghapusan kode homozigot
lebih mungkin terkait dengan fenotipe yang diamati daripada yang kecil, ditransmisikan, dan
perubahan heterozigot. Namun, kita dapat melihat contoh CNV yang berpotensi patogen di antara
individu yang sedang berkembang, menunjukkan bahwa dalam beberapa kasus variasi yang ingin kita
anggap patologis mungkin secara mengejutkan dapat ditoleransi dengan baik dalam genom.
Sebaliknya, harus juga diharapkan bahwa para peneliti pada akhirnya akan mengidentifikasi CNV yang
membawa risiko untuk ASD di antara varian yang mungkin dianggap sebagai apriori untuk memiliki
kemungkinan lebih rendah untuk melakukannya. Dalam beberapa kasus, tantangan-tantangan ini
akan identik dengan yang ditimbulkan oleh identifikasi kelainan kromosom mikroskopis de novo yang
langka. Dalam kasus lain, frekuensi tinggi dari perubahan jumlah salinan yang diamati dapat
memberikan jalan yang lebih langsung untuk menunjukkan kausalitas, seperti yang dibahas di bawah
ini.

Asosiasi Genetik

Asosiasi genetik bertujuan untuk menunjukkan hubungan antara varian genetik dan keberadaan
fenotipe di antara populasi tertentu. Ini bisa menjadi langkah penting dalam studi keterkaitan atau
sitogenetik untuk mengkonfirmasi relevansi temuan atau titik awal dengan sendirinya untuk
penyelidikan genetik. Tidak seperti keterkaitan di mana konfirmasi hubungan seperti itu dicari melalui
pengamatan transmisi genetik dalam keluarga, strategi asosiasi bergantung pada studi cross-sectional
populasi. Perbedaan ini kadang-kadang dikaburkan dalam pendekatan analitik saat ini yang dapat
menggabungkan metode ini, menggunakan, misalnya, studi transmisi dalam kelompok besar keluarga
untuk mengevaluasi keterkaitan di hadapan asosiasi. Metode-metode ini kadang-kadang disebut
sebagai studi asosiasi berbasis keluarga.

Asosiasi Umum dan Varians Langka

Selama sebagian besar dekade terakhir, asosiasi genetik telah identik dengan penyelidikan variasi
umum dalam atau dekat satu atau sejumlah kecil gen kandidat. Meskipun penelitian ini efektif biaya
dan cukup populer, pendekatan tersebut dalam praktiknya memiliki beberapa keterbatasan: pertama,
sangat sedikit asosiasi gen yang diidentifikasi dalam literatur yang kemudian ditiru [Hirschhorn et al.,
2002]. Kesulitan ini dapat menunjukkan bahwa hasil awal adalah karena kebetulan saja, bahwa kasus
dan kontrol tidak cocok tepat mengarah pada temuan palsu, atau bahwa risiko genetik pada populasi
pertama berbeda dari pada populasi di mana replikasi dicoba. Di antara alternatif ini, dua yang
pertama patut mendapat perhatian khusus: karena pendekatan baru yang lebih kuat untuk asosiasi
telah mulai mengidentifikasi alel risiko umum dalam berbagai gangguan, telah menjadi semakin jelas
bahwa bagi banyak studi gen kandidat awal, ukuran sampel adalah urutan besarnya terlalu kecil untuk
mengidentifikasi risiko sederhana yang terkait dengan varian paling umum. Selain itu, kesulitan untuk
mencocokkan kasus dan kontrol dalam studi asosiasi sangat menantang terkait dengan etnisitas.
Meskipun jelas bahwa frekuensi polimorfisme sekuens sangat bervariasi pada kelompok etnis yang
berbeda, kesulitan dalam mengidentifikasi perbedaan okultisme dalam komposisi kelompok kasus dan
kontrol (disebut stratifikasi etnis) dapat menjadi sumber penting hasil positif palsu. Untungnya, seiring
dengan semakin matangnya studi-studi asosiasi, pendekatan untuk menjaga terhadap tanggung jawab
ini telah dikembangkan dan sekarang digunakan secara luas.

