MODIFIKASI EKSTRAKSI DNA

Chelex-PrepfilerTM BTA
Setiyo, M., Riry, K., Tasri, M., Purwanto, A., Edhil, M., Wibisono, E.,. Shangkara, A., Saamia, V

PENDAHULUAN

Ekstraksi DNA merupakan tahapan yang paling menentukan keberhasilan analisis DNA di bidang forensik. Hasil akhir yang
diharapkan berupa DNA murni. Salah satu metode ekstraksi DNA adalah metode Chelex. Tetapi, proses ekstraksi DNA
dengan metode Chelex tidak terdapat tahapan purifikasi DNA. Tahapan purifikasi DNA memiliki tujuan untuk memurnikan
DNA dari pengotornya. Teknik purifikasi DNA yang dapat diaplikasikan pada metode Chelex salah satunya dengan
mengikat DNA dengan menggunakan PrepFiler Magnetic Particle. Dengan terikatnya DNA pada PrepFiler Magnetic
Particle, DNA akan dapat dengan mudah dipisahkan dari kontaminan. Hasil perbandingan kemurnian DNA sebelum dan
setelah purifikasi dikuantifikasi dengan instrumen nano spektrofotometer.

CARA KERJA
Isolasi DNA dengan Metode Chelex

Dimasukkan sampel ke dalam

Ditambahkan NFW sebanyak Ditambahkan NFW sebanyak
Disiapkan tube steril 1,5 mL tube berupa darah kering dan
1000 µL ke dalam tube 1000 µL ke dalam tube
buccal swab

Dilakukan pengendapan
Inkubasi pada suhu ruang
dengan menggunakan Homogenisasi dengan vortex
370C menggunakan Homogenisasi dengan vortex
sentrifuge 15.000 rpm selama ± 5 detik
thermomixer selama 30 menit ± 3 detik
3 menit

Buang supernatan sampai Inkubasi menggunakan

Ditambahkan 200 µL resin Homogenisasi dengan vortex
tersisa ± 30 µL thermomixer 560C selama 30
Chelex ± 10-30 detik
menit

Diendapkan dengan sentrifuge

Inkubasi menggunakan
15.000 rpm 3 menit. Homogenisasi dengan vortex
waterbath dengan suhu 1000C
Supernatan dipindahkan ke ± 10 detik
selama 8 menit
tube steril

Purifikasi menggunakan KIT

PrepfilerTM BTA
Tambahkan 7 µL PrepfilerTM Vortex ± 3 detik kemudain
Sampel DNA Tambahkan 150µL
Magnetic Particles ke dalam spin down dengan sentrifuge
isopropanol disetiap sampel
sampel secara quick run

Vortex ± 3 detik kemudain Resuspend magnetic particles Vortex ± 3 detik kemudain

Inkubasi dalam thermomixer
spin down dengan sentrifuge yang berada di atas meniscux spin down dengan sentrifuge
700 rpm pada suhu ruang
secara quick run sampel secara quick run

Letakkan pada magnetic stand Pertama : Wsh Buffer A 300 µL Tambahkan PrepfilerTM Wash
hingga terbentuk pelet magnet Buang cairan sampel Kedua : Wash Buffer A 150µL Buffer A dan B pada pelet
pada sisi tube Ketiga: Wash Buffer B 150µL magnet sesuai tahap pencucian

Ulangi vortex dan pemisahan Buka tube dan keringkan

dengan magnetic stand hingga sampel pada thermomixer
tahap ke-3

Elusi menggunakan KIT

PrepfilerTM BTA
Tambahkan 25 µL PrepfilerTM Vortex ± 3 detik kemudain Inkubasi menggunkan Vortex ± 3 detik kemudain
Elution Buffer ke dalam spin down dengan sentrifuge
thermomixer pada suhu 700C spin down dengan sentrifuge
secara quick run
sampel 9000 rpm selama 10 menit secara quick run

Letakkan pada magnetic stand

Pimdahkan seluruh cairan ke
hingga terbentuk pelet magnet
dalam microtube baru
pada sisi tube
Kuantifikasi DNA
menggunakan
Spektrofotometer NanovueTM
HASIL
Tabel 1. Hasil Nilai Absorbansi dan Konsentrasi DNA Sebelum dan Sesudah Purifikasi

Sebelum Purifikasi Sesudah Purifikasi

Sampel
A260/A280 Konsentrasi DNA A260/A280 Konsentrasi DNA
(ng/μL) (ng/μL)
1A 0.878 5.9 1.703 5.2
1B 1.265 0.86 1.437 23.5
2A 0.936 1.76 1.816 9.4
2B 1.295 0.72 1.519 20.5
3A 0.985 1.32 1.806 5.6
3B 1.083 3.9 1.633 20
4A 0.889 0.3 1.891 4.4
4B 1.242 3.7 1.485 22.5
5A 1.426 1.34 2.022 4.6
5B 0.958 0.92 1.568 13.2
6A 1.344 3.28 1.977 4.4
6B 1.065 7.1 1.604 11.6
7A 1.594 3.06 1.87 4.3
7B 1.294 6.52 1.772 13.2
8A 1.115 1.16 1.783 4.1
8B 1.161 6.92 1.8 14.4
Ket : Sampel “A” = Sampel Darah Kering ; Sampel “B” = Sampel Buccal Swab

Tingkat kemurnian DNA (dilihat dari nilai rasio absorbansi A260/280) sebelum purifikasi diperoleh berkisar 0,878 – 1,594 dengan kemurnian
rata-rata 1,158 dan hasil konsentrasi DNA sebelum purifikasi berkisar 0,300 – 7,1 ng/μL dengan rata-rata sebesar 3,048 ng/μL. Setelah
purifikasi, diperoleh kenaikan nilai yang cukup signifikan, baik untuk tingkat kemurnian DNA berkisar 1,437 – 2,022 dengan kemurnian rata-
rata 1,730, maupun hasil konsentrasi DNyang A yang berkisar 4,1 – 23,5 ng/μL dengan rata-rata sebesar 11,306 ng/μL.

KESIMPULAN

Proses purifikasi dapat menghilangkan pengotor seperti protein sehingga meningkatkan konsentrasi, kemurnian dan juga nilai
absorbansi dari DNA.

Pusat Laboratorium Forensik, Bareskrim Polri, Jln. Inspeksi Tarum Barat Kav. Agraria Blok E No. 5 Jakarta Timur.