Karakteristik penting kedua dari studi gen kandidat varian umum adalah bahwa mereka pada dasarnya
buta terhadap variasi langka. Pendekatan ini bergantung pada asumsi bahwa setiap alel risiko adalah
polimorfisme umum yang diuji secara langsung atau dalam ketidakseimbangan hubungan dengan alel
umum yang diketahui. Varian yang jarang, bahkan dalam satu gen yang sedang diselidiki, secara
umum, terlewatkan menggunakan pendekatan ini.

Mengingat apresiasi peran potensial mutasi langka dalam autisme, minat memodifikasi pendekatan
asosiasi untuk mengevaluasi varian langka telah meningkat secara dramatis. Seperti halnya varian
umum, orang mungkin bertanya apakah varian langka pada gen terlalu banyak terwakili dalam kasus
vs kontrol atau lebih mungkin dari yang diperkirakan secara kebetulan ditularkan kepada anak-anak
yang terkena dampak dalam desain asosiasi berbasis keluarga. Namun, tidak seperti studi varian
umum, DNA dalam dan sekitar gen kandidat harus dievaluasi secara langsung untuk mengidentifikasi
variasi langka yang sebelumnya tidak diketahui di lokus. Teknologi untuk melakukannya tersedia
secara luas; Namun, saat ini, biaya pendekatan ini mungkin sebanyak 100 kali lipat lebih besar
daripada melakukan studi varian umum di lokus yang sama.

Selain itu, pendekatan varian langka harus bersaing dengan beberapa pembaur yang sama yang
sekarang diakui untuk studi varian umum. Misalnya, mungkin ada sejumlah pengamatan terbatas pada
gen tertentu, menunjukkan bahwa studi tersebut juga akan membutuhkan ukuran sampel besar untuk
memastikan kekuatan dan stabilitas hasil yang memadai. Bahkan, beberapa varian langka mungkin
sangat jarang sehingga tidak ada ukuran sampel yang masuk akal akan memberikan kekuatan statistik
yang diperlukan untuk membangun asosiasi. Dalam hal ini, metode lain untuk menentukan kausalitas
harus digunakan, seperti menunjukkan signifikansi fungsional dari varian langka, menunjukkan
segregasinya dalam keluarga, menemukan varian langka tambahan dalam gen yang berinteraksi
dengan transkrip juga terkait dengan fenotip, dan / atau menunjukkan relevansi biologis mutasi dalam
sistem model.

Penting untuk dicatat bahwa setiap varian langka yang diidentifikasi dalam gen kandidat, baik yang
ditemukan dalam kasus atau kontrol, tidak mungkin terlihat lagi (karena jarang). Akibatnya,
pengamatan bahwa varian tunggal hadir dalam satu kelompok dan bukan yang lain tidak selalu
menunjukkan asosiasi. Untuk alasan ini, studi varian langka paling baik dapat dilakukan dengan
menyelidiki totalitas varian fungsional langka dalam kasus vs kontrol, memeriksa masing-masing
kelompok dengan cara yang identik, suatu pendekatan yang dikenal sebagai analisis beban mutasi.
Akhirnya, pendekatan varian langka juga harus mempertimbangkan kemungkinan stratifikasi etnis.
Seperti disebutkan, ada beberapa metode yang tersedia untuk mengatasi masalah ini dalam studi
varian umum. Harus ada pertimbangan hati-hati tentang bagaimana ini dapat diterapkan, atau
pendekatan tambahan dikembangkan, untuk mengatasi masalah ini dalam penyelidikan varian langka.

Di antara studi kandidat varian umum, ada kecenderungan yang jelas dalam beberapa tahun terakhir
terhadap upaya yang lebih ketat secara metodologis termasuk menerapkan ambang statistik yang
sesuai, mengandalkan ukuran sampel yang lebih besar, replikasi internal sebelum publikasi, dan
menindaklanjuti bukti awal untuk hubungan dengan pencarian fungsional. varian yang mendasari
temuan statistik. Investigasi terbaru dari SLC6A4, Engrailed 2, dan MET adalah tiga studi penting dalam
hal ini [Benayed et al., 2005; Campbell et al., 2006; Sutcliffe et al., 2005]. Ini dan lainnya ditinjau secara
rinci di tempat lain [Bacchelli dan Maestrini, 2006; Freitag, 2007; Pardo dan Eberhart, 2007]. Di sini,
kami akan mempertimbangkan dua temuan asosiasi baru-baru ini: konvergensi studi varian umum dan
langka mengevaluasi gen CNTNAP2 dan temuan hubungan CNV pada kromosom 16p11.

Protein-Seperti Terkait Contactin 2

CNTNAP2 adalah anggota keluarga neurexin dari molekul adhesi sel neuron. Baru-baru ini, empat
penelitian telah memberikan bukti bahwa CNTNAP2 dikaitkan dan dikaitkan dengan autisme. Seperti
dicatat, gen pertama kali terlibat dalam ASD melalui studi keterkaitan pasien sindrom langka dengan
epilepsi, kelainan migrasi neuron, MR, dan autisme. Selanjutnya, tiga studi independen menggunakan
pendekatan yang sangat bervariasi tetapi bertemu pada transkrip yang sama ini dalam studi autisme
idiopatik.

Alarcon et al. [2008] menggunakan studi asosiasi dua tahap untuk memeriksa 2.758 polimorfisme
nukleotida tunggal (SNPs) di wilayah 15Mb yang mencakup lokus sifat kuantitatif autisme 7 -35 yang
dipujaagerelated, yang sebelumnya telah mereka identifikasi [Alarcon dkk, 2002, 2005]. Pada Tahap
1, 172 trio dari Autism Genetic Resource Exchange (AGRE) diuji untuk dikaitkan dengan usia di mana
anak berbicara kata pertama mereka. Empat gen memenuhi tahap 1 cutoff mereka dan diperiksa
dalam set independen trio AGRE 304. Analisis data tahap 2 menunjukkan bahwa SNP rs2710102 di
CNTNAP2 adalah satu-satunya penanda yang tetap signifikan (P50.028). Analisis keluarga laki-laki saja
menunjukkan bahwa mereka terutama berkontribusi pada asosiasi (P50.005).

Arking et al. [2008] melakukan hubungan genomewide pada 72 keluarga multiplex menggunakan
array 500K Affymetrix (Santa Clara, CA) di mana semua anggota yang terkena memiliki diagnosis
autisme yang ketat. Mereka tidak menemukan lokasi pertemuan genomewide signifikansi
menggunakan uji disequilibrium transmisi (TDT). Mereka kemudian menganalisis data untuk
keterkaitan dan menemukan dua lokus dengan puncak keterkaitan sugestif pada 7q35 (LOD53.4) dan
10p13-14 (LOD52.9). Analisis asosiasi dari interval 7q35 menggunakan TDT menunjukkan satu terkait
SNP rs7794745, di mana alel T overtransmitted (permutasi Po0.006). Analisis TDT pada set tambahan
1.295 trio independen menggunakan diagnosis autisme luas mendukung hubungan dengan rs7794745
(Po0.005). Sub-analisis menunjukkan bahwa penularan berlebih secara signifikan lebih besar dari ibu
daripada ayah. Efek genetik diamati sebagian besar pada pria yang terkena dampak; Namun,
perempuan yang terkena dampak kurang terwakili dalam sampel.

Bakkaloglu et al. [2008] mengidentifikasi CNTNAP2 sebagai gen kandidat sitogenetik untuk
keterlambatan kognitif dan sosial berdasarkan gangguan pada anak yang terkena dengan inversi
kromosom 7 de novo. Beban variasi missense langka dievaluasi dalam desain case-control dengan
mengurutkan semua pengkodean ekson dalam 635 kasus ASD dan 942 kontrol. Dalam kelompok
kasus, 13 varian langka dan unik diidentifikasi, delapan di antaranya diprediksi merusak / dilestarikan.
Dalam kontrol, 11 varian langka dan unik diidentifikasi, enam di antaranya diprediksi merusak /
dilestarikan. Ini mewakili peningkatan sekitar dua kali lipat dalam beban mutasi; Namun, perbedaan
ini tidak mencapai signifikansi statistik. Satu varian, I869T, ditemukan dalam tiga keluarga, tetapi tidak
di antara 4.010 kromosom kontrol yang mendukung asosiasi untuk alel individu ini (P50.014), dengan
peringatan bahwa penulis tidak dapat mengesampingkan hubungan positif palsu karena stratifikasi.
Meskipun penelitian ini tidak mengidentifikasi peningkatan signifikan secara statistik dalam beban
mutasi langka, identifikasi kelainan kromosom de novo, temuan beberapa mutasi missense fungsional
diduga langka, dan temuan sebelumnya dari Strauss et al. [2006], semua menyarankan bahwa varian
langka di CNTNAP2 memerlukan perhatian lebih lanjut. Selain itu, penting untuk dicatat bahwa
penelitian ini dilakukan dalam sampel AGRE, yang sebagian besar terdiri dari keluarga multipleks, dan
dengan demikian akan lebih kecil kemungkinannya dibandingkan sampel simpleks untuk
mengungkapkan mutasi langka de novo di lokus ini.

Semua mengatakan, empat penelitian baru-baru ini menyajikan bukti bahwa variasi umum dan jarang
dalam CNTNAP2 dapat berkontribusi pada risiko ASD. Konvergensi hampir secara simultan
laboratorium independen pada gen tunggal menggunakan berbagai pendekatan belum pernah terjadi
sebelumnya dalam literatur autisme. Namun, akan terlalu dini untuk mempertimbangkan studi-studi
ini sebagai replikasi definitif atau benar. Dalam keempat investigasi, varian yang berbeda diidentifikasi
dan hubungan dan keterkaitan yang ditemukan tidak dengan fenotip yang identik. Konsekuensinya,
akan sangat penting bagi investigasi di masa depan untuk mencoba mereplikasi asosiasi varian umum
dan langka, menentukan alel fungsional yang mendasari temuan varian umum, mengejar biologi dari
alel rudal langka yang diidentifikasi, dan menyelidiki keluarga simpleks untuk keberadaan mutasi
fungsional langka de novo di CNTNAP2 di antara individu dengan autisme idiopatik.

16p11.2

Pekerjaan terbaru menyoroti manfaat potensial dari, serta tantangan yang dihadapi, studi asosiasi
CNV di ASD. Salah satu daerah yang dihapus de novo ditemukan oleh Sebat et al. [2007], 16p11.2,
sekarang telah diidentifikasi beberapa kali (1%) sebagai variabel jumlah salinan (penghapusan dan
duplikasi) dalam keluarga autistik [Kumar et al., 2008; Weiss et al., 2008; Marshall et al., 2008]. Kumar
et al. [2008] menggunakan seluruh susunan array kromosom buatan bakteri (19K probe) untuk
menganalisis 180 AGRE probe, dari 19 keluarga simpleks dan 161 multipleks, dan 372 kontrol. Mereka
mengidentifikasi penghapusan de novo berulang sekitar 500kb pada 16p11.2 pada dua pasien
autisme, yang tidak ada pada kelompok kontrol. Di antara 532 tambahan probe, dari 68 simpleks dan
464 keluarga multipleks, dua penghapusan de novo dan duplikasi yang diwarisi diidentifikasi. Pada 465
kontrol tambahan, dua duplikasi dan tidak ada penghapusan diidentifikasi. Analisis gabungan
mencapai ambang batas untuk signifikansi untuk asosiasi penghapusan pada 16p11.2 dan autisme
(4/712 vs 0/837; Uji eksak Fisher P50.044).

Baru-baru ini, Weiss et al. [2008] menggunakan susunan genotip Affymetrix yang terdiri dari 500K SNP
probe untuk menganalisis 751 keluarga AGRE dan mengidentifikasi lima 16p11.2 CNV yang sama yang
disebutkan di atas (empat penghapusan de novo dan satu duplikasi yang diwariskan) serta dua
keluarga baru dengan duplikasi wilayah ini , salah satunya adalah de novo dan yang lainnya
ditransmisikan. Di antara 1.087 individu dengan gangguan bipolar yang digunakan sebagai kontrol
untuk tahap penelitian ini, tiga penghapusan diidentifikasi, tetapi tidak ada yang terdeteksi dalam
1.727 sampel tambahan dari National Institute of Mental's Health Repository Genetics atau di antara
orangtua AGRE.

Para peneliti kemudian memeriksa populasi kasus klinis campuran dari 512 anak dengan
keterlambatan perkembangan, MR, atau ASD; dan populasi kontrol 434 pasien yang dirujuk untuk
evaluasi sitogenetik yang tidak memiliki keterlambatan perkembangan, MR, atau ASD. Tiga
penghapusan de novo independen diidentifikasi (satu penghapusan ditemukan pada sepasang kembar
monozigot) dan satu diwarisi dari seorang ibu dengan MR ringan. Empat duplikasi tambahan juga
diamati. Akhirnya, populasi Islandia dianalisis dengan 299 pasien ASD dan 18.834 kontrol tanpa
fenotip. Tiga penghapusan diamati dalam kasus-kasus: satu de novo, satu diwarisi dari seorang ayah
dengan gangguan defisit hiperaktif perhatian, dan satu dari asal yang tidak diketahui. Dalam kontrol,
dua penghapusan dan lima duplikasi diamati. Perbandingan kohort ini (3/299 vs 7 / 18.834, P50.00042)
memberikan bukti terkuat untuk hubungan 16p11.2 CNV dengan ASD.

Asosiasi ini baru-baru ini direplikasi dalam set pasien independen (non-AGRE). Marshall et al. [2008]
melakukan analisis CNV pada 427 probe independen (418 kasus idiopatik) menggunakan array 500K
Affymetrix. Wilayah 16p11.2 yang sama ini ditemukan digandakan dua kali (sekali de novo, sekali
diwariskan) dan dihapus dua kali (keduanya de novo), abnormal pada sekitar 1% keluarga yang
diperiksa. CNV pada 16p11.2 tidak ada dari set kontrol mereka (1,652), sekali lagi mendukung asosiasi
perubahan nomor salinan pada 16p11.2 dan ASD (Fisher exact test P50.002). Beberapa putative ASD
spesifik lainnya novo dan CNV yang diwariskan diidentifikasi, beberapa di antaranya adalah
pengaturan ulang berulang.

Meskipun investigasi ini menunjukkan hubungan antara 16p11 CNV dengan ASD, temuan ini juga
menggarisbawahi baik kompleksitas genotipik maupun fenotipik yang dicatat pada awal tinjauan ini.
Varian yang ditransmisikan menunjukkan penetrasi yang tidak lengkap, yang diharapkan bahkan untuk
sifat monogenetik. Namun, di samping itu, baik mutasi de novo maupun duplikasi yang diwariskan
secara konsisten terpisah dalam keluarga, yang berarti bahwa saudara kandung yang terkena dampak
tidak memiliki mutasi yang sama. Untuk sifat Mendel, pengamatan ini akan sangat menentang
hubungan sebab akibat untuk varian. Namun, pada gangguan kompleks, temuan ini mungkin
menunjukkan bahwa terdapat beberapa alel risiko dalam keluarga ini. Yang jelas adalah bahwa
berdasarkan data saat ini, keberadaan penghapusan atau duplikasi wilayah ini tidak diperlukan atau
tidak cukup untuk mengembangkan autisme. Selanjutnya, Weiss et al. [2008] penelitian meningkatkan
kemungkinan bahwa CNV di wilayah ini mungkin menjadi predisposisi berbagai fenotip psikiatrik,
karena penghapusan ditemukan pada frekuensi yang relatif tinggi pada individu dengan gangguan
termasuk skizofrenia (1/648), gangguan bipolar (1/420) , attention-deficit hyperactivity disorder
(1/203), disleksia (1/748), dan gangguan panik / kecemasan / depresi atau kecanduan (1 / 3.000).
Duplikasi juga ditemukan di antara individu dengan gangguan bipolar (2/420). Studi asosiasi tambahan
dari CNV ini baik dalam ASD dan gangguan lainnya, dengan perhatian yang hati-hati terhadap
stratifikasi populasi potensial, serta studi tentang variasi gen langka dan umum dalam pemetaan gen
dalam wilayah ini dalam autisme idiopatik, berjanji untuk membantu mengklarifikasi masalah-masalah
penting ini.

Teknologi dan Pendekatan yang Muncul

Beberapa tahun ke depan berjanji akan menjadi periode yang sangat produktif untuk penelitian ASD
karena beberapa kemajuan teknologi utama. Pertama, platform genotyping terus meningkat baik
dalam hal kepadatan dan akurasi panggilan. Kerapatan penanda saat ini ditambah dengan biaya
rendah menggunakan array ini telah membuat studi asosiasi genom seluruh kenyataan. Pendekatan
ini mengevaluasi risiko yang diberikan oleh varian umum, tetapi melakukannya tanpa hipotesis apriori.
Meskipun metode ini buta terhadap variasi langka, telah terbukti sangat kuat dalam mengidentifikasi
alel umum efek kecil yang berkontribusi terhadap gangguan umum yang kompleks [Hirschhorn dan
Daly, 2005; Klein et al., 2005; Saxena et al., 2007; Scott et al., 2007; Zeggini et al., 2007; Konsorsium
Pengendali Kasus Wellcome Trust, 2007], dan studi asosiasi genomewide skala besar pertama di ASD
akan segera diterbitkan.

Tentu saja, perkembangan teknologi microarray juga telah membuka era baru karakterisasi dan
penemuan CNV [Kumar et al., 2008; Sebat et al., 2007; Konsorsium Proyek Genom Autisme, 2007;
Weiss et al., 2008; Marshall et al., 2008] Sebagaimana dicatat, alat-alat ini telah memungkinkan untuk
deteksi resolusi tinggi dari perubahan langka dan de novo secara genomewide. Studi di bidang ini
kemungkinan akan meningkat secara dramatis dalam waktu dekat, sehingga memberikan informasi
baru yang kritis baik tentang arsitektur yang mendasari ASD serta mengidentifikasi banyak lokus calon
baru yang memerlukan penyelidikan intensif.

Akhirnya, teknologi sekuensing sedang mengalami kebangkitan yang menjanjikan untuk memiliki
pengaruh besar pada penemuan gen di semua kelainan genetik yang kompleks, termasuk ASD.
Beberapa teknologi sekuensing komersial generasi berikutnya sekarang tersedia yang memungkinkan
gelombang baru proyek sekuensing yang ambisius dan berskala besar. 454 (Roche), Solexa (Illumina,
San Diego, CA), dan Solid (Applied Biosystems, Foster City, CA) adalah tiga platform teknologi saat ini
yang memungkinkan ratusan hingga ribuan megabase urutan diproduksi dalam satu kali proses.
Dengan meningkatkan throughput dan mengurangi biaya 10-100 kali lipat, banyak jalan penelitian
baru sekarang layak secara ekonomi. Pada akhirnya, teknologi ini akan memungkinkan pengurutan
komprehensif seluruh genom individu, menerangi variasi umum dan langka, CNV, dan bahkan ekspresi
gen.

Terlepas dari penemuan terbaru yang menarik dan janji teknologi baru, tentu saja ada juga tantangan
besar yang terus menghadapi upaya penemuan gen dalam autisme. Saat ini, yang paling mendesak
dari sudut pandang genetik adalah kebutuhan untuk secara dramatis memperluas jumlah sampel DNA
yang tersedia. Semua memberi tahu bukti terbaru dari penelitian ASD dan temuan di cabang
kedokteran lain menunjukkan bahwa set sampel minimal 10-20 kali lebih besar dari yang tersedia saat
ini (di sekitar 20-40.000 sampel) kemungkinan akan diperlukan untuk memastikan bahwa penting
tetapi risiko genetik umum yang halus akan diidentifikasi dan bahwa peran varian langka akan
diterangi.
Untuk mengatasi kebutuhan kritis ini, para peneliti klinis dan ahli genetika harus berpikir bersama
secara kreatif tentang bagaimana memperluas jumlah pasien yang berkarakter baik untuk mencapai
tujuan yang ambisius ini. Ada ketegangan intrinsik antara kebutuhan mendesak untuk mendapatkan
ukuran sampel ini dan pendekatan yang memakan waktu dan padat karya untuk diagnosis dan
penilaian yang menjadi ciri penelitian autisme. Fenotip yang sangat terampil dan terperinci ini sangat
penting untuk memahami lintasan perkembangan autisme, untuk menjawab pertanyaan kritis
mengenai fenomenologi dan intervensi serta membantu mengidentifikasi risiko genetik. Pada saat
bersamaan, di kecepatan saat ini, upaya terbesar dalam mengumpulkan sampel autisme tidak akan
mendekati jumlah yang mungkin diperlukan untuk jawaban definitif selama 5 tahun atau lebih,
meskipun fakta bahwa alat genom untuk menganalisis data ini sebagian besar tersedia saat ini. Selain
itu, jika bidang kedokteran lainnya berfungsi sebagai panduan, informasi fenotipik yang paling penting
untuk gelombang pertama analisis asosiasi genom yang sukses dan penelitian langka skala besar
mungkin menetapkan diagnosis yang dapat diandalkan. Realitas ini menunjukkan bahwa bidang
tersebut tidak mampu memiliki mentalitas nol-jumlah di mana para ahli genetika memiliki akses baik
untuk sampel yang lebih banyak atau sampel yang dikarakterisasi dengan baik. Tantangan utama
adalah untuk memastikan jalur paralel yang mendukung fenotipe yang bernuansa, komprehensif, dan
sangat kreatif sementara pada saat yang sama bergerak secepat mungkin untuk merampingkan
instrumen diagnostik yang andal dan menggunakan ini secara efektif untuk mencapai ukuran sampel
yang sekarang kita miliki dengan alasan kuat untuk percaya akan kunci untuk akhirnya mengklarifikasi
risiko genetik umum dan langka yang berkontribusi terhadap ASD.

Kesimpulan

Ada alasan luar biasa untuk optimisme mengenai penemuan gen di ASD sekarang dan di masa depan
yang segera. Pada saat yang sama kita harus ingat bahwa identifikasi perubahan dalam urutan DNA
yang membawa risiko untuk mengembangkan ASD akan menjadi rintangan pertama yang penting
dalam menerangi misteri autisme. Ini kemudian akan menjadi upaya gabungan dari para peneliti
multi-disiplin yang memanfaatkan kemajuan dalam neurobiologi perkembangan untuk memahami
autisme pada tingkat molekuler, mengintegrasikan pemahaman genetik dengan neuroimaging dan
data perawatan, dan akan kembali untuk mempelajari sampel klinis dan epidemiologis yang
berkarakter lengkap dengan alel risiko di tangan. , yang akan membuka pintu bagi jenis wawasan baru
yang menjanjikan untuk membuat perbedaan yang berarti dalam kehidupan pasien kami dan keluarga
mereka.